周恩來說：“我生平有兩件事深感遺憾，其中之一就是馬思聰五十多歲背井離鄉到國外去。我很難過！”
1966年馬思聰在文化大革命中受迫害。1967年1月15日與女兒馬瑞雪、夫人王慕理、兒子馬如龍乘“002”號電動拖船偷渡香港。1967年4月12日美國國務院公布：北京中央音樂學院院長馬思聰逃出中國大陸，來此避難。馬思聰同夫人及兩個孩子，一起被批準避難。
此後不久，馬思聰在紐約公開露麵，在寓所接待外國記者，發表了題為《我為什麽逃離中國——關於“文化大革命”的可怕真相》的講話。原文如下：
“我是音樂家。我珍惜恬靜、和平的生活，需要適宜工作的環境。況且我作為一個中國人，非常熱愛和尊敬自己的祖國和人民。當然，我個人所遭受的一切不幸和中國當前發生的悲劇比起來，全是微不足道的。‘文化大革命’在毀滅中國的知識分子。去年夏秋所發生的事件，使我完全陷入了絕望，並迫使我和我的家屬成了逃亡者，成了漂流四方的‘饑餓的幽靈’。如果說我的行為在某種意義上有什麽越軌的地方的話，那就是我從中國逃跑了……”
從1966年的春天開始，中國遭受了一場史無前例的劫難，文化界、教育界的知識分子首當其衝，遭到了殘酷的迫害和打擊。5月底，被“革命口號”煽動起來的中央音樂學院的青年學生們，給他們的院長貼出了大字報。一夜之間，馬思聰成了“資產階級反動權威”、“三名三高的修正主義分子”。往日熱鬧的馬宅也冷清了下來，學生再也不上門學小提琴。“文化大革命”，這個陌生的名詞，讓他感到惶恐、不可理解。
在朋友和家人的勸告下，馬思聰發表了一個聲明，表示堅決、熱情地支持“文化大革命”，願意接受廣大“革命師生”的批判。6月中旬，文化部係統的藝術院校的“黑線人物”500多人，被集中到北京郊區的社會主義學院的校園內，住進了“牛棚”。他們當中，有各院校的領導，知名的教授、畫家、音樂家、導演、名演員、作家，馬思聰也是他們中的一員。在那裏，馬思聰他們被迫每天學習有關“文化大革命”的文件，寫交待材料和揭發材料。
8月3日上午，一輛貼有“黑幫專用”標語的卡車，把馬思聰等10多位中央音樂學院的“黑幫”押回了學院，接受“紅衛兵小將”們麵對麵的批判。剛下卡車還沒來得及站穩腳跟，一桶漿糊就倒在馬思聰的頭上，接著，一張大字報貼在他身上，一頂寫有“牛鬼蛇神”字樣的紙糊高帽子戴在頭上，脖頸上前後掛上兩塊牌子，前麵寫著“資產階級音樂權威——馬思聰”，後麵寫著“吸血鬼”。一個“紅衛兵”順手將一隻破搪瓷盆和一根木棍塞在馬思聰手中，逼他一麵走一麵敲。
馬思聰和時任中央音樂學院副院長的趙渢在“文革”中挨批鬥
馬思聰被這情景驚呆了。他同一群“黑幫”一起被“紅衛兵”押著在學院內遊街，一群狂熱的青年高喊著口號，向他們身上唾著口水。昔日學院的一排琴房，此刻成了關押“黑幫”的“牛棚”。馬思聰每天早上6時起床，學習、勞動、寫檢查，還要被迫唱著承認自己有罪的歌曲。隻要那些“小將們”一高興或一不高興，馬思聰等人就要遭殃，輕則挨罵，重則挨打。馬思聰在中央音樂學院遭受非人折磨的同時，“造反派”又把鬥爭的矛頭指向他的夫人和孩子。8月14日晚，“造反派”湧進馬思聰的家貼大字報，第二天又批鬥馬思聰的夫人。
在這種情況下，馬思聰的夫人王慕理和女兒馬瑞雪在她家廚師賈俊山的幫助下，倉促離開北京南下，想暫時避一避，等運動結束再回來。她們先來到南京，投靠王慕理的妹妹，後中央音樂學院的“造反派”得到消息到南京追查，她們又被迫逃到上海、廣州，投靠親友。在廣州，一再被“紅衛兵”追查的王慕理感到十分恐怖，覺得這次的運動沒有結束的跡象，再這樣下去一家人性命難保，危急之中產生了到香港暫避的念頭，就委托她的哥哥王友剛幫她想辦法。王慕理還讓女兒馬瑞雪悄悄回北京一趟，在賈俊山的幫助下和馬思聰見了一麵。與此同時，王慕理在廣州加快了出走香港的準備工作。
著名音樂家、中央音樂學院首任院長、原中國音樂家協會副主席馬思聰批示 1960年音樂出版社關於朱南溪《弦樂四重奏》稿件處理記錄表一份四麵
中央音樂學院名譽院長趙風提供的材料很說明問題：“有一天，馬思聰和我被派到學院裏拔草。一個造反派(瓦工)對馬思聰吼叫：‘你還配拔草！你是匹馬，隻能吃草！’說完，真的當場強逼馬思聰吃草。還有一次，我見到一些紅衛兵拿著尖刀威脅馬思聰說：‘你要老實交代問題！要不，我就拿刀捅了你！’過後不久，大約是1966年9月份，馬思聰對我說：‘這樣下去，什麽時候是個了啊！’”馬家原來的廚師賈俊山，看到老院長被折磨得死去活來，生活又這樣困苦，常常冒著危險，送吃送用。看到老院長想不開，還百般勸慰。然而到了1966年年尾，再要馬思聰熬下去，已是相當困難了。
1967年的1月，中國正處於一個瘋狂的時期，海外的輿論都把目光投向中國“造反派”的奪權上，連篇累牘地報道中國大陸的奪權風暴。就在這時，1月19 日，香港的幾十家中英文報紙幾乎用同一標題，報道了馬思聰出逃的消息：《中國著名音樂家馬思聰逃抵香港》。4月，馬思聰出現在美國的紐約，舉行記者招待會，發表了《我為什麽離開中國———關於“文化大革命”的可怕真相》。馬思聰這一舉動，立即在全世界引起了一陣不小的轟動。
馬思聰的秘密出走，是被迫的、無奈的，是“文化大革命”對他殘酷迫害的結果。1966年11月，馬思聰的肝病複發，被“造反派”批準離開“牛棚”，回家居住。此時，馬家的四合院已搬進了四五戶人家，馬思聰隻得一人住在一間潮濕的偏房裏。下旬，馬思聰的女兒馬瑞雪秘密回到北京，在廚師賈俊山和馬思聰的朋友、私人針灸醫生倪景山的資助下，馬氏父女化裝離開北京，來到廣州，住在郊區丹灶的親戚家。當時的廣州、深圳等地，暗中存在著到香港的“偷渡線”，一些“蛇頭”為謀取暴利進行“偷渡”。
此時，馬思聰的“失蹤”引起了中央音樂學院“紅衛兵”的重視，向公安部門報了案，並在馬思聰的親友中查找。廣州的“文化大革命”形勢也越來越緊張，馬思聰的安全難以保證。擺在馬思聰麵前的隻有兩條路，一是被揪回北京繼續接受批鬥，其後果不是被打死就是像作家老舍一樣自殺；另一條路是偷渡香港，遠離內地混亂局勢，但萬一被抓住則性命難保，而偷渡成功則全家安全，馬思聰進行了激烈的思想拔河。為了保全性命，為了躲避“文化大革命” 的災難，馬思聰被迫做出了選擇。
1967年1月15日夜，馬思聰以5萬港幣的代價，帶著其夫人、兒子、女兒，在新州登上了新州漁輪廠的電動拖船“002號”。這次偷渡的組織者為廣州一街道服務站的工人何天爵和原“002號”拖船的司機何炳權，船是他們偷出來的，乘坐者共5戶13人。1月16日晨，拖船在香港大嶼山靠岸。到了香港上岸後，馬思聰把胸前掛的毛像章摘下來扔進黑黑的大海。
“002”號被丟棄在九龍油麻地水師塘的岸邊。“狗頭”帶領著九死一生的“乘客”們，趁著晨光熹微匆匆往岸上走。一上岸，“狗頭”把“乘客”們藏進一個廟堂裏，吩咐道：“你們在這兒別動，我去打電話！”“狗頭”在附近一所學校裏，找到電話。“狗頭”給住在九龍旺角道的家人撥了電話當“狗頭”打完電話，回到廟堂，天已大亮，卻不見了馬思聰一家，據說到對岸的香港去了。
馬思聰一家，到哪兒去了呢？小心謹慎的馬思聰，上岸之後便與“狗頭”分道揚鑣。他不願讓“狗頭”知道他去九龍，更不願讓“狗頭”知道他躲在九龍什麽地方。他生怕“狗頭”走漏風聲。馬思聰一家，躲進了岸邊一個潮濕而又陰冷的岩洞。直到“狗頭”帶領“乘客”們上車遠去，馬思聰這才悄然出去打電話。馬思聰的妻弟王友健在香港，這是很多人都知道的。可是，馬思聰卻選擇了九龍作為隱匿之處。九龍不像香港那樣惹人注目，何況，那裏有著馬思聰不為人知的社會關係：他的大姐馬思錦和其丈夫徐騰輝，原本借住在上海馬思齊家。一九五七年，馬思錦與徐騰輝遷往香港。一九六零年，他們又遷往加拿大。徐騰輝的侄女徐增純，住在九龍；馬思聰十妹馬思芸的丈夫何維林的父親何焯賢，在九龍也有著寬敞的住房……撥通了九龍的電話，卻沒有人接。馬思聰隻好回到那長滿青苔的岩洞。出走時赤手空拳，沒有帶一片餅幹、一塊麵包，身邊又沒有一張港幣。一夜驚恐交加，一天饑寒交迫，馬思聰一家非常狼狽。實在饑餓難熬，向當地人賒了一塊麵包，把早飯、中飯、晚飯“三合一”……總算在傍晚時分，打通了電話。在濃重的夜色之中，汽車來了。馬思聰一家上車的時候，噎顧不得拍去衣褲上的泥漿了。
就在馬思聰到達九龍的翌日——一九六七年一月十七日，香港報紙便刊登了“002”號小艇的照片，報上披露，這是廣州新洲漁輪修配廠的電動拖船——因為小艇上釘著“新洲漁輪修配廠”銅質銘牌。所幸，記者們還不知道偷渡者為何許人，沒有披露姓名，沒有提及中國的大音樂家……
馬思聰仿佛覺得腳下的大地在震顫。自從躲進九龍以後，他的一家都未曾出房門一步，就連馬瑞雪好奇地掀開窗廉的一角想看一下窗外的景色，也被他製止。盡管如此，危機仍在向他逼近。如果香港警察抓住了“狗頭”，他供出馬思聰的大名，那就會把他避難的美夢擊得粉碎。而到達九龍的第二天“002”號小艇的照片一出現在香港報紙上，馬思聰就意識到這裏絕非可以久留之地。
除了香港、九龍，他能到哪裏去呢？去法國嗎？奧別多菲爾教授和畢能蓬教授噎多年沒有聯係，連是否尚在人世都不知道。去英國嗎？除了傅聰在倫敦之外，別無熟人。去日本嗎？舉目無親。馬思聰選擇了美國。雖說自從九弟馬思宏一九四八年去美國之後，與他聯係不多，而且兄弟倆對一些問題的見解不盡一致，不過畢竟是骨肉同胞，何況馬思宏在美國音樂界已站穩腳跟，頗有影響。到了美國，借助弟弟的介紹，他可以在那裏的音樂界立足，找到工作……可是，要去美國，談何容易！不用說他的一家沒有一張出國護照，就連他的中央音樂學院工作證，也在踏上小艇之前銷毀了——他生怕在途中發生意外，工作證將暴露他的真實身份。
眼下，空空如也的他，惟一的財富、惟一的“證明”，是那把陳舊不堪的小提琴。這是出自十六世紀意大利著名小提琴工匠斯特拉地瓦利（1644－1737）之手的稀世珍品。斯特拉地瓦利一生，製作了一千一百把小提琴。他製作的小提琴，雲杉麵板木板如絲，背板的“虎皮紋”寬而明顯，造型漂亮、美觀。更重要的是，他的提琴的發音格外醇厚、圓潤、優美、流暢，具有穿透性。幾百年之後斯氏小提琴在世界上所剩無幾。美國小提琴大師梅紐因手中所持是一把斯氏小提琴，據說價值五萬美金。由於幾十年前一位名叫哈廷伯的七十多歲的俄國小提琴家的轉讓，馬思聰有幸也得到一把斯氏小提琴。從此，無論馬思聰走到哪裏，手中總是拿著這把彌足珍貴的名琴。在出走時，他拋棄了一切，卻緊緊抱著這把幾百年前的小提琴。他想，倘若在香港從親友處借一筆錢，買四張飛往美國的機票，到了美國，隻要他拿出這把琴演奏，音樂會的收入將會償還欠款。
抵達九龍的第二天晚上，馬思聰托親友找到了跟馬家有點瓜葛的南希（Nancy）小姐。“什麽？馬思聰到了香港？想去美國？”當南希小姐把消息轉告美國駐香港領事，領事先生也大惑不解。美國領事擔心九龍那個自稱是馬思聰的先生，會不會是一位“馬騙”先生？消息靈通的美國中央情報局，也從未探聽到馬思聰前來香港的半點消息。
美國領事挑選了一位酷愛音樂的館員，驅車九龍，麵晤那位中國音樂家。身邊沒有任何證件，短短的平頭，不合身的西裝顯然是剛剛借來的，那個中國人睿智的目光足以表明他是頗有教養的。他操著純正的法語，也能用英語對話，更表明他的文化修養是不錯的。那位館員吐露了對音樂的偏愛。那個中國人打開了琴匣，拿出那把油漆斑駁的舊琴，輕輕地奏出了舒伯特的《聖母頌》。那琴聲纏綿悱惻，溫柔動人，一聽便知麵前的演奏者是第一流的提琴手。
動作迅速的美國領事館當天便已從館藏的中國報紙上，查到好幾張馬思聰照片，毋庸置疑，麵前的中國人眉宇寬廣而眉梢下彎，一雙眼睛顯得炯炯有神，嘴角總是掛著淺淺的微笑，跟照片上的形像一模一樣。趁著中國人拉琴之際，閃光燈亮了，那位館員拍攝了照片，說是留作紀念，其實為的是連夜衝洗，讓領事館的特工專家作出最後的判別。一曲奏畢，這位高鼻梁、藍眼珠的美國人，忽然說起一口流利的漢語，那股“京腔”十分標準：“馬先生，你知道李永剛嗎？”“哦，我認識他。”對於這個生僻的名字，馬思聰馬上作出反應，說道，“他是我在南京中央大學教書時的同事，現在他在香港？”“不，不。他在台北任教。”那位館員又問道，“請問，馬先生知道紐頓這個人？”“知道，當年美國駐廣州的新聞處處長。”
雖然沒有規定什麽“接頭暗語”，也沒有什麽“土匪黑話”，憑著剛才的兩句問話，那位館員對於馬思聰的真實身份，噎確信無疑了。夜深時，他改口用粵語向馬思聰道別，馬思聰也操著流利的粵語祝他晚安。就在馬思聰進入夢鄉之際，美國駐香港領事館已向華盛頓發去密電，報告中國音樂家馬思聰要求前往美國……翌日——也就是馬思聰抵達九龍的第三天，他的一家依然閉戶幽居。馬思聰一點也不知道，一場關於他的談判，正在幕後激烈地進行著……香港屬英國政府管轄。手中沒有任何護照的馬思聰一家，要想從香港前往美國，必須征得英國當局的許可。美國領事向香港政府提出了引渡馬思聰一家的要求。香港有關方麵從美國領事那裏獲知馬思聰在九龍，立即責怪香港警察局的無能，居然對這樣重要的情報毫無所知。香港有關當局建議美國領事，雙方為引渡馬思聰一家進行具體談判。香港有關當局認為，在引渡之前，必須由港方對馬思聰一家進行必要的審查、盤問，而且還要全麵檢查身體，以便判定他們從中國大陸出走時是否帶有傳染病菌……隻有履行了這些查驗手續之後，港英當局才能給馬思聰一家發放證件。然後，再與美國領事具體磋商引渡的條件、途徑。按照有關方麵的安排，光是各種審查與體格的檢查，起碼要花費一段時間。美國領事擔心夜長夢多，希望盡早從香港政府手中得到馬思聰一家。可是，香港畢竟由英國人所管治，大權在香港英國當局手中，美國領事不得不聽命於它。不知道是英美磋商走漏了消息，也不知道是美國故意把消息捅給新聞界，還是某方麵耍了什麽花樣，總之，在馬思聰到達九龍的第三天晚上，香港新聞界獲知了這一爆炸性新聞。於是乎，一九六七年一月十九日，香港幾十家中英報紙，都在頭版頭條位置，以粗黑的鉛字刊登醒目標題《中國著名音樂家馬思聰逃抵香港！》。幾乎每一家報紙，都開列了馬思聰的頭銜：“中國文聯副主席，中國音樂家協會副主席，全國人大代表，中央音樂學院院長。”不少報紙重新刊登了“002”號小艇照片，說馬思聰於四天前與妻子、女兒、兒子一起乘這艘小艇潛往香港……事情急轉直下。正當馬思聰一家閱報後呆著木雞時，門口響起了汽車的喇叭聲。兩部漂亮的轎車停在門口。進門的是南希小姐和兩位噎來過的美國領事館館員。馬思聰一家鑽進了轎車。轎車直奔溫莎大廈。一位坐在沙發上的美國官員一見到馬思聰一家，立即站了起來，伸出了長著棕色汗毛的粗壯的手，用一口字正腔圓的普通話說道：“歡迎，馬先生！”他自我介紹說是美國駐香港領事。領事先生滿麵春風，向馬思聰宣布：“馬先生，馬太太，略備一桌薄酒，為你們洗塵、壓驚。午宴之後，我們就一起上飛機場。”“上飛機場？飛到哪裏？”馬思聰連忙問道。美國領事放慢了講話的節奏，把每一個字都清楚地送進馬思聰的耳朵裏：“飛往華盛頓！”馬思聰一下子愣住了！在午宴上，美國領事一邊熟練地用象牙筷為馬思聰添菜，一邊談笑風生。三杯下肚，他說出了“幕後新聞”：自從今天上午香港各報一片嘩然之後，他給香港政府方麵掛了電話，詢問總督先生是否噎看過今天的報紙？他說，這下子，談判該結束了吧？如果讓馬思聰繼續留在九龍，已無法保證馬思聰的安全，必須立即離港赴美。至於各種審查、體格檢查，可以在美國補辦……
1967年4月12日美 國國務院公布，北京中央音樂學院院長馬思聰逃出中國大陸，來此避難。馬思聰同夫人及兩個孩子，一起被批準避難。
馬思聰列舉所遭受的各種淩辱，包括每天早晚被強迫集體唱《牛鬼蛇神隊隊歌》。這首“歌”的歌詞有兩段 是：“我是牛鬼蛇神/我是人民的敵人/我有罪，我該死。我有罪，我該死。/人民應該把我砸爛砸碎。我是牛鬼蛇神/要向人民低頭認罪/我有罪，我改造。我有 罪，我改造/不老實交代死路一條，死路一條。”1966年8月，北京許多紅衛兵從各自校門口逼迫揪出來“反動學術權威”和“黑五類”站成一排，大聲唱《牛 鬼蛇神隊隊歌》。誰要是唱不好，紅衛兵立即一頓皮帶劈頭蓋臉抽上去，直打的“反動學術權威”和“黑五類”唱好這首歌為止。
音樂界對此評論：“這是音樂史上最黑暗的一串音符，音符在顫抖，人類在哭泣，在哭泣與顫抖中，音樂的暗傷形成了。”馬思聰由於逃往美國，被當時的公安部定性為叛國投敵。公安部的《關於馬思聰投敵案請示報告》，經康生、謝富治批示，當時的中央wen革小組和公安部將這個案子作為要案，於1967年5月成立了馬思聰專案組即“002號專案組”，全麵調查馬思聰出走經過，株連親友數十人。他們當中，後來有的被判刑，有的被迫害致死，上演了一出株連的人間悲劇。
11歲的馬思聰跟著大哥馬思奇、二哥馬思武赴法國留學，學習小提琴。
馬思聰的大哥馬思齊在他逃跑後被懷疑知情不報，警方抄家時發現失業又患腦瘤的馬思齊家裏經濟拮據，一家人都是用廢報紙當草紙擦屁股，這還了得！“wen革”期間的報紙，天天印著毛主席語錄，經常還有毛 澤 東像，於是馬思齊一家6人有5人被打成“現行反革命”——夫妻雙雙被判管製，馬思齊當時已70多歲，在監獄裏幹很重的活；大女兒馬迪華原來就患有嚴重的心髒病，被抓後慘死於上海公安局拘留所，死時30歲；第二個兒子馬宇亮被判12年徒刑；小兒子馬宇明判8年刑；唯一幸免的是長子馬宇中，遠在新疆阿拉爾建設兵團，處於“002號專案組”的視野之外，沒有沾上用報紙擦屁股的“現行反革命”大罪。二哥馬思武，原是上海外國語學院出國培訓部的法語教授，被指協助馬思聰“叛國投敵”，受到殘酷批鬥，於1968年7月11日跳樓自殺，終年63歲；跟他在中國住了30年的法國籍妻子其後離開中國，兩年後1976年在法國憂鬱而死；馬思武自殺的消息傳至美國，馬思聰在日記裏悲憤寫到：“國內人民何辜？遭此大劫。我家人何罪，也不免於家散人亡。”馬思聰的大妹馬思芸是上海音樂學院的教授，當時突然被隔離審訊，關在學校地下室，不許和任何人接觸，天天寫交代，一關就是一年多，而馬逃離的事是在其妹被放回家後才知道的。馬思聰的侄女馬之庸當年30多歲，在廣播電台工作，不知情的她也遭到隔離審查，被調到麻袋場工作，直到1979年才調回原單位。馬思聰太太王慕理的兄弟也沒有一個逃過迫害。她的大哥王恒嚐了8年的牢獄之苦；三弟王友剛和妻子何瓊均被判入獄5年。
就是馬思聰的家庭醫生倪景山和家廚賈俊山亦被指協助馬思聰逃亡，前者被判勞改8年，妻子因此患上精神病，後者被扣4年，弄至身體傷殘，出獄後幾年便身故。痛苦的親身經曆和血跡斑斑的親友遭遇，馬思聰無疑心存恐懼，所以即使他在1984年底已得到平反，恢複名譽，他仍遲遲沒有歸國。
文革後，他回拒中共總書記胡耀邦的親自召喚，寧願在異國獨吟《思鄉曲》，也不做返國之想。跟馬思聰一起逃亡的馬思聰太太王慕理，在1987年5月20日馬思聰因心髒病發去世，又活了13年才逝世，在此期間，她也沒有返回過大陸。
馬思聰一生的作品，可謂創作頗豐：小提琴獨奏曲16首；小提琴協奏曲2首；芭蕾舞劇2出；歌劇1出；鋼琴曲7首；管弦樂7首；合唱曲2首；獨唱曲2首。
