在藏傳佛教四大派係中，格魯派是最大的教派。早在十六世紀中葉，格魯派就已經傳遍了西藏各地，僅僧人人數就占全藏人口的四分之一。
而達賴和班禪同屬藏傳佛教格魯派創始人，宗喀巴的兩個大弟子傳承下來的兩個活佛轉世係統，是同一個教派中的兩個最高的精神領袖，並且在曆史上兩個人一直是互為師徒關係。所以，多年來他們之間的關係不僅相安無事，而且在各自政教事務中相互還多有支持和幫助。
因此，在廣袤的藏族地區一直有“天上的太陽、月亮，地上的達賴、班禪”的民諺。表達了西藏廣大僧俗民眾期望達賴、班禪之間和諧、溶洽的美好祝願。
所不同的是達賴的名號的產生較班禪的名號產生早六十多年，而他們的正式封號又都是在清朝之後。
達賴喇嘛的封號是在1653年清朝順治皇帝的時候；而班禪喇嘛的封號是在1713年康熙皇帝的時候。由於產生的年代有先有後，所以轉世次數也有多少的不同。
截至目前為止，達賴喇嘛係統已經轉世到了十四世，班禪喇嘛係統也已經轉到了十一世。
早在明朝後期，由於西藏地方勢力處在分裂的狀態下，互相爭奪權利，在一些別有用心的頭領挑唆下，當時統治西藏的蒙古部拉藏汗曾經悍然宣布了不許達賴喇嘛係統繼續轉世的決定。
為此，班禪羅桑曲吉堅讚還借為拉藏汗治病的機會，說服了拉藏汗，使他收回了不準達賴係統轉世的成命。
1616年四世達賴雲丹嘉措去世。在達賴職務空缺期間，羅桑卻吉堅讚又義不容辭的前往拉薩，擔任了代理空缺的達賴喇嘛和職務，主持了政教事務。
也是在這期間羅桑卻吉堅讚還負責尋訪到了四世達賴喇嘛賴雲丹嘉措的轉世靈童。也正是尋訪到了這個轉世靈童後，才保證了達賴喇嘛係統得以正常延續，並沒有因拉藏汗的幹預而中斷。
曆史有時候具有很大的偶然性。當時如果拉藏汗堅持不許達賴喇嘛係統繼續轉世，西藏後來的曆史也許會完全改寫。從這個意義上來說羅桑卻吉堅讚對於達賴係統的活佛轉世功不可沒。也正是羅桑卻吉堅讚在尋訪到靈童之後，又親自擔任了靈童的老師，才使五世達賴喇嘛成功的登上了曆史舞台。
當然，拉藏汗絕對沒有料到，自己當初同意尋找達賴喇嘛的轉世靈童，會給自己帶來什麽結局。1641年，明崇禎14年，五世達賴和羅桑卻吉堅讚一起，將另一支蒙古勢力引入西藏，一舉消滅了拉藏汗。
1653年，清朝順治皇帝正式冊封阿旺羅桑嘉措為五世達賴，阿旺羅桑嘉措由此又成西藏政教的最高統治者。在這個期間，可以說是達賴喇嘛與班禪喇嘛之間關係最為融洽的時期。
由於達賴喇嘛和班禪是兩個平行互不隸屬的係統，在長期發展中產生一些磨擦是正常的。但是這種磨擦一旦被人利用後，就可能釀成矛盾甚至是衝突。
而這種矛盾和衝突最初的顯現，是在十三世達賴喇嘛和九世班禪喇嘛個人之間表現出來的。
九世班禪卻吉尼瑪，於1883年(清光緒九年藏曆第十五個繞迥之水羊年)正月十二日誕生在前藏的塔布噶廈地方。他的家境十分貧苦，母親丹曲措姆，是個啞巴，給—家貴族放牧牛羊。他的一個弟弟出家當了僧人。
卻吉尼瑪被認定班禪轉世靈童前，由外祖父家撫養，被認定後，他的母親出家當了尼姑。
1888年 (藏曆土鼠年)正月十五日，在布達拉宮舉行九世班禪靈童金瓶掣簽儀式時，結果從3名靈童中，選定了卻吉尼瑪。
當天卻吉尼瑪就拜十三世達賴為師。十三世達賴喇嘛還親自為他剪了發，取了法名為吉尊·洛桑卻吉尼瑪·格勒朗傑巴桑布(簡稱卻吉尼瑪)。自此之後 ，達賴喇嘛與班禪喇嘛之間一直以師徒相稱，而且互相交往甚密。
他們之間後來出現不和的原因，有人認為：是因為一次九世班禪到拉薩拜見老師十三世達賴時，由於所帶的儀仗隊在經過布達拉宮時，居然還敢擊鼓奏樂。所以讓十三世達賴喇嘛十分反感。認為：班禪在師傅門前擊鼓是一種妄自尊大。為此，十三世達賴還罰了班禪1500兩白銀。
在這件事情上，明顯的是顯示了班禪的年幼無知，失禮在前。所以在班禪甘願受罰之後，十三世達賴喇嘛再也沒有提過此事。
而且在1902年，九世班禪在受比丘戒時。當時已經地位顯赫十三世達賴喇嘛又欣然的擔任了班禪受比丘戒的主持，給了班禪以無比的榮耀。所以，有人說：達賴和班禪之間的結怨從那次鼓樂事件後就開始了，這種說法並不準確。
應該說他們二人之間的矛盾是起源是在後來抗英以失敗之後。由於抗英失敗，十三世達賴私自逃出西藏，當時昏庸的清廷駐藏大臣聯豫，假皇帝的名義取消了十三世達賴封號，並擅自把九世班禪卻吉尼瑪迎入拉薩，意欲讓班禪出任攝政，而取代出走的十三世達賴喇嘛。
在這一方麵，九世班禪是一位很有政治遠見的人，他知道在這種事情上，如果自己稍有不慎，就會傷害自己和達賴喇嘛之間的感情。
他考慮到由他代理達賴的職權，隻能造成達賴和他本人之間的猜疑，影響西
藏內部的團結，不利於抗英保國的鬥爭。因此，他沒有接受這個旨意。
雖然班禪喇嘛堅持不就代理達賴喇嘛的職位，但聯豫的這個指令無疑是把班禪推上了與達賴對立的台麵上來了。在這種情況下，即使達賴喇嘛不怪罪他，也不可能不不防備他。
事實上正是聯豫這個錯誤的決定，給英國人創造了一個在達賴和班禪之間挑撥離間機會。於是英國人乘十三世達賴喇嘛私自離開西藏之後，馬上又以在印度召開佛事會議為名，突然邀請班禪去印度參加一個法會。
誰都看出來了這是英國人耍的一種手腕，妄圖當麵抬舉班禪喇嘛，實際是用班禪來打壓達賴喇嘛。所以班禪當即借口政教事務繁忙，再三加以謝絕。
但當時英印代表鄂康諾以若拒絕赴印，即表明“英藏關係失和，將重新開戰”相威脅。
在這種情況下，九世班禪迫於無奈，又借口回絕說：“我往印度不難，但須稟陳欽憲，奏知大皇帝殊批照準，方可起程，否則實在難以從命。”
腐敗無能的清政府明知這是英國人設的圈套，但又不敢得罪英國人，居然答應了英國人的要求，所以英國官員馬上回複班禪說：“該國有信，如果屆時不到，所產生後果均由你來承擔，請細思之……”。
為顧全大局，班禪還是稟報朝廷後，於10月12日啟程前往印度。。
九世班禪到印度後，英國人還特別安排一次九世班禪拜見英皇太子禮儀，堅持要求班禪對英皇太子施跪拜禮，企圖達到把英、藏關係變成一種君臣關係的事實。
九世班禪當然看出了英國人的這種目的，因此堅持不從，當稱：“我隻在大皇帝前跪拜，其餘不行。”
英國人見此情況，也不好強迫，隻好仍行執手常禮。
為此，班禪在印度期間處處小心謹慎，堅持隻參加佛事活動，絕不談論政治，並在佛事活動結束後，立即於當月初返回了西藏，讓英國人枉費了一番“苦心”。
班禪在印度表現出的不卑不亢，不僅維護了自己的國格，而且也維護了民族的尊嚴，受到國內外的廣泛稱讚。
盡管是這樣，班禪的這次出訪，還是加重了達賴喇嘛對他的防範。
在1909年，十三世達賴喇嘛為躲避清兵的追捕，出走印度時，達賴又要求九世班禪與他團結一致，一道出走。
班禪當時已經看出十三世達賴喇嘛已經陷入了英國人設下的圈套，就沒有答應他的要求，這就使達賴喇嘛更加惱怒，而且兩人之間的隔閡越來越深。
按貫例達賴喇嘛在拉薩的噶夏政府與在日喀則的班禪堪布會議廳，是兩互不隸屬的兩個平行機構，同屬朝廷駐藏大臣管轄。
清朝滅亡後，拉薩的噶廈地方政府趁當時西藏沒有了駐藏大臣之機，單方改變了原來的互不隸屬的關係，強迫班禪堪布廳服從達賴喇嘛的領導。同時向班禪喇嘛管轄區派糧、款，征稅、征兵。
班禪堪布會議廳堅持應該依照舊例，互不隸屬。並提出：雖然清政府已經不存在了，但所有改變也要經過中央政府批準方可執行。為此雙方由爭執開始，演變出了許多矛盾，並漸加激化。
1915年開始，十三世達賴又在後藏日喀則設立基宗(相當於內地的行政公署)，任命了二個人為基宗本。基宗本的權利很大，不僅侵犯了班禪的固有權利，還開始直接攤派各種賦稅，其條件之尖刻，更難讓班禪接受。
為此，於1916年春九世班禪給十三世達賴喇嘛寫信，信中申述了劄什倫布寺的困難，並要求親自到拉薩與達賴喇嘛麵談。
而這時十三世達賴喇嘛卻故意搪托，推說政務繁忙邀第二年見麵。
於是九世班禪隻好又等待了一年。
一年後，班禪來到了拉薩後，十三世達賴喇嘛對班禪的到來表現十分冷漠，
使班禪在感情上受到了很大的傷害。
大約在1923年11月，班禪又幾次派代表赴拉薩向十三世達賴喇嘛說明情
況。而達賴喇嘛竟然未經任何審訊，便把班禪派出幾位僧官投進了監獄。
其實，當時十三世達賴喇嘛這樣做的目的有兩個：其一，就是想借內地戰亂時期，逐步在西藏境內全麵建立起自己的權威。
在這期間，他一方麵削弱了噶夏政府中四名噶倫的權力，在噶倫之前把自己侄子朗頓任命為司倫；另一方麵要把班禪的堪布會議廳置於噶夏政府之下，大大的削弱了班禪的固有權力；
其二，最重要的是十三世達賴喇嘛要想建立屬於自己的一支強大的軍隊，而這支軍隊建立需要巨額的軍費開支，所以必須要從班禪的領地上加大稅收。
於是，十三世達賴喇嘛居然以已經過去兩百來年前的(1791年)西藏與尼伯爾廓爾喀戰爭期間，為了對付廓爾喀軍隊攻占紮會倫布寺，當時的班禪曾墊付了噶夏政府救援軍費總額的四分之一的事件為先例。沒有道理的又強迫班禪補交1888年、1904年兩次抗英戰爭和1912年至1913年與清朝駐藏部隊兩次戰爭，軍費的總支出四分之一軍費。
這對於紮什倫布寺和班禪喇嘛來說，無疑是一個天文數字。
不僅如此，接著達賴喇嘛又通過噶夏政府頒布了《火蛇年法令》。按照這個法令，紮什倫布寺和班禪的領地，不僅要增加賦稅，交納農奴的差役稅、還要接受附加稅等各種名目繁多盤剝。
這時班禪喇嘛已經看出：在這種情況下，要麽如數交納達賴在法令上所羅列數目的稅金；要麽與其對抗。而對抗的結果，會使紮什倫布寺蒙受更大的損失。權思再三，班禪喇嘛覺得隻有自己出走，才可躲過這個欲加的劫難。
後來，恰巧有一名被十三世達賴喇嘛扣押的代表，從拉薩逃回劄什倫布寺，
九世班禪從代表所述說的情況中，知道達賴喇嘛下一步就要對自己動手了。於是九世班禪給達賴喇嘛留下了一封信，在當年11月15日夜晚，他帶著貼身的十五名侍從連夜出逃。
穿越藏北草原，翻越唐古拉山，進入青海藏區。從此班禪就一直在內地開始了十四年的流浪生活。
達賴喇嘛也很快得知班禪喇嘛已經出走的消息，馬上指派兩名孜本(營長)率藏兵去追堵，然而班禪喇嘛一行已經翻越了唐古拉山。
班禪出逃後，達賴喇嘛便乘機派古覺大堪布羅桑丹增取代了班禪，掌管了紮什倫布寺和日喀則地區的政教事務。
班禪一行逃出西藏，經青海、曉行夜宿，直至半年以後才到達蘭州。
到達蘭州後，班禪一行受到了北洋督軍陸洪濤的熱情歡迎。
然後，又從甘肅到達西安。到了內地，這時班禪喇嘛才發現當時的北京政府像走馬上燈的一樣換人，各地軍伐像變戲法一樣的改旗易幟。班禪的心情十分憂慮，所以他一到西安就向全國發表了呼籲停止內戰、團結救國的通電。
在通電中表達了他的愛國愛教的熱情，受到了各界人士的愛戴。
1925年2月九包班禪一行抵達北京後。北洋政府研究決定：按清乾隆接待六世班禪的前例和規格，隆重歡迎班禪到京。
由於當年六世班禪居住過的黃寺年久失修，不適居住，北洋政府又決定中南海瀛台作為班禪行轅，指定蒙藏院總裁貢桑諾爾布等籌辦招待事宜。
同年8月1日段祺瑞臨時政府頒金冊金印，增封班禪“宣誠濟世”；同時批準成立班禪駐北京辦事處。以後又陸續成立駐青海、四川、奉天（沈陽）、綏遠（呼和浩特）辦事處。
1928年南京國民政府成立後，班禪又在南京設立了辦事處。並於1931年10月在南京國民會議上。班禪還發表了“西藏是中國的領土”的講演。此間國民政府還特別向班禪大師頒發了玉冊玉印，並賜予他為“護國宣化廣慧大師”名號。
兩年後，班禪又向國民政府提出解決西藏問題的16條意見，並派人回藏與達賴喇嘛直接交涉返藏事宜，當時十三世達賴喇嘛也表示歡迎班禪回藏。
1935年3月九世班禪提出回藏計劃。國民政府當即撥付經費100萬，建立護送衛隊和護送專使行署。
於是班禪一行取道甘南拉卜楞寺，於年底到達青海玉樹。這時日軍大規模侵占華北，加上此時噶夏政府又突然提出：要九世班禪必需講清當初離開日喀則的原委和所帶財物的數目，這明顯是一種刁難。
為保證九世班禪的人身安全，國民政府令“暫緩返藏”。此間班禪還發表了《告西陲同胞書》，號召藏、蒙人民團結抗日，共赴國難；並親自主持大法會祈禱抗戰勝利。
由於回藏受阻，班禪心情抑鬱；加之長年漂泊，身心交瘁。11月起左肋劇痛，飲食銳減。病中仍時時詢問抗戰消息。不幸於1937年12月1日圓寂於玉樹大寺甲拉頗章宮，享年54歲。
九世班禪的圓寂後，國民政府為表彰九世班禪為維護祖國統一，愛國愛教所做的貢獻，又追贈班禪為“護國宣化廣慧圓覺大師”名號。派特使戴傳賢致祭。
班禪大師法體於1941年迎抵紮什倫布寺並建靈塔祀殿,供奉和紀念。並在祭祀儀式之後，開始尋訪九世班禪轉世靈童。
幾經周折，班禪堪布會議廳終於在青海地方尋找支一名叫官寶慈丹的靈童。噶夏政府為抵製班禪堪布廳尋找的靈童，又提出了兩名幼童，作為靈童與班禪堪布會義廳進行抗衡。
班禪堪布會議廳認為：官寶慈丹靈慧異常，聰明過人，並已經過當時十四世達賴的經師和當時的攝政熱振活佛打卦，以及降神、占卜，又能正確選取九世班禪所使用過的物品等，沒有必要再與另外兩名幼童再舉行金瓶掣簽儀式了，於是將情況如實呈報了國民政府行政院。
無奈不久之後，當時攝政熱振活佛已被代理攝政達劄.阿旺鬆繞暗害，噶廈政府一夥分裂主義分子在達劄.阿旺鬆繞的操縱下，又召開會議不僅不承認官寶慈丹為班禪喇嘛的靈童，還公然做出廢除班禪名號，不準轉世的決定。噶夏政府這一決定，理所當然的激起了藏族眾多僧人的反對。
在這種情況下，班禪堪布會議廳又派專人向國民黨政府請求命令免於掣簽。當時正是解放戰爭後期，國民黨政府已由南京遷至廣州，雖然國民黨已準備退居台灣；但還是批準了官寶慈丹為九世班禪的轉世靈童，並決定在紮什倫布寺舉行了坐床大典，同時致電噶夏政府。但噶夏政府故意拖延，遲遲不複。
經國民政府再三催促，噶夏政府又刁難說：班禪坐床大典應在拉薩舉行，並不準帶兵護送。
在這種情況下，為確保班禪的人身安全，國民黨政府於當年 6 月 3 日在廣州明令公布：準予青海的官寶慈丹為九世班禪的轉世靈童，可於青海塔爾寺舉行坐床大典。
於是，在1949年8月10日上午11時，第十世班禪坐床典禮正式在塔爾寺普觀文殊殿前大講經院隆重舉行。由蒙藏委員會長關吉玉和馬步芳代辦馬繼融廳長會同主持。關吉玉代表總統宣讀明令，頒賜禮品，由班禪敬謹接受。
據報載當時的情景：是時風日晴和，人天歡暢。到有青省府官員及蒙藏各大活佛暨青、康、甘千百戶、頭人等共五千餘人。儀式莊嚴肅穆。
至下午三時典禮歡成，同深讚歎。”終於尋訪和認定了第九世班禪的合法繼承人，他就是第十世班禪爾德尼·確吉堅讚。
新中國成立後，十世班禪立即給毛澤東、朱德致電祝賀。１９５０年１月，班禪及堪布會議廳又致電中央人民政府，“謹代表西藏人民，恭請速發義師，解放西藏，肅清反動分子，驅逐在藏帝國主義勢力，鞏固西南國防，解放西藏人民。”旗幟鮮明地擁護中央人民政府。
中央人民政府亦對十世班禪十分尊重，在西藏和平解放談判時日確定後，特邀他也赴京。
當中央政府提出和平解放西藏的談判，班禪也應該作為一方參加時，居然受到了噶夏政府所派的代表反對。
對於過去噶夏政府對班禪各種阻撓和無端的指責，由於當時十四達賴還沒有親政，在攝政達劄的操縱下可以理解；可在和平解放西藏談判的時候，十四世達賴喇嘛已經親政了，為什麽還會出現這種情況呢？
所以，在談判過程中，中央政府堅持班禪的問題必須納入談判的範疇，並向噶夏政府的代表出示了十世班禪的封冊和印鑒後，加上當時西藏地方政府的首席代表阿沛·阿旺晉美做了大量的工作，才使談判沒有陷入僵局。
1952年4月28日，十四世達賴喇嘛-丹增嘉措與十世班禪額爾德尼·確吉堅讚在布達拉宮日光殿會見，雙方交換哈達、行碰頭禮。經過二十多年後，在中央人民政府多次協調下，在十四世達賴喇嘛和十世班禪喇嘛時期，達賴和班禪兩人的關係，才在表麵上恢複了正常。
但沒想到，在不久之後，他們兩個人又分道揚鑣了……
