作為一位科學打假人士，方舟子強調理性、事實和科學的原則。他的許多觀點源於對科學思維和邏輯的崇尚。這種背景，讓他非常注重政治家在政策製定上的科學依據，以及對科學事實的尊重。
川普在任期間對氣候變化的否定、反對疫苗政策和疫情處理上的種種爭議，使方舟子感到川普的領導方式與科學背道而馳。川普曾公開表示不相信氣候變化，並多次抨擊氣候變化科學家，認為氣候變化是“騙局”或者“自然現象”。這一立場引發了大量科學界人士的反對，因為氣候變化問題是全球科學家廣泛認同的事實和嚴重問題。方舟子作為長期宣傳科學理性的人，自然不可能對這種違背科學常識的言論和政策無動於衷。
此外，川普在應對新冠疫情上的表現也遭到了方舟子的強烈批評。川普在疫情初期，淡化病毒的嚴重性，推行無科學依據的治療方案（如氯喹），還曾聲稱可以通過“注射消毒劑”來治療病毒。這些言論和舉動不僅讓全球醫學界感到震驚，也讓方舟子進一步堅決反對川普的當選，認為他無視科學的態度對公眾健康構成了威脅。
從這個角度來看，方舟子的反對有其客觀的基礎。他認為川普的言行和政策與科學不符，尤其是在應對氣候變化和新冠疫情時嚴重違反科學原則，給美國和世界帶來了實質性的危害。因此，方舟子的反對，可以被視為基於科學理性分析，而非單純的個人成見。
方舟子不僅反對川普的政策，還多次公開批評他的個人品質。方舟子曾指出，川普經常發表不負責任的言論，且言行自相矛盾，缺乏作為領導者應有的誠信和智慧。
川普在競選和執政期間，屢次涉及種族主義、性別歧視以及其他形式的爭議性言論。無論是“讓美國再次偉大”的口號背後的排外主義傾向，還是公開嘲笑殘疾記者，抑或是在關於移民的政策上，采用強硬和不人道的手段，都讓人感到他的領導風格缺乏基本的道德準則。方舟子一向崇尚自由主義和人文主義的價值觀，認為領導者應該體現出對所有公民的尊重和包容。因此，川普的這些行為和言論令方舟子對其非常反感。
方舟子特別指出，川普的自大與虛偽使其無法成為合格的領導者。川普在許多公開場合自吹自擂，不斷強調自己的成就，甚至在疫情期間自稱“天才”，這些言行與方舟子一貫強調的誠實和謙遜的品質形成強烈對比。可以說，方舟子在批評川普時，不僅是在從政治和政策角度出發，更多的是對川普個性與領導能力的整體質疑。
然而，值得思考的是，方舟子是否在此問題上融入了個人成見。作為科普作家，方舟子有時在與他人交鋒時會表現出某種“打假鬥士”的極端傾向，也曾因其對某些問題的強硬立場引發爭議。川普的極端和不拘一格的性格，某種程度上引發了方舟子的極端反感。方舟子作為一位打假鬥士，常常以強硬的態度對待自己認定為錯誤的人和事。這種極端態度可能讓他的批評顯得過於情緒化，特別是在涉及川普這種爭議性極大的政治人物時。
比如，方舟子在批評川普時，常常使用一些尖銳甚至帶有貶義的詞匯，譬如“騙子”、“無恥”等。這些詞匯在某種程度上，反映了他對川普的強烈厭惡，而不僅僅是理性分析川普的政策。批評者可能認為，方舟子的言辭有時過於偏激，缺乏應有的客觀性，一定程度上影響了他作為一名科普作家的公信力。
另外，方舟子對川普的反感，也可能與他對美國政治製度的某種失望有關。方舟子被迫離開中國後，長期居住在美國，對美國的政治文化，有較為深入的了解。他可能認為，川普的當選標誌著美國政治的某種退化，尤其是反智主義的抬頭，這與方舟子本人一貫強調的知識和理性格格不入。這種情緒化的反應，可能摻雜了他對整個政治環境的不滿，而不僅僅是對川普個人的反對。
總的來說，方舟子對川普的反對態度，既有理性分析的成分，也可能夾雜了一些個人成見。從科學理性的角度看，川普在氣候變化、疫情應對、疫苗政策等重大問題上的表現，確實違背了科學常識，方舟子作為科學倡導者，有理由堅決反對。然而，在批評川普個人特質和道德品質時，方舟子的一些言辭顯得過於情緒化，在旗幟鮮明地“反川普”時，既有責任感，也夾雜了個人感情，超出了理性批評的範疇。
