潤濤閻:如何證明葡萄糖載體的工作模型?
文章來源: 潤濤閻2019-08-01 16:35:34

看下麵的圖。開口朝上到開口朝下的變形是關鍵所在。華盛頓大學的Mike Muecklerz教授,是第一個提出 Glut1 人體葡萄糖載體是由12個穿膜螺旋構成,1985年發表在《科學》上。他評價Yan/Maloney 的生化研究驗證了載體動態模型,以前沒有令人信服的生化數據證據,屬於假說階段:“Yan/Maloney的數據為僅僅基於動力學數據得出的載體模型提供了令人信服的無可置疑級別的證據。”英文原文照抄:“Their data provide compelling physical evidence for a general model of facilitative membrane transport derived solely on the basis of kinetic transport data. ”

 

說的就是證明開口朝裏朝外變形的確發生的鐵證。


 

為何顏寧僅靠結晶了的Glut1載體無法驗證這“變形”是否真的會發生?

因為她結晶的Glut1載體蛋白,開口朝裏,她在論文裏介紹還沒找到開口朝外的晶體。

在Yan/Maloney 之前,無法提供確鑿數據證明這個變形會真發生,隻能是假設。那時候結晶載體蛋白很難成功。而且後來多數情況下結晶出來的開口是朝一個方向。所以,同一載體,結晶出開口朝兩個方向的條件不那麽容易找到。

那麽顏寧的論文為何就畫出了圖5?

她想到了一個非常簡單的辦法:她的人體葡萄糖載體的結晶狀態是開口朝內的,她找到了開口朝外的另外一個載體:細菌木糖載體 xylE。這樣,她就把兩個圖畫在一起:上圖左邊開口朝外的是來自細菌木糖載體的結構圖;右邊開口朝裏的是人體葡萄糖載體的結構圖。

在真實世界裏,這兩個蛋白一輩子都不會碰麵的,一個在細菌的膜上,一個在人體的細胞膜上。她把這兩個拚圖在一個膜上。即使細菌感染了人體,比如紅血球,那它們倆照樣不會碰麵。就是碰麵,也是各幹各的。

她這麽把兩個圖一拚,就說葡萄糖載體的工作模型成了,就朝裏朝外變形了?你可別說老閻你是在開玩笑嗎?我跟你講,這真的是顏寧圖5的真實情況。她的題目是說人體葡萄糖載體,而圖5則是由人體葡萄糖載體與細菌木糖載體的兩個圖拚在一起的,而且木糖載體的占比高。你也可以說它是細菌木糖載體的工作模型更合適些。反正在真實世界不會發生兩個載體互相串門的事。

要想讓文科生明白這個道理,就打個比方:把人體葡萄糖載體比作一頭死驢的上唇,細菌的木糖載體比作一頭死馬的下巴。把二者圖片放在一起,就說這個驢的嘴活著時是如何動的。這個比喻可能不太恰當,因為嘴唇不是朝上朝下的變形。

所以,隻有開口朝單方向的結晶載體蛋白在發表論文時隻能說“可能會發生變形”,因為以前認為的氯離子載體用活體CFTR蛋白的研究發現,氯離子一旦打開門,就不當即關死,後麵的氯離子也跟著往裏進去。這就是通道了。

就好比電影院開門,第一個人進去後,後麵就跟著進。這就是通道;如果是在門口買票,一個人進去了,彈簧門關上,下一個人買了票後再推門進入,就是一次一個的進。這個就是載體。

因為她的人體葡萄糖載體結晶蛋白隻是開口對著一個方向,沒有開口朝另一方向的結晶體,就需要用其它方法證明開口變向會發生。

Yan/Maloney的“分子探針 + 半胱氨酸掃描 + 放射性底物的方法”就可以在活體載體蛋白上研究此難題,不論是在細菌的葡萄糖載體 Uhpt 還是人體葡萄糖載體 Glut1 上都得到了驗證(Glut1 是華大的教授做的,我前文介紹過)。

在膜蛋白領域,不能不提Kaback教授,即使到了2006年,他把乳糖載體結晶後,把乳糖和質子氫的結合部位都確定了,但他在圖9(相當於顏寧的圖5)介紹說朝裏朝外的變形可能發生: Possible change inward- facing to outward- facing conformation” 後來,他也用半胱氨酸掃描加上與我們用過的不同的分子探針得出了乳糖載體的工作模型。Kaback 教授還找到了把開口的地方用半胱氨酸拉住鎖上的方法證明了乳糖載體的朝裏朝外變形的另外證據。

人體葡萄糖載體的不論是半胱氨酸掃描還是拉鏈鎖上類似的“生化數據”,顏寧團隊什麽時候發表過?為何不給出參考文獻?不管是不是用我們的方法無所謂,你給出就行。

有朋友私下裏問我:如果顏寧在發表論文時就不提“published biochemical data”,你就不能指責人家不給出參考文獻了啊?那她為何要說這麽一句呢?

因為她清楚,她的圖5是兩個載體的圖放在一起假設那就是一個載體的圖。她必須告訴讀者把兩個不同的載體一個朝裏一個朝外的圖放在一起就成了葡萄糖載體又能朝裏又能朝外的工作模型了。

問題就來了:一個結晶了的是開口朝裏,跟令一個是開口朝外的兩張圖雜合在一起,就等於Glut1朝裏朝外動起來了?讀者會相信嗎?可她要是說還有“發表過的生化數據”那讀者就明白了。那就等於“兩個生物的兩個載體”的拚圖就等於是示意圖了,而不是人體葡萄糖載體真的發生變形的證據。真正的證據在“發表過的生化數據”裏。這是她必須講出“發表過的生化數據”的原因。否則,光靠拚圖,那你把一頭鹿跟一頭馬拚成一個圖,那到底是鹿還是馬呢?大家知道鹿和馬有很多相像的地方,但不能簡單就把鹿和馬說成是一回事。可沒找到她發表過半胱氨酸掃描研究其動態模型的論文。

拿她的圖5說事的,說那就是證據證明了人體葡萄糖載體 Glut1 就是那樣朝裏朝外變形的,可她朝外的圖是細菌木糖載體的結構圖。如果萬一是跟CFTR一樣,一個分子打開門,後麵的就跟著進,那可能性如何排除呢???可能性哪怕隻有億億萬分之一,那作為科學家你也得排除掉才行。你如果同一個Glut1蛋白分子結晶出來開口朝兩個方向的都有了,那我就不會寫這一大堆文章了。

幫她洗地的拿她的分辨率高說事,可開口朝裏的人體葡萄糖載體分辨率再高還是朝裏,是否真的發生變形的證據跟分辨率沒半毛錢關係。到底是否發生了朝裏朝外的變形?就把兩個不同載體一個朝裏一個朝外的圖通過電腦畫圖放在一起就完事了,就不需要給出“生化數據”的來源了?那她自己都認為是說不過去的。

當然,她可以列出人家發表過的Glut1的生化數據。如果說 “Yan/Maloney 研究的Uhpt 和Kaback 研究的 LacY 都證明是同樣的工作模型,由此推理出人體葡萄糖載體 GLUT1也應該是那樣的,那你還發表它的工作模型幹嘛?

小結:哪怕顏寧用結晶了的不動的蛋白,如果Glut1朝裏和朝外的晶體結構都得到了,那就好多了。或者給出“發表過的生化數據”比如半胱氨酸掃描或類似的方法能證明朝裏朝外的構型變化的確發生了。這兩點她的論文裏都沒有。別拿人體葡萄糖載體和細菌木糖載體是同一個家族就可以把兩個拚圖放在一起說事,跟 LacY 同一家族的 Uhpt 的工作模型早就發表過了,人家Kaback照樣把 LacY 的工作模型通過半胱氨酸掃描,一絲不苟地搞明白了,而不是把兩個結晶的圖片雜交在一起就說那是工作模型了。

大家去讀她的圖5,是不是人體葡萄糖載體開口朝外的圖是來自於細菌木糖載體的結構圖?二張圖嫁接就成了人體葡萄糖載體朝裏朝外變形的工作模型了?

最後說一句:潤濤閻憑什麽就肯定顏寧沒發表過“生化數據”以證明她的論文 Glut1 從朝內轉向朝外的變形?因為到目前為止都是用Yan/Maloney 的分子探針 + 半胱氨酸掃描方法,她沒發表過這類文章。那她的“發表過的生化數據”就是他人的。不論誰的,她都應該給出參考文獻,哪怕是她自己發表過的也應該給出,讓讀者清楚是不是半胱氨酸掃描的方法,還是她搞出了個新方法。道理簡單不?我的要求合理嗎?

她在論文裏介紹人體葡萄糖載體開口朝外的還沒結晶出來,英文原話:The outward-open structure remains to be captured. 更別說從朝裏變成朝外的證據了。 

細菌木糖載體從朝裏到朝外的變形沒有證據,英文原話:the conformational switch from inward-facing to outward-facing of symporters remains to be elucidated. 

把兩個載體嫁接,不論多麽合理,照樣無法證明人體葡萄糖載體從朝裏真的變成朝外了。沒有證據,才在嫁接圖下麵表明:這是想象圖predicted 從朝裏變成朝外。而在文章裏就變成了提出工作模型,靠的就是published biochemical data。沒有參考文獻。 


由於沒有Glut1 開口朝裏變成朝外的證據,也沒有xylE開口朝裏變成朝外的證據,那即使拚圖也無法利用細菌木糖載體開口朝裏變成朝外的證據間接證明Glut1的開口從朝裏到朝外變形。

如果不需要證據,就根據所謂的常識,那當初CFTR也是被認為是變形的。活體蛋白試驗證明:變形並不會發生,因為CFTR是通道。 

而且,如果不需要科學證據證明人體葡萄糖載體從朝裏變成朝外,那她論文的“根據結構圖與發表過的生化數據,我們提出人體葡萄糖載體的工作模型”不就是廢話了?何不直接說不需要證據證明它就是變形的。那文章的意義何在?花時間精力研究它的變形不就是多餘的了?根據推理就完事,那當年CFTR的結論永遠都是變形的! 

如果變形的證據不那麽重要,那她為何在電視上隻提變形的圖?幫她洗地的說顏寧早就發表了人體葡萄糖載體從朝裏到朝外的變形,如果在2014年發表論文之前就知道了,那她的圖5“predicted” 的變形不是自欺欺人了?那就是否定已經證明了的,那她還又在假設會變形做什麽? 顯然,她在2014年發表論文前自己並沒有發表過人體葡萄糖載體從開口朝裏變成開口朝外的生化數據。

在此回答為顏寧洗地的關鍵一點:

就按你們介紹的“四個構象”她完成了三個的說法,說的就是還是沒有從開口朝裏到開口朝外的一個!沒有開口朝裏到開口朝外,就是關鍵所在。這是我一直追的啊。也就是這個才是她 published biochemical data 提供證明的地方。沒有開口從朝裏到朝外的證據,四個構象就等於二衝程發動機的活塞隻能走一個方向,活塞回不去,那發動機怎麽轉起來的??? 

你們胡攪蠻纏這麽久了,你們是邏輯思維問題還是高級黑???就等於是說:載體的工作模型最簡單的描述就是二衝程發動機,就算把它描述成四衝程發動機,你們明明清楚活塞回來的衝程沒有證據,其它衝程的任何證據再多都無法證明那是一個循環。你把發動機排氣門拿掉,發動機會轉動?沒有開口從朝裏到朝外的變形,那跟通道的區別又在哪裏? 

關鍵的就是她的論文沒有任何證明不論是人體葡萄糖載體還是細菌木糖載體開口從朝裏到朝外的變形數據或圖像,隻是提出根據 published biochemical data。可就是這最關鍵的地方,她竟然一筆帶過,不講誰發表的,在哪裏發表的,試驗是怎麽做出來的,是不是Yan/Maloney的探針+半胱氨酸掃描還是又有人發明了新方法。

幫她洗地的還需要注意:顏寧不是根據常識而提出人體葡萄糖工作模型的,原話是“published biochemical1 data”。“data”在科學領域是指具體的科學試驗數據,這跟常識不一樣。她要說是根據常識,那她的論文也是根據常識判斷,那毫無價值。多年根據常識判斷CFTR基因突變(白人第一大遺傳病)的CFTR就是開口朝裏朝外變形的載體。而活體載體的生化數據證明它是個通道,不是開口朝裏朝外變形。 

所以,顏寧論文說的是“生化數據”,就是用生化的方法得到的具體數據。幫他洗地的一直用什麽早就知道的常識,這是顏寧論文的高級黑啊。 

她以前的論文也沒有這兩個載體的任何一個從開口朝裏到朝外的試驗證據,這也是她在論文裏白紙黑字介紹了的。這是顏寧論文的最大的漏洞,她心裏一清二楚,要不你去問她:這兩個載體的開口從朝裏到朝外變形的證據在哪裏?你看她如何回答???她啞口無言!

她在圖5描述開口從朝裏變成朝外沒有證據,隻是猜測會發生。原文:predicted,就是假設會發生。 
幫她洗地的說她早就有證據,那就表明兩個可能:一個是顏寧明明有證據,圖5還說是假設,那她否定了她自己以前的證據;另一可能,她明明知道自己發表了證據,還說是假設會發生,就是撒謊。 撒謊是對自己有利才撒謊的。她不會傻到自己有證據了還說沒證據,還假設會發生。

所以,第一種否定自己以前的成就,可能性為零;對自己不利的撒謊,可能性接近於零。結論:她沒發表過開口朝裏變成朝外的證據。 

她給出的published biochemical data是她論文唯一的貢獻:證明開口朝裏變成朝外的證據。因為證明載體的工作機理與模型就是證明開口走一個循環:從朝裏到朝外、從朝外到朝裏,循環往複,就是載體。如果隻有一個方向,就是通道了。她的論文從來都沒證明過開口從朝裏變成朝外的證據。 

幫她洗地的無計可施,因為顏寧剽竊的實錘都是顏寧論文自己提供的。幫她洗地的就想用外行胡言亂語否定Yan/Maloney 的兩篇論文。這就需要大牛們把用Yan/Maloney的兩篇論文的方法發表的論文全部撤稿。更重要的是:否定了Yan/Maloney的論文就否定了顏寧的論文,因為顏寧論文裏唯一有價值證明人體葡萄糖載體開口從朝裏到朝外的證據來源於“發表了的生化數據”。而發表了的生化數據Glut1(華大的教授)也是根據Yan/Maloney 的兩篇論文的方法得到的。所以,外行的胡言亂語想否定我們的兩篇論文,那就等於否定了顏寧論文的唯一證據證明人體葡萄糖載體開口從朝裏變成朝外的證據。論文連剽竊後的價值都被否定了。