一九九0年,馬任國家統一委員會研究委員。
二月,國民黨發生二月政爭,分裂成主流派與非主流派,並引發了野百合學運。馬是支持李登輝的主流派。
一九九一年,馬擔任陸委會副主委兼發言人,並當選為國民黨不分區國大代表。
二月,連戰出任行政院院長,馬受邀出任法務部部長。在任法務部部長期間,馬搞了個司法改革,即檢察官詢問證人作筆錄時,必須打開錄下不能塗改的錄音機,一份筆錄就得有一份錄音(二00七年,馬任在野的國民黨主席,是下屆總統最有力的競爭者。為了給扁的“國務機要費”開脫,民進黨控告馬在台北市長任內貪汙了類似性質的“首長特別費”。馬在那段期間曾使用“首長特別費”核銷在一場流浪犬認養活動中認養的流浪犬“馬小九”的健康檢查和治療費用,並將每月“首長特別費”的半數匯入負責照料“馬小九”的妻子周美青的賬戶,因而遭台北地方檢察署以貪汙罪起訴。負責此案的檢察官侯寬仁篡改了對馬在市長任上的出納吳麗洳的問訊證言筆錄,被馬的律師促請法官把吳所作之證的原始錄音調出來聽,結果證明檢察官篡改證言,蓄意誣陷。最後馬被判無罪,參選並當選總統)。
同年,馬將《中央肅清煙毒協調督導會報》改為《中央反毒會報》,大力禁毒。
那時社會上一度經常發生原住民少女遭誘拐賣淫的童妓問題,引起社會震怒。馬宣布決心消除童妓,在一九九五年主持通過了“兒童及少年性交易防製條例”,此後相關的犯罪率降到原來的十分之一以下,基本控製了台灣的童妓問題。
一九九六年,馬誓言大力查賄,他半年內在全台八百八十三個縣市議員中起訴了三百四十一個,遭致有些國民黨議員告狀說馬“動搖黨本”。
六月,在黨內壓力之下,馬被調任行政院政務委員。李登輝在私下斥責馬用批評黨來建立個人聲望,“國民黨差點被他搞垮”。
一九九七年,連戰內閣飽受白曉燕命案等政治風雨的衝擊。馬在五月八日因此聲明“辭官退隱”,辭去政務委員,表示以後專心教育,不再問政,將不參加一九九八年台北市市長選舉。辭官後,馬向政治大學申請教職,政大法學院為此專門召開臨時院務會議受理馬的申請。同年八月,馬擔任了政大法律係副教授。
一九九八年,馬複出代表國民黨擊敗陳水扁而當選為台北市市長。
二000年,國民黨在總統選舉時分裂,李登輝和馬大力支持連戰,而民望較高的宋楚瑜則獨立參選。馬在選前的幾天接連違法公布虛假民調,被認為是宋楚瑜以些微票數落敗的原因之一。
原本是李登輝派的馬因為國民黨連蕭(萬長)配的敗選,喊出了“要李登輝下台”的口號,並對群眾說:“各位要求李主席下台,我會支持各位的主張,我會去促成!”,向李登輝逼宮,接著馬上訪談節目敦促李登輝辭去黨主席。
二000年,馬主張黨員直選黨主席。
二00二年,馬以百分之六十四點一一的得票率連任台北市市長。他是迄今得票率最高的台北市市長。
馬在市長任內的政績包括大力整頓消防安全,使火災死亡人數降低;減少交通事故發生次數,(不過機車肇事及死亡人數有所增加);打擊酒後駕車;提高暴力犯罪破案率,減少暴力犯罪和大規模搬遷危險山坡地住戶以防範土石流傷亡。
馬廣設平價健身中心,規劃興建台北小巨蛋(多功能體育館),建設台北縣市河濱腳踏車道,開辟河濱公園,整合親山步道和開辟淡水河藍色公路。
馬政府因推動“垃圾費隨袋征收”(以前是隨水征收,用水多,垃圾費就高。馬政府改用專用垃圾袋為計量工具計算應繳垃圾費的金額,丟多少,付多少,垃圾袋越大,裝的垃圾越多,所繳的垃圾費就越高和厲行垃圾分類(以隨機破袋的檢查方式,勸導並開罰不配合的民眾或業者)政策而獲得“二00一亞洲廢棄物管理傑出獎”。
馬政府在八年內投入了三百多億元將汙水下水道接管率從百分之四十增加到百分之八十左右。
馬推動智慧公車係統,在他的市長任內,台北捷運六條線路完工通車,並在全球首創小綠人交通信號(行人倒數計時顯示器,分成上下兩個燈麵,上方是通知行人燈號即將變化的倒計數,下方是個催人行走的小綠人)。
在馬任內,二00一年華翠大橋通車,二00二年環東大道全線通車,二00五年信義快速道通車,二00六年複興北路車行地下道和中山新橋通車,二00七年貓空空中纜車完工。
二00五年,馬政府合並十家市立醫院為市立聯合醫院,市醫整並以後因為議價能力提高,一年的藥價成本節省了六億五千萬元。
二00六年,馬政府建設公眾區免費上網網絡Wifly,不過效果不彰。繼任市長郝龍斌於二0一一年不得不重新建設TPE-Free。
一九九0—一九九四年間的官派台北市長黃大洲在任內把基隆河截彎取直,規劃為輕工業園區,陳水扁開放了廠商進駐,馬將之更名為內湖科技園區,用優惠措施引進科技業者進駐。馬還完成了南港軟件產業園區土地的征收。
二00一年九月,納莉(Nari)台風來襲前,馬表示“台北市已做好萬全防台準備”,不料因為玉成抽水站設置於機房外的冷卻係統被水淹沒而自動停機,造成台北史無前例的大淹水,奪走了三十多條人命,捷運也因為淹水而停駛,財產損失估計達上百億元。
二00五年二月,馬宣布參選黨主席,同年七月,他擊敗了王金平。馬隨即進一步開放黨員直選中常委,並推動“政黨人事精簡案”。馬創建了國民黨青年團,從在校青年中遴選出青年團總團長,從社會青年中遴選出青工會總會長。
二00七年二月,馬因特別費案而辭去黨主席,由副主席吳伯雄當選接任。
二00八年
三月,馬參選總統,以近七千六百六十五萬票、百分之五十八點四五的得票率擊敗民進黨的謝長廷,當選為台灣第十二任總統,國民黨重新掌執政權,完成第二次政黨輪替。馬的重要政見之一是有別於蔣經國“不接觸、不談判、不妥協”“三大政策”的“新三大政策”“不統、不獨、不武”。他堅持在中華民國憲法架構下維持“九二共識”後的台海現狀,即“一中各表”,堅決反對中共所提出的“一國兩製”,稱兩岸關係是一種特別的關係,不過“不是兩個中國”,“不是國與國的關係”。在就職演說裏,馬說:“英九雖然不是在台灣出生,但台灣是我成長的故鄉,是我親人埋骨的所在。我尤其感念台灣社會對我這樣一個戰後新移民的包容之義、栽培之恩與擁抱之情。我義無反顧,別無懸念,隻有勇往直前,全力以赴!”在競選期間,馬作出“馬上好”的承諾,提出了“六三三”計劃:年平均經濟增長率超過百分之六,失業率控製在百分之三以下,二0一六年人均收入超過三萬美元。不料他剛上任便趕上了全球金融危機。為了振興經濟,馬政府於二00九年初舉債八百五十八億元,並發放了消費券。為了增加台灣就業機會,馬推出鼓勵大陸台商回台投資的“鮭魚返鄉”政策。然而,頂新集團回台後被爆出潲水油(泔水油)和炒作地皮等負麵新聞,使這項政策飽受爭議。到馬的第一任期結束時,台灣平均經濟增長率僅百分之一點七三,別說達不到百分之六的預定目標,離前任陳水扁執政期間的平均百分之四點八七還有好長一段距離。
五月,蔡英文從謝長廷手中接下第十二任黨主席職務,成為民進黨創黨以來首位女性黨主席。同月,行政院召開新內閣上任後的首次院會,會上通過“加強地方建設,擴大內需方案”、“周末包機及大陸觀光客來台方案”和“當前物價穩定方案”等重大政策決議案。同月,海基會董事長江丙坤率領代表團到達北京,進行“兩岸互信協商之旅”,重啟自一九九九年李登輝的“兩國論”後中斷九年的兩會協商機製。
七月,行政院成立組織改造推動小組,陸續實施“政府再造”,截至二0一六年五月馬政府解散前,完成組織改造的部會有:文化建設委員會升格為文化部,衛生署升格為衛生福利部,勞工委員會升格為勞動部和國家科學委員會升格為科技部等。
十月,國民年金正式開辦,所有二十五歲至六十五歲、非軍公教、勞、農加保者的國民均強製納保。同月,美國國務院宣布近年來最大規模的對台軍售,包括愛國者(Patriot)三型防空導彈、阿帕契(Apache)攻擊直升機、魚叉(Harpoon)反艦潛射導彈和標槍(Javelin)反裝甲導彈等,總金額為美元六十四億六千三百萬元。同月,“一0二五反黑心顧台灣”大遊行於台北舉行,估計有六十萬人上街表達對馬及其政府在兩岸、經濟和食品衛生等方麵施政的不滿。
十一月,第二次江陳會談在台北圓山飯店舉行,就兩岸空運直航、海運直航、通郵和食品安全四大議題展開協商並簽署了協議。為抗議第二次江陳會,爆發了野草莓運動。同月,民進黨為抗議陳雲林來台的“嗆馬圍陳”行動估計有十萬多人參加,部分抗議民眾遊行結束後轉往圓山飯店附近抗議,與警方爆發了近十年來最嚴重的警民流血衝突。同月,行政院主計處公布第三季經濟成長率為百分之負一點0二,創近七年來最大的衰退幅度。
十二月,第二次江陳會談四項協議在未經立法院決議的情況下生效,台海兩岸正式開始直接通商、通航、通郵,達成台灣與大陸間的全麵三通。
二00九年
一月,總統府因共諜案遭台北地檢署搜索,涉案的總統府專門委員王仁炳和前國會助理陳品仁被台北地方法院裁定收押禁見。同月,司法院大法官認定“羈押法”規定看守所對羈押被告與律師會見時全程錄音、錄影並可作為呈堂證供屬違憲行為。
二月,財政部公布上月出口一億二千三百七十萬美元、進口八千九百七十萬美元,分別較去年同月減少百分之四十四點一和百分之五十六點五,創下史上最大減幅,其中出口值連續五個月呈現衰退。同月,國道六號全線通車。
四月,江丙坤與陳雲林在南京舉行第三次會談,雙方就兩岸空中定期航班、金融合作、共同打擊犯罪及司法互助達成三項協議。
五月,民進黨與多個民間社團於台北和高雄同步舉行“嗆馬保台”大遊行,表達對馬政府的兩岸、經濟和人權政策的不滿,合計約有三十萬人參與。同月,衛生署長葉金川率領中華台北代表團以觀察員身分參加在瑞士日內瓦召開的第六十二屆世界衛生大會,這是中華民國睽違三十八年後首次參加聯合國外圍組織的活動。
六月,在薩爾瓦多卸任總統薩卡(A.Saca)舉辦的國宴上,馬與時任美國國務卿克林頓(H.Clinton)會麵,這是台美三十一年來最高級別的對話。同月,馬宣布將參加下屆黨主席競選。同月,立法院通過“再生能源發展條例”。
九月,馬的首任行政院院長劉兆玄宣布負起八八水災(二00九年八月六—十日期間,台風莫拉克(Morakot)挾帶的破紀錄的降雨量在台灣中部、南部及東南部造成嚴重水災,導致六百八十一人死亡,十八人失蹤)的政治責任,內閣總辭。這是因天災而內閣總辭的首例。接任院長吳敦義是馬政府任內任期最長的行政院院長。
十月,馬參選第六任黨主席選舉並獲勝。他立即重拳打擊黑金政治,弱化國民黨中常委權力,與地方派係強行切割,迫使黨政軍退出媒體和校園。
十二月,第四次江陳會在台中舉行,進行了關於簽訂“海峽兩岸經濟合作框架協議”(ECFA)的談判。
二0一0年
一月,美國國防部宣布對台軍售計劃,擬出售台灣六十架UH-60黑鷹(Black Hawk)直升機、一百十四套愛國者三型導彈、兩艘鶚級(Osprey-class)掃雷艦和十二套魚叉反艦導彈等,總金額約六十四億美元。
四月,行政院開始“加強取締偽劣假藥及非法廣播電台”,清除非法電台及違規廣告,淨化視聽環境。非法廣播電台在二0一0年時有一百九十家,到二0一四年時已徹底消失。同月,馬與民進黨主席蔡英文首次就“海峽兩岸經濟合作架構協議”議題進行電視辯論。
六月,在重慶舉行第五次江陳會談,正式簽署了“海峽兩岸經濟合作架構協議”。
十一月,五都市長及市議員選舉,國民黨籍郝龍斌、朱立倫和胡誌強以及民進黨籍賴清德和陳菊分別當選為台北、新北、台中、台南和高雄市市長。
十二月,第六次江陳會談在台北舉行,會上簽署了“兩岸醫藥衛生合作協議”。
馬政府從二0一0年起開始推動四大智能產業(雲運算、智慧電動車、智慧綠建築和發明專利產業化)、六大新興產業(生物科技、觀光旅遊、綠色能源、醫療照護、精致農業和文化創意)以及十大重點服務業(數位內容、流行音樂、美食國際化、國際醫療、會展、WiMax(無線寬頻服務)、國際物流、高科技及創新產業籌資中心 (金融)、華文電子商務和高等教育輸出)等政策。
二0一一年
四月,國民黨提名馬競選連任總統(馬在六月宣布行政院長吳敦義為其競選連任的副手)。同月,民進黨總統初選由黨主席蔡英文勝出,成為台灣第一位女性總統候選人。
六月,陸客自由行正式啟動,大陸方麵先行開放北京、上海和廈門三個城市的居民赴台觀光,實際核準來台人數則由台灣方麵視市場供需調整。
八月,蔡英文表示兩岸並不存在所謂的“九二共識”,而將推動“台灣共識”。
九月,蔡英文宣布其副手人選為民進黨秘書長蘇嘉全。
十二月,由六家媒體共同舉辦二0一二總統大選第一場電視辯論,馬英九、蔡英文和宋楚瑜三位候選人就外交、兩岸和經濟民生等諸多議題進行辯論。同月,五都升格正式實施,此乃一九五0年以來台灣地方製度的最大變革。其後,桃園縣於二0一一年被賦予“準直轄市”地位,二0一四年底正式升格為直轄市,為台灣的第六都。
馬推動黨務改革,在二0一一年開始實施國民黨黨務幹部公開招考,為國民黨注入新血。馬在國家發展研究院下設青年發展委員會,將青年團歸屬國發院,文化傳播委員會增設國際事務部,並擴大了新媒體部的功能與編製。
二0一二年
一月,馬以六百八十九萬多票、百分之五十一點六的得票率擊敗了民進黨的蔡英文以及親民黨的宋楚瑜,成功連任第十三任總統。
二月,第八屆立法院由國民黨籍王金平和洪秀柱分別當選為院長和副院長。王金平至此連任了五屆立法院院長,而洪秀柱成為第一位女性立法院副院長。
三月,台北市政府出動上千名警力強製拆除不願參與都市更新的士林王家,成為台灣首件政府強拆仍有住戶的民宅的都市更新案。
五月,民進黨舉行第十四屆黨主席選舉,前行政院長蘇貞昌以百分之五十點四七的得票率從五位候選人中勝出。
九月,為了宣示台灣對釣魚島列嶼的主權,馬一行首度登上距釣魚島約一百四十公裏的彭佳嶼慰問島上官兵,並與駐紮在東沙與南沙的海巡署部隊連線視頻。同月,總統府公布兩岸、外交及國安人事調整,由王鬱琦出任陸委會主委、林中森接任海基會董事長。同月,以宜蘭南方澳漁民為主的百艘台灣漁船前往釣魚島列嶼海域宣示漁權,隨行護衛的十二艘海巡署艦艇與日本海上保安廳的艦艇以互噴水柱對峙。其間台灣船隻距離釣魚島本島最近處僅二點一海浬。
十月,海軍大氣海洋局前政戰處長張祉鑫中校和其他七名退伍軍官疑因在大陸時被中共吸收,將有關潛艇作戰的機密的氣象水文資料泄漏給共軍。涉案軍官遭軍法機關逮捕與起訴(張祉鑫被判十五年徒刑,服刑過半後獲假釋)。
二0一三年
一月,在增加保費、減少疾病支付金額等方案因民意洶洶而被否定之後,馬推出年金改革方案,目標在逐步延後退休年齡、減少退休軍公教人員的百分之十八的優惠存款、未來的退休所得不超過現職所得的百分之八十等,這些舉措重創了國民黨的“鐵票倉”。接替吳敦義就任行政院院長的陳衝請辭,由江宜樺接任。同月,為了表達對馬政府施政失當的不滿,民進黨在台北舉行“人民火大,一路嗆馬”遊行,約有二十萬人上街。
二月,國民黨榮譽主席連戰在北京會見了習近平。
三月,由綠色行動公民聯盟等一百五十個民間團體共同發起反核遊行,在台北、台中、高雄和台東串連反核,估計約有二十二萬人參加。
四月,台灣與日本在台北簽署“台日漁業協議”,就兩國重疊的專屬經濟海域的漁業作業安排達成漁業資源共享的共識。
七月,發生“洪仲丘事件”(義務役士官洪仲丘預定於二0一三年七月六日退伍,卻在七月四日死亡,由於死者生前疑似遭霸淩、虐待而引發社會輿論關注),促使民間團體發起“白衫軍運動”,要求政府重視軍中人權,促進國軍製度改革。
八月,立法院通過“軍事審判法”修正案,規定非戰時現役軍人犯刑法之罪將由普通法院偵審。國防部憲兵指揮部隨即執行“日新專案”,由武裝憲兵配合各地警政單位戒護,將二百七十多名犯罪軍人(含三位中將和兩位少將)分十一個戒護隊送至十一個地區的一般司法監獄。
九月,馬借立法院院長王金平赴馬來西亞參加女兒婚禮之際,突然宣布掌握了王金平為民進黨立委柯建銘“關說”(向法院打招呼)的證據,開除了王金平的國民黨黨籍。同月,台北地方法院裁準王金平繼續保留行使國民黨黨員權利的申請。同月,台灣高等法院裁定駁回國民黨的抗告,王金平得以繼續保有黨籍和立法院院長身份。一貫強調捍衛司法正義的馬的民調滿意度因此跌至百分之十以下,創曆任台灣總統民調的倒數第一。《聯合報》的一個調查顯示,隻有不到兩成民眾認為馬是在捍衛“司法正義”,超過六成的人將之視為國民黨的內鬥。同月,立法院民進黨黨團揭露特偵組在一段時間裏監聽立法院總機。王金平表示:“監聽國會在民主國家是不可思議的事情”。
二0一四年
三月十八日,大批要求逐條審查“海峽兩岸服務貿易協議”,反對兩岸經濟整合的大學生從立法院側門進入院區,並占領議場及主席台,太陽花學運由此發生。二十三日,示威學生由立法院移至行政院,他們翻越圍牆與拒馬,進入行政院院區並占領大樓,同時黑色島國青年陣線呼籲群眾前往支援。二十四日淩晨,警方動用特勤與保警,以鎮暴水車、警棍與盾牌等驅離在前一天晚間占領行政院大樓的學生。根據警政署的統計,有五十五名學生及一百十九名警員受傷送醫。二十八日,馬與十一所大學的校長座談,就學生運動交換意見,並盼與會大學校長能協助政府建立溝通平台,讓大家以理性與和平的方式解決問題。三十日,大批群眾聚集於凱達格蘭大道並提出包括“退回服貿,先立法(兩岸監督條例)再審查”在內的四項訴求。黑色島國青年陣線表示共有五十萬群眾參與了此場集會。四月六日,王金平到立法院與太陽花學運學生會麵,同意學生“先立法再審查”的訴求。四月十日,為時二十四天的“占領立法院”行動結束。馬政府最後擱置了“兩岸服務貿易協議”。