在檢方的調查中，陸續追出扁和其妻吳淑珍有貪瀆嫌疑的數案：
1）國務機要費案：檢方指控扁在二000年八月至二00六年九月前後十一次外交出訪時，將涉外部門每次提供的十萬美元的零用金扣下三萬美元供兒子陳致中留學使用。台灣地方法院一審宣判扁無期徒刑，並科兩億元罰金。高等法院二審改判扁有期徒刑二十年，並科一億七千萬元罰金。最高法院把貪汙部份改判無罪，高等法院又把洗錢部分改判有期徒刑兩年八個月，並科三百萬元罰金。
2）教唆偽證罪案：二0一0年八月，檢方認定吳淑珍教唆其子、女和女婿作偽證，將國務費私用發票說是公務支出。地方法院三審定讞判吳淑珍有期徒刑九個月。
3）洗錢案：對於《壹周刊》所稱的扁在二00六年九月出訪帕勞期間，通過空軍一號運到帕勞約十四億元，再分批匯至美國，涉及洗錢。特偵組宣布偵辦五年多後，查無實據，全案簽結。
4）南港展覽館案：力拓公司行賄吳淑珍九千一百八十一萬元而取得評選委員的名單，從而贏得南港展覽館近三十六億工程的投標。地方法院三審定讞：吳淑珍判有期徒刑九年，並科罰金兩千萬元。
5）陳敏薰案：二0一0年十一月，地方法院認定扁夫婦收受前台北一0一董事長陳敏薰一千萬元賄款，協助她爭取大華證券董事會董事一職。三審定讞：扁、吳淑珍各判刑八年，並科罰金五百萬元。同案涉及洗錢的部分，珍被判一年兩個月，後減刑為七個月。
6）龍潭購地案受賄部分：二0一0年十一月，地方法院認定扁夫婦收受台泥辜家三億，導致政府花七十六億購買龍潭一百公頃土地並納入科學園區。三審定讞，受賄部分：扁及吳淑珍各判刑十一年，並科一億五千萬元罰金；洗錢部分：扁、吳淑珍各處徒刑六年，並科罰金三百萬元。
7）二次金改案（第二次金融改革期間，扁夫婦被控收受元大證卷兩億元賄款，協助元大證卷並購複華金控）：二0一0年十一月，地方法院認為扁所涉及的二次金改弊案，其總統職權與金改無關，因此判決無罪。二0一一年十月，高院做出二審宣判，認為扁擔任總統期間與金改有關，因此改判扁十八年徒刑，並科一億八千萬元罰金；吳淑珍判十一年，科一億零二百萬元罰金。二0一二年十二月，最高法院也認為扁有罪，判處扁徒刑十年，並科罰金一億元；吳淑珍判刑八年，並科罰金八千萬元。
以上定讞的案件合並執行刑期，扁被判有期徒刑二十年，並科罰金兩億五千萬元；吳淑珍有期徒刑二十年，並科罰金兩億元；沒收兩人所有貪汙金額六億多元，執行罰金及追繳不法所得總計十億多元。
二0一0年十二月二日下午，已經在台北看守所羈押了七百三十四天的扁被囚車送往位於桃園龜山的台北監獄正式入獄服刑。
二0一一年二月，吳淑珍被改判刑十七年半，正式發監服刑。在台中培德醫院進行服刑評估時，院方認為吳身體狀況不適宜入監，責付其子陳致中帶回高雄住處。
二0一二年十月，美國弗吉尼亞（Virginia）州地方法院及紐約地方法院把扁家使用香港與瑞士的銀行帳戶、空殼公司及一間信托公司將貪汙所得購買位於弗吉尼亞州凱斯威克（Keswick）和紐約曼哈頓（Manhattan）的兩處房產沒收拍賣，拍賣所得約一百五十萬美元交還了台灣。美國助理司法部長布洛爾（L.Breuer）發表聲明指出，美國將盡一切手段鏟除外國官員的貪腐。美國移民暨海關執法局局長莫頓（J.Morton）也表示，將“繼續搜查並查封想利用我國隱藏非法收益和犯罪所得的外籍貪腐官員的資產。”
二00八年六月，扁控告連戰和宋楚瑜於二00四年總統大選敗選後發動“柔性政變”。最高法院認為扁所言並非“有所本”，判決扁敗訴定讞，並賠償連、宋兩人各一元，並需在《自由時報》、《中國時報》和《聯合報》刊登道歉啟事一天。
九月二十五日，特偵組在搜查扁的辦公室時，查扣四十四箱一千三百餘件資料，其中有大批敏感文件。隨後，特偵組再度搜查扁辦公室，查扣五十八箱共六百八十八件機密和非機密文件。
二0一二年五月，特偵組多次審訊了扁，並根據扁的前辦公室主任和扁辦專員供詞，認為扁有可能利用總統職務隱匿公文，非法侵占公物和違反國家機密保護法，於是起訴扁。特偵組發言人表示，由於全案屬國家機密，法院將以不公開方式審理。
扁聲稱，帶走資料的目的是為了撰寫回憶錄，並無不法。扁辦則聲明，公文都是在總統任內合法取得並持有的，法律無明文規定國家元首於卸任後必須繳回此類公文文書，而且卸任總統辦公室隸屬總統府，為公務機關，可以合法保存卸任總統於任內合法持有的公文文書。
二0一四年八月，特偵組以“查無具體犯罪事證，將全案簽結”。
二0一三年五月，民進黨召開全國黨代會，有人在會上提案，認為扁遭受司法迫害，希望民進黨主動恢複扁的黨籍，提案得到了兩百名黨代表的連署支持。因扁主動退出民進黨的五年之內不得重新申請入黨的期限已過，民進黨立法院黨團總召柯建銘為人在獄中的扁提出再入黨申請，交由民進黨入黨複審小組審查。八月，由組長管碧玲宣布，依多數表決原則，同意扁再度加入民進黨。
扁在二0一三年四月十九日被轉移至台中監獄附設培德醫院。據說扁的“花園式治療區”包括一間約三十平方米的臥室、一間活動室、一間私人衛生間和一個小花園。
從二00八年十一月十二日至二0一五年四月四日被羈押期間，扁先後被診斷患了前列腺肥大、前列腺發炎、尿道感染（導致尿道出口狹窄、解尿困難、尿滯留和暫時的急迫性尿失禁，一度漏尿情況嚴重，一天漏尿多達五、六次，並連續了一兩個月，吃藥無效，也找不到病因）、被迫害妄想症、重度憂鬱焦慮症、重度阻塞性睡眠呼吸中止症（每一小時內停止呼吸多達五十多次，每次超過十秒）、高血壓並微血管病變、血管老化以及疑似帕金森氏症、結巴性語言障礙及命名障礙（口吃、口齒不清），不可逆轉的腦萎縮（手部抖動及雙腳無力）等等。
扁兩次開刀以治療呼吸中止症，術後情況有所好轉。經過治療後，扁拔除了導尿管並能自行排尿，解尿困難症狀有所改善。至於精神係統的疾病，專家建議繼續定時用藥與配合精神科治療，並長期追蹤評估。
扁在羈押期間曾三度絕食抗議，另外據說有兩次企圖自殺。一次是在二0一二年四月十八日，扁在聽到法務部將把他移送到台中監獄附設培德醫院繼續監禁並治療的消息後，上吊自殺，被看護發現，救回一命。有人在探視扁時發現扁的右側脖子有一道呈紅色的痕跡。不過矯正署否認扁曾有自殺舉動。另一次是二0一三年六月二日晚間，扁到浴室洗澡，避開了浴室的監視器，以三條毛巾係在一起，企圖尋短。但因他發出幹嘔的聲響，引起了看護的注意，入內將他救下。
扁反複輾轉就醫於衛生署桃園醫院、台中培德獄屬醫院、台中榮民總醫院和台北榮民總醫院。在台北時，扁與其家屬曾希望轉到台北台灣基督長老教會辦的馬偕醫院治療，但始終不獲法務部的批準。法務部宣稱馬偕醫院有高級醫師向台北監獄表示，基於場所較為擁擠及考慮到其他病人的權益，希望不將該院列入扁轉院的選擇，而且該院的核磁共振設備“僅供研究使用，臨床經驗尚有不足”，所以法務部表示扁無法轉送馬偕醫院，而馬偕醫院發布新聞稿駁斥法務部的有關言論，馬偕醫院表示並沒有接獲台北監獄征詢有關扁就醫的問題，他們不會也不能拒絕任何病人的轉診。
二0一三年五月，美國聯邦眾議院外交委員會亞太小組主席、共和黨議員夏波（S.Chabot）和民主黨議員法雷歐馬維加（E.Faleomavaega）到培德醫院探視扁。隔天他們與當時的民進黨主席蘇貞昌會晤時表示親眼見到扁的健康狀況大不如前，談話過程中常有手抖和口吃的情形。他們說，扁的事件，或許不同黨派意見分歧，但扁在台灣民主自由上有一定的貢獻。他們訪台前曾拜會多位關心扁的美國參、眾議員，大家都希望扁在服刑期間獲得人道的照顧。
二0一四年六月，扁委托律師首度申請保外就醫。法務部認為他的病況不符保外醫治規定，因此駁回。
十二月，扁再次向法務部申請保外就醫，矯正署擴大的醫療鑒定小組達成了共識，建議準予扁所請。
二0一五年一月，政府核準扁臨時出獄保外就醫一個月，但禁止其從事政治活動。從此連續延期，直至今天。
二0一六年五月舉行蔡英文的總統就職典禮。按照慣例，蔡英文應該邀請前總統扁出席。不過，監獄當局表示，如扁前往觀禮，那就表示病情已改善，必須回監服刑。
十二月，扁女陳幸妤在台南的牙醫診所開幕，入監八年後的扁在監獄的同意下首次發表公開言論（隻能致詞、不得演說、不得評論政治），並讓女兒治療及保養牙齒。
二0一七年五月，扁受邀出席凱達格蘭基金會募款餐會，通過錄影致詞。
二0一九年十一月，扁受邀名列一邊一國行動黨二0二0年立法委員選舉不分區立委提名名單。不過在十二月，中央選舉委員會根據“公職人員選舉罷免法”第二十六條的規定認定扁不符合參選資格。
二0二0年一月，由於一邊一國行動黨得票率未超過百分之五，扁宣布退出政壇。
二0二一年一月，扁擔任“微微笑全國廣播網”勵誌節目“有夢最美”的主持人，節目每周播出一次。他在第一集節目中暢談兒時家境清寒，他在逆境中奮發向上的過程。
十二月，由於新修正的律師法規定，法務部吊銷了扁的律師證書。但扁認為法務部的作法有問題，提告要求恢複其律師證書。台北高等行政法院判定法務部的決定無違誤，判扁敗訴。
二0二三年五月，扁的兒子、高雄市議員陳致中因洗錢案遭判刑一年，扁為此高調前往蔡英文辦公室等多個當局機關請願。
二0二四年二月，扁出席台灣國史館為他編撰的《陳水扁總統訪談錄》新書發表會，呼籲台灣候任總統賴清德一定要看這套書，因為賴清德未來的處境和他當年雷同，同樣屬於少數執政，要克服朝小野大的難題。扁和賴清德的相似之處還包括鮮明的台獨色彩，因此都在兩岸關係的開展上屈居劣勢。
扁核準保外就醫，離開監獄至今已九年多。他曾參與各式各樣的公開活動，看不出有明顯的生病跡象。扁常常明知故犯，不斷違反台中監獄的“四不規定”，即不參與政治活動、不主持節目、不參加聚會和不輔選站台。
陳水扁時代的經濟
扁政府執政期間，台灣的人均所得逐年增長，但相較於李登輝時期，其增長幅度略為趨緩，二000年扁上任的第一年為一萬三千三百二十二美元，至二00七年其卸任前為一萬五千三百三十三美元。同期台灣的人均GDP從二000年的一萬四千九百零八美元增加到了一萬七千七百五十七美元。
在扁的八年裏，平均通膨率為百分之零點八九，而在同期，台灣薪資更加停滯不前，年增長率隻有百分之零點二，遠低於四小龍的其他三小龍（韓國百分之四點一五、新加坡百分之二點八和香港百分之零點九）。
扁政府上任初期延續前朝的南向政策，除繼續鼓勵台商投資東南亞國家之外，還就農漁業技術、醫療衛生、教育、科技與基礎建設方麵給予東南亞國家援助，並鎖定越南、泰國、菲律賓、緬甸、印尼以及馬來西亞為主要的合作對象。同時國際合作發展基金會也大量招募誌工前往海外服務，另辟民間外交的互動模式。南進政策在移工方麵也取得成效，二00二年簽署的“台泰勞工直接聘雇協定”全麵開放了泰勞來台，二00四年時與印尼簽署的“勞工備忘錄”解凍了印勞輸入，從而補足了產業結構升級後的勞力市場缺口。
在扁政府期間，高鐵工程於二000年動工，曆經六年的建設，在二00七年一月正式運營，改變了台灣往返南北的運輸方式，形成了“北高一日生活圈”，而曾經盛極一時的台北－高雄航線因高鐵通車而運量一落千丈，並最終於二0一二年走入曆史。
在二00一年，台灣麵臨所謂的“互聯網”泡沫，台灣的GDP實質增長率為百分之負一點二六，這是一九四九年民國遷台以來台灣的第一次負增長，導致失業率在二00二年達到曆史的最高峰百分之五點一七。不過以後幾年國際經濟景氣都不錯，所以在扁時期，台灣的平均GDP增長率達到了百分之四點八七。
二00三年，台灣受到薩斯疫情的衝擊，但對經濟發展的影響不大。
二00三年二月，在回顧近年在全球不景氣陰影的籠罩下時，扁表示，台灣經濟戰略就是深耕台灣，布局全球，他提出了四大優先，即投資優先、經濟優先、台灣優先和投資台灣優先。扁強調，目前政府積極投入整頓治安與掃除黑金、教育改革、促進就業、振興觀光和投資招商五項重要工作，希望在世界經濟複蘇的趨勢中，為台灣人民創造最大的利益。
扁政府的行政院在二00三年公布了“新十大建設”的國家整體建設計劃，預計耗費五年時間，投入約五千億元擴大公共建設，內容包括國際藝術及流行音樂中心、高雄港洲際貨櫃中心、第三波高速公路、海水淡化廠、台鐵捷運化等工程以及M台灣計劃（鋪設寬頻網路管線，打造全台無線上網）。該計劃截至二00八年五月扁卸任為止，執行完畢的項目有國道五號北宜段（雪山隧道）、國道六號霧峰－埔裏段、台江大道、台北捷運南港線、小南門線、小碧潭支線、板橋線和土城線、高雄捷運紅線、馬祖西莒海水淡化廠，以及鋪設寬頻網路管線、補助中低收入戶裝設衛星接收器等；扁任內開始動工、至卸任後才完工的項目有故宮南院、高雄捷運橘線、台鐵沙侖支線、內灣支線及汐止七堵高架化專案；其他台中大都會歌劇院、台中古根漢姆（Guggenheim）美術館和台灣博覽會或取消或改由地方政府實施。
繼新竹科學園區之後，扁政府的行政院於二00二年核定成立了中部科學工業園區，園區分布於台中市及雲林縣，協助友達光電等科技大廠擴建廠房，在動工一年後正式運營，並吸引了半導體、精密機械等產業進駐。行政院於二00七年又設立了中科管理局專責管理，同時陸續核定了虎尾園區、後裏園區等開發計劃。
二00六年三月，扁在總統府接見“台灣投資中國受害者”協會成員時說，中國不是民主法治的正常國家，貪汙腐敗非常嚴重，如果台灣經濟過度向中國傾斜，就會失去主體性，變成附庸。他表示，台灣要走出去才有未來，但並不是都走到中國，中國可以是台灣的市場，但絕對不是唯一的市場，也不是全部的、最後的市場。他提醒台商認清投資中國的風險，否則一旦“血本無歸或有三長兩短，屆時後悔已來不及”。
四.五 馬英九（一九五0年—）
馬英九的父母和兩個姐姐都是國民黨黨員，其大姐曾任國民黨中央委員和中央評議委員。馬的舅舅秦燦石是棉花育種專家，曾任大陸第七、八、九屆全國人大代表。
一九五二年，馬隨雙親從香港移居台灣。馬戲稱他是“大陸醞釀，台灣製造，香港出貨”（他的父母曾在一九四八年去台灣，在一九四九年底遷香港）。
一九六八年六月，馬考入台大法律係，同時加入國民黨並參加台中成功嶺大專軍訓班。在台大法律係學習期間，馬參加了保釣運動。他一貫主張釣魚島是中國領土。
一九七二年，馬大學畢業，隨即於十月入伍，分配至海軍服預官役，在海軍陸戰隊受三個月的基礎訓練後，馬任職海軍後勤司令部高雄左營基地少尉後勤軍官。
一九七四年八月，馬在服役一年十個月後退伍。同年，馬獲得國民黨中山獎學金赴美留學。
一九七七年，馬獲得紐約大學法學碩士學位，同年與法學碩士同學周美青結婚。
馬在獲得碩士學位後，曾短暫擔任過美國馬裏蘭（Maryland）大學法學院研究顧問、美國波士頓（Boston）第一銀行法律顧問和紐約華爾街（Wall Street）一家律師事務所的實習律師。
一九八一年，馬獲得哈佛大學法學博士學位。他的博士論文的題目是Trouble Over Oily Waters：Legal Problems of Seabed Boundaries and Foreign Investments in the East China Sea（《富油水域的麻煩—東海海床劃界與外國投資的法律難題》），一九八六年由台灣正中書局以《從新海洋法論釣魚台列嶼與東海劃界》為題出版。有人稱在馬的論文裏找出了一千多個大大小小的錯誤。後來馬又就釣魚台爭端寫過兩本書。
留美時期，馬參與成立了反共愛國聯盟，擔任美東區理事。他還擔任了《波士頓通訊》主編五年，曾撰寫專論、社論和雜文十餘萬字，批判中共和台獨，並搜集台獨人士資料，他屢次獲得國民黨海外工作會的獎勵。他撰寫的文章常為《中央日報》、《聯合報》、《新聞天地》和親國民黨的其他政論刊物及留學生刊物轉載。
一九八一年九月，馬返回台灣後，經外交部政務次長錢複的推薦，擔任了時任總統蔣經國的英語翻譯。蔣經國對馬非常欣賞，曾稱馬是“沒有缺陷的年輕人”。
一九八二年，馬擔任總統府第一局副局長兼政治大學法律研究所副教授。
一九八四年，馬出任國民黨中央黨部第三副秘書長，負責政黨外交工作，成為他父親馬鶴淩（時任國民黨台北市黨部副主任委員）的頂頭上司。
一九八八年，馬出任行政院研究發展考核委員會主委，兼行政院大陸工作會報（大陸委員會的前身）執行秘書。
一九八九年，馬獲得律師資格。
