潤濤閻的小天地
政治麵目：瓜子臉。要招人恨，恨得咬牙切齒；要惹人愛，愛得死去活來；要讓人服，服得五體投地。
看下麵的圖。開口朝上到開口朝下的變形是關鍵所在。華盛頓大學的Mike Muecklerz教授，是第一個提出 Glut1 人體葡萄糖載體是由12個穿膜螺旋構成，1985年發表在《科學》上。他評價Yan/Maloney 的生化研究驗證了載體動態模型，以前沒有令人信服的生化數據證據，屬於假說階段：“Yan/Maloney的數據為僅僅基於動力學數據得出的載體模型提供了令人信服的無可置疑級別的證據。”英文原文照抄：“Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data. ”
說的就是證明開口朝裏朝外變形的確發生的鐵證。
為何顏寧僅靠結晶了的Glut1載體無法驗證這“變形”是否真的會發生？
因為她結晶的Glut1載體蛋白，開口朝裏，她在論文裏介紹還沒找到開口朝外的晶體。
在Yan/Maloney 之前，無法提供確鑿數據證明這個變形會真發生，隻能是假設。那時候結晶載體蛋白很難成功。而且後來多數情況下結晶出來的開口是朝一個方向。所以，同一載體，結晶出開口朝兩個方向的條件不那麽容易找到。
那麽顏寧的論文為何就畫出了圖5？
她想到了一個非常簡單的辦法：她的人體葡萄糖載體的結晶狀態是開口朝內的，她找到了開口朝外的另外一個載體：細菌木糖載體 xylE。這樣，她就把兩個圖畫在一起：上圖左邊開口朝外的是來自細菌木糖載體的結構圖；右邊開口朝裏的是人體葡萄糖載體的結構圖。
在真實世界裏，這兩個蛋白一輩子都不會碰麵的，一個在細菌的膜上，一個在人體的細胞膜上。她把這兩個拚圖在一個膜上。即使細菌感染了人體，比如紅血球，那它們倆照樣不會碰麵。就是碰麵，也是各幹各的。
她這麽把兩個圖一拚，就說葡萄糖載體的工作模型成了，就朝裏朝外變形了？你可別說老閻你是在開玩笑嗎？我跟你講，這真的是顏寧圖5的真實情況。她的題目是說人體葡萄糖載體，而圖5則是由人體葡萄糖載體與細菌木糖載體的兩個圖拚在一起的，而且木糖載體的占比高。你也可以說它是細菌木糖載體的工作模型更合適些。反正在真實世界不會發生兩個載體互相串門的事。
要想讓文科生明白這個道理，就打個比方：把人體葡萄糖載體比作一頭死驢的上唇，細菌的木糖載體比作一頭死馬的下巴。把二者圖片放在一起，就說這個驢的嘴活著時是如何動的。這個比喻可能不太恰當，因為嘴唇不是朝上朝下的變形。
所以，隻有開口朝單方向的結晶載體蛋白在發表論文時隻能說“可能會發生變形”，因為以前認為的氯離子載體用活體CFTR蛋白的研究發現，氯離子一旦打開門，就不當即關死，後麵的氯離子也跟著往裏進去。這就是通道了。
就好比電影院開門，第一個人進去後，後麵就跟著進。這就是通道；如果是在門口買票，一個人進去了，彈簧門關上，下一個人買了票後再推門進入，就是一次一個的進。這個就是載體。
因為她的人體葡萄糖載體結晶蛋白隻是開口對著一個方向，沒有開口朝另一方向的結晶體，就需要用其它方法證明開口變向會發生。
Yan/Maloney的“分子探針 + 半胱氨酸掃描 + 放射性底物的方法”就可以在活體載體蛋白上研究此難題，不論是在細菌的葡萄糖載體 Uhpt 還是人體葡萄糖載體 Glut1 上都得到了驗證（Glut1 是華大的教授做的，我前文介紹過）。
在膜蛋白領域，不能不提Kaback教授，即使到了2006年，他把乳糖載體結晶後，把乳糖和質子氫的結合部位都確定了，但他在圖9（相當於顏寧的圖5）介紹說朝裏朝外的變形可能發生: Possible change inward- facing to outward- facing conformation” 後來，他也用半胱氨酸掃描加上與我們用過的不同的分子探針得出了乳糖載體的工作模型。Kaback 教授還找到了把開口的地方用半胱氨酸拉住鎖上的方法證明了乳糖載體的朝裏朝外變形的另外證據。
人體葡萄糖載體的不論是半胱氨酸掃描還是拉鏈鎖上類似的“生化數據”，顏寧團隊什麽時候發表過？為何不給出參考文獻？不管是不是用我們的方法無所謂，你給出就行。
有朋友私下裏問我：如果顏寧在發表論文時就不提“published biochemical data”，你就不能指責人家不給出參考文獻了啊？那她為何要說這麽一句呢？
因為她清楚，她的圖5是兩個載體的圖放在一起假設那就是一個載體的圖。她必須告訴讀者把兩個不同的載體一個朝裏一個朝外的圖放在一起就成了葡萄糖載體又能朝裏又能朝外的工作模型了。
問題就來了：一個結晶了的是開口朝裏，跟令一個是開口朝外的兩張圖雜合在一起，就等於Glut1朝裏朝外動起來了？讀者會相信嗎？可她要是說還有“發表過的生化數據”那讀者就明白了。那就等於“兩個生物的兩個載體”的拚圖就等於是示意圖了，而不是人體葡萄糖載體真的發生變形的證據。真正的證據在“發表過的生化數據”裏。這是她必須講出“發表過的生化數據”的原因。否則，光靠拚圖，那你把一頭鹿跟一頭馬拚成一個圖，那到底是鹿還是馬呢？大家知道鹿和馬有很多相像的地方，但不能簡單就把鹿和馬說成是一回事。可沒找到她發表過半胱氨酸掃描研究其動態模型的論文。
拿她的圖5說事的，說那就是證據證明了人體葡萄糖載體 Glut1 就是那樣朝裏朝外變形的，可她朝外的圖是細菌木糖載體的結構圖。如果萬一是跟CFTR一樣，一個分子打開門，後麵的就跟著進，那可能性如何排除呢？？？可能性哪怕隻有億億萬分之一，那作為科學家你也得排除掉才行。你如果同一個Glut1蛋白分子結晶出來開口朝兩個方向的都有了，那我就不會寫這一大堆文章了。
幫她洗地的拿她的分辨率高說事，可開口朝裏的人體葡萄糖載體分辨率再高還是朝裏，是否真的發生變形的證據跟分辨率沒半毛錢關係。到底是否發生了朝裏朝外的變形？就把兩個不同載體一個朝裏一個朝外的圖通過電腦畫圖放在一起就完事了，就不需要給出“生化數據”的來源了？那她自己都認為是說不過去的。
當然，她可以列出人家發表過的Glut1的生化數據。如果說 “Yan/Maloney 研究的Uhpt 和Kaback 研究的 LacY 都證明是同樣的工作模型，由此推理出人體葡萄糖載體 GLUT1也應該是那樣的，那你還發表它的工作模型幹嘛？
小結：哪怕顏寧用結晶了的不動的蛋白，如果Glut1朝裏和朝外的晶體結構都得到了，那就好多了。或者給出“發表過的生化數據”比如半胱氨酸掃描或類似的方法能證明朝裏朝外的構型變化的確發生了。這兩點她的論文裏都沒有。別拿人體葡萄糖載體和細菌木糖載體是同一個家族就可以把兩個拚圖放在一起說事，跟 LacY 同一家族的 Uhpt 的工作模型早就發表過了，人家Kaback照樣把 LacY 的工作模型通過半胱氨酸掃描，一絲不苟地搞明白了，而不是把兩個結晶的圖片雜交在一起就說那是工作模型了。
大家去讀她的圖5，是不是人體葡萄糖載體開口朝外的圖是來自於細菌木糖載體的結構圖？二張圖嫁接就成了人體葡萄糖載體朝裏朝外變形的工作模型了？
最後說一句：潤濤閻憑什麽就肯定顏寧沒發表過“生化數據”以證明她的論文 Glut1 從朝內轉向朝外的變形？因為到目前為止都是用Yan/Maloney 的分子探針 + 半胱氨酸掃描方法，她沒發表過這類文章。那她的“發表過的生化數據”就是他人的。不論誰的，她都應該給出參考文獻，哪怕是她自己發表過的也應該給出，讓讀者清楚是不是半胱氨酸掃描的方法，還是她搞出了個新方法。道理簡單不？我的要求合理嗎？
她在論文裏介紹人體葡萄糖載體開口朝外的還沒結晶出來，英文原話：The outward-open structure remains to be captured. 更別說從朝裏變成朝外的證據了。
細菌木糖載體從朝裏到朝外的變形沒有證據，英文原話：the conformational switch from inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated.
把兩個載體嫁接，不論多麽合理，照樣無法證明人體葡萄糖載體從朝裏真的變成朝外了。沒有證據，才在嫁接圖下麵表明：這是想象圖predicted 從朝裏變成朝外。而在文章裏就變成了提出工作模型，靠的就是published biochemical data。沒有參考文獻。
由於沒有Glut1 開口朝裏變成朝外的證據，也沒有xylE開口朝裏變成朝外的證據，那即使拚圖也無法利用細菌木糖載體開口朝裏變成朝外的證據以間接證明Glut1的開口從朝裏到朝外變形。
如果不需要證據，就根據所謂的常識，那當初CFTR也是被認為是變形的。活體蛋白試驗證明：變形並不會發生，因為CFTR是通道。
而且，如果不需要科學證據證明人體葡萄糖載體從朝裏變成朝外，那她論文的“根據結構圖與發表過的生化數據，我們提出人體葡萄糖載體的工作模型”不就是廢話了？何不直接說不需要證據證明它就是變形的。那文章的意義何在？花時間精力研究它的變形不就是多餘的了？根據推理就完事，那當年CFTR的結論永遠都是變形的！
如果變形的證據不那麽重要，那她為何在電視上隻提變形的圖？幫她洗地的說顏寧早就發表了人體葡萄糖載體從朝裏到朝外的變形，如果在2014年發表論文之前就知道了，那她的圖5“predicted” 的變形不是自欺欺人了？那就是否定已經證明了的，那她還又在假設會變形做什麽？ 顯然，她在2014年發表論文前自己並沒有發表過人體葡萄糖載體從開口朝裏變成開口朝外的生化數據。
在此回答為顏寧洗地的關鍵一點：
就按你們介紹的“四個構象”她完成了三個的說法，說的就是還是沒有從開口朝裏到開口朝外的一個！沒有開口朝裏到開口朝外，就是關鍵所在。這是我一直追的啊。也就是這個才是她 published biochemical data 提供證明的地方。沒有開口從朝裏到朝外的證據，四個構象就等於二衝程發動機的活塞隻能走一個方向，活塞回不去，那發動機怎麽轉起來的？？？
你們胡攪蠻纏這麽久了，你們是邏輯思維問題還是高級黑？？？就等於是說：載體的工作模型最簡單的描述就是二衝程發動機，就算把它描述成四衝程發動機，你們明明清楚活塞回來的衝程沒有證據，其它衝程的任何證據再多都無法證明那是一個循環。你把發動機排氣門拿掉，發動機會轉動？沒有開口從朝裏到朝外的變形，那跟通道的區別又在哪裏？
關鍵的就是她的論文沒有任何證明不論是人體葡萄糖載體還是細菌木糖載體開口從朝裏到朝外的變形數據或圖像，隻是提出根據 published biochemical data。可就是這最關鍵的地方，她竟然一筆帶過，不講誰發表的，在哪裏發表的，試驗是怎麽做出來的，是不是Yan/Maloney的探針+半胱氨酸掃描還是又有人發明了新方法。
幫她洗地的還需要注意：顏寧不是根據常識而提出人體葡萄糖工作模型的，原話是“published biochemical1 data”。“data”在科學領域是指具體的科學試驗數據，這跟常識不一樣。她要說是根據常識，那她的論文也是根據常識判斷，那毫無價值。多年根據常識判斷CFTR基因突變（白人第一大遺傳病）的CFTR就是開口朝裏朝外變形的載體。而活體載體的生化數據證明它是個通道，不是開口朝裏朝外變形。
所以，顏寧論文說的是“生化數據”，就是用生化的方法得到的具體數據。幫他洗地的一直用什麽早就知道的常識，這是顏寧論文的高級黑啊。
她以前的論文也沒有這兩個載體的任何一個從開口朝裏到朝外的試驗證據，這也是她在論文裏白紙黑字介紹了的。這是顏寧論文的最大的漏洞，她心裏一清二楚，要不你去問她：這兩個載體的開口從朝裏到朝外變形的證據在哪裏？你看她如何回答？？？她啞口無言！
她在圖5描述開口從朝裏變成朝外沒有證據，隻是猜測會發生。原文：predicted，就是假設會發生。
幫她洗地的說她早就有證據，那就表明兩個可能：一個是顏寧明明有證據，圖5還說是假設，那她否定了她自己以前的證據；另一可能，她明明知道自己發表了證據，還說是假設會發生，就是撒謊。 撒謊是對自己有利才撒謊的。她不會傻到自己有證據了還說沒證據，還假設會發生。
所以，第一種否定自己以前的成就，可能性為零；對自己不利的撒謊，可能性接近於零。結論：她沒發表過開口朝裏變成朝外的證據。
她給出的published biochemical data是她論文唯一的貢獻：證明開口朝裏變成朝外的證據。因為證明載體的工作機理與模型就是證明開口走一個循環：從朝裏到朝外、從朝外到朝裏，循環往複，就是載體。如果隻有一個方向，就是通道了。她的論文從來都沒證明過開口從朝裏變成朝外的證據。
幫她洗地的無計可施，因為顏寧剽竊的實錘都是顏寧論文自己提供的。幫她洗地的就想用外行胡言亂語否定Yan/Maloney 的兩篇論文。這就需要大牛們把用Yan/Maloney的兩篇論文的方法發表的論文全部撤稿。更重要的是：否定了Yan/Maloney的論文就否定了顏寧的論文，因為顏寧論文裏唯一有價值證明人體葡萄糖載體開口從朝裏到朝外的證據來源於“發表了的生化數據”。而發表了的生化數據Glut1（華大的教授）也是根據Yan/Maloney 的兩篇論文的方法得到的。所以，外行的胡言亂語想否定我們的兩篇論文，那就等於否定了顏寧論文的唯一證據證明人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的證據。論文連剽竊後的價值都被否定了。
建議你把這個寫成長篇小說，在wxc連載，發揮你的特長
這事當然還沒完。謝謝總有人提醒我。
博主寫的彥偷係列起沒起作用也許還不知道，但彥用這個世界級的創新卻評不上中科院院士，您就該問問是啥原因。
你應當走正常渠道， 認認真真的給nature投一篇Comment， 或寫一個Letter to the editor。
根據我在其它雜誌的所見， 我想Nature收到你的comment或letter後，會轉給作者要求對方回複你的質疑。nature收到對方的回複後，會把你的comment和對方的回複同期發表。 提前道個歉如果這不是nature的policy。
是載體，就必須具備兩大證據：(1)從朝外到朝裏的變形；92）從朝裏到朝外的變形。就是她論文裏講的如果是結晶結構圖，就必須有四張圖。如果隻有一個方向的那就是通道了。而顏寧的兩篇論文都沒找到開口從朝裏變成朝外的證據。這是她在2015年還在發表論文嫁接拚圖，可她還是沒找到開口從朝裏變成朝外的證據。她還在搞嫁接拚圖，還是沒拚全。
你是教授，你說說published biochemical data 是她建立模型所依靠的條件，可她在這裏不給出參考文獻。她自己在論文裏講得一清二楚：開口從朝裏到朝外的變形是假設發生。等於否定了她以前有過這樣的證據,否則還在“假設”就不成立。那“發表過的生化數據”就隻能是來自他人的。來自誰的都是剽竊。何況不論來自哪裏，隻能是我們發表過的半胱氨酸掃描方法，因為沒有其它方法發明出來研究載體活體蛋白的結構。那追根到底還是我們的方法。
再反複給你強調一遍：如果她發明出來了新方法以證明開口朝裏變成朝外，那她還“假設”做什麽？如果是他人研究出來的證據證明開口朝裏變成朝外，那就必須給出誰搞出來的而且還要讓讀者明白到底是怎麽搞出來的。
剽竊的定義: plagiarism definition:
the practice of taking someone else's work or ideas and passing them off as one's own.
把他人的成果（someone else's work)用於自己的研究結論而不給出參考文獻，讓讀者甚至幫她洗地的都認為是她發表過的。可她在論文裏否定了她發表過，才“假設會發生”。你如何定義此行為？
tianjinwang1 2019-08-14 07:59:50 回複 悄悄話 回複 '時不時來看看' 的評論 : 是的，就是一個比喻。從科學的角度來講，關鍵就是看博主的的研究是不是小顏的研究的必須/必要基礎，如果引用了博主的研究，小顏的研究是否根本不具備創新性。目前我的理解是：兩人用不同的方法證明了前人提出的一個模型。那就不存在剽竊的問題。當然希望博主繼續解釋清楚。
有人在NS灌水不等於NS就是水。
NS的權威性，從其影響因子就可以看得出來，想打破或能打破這個權威的人有，但比例不會大。
博主的這一係列科普及顏文後的長貼已經完整地清楚地說明了這個事情的來龍去脈，我是據此從外行的角度確認顏寧剽竊的，科學剽竊的確認必須有外行。
這個邏輯我一直的看法是：“用某方法證明一個模型” ，如果立足點在方法自身，是任何時候都不足以在Cell, PNAS, Nature等頂尖雜誌上發表兩次的。
如果已經有人用一個方法證明了一個模型，過了很久以後另一個人用相似甚至完全不同的方法證明同一模型，如果立足點仍然在方法，則更不足以在那些頂尖雜誌上發表。
科學家用強奸犯做比喻非常不嚴謹，更不恰當。
博主在顏文後的長貼完全包括了我的看法，我就不去評論了。
我隻是被您自認為“不偏不倚”的立場所打動，冒昧提了幾點看法，我完全不關心您不同意博主的觀點及證據。
您做不做修改都無妨。
如有冒犯，請見諒。
我有幾點看法供參考：
1. 把YRT 改為 RTY 似更合Nature習慣
2. a recent ongoing 中 recent 似與ongoing時間上不一致，實在要，似乎recently稍合適些
3. and disagreed with perhaps by more at WXC including me
似乎用 and opposed perhaps by more including me 更合適，因為disagree是不及物動詞，沒有被動態
4. "YRT's allegation is based on his idea (which is currently not supported by evidence) that his research was habitually and condescendingly ignored by the authors."
這句話似乎是您自己的看法，遠沒能準確體現老閻的意思即idea，有失偏頗。我認為至少應該體現：葡萄糖進入細胞膜的機理隻有一個，是老閻他們首先發現的，顏的機理與之完全相同，盡管載體略有差別，所以是剽竊。
我知道你不在這個領域，我也發現我還是沒給外行講透。我很快就寫一篇介紹顏寧是如何把全世界同行科學家們蒙在鼓裏的，那謀略與膽量，趙本山的賣拐是小兒科。我會用農民工也能徹底搞明白的比喻把顏寧是如何忽悠的告訴大家。你讀完後就清楚了裏邊的貓膩。然後看你的公正。
稍候！
“tianjing wang
I would like to call the authors' attention to a recent on-going discussion initiated, maintained, and promoted by YRT at WXC, where YRT has raised a concern that the authors have "plagiarized" (a direct quote and translation of YRT's wording) two of his articles published in Cell and PNAS - an allegation supported by many and disagreed with perhaps by more at WXC including me. YRT's allegation is based on his idea (which is currently not supported by evidence) that his research was habitually and condescendingly ignored by the authors. While I believe that under-citation should not be confused with plagiarism and I share the doubt that many readers at WXC have on the necessity of citing YRT's work in this article, I would also like to encourage the authors to explore the possibility of responding to YRT's comments.
您不去那表演有個原因估計是對語言不太自信。您多半沒讀懂下麵這半句，批評別人得把人說的啥意思搞懂了，人家都disagree了，還被歸為粉？
...an allegation supported by many and disagreed with perhaps by more including me.
tianjing wang
2 hours ago edited
I would like to call the authors' attention to a recent on-going discussion initiated, maintained, and promoted by YRT at WXC, which is an open forum for science communication within the Chinese-speaking community. YRT has raised a concern that the authors have "plagiarized" (a direct quote and translation of YRT's wording) YRT's articles published in Cell and PNAS - an allegation supported by many and disagreed with perhaps by more including me. YRT's allegation is based on his idea that his articles should be but not in actuality cited. While I believe that under-citation differs from plagiarism and I share the doubt that many readers at WXC have on the necessity of citing YRT in this article, I would also like to encourage the authors to study YRT's blogs and reply to them here or at WXC.
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Runtao Yan
11 days ago
The paper has big flaws:
1. What is th
螺旋輪看懂了就知道了。顯然你不在這個領域，不是一兩句話能說清楚的。以後從頭到尾科普一遍。
Looking forward it.
感興趣怎麽定的長度。
”有至少17埃的長度。”
任何載體都可以。探針的選擇要根據分子的大小。比如葡萄糖是六個碳原子折疊成船的性狀，我用的探針pcmbs就是六個碳原子的折疊的，大小、形狀都與葡萄糖差不多。比葡萄糖小一點可以，比如五個碳原子的。我本來是想自己合成一個葡萄糖分子帶上一個硫當探針，可合成比較費時間。
我以後會接著寫那個係列，你就明白我們如何能在活體蛋白上獲得載體的工作模型的故事了。最重要的是發現了其實那不是一個葡萄糖分子與載體在中間結合點結合就變形葡萄糖就進去了，而是那裏是個過道，或者叫走廊，就是pathway。有至少17埃的長度。在《美國科學院院報》論文裏用的說法是“至少17埃”。因為氨基酸在活體上是旋轉的，長度就從17點幾到19點幾之間變動。現在有結晶後測出的是18埃。其實是結晶後的長度。真正的長度就是在17點幾和19點幾之間變動。所謂的葡萄糖結合點，就是結晶的結果。
這過道部分需要用活體的載體，還需要想出另外的方法探測葡萄糖在這走廊（過道）裏怎麽過去的。需要知道它每走一個埃的距離發生了什麽。我們的半胱氨酸掃描，就是跟蹤它每走一個氨基酸的距離發生了什麽。PNAS論文裏的螺旋圖解很少人能看懂，其實能看懂的就可看到那是一個立體的。Mueckler 教授看懂了，他在他的論文裏也畫了同樣的螺旋圖。他用的是把人體葡萄糖載體放在青蛙的卵細胞膜上做出來的。難度比我選用的細菌細胞膜大，因為培養青蛙比培養細菌費時間。我也養過青蛙，要常常清理水箱。拉屎特多。
非常感謝你的回複。
很高興在你給出1，4答案我們有一致的看法。我之前專門有個貼這樣說明的:
關於4，如果文獻28是生化數據的來源，我寫論文的話，一定會在published biochemical data 緊跟給出索引，圖5也同時給出。因為這些生化數據對小顏的模型舉足輕重，不理解小顏在此為何含含糊糊不交代清楚。
請你回答最後一個問題5，你認為文獻28是小顏用來提出模型的published biochemical data即生化數據來源嗎? 如果是，更應該標明。那麽，老閻關於數據來源的質疑範圍就大大縮小了。
Stegy223 2019-08-09 11:31:13 回複 悄悄話 回複 'ft' 的評論 : 覺得ft.先生是個在非生物學領域做研究的專家教授, 報出家門可能會把大家嚇一跳(：-). 今天己是各路高手混戰，說不清。尊重你的合理提問，簡單回答一下：
>#1 很高興你同意working model 這一提法過得去。
>#2 二個構象源於細菌XylE 沒錯。小顏在2914 文中也沒藏著這點。這裏涉及到“背景知識”/該領域當時泛泛接受的認知。準備寫一篇帖子再談2014圖五。
>#3 準備寫一篇帖子再談2014圖五。
>#4 Nature2014 引文28(即Nature2012) 肯定是“published biochemical data”的一部分。小顏是否還有其它生化數據 in mind 那隻能由小顏來回答。俺不可能猜。從小顏2013生化綜述可以清楚地看出她也接受他人的生化數據。從技術角度講不能隻把28引在“unpublished biochemical data”後。俺認為28應再被引一次在談ICH domain ( 內門閂)那句裏。
你這係列科普的效果cover範圍很廣啊。受益良多。不知道你提到的到的半胱安酸（名稱可能沒記全）標記法是專用於糖載體研究還是可應用於其他載體？不論怎樣，創新一種研究方法其貢獻絕不小於研究本身的成果，。IMO
載體分成兩大類：一類是閻/顏研究的這類，就是“促進擴散”家族。就是細胞膜上隻靠兩邊的濃度足以引導其開口朝裏朝外反複變形。另一類是“逆流而上”需要能量。
以前大家都對載體裏的CFTR感興趣，因為它的突變是白人第一大遺傳病。黃種人裏沒有。如果有，那一定是混血或後代。因為CFTR去了通道領域。那載體裏最多的當然就是葡萄糖載體，因為糖尿病的原因。而最近越來越多的證據表明：載體的領域及其廣泛。有的小孩生下來沒頭發，後來也不怎麽長。其實類似的症狀很多，比如貧血的缺鐵，都是缺乏某微量元素進入細胞太少。比如不長頭發的小孩補點鋅還是錳？我忘記了。這些元素進入細胞需要有載體。載體因突變不怎麽幹活，就麻煩。
了解載體的工作原理和調控是重要的，比如人體就有14種不同的葡萄糖載體，你就可以想象載體在人體的重要性了。不是什麽東西都需要額外的能量把營養帶入細胞的。有的載體就不需要額外能量，另一大家族就需要ATP能量。
當然，目前還是通道熱得多。大腦神經如何把鈉離子通道打開關上，有的靠電壓，有的靠另外的分子。熱得很。再加上CFTR這第一大遺傳病，也從載體領域歸了通道，可想而知，通道領域是多麽熱門。
當然，不論搞什麽，都必須尊重科學，數據是一就是一，是二就是二，否則，那最終會被揭穿真相。
關於造新藥。這就需要報道的科學證據是真實的。否則，後麵的開發就必然血本無歸。就拿載體來說，葡萄糖結合部，那是結晶時的狀態，在真實世界未必如此。因為在結晶過程中，分子是要變化的，以維持在結晶條件下自己能量最低。在真實世界，載體有的開口朝外有的開口朝裏，不停地轉換。可結晶出來的，基本上都是一個方向，就是表明結晶過程使得分子朝自己最省能量的性狀變化。就好比水分子，結晶時會發生很大變化，包括分子之間的距離也會膨脹。何況有溶於水有不溶於水部位構成的載體蛋白了。
我們論文的題目就用pathway“過道”，其原因就是那裏邊是一個過道，葡萄糖在裏邊不是結合在某點就不動了而引發變形，變形後就跑出來了。結晶的隻是瞬間的狀態，跟活體不是一回事。在這過道裏發生了什麽，我沒研究就離開皮特了。皮特問我是否有興趣找到辦法把這部分搞明白，我說我不是喜歡總幹一件事的人。他當然不會勉強我。這塊，就留下來給後人們去研究了。二十多年過去了，也沒人幹呢。
如果你們覺得wxc等同學術爭論嗬嗬
早叫他走正規的學術途徑，提交他的論文給做這行研究的專家和學術刊物。這樣自然有專業人士回複他。當然不排除大家都覺得他是小學生水平的胡攪蠻纏，懶得理他。就像他在nature上掛了兩個多月也沒人搭理。
閆粉們需要問問老閆為什麽一定要在wxc這種八卦胡扯的地方單方麵扯？沒有哪個正常的人會期待小顏到wxc來回複老閆吧哈哈
地平線下 2019-08-09 10:58:03 回複 悄悄話 作為台下觀眾，再提一個要求。目前辯論進行到了這個程度，希望再上來博主家挑戰的，最好先自報一下家門。不然感覺對博主不公平。就像武林高手對決，對手是一個戴著麵具
A scientific question. 擴散速度 related to energy (i.e ATP)? 載體 need energy involved, how about 通道?
A scientific question. 擴散速度 related to energy (i.e ATP)? 通道 need energy involved, how about 載體?
>#1 很高興你同意working model 這一提法過得去。
>#2 二個構象源於細菌XylE 沒錯。小顏在2914 文中也沒藏著這點。這裏涉及到“背景知識”/該領域當時泛泛接受的認知。準備寫一篇帖子再談2014圖五。
>#3 準備寫一篇帖子再談2014圖五。
>#4 Nature2014 引文28(即Nature2012) 肯定是“published biochemical data”的一部分。小顏是否還有其它生化數據 in mind 那隻能由小顏來回答。俺不可能猜。從小顏2013生化綜述可以清楚地看出她也接受他人的生化數據。從技術角度講不能隻把28引在“unpublished biochemical data”後。俺認為28應再被引一次在談ICH domain ( 內門閂)那句裏。
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ft 2019-08-09 05:28:06 回複 悄悄話 回複 'Stegy223' 的評論 : 在此緊緊討論有質疑的地方:
1。你認為小顏 用working model來概括是很合適的。我也認為這一點沒有爭議。老閻對此有異議嗎?
2。你說"老閻指出的2015這裏是個拚圖;二個構象源於細菌木糖XylE。" 我理解你這裏所說的圖指的是圖5。 如果圖5是拚圖，不僅證實了老閻的質疑，也由你證實了開口朝上還沒研究出來，也就是說還沒有證據證明開口一上一下的機理。這點你有異議嗎?
3。老閻說這個拚圖一個是人體葡萄糖載體的結晶狀態是開口朝內的，她找到了開口朝外的另外一個載體：細菌木糖載體 xylE。這也是老閻的一個質疑，即兩個永遠碰不到的載體怎麽能硬生生拚到一起。你同意老閻的這個質疑嗎?
4。多問你一個問題。你認為圖5圖的文獻28是published biochemical data的數據源嗎? 如果是，是否應該如此標注:published biochemical data(28)?
請直截了當簡要回答我上麵的問題。 謝謝。
因為根據擴散速度，CFTR是載體，而非通道，應該變形。而根據活體蛋白的研究發現：變形不會發生，再慢，它也是通道。CFTR工作效率的確慢得很，跟載體是一個級別。但生物化學數據證明：它就是通道。
就講這一句就可以了：this general model for membrane transport was proposed decades ago based purely on kinetic analyses, and it is only now that molecular biological approaches are providing more direct experimental support for this fundamental hypothesis。
中文就是說：我們的論文是第一個用分子生物學方法證明了幾十年前僅僅根據動力學分析得出的模型。
文科生可能不知道“僅僅根據動力學分析”。就是把帶有載體和通道的細胞膜，一邊加入葡萄糖水，看擴散到另一邊的速度。如果快，它就是通道；如果慢，就是載體。通道快，因為裏邊是空的。載體慢，可能是分子開口變形。但是否真的變形，沒有任何證據證明。直到我們的論文發表。
As pointed out by Yan and Maloney (17), this general model for membrane transport was proposed decades ago based purely on kinetic analyses, and it is only now that molecular biological approaches are providing more direct experimental support for this fundamental hypothesis
J. Biol. Chem. (1999) 274(16) 10923–10926
所有的觀眾，都認為那就是葡萄糖載體的工作模型。而事實上，她沒有任何證據證明Glut1就是那樣工作的。她甚至連“嫁接拚圖也無法證明葡萄糖載體從開口朝裏變成朝外”這樣的事實都沒告訴觀眾。這就是忽悠、撒謊騙取觀眾的讚歎。
Yan and Maloney (17) demonstrated that residues within helix 7 of the glucose-6-P antiporter that are accessible to the external solvent are clustered along the water-accessible face proximal to the exoplasmic surface of the plasma membrane, and that the 6 residues along the water-accessible face most proximal to the cytoplasmic surface of the plasma membrane are not accessible from the external solvent. Our results with helix 5 of Glut1 are completely consistent with these findings, in that none of the 5 residues predicted to lie closest to the cytoplasmic surface of the membrane displayed sensitivity to pCMBS in the external solvent. These results are consistent with a simple alternating conformation or carrier model for the mechanism of transport whereby the outer binding site is largely inaccessible to cytoplasmic substrate and the inner binding site is largely inaccessible to substrate in the external medium. At least in the case of the glucose-6-P antiporter, there also appears to exist a central transmembrane region that is alternately accessible from either aqueous domain as the transporter moves between its two basic configurations. As pointed out by Yan and Maloney (17), this general model for membrane transport was proposed decades ago based purely on kinetic analyses, and it is only now that molecular biological approaches are providing more direct experimental support for this fundamental hypothesis
J. Biol. Chem. (1999) 274(16) 10923–10926
The bestcharacterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91)." 這是被引用了1281次的綜述“Major facilitator superfamily（1998）”文章裏的原話。其中文獻90， 91分別是大閻1993和1995的文章。
Tertiary structure can be determined by cysteine-scanning mutagenesis. Starting with the cysteineless version of a transporter, cysteine residues are intro? duced one at a time, at each position along the protein. Then, the single-cysteine variants can be probed with hydrophilic. membrane-impermeant-SH-reactive agents such as p-chloromercuribenzosulfonate or N-ethyl maleimide to determine their accessibility from each side of the membrane in the presence and absence of a substrate. This approach was used to show that the seventh trans? membrane segment of the glucose-6-phosphate/phosphate antiporter of E. coli has a central portion of the helix that is exposed to both surfaces, forming part of the translocation pathway through this transporter (107/ Yan 1995).
Transporters of nucleotide sugars, ATP, and nucleotide sulfate in the ...
Hirschberg, Carlos B;Robbins, Phillips W;Abeijon, Claudia
Annual Review of Biochemistry; 1998
Measured by transport inhibition, reactivity of introduced cysteine residues with PCMBS, which is both membrane-impermeant and hydrophilic, indicates pore-lining status and access from the extracellular medium; the ability of a permeant to protect against this inhibition denotes location within, or closely adjacent to, the permeant-binding pocket (30, 31/Yan 1993, 1995).
J. Biol. Chem. (2017) 292(23) 9505–9522
你連中文都看不懂啊。梯子模型早就發表過了啊。我評論裏講得一清二楚。英文也給出了。
Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data.
physical evidence 是西方法律用語。中文就是鐵證。在此之前，都是靠擴散到另一邊的速度以確定是載體還是通道，就是模型solely on the basis of kinetic transport data.
這不重要。重要的是：顏寧在麵對全國觀眾的電視上沒告訴觀眾她是靠拚圖都拚不完整的真實事實。她沒有葡萄糖載體Glut1、glut3、木糖載體xlyE 任何一個開口從朝裏變成朝外的證據，還搞出來了個門閂。坐實了那是通道，是gated channel 的特征，而非載體的最低要求：開口變形的循環證據。她沒有，就忽悠全國電視觀眾。
請特別指出， 閻文相對於1966開創性，特別是機理的深入了解， 在哪兒？ 看“如果閻所言是真”這個前提成不成立。
太好了！謝謝提醒。我會繼續科普今天的科學家驗證了我們早在20多年前就看到了的一個那時候無法被廣泛認可的現象：靠衍射結晶了的找到葡萄糖與載體的結合部是不靠譜的。因為那部分有“超過17埃”的pathway。我們稱為pathway，就是等於有一個類似於通道的長達至少17埃的“過道”。
這個“過道”在2016年被測定為18埃。跟我們在活體載體上用半胱氨酸掃描測到的驚人般一致。由於活體每秒鍾變形數千次，是動態的，能測到至少17埃（當時計算在17.3到19.5範圍之內），跟現在報道的如此一致。那時候我們不能提“靠衍射結晶了的葡萄糖與載體的結合部位就確定真的結合了，是不靠譜的。”不能直接講，但給出了數據：那裏有至少17埃長度的“過道”。現在就有了“Elevator alternating access”模型了。就是等於認可了我們當時的預測，那個過道就是一個梯子。葡萄糖在那裏爬梯子，而非結合在一個部位。20多年前看到的證據，現在有人證明了我們當時的數據，提出了“梯子模型”。
科學家們有一個共識：你的數據是真實的其結論是錯的可以接受，但你造假數據、剽竊數據無法接受。
我們當時提供的科學數據表明：在葡萄糖與載體結合的那地方不是一個結合部，而是一個長達至少17埃的過道。現在，被證實了，長度是18埃。晶體結合的圖像是某一刻的瞬間“照片”，由此斷定就是葡萄糖就在那裏，然後發生變形就出來了。事實上不是這樣的，而是在過道裏爬梯子---當今的梯子模型。
是的。
我應該用非專業的詞匯講故事，可你需要知道，那幾個洗地的可能會指責我不用內行話。我以後會注意盡量讓文科生也明白她是怎麽忽悠全國人民的。
上麵是老閻自己的論文，自己說自己不知道該運輸途徑是如何工作的，怎麽他又首創了木糖進入細胞壁模型。牛吹爆了。
通讀顏寧所有發表的相關論文，我認為博主正在做正確的事情。
另外博主給非專業者做科普也是極為有意義的事，甚至比科學本身還重要，因為求真精神是做科學的前提，要讓盡可能多的人知道欺騙、造假、剽竊是需要付出巨大的代價的。
一點建議：做科普時，博主盡量把專業詞匯以及所涉及的運行機製用大家所熟知的適當的物件或方式或事物做類比去說明，這樣效果會更佳。當然，做到這一點並不容易，需要費點腦筋。否則，非專業者看到那些專業詞匯會頭暈的，這也是為什麽非專業者容易被專業者欺騙的主要原因之一，欺騙者往往就是利用這一點而達到目的。
博主前麵所用的ABC去說明剽竊還是造假，就很形象，非常容易被非專業者理解並接受。
她把兩篇文章的三個載體拚圖，都無法證明任何一個符合載體“開口朝外到朝裏，再變形到朝外”的基本要求，根本無法區別那是載體還是隻朝一個方向的通道。
兩次拚圖，不論跟哪個拚在一起，甚至三個拚在一起，還是沒有葡萄糖載體從開口朝裏變成開口朝外的證據。因為木糖載體沒有，Glut1沒有，Glut3根本就沒有開口朝裏的結晶，根本談不到從朝裏變成朝外。
她在麵對全國觀眾，從小學生到政治局，都會有觀眾，就如此忽悠。
幫她洗地的，還對我出言不遜。
“Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data. “
這句意思是："他們(Yan/Maloney)的數據為僅僅基於動力學數據得出的載體模型提供了令人信服的無可置疑級別的證據。”，一看就是老司機翻譯的，雖然令人信服和無可置疑有點redundant，但是也沒有特別離譜，如果把physical evidence翻譯成”物證“會更好，但是我這是有點吹毛求疵，整個來講非常清楚，不是提出了模型，而是為模型提供了物證！
1. 人體葡萄糖載體Glut1，開口從朝裏到朝外變形的證據沒有（她2014年論文裏講的“假設會發生）；
2. Glut1與細菌木糖載體嫁接拚圖，木糖載體開口從朝裏變成朝外的證據沒有（2014論文裏講的）；
3. Glut1 與 Glut3 嫁接拚圖，Glut3開口朝下的證據沒有（2015年的論文裏講的）
4. Glut1 在朝裏的開口外邊有門閂（2014的論文反複介紹）
結論： 人體葡萄糖載體Glut1完全符合通道的特征：
1.開口隻朝一個方向，沒有變形回來的證據；
2.有門閂。這是gated channel的特征。gated channel，中文意思是有開關閥門的通道。
我們探索真理，跟她在火星還是地球沒關係。愛因斯坦早就不在了，引力波的科學事實照樣發表。
我很快就會寫出文科生都能讀明白的博文。一定有人轉帖到清華大學那裏。我相信清華大學不在這一領域裏的教授學者們、博士後、在讀博士生，甚至大學生都能搞明白她是怎麽搞嫁接拚圖也拚不全完整證據鏈的。我相信清華大學也不是鐵板一塊，肯定有無數人不願意被別人忽悠。
事實勝於雄辯。證據確鑿。文章白紙黑字。可不僅僅是剽竊他人成果那麽簡單，發表的論文有天大的漏洞，還忽悠全國電視觀眾。
這個爭辯本來要收場了，你又charging。你拿出以理服人的帖子和humble的態度自然會贏得網友對你的尊重，也是最好最服眾地在幫小顏。喊這些空口號又有什麽用? 記得你鼓勵小顏起訴，試想，在法庭上，法官不懂生化，全靠小顏團隊和律師給法官科普，到那時，你在自然上發了上千篇論文，如果光喊口號也於事無補，隻有哭暈。
好了，這是我最後一次回無用的帖子。這類帖子一概不再回了。替小顏辯護的有些專家還是值得尊重的。
JessAB 2019-08-09 07:37:35 回複 悄悄話 這世界上往往越有能力的人表現得越humble, 反而,那些能力低下的人卻越自負. 那些連自己都沒搞懂的還競敢去取笑別人, 最後是取笑他們自己, 打他們自己的臉!
隻有一個方向，沒有回過來的結構證據。兩次拚圖，不論拚圖多麽合理，還是都無法證明載體從朝外到朝裏再回到朝外的完整證據鏈。到了2015年的論文，還在靠拚圖找Glut1完成載體工作模型所需要的證據，再次表明她2014年發表論文時根本沒有證據證明Glut1開口從朝裏到朝外變形真的發生。她又用Glut3結晶以嫁接到Glut1。然而，還是沒有足夠的證據證明其中任何一個完成了載體的變形。都是差一個最重要的證據：開口朝下時葡萄糖在載體開口處的結晶。沒有這個，就不能說它們是載體，反而符合通道的特征。
加上有門閂，那就是gated channel:有閥門的通道。可她沒CFTR研究組的膽量，公開講CFTR是通道，發表後，所有的研究CFTR的都去了通道領域。
她2015年的論文，是把Glut1 和Glut3拚圖得出兩個葡萄糖載體的工作模型。Glut1 開口朝裏，開口處是空的，沒有葡萄糖。更沒有開口朝外的。Glut3也沒有開口朝裏的。
這個拚圖跟2014年的類似，都無法證明兩個載體的任何一個能完成開口從朝裏到朝外，再回到朝裏的循環。這是小學生就應該明白的最基本的邏輯：就算是拚圖，那你也得拚全了才行啊。你差Glut1開口朝下時葡萄糖在開口處的證據，Glut3連開口朝下的一個證據都沒有。這怎麽就能轉起來了，把撒貝寧給轉暈了？撒貝寧不懂科學常識，那他也應該問問“這是拚圖嗎？這是真的被證明會發生嗎？”可他就沒問啊。聽眾裏也沒人問這關鍵的問題。
Glut3開口朝下的沒找到，也就是說，還是沒達到載體工作模型所需要的一個循環。而且她Glut3開口朝外裏邊不是空的的結晶體是用麥芽糖得到的。不是葡萄糖，Glut3可不運載麥芽糖啊。
你總能找到分子抑製物的，其狀態並非原始狀態。就好比我們用抗生素抑製細菌生長後，測到的細菌狀態來代表天然細菌的狀態，是非常難於證明的確如此。即使用麥芽糖代替葡萄糖，還是沒有開口朝下的結構圖。就拿開口朝下的Glut1 拚在一起，說那就是葡萄糖載體Glut1 和 Glut3兩個載體的工作模型了。
在嚴謹的科學家看來，這明顯是忽悠。因為還是沒有Glut1開口從朝裏變成朝外的證據，也沒有用葡萄糖或麥芽糖作為被運載物得到的Glut3開口朝下的結晶。就是說，用麥芽糖把開口卡住，也沒有開口朝下的結晶。這怎麽就能拚湊出兩個都有了載體所需要的變形循環證據了？因為拚圖裏還是缺乏Glut1開口朝下時有葡萄糖在載體內一起結晶的證據啊。還是等於2014年的拚圖裏“四衝程發動機沒有排氣衝程”，那發動機還是無法轉動不是？？
她是這麽做研究的。靠拚圖，而且拚圖也還是胳膊代替大腿啊。誰知道Glut1 就真的和Glut3是一樣的工作模型？如果靠常識判斷，那花錢花人力做這些研究幹什麽？反正按照顏寧的回複說1966年就知道了載體是這麽工作的！
我們需要一篇篇地解剖她發表的論文。這都什麽科學態度啊。拚圖都拚不全的證據鏈！
cowwoman 2019-08-09 00:49:25 回複 悄悄話 老閻是給模型提供了證據。模型不是老閻提出的，憑啥不能讓小顏用結晶去更全麵的證明模型。老閻這是什麽行為？大家給說說？
1。你認為小顏 用working model來概括是很合適的。我也認為這一點沒有爭議。老閻對此有異議嗎?
2。你說"老閻指出的2015這裏是個拚圖;二個構象源於細菌木糖XylE。" 我理解你這裏所說的圖指的是圖5。 如果圖5是拚圖，不僅證實了老閻的質疑，也由你證實了開口朝上還沒研究出來，也就是說還沒有證據證明開口一上一下的機理。這點你有異議嗎?
3。老閻說這個拚圖一個是人體葡萄糖載體的結晶狀態是開口朝內的，她找到了開口朝外的另外一個載體：細菌木糖載體 xylE。這也是老閻的一個質疑，即兩個永遠碰不到的載體怎麽能硬生生拚到一起。你同意老閻的這個質疑嗎?
4。多問你一個問題。你認為圖5圖的文獻28是published biochemical data的數據源嗎? 如果是，是否應該如此標注:published biochemical data(28)?
請直截了當簡要回答我上麵的問題。 謝謝。
Stegy223 2019-08-09 03:43:55 回複 悄悄話 回複 'ft' 的評論 : “ft 2019-08-08 21:08:34 繼續回複 '老泉' 的評論 : 或者說，因為這個模型的基礎含有未知和未定性成分，所以稱為"working model"?”
就真正全麵認識糖轉運是怎麽進行的(機理)來講，未知和未定性成分多得去了，否則研究糖載體的生化，生物物理學家們要沒飯吃了。
具體點講小顏對底物/糖結合特異性是怎麽達到的研究的很厲害。這點很重要但並沒寫進圖五中。底物結合後如何“啟動”構象轉化/及底物的轉運 - coupling, 更難做，仍然所知甚少。
所以說2014圖五working model 1)沒有涵蓋轉運機理的所有aspects. 2)GLUT Outward-facing, Open構象還沒有。但從細菌FucP 的outward open 結構 可以合理地猜測到(即predict). 3) 另外確如老閻指出的2015這裏是個“拚接圖”。 二個構象源於細菌木糖XylE。
稱為working model 很恰當！
就真正全麵認識糖轉運是怎麽進行的(機理)來講，未知和未定性成分多得去了，否則研究糖載體的生化，生物物理學家們要沒飯吃了。
具體點講小顏對底物/糖結合特異性是怎麽達到的研究的很厲害。這點很重要但並沒寫進圖五中。底物結合後如何“啟動”構象轉化/及底物的轉運 - coupling, 更難做，仍然所知甚少。
所以說2014圖五working model 1)沒有涵蓋轉運機理的所有aspects. 2)GLUT Outward-facing, Open構象還沒有。但從細菌FucP 的outward open 結構 可以合理地猜測到(即predict). 3) 另外確如老閻指出的2015這裏是個“拚接圖”。 二個構象源於細菌木糖XylE。
稱為working model 很恰當！
2、沒人能阻止小顏去幹什麽吧？你覺得小顏現在證明模型不全麵是有人不讓她去證明才導致的嗎？
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cowwoman 2019-08-09 00:49:25 回複 悄悄話 老閻是給模型提供了證據。模型不是老閻提出的，憑啥不能讓小顏用結晶去更全麵的證明模型。老閻這是什麽行為？大家給說說？
This’s how science makes progress in reality.
回複 'newgarden246' 的評論 : 嗬嗬，fox貼的也是edited
另外, 自然雜誌在給老閻貼出來前就原文圖片的事交流過. 你在文中看到附有圖片嗎? 知道為什麽嗎?
在老閻的搏克裏, 你貶低 詆毀老閻, 網友, 自然雜誌, 並以此為樂, 表明你心理太陰暗, 做人沒有底線.
The fundamental problems raised by the AATM can be averted by relinquishing the “mobile site” assumption and postulating instead that the transporter consists of an array of fixed ligand binding sites or nodes with differing, i.e. asymmetric affinities at the inside and outside surfaces. These nodes are connected via a channel which may have transiently open gates. Ligand flows occur by staged diffusion resulting from ligand dissociations and associations between the external solutions and vacant sites at the internal or external surface of the transporter and within the transmolecular pathway. Ligand diffusion occurs between adjacent sites within the network (Fig. 2A). Glucose, upon dissociation from a site, does not jump directly to the adjacent site. It must first diffuse via a separating segment of an intramolecular tunnel or cavity before it binds to the next node. The presence of intermediate sinks between each neighbouring binding sites requires that at equilibrium the ligand concentrations in these intermediate sinks will equilibrate with the concentrations in the external solutions. Thus, at equilibrium no net energy transference occurs from ligand transit between the high and low-affinity sites, because all the intermediate ligand source solutions will be at the same chemical potential as is present in the external solutions and on the binding sites.
ft 2019-08-08 21:15:07 回複 悄悄話 回複ans，你居然相信那個天津王的帖子是支持老閻的人貼上去的? 什麽樣的智商能貼出那樣的帖子!
ans 2019-08-08 20:43:32 回複 悄悄話 回複 'ft' 的評論 : 你這腦子唉，還摻乎學術爭論唉。專心當你的粉吧
根據你的回複，小顏在published biochemical data 這句話結束後給出(figure 5),然後在圖5 的解釋文字裏給出文獻28作為生化數據支持。你認為這是合理的。
我的第三個問題，小顏說圖5所示隻是predicted，並說開口朝上的還沒搞到，即"...remains to be captured"。那就是說，圖5解釋的都是未定性無結論的東西。是在用無結論未定性的東西作為數據和基礎來推出模型。我這樣理解是否正確?
老泉 發表評論於 2019-08-08 20:25:39
回複 'ft' 的評論 : She had a parenthesis (Figure 5)after the sentence and then in Figure 5, she cited the actual reference 28. This is reasonable.
She uses her biochemical data to support her working model and her detail description about the model.
１.即使兩個載體，都是隻有朝一個方向開口，沒有朝反方向開口，就是通道的特征。這一點非常符合。
２.找到了通道才具有的、任何載體都不會也沒有發現過有的，那就是門閂。這是通道的特征，而非載體的特征。這事如果是真的，那無法說服任何人相信那是載體。我會寫一篇專文講此事的。
不知道為何顏寧沒膽量跟當年ＣＦＴＲ研究組那樣就根據自己的試驗結果宣布：ＣＦＴＲ是通道！發表在《細胞》雜誌。從此，研究ＣＦＴＲ的全部由載體領域轉到了通道領域。由於此基因突變是白人的第一大遺傳病，黃種人沒有，研究ＣＦＴＲ載體的當年是載體領域裏的主力。去了通道領域後，載體領域就沒幾家了。
ans 發表評論於 2019-08-08 20:26:10
回複 'ft' 的評論 : 這地洗的，小心哪天你也被洗出去
我們的論文也說是以載體為基礎才研究的。那絲毫改變不了論文的數據。有就是有，沒有就是沒有。ＣＦＴＲ１９９２年的論文也是以載體為先決條件進行研究的，結論是：通道。別拿以什麽為基礎開始研究說事。
別著急，我們慢慢看。是人是鬼，總有曝光的時候。
She uses her biochemical data to support her working model and her detail description about the model.
Older Yan is obsessed with particular old biochemical data used to prove his point. As Ms. Yan mentioned that she simply used the AAM model as the starting point and set her eyes on higher level description of the updated model. One can talk a simple model about outward/inward opening over and over again, or one can choose to provide new insight to make existing model better. Ms. Yan did the latter.
潤濤閻 發表評論於 2019-08-08 20:12:01
回複 'Nekono_88' 的評論 :
那個天津王也是搗亂的，他們是一夥兒的。他的電腦ＩＰ也已經知道，何方神聖還不清楚。他就是搗亂而已。屬於惡作劇性質。也是騙雜誌的。以後慢慢就清楚了。
顏寧要是通過生化方法找到了開口從朝裏變成朝外的證據，那她早就大張旗鼓地宣傳了。主要是因為華大教授已經做過了半胱氨酸掃描，發表了十幾篇論文了，她沒法入手了，因為人家做的跟她是同一個載體Ｇｌｕｔ１。就是華大教授根本就沒想要搞開口朝裏朝外變形的資料，他不敢興趣，而是感興趣對微觀的探索，在動的時候哪些穿膜螺旋參與其中。這是結晶後無法得知的。因為結晶隻有一兩個構型被固定。無法知道動起來的情況。華大教授的論文感興趣的是動起來的狀態。
那個天津王也是搗亂的，他們是一夥兒的。他的電腦ＩＰ也已經知道，何方神聖還不清楚。他就是搗亂而已。屬於惡作劇性質。也是騙雜誌的。以後慢慢就清楚了。
你是這個領域的專家，你複製了文獻28的大段節選，所以你顯然認為文獻28就是小顏論文中已發表的生化數據。你沒有直接回答我，我替你回答了。所以，你堅持你原來的觀點。而老閻仍然認為這些不是生化數據。
我的第二個問題，如果28就是生化數據來源，從寫論文的邏輯和技術方麵的規則，假設這是你的論文，你是否應該把28這一文獻索引標注在published biochemical data旁邊，即: published biochemical data(28)，立刻給讀者一個清楚的查找文獻的線索?
我認為應該標注。因為這數據是建立模型的基礎。你怎樣認為?
那些試驗表明把細菌木糖載體跟人體葡萄糖載體嫁接的合理性。沒有葡萄糖載體和木糖載體從開口朝裏到朝外的變形根據。這是顏寧論文承認了的。圖５的解釋非常清楚。
那些突變都與變形無關。是葡萄糖與木糖結合部位的描述。沒有半胱氨酸與探針的方法，無法得知是否變形。你不懂生化，就看到有突變就以為那是變形的證據。天大的笑話。她這些突變的目的就是說明嫁接兩個載體的合理性。就是葡萄糖與木糖在與載體結合部位哪幾個氨基酸參與其中。僅此而已。把這些看成是變形的生化試驗，是笑話。去讀老卡的論文，就知道了為何用半胱氨酸掃描了。這些突變都沒發生兩個載體的任何一個開口從朝裏到朝外的變形。明白不？
tianjing Wang明明寫的unconditional support,您卻故意偷換成unconditional love，然後大笑不止，連support和love都傻傻分不清，您的細胞哪個部位出了點問題？
"To examine the role of these residues in D-xylose transport, we generated
several XylE variants, each containing replacement of a specific
ligand-binding residue by Ala (Fig. 2c), and examined their transport
activities using both a cell-based uptake assay and a proteoliposomebased
counterflow experiment. Missense mutation of any of the eight
amino acids Gln 168, Gln 288, Gln 289, Asn 294, Tyr 298, Trp 392,
Gln 415 and Trp 416 led to nearly complete abrogation of the transport
activity in both assays. Mutation of Phe 24 also resulted in significant
impairment of the transport activity. By contrast, mutation of Asn 325,which is not directly involved in ligand binding, showed slightly
increased activity in the cell-based uptake and retained nearly full
activity in the counterflow assay. The biochemical analysis is fully
consistent with the structural observations."
"As predicted by our biochemical analysis and sequence conservation,
the coordination of D-glucose by XylE is very similar to that
of D-xylose (Fig. 3b and Supplementary Fig. 10). In comparison with
D-xylose coordination, Gln 168 seems to have a more prominent
function in binding to D-glucose, in that it forms three hydrogen
bonds with D-glucose. An extra hydrogen bond is found between
the carbonyl oxygen of Gly 388 on TM10 and the 1-hydroxyl group
of D-glucose. Gln 175, which is not involved in D-xylose binding, is
hydrogen-bonded to the 6-hydroxyl group of D-glucose. The extra
hydroxylmethyl group of D-glucose is further coordinated through
van der Waals contacts by Ile 171 on TM5 and Phe 383 on TM10.
Except for Gln 175 and Gln 415, all other residues that mediate
D-glucose recognition are invariant in GLUT1–4. Thus the structural
information on XylE provides a molecular framework for understanding
the structures and mechanisms of substrate recognition by
the physiologically important glucose transporters (Fig. 3b and Supplementary
Fig. 1b)."
"The high degree of sequence conservation between XylE and GLUT1–
4, particularly involving the functionally important residues (Supplementary
Fig. 1), allowed us to build detailed structural models
for GLUT1–4 with the program JACKAL42. In these models, the
invariant and conserved amino acids in GLUT1–4 are aligned with
those in XylE, which underlies functional conservation.Webelieve that
these homology-based models of GLUT1–4 more faithfully represent
reality than those derived from sequence analysis or non-homologous
LacY-based models."
"The biochemical characterizations reported here revealed that the
SP motifs as well as the intracellular helix domain have a critical role
for the function of XylE. Given that extensive hydrogen bonds are
formed by these structural elements, some of the residues may contribute
to proton symport. Nevertheless, it remains puzzling that all
these residues are invariant in GLUT1–4 and XylE (Supplementary
Fig. 1b), the former being facilitative uniporters and the latter being a
proton symporter.Themolecular determinants for the proton coupling
in XylE remain to be established."
tianjing wang
6 days ago edited
I hereby give my unconditional, continuing support to YRT from the WXC. This is also to prove that here is an open platform where everyone can post comments at whatever time and in whatever way one pleases.
***************
小顏自己的生化數據可以肯定地說包括Nature2012. 小顏在Working model圖五細注中 憑什麽說"The ICH domain is illustrated as a latch that strengthens the intracellular gate in the outward-facing conformations"? 生化數據在Nature2012 "functional significance of the SP signature motifs" 一節中(364-365頁)。點突變活蛋白經二種功能性生化測定(cell-based uptake and proteolipodomebased counterflow).
Runtao Yan ? 2 months ago ? edited
Dear Nature,
I would like to provide evidences to show that the mechanism and the topological model of glucose transporter was not first identified by Dr. Nieng Yan’s team reported in this Nature paper (2014,Nature 510:121). Rather,Yan&Maloney had reported the findings published in Cell (1993, Cell 75:37 ) and PNAS (1995, PNAS 92:5973). The Nature paper did not mention the Yan&Maloney model at all, nor in references…..
***************
'Keyo' 的評論 :
“顏寧在自己的文章中反反複複地明確指出28，29不是生化數據的來源，而是兩個相關構象的來源，毫不含糊地沒給任何曲解她本意的企圖哪怕是一絲一豪的餘地。如果照您的意思去理解引用28和29，那顏寧的所有文章都沒法讀了，不要這麽糟蹋人家的！”
凡是搞科學研究的，不論專業，都得認可你這句是顏寧承認的：
“顏寧在自己的文章中反反複複地明確指出28，29不是生化數據的來源，而是兩個相關構象的來源，毫不含糊地沒給任何曲解她本意的企圖哪怕是一絲一豪的餘地。如果照您的意思去理解引用28和29，那顏寧的所有文章都沒法讀了，不要這麽糟蹋人家的！”
包括倒下了的幫顏寧洗地的旗手狐狸在內，都是顏寧論文的高級黑。
潤濤閻 2019-08-08 09:44:30 回複 悄悄話 回複 '老泉' 的評論 :
你就用這觀點去《自然》反駁我的質疑，讓業界人士看看顏寧團隊的人都是什麽科學素養和對科學的態度。
顏寧在論文裏告訴你“發表過的生化數據”是參考文獻２８,２９了？哪裏講出來的？那是生化數據？你的狡辯如果占理，那你為何不去《自然》幫她反駁呢？因為你害怕暴露身份，也清楚你真名實姓在那裏胡攪蠻纏的後果。是男兒，就敢作敢當，沒必要女扮男裝男扮女裝李鬼扮李逵披個馬甲在這裏忽悠外行。
狐狸倒下了，把自己得意到不行的博文刪掉了，是該你出頭的時候了。
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這兩句話："不要隻停留在看圖說話的水平。再說看圖說話會誤入歧途"實在是令人費解，要說看閻圖會誤入歧途，那看顏圖(見博文）豈不是也要誤入歧途？再看前文，原來是說顏圖會動，看了不會誤入歧途。
剛開始說“她（顏寧）提議的working model是要詳細到氫鍵的位置，鍵長，鍵角”，請問那些“氫鍵的位置，鍵長，鍵角”是不是靜態的晶體結構構象裏的？
要讓靜態的構象動起來，牽一發而動全身， 那些“氫鍵的位置，鍵長，鍵角” 都要變，怎麽重構那些結晶方法抓不到的“氫鍵的位置，鍵長，鍵角”，別跟我說用不到（顏/閻）“用尺子可以比劃出來”（機理）模型。即使說可以根據“四構象”重建幾十個晶體抓不到的構型（為了讓model 動起來），別忘了“四構象”其中之一也是根據生化數據（很可能是用尺子畫出來的）模型predict出來的。可見小顏的working model也是要讓人“誤入歧途”的。
我想原帖的目的是要忽悠“晶體結構就可以確定working model,用不到別的”，可惜在貶低閻機理時忘了還有（用粉筆畫出來的）顏機理。
凡是在科學領域裏發表過論文的，都明明白白地清楚顏寧根本就不承認２８,２９是生化數據。幫她洗地的，都是她論文的高級黑。為什麽呢？因為顏寧的論文把幫她洗地的路全部堵死了。那她為何這麽做呢？因為一個謊言需要十個謊言掩蓋。既然想剽竊，又不能讓審稿人和讀者發現其破綻，就必須把話說得跟真的一樣。這也就堵死了想幫她洗地的路。
這是幫她洗地的最後都是她文章的高級黑的根本原因。不需要在載體、通道領域，凡是發表過科學論文的，都知道關鍵的地方必須給出參考文獻。我曾經舉過醫生偷竊古董的例子：別辯論什麽他救死扶傷、捐款的事，就說醫生把古董偷偷放入自己提包最裏邊，不付款就溜走這事。別說忘了付錢了，憑醫生的智商和經曆，那絕對沒人相信是你忘了。你從一開始就沒打算付錢。你忘記了在最關鍵的地方給出參考文獻？你怎麽沒忘記在論文上寫上你自己的名字？
你把細菌的木糖載體和人體的葡萄糖載體畫在一個膜上，你告訴電視觀眾那是兩個載體的合成拚圖了嗎？你告訴還沒有開口從朝裏到朝外的證據了嗎？你說那證據是他人的研究成果了嗎？麵對全國人民的電視上，如此忽悠觀眾，這是胡亂解釋ｗｏｒｋｉｎｇ 的人能洗白的嗎？人家顏寧在電視上可沒說那模型還沒找到變形的證據呢。
在此告訴大家：那個主持人是撒貝寧。
小顏不可能在published biochemical data 後麵給出文獻索引28，29。爭辯到現在，這點已經很清楚了。
Keyo 評論:
如果文獻28，29是生化數據的來源， 應當這樣引：。。。。published biochemical data(28,29); 在圖5標題上引：A working model for GLUT1(28,29), 非常勉強。但是顏寧在圖5說明中的引法是指那兩個構象源自28和29，而且她已經在離圖五不遠處的文本中引用過28和29， 意思同樣是指兩個文獻是相關構象的來源。顏寧在自己的文章中反反複複地明確指出28，29不是生化數據的來源，而是兩個相關構象的來源，毫不含糊地沒給任何曲解她本意的企圖哪怕是一絲一豪的餘地。
如果照您的意思去理解引用28和29， 那顏寧的所有文章都沒法讀了，不要這麽糟蹋人家的！
老閻，你的總結很到位。我確實不在這個領域，你的科普和跟帖解釋我都讀了，受益了，謝謝。基於我的思考和判斷，我認為你的質疑是很有道理的。我相信讀貼跟進的網友認同你的質疑的不在少數。我仍然會關注你的質疑，讀你的的科普。總而言之，時間和曆史會給出答案的。
網友們，這次為老閻的質疑引起的爭辯是一個很健康的E交流。感謝每位讀我帖子並回複的網友。感謝每位專家的專業回複，本人受益了。希望網友們在此爭辯中不要結怨，華人缺少的就是敞開心胸，各抒己見。
這是我第一次跟貼老閻的博客，學到了不少東西。我仍然支持老閻的質疑並期待權威專家對老閻的回複。
祝各位網友順利好運。
She did.
She cited references 28 and 29 in Figure 5 to support occluded conformation states.
see below
Figure 5 | A working model for GLUT1. Shown here are the predicted
conformations—outward-open, ligand-bound and occluded, inward-open,
and ligand-free and occluded—required for a complete transport cycle
according to the alternating access model. The inward-open conformation of
GLUT1 is reported in this study. The ligand-bound, occluded conformation
and the ligand-free, occluded one are predicted from two XylE structures in the
outward-facing, partly occluded and ligand-bound state (28), and the inwardfacing,
occluded state (29), respectively. The outward-open structure remains to be
captured. The ICH domain is illustrated as a latch that strengthens the
intracellular gate in the outward-facing conformations. The extracellular gate
comprises a few residues from TM1, TM4 and TM7 that are illustrated by the
red brick in the ‘inward open’ cartoon.
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如果文獻28，29是生化數據的來源， 應當這樣引：。。。。published biochemical data(28,29); 在圖5標題上引：A working model for GLUT1(28,29), 非常勉強。但是顏寧在圖5說明中的引法是指那兩個構象源自28和29，而且她已經在離圖五不遠處的文本中引用過28和29， 意思同樣是指兩個文獻是相關構象的來源。顏寧在自己的文章中反反複複地明確指出28，29不是生化數據的來源，而是兩個相關構象的來源，毫不含糊地沒給任何曲解她本意的企圖哪怕是一絲一豪的餘地。
如果照您的意思去理解引用28和29， 那顏寧的所有文章都沒法讀了，不要這麽糟蹋人家的！
幫顏寧洗地扛大旗的狐狸倒下了。從開始的評論看，你不在載體、通道領域，可你也搞明白了顏寧論文的漏洞與剽竊實錘所在。不需要我，就你這從這裏學到的知識就能把那幾個胡攪蠻纏的洗地者逼到到無言以對地步，表明科普沒那麽難。在電視上忽悠了全國人民從小學生到中央政治局常委的演講，其內容從嫁接拚圖在一個膜上到沒有證據證明開口從朝裏變成朝外的證據，就說那是人體葡萄糖載體的工作模型，還說每秒鍾來回幾千次。把全國聽眾忽悠地一愣一愣的，主持人都說被轉暈了地步。
我們要真相！
我們要知道誰發表的生化數據；
我們要知道人體葡萄糖載體開口從朝裏變形到朝外的證據在哪裏；
我們需要知道誰發明的方法能在活體載體上獲得生化數據以證明其變化真的發生；
我們要知道政府花費了多少錢用在了這樣的論文上（因為那些錢是可以用於精準扶貧／用於真正創新／用於幫助窮學生付學費的．．．．．）
耐心等待nature的回複。我也期待替小顏辯護的專家們去nature反駁你，不要像個鄰家老太太天天扒門縫嚼舌頭一副娘娘腔，當然這隻是個別專家。
下麵是丘山複製的小顏在圖5給出的文獻索引。她這裏圖5的索引是很detailed的，卻沒有給出published biochemical data的索引。你堅持說28，29就是生化數據。如果是的話，小顏完全可以同樣這樣標注索引:published biochemical data(28,29)。這不是畫蛇添足，因為這些數據太重要了，必須標出。但她含糊沒有明確標出，而這恰恰就是老閻質疑的。老閻就是想知道是什麽數據，因為根據老閻的科研經曆和知識，那些生化數據是和老閻過去的研究是有關的。
小顏為何要在此含糊不交代清楚? 解答老閻的質疑並不是一個繁雜疑難的問題。
老閻還強調，朝上開口的小顏還沒搞出來呢，即to be captured。
你把爭辯的焦點piece together，這裏麵要求的是邏輯和證據鏈。
這些話都反反複複說了多少遍了。我真的搞不懂，為什麽你老在這裏打轉轉。
....occluded one are predicted from two XylE structures in the
outward-facing, partly occluded and ligand-bound state (28), and the inwardfacing, occluded state (29), respectively. The outward-open structure remains to be captured....
我想前麵指責她圖五沒有引文是特指生化數據 老閻也不是做結構的 他一直糾結的是生化數據 其實你要是去看他的第一篇有關科普和評論 他對小顏是盛讚的 可惜呀 現在....
你就用這觀點去《自然》反駁我的質疑，讓業界人士看看顏寧團隊的人都是什麽科學素養和對科學的態度。
顏寧在論文裏告訴你“發表過的生化數據”是參考文獻２８,２９了？哪裏講出來的？那是生化數據？你的狡辯如果占理，那你為何不去《自然》幫她反駁呢？因為你害怕暴露身份，也清楚你真名實姓在那裏胡攪蠻纏的後果。是男兒，就敢作敢當，沒必要女扮男裝男扮女裝李鬼扮李逵披個馬甲在這裏忽悠外行。
狐狸倒下了，把自己得意到不行的博文刪掉了，是該你出頭的時候了。
話說回到圖5她特別引上的文獻28、29我理解的是僅僅指結構
....occluded one are predicted from two XylE structures in the
outward-facing, partly occluded and ligand-bound state (28), and the inwardfacing,
occluded state (29), respectively. The outward-open structure remains to be
captured....
他慣用斷章取義的辦法忽悠外行。他無外乎是說：最早發現葡萄糖載體是由１２穿膜螺旋的業界大牛用我們的方法發表的論文隻有９篇給出了參考文獻，其它的沒給出，我就應該去找人家算賬。多麽荒唐的邏輯啊。人家給出了那麽多次引用的參考文獻，有必要永遠引用嗎。何況人家後來的論文裏引用了自己發表過的論文，讀者去讀就找到了我們的論文啊。他的意思是：大牛用你的方法但沒篇篇引用你的論文，就算欺負了你，你就應該去找人家算賬。這都什麽邏輯啊。
SwiperTheFox 2019-07-31 20:07:40
回複 '潤濤閻' 的評論 :
2014圖5引了2012的生化數據。 2014 討論裏也引了其他做晶體結構文章裏的生化數據。
顏在2010年FucP的晶體結構一文裏早已畫出了類似2014的機理圖。 2013 Iancu葡萄糖蛋白Symporter裏也有。 Iancu也沒引你的，其實類似的機理圖至少可以追溯到2006。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17262.html
Mueckler 2004年以後做的Glut1好幾個跨膜區都沒引你的。
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這裏http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17262.html就是原先狐仙的7月15日的帖子“轉運蛋白模型一日遊 （五）總結”。
當然你現在再用這個鏈接去找的話，結果是：該博文不存在, 或已被刪除
狐狸在《自然》的貼不是他自己刪的吧？他用黑社會的方式打黑槍竟然在頂級科學雜誌上。他的電腦ＩＰ網站是可以查出來他是何方神聖。如果是顏寧論文的作者之一，那就證明顏寧的團隊連黑社會的招數都用在科學上。如果不是顏寧團隊的，那就有特殊任務的可能了。他為何刪除自己博客的博文？因為他清楚他在科學上是顏寧論文的高級黑，他隻能忽悠外行。一旦被破解他是顏寧團隊的，那他的科學誠信全無。如果他不是，那這件事本來是科學家們探索真相的就變成了黑社會幫派行為用到了科學領域。
其他幾個幫顏寧洗地的竟然說顏寧發表過的生化數據證明開口從朝裏變成朝外是門閂！！！如果顏寧的論文題目和結論是：葡萄糖載體其實跟ＣＦＴＲ一樣是通道，那門閂的價值就大了。無數科學家在通道領域天天在找某通道的門閂（開或關門的部位），幫她洗地的找到了。
不怕強對手，就怕豬隊友。
老泉，你回複我的生化數據一爭網友已經替我回複你了。
給顏寧的論文增添光彩，原來顏寧“發表過的生化數據”是門閂，那是多麽偉大的光榮的事業？
讀者們都是根據西方科學家在過去兩百多年裏建立起來的互信機製，都不懷疑她發表過生化數據證明開口從朝裏變成朝外的證據。
而且，引用她論文的多是搞結晶衍射的技術。搞結晶的科學家多，而搞載體的少。
你需要知道，昨天我給出的被撤稿的１０７篇論文裏就有被引用數字超過顏寧論文的。這你想不到吧？因為科學家們都不會懷疑論文裏有謊言。這１０７篇都是中國科學家。
對不起 剛才打錯字了
https://en.wikipedia.org/wiki/James_Watson
ONLY and can only PROPOSING sturcture, nothing and no way can do anything about
WORKING MODEL.
working model needs DATA to support.
people dont use English dictionary to discuss scientific topic.
但是更可恥的是他現在轉移目標說她是”剽竊他人的成果”, 因為用他的quote ”不給出參考文獻就等於剽竊”. God, 他這是什麽邏輯?! 他根本就沒有做過”他人”的東西, 他拿什麽資格去指控Nieng “剽竊他人的成果”. Nieng 的2014 Nature paper 已經發表了5年左右, 到至今已被引用了363 次. 閻和unconditional supporters 用腦好好想想, Nieng的同行們怎麽沒有出來像閻那樣的指控??!!
為何不去《自然》發表評論替顏寧反駁我的質疑呢？探索真理竟然用黑社會那套打黑槍隱姓埋名女扮男裝或男扮女裝李鬼扮裝成李逵的方式！這是《自然》雜誌開創以來的第一次都有可能。國內黑社會腐敗拉幫結派那套竟然拿到國際頂級科學刊物上，讓雜誌編輯們驚掉下巴的事都幹得出來！
去用真名實姓探索真相探索真理，那是何等的偉大、光榮、正直的事業？為何不去呢？原來幫顏寧論文洗地的“竟無一人是男兒”，就想靠披著馬甲胡攪蠻纏忽悠外行。
去《自然》雜誌用“門閂”表明開口朝裏變成了開口朝外的“生化數據”給業內人看，多麽好的事啊。快去！
他們想為顏寧白紙黑字剽竊他人成果狡辯，最後的狡辯證據竟然是說的那個門閂！門閂是結構圖像得到的，就算是生物化學方法得到的，那怎麽有門閂就是載體開口從朝裏變成朝外的證據了？？？顏寧可沒說那是開口從朝裏變成朝外的生化數據。通道也必須按時關上，開關的種類五花八門。但必須有關上的部位，否則那神經鈉離子通道永遠開著，大腦會發生癲癇等精神病。該開時開，該關時關上。通道都是這樣的，隻是開關的種類與部位不同，控製的分子或電壓不同。
這些顏寧的豬隊友趕緊去《自然》發表評論啊，探索真理那是偉大光榮的事業，你們為何不去呢？
Great example ----- to prove you are wrong again!
Watson和Crick是如何推測..., the key word here is "推測" it is not working model. to be qualify as working model you need data to support your "推測". where is the DATA?!
"Fanreninus 發表評論於 2019-08-08 06:56:35
第二，沒有構象不能推測模型和機理嗎？知識如此淵博的大師和粉們不應該不知道Watson和Crick是如何推測出DNA雙螺旋的吧？如果不知道請看拙文。http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201905/23249.html
圖5不是生化數據，這個昨天討論一天了，圖5裏有文獻28和29也不是。為何不是，網友和老閻都討論過了。
那個支持小顏的專家希望能上來替小顏解答我的問題，歡迎。
老泉 發表評論於 2019-08-08 07:05:53
回複 'ft' 的評論 : 最簡單的寫論文常識是，如果28和29是有關published biochemical data, 就應該在data後麵立刻給出文獻索引，不是嗎?
She did.
She cited references 28 and 29 in Figure 5 to support occluded conformation states.
我們的論文證明了葡萄糖載體是載體而不是通道。顏寧的論文是晶體結構，隻是假設開口朝裏到朝外變形，所以，她無法證明那是載體而非通道。幫她洗地的說早就知道了葡萄糖載體是載體，那她還嫁接拚圖畫出圖５是葡萄糖載體的工作模型幹嘛？她根據什麽說Ｇｌｕｔ１就是載體的？她文章講得很清楚：是根據她自己的結構嫁接圖加上發表過的生化證據（不給出參考文獻等於剽竊）。而她明明白白承認開口從朝裏變成朝外是假設會發生。就否定了她發表過開口從朝裏變成朝外的證據。
載體模型必須具備區別於通道的關鍵一點：開口從朝外變形到朝裏；再從朝裏變形到朝外，完成一個循環。否則，那就不是載體模型。
BTW, you may have had different interpretation of your lab data and illustration from Maloney, but Maloney wrote it (gated pore, which may be right in some instance and could be part of AAM theory).
這是明擺著的，白紙黑字。如果那是開口朝裏變成朝外的生化數據證明，那她就是騙子！因為她說的就是開口從朝裏到朝外的變形是假設會發生。也就否定了以前有過生化數據證明它的確發生。
有膽量麵對本行業的專家，就去《自然》雜誌用這樣的狡辯幫她洗地。在這裏忽悠外行人毫無價值。
如果她的論文發表在１９９２年，那所有的讀者就認為她證明了人體葡萄糖載體跟ＣＦＴＲ一樣，是通道，因為隻有一個方向的開口，沒有開口從朝裏到朝外的變形。而且還有一個門閂，按時關掉通道的門。
She did.
She cited references 28 and 29 in Figure 5 to support occluded conformation states.
see below
Figure 5 | A working model for GLUT1. Shown here are the predicted
conformations—outward-open, ligand-bound and occluded, inward-open,
and ligand-free and occluded—required for a complete transport cycle
according to the alternating access model. The inward-open conformation of
GLUT1 is reported in this study. The ligand-bound, occluded conformation
and the ligand-free, occluded one are predicted from two XylE structures in the
outward-facing, partly occluded and ligand-bound state (28), and the inwardfacing,
occluded state (29), respectively. The outward-open structure remains to be
captured. The ICH domain is illustrated as a latch that strengthens the
intracellular gate in the outward-facing conformations. The extracellular gate
comprises a few residues from TM1, TM4 and TM7 that are illustrated by the
red brick in the ‘inward open’ cartoon.
這文章證明了細菌葡萄糖載體ｕｈｐｔ就是變形的載體，不是通道。當開口朝外時，裏邊是密封的；當開口朝裏時，外麵是密封的。而顏寧的模型，根本就不夠載體模型所需要的最基本的條件：她沒有開口從朝裏變成朝外的結構證據。
我們是搞活體載體生化試驗的，不是搞結晶了的不動的結構的。但無論如何，我們的論文沒漏洞，而顏寧的論文分辨率再高也有天大的漏洞。我們的生化試驗不是搞詳細結構圖的。我沒說過不需要搞結構啊。這是兩碼事。搞結構，有漏洞，無法證明那是載體，明白不？
我給過鏈接：就用我們的方法加上半胱氨酸鏈接上，便可把結構搞到接近１埃地步。論文是老卡搞的，題目是《不需要結晶便可研究載體的結構》，去讀一下，你就知道了半胱氨酸掃描技術的應用了。我們那時沒想搞到具體到分辨率１埃地步。我給你舉個例子，三格教授在發表ＤＮＡ測序論文時，效率低到今天難以置信地步，用的是人工跑膠，用放射性，一排樣品也就能讀２００個堿基，要是碰到ＧＣ多的地方，就讀不出來。今天，用機器做，比他那時效率和準確性高百倍不止。可人家是開創者，是此技術的第一發明者。諾貝爾獎給的是他，而非今天任何實驗員都比他效率高百倍的人。
我們的新技術是在細菌的細胞膜上搞成的，能被利用到真核細胞膜上，是Ｍｕｅｃｋｌｅｒ教授直接用在青蛙卵上的，就是用的人體葡萄糖載體。表明任何細胞膜都可以用我們的方法。至於我們那時候還沒詳細到老卡那地步，是所有新方法發現出來後的慣例。後麵就有人更詳細了，甚至改進了。
任何生物科學家都沒提出我們的方法有任何缺陷，你說我們的論文沒到詳細地步。就好比ＤＮＡ測序當年發表的論文還沒有熒光標記呢！那你能否定ＤＮＡ測序的生化方法嗎？
第一，關於生化資料，文獻28裏做了好幾個突變，目的就是顯示那個ICH門閂的重要性，如果沒有那些資料，她可能不會在模型中畫出門閂，懂嗎？
第二，沒有構象不能推測模型和機理嗎？知識如此淵博的大師和粉們不應該不知道Watson和Crick是如何推測出DNA雙螺旋的吧？如果不知道請看拙文。http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201905/23249.html
Our interpretations are consistent with a model, derived
earlier (8), which argues that the pathway through a transporter
is not fully open in either its outward- or inward-facing
conformation. This avoids unintended leaks or channel-like
activity and guarantees that only a single substrate (or set of
substrates) moves during a single transport cycle (5, 8). As a
result of this constraint, one may deduce that the pathway has
regions whose accessibility to hydrophilic molecules (e.g.,
PCMBS, G6P) corresponds to that of the domains A, B, and
C identified here (Fig. 3; see text). Thus, one expects to find
two peripheral domains (e.g., domains A and C) that are fixed
in their orientations relative to internal and external aqueous
phases and therefore accessible only to substrates (and probes)
from a single surface. One also expects to find a third region,
lying between these outer domains, with an accessibility similar
to that of domain B-that is, a domain that communicates
alternately with the inner and outer aqueous phases via
domain A or C. Consequently, when the transporter is in its
outward-facing conformation, external substrates (or probes)
would contact domains C and B but not domain A. Conversely,
when in the inward-facing conformation, substrates (or
probes) could interact with domains A and B but not with
domain C. Accordingly, this model may be thought of as
describing a mobile barrier (22); substrate transport arises as
the formation and collapse of barriers (domains A and C)
forces the translocation pathway to communicate with the
inner and outer aqueous phases in alternating sequence. If the
core domain B functions solely as a passive conduit for
substrate movement, one might also view this transporter as a
"gated pore," but before adopting this terminology it may be
best to await a better experimental definition of this central
region.
Such models have their intellectual roots in the kinetic
structures introduced in the 1950s (cf. ref. 5), but because
progress in biochemical analysis of membrane proteins has
been slow, the physical basis of these ideas is only now being
clarified. The main goal of our present work has been to
develop a new way to look at structure-function relations in
UhpT, and our analysis of TM7 now shows how molecular
biology can supplement the usual methods of probing these
issues. Moreover, as a general strategy, these techniques may
have special relevance to proteins, such as membrane transporters,
whose dynamic character is less easily accommodated
by the more traditional approaches.
We thank E. Lattman for helpful discussion and M.-C. Fann and M.
Matos for permission to cite unpublished work. This work was
supported by grants from the U.S. Public Health Service (GM24195)
and National Science Foundation (MCB9220823).
1. Marger, S. D. & Saier, M. H., Jr. (1993) Trends Biochem. Sci. 18,
13-20.
2. Kaback, H. R., Jung, K., Jung, H., Wu, J., Prive, G. G. & Zen, K.
(1993) J. Bioenerg. Biomembr. 25, 627-636.
3. Poolman, B. & Konings, W. N. (1993) Biochim. Biophys. Acta
1183, 5-39.
4. Henderson, P. J. F. (1993) Curr. Opin. Cell Biol. 5, 708-721.
5. Maloney, P. C. (1994) Curr. Opin. Cell Biol. 6, 571-582.
6. Maloney, P. C. (1990) Res. Microbiol. 141, 374-384.
7. Sonna, L. A., Ambudkar, S. V. & Maloney, P. C. (1988) J. Bio.
Chem. 263, 6625-6630.
8. Yan, R. T. & Maloney, P. C. (1993) Cell 75, 37-44.
9. Friedrich, M. J. & Kadner, R. J. (1987) J. Bacteriol. 169, 3556-
3563.
10. Island, M. D., Wei, B. Y. & Kadner, R. J. (1992)J. Bacteriol. 174,
2754-2762.
11. Foster, D. L., Boublik, M. & Kaback, H. R. (1983)J. Biol. Chem.
258, 31-34.
12. Mueckler, M., Caruso, C., Baldwin, M., Panico, S. A., Blench, I.,
Morris, H. R., Allard, W. J., Lienhard, G. E. & Lodish, H. F.
(1985) Science 229, 941-945.
13. Chin, J. J., Jung, E. K. Y. & Jung, C. Y. (1986)J. Biol. Chem. 261,
7101-7104.
14. Wang, D. N., Sarabia, V. E., Reithmeier, R. A. F. & Kuhlbrandt,
W. (1994) EMBO J. 13, 3230-3235.
15. Kunkel, T. A. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 488-492.
16. Rosen, B. P. (1986) Methods Enzymol. 125, 328-337.
17. Altenbach, C., Marti, T., Khorana, H. G. & Hubbel, W. L. (1990)
Science 248, 1088-1092.
18. Lynch, B. A. & Koshland, D. E., Jr. (1991) Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 88, 10402-10406.
19. Akabas, M. H., Stauffer, D. A., Xu, M. & Karlin, A. (1992)
Science 258, 307-310.
20. Akabas, M. H., Kaufinann, C., Cook, T. A. & Archdeacon, P.
(1994) J. Biol. Chem. 269, 14865-14868.
21. Xu, M. & Akabas, M. H. (1993) J. Biol. Chem. 268,21505-21508.
22. Mitchell, P. (1990) Res. Microbiol. 141, 286-289.
理工科論文許多抄襲剽竊都是在數據方麵的。理工科的博士們教授們都知道，數據是論文推理的基礎。沒有數據，什麽論文都寫不出來。所以，在論文中清楚明確地給出所依據的數據來源的文獻索引是至關重要的。
一個優秀的科學家教授博導，一定思維嚴謹，對此十分清楚。小顏為何對這個最容易讓人質疑的數據來源含糊不清?
根據論文的英文原文，這些數據是她們自己的，那也應該明確給出文獻索引。
這些你能替小顏解答嗎?
根據你下麵的評論，引申意思是說小顏不需要老數據。那麽，小顏在論文中說的模型的基礎數據published biochemical data 到底是什麽數據? 你之前有個帖子說這個數據在文獻28和29。隨後網友說28和29不是生化數據，是構像數據。
最簡單的寫論文常識是，如果28和29是有關published biochemical data, 就應該在data後麵立刻給出文獻索引，不是嗎?
生化數據不是"我們在找",是小顏自己說的，老閻質疑她那到底是什麽數據，何時發表的，哪裏發表的。
你如果有空，就替小顏把數據找到。這就是老閻質疑的。我又換個法兒解釋了一下，現在明白了吧?
老泉 發表評論於 2019-08-07 21:01:50
回複 'ft' 的評論: 你們與小顏想的不在一個層次。你還停在九十年代水平，要證明整個轉運體結構的開口向外向內，因此在找老數據，小顏想的是結構內原子層麵的細節。
應該是相比其它引用的文章的不重要，相關性小。不值一提
1。 忘了
2。相比其它例子的不重要，相關性小。不值一提。
3.專門例出就要對應於具體的文章那一部分有關，有可能降低自己工作重要性的評價。因為二者之間的聯係太緊密。
這件事一個簡單而且容易理解的解釋就是，小顏的結晶實驗本身設計就利用了”已有的生化數據”及老閆模型，得出的模型二者也完全一致。要是把前人的工作抬高了後者的工作光彩就減弱了。
顏寧靠拚圖，也隻是拚出了葡萄糖從一個方向開門進入細胞的圖片證明。還是沒有開口回到朝外的證據。就等於發動機的活塞隻往下走，沒有回來的證據。開口朝一個方向，那就是通道，而非載體。所以，載體的工作模型就必須是雙向的：門朝裏開回到門朝外開。來來回回把葡萄糖分子帶入細胞。
而顏寧的論文靠拚圖還是找不到開口從朝裏開回到朝外開的證據。等於那不是葡萄糖載體的工作模型。如果不是根據發表過了的生化數據，那就是通道了。而發表過的生化數據，是他人的成果，不給出參考文獻，那就是剽竊。實錘的！無法反駁的。因為她論文裏介紹了開口從朝裏到朝外是假設的。如果她以前發表過，她還說是假設，就否定了自己以前發表過的證據。何況搜索她的論文也沒有這樣的證據發表過。
顏寧的結構分辨率高，但沒有開口從朝裏到朝外的變形證據，隻有一個方向的開口就是通道。連是否是載體的證據都沒有，分辨率再高也說明不了是載體的工作模型。
至於她介紹的假如開口從朝裏到朝外變形，葡萄糖分子如何被釋放，哪些原子參與其中，是假設，是根據細菌木糖載體開口朝外木糖結合時的結晶結構推理出來的。她沒有木糖載體從朝裏變成朝外的圖片證據，也沒有葡萄糖載體從朝裏到朝外變形的證據，她的圖５下麵的解釋非常清楚。想在這裏忽悠外行，是徒勞的。去《自然》雜誌幫她反駁我的疑問就好。
沒有生物化學數據，隻有靠結晶不動的載體證明載體的工作模型是可以的，那需要：
１.不能靠嫁接拚圖，驢唇就對驢嘴，不論馬嘴跟驢唇多麽像；
２.結晶出一個葡萄糖載體開口朝裏時的兩種狀態：一個是裏邊有還沒釋放出來的葡萄糖分子的狀態，一個是已經釋放出來了葡萄糖分子的狀態；
３.結晶出葡萄糖載體開口朝外時的兩種狀態：一個是葡萄糖結合進去的狀態，一是葡萄糖釋放出來的狀態。因為人體葡萄糖載體Ｇｌｕｔ１是雙向運轉葡萄糖分子的，就有這四種狀態存在。結晶不到，靠嫁接電腦拚圖也可以，那必須找到木糖載體或葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的證據（開口朝外，也就是說，開口朝外時釋放了葡萄糖分子的和沒釋放葡萄糖分子的都要有）。現在，顏寧的論文裏沒有這樣的證據，拚圖也沒有，是假設可能會發生。所以，那不是葡萄糖載體的工作模型，也不是木糖載體的工作模型，因為木糖載體開口從朝裏變成朝外的結構圖也沒有。
如此簡單的道理，還需要反複解釋嗎？想反駁，去《自然》雜誌，給同行們說道說道。並把發表過的生化數據拿出來，以告天下蒼生，從哪裏剽竊來的數據。連數據是什麽，文章都沒給出呢！是哪裏來的數據證明了開口從朝裏變成朝外的？忘了介紹了？忘了，真的是忘了嗎？
請教個問題，你下麵的話
“她描述working model 時寫到：轉運體TMD與ICH作用使轉運體取開口向外構象。隨著底物...”
所寫的一大段描述是她的想象需要她繼續working on it 去證明？還是這個working model本身巳經要表達的意思？
老泉，你的專業回複很長，看得出來你也很認真地準備了回複，大概花了不少時間。很抱歉，我在此給你潑一瓢冷水，你的回複是答非所問，你讀一下昨天所有的跟貼，裏麵的討論回答了為什麽我說你是答非所問。我實在是懶得重複了，你沒有明白老閻的質疑實質是什麽。不管怎樣，謝謝你的認真回複。
別說這個，沒用。我那文章是為１９９５年的文章開路的。就是下一篇論文的因子。這是１９９５年論文的重要性暗示。到ＰＮＡＳ就徹底解決了。這是開始用半胱氨酸掃描的意義所在。在１９９３年時，解決了開口朝裏朝外互相變化的大概模型，已經證明它是個載體了，但具體的變化需要半胱氨酸掃描。你根本就沒讀懂文章的內容。去讀華大教授對我１９９５年論文的一係列介紹和解釋。老卡也用此方法證明了ＬａｃＹ的工作模型。衍射的圖像比顏寧的不差，他仍然說那是可能發生。顏寧的圖５寫的非常清楚：開口從朝裏到朝外的變形是ｐｒｅｄｉｃｔｅｄ。沒有證據。
顏寧的文章沒有證據證明開口從朝裏到朝外的變形。因為那是結晶的，她是假設是那樣子的，而沒有任何證據會發生。她根據開口朝裏時的結構解釋如果發生從朝裏到朝外的變形哪些原子會參與其中。而不是說真的就發生了。明白不？
Although we can identify a residue within the translocation
pathway of UhpT, we cannot yet comment on how
this pathway might operate. Even so, it seems appropriate
to frame the limiting possibilities as a guide to future work.
Do C265 and similar residues undergo a physical dislocation,
literally moving from one membrane surface to the
other during transport? This would be in line with the traditional
conception of a mobile carrier (Widdas, 1952, 1988).
Or perhaps residues such as C265 are fixed in space,
lying at the juncture of preformed pathways that extend
inward from either aqueous phase, a limit more closely
reflecting the idea of a mobile barrier (Mitchell, 1990). In
either case, there is now a clear target for future work with
UhpT.
ft 2019-08-07 08:01:43 回複 悄悄話 回複老泉，
老閻質疑的是數據是哪來的=根據的數據是哪來的=模型的數據是哪來的。不是質疑小顏的算法。你好好讀讀老閻給我的回複。
老泉 發表評論於 2019-08-07 07:20:50
回複 '時不時來看看' 的評論 : 你是時間？你不先提我，我才不會回你。至於罵人的人，大家知道是什麽回事了，而且邏輯錯了，因為小顏的成就大點。記住是老閻自己先在博客討論學術問題。大家用筆名，更平等。再加一點學術的：小顏的結構模擬本身就可以算出開口向外的多種構象及其能量。利用熱力學就可大致確定最可能的開口向外瞬間具體構象。當然通道及其構象是動態的，找到某一特定狀態的晶體不容易。因此她的開口向內晶體結構才重要。
我去了你的博客，發現你有希望看到更多科普文章的博文。怎麽今天突然改變觀點了？我可沒參與打架。你也在你博客裏講這是科普。你為何反對科普來了？
這個係列可不隻是文學城網站，被轉到很多地方。希望以後更加熱鬧，掀起科普追求真相的新高潮。國內也不是鐵板一塊，一旦知道真相的越來越多了，就會高速度蔓延開來。我是相信清華大學的多數教授學者科學家以及博士生們的判斷力的。
真理是不怕討論的，科學論文是需要值得仔細揣摩的。到底哪個是真哪個是假，總有被大家接受的那一天。內行需要把關鍵捅開，大漏洞在哪裏，讀者就會越來越大地明白過來。然後，就更進一步了解後麵的真相：清華大學邀請過多少美國著名教授？在國內時都是什麽待遇？
我是看到顏寧最近突然間發微博說她恨透了國內的腐敗。這就有意思了。讓我們慢慢來。國內絕對不是鐵板一塊。總有人不甘心被聰明人忽悠。最多兩三年後就會有更多國內的人了解葡萄糖載體論文的真相。
你又轉話題了. 顏寧在電視上有沒有忽悠中國觀眾, 我不知道,因為我沒看電視, 沒有第一手資料. 但是你指控她的Nature 的文章是”剽竊”, 就是你的不對.
類似“你指控她的Nature 的文章是”剽竊”, 就是你的不對”的話，JessAB 網友說過好多次，我想您的意思是：不能說顏寧”剽竊“，說了就不對。不知您是否看過閻博主有關文革的文章，如果年輕可問問父母，文革期間要敢說偉大領袖一個不字，下場是什麽？ 什麽時候顏寧也不能說了？說了就不對？！先甭講顏寧剽竊（不喜歡的話換成“當引而不引”）是有根有據的，即使閻博主隨口一說，難道也得把他的嘴堵上？咱也別上綱上線了，看看跟帖裏批閻的， 博主刪過一個字嗎？
尤其是幫顏寧洗地的對我人身攻擊的那幾個人還沒換馬甲呢。所以，這事慢慢來。科普就不能著急。科學結論，真相隻有一個，那就是真理。探索真理，樂趣多多。
我相信清華大學裏也有樂於探索真相的，因為並不是所有的人都想被別人忽悠。用不了幾個月，就會有發展。了解真相的就會越來越多。真理越辯越明。對此，絕對不需要有絲毫懷疑。否則，科學就不會發展到今天。
可以啊。反正科普不著急，但我不會放棄給國內更多讀者科普顏寧發表的葡萄糖載體論文。現在越來越多的文學城讀者明白了她論文的漏洞在哪裏。國內很多人看過她電視演講的還不清楚是怎麽回事。
開玩笑吧？我都退休了，還發什麽論文？
你以為在博客寫文章就白寫了？
就是Ｄｒ．Ｓｎｙｄｅｒ全世界文章引用最多的也就是上千人讀。根本比不上文學城網站的任何一篇博文。這個世界上能有幾千人讀的科學文章太少了。
博客科普文章比科學論文讀者多太多了。國內很多讀者來讀我的文章，比任何科學雜誌讀者都多。大多數科學論文就幾百人讀。跟博客沒法比的。
很多人腦子裏就有利益與輸贏，而非真相。然而，久而久之，還是有很多人能夠理解科普文章的。科學論文沒什麽神秘的，寫科普都可以讓文科生聽明白的。
讓文科生都了解科學真理的奧秘與科學家必須具備的一絲不苟的精神，是功德無量的事。那些誤以為爭利益而探索真理的，那是對西方科學家的科學精神不了解，在美國白待了。
我在昨天還是前天介紹了ＭＩＴ校長諾貝爾獎得主被ＭＩＴ趕走的故事，就是一位日裔教授手下的一位美國白人女孩，博士後期間的研究論文，導師作假，發表在《細胞》，ＭＩＴ校長署名了。第一作者女孩博後不幹了，狀告老板造假，ＮＩＨ先後派出四個調查組，都站在日裔教授一邊。主要是作假後文章發表了，教授自己把作假的那部分搞出來了，跟猜想的一樣。但博後女孩不答應，最後告到美國國會。國會派出調查組，證明文章結論是對的，但造假是事實。日裔教授承認了造假。ＭＩＴ校長不答應撤稿，日裔教授答應了女孩撤稿的要求。看看美國女孩科學家的態度。這是美國創新的源泉。如果大家都想著眼前利益，那求真精神就被扼殺掉了。
我們不是為了誰輸誰贏，而且沒有什麽可贏的。而是探索真理，需要了解真相。
我講過故事，再介紹一遍：
蘇聯有個高產大科學家李森科，把蘇聯共產黨政治局包括斯大林都騙得跟傻子似的。都以為李森科是蘇聯的驕傲，升為蘇聯科學院副院長。頂級的科學大師。然而，蘇聯花費的巨額經費都泡湯，就換了李森科一個院士與副院長和無數篇論文。這不是最重要的，最重要的是：無數科學家根據李森科的理論繼續搞創新，結局都是浪費人力物力。一個科學家，如果缺乏科學精神，像李森科那樣明明有天大的漏洞照樣發表，那後麵跟著的投資將是什麽樣？別說造出上市新藥了之類的投資，就是無數科學家的科研經費都隻能打水漂。我說的是上世紀蘇聯的故事。
我們需要對有天大漏洞的論文探討其發生的原因。這些都可以在任何網站討論，因為很多人對這點科學知識還是能理解的，搞明白裏邊的貓膩也不是那麽難。我們有責任讓更多的華人了解真相。尤其是國內的科學家。
去哪個網站立此存照是很好的一個建議。同時建議submit 之前英文要找母語的人過一遍。對”我覺得你在這裏討論，真的沒啥意義”表示下異議。so far 所做的與指望得到官方認同確實沒有什麽太大關係。但對國內學術浮誇風氣及學術道德規範還是有可能積極作用的。
我以後肯定會詳細介紹證明葡萄糖載體不是克隆出來後12根螺旋柱子連在一起構成一個筒子，中間親水大鏈條把葡萄糖來進去那個“離子泵是離子泵，載體是載體”時代，在此領域的科學家們專門開會時無數論文介紹中間那個大鏈條的功能。那時候我也無法知道真相是怎樣的。在我們發表論文的一年前，ＣＦＴＲ被證明是通道，那結構也是跟葡萄糖載體特別像的。
決定找六個碳原子的探針，假裝成葡萄糖分子，到載體分子裏邊“錄像”，再把信息傳出來，我跟皮特有很多很長時間非常精彩的故事。這是我本來寫這個科普係列想介紹的，看看有一流大腦的人是如何你來我往爭論到底走哪條路能走過去的精彩故事。跟這些精彩故事相比，名利就是一根雞毛。
網友們，凡是重複內容建議大家就沒必要再回答了。
=========================================================================
完全讚同！！新加入的網友至少可以先全部看這篇博文的所有跟帖，不清楚的可以先問問。
像顏看沒看過閻文，跟如何解決剽竊一點關係都麽有，提起來對顏傷害更大。參考跟帖
接下來就專門寫這個話題了。我相信我的博文會令很多科學家哪怕不在這個領域裏的，也能夠明白她論文的天大漏洞，也會轉帖到國內網站，這是遲早的事。幫她洗地的，無法讓讀者們信服他們的胡言亂語。因為我就用顏寧論文的原話說事。"
請博主息怒。如果顏寧沒有在論文中overclaim,並有意掩蓋誤導，就不要去提了。幫顏洗地的， 可以一條條（合並同類項後）去駁斥。圍觀的（不是全部）更想看繼續科普如何想到Y-M 模型的。
揭發論文的漏洞，就是揭發論文的漏洞，別的毫無意義。比如分辨率，當然越高越好。然而，分辨率哪怕高到光子級別粒子級別，照樣改變不了載體的朝向。開口朝裏的，還是開口朝裏；開口朝外的，還是開口朝外。
在載體領域，讀文章的，看有沒有天大的漏洞就是看有沒有兩邊都可驗證的證據。比如此文，隻有開口從朝外轉向朝裏的證據，缺乏開口朝裏轉向朝外的證據，那就是天大的漏洞，任何方麵的貢獻，比如分辨率高，都絲毫沒有改變論文無法證明其工作模型的真理。因為隻有一個方向的證據，就等於無法證明是載體還是通道，就無法確定那就是載體的工作模型：朝裏朝外往複循環。
我本來想給顏寧留這個麵子的。就不提這致命傷了。可她的洗地者一直逼我，我就決定公布真相了。
接下來就專門寫這個話題了。我相信我的博文會令很多科學家哪怕不在這個領域裏的，也能夠明白她論文的天大漏洞，也會轉帖到國內網站，這是遲早的事。幫她洗地的，無法讓讀者們信服他們的胡言亂語。因為我就用顏寧論文的原話說事。
我相信反方的“四大金剛”都是受過專業訓練。例如：狐狸2010年時寫道“一個剛剛獲得諾貝爾獎的以色列教授到我們那兒講學”。我猜這位教授是阿達·約納特(Ada E. Yonath)，以色列晶體學家，2009年因“對核糖體結構和功能方麵的研究”獲得諾貝爾化學獎。然後他寫道“...我可不願意做那個被犧牲的博士後...”。
老Yan在上個世紀末肯定是頂級學者。但本世紀初開始小Yan玩的卻更“高雅且新潮”：用X光衍射和冷凍電鏡做蛋白質的結構。《自然》2014的文章展示了她是得到GLUT家族晶體結構的第一人，見：https://www.rcsb.org/structure/4PYP。類似的結構她們送到蛋白庫裏193個。
“分子空間結構相關的工作共獲得諾貝爾獎25項，占諾貝爾獎自然科學部分的8%，其中10項和X-射線結構生物學研究直接相關”。敬請各位寫寫這方麵的科普文章-“諾貝爾獎結構生物學”。
你的意思是說，她剽竊別人的就可以了，我們就不需要談論了？那你去找找看，有哪個實驗室發表過Glut1 生化數據她能作為開口朝裏變成朝外的依據？搞生化的Glut1，她引用了華大教授的綜述，表明她知道該教授用的方法。她在讀她引用的2008年的綜述時，裏邊就有“該家族最詳細的動態模型”，搞模型的，她能不讀本家族裏最詳細的模型嗎？你在講笑話嗎？
用glucose transporter 有2萬多結果，glucose transporter model有兩千多結果，她看得過來嗎？
從另外一個角度，現在搜索到glucose transporter model相關的文獻有2800多，但是您1993年論文目前的引用隻有84，可不可以說，絕大多數glucose transporter model的研究人員都沒有發現您的工作？您為什麽一口咬定顏寧看過您的文章呢？
本著疑罪從無的原則，我覺得還是不要用剽竊這個詞了。
她論文的數據來源和有沒有數據支持她的成果：人體葡萄糖載體還沒有“開口從朝內變成朝外”的證據，那就不是載體的工作模型。載體的工作模型必須是一個循環。你找不到開口從朝裏到朝外的證據，那你就沒資格說那是載體的工作模型，因為通道也不需要有開口朝兩個方向變化的證據。既然沒有另一個方向的證據，那你怎麽說它就是載體的工作模型了？？？
生物化學是科學，是由數據證明的科學，不是你predicted就可以的。這是無數教訓得出的結論。CFTR有半個世紀屬於載體研究領域，直到生化試驗證據證明它不是載體不發生開口朝裏朝外變形而是通道（1992年發表在《細胞》）。從此，研究CFTR的都歸了通道領域了。
顏寧的人體葡萄糖載體工作模型就缺乏開口從朝裏到朝外的變形證據，可她就說那是載體的工作模型。
這是一流科學家能做到的嗎？她在全國電視觀眾演講時就沒提“沒有開口從朝裏變成朝外的證據”，就說每秒鍾循環往複幾千次，把主持人給轉暈了（主持人自己說的）。隻有一個方向的證據，就轉起來了？那通道也是轉的了？CFTR還在開口朝裏朝外在轉呢，是不？反正不需要兩邊都有的證據就可說是載體模型了。這是科學史上的笑話。
你是說她沒讀過我的文章？
她引用的綜述裏就講:該家族（閻、顏搞的是同一家族）裏最詳細的載體模型，就有我們的文章。她讀該綜述她能不去讀該家族最詳細的模型？用glucose transporter,你搜不到？用glucose tansporter model你搜不到？那她讀華大教授的論文就是有關Glut1 的生化數據，裏邊就大段落的談論我們的論文方法，她沒讀到？幫她洗地的都多次發在我的博客裏了：九篇引用了我們的論文，還有幾篇沒引用等等。如果她不知道，幫她洗地的都一清二楚哪幾篇用了我們的方法沒給參考文獻，說我應該去找他們算賬，否則就是跟中國人過不去。可人家引用了我們的論文無數次了，後來的論文引用他自己的前文，裏邊就找到了我們的方法了啊。還有必要永遠引用嗎？幫她洗地的就這麽找理由，荒唐透頂。
網友們，凡是重複內容建議大家就沒必要再回答了。
說到ethics和小顏上電視一事，我想再說幾句。
有一道專業執照考試題練習題，大意是這樣不是原文翻譯:
你有一項發明，電視台請你去做節目介紹你的發明，你是否應該去? 參考答案是:不應該去。因為電視節目是為了提高收視率，你在電視上大談你的產品會誤導觀眾，對產品的評估沒有任何專業公正性。
如果哪位對此有高見和反駁，本人願意傾聽。說明一下，這題和答案都不是我創造的。
錯的可以理解，造假和剽竊不能原諒。這是需要有專業道德才能做到的。專業道德是思想意識，具備一定的專業道德是需要漫長的時間和適合的環境。
載體的工作模型必須具備兩個條件：開口從朝外變成朝裏的證據；開口從朝裏變成朝外的證據。就這兩條。
顏寧的論文根本就沒有“開口從朝裏變成朝外”的證據，那就跟通道沒區別了。
她有唯一的證據還是剽竊他人的生化數據。她的28,29參考文獻是她解構的。這不重要，重要的是：她論文裏圖5給出了開口從朝裏變成朝外沒有證據，是假設“predicted”會發生。證明了她沒發表過此證據。那她文章裏的published biochemical data，就是剽竊他人的成果成為自己模型的依據。白紙黑字，鐵證如山。
別拿我那時的看法套在現在，那是在她看不到海外論文的基礎上的評論。我出國後回國探親也沒機會或興趣去了解這方麵的事，因為我又沒想過要回國搞科研。就知道有防火牆，國內讀不了海外的網站。便以為看不到Pubmed。
回複 'ft' 的評論 :
不是智商，是科學態度、道德與利益的衝突。
在實驗科學領域，科學家們都有共識：你的結論是錯的是可以接受的，但你的數據是偽造的或剽竊來的，是絕不能接受的。
中國政府花了多少農民工的血汗錢本來可以用於精準扶貧的卻浪費在發表沒有證據證明開口從朝裏變成朝外的載體模型，而載體的工作模型必須是一個循環，否則就不是載體的工作模型。這是用政府的錢堆起來的旗艦級科學家。這樣的科學態度，其發表過的無數文章，會不會已經引發了政府和民間企業根據其發表過的論文造新藥？如果是，那造出了有效果上市了的新藥嗎？
我們都應該為科學的尊嚴而戰鬥，也要為中華民族求真精神注入力所能及的汗水，更要為政府的錢民間企業的錢不能被白白浪費而盡力。
還有某華人，不知是否是利益相關者還是有任務的特工，竟然用黑社會那套去騙《自然》雜誌，把探索科學真相這一偉大光榮的事業當成是見不得人的事去幹。這會令西方科學家們組成的雜誌編輯吃驚到掉下巴地步，這是華人的恥辱。極可能是頂級科學雜誌的先例。
竟然把Yan/Maloney發表論文時沒提是Yan/Maloney 模型而恥笑作者。這是利欲熏心到極致的人才能說得出來的話，還被好幾個人轉帖到我這裏，不以為恥反以為榮。難道牛頓定律是牛頓在發表論文時自封的冠名？難道不是被他人景仰而給的冠名？這就是顏寧的擁躉的道德水平與科學眼界。還自稱是在科學領域。顏寧的支持者竟然是這等水平，令人歎息。
在全國觀眾的電視上，讓聽眾都認為那是有了“開口從朝裏到朝外”的證據的科學發現，而事實上一個拚圖裏的兩種載體都沒有開口從朝裏到朝外變形的證據。論文裏最重要的論述竟然沒給出參考文獻。這樣的科學家是國家培養的旗艦級科學家。中國政府也在教育與科學領域反腐敗，也在搞知識產權立法。我認為也會對此案提起關注。
至於學術上的爭論，竊以為Fanreninus和fox已經解釋得很清楚，老閻有他的credit，但是跟顏寧工作的關聯性沒有大到非要引用不可，但凡有一些學術素養的人不難看出。
這次大小Yan之爭，起於老閻五月份的一篇文章“潤濤閻的科學故事（一）”，當時老閻對小顏還是很讚賞的，請看
“第三，Ｘ射線晶體衍射解構蛋白質，屬於最常用的技術，是主流派；而活體驗證葡萄糖載體蛋白的方法不屬於主流派。搞Ｘ射線衍射的主流派是不看我們的文章的，不論是《Nature》的審稿人還是顏寧博士本人。如果顏寧博士讀過了我們的兩篇文章，那她一定會在她的論文討論部分或引言部分寫上：“我們用固定的晶體作為材料在高分辨率的條件下解構葡萄糖載體蛋白獲得的機理模型跟1993年Yan＆Maloney用在細胞膜上活體葡萄糖載體蛋白作為材料得出的葡萄糖轉運機理一致。表明這個喇叭口模型是準確無誤的。”顏寧博士的團隊在解構葡萄糖載體蛋白時，是在中國北京清華大學。最近幾年，國內防火牆非常嚴格，我今天用“百度一下，就可知道”搜索，把“Runtao Yan，Cell”放入搜索框，竟然查不出來我的文章。用我文章題目搜索，也搜不出來。顯然，顏寧博士在國內是無法查出我和馬龍尼先生在《Cell》和《PNAS》發表的兩篇文章的。而且，我們的研究成果從未被地球上任何媒體報道過（平心而論，論文題目可能是主要原因，記者從題目根本看不出文章是幹嘛的。這與皮特登峰造極水平的文筆似乎成了兩級而令人費解。然而，一個極端到另一個極端往往是最近的距離，就好比圖3的第1根與第12根兩個極端而事實上是連在一起的）。”
所以老閻認為小顏根本沒有讀過他的文章，怎麽可能剽竊呢？
後來形勢急轉直下是源於小顏的碰瓷說。老閻頓時龍顏大怒，也顧不得看螞蟻打架了，直接對小顏宣戰。
這就是為什麽老閻堅持質疑要求提供數據證據。
替小顏辯護的科學家們如果是故意繞彎不回答老閻的質疑，我能理解。如果是一直不懂老閻的質疑，這些科學家們的智商實在是令人堪憂。
擂台下麵的，誰還上來。再上來的先把麵具摘掉。
再強調一下，先報上自己的家門，不許用暗器。
還用去看原文嗎？顏寧的論文明明白白清清楚楚地講：從未有過證據證明開口從朝裏到朝外的變形，隻是假設會如此。這不就等於說她沒發表過嗎？如果發表過，她還假設幹什麽？那不是自己否定自己了嗎？
這些胡攪蠻纏的都是顏寧論文的高級黑。她在論文裏拿他人發表過的生化數據用於她自己論文的成果，就是實錘剽竊。否則，為何不給出參考文獻？別說忘記了，她又不是第一次發表科學論文，這麽大的事她能忘？如果是健忘症患者或完全對科學論文不當回事，那此論文還是合格論文嗎？
他清楚，他的胡說八道即使在網上也一樣會被追究。他欺騙《自然》雜誌這事，曆史上可能是開先例的事。他以為用假名就找不到他了，其實網站根據他的IP地址找到他是誰易如反掌。其實文學城都應該知道他在文學城的IP。
探索科學真理和事實真相，怎麽還需要用假名字欺騙雜誌社？這是黑社會行為。這是給顏寧丟人的事。
這麽重要的數據在論文裏一帶而過不明確交代哪裏來的，為什麽?
有人說小顏的稿子是專家審的。那又如何呢。
再問一句。那就是說，文獻28和29仍然不是小顏論文裏published biochemical data這些數據的來源?
本來對這個疑問沒多想，因為如果文獻28和29果真是生化數據來源，照理來說早就在那句話後引用上了。 後來轉念一想，如果在圖5的標題後引28，29，也勉強說得過去。得看看原文。
吃瓜成習慣了， JessAB 網友這篇博文中有圖5那一頁 http://blog.wenxuecity.com/myblog/74410/201907/33894.html （感謝並請不要刪掉）
可以清楚地看到想在圖5中28，29是指兩個構像，並且在不遠處原文中作者表明同樣的意思，並未涉及生化數據。想引申實在是難。
多一句嘴， JessAB 網友biochemical data 下麵加下劃線，略去published,文章作者要是那麽做的話會嚴重加長發表周期。
探索科學真相，那可是偉大的光榮的事業，可他竟然欺騙《自然》雜誌編輯用假名字探索科學真相。這你就清楚了他不是在探索科學真相，而是另有任務或自己本身就是利益相關者。沒辦法拿出真名實姓探索科學真相。
這是他們故意避開的。顏寧本人在論文裏就說沒有證據證明開口從朝裏變成朝外，隻是假設會變。
她也沒給出發表過的生化數據在哪裏。根據英文寫法，讀者以為是她自己發表過的，可她在圖5下麵講得清清楚楚：開口從朝裏到朝外的變形是假設會發生。等於她沒證據發表過。
幫她洗地的，都是在胡攪蠻纏而已。
我是用科學推理的方法推出的結論，不要惱怒。
科學家們，如果我的結論不對，敬請指正。
就根據顏寧論文的觀點：如果早就知道了顏寧圖5人體葡萄糖載體的工作模型，那她還發表圖5幹什麽？就直接給出參考文獻不就完了？她幹嘛麵對全國電視觀眾介紹她的成果就是圖5？？？
幫她洗地的，缺乏最基本的邏輯。她的圖5可沒說是結構，而是模型。她也沒給出開口從朝裏到朝外變形的證據發表在哪裏，而是說假設會發生。如果前人有這樣的證據，也被她這句話給否定了。
首先我現在理解的”working” 已經在我的新愽文寫清楚了, 想看的請去看我的完整原文. 請你不要斷章取義, 誤導我所理解的”working model”.
The bottom line 不管你怎麽繞, 你指控Nieng Nature 文章是”剽竊, 是你的不對.
你現在要轉移到Nieng在媒體上的事, 那不在我的討論範圍.
就此打住.
Paul W. Hruz? and Mike M. Mueckler§ 討論的倒數第二段。
Mueckler, M. (1989) in Red Blood Cell Membranes (Agre, P., and Parker, J. C., eds) pp. 31–45, Marcel Dekker, Inc., New York
在科學領域，如果說內燃機的工作模型，就是二衝程或四衝程。不論是哪個，都是活塞從上到下變成從下到上，曲軸才能轉動。必須完成活塞來回的循環。
如果說膜蛋白的工作模型：
通道：就是一個閥門，沒有開口從朝裏到朝外，再從朝外到朝裏的循環。
載體的工作模型：必須是一個循環。就是證明開口從朝裏到朝外，再從朝外到朝裏的變形。
你的理解“working”是說不是指科學家們的定義：載體是怎麽把葡萄糖帶入細胞的。而是說顏寧在“工作著”，英文的表達就是：Dr. Nieng Yan has been working on the model。就是說她一直在為這個模型工作著。也就是說，她的模型不靠譜，因為跟朝一個方向開門的通道無法區分。可你知道嗎？加上發表過的生化數據，載體模型就成立了。可你不想讓她在科學史上承擔剽竊他人成果的名聲。
在電視台上，她可沒講這工作模型還需要找證據，現在還無法沒找到開口從朝裏變成朝外的證據。
你這麽為她洗地，你的內心世界是：你寧肯把她的論文廢掉，也比在曆史上成為剽竊他人成果強。就是“早知今日，不如當初就不發表這篇論文了”的感概。而事實上，她不認可你這樣的洗地！這可是她最大的科學貢獻，因為電視台邀請她介紹她的成果，她選擇的就是這一個。從頭到尾就隻談了這一重大科學貢獻。所以，你就是她的高級黑！
正是因為你曾經針對” Fig. 5. A working model for GLUT1” 提到”相悖“法, 才讓我想到這個”working” 還有另一層意思. 為止我還特意寫了一篇”進一步理解”working model “的含義”的愽文.
我跟進這幾個月對你和Nieng的事是關於她Nature 的文章. 至於她在媒體的事我不知道, 不評論.
顏寧找不到人體葡萄糖載體開口從朝裏轉向朝外的證據，那就等於欺騙了全國電視觀眾，從小學生到政治局。
如果顏寧找到了的證據是他人發表過的她不給出參考文獻，就是剽竊。
如果她發表過這證據，而在論文裏講“開口從朝裏變成朝外是假設會發生”，那她就否定了她發表過的生化數據，否則就是在撒謊。
她自己承認她沒發表過證明開口從朝裏到朝外的證據，才說那是假設會發生。然而，她的圖5的大黑字說的英文原文：Figure 5. A working model for Glut1
在論文裏的原話：On the basis of our structural analysis and published
biochemical data, we propose a working model for GLUT1 (Fig. 5).
就是根據她的結構圖加上發表過的生化數據，提出了工作模型。
她沒發表過生化數據以證明開口從朝裏到朝外的變形，才提出“假設會變形”的。
你沒看過電視，你去看，油管裏就有。她沒按照你說的告訴觀眾，沒證據證明開口從朝裏到朝外的轉向，還在找證據呢。你就是她的高級黑。
你又轉話題了. 顏寧在電視上有沒有忽悠中國觀眾, 我不知道,因為我沒看電視, 沒有第一手資料. 但是你指控她的Nature 的文章是”剽竊”, 就是你的不對.
她在麵對全國人民包括中國給她研究經費的政府官員們麵前可沒講那隻是猜想，所有的觀眾都明白：那就是葡萄糖載體是如何把葡萄糖帶入細胞的。主持人還問她載體從開口朝外到開口朝裏再回到開口朝外的速度是多快時，她還說每秒鍾幾千個來回。主持人說把他腦子都轉暈了。
拿一個沒證明的東西在全中國觀眾麵前忽悠？？？打著科學家的稱號忽悠從小學生到中央政治局的觀眾？？？
我早就說你們這是顏寧的高級黑！我會寫文章讓更多的中國電視觀眾清楚：為顏寧洗地的都承認顏寧在電視上講的那不是被顏寧證明了的科學事實！就拿你們幫顏寧洗地的原話。
按照他們的邏輯，牛頓沒說自己的是牛頓定律，連定律都沒說，隻給出公式推理過程與結論，那牛頓定律就是不存在的了。
他們不懂得什麽叫科學家，隻知道利益名氣而已。
科學論文是提供證據的，定律啊模型啊給自己塗脂抹粉的東西無所謂有還是沒有。有也可以，沒有絲毫不影響論文的價值。在真正科學家眼裏，這些都是無所謂的。真正的價值是科學證據。拿Yan/Maloney 自己在論文裏沒提這類讓他人冠名的東西，反而是科學界的高尚之處。他們隻看利益名譽的人是無法理解的。
顏寧的論文，應該給出的是：人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的證據在哪裏。她根本就沒給出，就畫出了兩個載體的嫁接拚圖。其中任何一個載體的開口從朝裏到朝外的證據都沒有！！！
文章裏有，那是剽竊他人的生化數據。白紙黑字，鐵證如山。
Yan and Maloney (21), using a cysteine substitution experimental approach, have defined three distinct regions within putative transmembrane helix 7 of the bacterial glucose 6-phosphate antiporter, UhpT. They discovered that amino acid residues were either accessible to pCMBS only in intact cells, accessible only in inverted membrane vesicles, or accessible in both circumstances, depending on their relative location within the transmembrane helix. Residues close to the exoplasmic membrane face fell into the first category, residues close to the cytoplasmic membrane face fell into the second category, and residues near the middle of the helix fell into the third category. They interpreted their observations in terms of the classic single-site membrane carrier model (3, 4), where one would expect amino acid residues involved directly in substrate binding (in the middle of helix 7 in the case of UhpT) that become exposed to both aqueous compartments during the course of the transport cycle. Residues that lie on the exofacial side of this region may only be exposed to the exoplasmic compartment, and residues that lie endofacial to this region may only be exposed to the cytoplasmic compartment. Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data. 1997文章：Identification of an Amino Acid Residue That Lies between the Exofacial Vestibule and Exofacial Substrate-binding Site of the Glut1 Sugar Permeation Pathway*
Mike Mueckler? and Carol Makepeace 討論第二段。
還有是幾月的不是你說了算的，我說你積極，我自己也不比你差，隻不過比你更專業，更客觀，更掌握狀況！不想你這樣不是諷刺還是諷刺！：）
我看了那個微小姐搜索論文裏有無model一詞就覺得很好笑，有人還真拿狗寶當牛黃了。這個id認為在論文裏論述一個model就一定要explicitly 說出model這個詞。這個思考能力是哪裏學來的。
以上1999文章Transmembrane Segment 5 of the Glut1 Glucose Transporter Is an Amphipathic Helix That Forms Part of the Sugar Permeation Pathway*
Mike Mueckler? and Carol Makepeace討論的最後一段，供參考。
討論的第二段：Our results with Glut1 are reminiscent of those reported for cysteine-scanning mutagenesis experiments conducted on theEscherichia coli lac permease (reviewed in Ref. 16) and the glucose-6-P antiporter (17), both of which belong to the same 12 transmembrane helix superfamily of membrane transporters as Glut1. Helix 7 of the glucose-6-P antiporter and several helices within the lac permease have been shown to possess solvent-accessible faces that appear to line a portion of their respective substrate permeation pathways. Our results extend these findings to a mammalian facilitative transporter, and the results when taken together imply that a similar structural paradigm may exist for cotransporters, antiporters, and facilitative transporters in organisms ranging from E. colito the human.
看不懂不要緊，可以借助網上的翻譯。
顯然狐狸不懂科學常識，也不懂如何做人，才用假名字去欺騙《自然》，被哢嚓了。
就因為在7月15日的帖子“轉運蛋白模型一日遊 （五）總結”的最初版本中，我和你討論，你說“目前看過的文獻來看， Yan_Maloney模型隻出現在閻的博客裏，沒有出現在科學雜誌裏，就是說在科學界不存在”。
我隻好問你“‘The best characterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91).’ 這是被引用了1281次的綜述“Major facilitator superfamily（1998）”文章裏的原話。其中文獻90， 91分別是大閻1993和1995的文章。
隊友閣下，在這裏"models"是啥意思？”。我再說“這就是你‘看了這麽多文獻，沒有一篇文獻用模型一詞來提閻的兩篇論文’。反證”，到這時你才無奈地承認你錯了，有大閻的模型。
潤濤閻評論：偉大領袖毛主席說：承認錯誤就是好同誌
老閻質疑的是數據是哪來的=根據的數據是哪來的=模型的數據是哪來的。不是質疑小顏的算法。你好好讀讀老閻給我的回複。
老泉 發表評論於 2019-08-07 07:20:50
回複 '時不時來看看' 的評論 : 你是時間？你不先提我，我才不會回你。至於罵人的人，大家知道是什麽回事了，而且邏輯錯了，因為小顏的成就大點。記住是老閻自己先在博客討論學術問題。大家用筆名，更平等。再加一點學術的：小顏的結構模擬本身就可以算出開口向外的多種構象及其能量。利用熱力學就可大致確定最可能的開口向外瞬間具體構象。當然通道及其構象是動態的，找到某一特定狀態的晶體不容易。因此她的開口向內晶體結構才重要。
“為了解決這個問題，我想用一個比較客觀的方法來給你看看閻潤濤是不是在撒一個彌天大謊。閻潤濤說他在上麵那篇文章裏提出了喇叭口的模型，大家都知道模型在英文中叫什麽嗎？叫模特兒！就是model。如果叫model的話，那文章一定會有model這個詞吧。於是我把這篇文章一個字一個字的搬到微軟的Word軟體裏，然後讓微軟小姐用“find”這個工具去找這個“model”這個詞，結果隻找到了兩個，可是兩個都在前言裏麵出現的，說的是”model system”（模型係統），而不是model本身。model system實際上就是研究材料的高大上說法，和閻潤濤說的模型沒有絲毫關係。除了這個外，文章的通篇都沒有提到model了，所以說這個文章裏根本就沒有什麽model。你根本就不需要懂半點生物學就知道閻潤濤在撒謊。
那麽你說閻潤濤的喇叭口是怎麽回事？我在上篇文章裏麵已經說過了，那個所謂的喇叭口是他導師馬先生畫的一個示意圖，英文叫Schematic cross－sectional view，用來標識他們研究的那個半胱氨酸在通道或者轉運體的大概位置，這就是他們那篇文章的中心。這也是為什麽那篇文章的題目是“Identification of a residue in the translocation pathway of a membrane carrier”（膜轉運體的易位途徑中的一氨基酸殘基的鑒定）的原因。
為了對閻潤濤公平，我還讓微軟小姐幫找了一下機理"mechanism"，小姐一下就找到了，比我這雙眼快了十萬八千倍，說長辮子，你看，也是兩個。這兩個機理也和閻潤濤無關，第一個是這麽說的：“Figure 6 illustrates this by depicting substrate movement through UhpT as a Ping-Pong-type kinetic mechanism (Ambudkar et al., 1986; Maloney et al., 1990). ”，哈哈，長辮子又有了重要發現，原來上麵所說的示意圖是用來顯示底物是如果在UhpT通道裏運行的乒乓球式的動態機理，而提出這個機理的分別是馬老先生的一個高足和他本人(Ambudkar et al., 1986; Maloney et al., 1990)。大辮子這個發現有什麽意義呢？
第一，如果有什麽模型的話，也是這個乒乓模型。如果是乒乓模型的話，應該是馬老先生和他的高足小安提出來的，而不是閻潤濤。
第二，圖6顯示的不過是底物在那個乒乓狀來回之通道裏麵怎麽運動而已。閻潤濤的貢獻是說明這個通道裏裏的一塊叫C265的磚或者板子比較重要。
還是微軟小姐厲害，我們這些人吵了幾個月的事情，她兩秒鍾就搞定了。第一秒，沒有發現閻潤濤或者導師說什麽model，隻有model system；第二秒，沒有喇叭口機理，隻有乒乓球機理，而那乒乓球機理也不是閻潤濤提出的。“
我就用顏寧的論文說事。
證明一個載體的工作模型，需要兩步：一個是開口從朝裏到朝外的變形證據，一個是開口從朝外到朝裏的變形證據。顏寧論文圖5下麵親自說：開口從朝裏到朝外的變形是假設會發生。
這就等於她沒有發表過任何證據證明了開口從朝裏到朝外真正發生，所以才假設。這就堵死了任何想幫她洗地的人說她發表過這樣的證據的路。是用顏寧的話堵死了這條路。
沒有這個證據，那就等於載體隻有一個方向，就等於無法區別是通道還是載體。載體必須是一個循環，開口朝一個方向的那不是載體，是通道。她的文章裏給出了載體工作模型的證據依靠：published biochemical data，她自己沒發表過（所以才假設會發生），那就是剽竊他人的了。
剽竊誰的都是剽竊。白紙黑字，無法抵賴。
不論是誰的生化數據，隻能是用Yan/Maloney的“探針 + 半胱氨酸掃描”方法得到的。最後還是歸到Yan/Maloney 兩篇論文那裏。如果否定了兩篇論文，就連顏寧剽竊來的論文裏唯一的價值都被否定了。所以，他們無法到《自然》真名實姓反駁。
您還停留在5月初，已經8月中了，醒醒吧。博主在Nature的評論就是懸在顏寧2014文章上的一把劍，您本當竭盡全力去那移除那把劍而護主，卻還在這裏試圖說服我等，實在是無的放矢，浪費時間。關於這件事，在您的老博客裏我就跟您拜拜了，您的新博客還有啥看頭呢？您要是為我寫的，就改改內容麵向大家吧。您要是去Nature跟帖，我肯定會去讀。
他們胡攪蠻纏的東西我不用去讀。就拿顏寧論文裏的原話徹底揭穿顏寧承認自己剽竊他人成果的事實，用她自己的言論講出她沒發表過開口從朝裏變成朝外的證據。堵死任何想給她洗地的路，用的全部是顏寧論文裏的原話。白紙黑字，無法抵賴。
那就是說，圖5不是你質疑的數據來源。在jessab開始的一個跟帖裏，其回複說你要的published biochemical data 這些數據來源在圖5。後來大概走了走腦子，在其後的跟貼裏說圖5和圖5給出的文獻索引28和29是數據來源。在老泉最近的跟貼之一也說文獻28和29是數據來源。
根據你的回複，小顏之前發表的論文裏並沒有這方麵的生化數據。
所以，對你的質疑，Swiperthefox, 老泉，jessab，Fanreninus等在專業方麵的跟貼都沒有點到穴位回答你的質疑。
如果我的總結不對請指正。
顏寧的論文白紙黑字，自己承認從沒發表過證明開口從朝裏變成朝外的生化數據，所以才“假設會發生”。狡辯說她發表過，那就是顏寧的高級黑了，否定顏寧自己論文裏的說法了。
就因為在7月15日的帖子“轉運蛋白模型一日遊 （五）總結”的最初版本中，我和你討論，你說“目前看過的文獻來看， Yan_Maloney模型隻出現在閻的博客裏，沒有出現在科學雜誌裏，就是說在科學界不存在”。我隻好問你“‘The best characterized members of the family are UhpT and GlpT, both of E. coli, for which detailed topological models have been presented (29, 90, 91).’ 這是被引用了1281次的綜述“Major facilitator superfamily（1998）”文章裏的原話。其中文獻90， 91分別是大閻1993和1995的文章。隊友閣下，在這裏"models"是啥意思？”。我再說“這就是你‘看了這麽多文獻，沒有一篇文獻用模型一詞來提閻的兩篇論文’。反證”，到這時你才無奈地承認你錯了，有大閻的模型。
我當時對你勇於承認錯誤，這種有擔當的行為，頗為欣賞。沒想到你把帖子“轉運蛋白模型一日遊 （五）總結”以及後麵的評論全刪了，叫我怎麽說你才好。
100年前，國學大師辜鴻銘一言以蔽之，他曾形容中國人：溫和平靜，穩重節製，從容練達。
紳士風度是西方國家公眾，特別是英國男性公眾所崇尚的基本禮儀規範。經要求在公眾交往中注意自己的儀容舉止，風姿優雅，能給人留下彬彬有禮和富有教養的印象。多指男士彬彬有禮的樣子。 其基本要素是：禮貌 、尊重、尊嚴、禮儀。
但在半個世紀以來，中國人的樣子似乎卻慢慢消失了，“假裝情義”、“揣度他人”、“戾氣滿滿”、“好利急功”，“無利不往來”、“傲慢無節製”幾乎變成了社會主流價值觀和社會低落情緒。
且不論東方或西方，你以及你的隊友們的所作所為對照一下，是不是還有頗多改進之處？
那幫胡攪蠻纏的無一是男兒。要是男兒，就真名實姓到《自然》反駁潤濤閻的質疑，那裏可以發評論。有種就來真的。
抱歉，您關於這個事情的任何博文都不值我浪費時間去讀。您去Nature跟帖，我就去讀。
明白了就好，畢竟網上很多不是搞科學的。讓文科生都明白顏寧剽竊的實錘全部是顏寧論文裏提供的。
1. 她嫁接兩個載體在一張圖上，但她還是在論文裏承認：兩個載體的任何一個都沒有開口從朝裏變成朝外的證據。過去沒有，現在她也沒有。
2. 她在圖5描述開口從朝裏變成朝外沒有證據，隻是猜測會發生。原文：predicted，就是假設會發生。
3. 幫她洗地的說她早就有證據，那就表明兩個可能：一個是顏寧明明有證據，圖5還說是假設，那她否定了她自己以前的證據；另一可能，她明明知道自己發表了證據，還說是假設會發生，就是撒謊。
撒謊是對自己有利才撒謊的。她不會傻到自己有證據了還說沒證據，還假設會發生。所以，第一種否定自己以前的成就，可能性為零；對自己不利的撒謊，可能性接近於零。結論：她沒發表過開口朝裏變成朝外的證據。
4. 她給出的published biochemical data是她論文唯一的貢獻：證明開口朝裏變成朝外的證據。因為證明載體的工作機理與模型就是證明開口走一個循環：從朝裏到朝外、從朝外到朝裏，循環往複，就是載體。如果隻有一個方向，就是通道了。她的論文從來都沒證明過開口從朝裏變成朝外的證據。
5. 如果否定Yan/Maloney 的兩篇論文，就需要大牛們把用Yan/Maloney的兩篇論文的方法發表的論文全部撤稿。這不重要，重要的是：否定了Yan/Maloney的論文就否定了顏寧的論文，因為顏寧論文裏唯一有價值證明人體葡萄糖載體開口從朝裏到朝外的證據來源與發表了的生化數據。而發表了的生化數據隻能是根據Yan/Maloney 的兩篇論文的方法得到的。20多年過去了，還沒有另外的方法被發明出來。不論她剽竊誰的“生化數據”，還是來源於Yan/Malnoey的兩篇論文的方法。
所以，外行的胡言亂語想否定我們的兩篇論文，那就等於否定了顏寧論文的唯一證據證明人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的證據。論文連剽竊後的價值都被否定了。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/5513.html
接大Yan的地盤，攀點人氣，做做廣告，還有什麽你們隨便補充好了， 哈哈。
大Yan, 你也看看，別一天到晚被人捧著過，不然就和老毛晚年一樣了，你還沒那麽老！
從您的筆名根本不能確定您是專家，您也不是時間，哪來的信譽斷定博主的博文經不起專家和時間的檢驗？
博主這一係列是科普，您要真是專家就去Nature跟帖，反複在這裏起哄發酸算個啥?
一篇論文需要在有完整的邏輯和證據鏈。不知道這點講多少遍才能被明白。
再問一句。那就是說，文獻28和29仍然不是小顏論文裏published biochemical data這些數據的來源?
他狡辯也是顏寧論文的高級黑。
你去讀我最近在這篇博文裏下麵加的內容，你就明白了他是高級黑。
顏寧論文的圖5 是如何說明“人體葡萄糖載體開口從朝裏到朝外變形的證據“的呢？predicted
就是假設會發生。
如果顏寧在以前的論文裏已經有了開口從朝裏到朝外的證據，那她在這裏說還是假設會發生 “predicted”，就等於要麽她在這裏否定了她以前的證據，要麽她在這裏撒謊。
所以，幫顏寧洗地的，要麽承認剽竊，要麽承認顏寧在撒謊。二者必取其一。
道理簡單不？
我想看看你對jessab以上數據來源的回應。也許你跟帖已經回應我漏看了，那就請你重貼一下。謝謝。
107篇論文撤稿事件
http://news.sciencenet.cn/news/sub26.aspx?id=2959
清華回應11篇論文被海外撤稿
http://www.xinhuanet.com/2018-10/22/c_1123591532.htm
physical evidence 是司法用語：中文就是“無法質疑的完整證據鏈”，簡稱“鐵證”。
這個老泉也是高級黑。
顏寧論文本身無法提供人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的證據，這是她論文裏承認的。唯一能提供的證據就是“published biochemical data”。
而到目前為止，Yan/Malnoney 的兩篇論文是唯一能提供的生化方法。除了分子探針 + 半胱氨酸掃描的方法，還沒有另外的新方法被發明出來。也就是說，推翻了Yan/Maloney 的兩篇論文，就等於不僅僅需要載體領域的大牛們用Yan/Maloney的方法發表的論文全部撤稿，顏寧的論文也就沒有意義了。因為她論文唯一能證明人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的生化數據也隻能來源於Yan/Maloney兩篇論文的方法。
打個比方：一個搞親子鑒定的公司，否定三格思的生化DNA測序方法，就等於他的親子鑒定是瞎掰的，因為在這個地球上化學方法測序早就被淘汰，因為沒有實用性，花費時間太長效益太低，而唯一的生化方法就隻有一個。
俗話說，不怕強對手，就怕豬隊友。否定Yan/Maloney的兩篇論文，就等於否定了她剽竊來的“published biochemical data”，因為不論她從哪裏剽竊來的，還是要回到Yan/Maloney 的兩篇論文那裏。因為Yan/Maloney 的分子探針 + 半胱氨酸掃描是唯一的生化方法。顏寧如果能繞開，她就不會不給出published biochemical data 的參考文獻了。
對博主的這一係列科普，您已經多次表達了鄙夷與厭惡，但無論您多不喜歡，博主是不大可能把這些科普博文刪除的。
這一係列博文的要點已經在Nature顏文後的評論中，盡管您是多麽地不喜歡，它仍然在那裏。您大可不必繼續在這裏表達鄙夷與厭惡，直接去Nature後麵跟帖反駁博主的評論就是了，那樣多少贏得些尊重。
抱歉，看不懂你在說什麽。
有一點我告訴你，我會的你肯定不會。
我不會再回你的帖子了，因為這是老閻的博客地盤。
你如果講髒話那就自己照單全收。
記住，得和才相比，前者更寶貴。你什麽都沒有。積德是人生之道，否則遭報應的。
ans 發表評論於 2019-08-06 17:27:54
回複 'ft' 的評論 : 除了人參公雞你還會點別的嗎
看ans帖子就知道此人是學術界的殘次品，無德無才，遲早會被清理出去，這就是兩麵人的結局。
Nekono_88 發表評論於 2019-08-06 14:49:36
回複 'ft' 的評論 : 其這是典型的滾刀肉作風，周圍得人估計躲都來不及。
你無德毫無疑問，原來你還無才。回複一個簡單的帖子都要抄襲剽竊或者低級趣味。最佩服的是你偽裝的伎倆。你每天走進辦公樓之前，都要想好如何裝，這不是人活的日子。你覺得這樣兩麵人不累嗎!好自為之!
ans 發表評論於 2019-08-06 13:20:54
回複 'ft' 的評論 : fox快來，ft轉臉就愛上你了。變臉變得真快，做人毫無底線，還能更low麽
ft 2019-08-06 11:00:04 回複 悄悄話 回複 'ans' 的評論 :
為小顏辯護的ID不都向你這麽low。比如Swiperthefox 雖然違規在nature跟貼用了假名我表示理解，但是此人回複的跟貼專業態度認真回帖禮貌文明，是你的榜樣。
你攻擊別人的邏輯也適用你自己，明白不？不去正規學術渠道爭議，為什麽？就憑你一家之言，就公然在網絡上攻擊小顏剽竊造假，有沒有道德？就你的水平，能不能看得懂都算不上，你那個東西在nature上掛了兩個月了，有專業人士理你嗎？除了unconditional的閆粉和傻乎乎的fox
btw，有哪幾個大牛引用你了？有哪幾個大牛引用小顏了？幾十年的引用和幾年的，你給比一比嗬嗬
濤閻 2019-08-06 13:21:02 回複 悄悄話 西方科學界200多年建立起來的互信機製---投稿人與審稿人的互信。當你寫上published biochemical data，審稿人就認為是你自己發表過的，不會去查，因為你不會騙人。
Springer Nature （publisher）在2012-2016年發表的論文撤稿107篇，全部來自中國大陸。
幾年前清華大學有過被撤稿很多篇的報道。憑記憶是13篇或12篇？反正不是一兩篇。沒太注意，是文學城新聞報道過的，我沒打開，就看了一下題目。因為當時吃驚，所以，不會是一兩篇。好像是搞地質的？工程的？不是搞生物的，就沒好奇打開看。
中國人裏最缺少的就是求真較真兒的人，最不缺的就是你這種狗，專咬求真的人。
中國人因為愚蠢，看不到求真的人的可貴，給安上“偏激，極端”的帽子，反而認為你這種狗懂人情世故，中庸，會做人。
所以中國充滿了和稀泥，充滿了假，充滿了欺騙。
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西遊子 2019-08-05 19:38:08 回複 悄悄話 經過數代異族屠殺，剩下的華人最大劣根性就是自相殘殺，咬自己人最狠，樓豬表露無遺
Springer Nature （publisher）在2012-2016年發表的論文撤稿107篇，全部來自中國大陸。
幾年前清華大學有過被撤稿很多篇的報道。憑記憶是13篇或12篇？反正不是一兩篇。沒太注意，是文學城新聞報道過的，我沒打開，就看了一下題目。因為當時吃驚，所以，不會是一兩篇。好像是搞地質的？工程的？不是搞生物的，就沒好奇打開看。
ft 2019-08-06 11:00:04 回複 悄悄話 回複 'ans' 的評論 :
為小顏辯護的ID不都向你這麽low。比如Swiperthefox 雖然違規在nature跟貼用了假名我表示理解，但是此人回複的跟貼專業態度認真回帖禮貌文明，是你的榜樣。
為小顏辯護的ID不都向你這麽low。比如Swiperthefox 雖然違規在nature跟貼用了假名我表示理解，但是此人回複的跟貼專業態度認真回帖禮貌文明，是你的榜樣。
ans，如果你頭暈忘事，我提醒你你貼的是為小顏洗白小顏沒有剽竊。你怎麽能在此公然抄襲剽竊呢。黔驢技窮。歡迎你在此繼續多多發帖讓大家都好好認識你一下。
ans，一個學術界的從業者抄襲剽竊如此一流，連個回帖都赤裸裸地抄。好言勸你，反思你的品行，否則，你的狐狸尾巴遲早爆露打了飯碗。我還是希望你能提高個人人格，打工順利。
這不就是在公眾媒體的爭辯嗎。如果你認為贏了狂妄輸了丟人，你又選錯國家進來混了。
輸了不丟人，人品低下才丟人。況且老閻的質疑還沒有答案。
你自曝在學術界做事，一定要藏好你的狐狸尾巴，做好兩麵人，否則你遲早會被清理出去的。你根本沒有認識到你是在真正給老閆抹黑給老閆減分。你貼越多，給老閆減分越多。
ft 2019-08-06 10:14:20 回複 悄悄話 回複ans的評論，
你的評論爆露了你人格的低下。在你眼裏人要分等級，如此，你選錯國家進來混了，在這裏人人平等，。憲法黒紙白字寫著。任何人沒有資格和權利狂妄。
你自曝在學術界做事，一定要藏好你的狐狸尾巴，做好兩麵人，否則你遲早會被清理出去的。你根本沒有認識到你是在真正給小顏抹黑給小顏減分。你貼越多，給小顏減分越多。
你的評論爆露了你人格的低下。在你眼裏人要分等級，如此，你選錯國家進來混了，在這裏人人平等，。憲法黒紙白字寫著。任何人沒有資格和權利狂妄。
你自曝在學術界做事，一定要藏好你的狐狸尾巴，做好兩麵人，否則你遲早會被清理出去的。你根本沒有認識到你是在真正給小顏抹黑給小顏減分。你貼越多，給小顏減分越多。
您這一刪!? 感歎!
有時候曆史的轉折或走向就是一念之差的事! 本來您和樓主有機會創造曆史! 把NATURE拉下神壇!
您居然給刪了?! 太失望了!
突然想起一句 "豎子不足與謀"!
當心狐狸指控你碰瓷 哈哈
Really? then I 屢次相邀 please share the email from Nature why your comments were deleted???
Please! Now Not only I 相邀, I am begging you.
SwiperTheFox' 的評論
"嘿嘿，我一開始隻是想看看閻的貼自己是不是可以貼上去，本來是沒想自己去評的。 但架不住Wtp003屢次相邀，盛情難卻。
以下是屢次之一。
Wtp003 2019-08-02 14:44:33 回複 悄悄話 回複 'SwiperTheFox' 的評論 :
又貼回去也不通知我一聲：）
好，就等著周一看大作了
至於說到對事不對人當然好 可惜就象你說的 總有狗眼看人低的人 隻看到院士美女的光環光芒萬丈的 難免被閃瞎了哪啥眼
———
我是科盲不知道萊布尼茨，牛頓和阿基米德等等那些偉大的人物畢業於什麽著名的學院，但我知道很多音樂家不是從朱莉亞音樂學院走出來的，貝多芬還沒有上過大學呢，你有種嘲笑他末？
你不覺得你的回複同樣陰暗？詆毀他人都是自降身份？請保持冷靜和理智和客觀，那是一個科學工作者應有的工作態度和作風，別讓我們外行嗤之以鼻。
匿名討論其實可以幫著大家集中在對事不對人。前提是參與者要有基本素質和遵從基本文明準則。感覺至今絕大部分參與者都做到了這點。
嘿嘿，我一開始隻是想看看閻的貼自己是不是可以貼上去，本來是沒想自己去評的。 但架不住Wtp003屢次相邀，盛情難卻。
以下是屢次之一。
Wtp003 2019-08-02 14:44:33 回複 悄悄話 回複 'SwiperTheFox' 的評論 :
又貼回去也不通知我一聲：）
好，就等著周一看大作了
Nekono_88 2019-08-06 06:22:00 回複 悄悄話 回複 'ans' 的評論 : 相對其他磚家，你的發言技術含量少的多，八卦成分重一點，素質很優，不是堪憂。
你不覺得你的回複同樣陰暗？詆毀他人都是自降身份？請保持冷靜和理智和客觀，那是一個科學工作者應有的工作態度和作風，別讓我們外行嗤之以鼻。
頭狐突然發飆, 上NATURE大論, 讓人眼睛一亮, 似乎有好戲看了.
也就兩三天, 自己掌嘴刪了? 自己掌嘴刪了?
沒時間多寫,
沒有人說你的論文寫得不對,沒有貢獻， 到現在來看也沒有撤稿的理由. 相反, 我在博客裏說:
首先我們在這裏不是要抹殺閻潤濤的貢獻. 我們應該給與閻潤濤工作的應有的承認. "應有"就是說不能少給,但是同時也不應該多給.
我覺得Mueckler在他的論文裏給閻潤濤的評價還是中肯的. 即,閻潤濤為Alternating Access Model (AAM) 提供了生化證據, 即使不是第一, 也是最早的之一. 閻潤濤如果當初這麽實事求是地說我們都會對他敬意有加，歡欣鼓舞．他會是令人高山仰止的牛人。 現在。。。。。
但是你誹謗他人， 拿自己過世的老板當槍使是不對的。
============================================================================
你們最簡單的辦法是：讓那些大牛們用Yan/Maloney的方法發表的論文撤稿，就能否定我們的方法了。明白不？
風水縱橫 2019-08-06 05:56:02 回複 悄悄話 回複 'ans' 的評論 : 你們這些科學工作者現在整天在城裏吹喇叭小號圓號，都沒主旋律了，吵死了！這喇叭該由二閻顏吹，真沒意思，如果我是顏我有理早就親自出征把大閻給滅了，沒小號圓號什麽事，真不痛快。過去打仗都是身先士卒，最起碼人家閻拿著長矛說他是閻，顏也該露顏了。
科學工作者的紛爭不應該是以鐵麵人示人。
這與顏寧是否剽竊、她的載體是否有證據證明開口從朝裏變朝外，沒有一毛錢關係。這與潤濤閻揭發與不揭發也沒一毛錢關係，因為事實真相總會有人指出來的。
科學工作者的紛爭不應該是以鐵麵人示人。
比如：她自己講的“published biochemical data”不給出參考文獻 = 剽竊。
比如：她在圖5中介紹她沒有兩個載體任何一個開口從朝裏到朝外的證據 = 該載體模型不能證明是載體。載體必須是開口朝裏朝外的循環，而她自己講沒有，才假設會發生開口從朝裏變成朝外 = 她沒發表過開口從朝裏到朝外的生化數據。那published biochemical data，就是他人的。否則她的假設從朝裏變形到朝外就是騙人。
是她自己的論文把幫她洗地的逼到：要麽承認她的論文是剽竊，要麽承認她的論文是欺騙。二者必取其一。句號。
你攻擊別人的邏輯也適用你自己，明白不？btw，有哪幾個大牛引用你了？有哪幾個大牛引用小顏了？幾十年的引用和幾年的，你給比一比嗬嗬
你們最簡單的辦法是：讓那些大牛們用Yan/Maloney的方法發表的論文撤稿，就能否定我們的方法了。明白不？
有關working model的理解, 我昨天已經寫了一篇新的博文, 想看的自己看.
當載體的基因克隆出來後，二級結構就清楚了，發現12根穿膜螺旋如果構成一個筒子，中間帶電的鏈條足以成為載車把葡萄糖在筒子間拉來拉去以完成轉運。當即就有無數論文證明這些帶電鏈條的重要性。這是“鈉離子泵是鈉離子泵，載體是載體”的說法被廣泛接受的原因。突變這些帶電的位點是那時候的熱門。就想找到葡萄糖是怎麽被拉過去的證據。
你們最簡單的辦法是：讓那些大牛們用Yan/Maloney的方法發表的論文撤稿，就能否定我們的方法了。明白不？
你用真名實姓在Nature的評論發出來了嗎？如果發出來了，我去看看。
另外，你的團隊已經搞不清楚顏寧的“working model”是什麽意思了。你幫他們解釋解釋？working就翻譯成“幹活”好了，他們搞不清楚到底是指人體葡萄糖載體是怎麽幹活的模型？還是指顏寧需要為這個模型繼續幹活？你幫你們隊友們解釋解釋吧。
1。 介紹的部分：... Two different varieties: the ion channel and the membrane carrier THE WORK REPORTED HERE CONCERNS THE LATTER CASE. 就是說當時你（老板）認為UhpT是Carrier--這是背景。 證明是Carrier不是你的貢獻。
［前麵沒寫完就發出去了。好像發貼有種快捷鍵， Ctrl + 空格？ 不小心就會按倒， 提前發］
你的細胞文章裏：
1。 介紹的部分：... Two different varieties: the ion channel and the membrane protein. THE WORK REPORTED HERE CONCERNS THE LATTER CASE. 就是說當時你（老板）認為UhpT是Carrier--這是背景。 證明是Carrier不是你的貢獻。
２。討論的部分
(１) 討論了“符合前人模型的”兩種可能
a. “電梯模型”--Membrane Mover。 蛋白質變形， 把C265和其他殘基運送到另一麵。 (Widdass)
b. “輪流蓋蓋”－－"membrane barrier" . （Mitchell 1990)
第一點，兩者都不是你的模型. 他們分別屬於Widdas 和 Mitchell
第二點，兩者都不是你博客裏自己說的“兩根筷子”。 “兩根筷子的”的要求是，底物結合位點是不變的。
顏寧的模型更符合Rocker Switch. 歸功於王大能實驗室２００３的Science的一篇Paper.
第三點：老泉引你的討論：
...we cannont yet comment on how this pathway might operate. Even so, it seems appropriate to frame the possibilities as a guide to future work. 然後就討論了上述兩種都跟顏寧基本模型不一樣的可能的模型
你的細胞文章裏：
1。 介紹的部分：... Two different varieties: the ion channel and the membrane protein. THE WORK REPORTED HERE CONCERNS THE LATTER CASE. 就是說當時你（老板）認為UhpT是Carrier--這是背景。 證明是Carrier不是你的貢獻。
２。討論的部分
(１) 討論了兩種可能
（１）如老泉說："we cannot yet comment on how this pathway might operate". 沒有在前人基礎
我們的方法隻是在細菌的膜上成功了，雖然理論上在高級動物的細胞膜上也可以用。果不其然，華大的教授就直接在青蛙的卵細胞膜上適用，果真跟在細菌的膜上一樣成功。分子探針 + 半胱氨酸掃描的技術被大牛們廣泛用於他們各自的載體，無一失敗不成功的例子。
新的方法，在經過檢驗中，必須過兩大關：第一，可重複性。這是致命的，不需要多談。第二，可利用的廣泛性。雖然研究載體的不多，跟研究通道的無法相提並論，但幾乎在載體領域的大牛都用過Yan/Maloney的半胱氨酸掃描方法。老卡還不解氣，又花費大量精力把半胱氨酸掃描後再拉鏈鎖上，最近的是接近1埃。發表的論文就有一篇：《不需要結晶就可以研究載體的結構》，我昨天就給出了文章鏈接。他把每對兒的距離都測了出來。
想否定一個新的方法技術非常簡單：重複不出來，或者得不出預計效果。到目前為止，在這個領域裏的大牛們還沒一人不喜歡我們的方法的。對不在生化載體領域裏的人搞不懂Yan/Maloney方法胡言亂語的笑話，狐狸在這裏就有，顯然他是搞結構的，對分子生物學一竅不通才鬧出笑話。
其實，最簡單的辦法否定Yan/Maloney的方法就是：讓大牛們用半胱氨酸掃描的方法發表的論文全部撤稿。
簡單不？
https://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/4544.html
撒切爾夫人有名言：當我的論敵從講道理發展到對我罵街的時候，我就高興了，因為對方理屈詞窮，事實上從內心承認失敗了，隻剩下惱羞成怒了。
老閻對顏寧的paper提出質疑, 追求科學真相, 並花大量的時間對相關問題進行解釋,解答,科普, 怎麽是自相殘殺? 信口開咬,信口雌黃的人是你吧?
"a. Nieng完全可以不引用你的文章, 你指責她不引用你的或沒給你credit是沒有道理的. (發表科學文章怎麽引用文獻是作者的自由, 隻引用很相關的, 又不是為了拉關係, 給人情)."
-----------------------------------------------------------------------
當引而不引既是剽竊，這句話“發表科學文章怎麽引用文獻是作者的自由, 隻引用很相關的”應等價於“發表科學文章怎麽剽竊是作者的自由, 隻剽竊不很相關的”，所以話不是想怎麽說就怎麽說的。要是顏寧知道她是這麽被維護的，還不得吐血!
"b. Nieng沒有”剽竊”你做的東西， 你指控她”剽竊”,敗壞她的名聲是你的不對."
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參見前麵那句話，就知道這個指責多麽蒼白無力
“c. 你的陰謀論認為Nieng在2012沒有proposed GLUT1 的working model 是因為你導師在世,那是不成立的.”
博主的陰謀論有兩個關鍵點， 一是時間， 二是顏寧是否知道讀過閻文。 陰謀論要成立，時間對得上，但必須要拿到當時顏知道讀過閻文的證據；要說陰謀論不成立，從時間上否定不了，就必須確認當時顏不知道也沒讀過閻文，這對顏來說也不是什麽光彩的事兒。
當初陰謀論剛出來的時候， 我就覺得是八卦，不必叫真。博主後來也沒糾纏這件事，反倒是挺顏一方時不時把這個事拿出來，作為批閻的一件利器。不知道挺顏一方是否想過，陰謀論時間對的上，雖然沒證據但是更合理一些， 而對顏寧來說，不管陰謀論成不成立都很難看。閻博主對顏寧還是維護的，挺顏一方咋就體會不到呢？反倒是時時陷顏寧更為不利。 歎氣。。。
時不時來看看 2019-08-05 17:04:33 回複 悄悄話 Nature不會讓博主的質疑無限期掛在那裏而不作為，估計他們在等作者團隊的回複，乃至第三方的看法。一旦有了結論，必然會給博主及所有讀者一個說法。拭目以待。
爭論什麽作用機製，site mutagenesis, 結晶定位....都太深奧又不貼近普通老百姓的日常生活，枯燥乏味就更別提了。
應該從 簡單的開始，若能達到共識再揮師到深奧的領域，怎麽樣，這建議合情合理吧。
好，開始，
題目，英語專業和生物專業是一會事嗎？
我的立場是YES. 。
下麵請反方舉出實例證明二者不是一會事。
我將借助於挺顏方辯論原則及技巧理直氣壯地證明正方的正確。
說不出英語專業和生物專業有什麽 不同吧？估計這次在英文大詞典也找不到答案了。
網友多投入，增強娛樂性！
和邏輯不清的交流多了似乎也快變感染了
您覺的英語專業和生物專業是一會事嗎？
若答案是Yes. Case closed. 我沒什麽可說的。
若答案是No 我挑戰你舉出一個例子，任何例子我可以用你們一直以來的辯解方法證明你是錯，最起碼表現出我說你錯是不錯的。不論你舉的例子多麽顯而易見，大家也看似認可。
信不信，要不試試？
您翻翻字典吧
working 作為形容詞的意思是functioning or able to funciton; operating; producing effects, results, etc
對這個問題，建議您去Nature發跟帖，這裏已經不是您的主戰場了。
您覺的英語專業和生物專業是一會事嗎？
若答案是NO. Case closed. 我沒什麽可說的。
若答案是Yes,我挑戰你舉出一個例子，任何例子我可以用你們一直以來的辯解方法證明你是錯，最起碼表現出我說你錯是不錯的。不論你舉的例子多麽顯而易見，大家也看似認可。
信不信，要不試試？
在此文的working model 就是指GLUT1的轉運模型是proposed而來, 沒有被百分之百定論,沒有被百分之百確定. 就好像在解未知的結構時,當不能百分之百確定其結構時就稱為working structure.
因為它隻是一個working model, 還沒有被百分之百確證, 以下閻的問題也就不是什麽問題了.
“working” meaning: (of a theory, definition, or title) used as the basis for work or argument and likely to be developed, adapted, or improved later.
"the working hypothesis is tested and refined through discussion"
”雖然不知道顏寧用working model到底是什麽意思”
有一個出笑話還不夠嗎？
值得您科普的讀者群體都有誰不好完全統計，但Fox, JessAB, Fanrenius, 老泉等肯定不在其中。您已經花費了無數時間精力回複他們的各種跟貼，仁至義盡了。您給Nature的信即貼在Nature顏文後的評論已經把事實及結論說的一清二楚，從初級到頂級的相關科研人員都能明白，可以不用再理會那四位在您博客的各種胡攪蠻纏，讓時間去說服他們。他們真有種就到Nature去發帖反駁。您繼續寫一篇關於這個事情來龍去脈的正式文章或續寫別的博文係列吧。
A working hypothesis is a hypothesis that is provisionally accepted as a basis for further research in the hope that a tenable theory will be produced, even if the hypothesis ultimately fails。
現在問題來了你說的意思和學術界普遍理解接受的意思是二會事怎麽辦？要不您多發二篇博文糾正下科學界共識的普遍錯誤？
“我說的此文的working model 就是指它是proposed而來的, 沒有被百分之百定論,沒有被百分之百確定.”
”竟然把顏寧的葡萄糖載體工作模型說成是顏寧還在工作著的模型，還沒到真正的模型地步，還在為其工作著，才叫工作模型”
英語語法理解沒什麽大錯。科盲來科普出笑話是遲早的事。
”他當時趁著自然雜誌編輯周末休息，就假名貼評論，編輯一上班就刪了。”
這是推理還是證實了？
另外把工作模型說成正在被工作的是那位高人啊？
你有什麽可笑的, 我說的此文的working model 就是指它是proposed而來的, 沒有被百分之百定論,沒有被百分之百確定.
就是中國政府部門包括科技部、清華大學作為組織機構，也都會堅持科學的求真精神，不可能支持用馬甲到《自然》雜誌評論科學。中國政府也在搞知識產權立法，也在教育與科技領域反腐敗，中國媒體已經報道了9位諾貝爾獎得主到中國撈錢，中國有的個人把中國政府的錢用於為個人獲得名利。中國媒體對9位諾貝爾獎實名報道了。中國政府部門不可能支持用假名到《自然》雜誌貼評論。
隻可惜啊，幾十年過去了都沒人稀罕的雞肋。現在可找到碰瓷的對象了
他當時趁著自然雜誌編輯周末休息，就假名貼評論，編輯一上班就刪了。自然雜誌發現，原來幫顏寧洗地的竟然連科學家的共識都沒有，連真名實姓幹偉大的光榮的在曆史上留下名氣的事都不敢，把給顏寧寫洗地的評論看成是偷偷摸摸見不得人的事！讓他實名寫評論，我們都看看他到底是顏寧團隊的還是奉某領導之命洗地的，結果呢？他就縮頭了。其實，網站非常容易查出他電腦的IP，就清楚他是誰了，是不是在海外有特殊任務的了。網站見到這樣的事，情報部門就跟上了。自然雜誌在美國紐約有分部。寫任何科學評論都沒問題，但把寫評論看成是偷偷摸摸的事，那就有特殊任務的可能了。這種事，科學雜誌極難碰上，一旦碰上，就知道裏邊有貓膩。原來在《自然》雜誌幫顏寧寫評語竟然是見不得人的，不能真名實姓的幹！類似於黑社會組織一樣了。我一直懷疑他就是高級黑！顏寧絕對無法認可這樣的人幫她忙的。
哈哈 拍馬拍到了馬腿上了
現在我也明白了原來是這麽回事！幫顏寧洗地的，竟然是這等水平。哈哈哈哈哈哈哈！
加上他人發表過的生化數據就可以了。然而，那是你的嗎？是誰的，拿到自己成果裏，都是剽竊。
載體的工作模型，就是指載體如何把葡萄糖導入細胞的過程。幫顏寧洗地的竟然說成是顏寧在繼續為這個模型工作，叫工作模型。哈哈哈哈！文科生也不會這麽讓顏寧哭笑不得吧？原來顏寧的葡萄糖工作模型圖5是指如何明白葡萄糖導入細胞，顏寧繼續“工作”著的模型，還需要改進，目前還是假設模型，因為沒有開口朝外變形的證據。這個模型還需要繼續被顏寧“工作”。笑死人不償命啊。
哈哈哈！
感謝JessAB 澄清. 我覺得還有一個邏輯問題要澄清:
用新的方法證明一個模型算不算開創, 算不算建立新模型. 有A 與 B 兩個答案
A 算
B 不算.
隨你選,選完了,我們就照著這個邏輯做結論. 但是不許變: 即不可以討論一個命題的時候用A, 討論 另一個命題的時候用B .
我發覺你挺逗的, 提的問題轉來轉去. 根據你以下的quote, 現在應該可以澄清以下的問題:
a. Nieng完全可以不引用你的文章, 你指責她不引用你的或沒給你credit是沒有道理的. (發表科學文章怎麽引用文獻是作者的自由, 隻引用很相關的, 又不是為了拉關係, 給人情).
b. Nieng沒有”剽竊”你做的東西， 你指控她”剽竊”,敗壞她的名聲是你的不對.
c. 你的陰謀論認為Nieng在2012沒有proposed GLUT1 的working model 是因為你導師在世,那是不成立的.
你現在又把糾結轉到對圖5的不理解. “老泉” 和”SwiperTheFox” 都作了不少的解釋了. 對你在你quote 中的3點我來作個補充回複:
1. 在圖5中的三個構像是根據已知的資料得來的(它們來自structural analysis and published biochemical data, 包括文獻28, 29). 她也明確說明那第四個outward-open的結構還沒有拿到(“remains to be captured”), 確實還沒有直接的數據, 所以她隻能合理的去propose a working model, 而決不是用determine(確定或確證)去說已經確證了一個模型.
2. 圖5就是一個proposed GLUT1 的working model. 對working model更嚴謹的中文翻譯應該是工作中的模型也就是說還在工作中還沒有最後定論. 就好像在解未知的結構時當不能百分之百確定其結構時就稱是working structure.
3. 閻的第三點就不用回複了因為前麵已作回複了.
—————————————————————-
—————————————————————
Quote from 潤濤閻
潤濤閻
2019-08-05 09:47:25
其實這些都不是我要說的關鍵。
我要說的關鍵是：顏寧的論文哪怕是嫁接拚圖，也照樣沒有人體葡萄糖載體與細菌木糖載體開口從朝裏到朝外的證據。她唯一提供的證據來源是published biochemical data。她不給出參考文獻。而到目前為止，用生化方法獲得載體開口變形的隻有Yan/Maloney的半胱氨酸掃描方法，或者在這技術基礎上的半胱氨酸鏈接。誠然，她剽竊誰的biochemical data都是剽竊，其定性與是否是我們的方法無關。誰的都必須給出參考文獻。而她自己從沒發表過用半胱氨酸掃描的論文。
Quote from 潤濤閻
潤濤閻
2019-08-05 10:25:16
回複 'Keyo' 的評論 :
這是顏寧論文堵死了幫她洗地的路造成的。
1. 如果幫她洗地說圖5的拚圖裏兩個載體開口從朝裏變成朝外的證據根本不存在，那就等於拚圖也是枉然，因為還是缺開口從朝裏變成朝外的證據，那就無法證明變形的確發生。
2. 如果幫她洗地說圖5就是假想圖，沒那麽回事。別質疑了。就是個示意圖。因為開口朝裏變成朝外的數據兩個載體都沒有。這樣，就與圖5的題目“A working model for Glut1”相悖了。
3。 如果幫她洗地說圖5是真的工作模型，其根據在論文裏有介紹。論文裏的介紹是這樣的：“on the basis of our structural analysis and published biochemical data, we propose a working model for Glut1",那讀者就會問：Published biochemical data是你顏寧發表過的嗎？你如果早就有證據證明了開口從朝裏到朝外的變化生化數據，那你在圖5的下麵介紹時為何說這一變形是假設發生的？明明知道了怎麽還假設？公開騙人？
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山丘- 2019-08-04 17:07:46 回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 你的博客我就不去了 原因是看了會覺得這個世界很黑暗 不想給自己添堵 你說出73年有糖轉運載體的機理模型圖的文獻 我就跟你較真一次 明天上班查出來看看原文 但如果是物理動力學模型 請你誠實現在說出來 我也就不浪費時間了 嗬嗬 我可沒那麽多時間！
山丘- 2019-08-04 16:59:27 回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 你就扯吧 你列的那些全是物理動力學模型的 跟生物生化機理模型一樣嗎？別告訴我你不知道in vitro 和in vivo實驗的不同
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山丘- 2019-08-04 17:07:46 回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 你的博客我就不去了 原因是看了會覺得這個世界很黑暗 不想給自己添堵 你說出73年有糖轉運載體的機理模型圖的文獻 我就跟你較真一次 明天上班查出來看看原文 但如果是物理動力學模型 請你誠實現在說出來 我也就不浪費時間了 嗬嗬 我可沒那麽多時間！
山丘- 2019-08-04 16:59:27 回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 你就扯吧 你列的那些全是物理動力學模型的 跟生物生化機理模型一樣嗎？別告訴我你不知道in vitro 和in vivo實驗的不同
1。 老閻不是第一個畫出喇叭口的。
2。 老閻不是第一個畫出糖蛋白喇叭口的。
3。 2014圖5
（1） 構象變化由晶體結構描述：由glut1與其表兄XylE（注XylE本身就兩種構象） --閻不同意這一點，另開題說。
（2）小顏獨自發明的門閂--由2012年生化證明其必要性。
（3） 跨膜區（1， 4， 7， 10），與外門與內門的相互作用。
（4）還有未知數：比如弟四個構象，所以該圖說是：propose(提出）而不是說 demonstrate （證明）.
**重點： 你不能用證明的要求來要求“提出”
不過，這兩個詞用到閆粉身上倒是很貼切的。
這是顏寧論文堵死了幫她洗地的路造成的。
1. 如果幫她洗地說圖5的拚圖裏兩個載體開口從朝裏變成朝外的證據根本不存在，那就等於拚圖也是枉然，因為還是缺開口從朝裏變成朝外的證據，那就無法證明變形的確發生。
2. 如果幫她洗地說圖5就是假想圖，沒那麽回事。別質疑了。就是個示意圖。因為開口朝裏變成朝外的數據兩個載體都沒有。這樣，就與圖5的題目“A working model for Glut1”相悖了。
3。 如果幫她洗地說圖5是真的工作模型，其根據在論文裏有介紹。論文裏的介紹是這樣的：“on the basis of our structural analysis and published biochemical data, we propose a working model for Glut1",那讀者就會問：Published biochemical data是你顏寧發表過的嗎？你如果早就有證據證明了開口從朝裏到朝外的變化生化數據，那你在圖5的下麵介紹時為何說這一變形是假設發生的？明明知道了怎麽還假設？公開騙人？
你就是故意攪混水。人家說的是生物化學方法證明的載體工作模型，你拿出來的還是動力學的，你這不是隻是年頭上跟1966年的有差異而已嗎？人家的意思是生物化學方法搞出來的，是有還是沒有。你就拿還是動力學的說事反駁他，就是指出他的問題不嚴謹而已，你這種胡攪蠻纏把戲拿出來也不怕被笑話，反正你不敢真名實姓幫顏寧洗白。
再貼一遍原題：
原題目是：閻是第一個發表糖轉運工作機理模型的人 後麵很多科學家繼續探索完善 要是有文章在閻之前畫出糖轉運機理模型圖的請帖出來這個圖 一個模型圖即可 拜托別扯別的
原題的論點是：“閻是第一個發表糖轉運工作機理模型的人”
提供的證據，否定了這一論點。
到了今天，半胱氨酸掃描被廣泛用於載體活體蛋白的機理甚至結構研究達到接近1埃地步，她在論文裏如果還用動力學數據作為她工作模型的依據，簡直就是詆毀她啊！她是從1973年以前的科學家穿越過來的？？？？
我要說的關鍵是：顏寧的論文哪怕是嫁接拚圖，也照樣沒有人體葡萄糖載體與細菌木糖載體開口從朝裏到朝外的證據。她唯一提供的證據來源是published biochemical data。她不給出參考文獻。而到目前為止，用生化方法獲得載體開口變形的隻有Yan/Maloney的半胱氨酸掃描方法，或者在這技術基礎上的半胱氨酸鏈接。誠然，她剽竊誰的biochemical data都是剽竊，其定性與是否是我們的方法無關。誰的都必須給出參考文獻。而她自己從沒發表過用半胱氨酸掃描的論文。
轉運蛋白模型一日遊 （一）轉運蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html
原題目是：閻是第一個發表糖轉運工作機理模型的人 後麵很多科學家繼續探索完善 要是有文章在閻之前畫出糖轉運機理模型圖的請帖出來這個圖 一個模型圖即可 拜托別扯別的
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
原題目就要一個圖。沒有指明是不可以要動力學的證據。 我博客文章的地址就在她回的貼裏。 所以她才會說：“又給自己的博客作廣告 嗬嗬 ” 。 而且就在她的問題眼皮底下：
轉運蛋白模型一日遊 （一）轉運蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html
等我給了答案， 又改變題目要求了－－這是一種典型的叫做“蘇格蘭人”的邏輯錯誤。
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Keyo的回帖：
回複 '山丘-' 的評論 : "回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 又來歪曲別人說的話 我讓你別扯別的 就給我一個模型圖 你就扯了一堆物理動力學的文章文獻給我 好在這些文章上的title 上都寫得清楚明白是物理動力學文獻 然後你又讓我去你博客裏去找一篇73年的文章 估計你搏客有海量有關“科普”吧 我要找到哪一天才找得到呀 你直接告訴我文章名不就結了嗎？不會是沒時間打幾個字吧 "
原題目是：閻是第一個發表糖轉運工作機理模型的人 後麵很多科學家繼續探索完善 要是有文章在閻之前畫出糖轉運機理模型圖的請帖出來這個圖 一個模型圖即可 拜托別扯別的
－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－－
原題目就要一個圖。沒有指明是不可以要動力學的證據。 我博客文章的地址就在她回的貼裏。 所以她才會說：“又給自己的博客作廣告 嗬嗬 ” 。 而且就在她的問題眼皮底下：
轉運蛋白模型一日遊 （一）轉運蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html
等我給了答案， 又改變題目要求了－－這是一種典型的叫做“蘇格蘭人”的邏輯錯誤。
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Keyo的回帖：
回複 '山丘-' 的評論 : "回複 'SwiperTheFox' 的評論 : 又來歪曲別人說的話 我讓你別扯別的 就給我一個模型圖 你就扯了一堆物理動力學的文章文獻給我 好在這些文章上的title 上都寫得清楚明白是物理動力學文獻 然後你又讓我去你博客裏去找一篇73年的文章 估計你搏客有海量有關“科普”吧 我要找到哪一天才找得到呀 你直接告訴我文章名不就結了嗎？不會是沒時間打幾個字吧 "
就是用半胱氨酸掃描加上半胱氨酸鏈接的方法，可以到達分辨率1.3埃的地步，是目前結晶衍射很難達到的水平。我昨天給出了論文鏈接。他還有很多論文就是用半胱氨酸掃描與半胱氨酸鏈接研究LacY的。
沒有一篇論文對Yan/Maloney半胱氨酸掃描方法提出質疑的。就是因為它具有可重複性、準確性。如果花時間多，可以到達分辨率接近1埃的效果。這是在活體載體上測到的，不用結晶，測到的是載體活體在活動中的工作狀態。
你算是看透了他們這些胡攪蠻纏的心理因素了。她還不如拿牛頓定律化學的元素周期表說事更原始。1966年連基因克隆都沒人能想得到呢。連一個載體的蛋白質是什麽氨基酸構成的還不知道。基因克隆開始於1973年，那也是少數幾家搞成了。顏寧用1966年的猜想（是猜想，因為那時沒有蛋白質氨基酸順序被基因克隆出來呢，而且她論文裏講的是生化數據啊）反駁，就表明她清楚真正用生化方法證明載體的工作模型是誰。幫她洗地的也是用動力學研究載體的論文說事。事實上，他們一清二楚到底是怎麽回事。我這篇文章裏開頭就介紹這個領域裏的科學發展史裏程碑的一步就是用生化方法證明了載體變形的鐵證。至今無人質疑過，因為誰用誰認可，隨便可以重複，毫無差錯。
更正:
不愧是做科研的, 問了個很好的問題:
"閻模型"的開創性在哪? --請繼續.....
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比如潤濤閻的模型（似乎閻模型是這一係列模型中比較重要的一個，具有一定的開創性，是這樣吧？）。
不愧是做科研的,"閻模型"的看創性在哪? --請繼續.....
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比如潤濤閻的模型（似乎閻模型是這一係列模型中比較重要的一個，具有一定的開創性，是這樣吧？）。
她比你講得清楚得很。狐狸在狡辯。他一直就承認顏寧的論文沒有引用華大教授“生化數據”的論文。今天他又講引用了他的綜述。綜述是“data”？綜述裏的data多著去了，到底這顏寧用的以證明人體葡萄糖載體開口從朝裏到朝外的data具體試驗是誰做的？綜述上百篇的論文，裏邊的data到底哪個是顏寧用以證明開口朝裏到朝外變化的data？胡攪蠻纏隻能暴露自己理屈詞窮。
論文白紙黑字，鐵證如山，對質疑無法反駁。
讚同你下麵的評論。科學探討就是在求真，求真的前提是誠信和技能。如果小顏能接受你的提議，我會很高興為小顏點讚的，到那時，我或許就成了閻粉和顏粉。
順便說一下，Swiperthefox 質疑不明白挺閻的人到底是為了什麽。那我明明白白地告訴你，我什麽都不為，沒有任何利益驅使，就是在維護我認為的公正和真實。相反，你的質疑再次證明你是個沒有誠信底線的人，你一定是為了什麽利益在不厭其煩地展示自己。我就這麽自信，相信我的判斷。如果最後證明我錯了，我願意誠懇道歉。麵子除了害人以外什麽都不是。
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深挖起來，物理學的基本定律（熱力學三大定律，量子力學)也是生物大分子工作機理的基礎， 這是深入閻，顏和大部分沾邊的人骨子裏的，當然發表文章無須引用這些物理基本定律，違反物理學基本定律的文章不說過不了審稿，連作者自己這關都過不了。SwiperTheFox網友提到“一堆物理動力學的文章文獻”， 我猜他的目的是指顏的機理模型建在物理學基本定律基礎上， 比肩那些裏程碑式的晶體結構加機理，不用引任何前人工作，66年哪篇也隻是順手罷了。
其實（挺）顏一方隻需證明顏團隊獨立導出機理就可以了， 倆個甚至更多團隊做同樣熱門題目的不要太多，nature, science 上背靠背文章屢見不鮮。閻文在先，顏爭取分享機理credit無可厚非。挺顏為顏洗地要獨吞機理credit就是畫蛇添足了。 各式各樣的"蛇又腳， 有腳地上爬的是蛇，響尾蛇不是蛇，地上爬的都是蛇， 等等“， 這回都見識到了。。。
潤濤閻質疑下麵這句話：“On the basis of our structural analysis and published biochemical data, we propose a working model for GLUT1 (Fig. 5).”按照潤濤閻的記號，讓我們用A代表“our structural analysis”，用B代表“published biochemical data”，用C代表“a working model for GLUT1(Fig. 5)”。潤濤閻稱讚A，質疑B和C，因為B和C可能都與潤濤閻的工作相關。
對於B，老泉給出了解釋。顏文在Fig. 5的說明中也的確給出了相應的文獻28和29。
對於C，顏文在Fig. 5的說明中也的確說他們的working model是根據“the alternating access model ”（AAM，此模型來自1966的文章） 提出的。
對於B，因為我連什麽是biochemical data都不知道，所以就不討論了。對於C，我覺得顏文這樣引用的方式還是過於簡單粗暴了。喇叭口模型的基本思想來自1966的文章，所以這篇文章憑借這一開創性思想成為一篇經典文章（是相關領域經典文章吧？）。顏文將他們的working model聯係到此經典AAM當然是沒有問題的。不過，隻引這一篇就過度簡化了。從1966到2014這段時間中，還是有一係列的與AAM有共同基本思想的重要模型的（是這樣吧？），比如潤濤閻的模型（似乎閻模型是這一係列模型中比較重要的一個，具有一定的開創性，是這樣吧？）。在這種情況之下，在我們專業，很多文章都會用專門的一段文字來簡單描述一下這個脈絡，有時我都覺得他們引的太多了，一點點相關的也引。當然，我們專業的許多雜誌對於參考文獻的數量沒有嚴格的限製。
我覺得顏之所以會說閻碰瓷，很可能她真的不清楚閻的貢獻。如果她真的清楚這個係列的模型的脈絡的話，閻不問她則已，問她她應該趕緊說Nature引文數量有限，所以隻能引提出基本思想的一篇。然後承諾之後會寫一篇綜述性文章，到時會將閻文的貢獻寫進去。如果這樣的話，閻可能也就不會追究了。我想潤濤閻也隻是期望自己的貢獻得到應有的承認而已，我認為這種期望是合理的。
假如我上述理解是正確的話，我覺得對顏而言，上策還是誠懇地向閻道歉一下，說不應該說閻碰瓷，隻怪自己主要的精力都放在自己的研究上，對文獻的熟悉程度還不夠，以後一定注意這方麵的問題，承諾之後會好好寫一篇綜述性文章，到時會將閻文的貢獻寫進去。我想閻應當會接受這樣的道歉和安排的。顏年輕有為，還能有更大更驚人的成就，在這件事情上道個歉，自己可以放下心結，大家也不會覺得你丟人，相反，很可能大家還會為你的道歉點讚。
ft 2019-08-05 06:04:47 回複 '潤濤閻' 的評論 :
我應該再補充一點，小顏的論文還需要有完整的證據鏈。一篇論文，應該能讓別人順藤摸瓜，每一步別人都能根據信息查到來龍去脈，光解釋你的發明是不夠的，要給出數據來源，數據來源，數據來源!
至此，如果id還不懂，真的是不可救藥了。
我應該再補充一點，小顏的論文還有證據斷鏈。一篇論文，應該能讓別人順藤摸瓜，每一步別人都能根據信息查到來龍去脈，光解釋你的發明是不夠的，要給出數據來源，數據來源，數據來源!
至此，如果id還不懂，真的是不可救藥了。
跟你說了不止6遍了: 看paper;
無條件支持你的閻粉不調查研究就說話也就算了,你作為科學家說話前不先調查一下不應該.
顏2012引了Mueckler 不止一篇文章, 其中引2009那篇半胱氨酸的研究時說: Sequence analysis and biochemical characterizations have helped in deducing the boundaries of the transmembrane segments (TMs) for GLUTs (6,23)
顏2014也引Mueckler的兩篇文章做背景. 雖然沒有以前的12篇,但是有2010年的綜述.
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如果是他人的，那是不是也用半胱氨酸掃描的方法？如果是，那還是與我有關啊。如果不是，那就給出鏈接，
所以，顏寧論文說的是“生化數據”，就是用生化的方法得到的具體數據。幫他洗地的一直用什麽早就知道的常識，這是顏寧論文的高級黑啊。
我就是搞不明白替小顏辯護的id們為什麽就不懂寫論文要有完整的邏輯鏈和證據鏈。這些id們是看不懂中文還是不懂如何寫論文。就算以前不懂，一路爭辯到此讀貼無數現在怎麽也該懂了吧。怎麽這麽笨呢。
我自己都覺得不好意思說id們笨，人家在辛辛苦苦披星戴月地又讀文獻又分析又碼字，可一看，鼓搗了半天也沒弄明白這個關鍵點。
潤濤閻 發表評論於 2019-08-05 05:21:26
回複 'ft' 的評論 :
幫顏寧洗地的，都無法找到不論是人體葡萄糖載體還是細菌木糖載體的開口從朝裏變成朝外的證據。如果找到了，而顏寧的論文沒給出出處，就等於承認了顏寧論文剽竊。他們就拿四個衝程的發動機證明了三個衝程，就說那發動機就轉起來了。其實是二衝程，就是一個來回而已。她找不到這兩個載體的回路，就一個方向，都沒有開口從朝裏到朝外的證據。他們就說用常識判斷，用常識代替科學證據。那CFTR至今還不應該被當成通道研究。從1992年《細胞》的論文證明了CFTR是通道，研究CFTR的都歸了通道領域。就是因為活體載體的研究證明它不是根據常識而發生變形，證明了它是通道。
顏寧的論文從來都沒證明過人體葡萄糖載體Glut1和細菌木糖載體xylE有從開口朝裏到朝外變形的證據。
幫顏寧洗地的，都無法找到不論是人體葡萄糖載體還是細菌木糖載體的開口從朝裏變成朝外的證據。如果找到了，而顏寧的論文沒給出出處，就等於承認了顏寧論文剽竊。他們就拿四個衝程的發動機證明了三個衝程，就說那發動機就轉起來了。其實是二衝程，就是一個來回而已。她找不到這兩個載體的回路，就一個方向，都沒有開口從朝裏到朝外的證據。他們就說用常識判斷，用常識代替科學證據。那CFTR至今還不應該被當成通道研究。從1992年《細胞》的論文證明了CFTR是通道，研究CFTR的都歸了通道領域。就是因為活體載體的研究證明它不是根據常識而發生變形，證明了它是通道。
顏寧的論文從來都沒證明過人體葡萄糖載體Glut1和細菌木糖載體xylE有從開口朝裏到朝外變形的證據。
你仔細讀老閻在你評論之前的一係列評論了嗎?老閻說得明白得不能再明白了小顏論文中有邏輯斷鏈，詳細解釋了邏輯斷鏈究竟在哪裏。老閻的解釋和質問就像你別人讓你數數，你笨拙地數1，2，4，5，6....。老閻說，等等，2和4中間缺個3。你到現在還不明白嗎?
你有博士學位嗎?讀博士的過程就是訓練你具備分析問題和解決問題的方法和能力。如果你有博士學位，就你這一路跟帖答非所問的笨笨，你是怎麽畢業的? 你到現在都不懂老閻為何讓你數數時把漏數的那個3加上嗎!
拜托了，你還能再笨些嗎!
JessAB 發表評論於 2019-08-05 04:46:15
回複 '潤濤閻' 的評論 :
看來你現在會同意為什麽Nieng沒有在2012 proposed GLUT1 working model 和你導師的過世時間沒有任何關係吧.
你現在大概不敢信誓坦坦的說Nieng是”剽竊”你的東西吧, 但是更可恥的是你現在轉移目標說她是”剽竊他人的成果”.
“SwiperTheFox”已經把圖5解釋挺清楚了, 你是搞不懂呢還是就要把白說成黑.
做機理的一般是用propose 或者rationale 也就是說用已有的數據去合理的推測解釋(請注意是合理的而不是亂說一氣). 在圖5中Nieng寫得清清楚楚”The outward-open structure remains to be captured” , 但是這不妨礙她去合理的推測或預測第四個構橡作為”outward-open conformation”. 不妨礙她proposed a GLUT1 working model. 這難道不應該非常清楚嗎? 你怎麽還在說Nieng”欺騙”, “剽竊”? 無可救藥了.
你是在講笑話嗎？
如果見到一個氣缸，沒有循環，那就是通道。有來有回，才是載體。憑常識就判斷出工作模型？那CFTR今天還是載體而非通道呢！如果根據常識就判斷出人體葡萄糖載體的工作模型，那她還做論文幹什麽？那她還說出published biochemical data專門提出人體葡萄糖載體的模型幹什麽？她引用的published biochemical data一定是做人體葡萄糖載體的生化數據。然而，在發表過的Glut1 的生化數據以證明其變形的是華盛頓大學的教授，是葡萄糖載體領域裏的開山鼻祖級別的大牛，可他用的就是Yan/Maloney的方法，他發表了很多文章，用的就是我們發表過的方法啊。退一萬步，就算她找到了另外的方法，她沒報道過啊，如果是他人的，那是不是也用半胱氨酸掃描的方法？如果是，那還是與我有關啊。如果不是，那就給出鏈接，讓我們學學新方法。不論剽竊誰的，都是剽竊。你不能說隻有剽竊我們的才算，否則我的質疑就不對，就應該事不關己高高掛起。可你能證明她剽竊的論文用的不是我們的方法嗎？
看來你現在會同意為什麽Nieng沒有在2012 proposed GLUT1 working model 和你導師的過世時間沒有任何關係吧.
你現在大概不敢信誓坦坦的說Nieng是”剽竊”你的東西吧, 但是更可恥的是你現在轉移目標說她是”剽竊他人的成果”.
“SwiperTheFox”已經把圖5解釋挺清楚了, 你是搞不懂呢還是就要把白說成黑.
做機理的一般是用propose 或者rationale 也就是說用已有的數據去合理的推測解釋(請注意是合理的而不是亂說一氣). 在圖5中Nieng寫得清清楚楚”The outward-open structure remains to be captured” , 但是這不妨礙她去合理的推測或預測第四個構橡作為”outward-open conformation”. 不妨礙她proposed a GLUT1 working model. 這難道不應該非常清楚嗎? 你怎麽還在說Nieng”欺騙”, “剽竊”? 無可救藥了.
其中B是他人的成果無疑。如果是她自己發表過了，那2014年裏講的還沒有這樣的證據就是謊言。
一個四衝程發動機，缺了一個衝程，白紙黑字，你還狡辯什麽？我從沒指責那三個衝程的證據，我就指其中一個：人體葡萄糖載體開口朝裏到朝外的證據在哪裏？顏寧說有，是published biochemical data。我就問那published biochemical data是誰發表的？在哪裏發表的？期刊號？就這！
她論文published biochemical data證明了從開口朝裏到朝外，可她不給出參考文獻，就是剽竊了人家的成果算在了她的 A working model for Glut1 上。白紙黑字，證據確鑿，無法反駁，因為她在論文裏把所有的反駁的路都給堵死了。這是你不敢用真名實姓幫她洗地的根本所在。如果你能幫她洗白，那是你的英雄壯舉，是硬漢子，是偉大的光榮的偉業，你何樂而不為？
:)
你毫無邏輯思維，還在胡攪蠻纏，就是想瞞天過海。她在圖5下麵講的就是缺乏開口從朝裏到朝外的變形證據。裏邊詳細介紹了四個構象，缺乏一個的證據，就是發動機的二衝程被擴大到四衝程。四衝程很好啊，可就是缺了一個衝程---沒有排氣衝程的證據，那就是活塞回不去了。其實她的文章裏對此介紹的一清二楚：既沒有人體葡萄糖載體開口從朝裏到朝外的證據，也沒有木糖載體從朝裏到朝外的證據。沒有這個關鍵證據，就無法提出合理的工作模型以避免CFTR的預測錯了的事再次發生。
那她為何在論文裏提到“we propose"人體葡萄糖載體的工作模型？沒有開口從朝裏到朝外的證據，是無法提出工作模型的。所以她才提出另一根據：published biochemical data。可她不給出來源。
為何說你幫他洗地是高級黑？因為她本來的論文性質是剽竊，而你把她不僅僅說成了剽竊他人的成果不給出參考文獻，你還把她說成了騙人：她早在2012年就搞出來了人體葡萄糖載體從開口朝裏到朝外的證據了，那她在2014年還說沒有。這不是騙人嗎？
白紙黑字，鐵證如山，你如何狡辯，都是高級黑。
"第一種可能：他是顏係統的利益相關者，其論點論據都是來自顏團隊......"
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"SuperFox"的英文用詞, 如"I message was verbatim "test.", 以及在NATURE評論裏的用詞和英文風格, 足以證明"FOX"的英文評論沒有經過顏審查!
這些早就回答過了。得專門寫個文章，省得你不看答案，別人得一遍一遍地碼字。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/3688.html
下麵給個小的節選：
閻潤濤問題２ 更可怕的是：她在2014年的論文裏講沒有葡萄糖載體開口朝外的證據，也沒有木糖載體從開口朝裏變成開口朝外的證據，如果在2012年就有了生化證據，那她的圖5嫁接想象圖說是predicted開口從朝裏變成朝外，那不是騙人了嗎？？？
答：先說這個問題問的就不在點子上： 凡人兄曾經答過一句， 我這裏稍微多花些筆墨解釋清楚：
顏寧是Propose Model. 就是告訴你根據前人的研究和已有的實驗證據提出一個模型。沒有自詡為“我提出並證明了人體葡萄糖轉運機理”。 相反在圖5的解釋與討論裏，小顏對哪個部分是前人的， 哪個部分是自己的實驗證據，哪個部分是用近似體猜得，哪個部分是目前還沒有證據的，是說得一清二楚的。
模型本身就有猜的成分。 1966經典有動力學的初始證據， 但大部分是猜的，後來有了動力學實驗證據，後來有了生化的證據，現在有了更確鑿的晶體證據。以後研究不斷深入，還會有更深入詳盡的認識。 這就是生命科學積累大量證據證明並且不斷深入理解機理的過程。 跟數學一篇文章證明就完整證明了一個定理就不用再找證據是不一樣的。
現在談談顏寧提供的證據。
顏寧整個２０１４的思路是： Glut1朝裏的構象是２０１４年做的。 朝外的構象由XylE代表。 XylE的可以代表Glut1的原因是XylE與Glut1 同源近似。 文中在解釋機理時， 兩者有什麽相同，不同說的清清楚楚。
圖５裏有兩個predicted. 我不是很清楚閻潤濤說的是哪個， 就兩個都談談我的理解。
一： Shown here are the predicted conformations—outward-open, ligand-bound and occluded, inward-open, and ligand-free and occluded—required for a complete transport cycle according to the alternating access model.
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幫顏寧洗地的竟然不回答開口朝裏到開口朝外的證據在哪裏這關鍵問題，胡攪蠻纏想瞞天過海，還用假名玩政治在科學雜誌上。在國際科學刊物上給顏寧丟人。自然雜誌知道了顏寧團隊竟然是這等水平！吃驚到下巴都要掉下來了。
編輯讓他要麽提供真名實姓，繼續貼上去，要麽就給他刪除。他可能會暴露是顏寧團隊的人員嗎？我們拭目以待，看看他胡攪蠻纏這麽久了，到底是何方神聖！如果真的可以把煤球洗白，怕什麽真名實姓？？？他們心裏非常清楚論文裏根本找不到把兩個載體嫁接在一起的拚圖其實任何一個載體開口從朝裏到朝外的證據！這就是欺騙與蒙人。當然證據有，那是人家的數據，她不給出參考文獻，就是剽竊。他們幫她洗地的非常清楚：要麽論文是搞欺騙，要麽是剽竊。二者必取其一。
""I message was verbatim "test". did not contain any comment."""
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SuperFox 有兩個評論, 第一個是"TEST", 第二個是很長的評論. 都消失了! 您刪了?
同問!
"SuperFox" 在NATURE的評論消失了!
請問SwiperTheFox, 為什麽?
你更是胡攪蠻纏啊。
我就是按你講的在回複狐狸邏輯思維混亂的。就按四個構象，那還是沒有從開口朝裏到開口朝外的一個呀？沒有開口朝裏到開口朝外，就是關鍵。這是我一直追的啊。也就是這個才是她published biochemical data 證明的地方！沒有開口從朝裏到朝外的證據，就等於四衝程發動機的活塞不能完成排氣工程，發動機怎麽轉起來的？？？
你跟他一樣胡攪蠻纏這麽久了，你們是邏輯思維問題還是高級黑？？？四衝程的發動機，你明明清楚其中一個衝程沒有證據，那三個衝程是無效的。你把發動機排氣門拿掉，發動機會轉動？沒有開口從朝裏到朝外的變形，那跟通道的區別又在哪裏？
關鍵的就是她的論文沒有任何證明開口從朝裏到朝外的變形數據或圖像，隻是提出根據published biochemical data。可就是這最關鍵的地方，她竟然一筆帶過，不講誰發表的，在哪裏發表的，試驗是怎麽做出來的，是不是Yan/Maloney的探針+半胱氨酸掃描還是又有人發明了新方法。
她以前的論文也沒有這兩個載體的任何一個從開口朝裏到朝外的試驗證據，這也是她在論文裏白紙黑字介紹了的。這是顏寧論文的最大的漏洞，她心裏一清二楚，要不你去問她：這兩個載體的開口從朝裏到朝外的證據在哪裏？你看她如何回答？？？她啞口無言！
對閻以下的問題之前已經給你回複了. 看來你不僅沒看懂圖5的英文也看不懂或不看中文的回複. 再次回複一下.
根據AAM, 需要4個構像來完成a transport cycle. 在2012 她有一個構像(文獻28), 在2013 年有另一構像(文獻29), 在2014年這篇文章她得到了又一個構像, 還有一個有待captured. 正如網友”老泉”給你的回複: 顏寧”此時提出a working model，順理成章”.
因為在2012年她隻拿到一個構像沒有足夠構像去propose GLUT1的工作模型. 你怎麽會把這件事牽止到你的導師過世的時間去? 不可思議.
你提的一些問題證明你還是沒有看懂圖5的闡述. 請你還是自己先去搞懂吧. 在你沒搞懂的情況下就誹謗別人”剽竊”, 這種行為很可恥.
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Quote from 閻 ”如果按你說的她在2012就得到了人體葡萄糖載體從開口朝內變成開口朝外的證據了，那她為何在2012年的論文沒提出工作模型?”
在Nature匿名留言是不行的，Nature明確說了，您要匿名就不能評論。它讓你用筆名發帖是認為你用的真名。就像顏寧說她首先發現的機理一樣讓她發表文章。您的假名一旦被投訴，您的評論也就被哢嚓。
別再一幅我是Fox我怕誰的耍賴形象，別的不要，臉還是該要的。
你懂法規的作用嗎? 比如某運動員一身高超技藝，眾人稱讚，但是他/她比賽用了興奮劑，結局呢: 出局沒商量。這就是法規迫使人們要有誠信，否則可想而知。
SwiperTheFox 發表評論於 2019-08-04 18:46:56
回複 'ft' 的評論 :
回答一下； 我是誰，跟我說的話有沒有說服力是沒有關係的。
比如，象樓下老閻說的，我說的話，什麽證據也沒有，邏輯又不通，整天幫顏寧洗地， 所以沒人會相信我。 也就是一點影響力沒有。
我是SwiperTheFox也好， Superfox也好，張三也好，李四也好，王五也好，趙六也好，都是不講事實，沒有邏輯的。 所以我的名字是什麽對這個討論一點也沒幫助。
回答一下； 我是誰，跟我說的話有沒有說服力是沒有關係的。
比如，象樓下老閻說的，我說的話，什麽證據也沒有，邏輯又不通，整天幫顏寧洗地， 所以沒人會相信我。 也就是一點影響力沒有。
我是SwiperTheFox也好， Superfox也好，張三也好，李四也好，王五也好，趙六也好，都是不講事實，沒有邏輯的。 所以我的名字是什麽對這個討論一點也沒幫助。
你胡攪那麽多幹嗎呀？回答閻老師的幾個基本問題才能夠真正幫助你的小顏。你顧左右而言它的目的無非是充分利用這個機會炫耀你在這行裏的知識而已，其作用與浪費他人時間甚至與圖財害命差不多。
現在有個假設：假如你現在是博導或某著名刊物的主編，（我猜測你不是，因為你有大把時間。）有一位博士後發一篇論文讓你過目，內容就是比小顏的研究有更深的發現和證明。用了類似小顏當年的圖形，但略有改動。在整篇文章裏不提小顏當年的成就，僅用“published biochemical data”一筆帶過。文後也有五、六十個參考目錄，但遍尋不著小顏的研究。
你閱後有何感想？
山丘- 發表評論於 2019-08-04 18:01:41
回複 'Wtp003' 的評論 : 狐狸是不可能挺閻的 他從一開始就有立場了 並且立場非常堅定全身心的鬥誌昂揚 他看文獻找證據全是為了他的立場 這種全身心的投入很讓我好奇 一直沒想通這是為啥
己所不欲 勿施於人 我真沒怎麽著你 你都不樂意了 你怎麽不想想你怎麽對待老閻的 你好好看看你寫的那些話 要多沒禮貌就多沒禮貌 有那麽到人家後院裏跟長輩說話的嗎？實在看不下去你助紂為虐巴結權貴欺負人
再告訴你一遍：你不是高級黑就是缺乏最基本的邏輯思維：
她論文的關鍵是兩個載體都沒有開口從朝裏變成朝外的證據。必須圍繞這個核心來論證。
如果按你說的她在2012就得到了人體葡萄糖載體從開口朝內變成開口朝外的證據了，那她為何在2012年的論文沒提出工作模型？
更可怕的是：她在2014年的論文裏講沒有葡萄糖載體開口朝外的證據，也沒有木糖載體從開口朝裏變成開口朝外的證據，如果在2012年就有了生化證據，那她的圖5嫁接想象圖說是predicted開口從朝裏變成朝外，那不是騙人了嗎？？？
你讀不懂這最基本的邏輯？
你本來是想幫她洗地說她沒有剽竊而是她自己在2012年就搞出來了生化資料以證明葡萄糖載體開口朝裏變成朝外了，你一下子就把她變成了在欺騙讀者。
正因為她的論文堵死了幫她洗地的所有的路，你要麽承認她利用了他人發表的論文不給出參考文獻，那麽就表明她的圖5想象圖嫁接predicted（假設）從開口朝裏變成開口朝外--是在騙人，因為她早就證明了。
你先把這簡單的邏輯搞清楚。
你要圖，這裏貼不了圖，讓你去有圖的地方看，你又不去，人家怎麽給你？
你就是不想睜開眼睛看事實罷了。 回你的最後一貼，句號。
誠懇地說： 這個沒法做到了。 我讀了這麽多文章，看了太多太多的證據， 是不可能使勁挺閻的了。
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無立場就站在老閆的角度看問題，使勁挺閆看看是不是比挺顏更順當更有說服力。
我就知道是這個結果，每次你跟人要證據，人家給了你要麽說別人給一堆文獻不看，要麽就明說“我就是不看”。 所以你以後在問，我也不用回答了，反正別人有理的你不看就是了。
對，動力學實驗與生物化學實驗證明的方法不一樣，但是但是模型畢竟是別人的。 如果因方法可以否定前人的模型的這個邏輯成立的話，這個邏輯也可以用在晶體vs 生化實驗上。 即：晶體能看到的就是比老閻的方法看得清看的完整， 記住：老閻隻研究了12個跨膜區的一個。 顏寧是完整地看到了蛋白的。
申明：我不是支持上述邏輯的， 所以不能因老閻是用生化實驗而否定前人動力學“獲得”的模型。專利仍然不是老閻的。
對第一點原則上認同。後二點不認同。如
一開始小顏回了。告訴他66年經典，這都能用嗎？真這樣其它的好????也沒必要。為什麽又例出來。第三條要討論起來又沒完沒了。周末也快過完了，這組織活動到此為止了。一個建議一個感想。
建議是若真是無立場就站在老閆的角度看問題，使勁挺閆看看是不是比挺顏更順當更有說服力。
一個感想（不是什麽真理越辯越明之類高大上，那是老話了）。給後半段的跟貼網友及言論一個讚。觀點不同無所謂，有事說事。都說出門不易更何況身在海外。在wxc也沒必要爭的不愉快。
謝謝你的部分承認，不能指望改變他人的觀點。 回答一下你這兩個問題：
1。 小顏照樣回應一下問題不就解決了嗎？事實上沒有。
（1）不是“回應一下問題就能解決的”。 事實上，一個問題會接著另一個問題問的。 我從昨天晚上到今天早上就花了很多時間給老閻解釋他看懂文章就該能回答的問題。
（2）一開始小顏回了。告訴他66年經典。 首先，這是文章裏明確提的，並且在2014圖5裏有說明的。 作為一個有素質的科學家，有疑問至少先在文章裏找答案。問這個問題，說明文章沒看完或沒看懂。
這時，*小顏應該是以為“回應一下不就完了”。 給了文獻，老閻即使覺得不對，也該自己找點文獻來看驗證一下自己的感覺。 總不能把別人的時間認為理所當然地可以占有，自己不下點功夫吧？ 他沒有這麽做，而是馬上反駁了一篇。 換來了“碰瓷”。 當然小顏的修養需要提高，我覺得還是占用別人時間自己還是應該做足了自己的功課吧？
3。竟然小顏例出了那麽多文獻而且被你們二人證明足夠了。為什麽偏偏沒例出老閆的？是簡單忘記了？是因為例出的比老閆的工作更相關性強，更重要？對第二個問題答案多半是否定的而簡單忘了似乎也說不通。
我覺得是小顏列的其他文獻比老閻的從時間與內容上更相關。 比老閻相關性更強的Mueckler12篇（與小顏同一個蛋白）都沒入列。 特別是Mueckler 2009年那篇也比老閻的完整，包含了整個蛋白的研究， 而老閻隻有一個跨膜區的研究。
很不錯。謝謝。
不過，這英文後麵若是跟著”But”就都不是好話。開個玩笑。
說正經的，若要完全透徹明白二人的工作除非是這方麵專家or at least actively working on this research area. 要不然（就算在已有生化及分子生物學基礎上）再拿出搏學位的精力及功夫才行。我是肯定做不到，所以我在沒有新的”突破”性進展下（如這次涉及Nature”, 這事對我來說就到此為止了。（我為止還專寫一文算是記錄下吧）。但我還是更多趨向於老閆，理由如下；
1。從老閆對你的回應及他的論點，感覺上更在點子上而且內在邏輯性也更強些（內在邏輯是很重要的，而不是什麽花哨的東西，比如下麵）
2。你和新近露麵”老泉”的論點都看上去很專業，若事情真是所你們所述，小顏照樣回應一下問題不就解決了嗎？事實上沒有。原因？千萬不要說沒時間，還認為是碰瓷不值得。邏輯上應另有隱情。同樣邏輯推理下麵一條。
3。竟然小顏例出了那麽多文獻而且被你們二人證明足夠了。為什麽偏偏沒例出老閆的？是簡單忘記了？是因為例出的比老閆的工作更相關性強，更重要？對第二個問題答案多半是否定的而簡單忘了似乎也說不通。
你沒看我的博客， 文章裏就有一個1973年的糖轉運模型。
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要是有文章在閻之前畫出糖轉運機理模型圖的請帖出來這個圖 一個模型圖即可 拜托別扯別的
這個問題已經回答過很多遍了。 正好今天又有了新發現。 給過大閻高度評價的Mueckler在2009年沒有引用大閻的文章。 而是引用了下麵這三篇說明葡萄糖的模型， 都比老閻的早。
An alternating access model for glucose transport is supported by a large body of kinetic and biophysical data collected over the course of several decades (discussed in refs (10), (58), and (59)).
10. Lowe, AG.; Walmsley, AR. The kinetics and thermodynamics of glucose transport in human erythrocytes.. In: Agre, P.; Parker, JC., editors. Red Blood Cell Membranes. Marcel Dekker, Inc.; New York: 1989. p. 597-634.
58. Wheeler TJ, Whelan JD. Infinite-cis kinetics support the carrier model for erythrocyte glucose transport. Biochemistry 1988;27:1441–1450. [PubMed: 3365399]
59. Brahm J. Kinetics of glucose transport in human erythrocytes. J. Physiol 1983;339:339–354. [PubMed: 6887027]
http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201905/24210.html
又扯回去拿鈉離子泵說事 66年鈉離子泵說的是鈉離子在膜上的轉運 你還能從這篇文章中說出講的是哪一個蛋白嗎？更別說大分子糖轉運機理了 難道66的這篇文章一出來就表明其適用於任何轉運了嗎？大分子糖與鈉離子差那麽多 不踏踏實實做實驗 怎麽能知道能發現原來糖轉運機理是怎樣的 沒有閻及後來的科學家們包括顏的工作怎麽能知道糖轉運機理和離子泵相似？
閻是第一個發表糖轉運工作機理模型的人 後麵很多科學家繼續探索完善 要是有文章在閻之前畫出糖轉運機理模型圖的請帖出來這個圖 一個模型圖即可 拜托別扯別的
給你個Perspective 比較容易理解。 這裏有從1966後逐漸進步的機理圖。 我相信，還有更多文章有這樣的機理圖，我時間精力有限，就先找這麽多了。
轉運蛋白模型一日遊 （一）轉運蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html
第一， 小顏得出的模型和老閆的模型在本質上一樣。 小顏與老閻的模型在本質上都與1966經典一樣。 1966有專利。 小顏引了專利的。 至於葡萄糖轉運的蛋白證明是該模型的證據，從1966到1993之間也很多。
第二，她又宣稱她的模型是開創性，首次等等。
這需要找出她的原話來才好評論。 因為我一開始看到的傳言，似乎與事實不符。 有些話不是她說的，被別人說成是她說的。 比如”50年來首次闡明糖蛋白機理“這句話就很有問題。
1。（至少）據報道不是她說的（而是老卡說的）。 我沒有其他證據，但也沒找到反駁的證據。
2。 原話也不是這樣：原話是“人們終於首次成功解析了人源膜轉運蛋白在原子分辨率水平上的晶體結構，這是50年以來的一項重大成就” 這應該是正確的。
還有回答這個問題有點主觀：首次造一輛汽車有開創性；首次造一輛燃氣的汽車也有開創性； 首次造一輛燃氣但能跑500MPH的汽車，我不知道是不是該說有開創性。
我對她模型的評價：
1。符合1966經典。
2。符合2006到2013年很多包括糖轉運蛋白文章裏已經闡述的“四象圖” （比經典和老閻的更細致）。
3。展現人體糖蛋白的結構是首次
4。闡述人體糖蛋白glut的內門， 特別是內門對機理的貢獻是首次， 有一定的開創性。
5。闡述人體糖蛋白glut所屬第一家族的機理是首次。
============================================================================
在小顏得出的模型和老閆的模型在本質上一樣而她又宣稱她的模型是開創性，首次等等，那你同意/理解老閆的要求嗎？
若認同了下麵才有的談，若不認同那就將爭論focus on在機製模型的異同上，在本質上是不是相同的。
小顏”用固定的晶體作為材料在高分辨率的條件下解構葡萄糖載體蛋白獲得的機理模型跟1993年Yan＆Maloney用在細胞膜上活體葡萄糖載體蛋白作為材料得出的葡萄糖轉運機理一致。表明這個喇叭口模型是準確無誤的。”
在小顏得出的模型和老閆的模型在本質上一樣而她又宣稱她的模型是開創性，首次等等，那你同意/理解老閆的要求嗎？
SwiperTheFox說
”如果顏寧博士讀過了我們的兩篇文章，那她一定會在她的論文討論部分或引言部分寫上：“我們用固定的晶體作為材料在高分辨率的條件下解構葡萄糖載體蛋白獲得的機理模型跟1993年Yan＆Maloney用在細胞膜上活體葡萄糖載體蛋白作為材料得出的葡萄糖轉運機理一致。表明這個喇叭口模型是準確無誤的。”
在小顏得出的模型和老閆的模型在本質上一樣而她又宣稱她的模型是開創性，首次等等，那你同意/理解老閆的要求嗎？
SwiperTheFox說
”如果顏寧博士讀過了我們的兩篇文章，那她一定會在她的論文討論部分或引言部分寫上：“我們用固定的晶體作為材料在高分辨率的條件下解構葡萄糖載體蛋白獲得的機理模型跟1993年Yan＆Maloney用在細胞膜上活體葡萄糖載體蛋白作為材料得出的葡萄糖轉運機理一致。表明這個喇叭口模型是準確無誤的。”
謝謝你的誠懇回複。在理解你堅持個人隱私的想法同時，我也想表達在美國生活也要遵從法規，學術界的從業人員更應如此。nature定的規則如果你不遵守就是對別人的不公平，意味著你躲在暗處和別人付出公布隱私的代價來參加同一個遊戲，如果用政治正確的話說，同一場遊戲對每個人的規則不一樣這是不公平的。如果你不喜歡用一個規則想另搞一套，對不起，請退場。講到此，我想已經明白到家了。
爭辯到此，我仍然堅持我的立場即支持老閻的質疑，讓曆史和時間來說話。如果哪一天小顏能誠懇回應老閻，我會很高興給小顏點讚。
基於有的網友包括你的誠摯提議，我也希望網友們不要積怨。文明和尖銳的爭辯對人對社會都會有益無害，和稀泥反而會最終積累長成腫瘤。
祝你一切順利。
***************
SwiperTheFox 發表評論於 2019-08-04 14:08:10
回複 'ft' 的評論 :
關於這個問題， 我隻回答這一次。 我在評論前不知道有非得實名這個guideline. 在美國各個網站發過帖子，還沒見過要求實名製的。
我在Nature的網名是以前注冊的時候就有的了。 所以發評論前，網站問是否用Superfox這個網名， 缺省就用了。
後來有人貼這個Guideline, 但是我不想放棄自己的隱私。 我問心無愧。 評論裏都是有根有據有文獻，所有人可以根據我引得文獻一一核對我說的話對不對。 我沒有說我是無條件覺得沒有什麽不妥。
這個貼說的更直接吧：
"她當然沒引用我的文章。這還有爭論？？？她不小心在她引用了的文章裏有一篇引用了我的文章"
https://bbs.wenxuecity.com/rdzn/4007101.html
真的拜托了 文明國家講誠信講信譽 你們這些為了一己之便的違規者們 別把我們這尚還有序純淨的學術界玩壞了
閻在此事上的第一篇博文。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/1666/201905/8695.html
如果顏寧博士讀過了我們的兩篇文章，那她一定會在她的論文討論部分或引言部分寫上：“我們用固定的晶體作為材料在高分辨率的條件下解構葡萄糖載體蛋白獲得的機理模型跟1993年Yan＆Maloney用在細胞膜上活體葡萄糖載體蛋白作為材料得出的葡萄糖轉運機理一致。表明這個喇叭口模型是準確無誤的。”
有嘎德大俠這樣的負責做東事情可能總好辦些。
辯論一大圈下來科學上的事探討得大體有眉目了。這閻顏之爭既己進了江湖，解決的方法也隻有江湖之道。小顏送老閻一瓶好酒，老閻也給小顏繼續攀登科學新高峰捧捧場，加個油...
此議會不會被指“搗漿糊？”
嘎德 2019-08-04 13:00:54 回複 悄悄話 狐狸老兄/美女，老閻老兄，還有小顏美女，各位都是成功人士，冤家宜解不宜結，要不庭外和解了吧？我在紐約，各位方便的話來紐約聚聚，盡釋前嫌。
你能用2-3句話概括說說爭了這幾個月爭論的關鍵是什麽嗎？
我從第一天就說了浮浮而言一般沒有引用文章根本不是什麽大事。那為什麽老閆這沒完沒了我這也一直跟著“添亂”(某一的話）呢？
估計你沒這邏輯分析能力吧？要不試試？
關於這個問題， 我隻回答這一次。 我在評論前不知道有非得實名這個guideline. 在美國各個網站發過帖子，還沒見過要求實名製的。
我在Nature的網名是以前注冊的時候就有的了。 所以發評論前，網站問是否用Superfox這個網名， 缺省就用了。
後來有人貼這個Guideline, 但是我不想放棄自己的隱私。 我問心無愧。 評論裏都是有根有據有文獻，所有人可以根據我引得文獻一一核對我說的話對不對。 我沒有說我是無條件覺得沒有什麽不妥。
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回複Swiperthefox, 你下麵的要和解的帖子說得雖然誠懇，但讓我大惑不解的是你為何對nature故意違規用假名。如果你真是一個有誠信的人，你應該對此有個交代;如此，別人才能對你尊重。
謝謝您的信任。 我這篇博文特別是第一部分， 不需要多少生物專業知識，受過科學訓練的人都不難follow。 所有文獻都在文末。 您可以逐條驗證。 如果發現錯誤，請明確指出來。 謝謝。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/2344.html
你要是能請到顏寧，我一定去。 一開始看新聞，其實沒什麽感覺。 讀了paper之後，佩服之至。
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狐狸老兄/美女，老閻老兄，還有小顏美女，各位都是成功人士，冤家宜解不宜結，要不庭外和解了吧？我在紐約，各位方便的話來紐約聚聚，盡釋前嫌。
謝謝你的聲明。因為你聲明你是獨立的第三方，我會更加相信你的說明和解讀的公正性。我知道有些人會昧著良心發虛假的聲明，不過就目前而言，我還是選擇相信你的聲明。
我同意“應該把注意力集中在事實論據”，這是第一重要的。按理說，我應當盡量去好好理解相關的事實和論據，但是由於我自覺生物基礎差，所以沒有真的去做這方麵的努力，這是不對的。不過留言者的身份也是重要的，否則Nature也不會要求留言者Be yourself:“If you have a personal connection to a story or topic, you should disclose your connection or, where appropriate, not comment at all.”
我同意在對一篇文章的一處內容提出一個質疑或者指控之前，首先要盡量準確地理解整篇文章的內容。而要做到這一點，往往需要去了解相應的領域，要讀比較多的相關的文章。所以這並不是一件容易的事。我之所以支持潤濤閻提出他的質疑和指控，除了支持言論自由這個原因之外，另一個原因就是我知道潤濤閻長期從事生物方麵的科研工作，所以我選擇相信他對相應領域的了解和判斷。
總而言之，我自己缺乏生物基礎，很難形成我個人獨立的判斷，又沒有足夠的時間和精力通過學習去形成自己的獨立判斷。所以，我希望能看到更多的生物專業的獨立人士能發表他們的看法。我之前說過如果閻顏事件相關的機製的確非常重要的話，曆史對於此次閻顏事件就會給出一個實事求是的判斷，這裏的曆史其實就是很多的獨立的專業人士（獨立陪審團），他們每個人的獨立看法就是一票，最終閻的指控到底有幾分道理就是看他長期而言（比如三五十年甚至是一百年）的得票的比例。雖然這個得票比例不一定就會收斂到1或者0，但是，一般而言，不是收斂到1就是收斂到0。也就是說，一種共識會形成。
同意你說的有了結晶結構能更好的證實工作機理 我認為二者之間是相輔相成的關係 做結構的需要工作機理說明其結構是否具有生物意義的合理性 作機理研究的 結構可以作為參考輔助以及進一步的驗證 小顏的結晶首創是很了不起的 但是她的工作機理模型圖和博主二十年前的基本一樣 所以她是進一步驗證了博主的 別拿66年的經典來說事 66年的是鈉離子泵機理模型 難道這不需要有人做實驗來發現原來糖轉運載體和鈉離子泵是尊循相似的機製嗎？糖轉運機理在閻以前有誰發表了其模型圖？如果有是誰？如果沒有是否還是可以說是閻首次發現並發表了呢？
你最讓我大跌眼鏡的是同樣顏寧單身這件事，你因為立場不同能說正反兩套話。
開始你批顏寧的時候，說的是“不是看不慣獨身。獨身意味著和他人相處有困難。具體困難在哪裏，很多種原因。是媒體在毀她，什麽高顏值啊，破解世紀之謎。大家一看婚姻都解決不了，還解決世界之謎呢，自然胡說八道就來了。”這裏你痛批顏寧單身。
後來你挺顏寧，批老閻的時候，又說“小顏到了科技進步的這個時間段了，就是靠新方法能夠證實了這個機理模型。就是為了名譽不要家庭，不走偏路，一心一意奮鬥十幾年。” 又誇上顏寧單身了。
我真服你了。你是中國最常見到，也最可鄙的幾類人之一。
到時候你們暢所欲言，我嘎德隻負責請客，如有興趣的話私聊我吧。
還有啦，cowwoman也歡迎加入。cowwoman說老閻“討厭”，老閻你聽好了，女人說你討厭不外乎兩種可能性，一個是你是油膩男真的很猥瑣討厭，另外一個可能性是美女特地穿得花枝招展想引起你注意卻得不到關注。
到時候cowwoman也來聚餐的話，老閻你是聰明人知道該怎麽辦的。
因為她總拿顏寧的婚姻說事，她認為是在幫我打架？我勸她，還有可能其它回複得罪了她。她從此180度轉彎，由喜歡到死一下子調轉槍口：恨我恨到咬牙切齒、千刀萬剮都不解氣地步，常常罵罵咧咧。
英文原文照抄：“Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data. ”
以前的模型僅僅是基於kenetic transport data，沒有無可撼動的證據。
上麵的評價不是潤濤閻自己講的。Yan/Maloney 的 “探針 + 半胱氨酸掃描”被廣泛利用，無一人提出質疑。
你這人性格非常變態。
在老閻才開始寫顏寧這個話題的時候，你多次留言，但我看不出你是為科學本身討公道。你大多數是針對顏寧的，純粹的嫉妒心理，酸葡萄的意味非常濃厚，連顏寧單身你能都拿出來大說特說。
我給你留言回複過，告訴你“不是每個人都需要婚姻和家庭，也不是每個人都看重家庭和婚姻。希望還科學一個真相，還潤濤閻一個公道，但這跟顏寧單身與否無關“。
你不知道後來發了什麽瘋，反過來針對潤濤閻了，但語言仍然不是從真相上出發，仍然是莫名其妙。
AAM模型理論研究進展在那裏（1966-2013年結果），顏寧二零一四文中圖五就是按理論畫的 (predicted)。為了propose a 2014 version working model, 就需要更多於2013的內容。向內開口構象已經被顏寧拍到 (2014年)，無爭論，向外開口構象，待定，但是小顏在2014文中討論部分從結構方麵作了很好的說明（由於TMD及ICH作用，沒有底物時的最可能構象是向外開，底物結合及分離則促進二個構象轉換。這種model討論不需要其他數據）。至於AAM機理要求兩個occluded 結構，則需要借助XyLE, 那也是現成的（文獻28，29），也是小顏的，且已經有結晶及生化數據。因此她在2014文中說了our... biochemical data (有參考文獻28，29)。沒什麽看不懂的吧。
既然2014拿到GluT1的結構(other worked on this for decades)，此時提出a working model，順理成章。與老閻老板無關. 66-92年，92-2013年之間AAM模型早在那，內含逐年增加, 與老閻九三年模型無關。至於老閻九三文章，那個示意圖根本沒談機理，隻是標出了三個區域而異。文章寫道：although we can identify a residual within the translocation pathway of UhPT, we cannot yet comment on how this pathway may operate”. 對於這篇文章的貢獻與局限性，可以作很多評論。
老閻九三文章 is about identifying a residue C265 and 3 domains. The famous graph he used in his blog is not about pathway mechanism, but about showing 3 domains with C265 in the core domain. As for pathway mechanism, Yan and Maloney did not know at the time and only suggested either mobile carrier (residual C265 as elevator to shuttle substrate in and out) or mobile barrier (gated pore) theory. These theories (mobile carrier or mobile barrier) are not related to outward open/inward open conformations Yan Nieng talked about in her graph (it is a simple graph used by many).
AAM theory is still just theory at this time (most viable per Mueckler in 2014 review) and more work is needed. Anyone can propose new techniques (crystal structure and x-ray or biochemical or both or other) or updated model for future research and development.
請以閻潤濤樓下三貼為例， 回答我的問題：）
我以後盡量少來了（戒癮）。 我覺得凡人， Stegy和老泉的三個帖子，雖然不能完全回答閻潤濤的問題，但是能回答個七七八八， 就不“再造輪子了”
凡人：http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/3304.html
Stegy: http://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201908/2507.html?#comments
老泉：
: AAM模型理論研究進展在那裏（1966-2013結果），顏寧二零一四文中圖五就是按理論畫的。為了提出2014working model, 就需要更多於2013內容。向內開口構象已經被拍到，無爭論，向外開構象，待定，但是小顏在2014文中討論部分從結構方麵作了很好的說明（由於TMD及ICH作用，沒有底物時的最可能構象是向外開，底物結合及分離則促進二個構象轉換。這種討論不需要其他數據）。至於AAM機理要求兩個occluded 結構，則需要借助XyLE, 那也是現成的（文獻28，29），也是小顏的，且已經有結晶及生化數據。因此她在2014文中說了our... biochemical data。沒什麽看不懂的吧。既然2014拿到GluT1的結構，此時提出working model，順理成章。與老閻老板無關，66-92，92-2013之間AAM模型早在那，內含逐年增加。與老閻九三年模式無關。至於老閻九三文章，那個示意圖根本沒談機理，隻是標出了三個區域而異。文章寫道：although we can identify a residual within the translocation pathway of UhPT, we can not yet comment on how this pathway may operate”. 對於這篇文章的貢獻與局限性，可以作很多評論。
Yan's paper in 1993 is about identifying a residue C265 and 3 domain. The famous graph he used is not about mechanism, but about 3 domain with C265 in the core domain. As for pathway mechanism, they did not know and suggested mobile carrier (c265 as elevator) and mobile barrier (gated pore) theories. They are not related to outward open/inward open conformation Yan Nieng talked about. So older Yan started with a lie. Shocking?
哈哈哈哈，狐狸老兄/美女，老閻老兄，還有小顏美女，網上聊天費勁，各位都住在哪裏呀？要不大家找個機會聚餐聊聊不就都講清楚啦。
2006年老卡LacY的衍射結構圖如此清晰，別說乳糖的結合點，就是質子氫的結合點都一清二楚，也提出如果發生變形那些離子會如何。可他在圖9對朝裏朝外變形的結論是：possible change
後來他用半胱氨酸掃描才確定了開口朝裏朝外變形。
你說的都是老卡在LacY結晶裏講過的，但他依然不知道變形是否真的會發生。他才用半胱氨酸掃描活體載體蛋白以確定其變形。去給了你他的一篇論文，就是不需要結晶通過半胱氨酸掃描可以研究載體結構。你讀不懂就算了。
你在把顏寧說成明明知道了人體葡萄糖載體的開口從朝裏到朝外的變形證據了她還在假設會發生變形的嫁接圖就是欺騙了。明明知道了如何變形了還在假設。她真的同意你把她說成她在玩弄欺騙？
你發誓有何意義？狐狸又不是你的名字，就是你講天打五雷轟那也是轟狐狸，又不是你的真實姓名。玩這套小孩子的把戲有何意義？鄧小平實名發誓永不翻案呢。當然，讓你發誓的人沒考慮到你發誓的是假名字，又無法驗證。
你缺乏的是最基本的邏輯思維能力。按照你說的，認同葡萄糖載體從開口朝裏到朝外的變形早在2014年發論文之前都搞明白了，那她還用嫁接假想圖的方式解釋從朝裏到朝外的變形就是騙人的了。
你在胡攪蠻纏啊。如果在2014年發表論文之前就知道了人體葡萄糖載體從朝裏到朝外的變形，那她的圖5 “predicted” 的變形不是自欺欺人了？那是重複人家的論文結論了？還是否定人家已經證明了的她還在假設？
你連基本的邏輯都沒搞清楚。
都回答過很多很多很多遍了。 所有的問題都讀懂文章後都可以作答。 以後質問前，請先做好自己的功課。
一。生化數據：小顏神秘的生化實驗 ； http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/14748.html
二 。Glut1的結晶的朝向：Schurmann, A. et al. Role of conserved arginine and glutamate residues on the
cytosolic surface of glucose transporters for transporter function. Biochemistry 36, 12897–12902 (1997).
三 。如何推理從內到外的變形。就在前不久的回帖裏。
１。XylE是Glut1 homologue. UhpT不是。
2. 通過XylE的homology modeling 可以推測Glut1 的構象，是Glut1朝外的Proxy.
３。文章的結果與圖表裏標識得清清楚楚： Glut1 堿基在哪個位置，跟誰形成氫鍵。 XylE Glut1 堿基在哪個位置，跟誰形成氫鍵. 兩個蛋白同一個位置， 哪些堿基一樣， 哪些堿基不一樣。 雖然用XylE並不完美， 但是有什麽沒有什麽都清清楚楚寫在文章裏。 審稿人看的明明白白。 如果你不滿意的話，去找老卡問吧。
4。 從裏到外的構象變化理論在引文 顏2010和 Iancu2013裏都有。 沒引的還有很多，
見：
轉運蛋白模型一日遊 （一）轉運蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html
5. 說實話，Cystine scanning隻是“符合”AAM. 隻是說在跨膜第7區可以看成三個區域， 一個隻跟細胞外有接觸， 一個隻跟細胞內有接觸，一個兩麵都可以接觸。
＊＊實際上也沒給出從內到外的變化。 ＊＊
並沒有排出其他可能性。 比如
１。如果一個（即使不是轉運蛋白的）膜蛋白也可以有這樣三個區。
２。比如跨膜區７被其他的跨膜區所掩蓋（保護起來）。 比如如果是Channel， 7與１０的在外膜形成gate, 關上時，兩個蓋纏在一起，互相保護起來，也可以起到不接觸細胞內物質的作用。
再對學數理的重複這句話： 生命科學實驗需要 Preponderance 的證據。 閻潤濤提供的證據［在當時］很重要， 但並不是一次性證明了AAM.
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
Fox你如果是顏寧的人就拿出data證據回答老閻質疑，如果不是顏寧的人，你又如何知道顏寧team的細節來否定老閻？！ 你繞著扯其他的毫無意義
1。相信您是誠肯的， 那我也誠懇地發誓， 隨您再能想出什麽惡毒的誓言， 我都可以發：
我是獨立的第三方，如有欺騙，願接受來自上天以及一切其他神秘力量的一切懲罰
其實我有很多事做，也不想再花太多時間，但是研究這事有點上癮，象打遊戲一樣， 希望這可以讓您容易理解一些。
2。我在nature 網發了評論，除了老閻評論了一下答的是什麽問題的，就沒一個對內容評論的。 您不覺得大家應該把注意力集中在事實論據上， 而不是發言者的身份上嗎？ 我寫的若幹博客文章也包括有類似的情況。 隻有少數幾個人對內容進行了討論。 特別是一個叫Stegy的網友，似乎不是生命科學專業的，讀了我的博客的若幹文章，又突擊讀了十天左右的論文，就有了自己的見解。 除一些細節我不敢苟同之外，其他大方向的理解都差不多。
3。 記得您說自己是做數理科研的，對於您的學科， 如果有人對論文的推理覺得理解不到，請問是
（１）再認真讀論文及引文，看自己對哪方麵的知識點與推理有遺漏。
（２）向生活中或網上的專業人士詢問，討論內容。討論的方式是先說“我沒看懂”“我不理解”，還是
（３）上來說“這篇文章這點做的不對＂， 沒有引我的文章，剽竊？ 在沒有確鑿證據之前，拿過世的老板或其他人來當槍使？
就第３點舉個例子： 一開始時， 老閻就詢問２０１４圖５哪來的。 老閻或群眾去問顏寧。 顏寧回答是１９６６經典。 其實這是文章裏介紹就引得文章，而且在圖５下遊敘述。 去問這種問題就是自己沒做好自己的功課。 現在大家都承認［至少］應該引１９６６經典。 但是閻潤濤當時得到顏寧的答複後的第一反應是＂這個回答不對“又去追問，才有的碰瓷一說。 其實當時如果自己好好做做自己的功課，搜幾篇綜述和文章下來，很容易理解引用１９６６經典是MFS轉運蛋白研究的定式。 自己不做好自己的功課， 還老是覺得他人的時間可以隨便拿來回應自己，而且詢問的態度是“你是抄襲“。 請問這合不合乎科學討論之道？
我誠懇地回答了您的問題，請您也誠懇地回應我第２與第３點裏的問題。
細菌木糖載體從朝裏到朝外的變形沒有證據，英文原話：the conformational switch from
inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated.
把兩個載體嫁接，不論多麽合理，照樣無法證明人體葡萄糖載體從朝裏真的變成朝外了。沒有證據，才在嫁接圖下麵表明：這是想象圖predicted 從朝裏變成朝外。而在文章裏就變成了提出工作模型，靠的就是published biochemical data。沒有參考文獻。
如果不需要證據，就根據載體的模型，那當初CFTR也是被認為是變形的！活體蛋白試驗證明：變形並不會發生，因為CFTR是通道。
如果不需要科學證據證明人體葡萄糖載體從朝裏變成朝外，那她論文的 “根據結構圖與發表過的生化數據，我們提出人體葡萄糖載體的工作模型”不就是廢話了？何不直接說不需要證據證明它就是變形的。那文章的意義何在？花時間精力研究它的變形不就是多餘的了？根據推理就完事，那當年CFTR的結論永遠都是變形的！
如果變形的證據不那麽重要，那她為何在電視上隻提變形的圖？
狡辯是經不起曆史的檢驗的。這與潤濤閻是否質疑無關。曆史真相遲早會被揭穿。
Yan's paper in 1993 is about identifying a residue C265 and 3 domains. The famous graph he used in his blog is not about mechanism, but about 3 domain with C265 in the core domain. As for pathway mechanism, they did not know and suggested mobile carrier (c265 as elevator) and mobile barrier (gated pore) theories. They are not related to outward open/inward open conformation Yan Nieng talked about
翻譯成中文：沒證據證明細菌木糖載體從朝內到朝外的變形。
她在論文裏講了沒有人體葡萄糖載體開口朝外的結晶體。
二者都沒有從開口朝裏變成開口朝外的證據。這是她自己在論文裏白紙黑字講出來的。
她也沒介紹她什麽時候證明過這兩個載體從朝裏變成朝外的試驗。如果她做過，她就無法說the conformational switch from inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated，以及人體葡萄糖載體從朝裏到朝外的變形的假想圖就隻能是predicted。
還辯護什麽呢？？？
第一種可能：他是顏係統的利益相關者，其論點論據都是來自顏團隊。他隻是一個發言人。顏覺得通過一個代言人與閻辯論，比起自己出麵辯論，更有靈活性，也更有餘地。對顏而言，這是一個比較高明的決策。
第二種可能：他是顏的高級黑，通過挺顏而損顏。他的目的是通過激烈的爭論來刺激潤濤閻，擴大影響，促使潤濤閻采取更多更激進的措施來維護自己的科學發現權，最終讓更多的人知道顏的學術不端行為，從而達到在最大程度上損顏的目的。
第三種可能：他是獨立的第三方，生物專業，有能力有時間。他的確認為潤濤閻對顏的指控沒有道理，出於正義感而大力維護顏的名譽。
如果是前兩種可能，Swiperthefox是一定不會公開自己的身份的。如果是第三種可能，公開自己的身份是一個選項。不過考慮到公開隱私後帶來一些不便，選擇不公開身份也是可以理解的。比如說，我在閻顏事件中屬於獨立第三方，但是讓我公開真實身份，雖然也不是不可以，但是我覺得還是有點變扭，恐怕會引起關於我個人的討論，所以也還是會選擇不公開自己的身份。
所以，我也不期望Swiperthefox公開自己的身份。不過，我覺得Swiperthefox還是應當聲明一下自己的類別：是顏係統的利益相關者，還是獨立的第三方。（估計沒有人會承認自己是高級黑的。）如果Swiperthefox連這樣的聲明都不提一下，那麽他就一定是顏係統的利益相關者或者是高級黑，他的留言的可信度就要大大降低。真心誠意地聲明自己是獨立的第三方是很容易的一件事。比如說我就敢聲明：我是獨立的第三方，如有欺騙，願接受來自上天以及一切其他神秘力量的一切懲罰。
其實就算是顏係統的利益相關者，隻要講的在理，我想讀者還是會接受的。不會是因為你是利益相關者就不接受。潤濤閻就是閻的最大利益相關者，如果他講的有道理，讀者還是會接受。比如說，他要求顏說明published biochemical data到底是什麽數據以及相應的文獻，我就覺得是合理的，所以會接受。
當然，這種分析和聲明不僅僅適用於挺顏者，也適用於挺閻者。其實挺Yan本身沒有錯，但如果挺Yan者冒充第三方，那就是一種欺騙一種錯了。
老閻 這事想早點了結。 據凡人引用你的話， 自然雜誌給你回信了。 是真的嗎？
把信曬出來， 就不用再討論了。 不是嗎？
因為回應不了才氣急敗壞的。
幫她洗地的花了無數時間在糾纏，就是介紹把找不到開口從朝裏變成朝外的人體葡萄糖載體結構就嫁接細菌木糖載體開口朝外的結構其合理性。嫁接合理好啊，我沒意見。
可問題來了：顏寧的論文承認兩點：1. 沒有人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的結構證據。2. 沒有細菌木糖載體開口從朝裏變成朝外的結構證據。
也就是說，即使嫁接，也沒辦法用木糖載體間接證明人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外了，因為二者都沒變成朝外的證據。
這是圖5下麵介紹的這電腦拚圖是想象模型（predicted）開口可以從朝裏變成朝外，而在文章裏說成是“我們提出人體葡萄糖載體的工作模型”了，憑什麽呢？憑的是“published biochemical data”，可她從來沒搞出過人體葡萄糖載體或細菌木糖載體開口從朝裏變成朝外的“生化數據”證明。那就是來自他人發表過的論文了。而又不給出參考文獻！
白紙黑字，這如何辯護？
就好比那個例子：醫生偷了古董，在法庭上辯護律師滔滔不絕什麽醫生救死扶傷，捐款巨大雲雲，人家一句：別扯別的！
就把證明葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的試驗是哪裏發表的說出來！或者把證明嫁接人體葡萄糖載體的細菌木糖載體從開口朝裏變成開口朝外的試驗證據拿出來！published biochemical data是從哪裏來的交代清楚給出參考文獻。其它的狡辯，毫無意義。
真理越辨越真 科學求真樂趣也存在於求的過程 沒有剽竊就沒什麽好怕的 對於在同一領域前靠的質疑科學理性的回應是一個科學家的基本素養
自然雜誌有明文規定，你公然違背規定騙自然雜誌，是科學家能幹得出來的？還好意思打著探索科學的幌子？
至於閆粉，擅長的就是wxc的胡說八道顛倒黑白偷換概念人身攻擊。跟她們講科研嗬嗬。
作為吃瓜群眾，為什麽不讓他她們去出醜顯眼呢，看熱鬧多好玩啊
看文獻看不出來為什麽要用你的成果。
借用凡人的話回答為什麽參與這件事
（三）“為何會有很多人披馬甲在網上幫顏寧洗地？” 大閻說的這點完全是抹黑所有因為實事求是而和自己意見不同的參與討論的博友，搞科學的人最恨的就是剽竊和無端地指控人家剽竊。小顏被無端指控剽竊是我和很多博友替小顏辯護的原因，我想作為長輩的大閻是應該能理解這一點的。這不是洗地，是大家看不慣大閻無端地指控一位比自己有成就的科學家。
看文獻看不出來為什麽要用你的成果。
借用凡人的話回答為什麽參與這件事
（三）“為何會有很多人披馬甲在網上幫顏寧洗地？” 大閻說的這點完全是抹黑所有因為實事求是而和自己意見不同的參與討論的博友，搞科學的人最恨的就是剽竊和無端地指控人家剽竊。小顏被無端指控剽竊是我和很多博友替小顏辯護的原因，我想作為長輩的大閻是應該能理解這一點的。這不是洗地，是大家看不慣大閻無端地指控一位比自己有成就的科學家。
你的智商堪憂啊。人家在套你，你的“回答第二個問題：用不到老閻的工作。”表明你想說的是連當初顏寧團隊怎麽幹的你都清楚。你憑什麽判斷她的團隊隻看某論文而沒看另外的論文？你是怎麽知道的？人家團隊工作內情你都清楚。我可沒反駁你的觀點。從心理學角度，你的言論已經驗證了人家的猜測：你是顏寧團隊而且應該是2014年論文的作者之一。當然，這與我無關。我隻是告訴你心理學常識。
那你為顏寧辯護為何不用真名實姓？莫非你不認為幫她辯護是偉大的光榮的值得驕傲的事兒？
不回答一句不禮貌。
感謝你的肯定。
昨天不是說我英文是給老中看的嗎？ ：）
錢鍾書說， 看見母雞下的蛋， 不用去看下蛋的母雞。
論文論科學， 重點看看事實推理吧，
探索真理包括論文真相是偉大的事業、光榮的事業，你為何不用真名？在西方科學界，你能找到用假名談論科學、交流科學知識的嗎？你為何把探索真理當成特務間諜一樣不敢用真名的黑暗勾當？你到底怕什麽呢？人家懷疑你是顏寧團隊的，可你說不是。那你就用真名實姓探索科學多好呢？人家猜測你是她論文的作者之一，你說不是他們就信了？你把真名實姓講出來不就沒有這樣的猜測了嗎？
回答第二個問題：用不到老閻的工作。
她2014結晶時引的文獻32就很說明問題。
不是。
”回複 'SwiperTheFox' 的評論 :
Fox狐狸老兄你是 Chao Xu 還是 Mingxu Hu? 這倆位都是小顏文章的聯名作者，名字中帶有Hu（狐狸Fox），或超Chao（Swiper/super)。
狐狸也有可能是Sorgen PL文章的聯名作者Hu Y, 都是瞎猜的，還是狐狸老兄你自己說吧！”
這也算是閆顏之爭繼Nature涉入（不是support那一方，免的缺邏輯思維的亂想）後又一新熱點，期待honest 回應。受此啟發問問狐狸老兄小穎工作組設計結晶實驗時是不是應用了老閆的實驗數據和結果？
答案很簡單是或者不是，再不就是不知道。
特此TIA
好建議。幫她洗地的，如果不是她的團隊人員，會在未來後悔的。事實勝於雄辯。顏寧的論文把所有幫她洗地的路都堵死了。
你承認她的論文剽竊了，剩下的是剽竊誰的。不論剽竊誰的，都是剽竊。
她的published biochemical data，從Glut1來說，隻能是華大教授的論文，可她沒給出參考文獻。如果是華大教授的半胱氨酸掃描生化數據，那就是Yan/Maloney的方法啊。如果顏寧“引用”（引用是應該給出參考文獻才算，否則就是知識產權剽竊）的不是華大教授的生化數據，那是不是半胱氨酸掃描方法得到的？如果不是，是什麽新方法？這是我們需要問她的。
關鍵是你承認了她論文剽竊了的事實，然後再說是誰發表過的。她沒給出任何線索。
”幫她洗地的，必須承認基本事實，否則還談什麽？
基本事實是： 1， ，2， ....5.
這應該單發一文，簡單明了。
這位狐狸同學，大丈夫（也可能是大美女）敢作敢當，別不好意思說出真名了，我挺好奇的。
狐狸老兄（美女）你英文很棒，專業有攻，值得大家學習，說個真名也可以方便大家相互交流學習對吧。
你現在還繼續堅持指控Nieng”剽竊”你的嗎？
所有的構象都不能證明不論是人體葡萄糖載體Glut1還是細菌木糖載體xylE開口從朝裏轉向朝外。所以，她才拚圖predicted想象圖。她那些構象其實在她2014圖5裏都表明了出來。她沒找到開口從朝裏轉向朝外的證據，不論是Glut1 還是xylE.她文章裏也都承認了。這也有疑問？？？
狐狸自稱“二十多年前本科時學的了”，應該是40多歲，老閻你查一下Chao Xu，Mingxu Hu，Hu Y 這幾位的年齡就猜個八九不理十了。
或者私下問問“挺顏的凡人，老泉，楊別青，脖子粗，Sensei”， 他們都是生化背景的，應該有人認識狐狸。
要不然說你沒有完全看懂. 根據AAM, 需要4個構像來完成a transport cycle. 在2012 她有一個構像(文獻28), 在2013 年有另一構像(文獻29), 在2014年這篇文章她得到了又一個構像, 還有一個有待captured.
他不敢用真名，應該在顏寧團隊裏找。
用圖表示工作模型，那不就是工作模型圖？？？
如果她在2012年就證明了人體葡萄糖載體從朝裏轉向朝外的變形，那她為何沒在2012年的論文裏提出工作模型？為何到2014年還在拚圖？
這是她的高級黑啊。
當然要抓住重點不放鬆。她把圖5的拚圖想象圖開口從朝裏到朝外的轉換是“predicted”，變成文章裏的“提出工作模型”就是靠的published biochemical data。她沒做過證明葡萄糖載體從朝裏變成朝外的證明試驗。
Fox狐狸老兄你是 Chao Xu 還是 Mingxu Hu? 這倆位都是小顏文章的聯名作者，名字中帶有Hu（狐狸Fox），或超Chao（Swiper/super)。
狐狸也有可能是Sorgen PL文章的聯名作者Hu Y, 都是瞎猜的，還是狐狸老兄你自己說吧！
你犯了一個明顯不嚴謹的錯誤: 在圖5 ,Nieng沒有像你錯誤的說她”提出人體葡萄糖工作模型圖”, 而是一個GLUT1 的工作模型.
你還是沒有完全理解圖5裏的解釋. 請你仔仔細細去讀Nieng2014和2012的Nature 的文章.
若是還糾結在”published biochemical data”的人有想看Nieng在2012年Nature 文章的圖, 我可以貼到我博客上, 否則就算了, 不再說了.
而且你根本看不懂我的文章。根本就不是“跟細胞內接觸”的事。那是分子探針與半胱氨酸掃描，用“跟細胞內接觸”說事表明是搞結構的，對分子生物學知識一竅不通。否則不會有這樣的笑話。
An approach to membrane protein structure without crystals.
Sorgen PL, Hu Y, Guan L, Kaback HR, Girvin ME. PNAS 99: 14037-40
地球人有誰找到過如此的Channel？在哪裏發表過的？給出鏈接！
隻是說在跨膜第7區可以看成三個區域， 一個隻跟細胞外有接觸， 一個隻跟細胞內有接觸，一個兩麵都可以接觸。
所以說是 Topological Model
基本事實是：
1. 顏寧在演講時把人體葡萄糖載體的結構圖與細菌木糖載體的結構圖放在了一個細胞膜上。那這細胞膜是細菌的還是人體的？這如何能發生？
2. 所有的聽眾都以為那是人體葡萄糖載體的圖。而不知道開口朝上的是細菌木糖載體的圖，開口朝下的才是人體葡萄糖載體的圖，聽眾不知道那是拚圖。
3. 論文圖5的下麵介紹是（想象圖）predicted人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的結構，不是真正得到的結構。
4. 即使嫁接拚圖“合理”，可事實上她沒有找到人體葡萄糖載體從朝內轉向朝外的證據，木糖載體開口從朝裏轉向朝外的證據也沒有。這是她文章裏承認的。所以，無法借助木糖結構圖間接證明葡萄糖載體開口從朝裏轉向朝外，因為木糖的此轉變證據也沒有找到。
5. 在她論文裏從圖5下麵的假設圖就變成了“提出人體葡萄糖工作模型圖”，靠的是“published biochemical data”，而她沒給出參考文獻。她自己從沒做過證明葡萄糖載體從朝裏轉向朝外的生化試驗，否則她就不需要開電腦拚圖predicted的想象圖了。
你既然說錯了，造成自己的反複講，能怪別人嗎？
你 仍 然 是 沒 看 完 看 懂 文 章。
１。XylE是Glut1 homologue. UhpT不是。
2. 通過XylE的homology modeling 可以推測Glut1 的構象，是Glut1朝外的Proxy.
３。文章的結果與圖表裏標識得清清楚楚： Glut1 堿基在哪個位置，跟誰形成氫鍵。 XylE Glut1 堿基在哪個位置，跟誰形成氫鍵. 兩個蛋白同一個位置， 哪些堿基一樣， 哪些堿基不一樣。 雖然用XylE並不完美， 但是有什麽沒有什麽都清清楚楚寫在文章裏。 審稿人看的明明白白。 如果你不滿意的話，去找老卡問吧。
4。 從裏到外的構象變化理論在引文 顏2010和 Iancu2013裏都有。 沒引的還有很多，
見：
轉運蛋白模型一日遊 （一）轉運蛋白的八卦
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201907/17252.html
5. 說實話，Cystine scanning隻是“符合”AAM. 隻是說在跨膜第7區可以看成三個區域， 一個隻跟細胞外有接觸， 一個隻跟細胞內有接觸，一個兩麵都可以接觸。
＊＊實際上也沒給出從內到外的變化。 ＊＊
並沒有排出其他可能性。 比如
１。如果一個（即使不是轉運蛋白的）膜蛋白也可以有這樣三個區。
２。比如跨膜區７被其他的跨膜區所掩蓋（保護起來）。 比如如果是Channel， 7與１０的在外膜形成gate, 關上時，兩個蓋纏在一起，互相保護起來，也可以起到不接觸細胞內物質的作用。
再對學數理的重複這句話： 生命科學實驗需要 Preponderance 的證據。 閻潤濤提供的證據［在當時］很重要， 但並不是一次性證明了AAM.
============================================================================
上麵我說錯了，我想說的是：既沒有人體葡萄糖載體開口朝裏轉向開口朝外的證據，也沒有木糖載體從開口朝裏轉向開口朝外的證據。
....這麽簡單的邏輯，還得反複講。
不僅沒有人體葡萄糖載體開口朝裏變成開口朝外的證據，也沒有木糖載體從開口朝裏變成開口朝外的證據。即使把兩個載體嫁接，也照樣做不到開口朝裏變成朝外的科學證據。唯一的證據來源是published biochemical data，是人家發表的，而不給出參考文獻。白紙黑字，鐵的事實。無法靠狡辯就能改變事實的。
那些廢話毫無意義。別談醫生如何救死扶傷，如果捐款，就談他把古董店的古董裝入自己的提包不交錢就拿走的事，廢話少說。
這句話我承認啊。我研究的狗，那可是從狗身子到狗頭都是自然的一條狗，不是跟貓的嫁接。這比驢唇對馬嘴強太多了，否則，圖5就沒必要說成是predicted了。
謝謝你提供這個比喻。太好了。
細菌木糖載體從開口朝裏到開口朝外的證據也沒有啊。這是論文裏承認的。我給出了論文的原話。兩個載體即使拚圖在一起，照樣無法得知開口從朝裏轉向朝外的確發生。文章了沒有證據，唯一給出的解釋是predicted想象圖，加上“發表了的生化數據”提出開口從朝裏到朝外變形的工作模型。但她不給出在哪裏發表的生化數據。
所有的辯護都無法回答我這兩個關鍵疑問：
1. 拚圖再合理，不論人體葡萄糖載體還是細菌木糖載體，都沒有開口從朝裏到朝外的變形證據。
2. 唯一的證據在“發表過的生化數據”裏，可她不給出。
你們下麵給的所謂的生化數據就是指把人體葡萄糖載體與細菌木糖載體拚圖在一起的合理性。這不重要，重要的是：用什麽方法證明了人體葡萄糖載體開口從朝裏到朝外變形的？這是根本，是她論文裏提到的“published biochemical data”的核心內容。她應該引用華盛頓大學教授的論文，可她清楚，那也是Yan/Maloney的方法。
如果她早就知道了人體葡萄糖載體從開口朝裏轉向開口朝外的生化證據，那她還用拚圖predicted 的圖5做什麽？這麽簡單的邏輯，還得反複講。
你在把假名換上真名之前，你在這裏的評論已經沒有任何可信度了。nature是一個正規的科學雜誌，你連真名都不敢貼，這是瞪著眼睛說瞎話撒謊，你懂嗎。你難道有什麽見不得人的相關利益衝突嗎。如果有，先公示出來，然後再挺顏。作為一個從業人員，如果連這都不懂，你是沒有資格挺顏的。
你如果還知撒謊是屬於無恥範疇的，就先在nature上先換上真名，然後再繼續你在wxc上的侃侃而言。
這事早就回答過了， 二十多年前本科時學的了。 告訴你：挺顏的凡人，老泉，楊別青，脖子粗，Sensei 都是生化背景的。
挺閻的CNG不知道是不是生化背景的。 其他人不知道了。
不過從討論方式一般看的出來。
有關膜蛋白不方便回答沒關係，可否回答下要做小結上來就說
，”很可能閻沒有”怎麽怎麽地有些不妥？之所以犯這種低級錯誤就因為先預設立場之故
若方便回答下這事之前聽說過膜蛋白嗎？不方便也沒關係
何必不斷變化說法呢，回去讀讀自己的文章要不（不斷章取義）貼在這，比較下你剛剛貼的小結怎麽說法差別那麽大呢？
有句俗語怎麽說來的？
一計不成又生一計
１。對於機理的認識是要引到正文的（上限５０篇）。 難道要把老閻的Cystine Scanning引到方法論裏？ 但是小顏用的是晶體和其他生化實驗啊。
２。在老閻前麵還排著至少Mueckler等人的１２篇更相關的。 老閻排不上號。
閻潤濤沒看懂paper, 昨晚問的都是看懂paper自己就能解答的問題。 讓老閻自己靜下心來好好讀懂顏的文章再說，不管科學事實是怎樣的， 無條件支持老閻的閻粉就別在這裏添亂了。
您對其它幾點挺顏方錯錯錯的小結有不同看法嗎？
在我的博文和評論正是舉幾個例子要說明用不同結構的化後物作相似的機理, 根本不存在”剽竊”一說, 所以case closed.
你的回複理由1a不恰恰證明我的”不是剽竊”的說法嗎？
不好意思您的老毛病又犯了，什麽毛病？缺乏邏輯思維的毛病。您對我學雷鋒幫你理解內在邏輯關係的貼子沒回應，可以理解為默認？
這次因為你說的是我，就不學雷鋒說說你理解不了的我論點的邏輯關係。
是的
”原文規定最多引５０篇。 具體方法可以再引”
But so what? 對具體爭論的為什麽小顏沒引用老閆的文章有一毛錢關係嗎？exactly 小顏的文章就引用了超過60了。
您老還是靜下心來平常玩玩腦子急轉彎的遊戲可能有幫助。
怎麽這些都發生在挺顏的呢
又jump the gun. Nature 引文規定：
Articles
Articles are original reports whose conclusions represent a substantial advance in understanding of an important problem and have immediate, far-reaching implications. They do not normally exceed 5 pages of Nature and, as a guideline, allow up to 50 references. (One page of undiluted text is about 1,300 words.)
原文規定最多引５０篇。 具體方法可以再引。
If further references are included in this section, the numbering should continue from the end of the last reference number in the rest of the paper and the list should accompany the additional Methods at the end of the paper.
重申：閻潤濤與閻粉說花前請先做了自己的功課再來
竟然做小結總要拿出些實打實的事說說也好讓人信服，像這一開頭”很可能閻沒有下載Nieng2012和2014Naure 的文章”.很可能好像就是猜的意思吧？我試試用挺顏的也舉手同意事實小結下怎麽樣？
1。第一個您常掛嘴邊這次小結忘提的”二個蛋白不同，case closed”
錯！
理由；a/用不同材料研究同一課題再常見不過. b/老閆指出小閆的關鍵點其實就是二個不同材料的混合物。 c/若就是這麽直接了通怎麽可能小顏Nature不一句話就打發了老閆？
2. 小顏不引用老閆文章因為有規定不能超過50篇
錯！
理由；大家正看這篇巳引用超過60。
3。碰瓷
錯！
理由；Nature會在與老閆交流過基礎上讓他在nature上碰瓷嗎？其實估計這詞幾乎可以反過來給挺顏的用了。
4。小顏在號稱其世界第一首創的成果在nature網站被質疑”copy”不回應，因為沒時間。
錯！
理由；有正確思維的人需要嗎？
5,..
“三腳貓看閻顏之爭 - 簡評顏寧2014工作模型”
http://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/201908/2507.html
你的可信度多高呢？
1. 很可能閻沒有下載Nieng2012和2014Naure 的文章, 他沒有完全仔細讀懂她文章的內容(大概閻的英語能力有限).
2. 閻潤濤沒有做科研的應有態度應該通過自己首先去完全理解Nieng的文章,拿取第一手資料,反而是通過道聽他人說,再段取他意, 再加上他基本沒有獨自親筆和經過寫能在科學雜誌發表文章過程的親身經曆, 導致他非常門外漢和添油加醋去指責Nieng沒有引用他20多年前的文章.
3. 即然一開始連指責Nieng不引用他的文章都不成立, 哪來Nieng的剽竊一說??
4. 但是閻非常自負, 人品低下, 轉用糾結什麽”published biological data”從哪來, 在他博文直接指控Nieng”剽竊”.
5. 因為閻的英語能力有限, 他沒能很好理解(或者根本沒有讀完)Nieng的整篇文章, 他不能理解Nieng在圖5裏說什麽, 居然說什麽’不同的圖拚湊出來’. 圖5是Nieng用現有的資料proposed 一個GLUT1的工作模型. 圖5顯示了可預料的四種構像,根據AAM它們是一個完整的transport cycle所需要的. 其中的倆種構像來源於已經發表的文章(文獻28,29).
6. 閻沒有好好去讀和理解Nieng的文章就和他的那些”unconditional support”的人在WXC一起抹黑和毀謗顏寧,這是非常可恥的行為.
7. 以後凡是閻寫有關科學和需要事實依據的文章, 他已經沒有什麽可信度了.
１。XylE與Glut1的相似性與可比性， 特別是相對於閻潤濤的蛋白UhpT。
２。為什麽Glut1是朝裏的構象。
３。為什麽XylE是朝外的構象。
解釋這些是要花不少時間的。 然而這些問題都是一個有生化背景的科學家仔細讀文章應該自己可以解答的問題。
＊＊顏寧來也不是幾分鍾一句兩句就能給閻潤濤解釋清楚的。＊＊
閻潤濤：請你先把顏寧的三篇文章讀透了，做了你自己的該做的功課再質疑。 在此之前最好是先把你對顏寧的各種指控撤了。 謝謝。
＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝
N斷 C端都是麵向細胞內的，根據這一 ［拓 撲 性 質］
N斷 C端都是麵向細胞內的，根據這一 ［拓 撲 性 質］ 所以拿到了晶體結構就知道了是朝裏還是朝外的。 如果還不明白的話，我在這裏畫了個圖：
給閻潤濤解釋為什麽XylE是朝外的：http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/2951.html
並同時解釋了為什麽顏２０１４要根據文獻做個朝裏的。 與拿到手的XylE互補的構象。
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再說了，你就算把glut1看出是馬，XlyE是斑馬，你有過證據證明XlyE開口朝裏朝外變形的生化數據嗎？glut1沒有，XlyE 也沒有啊。兩個都沒有，那你們把兩個拚圖放在一起就行了？
在論文裏，明明講的是：the conformational switch from inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated.
翻譯成中文：沒證據證明細菌木糖載體朝內朝外的變形。
這是2014年的論文裏講的。就是說：既沒有人體葡萄糖載體Glut1朝外的證據，也沒有細菌木糖載體朝內的證據。兩方麵都沒有。如果有一個有證據，那把兩個圖拚在一起的科學性就高很多。可事實上，二者都沒有。到2014年發論文的時候，還沒有任何生化證據證明人體葡萄糖載體Glut1細菌木糖載體xylE朝內朝外的變形。
你找出來試試看？？？
你這是講生化數據嗎？
老卡的生化數據是靠半胱氨酸掃描和鏈接得出來的LacY。那麽多文章你不去讀。
生化試驗證明，bond與是否被轉移是兩碼事。pCMBS 也可以結合Glut1，uhpT,但它背轉移的Km是葡萄糖的1000倍。所以，它就不算被轉移的底物。葡萄糖能結合xylE，XlyE 就跟葡萄糖載體是一個載體了？
老卡就是用半胱氨酸掃描證明了一個載體的工作模型，就是LacY，他什麽時候用生化方法證明了Glut1的開口轉向了？？？
如果XylE 跟Glut1是同一個東西，那為何她結晶的Glut1 開口是朝內的，而XlyE 開口是朝外的？？
你就提供誰和哪篇生化數據的論文證明了Glut1 的開口朝外朝裏變形的，就這。說別的都不是關鍵。就說怎麽證明Glut1開口朝內朝外變形了的。
還是讀Paper! Intro裏有講。
Notably, the structures of XylE bound to D-xylose or D-glucose enabled
homology-based modelling of GLUT1 (ref. 28)
用圖５legend裏的話：
ligand-free，occluded one are predicted from two XylE structures in the outward facing, partly occluded and ligand bound state,.....
2014顏寧與老卡合作了一篇文章 (Madej 2014 文獻４５）， 具體講了怎麽predict:
Homology Modeling. To draw functional conclusions with respect to the GLUTs, homology models of GLUT1, -5, and GlcPSe were generated based on the crystallographic coordinates of XylE
你要是覺得用XylE做Porxy有問題的話，去問老卡吧。
朝裏的晶體我沒說沒有啊。我是說Glut1朝外的晶體她沒有。你在說什麽呢？
朝裏朝外早知道了，這在當時都是常識了。 但是知道朝裏朝外就完了嗎？
１。 知道哪個跨膜區跟哪個跨膜區相互作用嗎？
２。 Default的狀態是朝裏還是朝外？
３。 有沒有Extracellular gate? 如何實現？
4. Intraceullular gate 是怎麽發現的。
5. uniporter 與symporter的分子水平的結構變化機理到底是怎樣的？Proton Coupling到底怎麽觸發構象變化的？
你還是沒看懂文章。
告訴你去看Introduction 有文獻３２這句話前後寫了三遍。
你是她論文的高級黑！她如果早就知道了Glut1從朝裏轉向到朝外的證據，她還用電腦拚圖幹什麽呢？那些都是根據載體的動態模型提出的假設。生化論文證明轉向是華大的教授幹的。可她並沒引用。華大教授搞了很多半胱氨酸掃描，但沒完成係統的轉換模型，因為他對此不敢興趣。他感興趣的是局部的構造。這才是顏寧提出Glut1 工作模型的原因。如果早就有了，她搞這論文幹什麽？她的圖5被教科書引用，說的就是Glut1朝裏朝外轉向是顏寧搞出來的。其實，她沒搞出來，隻是示意圖，就是把細菌木糖載體的朝外的結構跟朝裏的Glut1拚圖.論文裏提到發表過的生化數據，可她沒說來源。
讀Paper! 讀Paper! 讀Paper! 看來說了三遍是沒用的。
教你這個學生真費勁， 告訴你讀哪篇還不行，還得幫你貼過來。
顏寧引文３２。１９９７年的 告訴你Glut 有朝裏朝外的變化。 根據這個做了朝裏的晶體。
Role of Conserved Arginine and Glutamate Residues on the Cytosolic Surface of Glucose Transporters for Transporter Function
Annette SchürmannHolger DoegeHartmut OhnimusVolker MonserAndreas BuchsHans-Georg Joost
It is concluded that the conserved arginine and glutamate residues at the cytoplasmic surface of the glucose transporter GLUT4 are essential for its appropriate conformation, and that it is the interaction of charged residues which mediates the oscillation between outward and inward facing states.
我們在談論她的論文，開口朝裏朝外的變形，是靠兩個不同的載體拚圖得到的想象圖（predicted開口變形）。這與Glut1 跟xylE多麽親近無關，因為她沒結晶出開口朝外的Glut1，就拿開口朝外的xylE的圖拚在一起。它們不是同一個基因，也不是同一個蛋白，更不幹同樣的活。一個是需要質子氫，一個不需要。她不知道Glut1是否真的會發生變形，才說出與“發表過的生化數據”加在一起，表明它就真的動起來了。可她沒做過證明Glut1真的發生開口轉向的生化試驗，那她就是用別人的結果成了她提出人體葡萄糖載體的工作模型的。你再怎麽狡辯，都改不了她論文白紙黑字的事實。
我什麽時候說ICH能證明開口朝裏朝外。 Biochemical data demonstrated the importance of ICH.
至於朝裏朝外：
１。朝裏朝外的基礎模型在很多文章裏有。 顏２０１０， Iancu２０１３都有。 這都是２０１４ 引用的，沒引用的還有Forrest２０１１綜述
２。這個Glut1朝裏的構象是１９９７年就確定了。 已經告訴你了：去看Introduction 引了 文獻３２ 那句。
讀Paper. 讀Paper. 讀Paper！ 不知道說三遍有沒有用。
ICH就能證明開口朝外了？是你讀不懂還是我讀不懂？她從來都沒結晶出來過開口朝外Glut1的晶體，如何證明它就朝外了？她的哪個生化試驗證明了開口轉向的？是用的與半胱氨酸不同的方法嗎？發表在哪裏的？
她的整篇文章就是在說開口朝裏的Glut1 和開口朝外的xylE，她在論證這兩個載體結構很像，就暗示可以發生開口轉向。這是她把兩個載體的結構圖拚在一起說事的基礎，在圖5說的是想象圖。然後她在文章裏她說根據結構圖加上發表過的生化數據，提出工作模型。
我終於等到你這句話了：木糖載體是需要跟質子氫一起進入的。 你如果以此否定了與Glut1的可比性的話， 我提醒你： UhpT可是anitporter, 轉運同時是要放出反向輸出磷酸的。
如果XylE與Glut1沒有可比性，UhpT與GLut1也沒有可比性啊，你憑什麽要說人家剽竊你的呀？
對於XylＥ與葡萄糖轉運的關係，請看：２０１２ 圖３a。 這也是個［生 化 實 驗］
你自己能不能把文章徹底讀懂了再來啊？？？？？？？？？？？？？？
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細菌的木糖載體是需要跟質子氫一起進入，而人體葡萄糖載體單獨進入載體，不需要質子氫。就好比斑馬與馬再近，那也得說斑馬是斑馬，馬是馬。她什麽時候說過她做過Glut1的生化試驗證明開口轉向發生真的發生了？如果她證明了，那還拿細菌的木糖載體開口朝外跟人體葡萄糖載體開口朝裏的兩張圖拚在一起暗示開口方向可以轉向？
生化實驗證明了ICH的重要性。 2014圖5的中的橘黃方塊加一點你看不見啊？
至於朝內朝外： Introduction 裏引用了文獻32那句， 你先讀懂了再說。
自己讀不懂文章， 貿然說別人剽竊。
她的生化試驗證明了人體葡萄糖載體從開口朝裏變成開口朝外了？？？
她是怎麽做的試驗？
細菌的木糖載體是需要跟質子氫一起進入，而人體葡萄糖載體單獨進入載體，不需要質子氫。就好比斑馬與馬再近，那也得說斑馬是斑馬，馬是馬。她什麽時候說過她做過Glut1的生化試驗證明開口轉向發生真的發生了？如果她證明了，那還拿細菌的木糖載體開口朝外跟人體葡萄糖載體開口朝裏的兩張圖拚在一起暗示開口方向可以轉向？
她的結構圖，一個是朝裏的Glut1，一個是朝外的xylE,的電腦拚圖。在文章裏她才說：根據結構（Glut1 朝裏，xylE 朝外）加上發表過的生化數據，提出人體葡萄糖載體的工作模型。
她是根據發表過的生化資料才能提出Glut1真的能開口發生轉向。在解構圖片上，她隻能靠拚圖。因為她沒結晶到開口朝外的Glut1載體蛋白。
到你這裏，她發表過證明開口朝裏朝外轉向的生化數據了？用的是公用的半胱氨酸掃描嗎？否則她是怎麽證明Glut1的開口發生轉向了的？如果她已經證明了，那她還拚圖假設它會轉向幹什麽呢？
“你這邏輯思維能力不適合搞研究，更別說辯論了”
人不錯，是真心覺得自己對。可惜邏輯思維能力與讀文章沒關係。估計他現在文章都能背下來，說不定比你都熟。
對了，還有一句話沒說， 收不了手還有一個原因：你居然拿你過世的老板當槍使， 說什麽顏寧等到你老板２０１２年去世才在２０１４公布機理圖。 顏寧２０１０年就有類似的機理圖。 Iancu 2013年也有類似的機理圖。 你是不是也要去找Iancu算賬？！
你沒有證據的陰謀論， 瞎指控。 你老板在天之靈。。。。真是替他傷心。
”圖裏說的是predicted，文中說的是propose？ ”
怎麽感覺你是英專畢業的，一天到晚拿著英文說事，能不能來點與大家說的專業有關的？不過對這之前連膜蛋白都沒聽說過過的是不是要求太高了？
OK， seriously, 你真的不覺得爭論自己完全不????的東西，連別人討論的實質都沒整明白是個挺有意思的事嗎？我看的都累.
本來想收手了，你還在說人家在剽竊。 自己不仔細看文章或者看不懂，不知道人家做了生化實驗，別人告訴你， 你自己捂著耳朵聽不見。
至於XylE 與 Glut1 的相似性，自己去２０１２年的文章裏找去。 顏寧在２０１２選XylE是有目的的。 表示蛋白質結構重合率的根方差自己到２０１４的文章裏找去。 XylE與 Glut1的疊加圖在Figure 3b. 兩者有什麽差別一清二楚。 讀Paper還要手把手教。
退一萬步， XylE 與 Glut１的差別，審稿人看不出來啊。 審了通過，就是推理是合理的， 你是看不起審稿人智商是吧？ 全世界就你牛， 堪比嚴複。
別人剽竊沒有實錘，你碰瓷是有實錘的。本來是不想貼過來的。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/2344.html
馬驢豬狗都沒關係啊。這是說：1. 她用馬的身子驢的頭兩張圖雜，等於她沒發表過生化數據的論文啊。就是等於堵死了她的“發表過的生化數據”是她自己曾經發表的路，就是她無法反駁她剽竊他人發表過的“生化數據”的路。與我的文章沒關係的。
2.在她剽竊實錘的基礎上，我們再談她剽竊了誰的。
明白不？你這邏輯思維能力不適合搞研究，更別說辯論了。
你英文寫的不怎麽樣，讀應該沒有問題吧？文裏那裏說是結論了？圖裏說的是predicted，文中說的是propose？ 你又想轉移焦點了？
像個男人好不好？別一會怪洗地的逼你寫信，一會又怪洗地的不想認錯。這事情從頭到尾唯一錯的是你自己。
1。請你先說清楚， 如果Glut1馬， XylE驢，那UphT就是條狗。 你說馬和驢不能擺在一起, 那你為什麽說馬和狗是一會事，得出的結果是一樣的？
2。結晶是門藝術，不是象突變那樣有標準方法， 照著方法做就行了。 你以為你那時做突變做得多困難。 你到底看完了顏2014的文章了沒，（你總嚷嚷說顏寧沒做生化實驗，人家是做了的, 都告訴你多少遍了！！！） 你連人家文章都沒看全看懂， 就說人家抄你的，是不是太不負責任了？
2014 把介紹跟方法一塊看："Extensive cyrstallizatoin trails were performed for GLUT1 proteins purified in various detergents and in lipidic cubic phase. MOST OF THE EFFORTS FAILED TO YIELD CYRSTALS.
然後得找第一個突變體，思考研究， 再讀文獻， 再找第二個突變體， 但是又保持活性功能的。 最後才成功的。
不是像某博士說的就是個“批量生產”。 隨便找朝外的不象你想象的那麽簡單，要不誰都做得出來了。
找個近似體相互比較，承認有缺陷，但是仍然可以得出Insight和有用的東西也是科學難的並分辨傑出與平凡的關卡之一。
你不也是把好幾個半胱氨酸都突變了， 才scan的，按理說也不是原來的UhpT了。
你要是覺得這麽做有問題，去找老卡問吧。老卡跟顏寧後來合作了好幾篇了。 他要是覺得有問題，會跟她合作嗎？ 看除了粉絲，哪個圈子裏的人理你。
她這人還是不錯的。我們看到這事會越來越大，就是因為幫她洗地的還不想認輸。
既然是假設，那就需要證明。她唯一的證明就是published biochemical data。可她需要給出參考文獻。因為她沒發表過這樣的文章記錄。證明載體開口變形的生化方法非常有限，她沒發表過用半胱氨酸掃描或半胱氨酸鏈接封口等論文。那就是他人的生化數據，她當成自己的論文結論依據，就不行。審稿人當然誤以為是她發表過這樣的論文，西方科學家建立的互信機製二百多年了，審稿人不會去查她是否發表過這樣的論文，因為文責自負。
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回答一個什麽問題的時候，本著重要的事情說三遍的原則，我幾乎是用喊的：“細節，細節，細節”。我經常跟學生說的是：當你能夠考入某某大學的本科，進了某某實驗室讀博，其實智商估計沒太大差別（印象裏施老大也曾經說過智商是最不重要的素質，但他的演講對象是清華學生，可別無條件引申[壞笑]），最後能夠決定成敗的在付出的力氣上可能不過就是1%的差別。是否用心，是否關注細節，是否有精益求精的習慣，卻能造成100和0截然不同的結果。
我喜歡看這一類講背後死磕的故事，當各行各業的每個人都更有職業精神敬業態度，讓作品、產品、成果等等都真正的以質取勝而不是靠虛假的吹噓與營銷，整個領域才會更強大，實現良性發展。
驢是驢，馬是馬。否則她為何要寫上是predicted？你還是搞不清楚最基本的邏輯：如果她早就發表了Glut1 的生化數據證明了開口朝下朝上的變形，她有必要找另外的載體嫁接圖像嗎？這就否定了她自己發表過證明Glut1開口變形的生化數據。明白不？
為何在圖5下麵寫的是predicted，而在文章裏就逐步變成了conclusion了？
不就是因為她在文章裏加上了“published biochemical data”嗎？是誰發表的？你給出的那些大科學家們有一人曾經把他人發表過的生化數據當成自己結論的依據而不給出參考文獻的嗎？？？
別忘了，是她在論文裏自己說的：“in the basis of our structural analisis and published biochemical data, we propose a Glut1 working model (Fig 5)"
白紙黑字啊。你這也能抵賴不成？
A + B = C
狐狸不但能用中文和中國人交流，用英文時也照顧到中國吃瓜群眾的思維習慣，厲害呀……
你是說顏寧和自然雜誌審稿的邏輯有問題嗎？ 這不是我“發明的”， 是清清楚楚寫在文章裏的。
XylE在細菌蛋白裏與Glut1同源性最高， 結構最接近， 保守序列差不多重合。 並且顏寧在該文裏也討論了XylE 與 Glut1 有差異的地方。
你的蛋白UhpT是第四家族的， XylE與Glut1都是第一家族的。 如果照你說到，XylE要是不能跟Glut1合起來做研究的話， 你憑什麽說你們兩個結果一樣， 模型一樣？
哈哈哈哈哈!
怕得罪您, 我沒敢哈哈! 您先哈哈了. 就讓我哈哈個夠吧.
確實, "SuperFox"在NATURE的評論的英文用詞和寫法更適合中國人看, 或者說, 我們這些講中文的人知道SuperFox 為什麽那樣用英文表達. :)
他邏輯思維有問題。
比如：（1）如果顏寧早就發表生化數據證明了人體葡萄糖載體的開口朝向的變形，那她還會在圖5把兩個物種的兩種載體的結構圖用電腦嫁接在一起嗎？就好比她結晶“拍照”的沒頭的馬跟結晶“拍照”的一驢的頭嫁接在一起說那是馬，她如果早就得出了有頭的馬的生化數據，她還用得著借用驢的頭安在馬身上做想象圖嗎？
（2）為何圖5在下麵介紹的是“猜測的”或“假設的”(英文：predicted)，而在論文裏一步步變成結論（英文原文：conclusion)了？不就是在論文裏加上了“published biochemical data"嗎？參考文獻在哪裏？是用哪種已知生化技術搞出來的？還是自己發明創造出來的新技術？
回答不了這質疑，就想把一大堆搞衍射的科學家拉入。可人家什麽時候用開口朝上的和開口朝下的兩種物種不同的糖載體結晶圖用電腦拚在一起說事的？那評論給他們的印象似乎是我們搞生化的跟他們搞結晶的過不去一樣。玩這把戲就能反駁質疑？說說那些大科學家們哪個在發表論文時不給出參考文獻就把人家的成果當成自己結論的證據？在當今還真極難找到這樣的科學家。
再狡辯也沒用。
哈哈那狐狸太有心了，寫評論時還注意到中國觀眾的口味。
那個在NATURE文章下先寫了"Test", 又寫了評論的"SuperFox"是您嗎?
:)
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您確定您不是在高級黑"狐狸Fox"嗎?!
確實, "狐狸Fox"的英文用詞更適合中國人看.
:)
估計你要明白也難，我就學次雷鋒解讀一下（其內在邏輯關係）
“潤濤閻”以實名寫博克, 現在公開稱”顏寧剽竊”!
這句話說完了！這裏隻有老閆一人稱剽竊，
”現在已經有3位作者, 寫了5條評論就在顏NATURE 2014年的文章下麵. 以顏的個性, 還沒有雇傭律師告閻? ”
這句話潛在含義及邏輯關係是都已經在nature被稱剽竊了而且引起關注了，不是像二個月前隻有老閆一人在那嚷嚷，影響極大極壞，按理應該有所反應才對，這不哼一聲是？
有興趣的可以到自然雜誌的評論區看看：http://disq.us/p/23h9586
”請問你看了那５條評論了嗎？ 都是說顏寧剽竊的？ ”
再讀一遍別人說了什麽，首先弄明白別人的意思就知道你的問題都...............
都根你的以前論點差不多。
下麵話原因？（我猜猜，不對請指正）
“但一旦顏粉或閻黑把這事搞大,搞熱鬧了, 最終他/她們會成為顏的高級黑(潤濤閻語)“.
幫的不在點子上越描越黑，連小顏沒時間都算上了。
“搞大搞熱鬧當然是NATURE求之不得的事. “
這事難辦，一邊是單身離職討說法一邊是.....
“按理也是潤濤閻求之不得的事! “. 真理越辯越明。
“潤濤閻”以實名寫博克, 現在公開稱”顏寧剽竊”! 現在已經有3位作者, 寫了5條評論就在顏NATURE 2014年的文章下麵. 以顏的個性, 還沒有雇傭律師告閻? ”
沒時間？：）
請問你看了那５條評論了嗎？ 都是說顏寧剽竊的？
說自己是閻粉， 無條件支持閻的算嗎？
連test也算？ 連回答閻潤濤問題的也算？
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現在已經有3位作者, 寫了5條評論就在顏NATURE 2014年的文章下麵
看到NATURE網站, 顏2014文章下麵的評論, 讓我想起不久前,有報道國內有人為了升職或評"士",把在NATURE或SCIENCE的評論列入"發表的文章"目錄裏.
但不會象中國人把宋祖英等的"維也娜金色大廳"拉下神壇, 或把王立軍等的"專利"拉下神壇那麽快. 但如我前幾天說過的, Nature , Science, 早晚會被中國人玩壞!
我仍然認為, “'blue6albion” 的評論 : "看好真相水落石出，大俠維權成功。" , 將是非常難, 非常難! 非常非常難! 除非顏以這項成果(或文章)獲得大獎如諾貝爾獎! 否則, 做做學術報告,提提職稱, 甚至評院士等等都很難引起轟動, 變成醜聞, 達到撤稿,道歉. 最大可能是不了了之.
但一旦顏粉或閻黑把這事搞大,搞熱鬧了, 最終他/她們會成為顏的高級黑(潤濤閻語). 搞大搞熱鬧當然是NATURE求之不得的事. 按理也是潤濤閻求之不得的事! 但搞大搞熱鬧到一定程度後, NATURE不得不出來幹預.
“潤濤閻”以實名寫博克, 現在公開稱”顏寧剽竊”! 現在已經有3位作者, 寫了5條評論就在顏NATURE 2014年的文章下麵. 以顏的個性, 還沒有雇傭律師告閻?
那故事非常精彩。日裔科學家跟他合作一起發表論文。有一篇發給了《細胞》，被審稿人接受登出來了。這事就麻煩大了。因為第一作者是個美國白人女孩舉報老板日裔科學家造假。
故事過程是這樣的：論文裏有一段結論來自於一個試驗的圖表，這個第一作者是博士後，她搞不出來，老板也親自搞，也搞不出來。但老板認為她推理出來的結果一定是那樣的，隻是還找不到辦法得出結論而已。她就在論文裏編造數據，提出結論發表了。發表前MIT校長讀完認可了就投了《細胞》，審稿人當然接受了這麽大的貢獻。
這女博後認為這樣的造假是對科學的褻瀆，無法容忍。便說要告狀。老板趕緊親自做試驗，最終找到了方法，得出的結論跟她預測的一模一樣。可女博後認為這照樣是作假無疑。萬一結論不是這樣的呢？她就狀告到NIH，NIH派調查組調查。日裔教授的筆記本數據跟發表的一樣，證明不是造假。女孩繼續告，美國政府部門先後派了四個調查組，都是美國科學院院士級別的帶頭調查。都站在日裔老板一邊。女孩需要找工作，因為老板要她走，她找MIT校長寫推薦信，校長是諾貝爾獎得主，恨死她告狀了，就拒絕寫推薦信。這就徹底惹怒了女博後，她找到美國國會告狀NIH調查組不講公平，隱瞞造假。
國會派出調查組，這次就不同了，由法律方麵的人調查。不管你科學結論是否對還是不對，就調查試驗記錄本和女博後、日裔老板、MIT校長的說法與表現。純粹從司法程序調查。老板在發表論文前的筆記本的記錄沒留下空間就搞了別的試驗。到後來補證據的筆記本就是造假的證據。司法調查跟科學家調查的重點不一樣，不考慮結果是真是假，隻專注於在發論文時是否試驗結果都做出來了。最終日裔教授承認是發表論文後補的試驗，就等於在發表論文時作假了。此時MIT校長依然拒絕撤稿，他的理由是結論是正確的。但他的校長就被開掉了。加理工大學就聘用他當校長，認為日裔教授造假他不知情，就是太固執了點。
國會調查組給日裔教授的條件很好：不欺騙國會調查組，就不追究法律責任。她就招供了，並提出撤稿。唯一的處罰是：N年內（記憶是5年）不許政府部門給她科研經費，女博後被該大學聘為教授。
此結論發生在大約1994年上下加減兩年吧。那時美國各大報紙的科技版紛紛報道，還有日裔教授的照片和MIT校長的照片。我就是在報紙上沒找到那女孩的照片。故事憑記憶大概如此。
誰埋汰過結晶技術的貢獻了？別枉顧左右而言他。
顏寧團隊什麽時候搞過半胱氨酸掃描等類似的生化數據？什麽方法無所謂，隻要證明了開口變形的方法即可。
我不會被你繞著轉. 不知你有沒有親筆獨自寫過寫文章怎麽引用文獻,到發出文章,到response to reviewers’ comments, 最後到文章被結受發表的程序?
謝謝你的建議，我們不怕時間花費多少的。這事我們合作，一定能有個結果。
你這次又跑題了，不要把焦點往別處轉。
而且，她2012年的論文作者群跟2014年的也不一樣啊。那她的2014年的論文就對2012年論文的部分作者侵權了。明白不？她為何不把自己的作品標出參考文獻？而且不占據參考文獻總數，因為她已經引用了2012年的論文，就在論文裏給出數字標號就好。她為何不給出？
她的論文把幫她洗地的路全部徹底堵死了。她為何幹出這種事？你們去問她本人。
2012年的文章為何沒給出working model？
那文章提供了葡萄糖載體變形的生化數據了？是半胱氨酸掃描？還是半胱氨酸鏈接？
你反反複複說哪天小顏要打官司，你這是又把小顏往陰溝裏帶。小顏的文章是在清華時發表的，你以為清華能替她打官司還是普林斯頓還是nature能替她打官司?官司一來，小顏的知名度就更高了，有些和你一樣憤憤不平，另一些也會納悶為何別人要質疑她。是因為酸? 那麽比她名氣大聲望高成就輝煌的學者大把抓，為何沒被質疑呢。你以為官司一打舊賬一翻小顏會作為一個科學家教授從勝利走向勝利更加輝煌嗎!老閻說過幾次幾次僅要一個道歉而已，不為別的道歉也要"碰瓷"一說道歉。這哪是一個科學家教授應該回應的。
所以我說小顏的粉絲們智商堪憂啊。因為這些粉絲的智商，我甚至都開始納悶小顏究竟如何。
你這一次又轉到糾結在”published biochemical data” 從哪裏來?
有沒有仔細讀Nieng2014 Nature 的文章, 在124頁圖5給出文獻28, 查一下這文獻28正是Nieng2012年Nature 文章. 你們這些這一次是糾結在”published biochemical data” 從哪裏來的人有沒有繼續追蹤讀 Nieng 2012的文章, 在那發表在2012Nature文章中從Fig. 2到Fig. 5, 好好去看看有沒有biochemical data.
摘段和圖5從Nieng 2014 Nature paper在我的愽客裏因為貼不上來.
隻要她不給出她論文裏的“published biochemical data"的來源，她就等於把他人的成果歸於自己。即使是她的團隊發表過的，除非她原來的作者跟2014年論文的作者100%一樣，而且排名也必須一樣，否則就是對以前的作者之一的知識產權的侵權。如果後來的論文作者沒有在以前的論文裏，那等於該作者對以前論文作者的侵權。這在法律上知識產權是這麽規定的。何況她根本就沒發表過證明人體葡萄糖載體開口變形的論文。即使發表過，也需要給出來源，因為發表過的論文是否已經足以的證明了人體葡萄糖載體變形的全部條件，讀者需要了解。她從未發表過有關半胱氨酸掃描之類的生化數據，就把這作為她論文結論的主要依據，讀者就誤以為那是她已經發表過的論文。
你是在幫閻的倒忙, 你們寫下的東西還是小心為好, 沒準哪天他真收到起訴, 雖然我不願意看到這樣.
您在實名給Nature注冊以前，您今後的發言甚至不如一片鴻毛重。
城裏律師請留意.
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時不時來看看 2019-08-03 08:01:12 回複 悄悄話 JAB：
博主在任何公開場合說顏寧剽竊，他都必須對此負責，包括WXC, XYS甚至WB。我都有點糊塗了，您是怕博主說錯出醜擔責任嗎？
博主在任何公開場合說顏寧剽竊，他都必須對此負責，包括WXC, XYS甚至WB。我都有點糊塗了，您是怕博主說錯出醜擔責任嗎？
1. 就是因為閻潤濤誹謗別人剽竊--這不是不同人有不同理解的問題, 我才非得把這事說清楚的.
2. 更有甚者, 老閻還拿他過世的老板當槍使. 這是不可以容忍的. 他非說顏寧等到2012年他老板過世以後才敢發表機理圖, 顏寧2010年一文就有類似的機理圖.
真為他過世的老板在天之靈悲哀!!!
博主給Nature的信有個"copied"你們看見了嗎？你們真心該消停了，靜等博主出大醜。博主明確說顏寧剽竊，無論在給Nature的信中，還是博文中，你們一直而且還在左顧言他。
Please don’t take thing out of context. What R. Yan wrote was “could have copied” not just “copied”. Don’t you know what does “could” mean? Did he officially accuse Nieng of “plagiarism” in Nature website?
If you are one of his fans like “unconditional support “, then that is your problem.
請問我有阻擋老閻寫信嗎? 老閻信已經寫了, 看凡人的博客 http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/1675.html?#comment_2089 似乎老閻自爆 雜誌高級編輯早也給他回信了. 看樣子那是兩個月以前的事了(如果相他說的那樣他在雜誌網站上的評論是編輯貼上去的話) .
老閻不是說真理越辯越明嗎?
如果考慮發文，任何有DOI的正式刊物估計都行，與刊物排幾流關係不是太大。
再看看你老板對晶體是什麽態度: 你老板雖然不是通信作者, 畢竟得sign off吧.
"Until the recent arrival of high-resolution three-dimentional (3D) structures of the MFS, the field relied on indirect mothod, such as phylogeny and sequence analysis, as a guide to structure of functions."
"The information provided by the 3D structure of GlpT (Figure 1a) has been invaluable to efforts to unravel general principles of substrate binding and protein architecture in the MFS. But when considered together with the structures of two other MFS antiporters - the O.formigenes oxalate/formate transporter OxlT (30, 32) and E. coli drug/H+ antiporter EmrD (83) - it is also possible to derive important clues as to the conformational change that MFS antiporters undergo during the transport cycle."
Law, Maloney, Wang (2008) Ins and Outs of Major Facilitator Superfamily Antiporters
也可考慮跟你找的一位（或者多位）合適的同行共署名寫一篇。當然也可以自己寫。wodedongxi說的就是發一篇正式Comment型文章（具有DOI）的基本過程。需要補充的是，被評論的文章作者一般要寫一篇Response隨後出版,也是具有DOI的。這樣的Comment和Response的稿件一般還需要其他審稿人評審，所以都屬於正式出版。現在的主要問題是timely這一條不太滿足，說服編輯恐怕難度不小，看你怎麽說服。
如果上述方式不行，建議寫一篇該領域的綜述性文章，例如介紹某一模型的背景知識、模型提出的曆史、發展、研究現狀、模型的重大意義、每個研究組所作的工作、研究展望等等，由此可以發揮你寫作的功底，同時可專門拿出一個section或者一個段落來描述你們的模型與顏寧組所作相關工作的聯係及來龍去脈。完成這樣的工作需要搜集所有相關文獻，一般需要半年左右的時間。亦可跟一個或幾個同行合作，選投適合的雜誌，亦可先跟某合適雜誌約稿。
第一種方案簡單，但成功率不高。第二種方案費時費力，但意義非凡。兩種方案亦可同時進行，沒有矛盾。關於插圖的版權問題，綜述文章都有標準做法，不難找到相關信息。
你們純粹在浪費時間。博主言出必行，已經給Nature正式寫信說顏寧“copied”，fox也匿名給Nature回複了.對那個回複我在他/她的博客提了些文字意見，希望他/她認真用實名注冊後做做修改，稍微好看些。
博主已經準備進一步自己或請同行科學家寫清楚這個事實正式發表，你們不顧一切反複阻擋能有用嗎？這個問題本質上是個科學問題，你們也是一直希望博主動真格的呀。怎麽還在糾結呢？顏寧剽竊就是核心問題嘛，繞不過去的。
老閻,你就別埋汰晶體了. 別說是拍不同構象的晶體, 就是1953年,DNA 一個構象晶體獲諾貝爾獎, 不光是因為拿到了結構. 光拿結構有什麽意義? 意義在於揭示了DNA複製的機理.
這種基本知識, 不應該讓我為你複習了.
難以想象老閆是搞過科研的人，連網頁上的comments和認真投稿質疑的matters arising都不懂。貼幾個任何人都可以貼的comments就要坐等小顏回複, 讓人笑掉大牙。 真以為是在wxc胡扯慣了還是水軍灌水嗎，丟人顯眼啊
膜蛋白那是二十多年前的事了. 老泉,凡人, Sensei, 楊別青都是同行.
挺閻的有幾個生化背景的? 更重要的是,有幾個讀了雙方的論文?
他這種在WXC 網上肆意對顏寧抹黑的作法很可恥. 請不要用追求“真理” 作晃子.
我很快會介紹當年蘇聯最偉大的最高產的科學家升為蘇聯科學院副院長的李森科是怎麽搞科學的，是怎麽把蘇共中央從政治局到斯大林騙得跟傻子似的。故事非常有趣。現在的年輕人可能都不知道李森科的故事。一開始幫李森科洗地的，也是枉顧左右而言他，而且也是從兩頭入手的。很快就寫出來。稍候！
若二個人爭論一件專業的事，一個人研究了十年或更長另一個人也勍十天半個月卻一定堅持自己正確，怎麽辦？
這裏挺顏的有一個是這事之前聽說過膜蛋白的嗎？
所謂集思廣議，真理越辯越明。本案可成經典啊。以後寫大作又有素材。以前看你文章老是你經曆了這又經曆了那，還想有那麽多稀奇古怪事都讓你趕上了嗎？
別說，不信還不行。：）
一方麵希望別在Nature那看到我下麵例出的，讓人笑話（借用某人專利）
”一邊是求真精神另一邊就是糊攪；什麽碰瓷，蛋白不一樣，結晶技術多現進，60年代就有類似模型了等等等等，”
另一方麵又覺得能證明我的預言也不錯。
來美國有機會從台灣人那學了一詞
雞同鴨講
So far 我所看到的所有挺顏的論點和老閆要爭的根本不是一會事。各說各的
雞同鴨講
有道理。如果我寫一篇文章發表出來，把這問題講清楚，是最簡單的事。我想想是否寫一篇，還是請在這個領域的另外的科學家寫一篇。謝謝提醒。
X光衍射解構沒問題。我百分之百讚成該技術的重要性。我沒質疑過這一點。何況我根本就不在那個領域，從不談文章貢獻的事。
然而，任何一個外行人都要問：
如果一個人找到了一匹死馬有身子沒頭，她又找到了一死驢的頭，她就把兩張照片拚圖在一起，說那是馬！
這跟X光衍射技術沒關係，就好比照相機的像素多少與這結論毫無關係一樣。你自己告訴大家那頭是驢的，身子是馬的。不是人家猜測的啊。你顏寧自己介紹的圖5就是驢頭與馬身的拚圖，然後說馬就是那個樣子的。至於馬的頭到底是什麽樣的，你可沒結晶出來呢，你找不到這樣的結晶體，就用驢頭代替了。這本來作為示意圖沒關係，但你在文章裏最後講的是“結論”（英文：conclusion），等於馬的頭就是那樣的。證據呢？證據在“published biochemical data”，不給出參考文獻，自己又沒發表過生化數據以證明人體葡萄糖載體的確發生開口朝外朝裏的變形，那就等於是他人的結果被你剽竊了。幫她洗地的，你說這是不是明擺著的道理？別講她的貢獻，一碼歸一碼。
你的意思是什麽要你像現在這樣說出來大家才能明白。心裏想的（我還是客觀吧，沒說你心裏麵想的是別的意思）和寫出來不match讓人誤解，好像該道歉是你吧。
Anyway,你愽文也發了不止一篇了，期待著在Nature處看到你的professional 論點
看看他的論點
“Let me conclude with a quote from Forrest on the importance of crystal structure in elucidating the transport mechanism: ...”
看看我下麵專門例舉可笑論點其中一個就是結晶的重要性。真是.....隻能無語。讓我想起你和仙人爭論。現在回過頭來看你能有更好的方法說服仙人嗎？
任何人要是真有底氣，正兒八經在學術期刊發篇評論，作者們自然正兒八經寫回複，這叫做學術爭論。否則給您做廣告，讓吃瓜群眾免費看戲麽？
狐狸先生/女士到Nature文章去回帖，他/她應該遵守以下規則，尤其第二條用實名。狐狸先生/女士明顯沒有使用實名。麻煩您替我舉報給Nature，讓他/她遵守這一規則，完成實名注冊。
https://www.nature.com/info/community-guidelines
2. Be yourself
Use your real and full name when creating a profile and posting comments. Never impersonate another person. If you have a personal connection to a story or topic, you should disclose your connection or, where appropriate, not comment at all.
你說: 顏寧的模型跟你的是一模一樣的 (identical), 唯一的區別是左右上下的關係. 從此推論就是顏寧沒有你沒有的東西--> 顏寧沒有自己獨特的東西. 這句話不但在你的這篇Nature 評論裏,還在你的若幹博客的文章裏. 寫顏寧獨特的貢獻就反證了你這句話
"
The model she showed is identical to Yan & Maloney topological model as shown in Fig1 above. The only difference is the left-right direction vs up-down direction."
最後，老閻是被小顏的粉絲逼的不得已寫質疑信給nature嗎？俺有專文分析，請看看吧。別一天到晚unconditional地支持一個人了。
http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/1675.html
在科學上，一萬句讚揚也堵不上一個疑問的窟窿：“發表過的生化數據”從哪裏來的？”
他試圖解釋圖5“把細菌木糖載體開口朝外的結構圖” + “人體葡萄糖載體開口朝裏的機構圖” = “人體葡萄糖載體的開口朝外了”
既：當驢唇與馬嘴（不對，是驢唇與貓嘴）對上，就是驢嘴了。
任何有科學素養的人一看就明白我的兩大質疑他回答不了。何況他根本就繞開“發表過的生化數據”是從哪裏來的這關鍵剽竊疑問。他連碰都不敢碰。對回答科學上的疑問，讀者沒一個人會計較什麽歌功頌德，而是回複質疑你剽竊的證據你回答了沒有？你把兩張不同載體（一個是人體葡萄糖一個是細菌木糖）的圖用電腦拚在一起，隻有開口朝裏的人體葡萄糖載體就可以開口朝外了？那不是科學試驗證明，那是電腦拚圖。
我根本就沒提她論文的貢獻大小。就好比你把張果老倒騎毛驢的驢唇嫁接到呂布赤兔馬的馬嘴上，就說那是驢的嘴巴，不論如何引經據典地誇張果老的毛驢和呂布的赤兔馬，都改變不了“驢唇對馬嘴”的笑話。在科學史上，還沒有任何人用兩個不同物種的不同載體通過圖片嫁接在一起就說那是其中一個的工作模型，這給人類科學史留下了非常好看的標本：當年無法得知人的大鬧是怎麽思考的，就把人的大腦跟螞蟻的大腦圖片嫁接就可以了。
Would 潤濤閻 care to respond to SuperFox's comment under Nieng Yan's Nature article?
少打個字”不”
連當事人都找不到辮解的理由
給你個讚。
連當事人都找到辮解的理由 因為非常清楚問題的要點在那。不知道聽說過一個詞沒有；無知者無畏。
一邊是求真精神另一邊就是糊攪；什麽碰瓷，蛋白不一樣，結晶技術多現進，60年代就有類似模型了等等等等，在這說起來都是鐵嘴鋼牙真理在握，真有信心到公認的專家地盤上去顯擺顯擺。先不預設立場就想想為什麽二個月了連當事人都不露個麵。
Seems to me you jumped the gun again:)
以後說話之前，請先調查清楚
英文不好“不僅沒有說服力，而且讓人笑話”。
英文好的隻在這挺顏不敢去Nature那更讓人笑話。若敢去Nature那用你們自以為是的理由像什麽二個蛋白一看就不一樣，case closed.倒不會讓人笑話，因為都驚奇死了。不信，試試。
************
Fanreninus 發表評論於 2019-08-02 20:41:08
http://blog.wenxuecity.com/myblog/49113/201908/1741.html
大家在去Nature.com做評論之前先看看這個博文學習一下如何用英文寫評論吧。光說自己是RTY的fan去那給他unconditional support是不夠的，不僅沒有說服力，而且讓人笑話！：）
大家在去Nature.com做評論之前先看看這個博文學習一下如何用英文寫評論吧。光說自己是RTY的fan去那給他unconditional support是不夠的，不僅沒有說服力，而且讓人笑話！：）
不過老閻你寫的太溫柔太羞羞答答了，建議你直接把你在wxc這寫的放到nature上：小顏剽竊我老閻的！這樣才會引起注意 :)
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就寫個評論而已，你至於這麽上躥下跳嗎？博主文章題目裏都說了顏寧剽竊實錘了，也沒見顏寧的三個微博，兩個博客裏有個回應，難道你不該替她著急嗎？
不過老閻你寫的太溫柔太羞羞答答了，建議你直接把你在wxc這寫的放到nature上：小顏剽竊我老閻的！這樣才會引起注意 :)
博主發信發博就一個事實：顏寧剽竊。
喜歡也好不喜歡也好，這些都掛在Nature和文學城，至少有一篇在知乎。從5月1日到現在剛4個月，大戲才開幕。
哈哈哈哈! "As a fan of ,... unconditional support....." 以為是中國好聲音啊,一點也不掩飾對科學的無知. 簡直是對閻最有力的rebuttal.
這就是xxxxx.com和yyyyy.org的區別。
com = commercial businesses
org = non-profit organizations or organizations of a non-commercial character
我有這個感覺很久了，就是學數理與生命科學的思維方式是不一樣的。
數學物理一個公式證完就完了， 一個實驗證偽就差不多證了， 生化雖然原則上證偽，但實際上很多是需要大量的證據。（preponderous evidence). 一般不是一篇文章搞定的。
這一思維差別也造成了（就我的觀察）學數理的挺閻的較多的現象。
長見識了。風氣在變，好壞不論也算與時俱進吧。
Nature is a weekly international journal publishing the finest peer-reviewed research in all fields of science and technology on the basis of its originality, importance, interdisciplinary interest, timeliness, accessibility, elegance and surprising conclusions.
我是做數理類科研的，從來沒有意識到可以oversell。讀博士的時候，總的一個感覺是導師會把一些大詞改小，把文章改地謙虛一點，可能就是怕審稿人覺得我們自我吹噓。可能不同專業的風氣有所不同。
我是刪了，看你真的想看，就又貼回去了。 不信你自己試試。
別以為所有人都跟閻潤濤一樣信口胡吹（做了455個突變）
又貼回去也不通知我一聲：）
好，就等著周一看大作了
”真以為阿貓阿狗都可以去貼comment”。
不是以為而是宣稱已經貼了，我說沒看到上麵隻有老閆的一個comment.他說又刪了：）
什麽意思？ 我後來又把test貼回去了--現在還貼在那兒呢。不信你自己去看--如果你有access的話。
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他今天已經夠出醜了。真以為阿貓阿狗都可以去貼comment。
多謝科普了。若沒理解錯下麵的話二個意思；
1.被老閆指質小顏幹的事不新鮮，常有人做。
2.被老閆指質小顏幹的事是不對的事，若被發現了文章都可能發不了。
“學者本身在寫文章的時候, 尤其是投到CNS, PNAS這種雜誌, 往往誇張的表述研究的創新性、突破性. 現實是如果不這麽oversell, 文章可能送審都困難. 為了表述研究的創新性, 學者經常刻意忽視已有的研究, 如果被編輯發現了, 很可能立刻就據了”
潤濤閻 發表評論於 2019-08-02 13:32:13
科學是探索真理的。拿輸贏的利益看待科學，那科學就失去了它的最大特征。那位諾貝爾獎得主是自己決定把那位印度學生的論文全部撤稿的，又不是雜誌幹的。韓春雨的論文也是韓春雨自己撤稿的。再說了，我絕對反對什麽撤稿之類的話題，因為曆史就是曆史，就好比當年我一聽華主席決定給毛主席修紀念堂時我堅決認可，因為那更加提醒後人別忘記毛主席，也就會找曆史資料他到底幹了什麽。這對曆史的研究有正麵作用。那些天天盯著自然雜誌如何誰輸誰贏的，都不是真正喜歡科學的人，隻不過把弱肉強食誰強就巴結誰的群羊效應繼續放在科學上。科學論文發表了，就留給後人，不論什麽內容，都對後人的評論與探索新的科學有好處。
科學的最高價值不在於利益，而在於真相。幫她洗地的，去讀她的圖5是怎麽把開口朝下的人體葡萄糖載體變形到開口朝上的；她的“發表過的生化數據”在哪裏給出的這些真相。這是科學精神，與利益好不相幹。是誰說的也好不相幹。哪怕全世界的科學家都認可哥白尼布魯諾是錯的，也絲毫影響不了地球圍繞太陽轉的事實遲早會被接受。
“顏寧引用的一文：Iancu 2013年就結晶了一個細菌葡萄糖轉運蛋白”
不錯，挺有力的證據。建議您也給nature寫信同時強烈要求撤下老閆的碰瓷言論。你不是說你可以加comment 嗎？正好趕上周未，估計您再忙也比不上小顏，下周一就等著看你的大作了。
當然也包括顏寧2012年結晶 XylE一文
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顏寧引用的一文：Iancu 2013年就結晶了一個細菌葡萄糖轉運蛋白，而且有閻潤濤說成“剽竊”的圖5 （Iancu 圖7）
您消停些吧。整篇文章都是采訪小顏出來的。那些專用術語記者可編不出來。小顏不說第一首次記者那來的idea?
顏寧引用的一文：Iancu 2013年就結晶了一個細菌葡萄糖轉運蛋白，而且有閻潤濤說成“剽竊”的圖5 （Iancu 圖7）
”但此前研究僅止步於細菌的葡萄糖跨膜轉運。...”顏寧說。
這不就是指的老閆的工作吧？說漏嘴了？
先說：記者寫的文章， 不能都算在顏寧的頭上。
其次， 這個“其”是指Glut1, 指人體糖蛋白。 如果我們說某人初步揭示糖蛋白轉運機製，不會造成“這個人初步揭示了蛋白轉運機製”的印象。 同理，這句話應該給人“初步揭示人體糖蛋白轉運機製”的的印象。
最後一段還特別強調了： ** “但此前研究僅止步於細菌的葡萄糖跨膜轉運”，** 顏寧團隊從2009年開始人體GLUT1的研究，此次成功捕獲GLUT1的晶體結構，對於理解其他具有重要生理功能的糖轉運蛋白的轉運機理提供了重要的分子基礎。
--也就是顏寧的突出貢獻在人體糖蛋白。
視頻鏈接如下：https://www.youtube.com/watch?v=upTBjY-TuUg
文章鏈接如下：http://epaper.gmw.cn/gmrb/html/2014-06/06/nw.D110000gmrb_20140606_5-01.htm
科學的最高價值不在於利益，而在於真相。幫她洗地的，去讀她的圖5是怎麽把開口朝下的人體葡萄糖載體變形到開口朝上的；她的“發表過的生化數據”在哪裏給出的這些真相。這是科學精神，與利益好不相幹。是誰說的也好不相幹。哪怕全世界的科學家都認可哥白尼布魯諾是錯的，也絲毫影響不了地球圍繞太陽轉的事實遲早會被接受。
而且你需要交代清楚了：你到底是指控小顏剽竊你的模型, 還是沒引用你的文章？別退縮啊
潤濤閻 2019-08-02 12:37:49 回複 悄悄話 一輩子碰上幾個造假的一點都不新鮮。
在美國的一位印度學生，導師是諾貝爾獎獲得者，造假好幾篇被發現。發現的人是發現論文的跑膠照片是倒過來的才能得到那樣的效果。跑膠的特征就是：樣品在電泳裏也有擴散的特征，也就是說，越往下帶譜越寬，而他發表的論文帶寬隻能是倒過來才能解釋。這是常識，因為剛發表就被人發現了造假，立刻給雜誌寫信，雜誌編輯一看當即就明白了。這位諾貝爾獎得主就決定把這個印度人在他實驗室發表的論文全部撤稿，在美國報紙科技版都登出來了。這事大概有七八年了吧？我當時就覺得好玩而已，沒在意他搞的是什麽東西。造假把跑膠的照片倒過來，也太膽大了點。
我根本就沒想要跟她過不去啊，我寫故事，好表揚感謝她呢。沒想到幫她洗地的逼我去寫信給自然雜誌，公開罵我不敢寫信。我才不得不寫信的。幫她洗地的，就不看看她論文的圖5是怎麽來的？那是細菌在木糖載體跟人體的葡萄糖載體的兩張圖拚在一起的，就說人體葡萄糖載體可以把開口朝外了。在文章裏講這些結構圖與發表過的生化數據加在一起獲得的圖5結論。又不給出“發表過的生化數據”是哪裏來的。
未來的同行們會如何評價這科學態度？
我不需要雜誌做什麽啊。我隻是告訴實情而已。我沒任何要求。我的信全文照登。就是介紹事實是怎樣的。其實是想給審稿人看的，因為我猜測審稿人是晶體領域裏的對生化這方麵不了解。這當然隻是猜測，詳情不知。我也不知道科學雜誌還有評論一說。以前真的沒注意過這事。
學術剽竊和造假不同於其它行業。那裏是一個教育搖籃，怎樣的風氣會影響到無數學苗。
在美國的一位印度學生，導師是諾貝爾獎獲得者，造假好幾篇被發現。發現的人是發現論文的跑膠照片是倒過來的才能得到那樣的效果。跑膠的特征就是：樣品在電泳裏也有擴散的特征，也就是說，越往下帶譜越寬，而他發表的論文帶寬隻能是倒過來才能解釋。這是常識，因為剛發表就被人發現了造假，立刻給雜誌寫信，雜誌編輯一看當即就明白了。這位諾貝爾獎得主就決定把這個印度人在他實驗室發表的論文全部撤稿，在美國報紙科技版都登出來了。這事大概有七八年了吧？我當時就覺得好玩而已，沒在意他搞的是什麽東西。造假把跑膠的照片倒過來，也太膽大了點。
潤濤閻 發表評論於 2019-08-02 12:15:49
講一個《科學》雜誌的故事。霍普金斯醫學院的一位大教授在《科學》發表了一篇重磅大作，被一位哈佛年輕女教授發現論文裏的問題，那是兩三年後她當上助理教授後給《科學》雜誌寫信揭穿論文的錯誤。雜誌回複說這是曆史故事了，雜誌什麽都做不了。她就想寫一篇綜述文章，《科學》雜誌說可以，但需要經過同樣的審查程序。結果發現她寫的全部內容都是批判那篇論文的，就不去審了。她到處發，哪個雜誌也不願意跟科學死拚。她後來就真的發出來了，是在專業雜誌。她的文章把霍普金斯大教授的論文一條條批判，把造假的方法都猜測了一遍。
大約二十年後，這女教授在頂級雜誌發表了一篇論文，幾年後被同行重複時發現造假。在一次年會上，有十幾篇論文指責女教授造假的事，大會不給他們演講機會防止引發混戰，都給了poster，而且放在一起。那天烏泱烏泱的讀者去看熱鬧，我也去看了。發現霍普金斯那位老教授也在，那女教授竟然也去看了。二人見麵時我剛好在那裏，因為那些Poster都在一起。她自己主動到他眼前伸手握手。他的臉色紅透了那種，嘴巴在動，可就是啥都說不出。我在旁邊真想拿出我的加農相機拍下來。然後配圖：“你也有今天？你個濃眉大眼的朱時茂也叛變了！” 老教授跟她握手後二人一句話都沒講。我猜想當年在《科學》發表那篇論文後的老教授也遇到了此時的尷尬局麵吧？我那時還在中國呢，就是猜想應該是這樣子的。我剛才查了，那老教授不在世了，那女教授還在。
再說一個在《細胞》發表論文的華人同胞的尷尬。那是在科羅拉多的大山裏的小型專業會議上，那位華人同胞也去了。會議上她發言後立刻引發“動亂”，因為質疑她在《細胞》雜誌上造假的論文者排隊很長很長到走廊裏的麥克風那裏等著發言質疑她。主持人就說時間沒有了，下一個演講。然而，Poster有指名道姓揭發她造假的四張，她也去看了，因為會議人數少，在大山裏開會，等於根據時間安排大家不去看也得去看。那幾個人就拉著她辯論她造假的來龍去脈是否是這樣的是否是那樣的，造假的過程。她臉色通紅，就想離開。我在旁邊不知道如何能幫上她快速離開吧，就說我們去外麵看看，拉著她離開了。因為論文發表幾年後才被逐步在重複時發現造假，雜誌也沒辦法了。我剛才查了，那論文還在呢。也沒有評論。這位華人不是來自大陸。
潤濤閻 發表評論於 2019-08-02 12:15:49
講一個《科學》雜誌的故事。霍普金斯醫學院的一位大教授在《科學》發表了一篇重磅大作，被一位哈佛年輕女教授發現論文裏的問題，那是兩三年後她當上助理教授後給《科學》雜誌寫信揭穿論文的錯誤。雜誌回複說這是曆史故事了，雜誌什麽都做不了。她就想寫一篇綜述文章，《科學》雜誌說可以，但需要經過同樣的審查程序。結果發現她寫的全部內容都是批判那篇論文的，就不去審了。她到處發，哪個雜誌也不願意跟科學死拚。她後來就真的發出來了，是在專業雜誌。她的文章把霍普金斯大教授的論文一條條批判，把造假的方法都猜測了一遍。
大約二十年後，這女教授在頂級雜誌發表了一篇論文，幾年後被同行重複時發現造假。在一次年會上，有十幾篇論文指責女教授造假的事，大會不給他們演講機會防止引發混戰，都給了poster，而且放在一起。那天烏泱烏泱的讀者去看熱鬧，我也去看了。發現霍普金斯那位老教授也在，那女教授竟然也去看了。二人見麵時我剛好在那裏，因為那些Poster都在一起。她自己主動到他眼前伸手握手。他的臉色紅透了那種，嘴巴在動，可就是啥都說不出。我在旁邊真想拿出我的加農相機拍下來。然後配圖：“你也有今天？你個濃眉大眼的朱時茂也叛變了！” 老教授跟她握手後二人一句話都沒講。我猜想當年在《科學》發表那篇論文後的老教授也遇到了此時的尷尬局麵吧？我那時還在中國呢，就是猜想應該是這樣子的。我剛才查了，那老教授不在世了，那女教授還在。
再說一個在《細胞》發表論文的華人同胞的尷尬。那是在科羅拉多的大山裏的小型專業會議上，那位華人同胞也去了。會議上她發言後立刻引發“動亂”，因為質疑她在《細胞》雜誌上造假的論文者排隊很長很長到走廊裏的麥克風那裏等著發言質疑她。主持人就說時間沒有了，下一個演講。然而，Poster有指名道姓揭發她造假的四張，她也去看了，因為會議人數少，在大山裏開會，等於根據時間安排大家不去看也得去看。那幾個人就拉著她辯論她造假的來龍去脈是否是這樣的是否是那樣的，造假的過程。她臉色通紅，就想離開。我在旁邊不知道如何能幫上她快速離開吧，就說我們去外麵看看，拉著她離開了。因為論文發表幾年後才被逐步在重複時發現造假，雜誌也沒辦法了。我剛才查了，那論文還在呢。也沒有評論。這位華人不是來自大陸。
大約二十年後，這女教授在頂級雜誌發表了一篇論文，幾年後被同行重複時發現造假。在一次年會上，有十幾篇論文指責女教授造假的事，大會不給他們演講機會防止引發混戰，都給了poster，而且放在一起。那天烏泱烏泱的讀者去看熱鬧，我也去看了。發現霍普金斯那位老教授也在，那女教授竟然也去看了。二人見麵時我剛好在那裏，因為那些Poster都在一起。她自己主動到他眼前伸手握手。他的臉色紅透了那種，嘴巴在動，可就是啥都說不出。我在旁邊真想拿出我的加農相機拍下來。然後配圖：“你也有今天？你個濃眉大眼的朱時茂也叛變了！” 老教授跟她握手後二人一句話都沒講。我猜想當年在《科學》發表那篇論文後的老教授也遇到了此時的尷尬局麵吧？我那時還在中國呢，就是猜想應該是這樣子的。我剛才查了，那老教授不在世了，那女教授還在。
再說一個在《細胞》發表論文的華人同胞的尷尬。那是在科羅拉多的大山裏的小型專業會議上，那位華人同胞也去了。會議上她發言後立刻引發“動亂”，因為質疑她在《細胞》雜誌上造假的論文者排隊很長很長到走廊裏的麥克風那裏等著發言質疑她。主持人就說時間沒有了，下一個演講。然而，Poster有指名道姓揭發她造假的四張，她也去看了，因為會議人數少，在大山裏開會，等於根據時間安排大家不去看也得去看。那幾個人就拉著她辯論她造假的來龍去脈是否是這樣的是否是那樣的，造假的過程。她臉色通紅，就想離開。我在旁邊不知道如何能幫上她快速離開吧，就說我們去外麵看看，拉著她離開了。因為論文發表幾年後才被逐步在重複時發現造假，雜誌也沒辦法了。我剛才查了，那論文還在呢。也沒有評論。這位華人不是來自大陸。
已經有的在社交網站上的回複瓷啊磚的夠不夠？
請看：
潤濤閻 2019-08-02 10:14:13
我都不知道有評論一說，是自然雜誌幫我貼上去的，告訴我圖片不能貼，因為那需要跟Cell、PNAS要版權，就把我發給他們的圖片刪掉了，其它原文貼上去的。是否隨便貼評論，我沒問過。
小顏有時間發微博做宣傳她的世界第一成果，現在被認可在官方網站被質疑“copied), 保持沉默是好選擇嗎？
說的有道理。既然巳被雜誌認可作為小顏方按常理應該怎麽辦？信裏的結論可是
”If this is the case, It is apparent that they could have copied the Yan/Maloney topological model in the 2014 Nature paper.”
小顏有時間發微博做宣傳她的世界第一成果，現在被認可在官方網站被質疑“copied), 若永遠保持沉默意昧著？
Runtao Yan ? 2 months ago ? edited
Dear Nature,
Nature 不會允許把它的評論欄變成垃圾場， 很多毫無意義的跟帖評論都會被刪除， 隻不過Nature 小編還沒有騰出手來刪除這些跟帖。
你和顏之爭，是專家之間的學術爭議， 正確的途徑是通過學術機構做個評判， 通過Nature 或Pinceton 都是正確可行的途徑。 大家勸你通過學術機構評判不應該在文學城裏連續發文爭辯， 不是在為顏洗地而是給你的正確建議。 你在城裏發文說是科普， 引來幾位民科和你纏鬥不休有啥意思？
9. No libel or other abuse
You must not make or encourage comments which are:
? defamatory, false or misleading;
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? offensive, racist, sexist, homophobic or discriminatory against any religions or other groups.
潤濤閻 2019-08-02 10:55:36 回複 悄悄話 回複 'wodedongxi' 的評論 :
不論是三個月還是六個月，我這都5年了啊。她的論文是2014年，我知道的時候還不清楚有時限一說呢。就是知道了，那是2015或2016年的事了。她在電視上講的時候早就過期限了，何況我都不知道有期限的事。到了2019年才寫信給自然，而且是幫她洗地的逼我去寫的，否則也不會寫信，被雜誌貼在評論裏。從時間上看這也算是破天荒了吧？這我就不知道了。《科學》隻給三個月？那如果她是發表在《科學》雜誌，這麽多年了，貼評論那是不可能的了。其它雜誌的情況我就更不了解了。
潤濤閻 2019-08-02 10:55:36 回複 悄悄話 回複 'wodedongxi' 的評論 :
不論是三個月還是六個月，我這都5年了啊。她的論文是2014年，我知道的時候還不清楚有時限一說呢。就是知道了，那是2015或2016年的事了。她在電視上講的時候早就過期限了，何況我都不知道有期限的事。到了2019年才寫信給自然，而且是幫她洗地的逼我去寫的，否則也不會寫信，被雜誌貼在評論裏。從時間上看這也算是破天荒了吧？這我就不知道了。《科學》隻給三個月？那如果她是發表在《科學》雜誌，這麽多年了，貼評論那是不可能的了。其它雜誌的情況我就更不了解了。
對他這種一絲不苟，追求真相的精神，我們要大加表揚和提倡。
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SwiperTheFox 2019-08-02 09:25:34
回複 'Wtp003' 的評論 :
我剛試著發了個test 的跟貼，可以貼上。 證實是隨便貼的。
"Timely"額外之意其實就是留有餘地，時間可長可短，視具體情況和內容的有趣性等酌情考慮。如果能說服編輯，即可通過。
不論是三個月還是六個月，我這都5年了啊。她的論文是2014年，我知道的時候還不清楚有時限一說呢。就是知道了，那是2015或2016年的事了。她在電視上講的時候早就過期限了，何況我都不知道有期限的事。到了2019年才寫信給自然，而且是幫她洗地的逼我去寫的，否則也不會寫信，被雜誌貼在評論裏。從時間上看這也算是破天荒了吧？這我就不知道了。《科學》隻給三個月？那如果她是發表在《科學》雜誌，這麽多年了，貼評論那是不可能的了。其它雜誌的情況我就更不了解了。
science倒是很明確, 3個月過了就不考慮了, "Letters (up to 300 words) discuss material published in Science in the last 3 months or issues of general interest."
本人美國生命科學在讀博士生，大學排名world top 20，專業排名top 20，總有資格從專業角度分析一下結構生物學的工作了吧？之所以寫排名前20，是因為這樣範圍稍微大一些，免得有人猜出來。畢竟學術圈很小，本人以後還想繼續在這個圈子裏發展。我身邊有很多做結構生物學的組，用的就是冷凍電鏡 (也有NMR，X-Ray) ，可以算的上是圈內人了。
與國內的結構生物學家不同，我所知道的美國的PI幾乎沒有人隻解結構的，更沒有人不停地換不同的蛋白去解結構的，他們往往專注於一個蛋白或者同一個家族的蛋白，深入研究這些蛋白發揮功能的機理。所以，解析蛋白的結構隻是研究工作的第一步，後續的工作還有很多很多。對於一個被認為比較重要的蛋白，隻要得到它的結構就幾乎肯定可以發一篇CNS，但是後續的工作，尤其是往哪個方向去做往往挑戰性很大，完全研究清楚一個蛋白可能要耗去一個人畢生的精力。如此一來，如果比CNS的數量，美國的很多PI都沒法跟顏寧11g比的。也正是因為11g和顏寧換了很多很多蛋白（或者改改條件），才有了如此數量龐大的CNS。
接下來我講講解析蛋白結構的大概流程。首先是需要得到這個蛋白的cDNA序列，接著選擇合適的表達係統表達蛋白，然後是長晶體（這步現在也可以沒有了），拿到晶體就可以送到專門的core去解析了。後續的工作都是由專業人員幫忙做的，至少在我們這裏我們是不需要關注結構是怎麽算出來的。相信看到這裏有些人已經明白了，對於不同的蛋白，流程基本是一樣的 （1. 蛋白表達純化；2. 準備電鏡Sample; 3. 做電鏡；4. 處理數據；5. 發文章），需要改的就是實驗條件，當然膜蛋白會麻煩不少。據我所知（聽說啊，並不是百分百確定），在顏寧和11g的組裏，學生都是流水線作業的，學生隻做自己那部分的工作，甚至都不用讀什麽文獻，隻要照著protocol做，不同的蛋白改改條件、不停地試就可以了，概括起來就是：費那勁看文獻幹嘛？直接幹不就完了？這樣的好處自然是效率很高，對老板來說是好的，可對於學生而言就不那麽好了。因為phd階段重點要訓練的是critical thinking，需要讀很多文獻，最終的目標是把學生培養成independent researcher，而不是熟練的technician。雖然11g和顏寧都是在資本主義的大本營美國接受的教育，但到自己當了PI之後，還是充分發揮了社會主義製度集中力量辦大事的優越性，集中力量解結構，而不是像很多美國PI那樣，讓學生接受全麵係統的科學訓練。真正的科學家，除了發發paper，另一個更重要的任務，就是要給人類培養新的下一代的科學家。很遺憾，在這方麵，施一公和顏寧基本做到了一將功成萬骨枯。
也許有人會問，美國人難道看不出來這種精明的科研策略麽？我的觀察啊，他們還真看不出來！美國學界精英層大都出身良好，內心單純善良，把人都往好處想，所以他們其實“傻乎乎”的，對於我們中國人隱藏在內心深處的許多心機完全看不透。隻有中國人最懂中國人。
感興趣的人可以看看11g和顏寧老師文章的title。把蛋白的名字換一換，就是另一篇文章了，想必申請經費的時候也是不需要動腦子的。考慮到美國的人工成本（養一個phd平均一年要5萬美金），可以負責任地說，顏寧老師和11g取勝的關鍵在於中國對結構生物學不計成本地投入和中國大陸廉價且吃苦耐勞的博士生。
無論顏寧老師還是施一公老師，都是非常優秀的科學家。但是，他們不是大科學家。也遠沒有達到國內很多根本不懂怎麽評價科學工作的媒體宣傳的那個高度。時間會證明一切的。
最後分享一個故事，我曾經問過身邊的一個美國PI，為什麽隻盯著一個蛋白研究，解完結構再換下一個蛋白，這樣不就可以有很多CNS了麽？她吃驚地對我說：“還可以這樣？” 看的出來，那份吃驚是發自內心的。
對於顏寧老師當選外籍院士，我不做評價。
轉一個答友的評論：“我記得施一公顏寧上過央視的《大家》和《開講啦》，其實他倆最應該上的是一部叫《大國工匠》的紀錄片。論工藝，絕對冠絕地球。” 把我都給逗笑了。
施老師顏老師喜歡背靠背發文章，可惜咱們國家不能製造冷凍電鏡，要不然還能背靠背地去紀錄片《大國重器》裏客串一把。
有人覺得我是在否認yn的貢獻甚至歪曲為我認為她沒有貢獻，她不該當選院士。我真的沒有。“科學巨匠”怎麽就貶低他們了？
說羨慕嫉妒酸的，麻煩先搞清楚嫉妒產生的條件。我和11g顏寧不是做同一工作的同行，甚至都不是同一代人，不存在任何競爭關係。我有酸的理由和必要麽？要酸也是酸我身邊跟著天牛、早早就發CNS的同學，對吧？
其實我想說明的概括起來就是：解析蛋白結構且隻解析蛋白結構，是一項複雜的簡單工作，是一件體力勞動遠多於腦力勞動、重複性極高且成功率不低的技術工作。既然選擇了這樣的工作，就不要再把自己包裝成具有深邃思考的科學大家。
一句話概括施老師顏老師的 Research：基於電鏡技術的熱門蛋白質三維結構的解析工作。
科學大家可能會有很多CNS，但有很多CNS的，不一定就是大科學家。細分到生命科學領域，如果一個PI有很多CNS，一般都是非常非常厲害的；但如果是做結構生物學的，那就要看看再說了。
我們的媒體喜歡造神，民眾樂於拜神。歸根結底，還是雙膝骨骼缺鈣，喜歡跪地仰望強人。
估計老閻不會得到任何回複，時間太長了。我在最開始的跟貼說過，讓時間來說話吧。但是質疑還是會在那裏，不會消失的。
《Nature》不清楚。《Physical Review Letters》（這也是個世界最頂級物理學雜誌，無數諾貝爾獎級別的工作最初就發表在這個雜誌）是可以長時間允許評論的。例如，我們團隊在2010年刊登了對一篇2007年的文章的Comment。該評論目前被他引大約40次，這在本研究方向引用率算是比較高的了。
Hope R. Yan can stop insulting Nieng.
I message was verbatim "test". did not contain any comment.
yes I deleted. It should show "deleted"
"我剛試著發了個test 的跟貼，可以貼上。 證實是隨便貼的。"
Where is your comment, I just checked only one comment there. don't tell us you deleted it.
期刊對剽竊以及任何misconduct質疑的時間限製是有道理的。已經成為曆史的，就留給曆史評判。
這個數據來源必須列在參考文獻裏麵，因為它舉足輕重是模型的基礎。
根據她的原句英文，這些數據是她們團隊發表的。真是天壤之別。
論文最後真有個Correspondence to Nieng Yan。你是否可以把你給nature的信再給她寄一次，寄給她是可以的。
我昨天回Swiperthefox 時沒有看到Correspondence to Nieng Yan。在此向Swiperthefox 道歉，直接寫信給小顏是可以的。
我剛試著發了個test 的跟貼，可以貼上。 證實是隨便貼的。
News and Comment
These sections are written and commissioned by Nature's editors. They do not contain unsolicited material. Information for use by Nature for these sections can be sent via e-mail, with the title of the section in the subject line. Please provide full address and contact details.
https://www.nature.com/nature/for-authors/other-subs
"謝謝提供信息。 明白了，老閻自己的跟貼， 不是雜誌篩選的評論。"
無論如何找，也無法掩蓋顏寧剽竊的事實
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ans 發表評論於 2019-08-01 21:48:10
那你怎麽解釋是西方人選小顏當了美國科學院院士；西方人評審小顏的文章發表在頂級專業期刊上？注意，不是一篇兩篇，也不是十幾篇，而是幾十篇如果不是上百篇的話。怎麽解釋西方人沒有捧你的文章呢？相反隻有wxc你才能找到粉吧。
謝謝提供信息。 明白了，老閻自己的跟貼， 不是雜誌篩選的評論。
Dear Nature,
I would like to provide evidences to show that the mechanism and the topological model of glucose transporter was not first identified by Dr. Nieng Yan’s team reported in this Nature paper (2014,Nature 510:121). Rather,Yan&Maloney had reported the findings published in Cell (1993, Cell 75:37 ) and PNAS (1995, PNAS 92:5973). The Nature paper did not mention the Yan&Maloney model at all, nor in references.
1. The two teams studied the same family transporters, belong to MFS family or uniporter-symporter-antiporter family, (Microbiol Mol Bio Rev. 1998, 62:1-34) and two glucose transporters share the same 12 transmembrane helix structure.
2. Evidence 1: the glucose transporter working model....
3. Evidence 2. The detailed topological model....
4. Yan/Maloney model is the earliest experimentally identified sugar transporter working model....
5.5. Is it possible that the topological working model could be only identified by using active protein, not by crystal protein?....
Summary;
Principally and logically, If they could not figure out the glucose transporter working model based on the structure in the 2012 Nature paper, they should not figure out the model based on the similar structure in the 2014 Nature paper either. If this is the case, It is apparent that they could have copied the Yan/Maloney topological model in the 2014 Nature paper.
希望我沒有理解錯：Nature發表了老閻給nature的信？ 請問，有題目， 有鏈接嗎？是小顏的文章？
鏈接在這裏。老閻的Comment在最下麵。發表兩個多月了。https://www.nature.com/articles/nature13306
"老閆把你寫的信拿出來給大家看看。玩鬧的東西貼了這麽多，沒理由不給大家看正經的東西吧。貼出來鼓舞一下閆粉的士氣 "
Link below, not sure public can access it. it is long letter. just paste firs part;
https://www.nature.com/articles/nature13306
Runtao Yan ? 2 months ago ? edited
Dear Nature,
I would like to provide evidences to show that the mechanism and the topological model of glucose transporter was not first identified by Dr. Nieng Yan’s team reported in this Nature paper (2014,Nature 510:121). Rather,Yan&Maloney had reported the findings published in Cell (1993, Cell 75:37 ) and PNAS (1995, PNAS 92:5973). The Nature paper did not mention the Yan&Maloney model at all, nor in references.
1. The two teams studied the same family transporters,.......
當然，對那些拿科學精神當玩物的所謂科學家，給出警告，是對科學本身的負責。如果我們隻限於如何爭名求利而違背科學精神，那對未來科學求知者們來說就是壞的榜樣。
我一直就沒停止寫科普，因為那是不容易幹的事，大眾的知識參差不齊，寫科普文章往往費力不討好。可我還是寫了不少。如果網上沒出來頂著馬甲幫她洗地的，我連介紹她論文內容的興趣都沒有。她又不是愛因斯坦牛頓，提到她還是表揚她來著。沒想到竟然碰到了無知的幫她洗地而胡言亂語，我隻好寫她的故事了。看不透她文章關鍵內容的高級黑們不知道顏寧會多麽恨他們呢。
真理還怕辯論不成？？？
你如果用嫁接兩張圖的方法就能證明開口朝裏的就真的能朝外了，那你還提“發表過的生化數據”幹嘛？讀者以為那發表過的生化數據就是你自己搞出來的，而事實上不是，你這本身就是蒙人啊。這與是不是潤濤閻發表過的無關，其他人就可以隨便被你利用了而不給出credit？
碰瓷也沒啥不好，搞得盲目迷信你的人也追求你論文的真相了。大部分也慢慢地啞口無言了，因為他們逐步搞清楚了你論文的真相了。你不說碰瓷不就啥事沒有了嗎？我都退休了，跟你又素不相識，也感謝你來著，對你提出點警告也是對你未來負責。你想想看，紙最終包不住火對不對？就一句道歉感謝的話不就完事了？何必用碰瓷這樣的話對待表揚你的人？我退休了的老人跟你年輕人有什麽可爭的？你的高級黑建議打官司，那太好了啊。你給出“published biochemical data"證明Glut1的開口的確是變形了的文章是你在哪裏發表的才能上法庭啊，這與是否是我們在霍普金斯發表的論文沒關係，任何人發表的都不行，隻能是你自己發表的而且還必須是你在《自然》2014年那篇論文裏所有的作者發表過的才行，否則在法庭上哪怕原來你的團隊發表那論文的人中有一人在2014年的論文裏沒有，你照樣是侵權了那人的知識產權。你明白不？還上法庭呢！你的團體每次發表文章的人員都是一個不差嗎？何況你的團隊就沒發表過證明葡萄糖載體Glut1 開口變形的生化數據論文。即使發表過，你沒給出參考文獻，就是對那篇發表論文裏在這篇作者裏沒有的人的司法侵權。
其實不用擔心這件事隻是在城裏熱，還有博主陷入“困境”啥的。博主的出發點不是這些。
有用馬甲在網上幫顏寧洗地的建議潤濤閻去找《自然》雜誌揭發顏寧剽竊一事。我寫信了，也給當初在媒體上讚揚顏寧在2014年論文的大教授們寫信了。就是問他們顏寧論文裏的內容，他們能否幫她找到反駁的理由。如果能找到，告訴我。我還在等回音。
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一問三知 2019-08-02 06:14:39 回複 悄悄話
老閻兩個月前寫給雜誌社的信就在小顏的文章的後麵。沒有任何評論。這事可能就在城裏熱！！！
"老閻兩個月前寫給雜誌社的信就在小顏的文章的後麵。沒有任何評論"
Nature 雜誌社 did good thing, Now 小顏同學 no excuse not to response or she can simply say "碰瓷"?!
如果你之前給自然雜誌社寫的稿子包含了這些商榷的內容，那就繼續等待回音。
有人說你在壇子裏人文方麵的博影響遠大於對小顏質疑一事。我倒認為如果小顏始終不回複，這質疑的係列博已經轉化成人文博了。學者和教授的ethics是對社會大眾甚至家庭負責。回應對她的質疑是這些責任的一部分。
不論東方還是西方審稿人，都會有失誤的時候，尤其是當稿件中的敘述故意含混不清甚至造假的時候。出現這種情況在正常不過了，並且審稿人一般不會對這種情況負責。這是因為，我能給你審稿已經就是義務勞動了，是你編輯信的著我來求我才送給我審稿的。
另外一種情況就是，審稿人本身就是作者的熟人或者利益相關方，這種情況也是業界眾所周知的。如果是這種情況，那就更容易理解為什麽稿件既能接受且作者的工作又能被吹捧幾句了。就這樣，以訛傳訛，給作者弄個美國院士之類的虛銜也不是沒有可能的。當然，我這麽說不一定是指顏寧，我說的是科學界一直存在的問題。
潤濤閻 發表評論於 2019-08-01 20:57:58
還是那句話：
不能令反對你的人心裏誠服，那就表明你的科普能力不夠。絕大多數人都是群羊效應，看後台。然而，科學有其獨特的地方，那就是真相的力量是無窮的。絕大多數人會逐步從強權即真理中走出來，認同真理是無法戰勝的。
西方哲人認可：Truth is thruth and thruth naver fails.
http://blog.wenxuecity.com/myblog/73963/201908/671.html
不能令反對你的人心裏誠服，那就表明你的科普能力不夠。絕大多數人都是群羊效應，看後台。然而，科學有其獨特的地方，那就是真相的力量是無窮的。絕大多數人會逐步從強權即真理中走出來，認同真理是無法戰勝的。
西方哲人認可：Truth is thruth and thruth naver fails.
消息從貴貴那裏傳出來的，貌似真的
不錯的建議。不知道有沒有討論膜蛋白的網站或group，中英文都行，英文的更好
“人生能得幾回搏”“時不我待”。上就上了。
因為文學城沒有專業氣氛，場合不對呀，特別是其他行家不會來這裏參加爭論（老美看都看不懂）。
打官司要去法院，學術爭論要在期刊上公開，武術功夫要在比賽場論高低。如果一個大夫給你誤診了，在家裏村裏說事沒有用的，隻能找其他大夫重複診斷。我不明白，你為什麽不寫文章在期刊（特別是nature）公開（刊登）討論此事？如果nature不登你的文章，可以找其他期刊呀。
這場爭論，必須有幾個行家涉入，才能見分曉，不僅僅需要或限於 nature 的回答。
有時候，科研文獻中，一個數據的不正確（一個實驗條件的不確切），當事作者可以更正，其他人也可以質疑。 這樣原作者才會回答（或者致謝）。
文學城的範圍有限，很多是嘮嗑的大媽，和退休的大爺。你似乎應該寫篇文章,或者發表於nature， 或者其他有影響的期刊上。