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台美關係
從一九四九年中至一九五0年初，美國當局數次開會，反複討論國民黨政權能否得救。會上分為兩派，美國參謀長聯席會議主席布萊德雷（O.Bradley）認為，台灣是不沉的航空母艦，是美國在西太平洋的屏障，失去台灣，菲律賓和日本將會受到威脅。他強烈主張派遣美國軍事顧問團協助蔣介石守衛台、澎。國務卿艾奇遜（D.Acheson）則不以為然，他說即使美國介入，也無濟於事。美國國務院在一九四九年八月發表的“中美關係白皮書”中，顯示美國民主黨政府對蔣介石已感到絕望。在這份文件中,“蔣介石”一詞成了貪汙、無能和專製的代名詞。美國政府決定拋棄台灣，拋棄蔣介石。艾奇遜說，美國的西太平洋防線，有沒有台灣，無足輕重。杜魯門支持艾奇遜，十二月，杜魯門在美國國家安全委員會會議上決定不再向台灣提供物質援助，並且在中共試圖奪取台灣時采取“不插手”的態度。一九五0年一月五日，杜魯門發表聲明稱：“美國對台灣或中國其他領土從無掠奪的野心，也不準備以武力幹涉台灣現在的局勢。美國不會采取足以涉及中國內戰的措施。同樣地，美國政府也不會向台灣的中國軍隊提供軍援與軍事顧問。美國政府不準備采取任何足以把美國卷入中國內戰的行為。”而根據美國國務院下屬的三軍情報組織的備忘錄，沒有美國的軍事占領和控製，台灣將在一九五0年底落入中共的手中。一周以後，艾奇遜發表題為“中國的危機”的演講，稱國民黨不是在戰場上被打敗的，而是被中國人民拋棄的。
美國一度留駐台灣的隻剩下一個領事級的代表，使館武官是個中校。
美國公開拋棄台灣的信息傳遍了全世界。蔣介石雖然嚴令台灣報刊不許走露半點消息，但人們從各種跡象上也會感覺到。當時幾乎沒有人認為蔣介石能在台灣呆一年以上。
但是緊接著朝鮮戰爭的爆發，美國在一九五0年六月二十七日派遣第七艦隊進入台灣海峽。一九五一年四月，美國國防部派遣以陸軍少將蔡斯（W.Chase）為團長的軍事顧問團前往台灣（美國軍事顧問最多時達到了兩千三百四十七人）。
一九五三年六月，美援第一批噴氣式戰鬥機抵達台灣。
八月，美國副總統尼克鬆（R.Nixon）訪問台北，他明確表示“美國兵力不能用來支持（蔣介石）可能發動的任何反攻”。
一九五四年十二月，“中美共同防禦條約”在華盛頓簽字。
一九五五年一月，美國參眾兩院先後通過“授權艾森豪威爾總統使用武裝部隊協防台、澎及有關地區案”。艾森豪威爾表示美軍可能為保衛金、馬而與中共作戰，同時又希望蔣介石放棄金、馬，換取美國幫助國軍封鎖大陸的東南沿海。他的建議被蔣介石拒絕。
三月，美國空軍第十三特種航空隊進駐台灣。
一九五七年五月，幾千民眾因強烈不滿美軍對劉自然案的判決（三月二十日，陸軍少校劉自然於參加友人婚宴後返家途中在台北陽明山美軍宿舍附近被美軍陸軍上士雷諾（R.Reynolds）槍殺。“中美共同防禦條約”中規定所有在台美軍均享受外交豁免權，不受台灣法律的管束（在台美軍一度每人都有一支槍），美軍軍事法庭宣布雷諾的誤殺罪不成立，無罪釋放），群聚攻擊並毀損了美國駐台使館，還包圍了警局，是為五二四事件。台北衛戍司令黃珍吾立即宣布在台北市和陽明山區實施戒嚴。
美國找蔣介石要說法，蔣介石不得不把黃珍吾、憲兵司令劉煒和台灣省警衛處處長樂幹撤了職，還抓、判了二十八個打砸使館的民眾（他們中最高的隻被判了一年刑期）。
因為黨國別的不行，維穩是頂尖高手，美國人無論如何不相信以台北的軍警憲特的實力，沒有政府的暗中慫恿，使館能夠失守。他們通過內線多方了解，懷疑砸使館是蔣經國指使的。中情局局長杜勒斯就此事報告說：“我傾向於相信指控某一國民黨高官的正確性，即蔣介石的兒子發動了這場動亂。有情報描述，國民政府的官員以滿意的心情看待此事的結果，因為這符合他們原先的計劃。”
蔣介石拒不承認，他說他願意承擔此次暴亂的責任，並向美國表示歉意。再問蔣經國的救國團是否牽涉其中，蔣介石就置之不理了。
劉案發生後，據傳毛澤東曾高興地說：“這在中國曆史、世界曆史上都要大書特書的。什麽美國大使館，三拳兩腳，打個稀爛。做得對！做得好！”
一九五八年九月，台軍與美軍在台灣南部舉行代號為“怒吼”的兩棲演習，參加演習的共有八十九艘軍艦、四十餘輛坦克和各型飛機兩百多架，兵力近兩萬。
一九六0年三月，台美在台灣南部又進行了規模龐大的代號為“藍星”的兩棲登陸演習，美軍出動了海軍、海軍陸戰隊和空軍共五萬餘人、飛機四百多架和軍艦一百三十五艘，包括兩艘航母和兩艘重型巡洋艦，台軍出動了近萬人、飛機近百架和艦艇三十餘艘。
六月，艾森豪威爾訪台，他在演講中強調決不承認中共。台美發表了聯合公報，保證繼續合作以抵禦中共挑釁。
一九六一年九月，台美空降部隊舉行了遠東規模最大的聯合空降作戰演習“天兵一號”（從一九六二年十月至一九六四年十月，台美又先後舉行了“天兵二號”至“天兵六號”的空降作戰演習）。
一九六四年二月，台美在台灣南部車城和平埔兩地舉行兩棲作戰“枕戈”演習。
一九六五年一月，美國總統約翰遜（L.Johnson）在援外谘文中讚揚中華民國自助有成，經濟繁榮，不再需要美援。
八月，台美簽訂了“美軍在中華民國的地位協定”，規範駐台美軍司法適用的管轄範圍。
美國卡特（J.Carter）政府因為促進台灣民主，也被黨國視作“敵對勢力”而嚴加防範，不過黨國防範到不傷臉，讓步到不放權，直到台美斷交。
孫立人（一九00—一九九0年）兵變案
一九四七年十一月，有“東方隆美爾”美譽的孫立人被派赴台灣，在高雄鳳山的陸軍軍官學校訓練和整編軍隊。一九四九年二月，駐日盟軍總司令麥克阿瑟邀孫至東京商談台美的軍事合作事宜。在會談中，麥克阿瑟表示希望由孫掌管國民政府，遭孫拒絕。
九月，孫擔任台灣防衛總司令，並負責組訓青年軍。
一九五0年一月，美國陸軍部收到駐台使館武官曼寧（Manning）所發的一份絕密電報，內稱孫告訴他，蔣介石已經得悉孫欲發動政變的計劃，而孫告訴蔣，此乃共產黨的反間計。
蔣介石在一九五0年三月宣布恢複總統身份後立即任命孫為陸軍總司令。孫在台灣恢複了征兵製，建立了預備軍官製度，他並且強烈主張軍隊國家化。
孫不時向美方表達他對其他黨國軍政首腦的不滿，如在一九四九年九月，孫向美國駐台總領事麥克唐納（J.MacDonald）抱怨，他身為台灣防衛總司令，卻無實權，當他須依賴時任東南軍政長官陳誠下令補充其部隊員額時，陳卻采取敷衍回避的態度；又如在一九五0年一月，孫向美國駐台代辦師樞安（R.Strong）表達他對蔣經國在軍隊中發展政工係統以加強對軍隊的控製的痛恨；孫還向美國人抱怨陳誠不信任他，以及海軍總司令桂永清跋扈囂張，把海軍在高雄左營的總部視為他的私人地盤等等。此類孫與美國駐台使館人員之間的聯係與談話，頻頻從台北傳回華盛頓。
在一九五0年上半年與朝鮮戰爭爆發前的幾個月之間，美方有意支持孫發動政變取代蔣介石。不過孫與美國官員的交往，也讓美方對於孫有更為直接的觀察與評價，比如一九五0年五月，在一封被國務院列為絕密的私人信函裏，師樞安告訴國務院中國司司長石博思（P.Sprouse），據他近距離的觀察，孫雖然極具軍事天分，然而卻沒有什麽政治頭腦，他絕對稱不上“偉大”（There is nothing "great" about him）。師樞安認為孫可以把部隊帶得非常出色，不過隻要超出軍事範圍之外的事務，他是否能夠成功，不無疑問。
五月，國務院政策計劃局局長尼茲（P.Nitze）提出了一個“假設性”方案，擬定了“棄蔣保台”的行動準則。根據尼茲的說法，美方認定孫已經能夠掌控台灣島上的全部軍事力量，隻要他發動兵變，就能解除台灣島上所有國民黨重要人物的權力。尼茲建議美方應把籌碼壓在孫的身上，由他領導一批台籍政治領導人在兵變後接管新政府，美國應在最短時間內派遣一組為麥克阿瑟和軍方所信任的要員前往台灣，協助孫在台灣組織起有效的行政係統與防禦力量。
尼茲這份“假設性”方案隨後逐漸被修訂成正式的備忘錄，於六月中由助理國務卿魯斯克（D.Rusk）提交給艾奇遜。這份定稿的備忘錄建議華盛頓派一高層人士前往遠東，向蔣介石傳達美方的如下訊息：在當前形勢下，台灣很可能會淪落到共產黨手中，美方將不會采取任何軍事措施協助蔣守衛台灣。蔣唯一能避免流血的方法，是交出權力，將台灣交由聯合國托管。備忘錄建議由時任國務院外交顧問的杜勒斯負責此一任務。杜勒斯當時已定於六月中旬啟程前往日本，途中他可以轉往台北。
國務院在一九五0年六月的又一份絕密備忘錄裏，進一步透露了美方當時所擬采取的方案：美方將以最機密的方式，通過一位密使轉告孫，如果孫願意發動政變以控製台灣，美國將準備提供他必要的軍事援助；美方也將提供數百萬美元的經費供他收買其他國軍將領；此外，美方還打算從關島或日本的美軍基地運送必要的軍火以協助並確保其政變成功。
在美方的評估裏，孫發動政變有其風險，例如其他國軍將領拒絕合作、島上國軍投共、解放軍趁亂進犯台灣、蔣介石拒絕交出政權並出逃，以及一旦政變失敗，美國威信受損等等。雖然有這些風險，國務院仍然認定，支持孫政變仍是防止台灣淪入中共之手的最佳選擇。
在這一備忘錄完成後的一個多星期，朝鮮戰爭爆發，一夕之間，遠東局勢發生了翻天覆地的轉變，扶孫倒蔣之議因而被擱置。
早在一九五0年三月，孫的英文秘書黃正與其姐黃玨就以“泄露軍機”的罪名雙雙入獄，被判了十年刑期（黃正與孫立人有過一段忘年戀）。六月，孫的舊部如田世藩等人也陸續遭到指控為匪諜而入獄，接著發生了李鴻匪諜案。
孫的嫡係部隊新七軍（原新一軍的一部）於一九四八年十月在吉林長春放下武器向解放軍投降。一九四九年六月中旬，解放軍根據國共兩黨的協定，釋放了新七軍和新三十八師的李鴻、陳鳴人和彭克立等四十餘名高級軍官，為他們開具返鄉證明書並資助路費。七月初，新七軍軍長李鴻等回到湖南長沙、湘陰等地的家鄉。在獲得蔣介石的同意後，孫派一個參謀持他的親筆信到湖南湘陰李鴻家中，請其串聯舊部赴台。一九五0年二月，李鴻攜妻女乘火車經廣州到香港。五月，孫派原新一軍副軍長賈幼慧赴港接李鴻一行到台灣，不久李鴻覲見了蔣介石。原新三十八師師長陳鳴人、副師長彭克立和一一三團團長曾長雲也先後從大陸赴台投奔孫，陳鳴人就任陸軍總司令部營務處少將處長，彭克立就任二0六師少將副師長兼團長，曾長雲就任三四0師的上校團長。李鴻抵台後很快就跟懷孕的夫人馬真一被捕並羈押在台北國防部軍法局看守所。此後至九月，陳鳴人、彭克立和曾長雲等十七人陸續被捕，遭情治單位審訊調查長春投降的經過以及在哈爾濱“解放軍官團”受訓的詳情，並被指控為匪諜。情治單位在審訊中，對李鴻、陳鳴人、彭克立和曾長雲等多次施刑，希望他們能夠牽連孫，但遭到拒絕。孫麵見蔣介石，為其部屬求情，堅稱他們無罪，也遭蔣拒絕。
一九五一年三月，這批案犯被移押台北保密局看守所。李鴻、陳鳴人、彭克立和曾長雲四人以“匪諜罪”立案，馬真一和陳高揚等六人以“知情不舉”連坐。一九五二年冬，這批案犯又被移至桃園縣南嵌保密局“別館”監獄。
一九五三年六月，黃傑率軍由越南富國（Phu Quoc）島回到台灣。一九五四年六月，蔣介石任命黃傑為陸軍總司令，將孫調任無實權的總統府參軍長。
十二月三日，中華民國與美國簽訂了“中美共同防禦條約”，中美政府之間不再需要通過孫居中連絡，於是蔣經國的情治係統開始調查孫的另一些部屬，鎖定了在步兵學校任職的少校郭廷亮。一九五五年五月，郭廷亮被捕，連續十天遭到嚴刑拷打。六月，蔣介石以孫與郭廷亮預謀發動兵變為由，對孫實施看管偵訊。
因郭廷亮在刑求之下仍然堅持不肯指控孫，保密局局長毛人鳳親自主持審問。毛人鳳對郭說，隻要承認自己是匪諜，就不會牽連到孫。郭於是寫下自白書，承認自己是匪諜。總統府匯集了情報局與警備總部彭孟緝所收集的證據，連同郭的自白書，派情報局局長黃伯度送至被軟禁的孫的住處，希望他自行辭職。孫原本態度強硬，認為郭必是遭到誣陷，但黃伯度通過陸軍副總司令賈幼慧及孫的侄子孫克剛等人轉達孫，此事為層峰（兩蔣）的意思，孫如不肯屈服，將會株連更多舊屬，孫遂於八月初寫信給蔣介石，請辭總統府參軍長一職。
八月二十日，蔣介石批準了孫的辭呈，同日下令正式拘捕孫，並由副總統陳誠為主任委員，與張群、何應欽、王雲五和俞大維等組成九人委員會，負責調查案情。陳誠九人委員會在調查後認定孫的下屬郭廷亮、江雲錦等涉嫌企圖發動兵變，孫應為之負責。國府駐美大使顧維鈞奉命向美國太平洋艦隊司令雷德福（A.Radford）上將通報孫案的偵查經過，雷德福非常憤怒，他堅信孫是台灣最忠貞幹練的將領，不可能叛變。因為美國軍方的態度，蔣介石決定郭廷亮判死刑，對孫則放寬處理。
十月十二日，就在郭廷亮預定執行死刑的那天，蔣介石發布赦免令，將郭廷亮減為無期徒刑，送綠島監禁。孫得知後，以長官監督不周，自請處分。蔣介石批示：“該上將不知郭廷亮為匪諜，尚屬事實，但對本案有其應負之重大咎責，茲特準予自新，毋庸另行議處，由國防部隨時察考，以觀後效。”
與孫關係較密切的中高級軍官有三百多人獲罪入獄或被解職，先前被拘捕的李鴻等人繼續監禁。
在孫兵變案發生後，監察院也組織了五人小組調查，其報告認為孫無罪，與陳誠九人委員會報告的結果截然不同。
孫從此被長期軟禁在台中市寓所，由情治人員監管。孫養花種菜，菜自家吃不完，便由夫人拎去街上出賣以補貼家用。孫種的玫瑰被市場上稱為“玫瑰將軍”。這一變相關押一關就是三十三年。在社會上，孫的名字和“遠征軍”都成了敏感詞匯。
《聯合報》對孫案有評論說：“孫立人極度受到部下愛戴與擁護。即使數十年後，許多舊部仍言必稱‘我們總司令’，對老長官的忠誠可見一斑。他訓練出來的幹部，在軍中形成旗幟鮮明的‘孫係’。但在強人總統的時代，怎能容忍另一個個人崇拜出現？更糟的是，一九五0年代初的美國，一直在考慮應該‘倒蔣抗共’還是‘挺蔣抗共’。對討厭蔣中正的美方人士看來，作風洋派的孫立人（孫在清華大學庚子賠款留美預科一九二三屆畢業後，先後獲得美國普渡（Purdue）大學土木工程學士學位和美國維吉尼亞（Virginia）軍校教育學士學位，是少數留美且不是民國陸軍軍官學校出身的軍官），儼然是最佳替代人選。種種因素的累積，不管當初蔣如何欣賞孫，孫如何效忠蔣，這對君臣最後注定走上悲劇結局。”
一九七五年四月，蔣介石逝世，郭廷亮隨即被減刑為十五年，他早已服滿了刑，出獄後的七月，警備總部司令鄭為元說郭有英文專長，打算聘用他為英文教師，將其送回綠島，被指派在警備總部綠島指揮部的後勤組工作，後又改為圖書館管理員，實際上是長期軟禁。在這期間，國防部一直在照顧郭的家屬。
一九五六年九月，李鴻匪諜案的潘德輝和馬真一等十三人分別被判處無期徒刑、十年和七年有期徒刑。一九五七年，馬真一帶著在獄中出生的次子出獄。
一九五八年，李鳴、陳鳴人、彭克立和曾長雲被移至專門關押觸犯軍法的軍人的桃園龍潭保密局臥龍山莊，長期不殺不審不判不放。一九六八年七月，李鴻等四人收到國防部裁定書，被以叛亂罪提起公訴，李鴻的罪名是一九四八年“棄守長春”，在被解放軍釋放後又接受中共李克農的指示來台策反孫，並掌握兵力以備策應解放軍攻台。此後，每隔兩個月，國防部裁定書稱李等四人因病暫停審判，依據軍事法條款延長羈押期兩個月。一九七一年五月，李等四人被告知依軍法不公開審訊而改為秘密庭審。七月宣判時的判決書稱李等四人意圖“以非法之方法顛覆政府”，處無期徒刑。一九七五年四月蔣介石去世，根據減刑令，李等四人被減刑為二十五年徒刑，因已坐牢滿期，當局以“懷刑懺悔，衡情尚可憫恕”為由，於七月將李等四人釋放。
一九八七年，李鴻在家中突患中風癱瘓。次年八月，李鴻在屏東醫院辭世，終年八十五歲。孫為李鴻親題挽聯：
“六十年親似弟兄，喜訓善戰。本望長才大展，精練雄師。奈豎子預定陰謀，削我股肱，構陷詔獄！
常勝軍縱橫南北，能守能攻。那期上將平庸，犧牲勁旅。願總統未遭蒙蔽，還君清白，洗盡沉冤！”
一九八八年一月，蔣經國病逝。同年五月，李登輝繼任中華民國總統，他下令解除孫的軟禁，恢複其自由。一九九0年，孫在台中寓所病逝，享年九十歲。
在孫被解除軟禁之後，其舊日部屬開始奔走，希望恢複其名譽。一九九一年，孫兵變案的關鍵證人郭廷亮在桃園縣中壢的火車上墜落身亡，死因極為蹊蹺，人們懷疑長期監控郭廷亮的警備總部可能涉入。
二00一年一月，監察院通過決議，稱孫案乃“被陰謀設局的假案”。時任總統馬英九向孫的家屬正式道歉。
二0一四年七月，監察院公布對當初九人委員會調查檔案的報告。在檔案中，蔣經國曾向蔣介石建議解除孫兵權，以防他叛變，而蔣介石直接對孫案下達過許多指示。報告稱，這個案件是利用美國麥卡錫主義（McCarthyism）興起，反共潮流抬頭的機會，設局將孫軟禁，以免蔣介石大權旁落。美國政府在本案發生後，曾私下對台灣當局表示關切，因此事件才未擴大。這個報告對郭廷亮進行了平反，認為他係遭到構陷。
二0一七年十月，法院文件揭露出陸軍第十軍中校劉永德曾於一九五五年檢舉郭廷亮意圖發動兵變，經第十軍政戰部主任阮成章少將轉報，由時任國防會議副秘書長的蔣經國指派劉永德深入“叛亂組織”作為內線為時數月。後來蔣經國曾下“便簽”特準核撥獎勵專款八萬元給劉永德。
一九五四年十一月，孫的夫人林安氏病逝。
孫立人終老八十五歲，因天生畸形病狀而致感染，在一九八五年十二月十七日晚間十時十五分，在台中市自家住處逝世，死因是由急性白血病與繼發性感染而來。生前，孫無其他完全健康遺傳病。身後，立即被安排由軍方派兵護送上桃園煉油廠安葬。據孫立人的朋友張元培回憶，孫坦然並且豁達，樂觀地麵對病痛，孫的擔心不是自己，而是家人與朋友，十分關心朋友的情況，甚至在病重時仍纖細地詢問張元培家中又是怎樣安排，他也準備了遺囑，內容寫道：“臨終之時，我心須平靜。”