咀嚼過程中，口腔裏的微生物會跟食物混合在一起，通過食道後很快進入胃。食物在胃裏跟胃液再次混合，pH值極低的胃酸可以殺死食物中的細菌和病毒。但是，並不是所有微生物都會被殺死，有些耐酸的微生物還長期生活在胃裏，如著名的幽門螺旋杆菌。這種菌是引起胃炎的一種細菌，澳大利亞的兩位科學家因發現這種菌和胃炎之間的相關性獲得了諾貝爾獎。
一般胃部不舒服的話，很多醫生都會建議病人去做一個幽門螺旋杆菌檢測，看看是不是這個菌感染引起的。胃裏的細菌除了幽門螺旋杆菌之外，還有其它的耐酸的細菌，據估計，每毫升胃液中平均隻有數千到數萬個，明顯要比口腔裏少的多。很多人認為胃酸會將進入胃裏的微生物全部殺死，實際上一些微生物進化出了不同的應對策略來適應或者躲過胃酸，經過胃酸消化後，微生物並沒有被完全殺死，隻是數量減少非常明顯，仍有一些細菌苟延殘喘的存活在胃容物中，這些殘存的微生物實際上是腸道微生物的主要來源。
我都懷疑，很多可以活著穿過胃的微生物，是我們的胃有意“放水”，特別是一些有益菌，我們的胃能夠識別它們並發送特殊的通行證，好讓它們能夠進入腸道開展工作。
進入胃部的食物大約需要4小時左右才能進入小腸。消化道中最長的部分就是小腸，分為十二指腸、空腸、回腸三個部分，大約有6-7米長。一些細菌在離開胃後數量就變得很少了，那些好不容易躲過胃酸的細菌們，進入小腸後會在短時間內通過細胞分裂的方式指數級繁殖，數量急劇增多。
緊鄰胃的部位是十二指腸，在十二指腸上的開口處，肝髒分泌的膽汗和胰腺分泌的胰液會排泄到十二指腸內，與胃裏出來的食物混合。胰液含碳酸氫鹽和多種消化酶，可以分解碳水化合物、脂肪和蛋白質三種食物成分，是消化力最強的消化液。胰液的pH值為7.8～8.4，是呈堿性的液體，正好跟呈酸性的胃裏出來的食物中和一下，恢複中性的pH值，避免把腸道給傷到。
據估計，正常成人每日分泌量為1-2L，相當於三四瓶礦泉水的量。胰液中的碳酸氫鹽是主要中和進入十二指腸的胃酸的，避免了強酸把腸粘膜給腐蝕掉，剩餘的碳酸氫鹽可以繼續維持小腸的堿性環境，促進小腸內多種消化酶的活性。
膽汁的主要成分有膽鹽、膽固醇、卵磷脂（磷脂酰膽堿）和膽色素等，主要作用是促進脂肪的分解和吸收，但是裏麵卻不含消化酶。一個很有意思的現象，成年人體每天生成的膽汁量約為500～1000mL，其中75%的膽汁不是膽分泌的，而是肝細胞分泌的，俗話說“肝膽相照”，就十分形象的形容了它們之間的這種親密關係。
膽汁裏的膽鹽，除了促進脂肪及脂溶性維生素A、D、E、K的消化和吸收，還具有很強的抑製腸道細菌生長的作用。那些不怕胃酸的細菌進入小腸後也會再一次被膽汁絞殺，這時，絕大多數的細菌會再次被消滅掉。即使經過了胃酸和膽汁的兩輪絞殺，小腸中的細菌數量還能達到每毫升約數萬到數十萬個數量級，明顯高於胃裏的微生物數量。
小腸內的細菌主要是擬杆菌、乳杆菌和鏈球菌等。由於小腸內壁有大量的環形皺襞，表麵又有很多絨毛狀的突起，網球場大小的小腸表麵積可以容納的細菌數量和種類至今仍不算很明確，再加上小腸部位很難取樣，所以，我們對小腸裏內微生物的了解並不多。從十二指腸到回腸，隨著離胃距離越來越遠，酸性也越來越弱，躲過了酸和堿的洗禮，經過一段時間的繁殖後，細菌數量也在逐漸增加，到回腸末端，細菌數量達到每毫升約數百萬到數億個數量級，是小腸的幾百倍了。
在小腸中沒有被消化和吸收的食物殘渣會進入大腸，每天大約有 600mL，比一瓶礦泉水多一點。大腸隻有 1.5 米，形狀很像“門”字，從大腸入口（“門”字的左下角）開始依次分為升結腸、橫結腸、降結腸、乙狀結腸和直腸。與小腸相比，大腸的功能要單一得多，其主要功能是負責製造並儲存大便。大腸不停的蠕動，目的就是把那600mL的稀粥樣的食物殘渣製作成“香腸”狀的大便。這個過程簡單來說就是隨著食物殘渣向前蠕動，大腸要逐一檢測裏麵的成分，把有用的東西回收回來，避免浪費，逐步吸收裏麵的水分和礦物質，並且還要把人體排泄出的多餘的鎂、鈣和鐵等物質揉進去。製作大便的整個過程比較緩慢，需要12到48小時。
破腹產，就無法被接種，隻能經由食物。