林肯在早年是個懷疑論者,他甚至寫了一本猛烈抨擊基督教的書。他的朋友和導師Samuel Hill勸他不要出版這本書,因為這將對他的政治生涯不利。在他競選總統的時候,“不信神”是其政治對手攻擊他的一個理由。他也的確曾經明確說過:“《聖經》不是我的書,基督教也不是我的信仰。”在成為總統後,麵臨著國家危機,或許是為了鼓舞人心或迎合選民,他在公開的場合經常提到“上帝”、“天意”,給人一種他變得虔誠的印象。但是,他心目中的“上帝”、“天意”並不是基督教的“上帝”、“天意”。1856年,在堪薩斯演講時,他
如此解釋其“天意”:
“朋友們,我與你們一樣相信天意;但是我相信的是最多人、最大錢包和最長大炮的天意。”
在1862年,當他的朋友Wakefield法官詢問他是否皈依了基督教時,他在回信中明確地說:
“我早年認為基督教的救贖方案和聖經對人類起源的敘述都靠不住,這個觀點隨著時間的推移變得越來越清楚,越來越牢固,我看不出有理由我應該改變我的看法。”
基督教的宣傳品有時還在說,在南北戰爭最困難的時刻,林肯和其內閣成員曾跪下祈禱上帝的保佑。這個傳說,和華盛頓雪地祈禱一樣,都早已被證明純屬捏造。