近幾天本城刊載了許多關於武漢新病毒發展的新聞和科普文章。

為了解答網友所關心的問題並介紹一些相關知識，過去的幾天本博主寫了幾個短文，非常感謝城主把它們放到了首頁，讓更多的讀者得以了解：

《柳葉刀》介紹武漢深圳醫院的情況，武漢新病毒的科研進展 2，武漢新病毒的科研進展

一、

從現有的27個公共共享的新型冠狀病毒（nCoV）基因組（序列），檢查了遺傳多樣性以推斷共同祖先（common ancestor，生物界最感興趣的話題之一）的日期和傳播速度。發現：27個采樣的基因組非常相似，相差0-5個突變，大約每周一個突變。有的組成RNA的核堿基變了，但組成病毒蛋白的氨基酸沒變，且突變點是多樣的；這種遺傳多樣性的無法解釋，這種爆發是一次人先得病然後船給大家還是在海鮮市場許多人同時被傳染的。

此次事件很可能發生在2019年11月或12月初。

詳見：https://nextstrain.org/narratives/ncov/sit-rep/2020-01-25?n=1

二、

中國疾控中心主任高福等19位學者1月24日在《新英格蘭醫學雜誌》網站（nejm.org）上發表了一篇關於新型冠狀病毒的文章（10.1056/NEJMoa2001017），這之前他們已將三個病人的完整的基因組已提交給了GASAID.org，可以上網查到：IVDC-HB-01、IVDC-HB-04和IVDC-HB-05。他們認為最接近的基因序列是舟山蝙蝠SARS樣病毒。見下圖：



但是，中國科學院武漢病毒研究所研究員石正麗29位學者在生物預印本網站（biorxiv.org）上發表的有關新型冠狀病毒及其潛在的蝙蝠起源的文章（10.1101/2020.01.22.914952，這篇文章已經修改到v2版）卻說分析表明，新病毒在整個基因組中與RaTG13非常相似，整體基因組序列一致性為96.2％。係統發育分析還顯示，RaTG13是新病毒的最近親戚，與其他SARSr-CoV形成明顯的世係。受體結合蛋白刺突（S）基因與RaTG13的93.1％nt具有同一性。與 RaTG13的密切係統發育關係為nCoV-2019的蝙蝠起源提供了證據。

這一段中RaTG13的基因序列數據在美國 ncbi.nlm.nih.gov 數據庫中查不到，所以學者們得到的結果都是“新病毒與舟山蝙蝠SARS樣病毒最接近”。誰知到武漢病毒所還有RaTG13的數據呀。“讓人很生氣”。如果高福有了這個數據會不會撤稿？（注：這隻是我的一段氣話。）

RaTG13是指2013年7月24日在雲南普洱捕捉的一頭雄性中華菊頭（蝙）蝠身上獲取SARS基因序列。該序列已於昨天（1月24日）上傳到GISAID.org的網站上供公眾下載。

三、

在生物預印本網站上（biorxiv.org）近期發表的新論文還有：

1，北京大學工學院生物醫學工程係教授朱懷球、浙江大學醫學院第一醫院傳染病診治國家重點實驗室副主任肖永紅等9位的“深度學習算法預測新型冠狀病毒的宿主和感染性”（10.1101/2020.01.21.914044），論點是：水貂可能是新型冠狀病毒的中間宿主。

SARS時期的中間宿主是果子狸，前兩天的文章說是蛇。實際是任何可能吃到蝙蝠的動物被捕捉並在發病的海鮮市場上販售的，都可能是將新病毒傳給人的“元凶”。

2，意大利羅馬校園生物醫學大學的六位學者的“新病毒進化的證據”（10.1101/2020.01.24.915157）。他們從GISAID網站上下載的15個（今天已有26個，新增加的包括美國 1例）可用的全基因組序列和基因庫中可用的12個高度相似的全基因組序列構建了係統發育樹（5個來自SARS，2個來自MERS和5個來自Bat SARS樣冠狀病毒）。結論是新病毒與2015年分離出的蝙蝠SARS樣冠狀病毒序列MG772934.1(舟山蝙蝠)最接近。此外，他們還研究了新病毒N、E、S和M基因段的突變。

3，瑞士伯爾尼大學的兩位學者的“武漢新病毒早期人際傳播模式”（10.1101/2020.01.23.917351）。他們得出流行病學中基本傳染數(Basic reproduction number)R0約為2.2（1.4–3.8之間）。RO是指平均一個傳染者可以傳給幾個人。

4，香港中文、香港理工的大學8位學者對基本繁殖數的初步估計（2020.01.23.916395）認為，R0在2.73-7.10之間。

這裏列出幾種大家熟悉傳染病的R0值：

看了上表，你想象新病毒的R0大概是。本人上篇博文中的例子是1個去那個海鮮市場買過食材的人傳給了兩個家庭的9個人。中國的情況很複雜，本城今天的新聞就說“牛津學者:帝國理工的武漢疫情預測幾乎沒參考性”。