方舟子發表在中國青年報後來又在很多中文網站轉載的《屠呦呦研究的青蒿素和中藥有多大關係?》，文章一開始就設立了一個偽命題：青蒿素是不是中藥。青蒿是中藥，青蒿素是從中藥青蒿提純的植物藥，當然不再算是中藥。這個命題的虛偽性不在於對問題本身的回答。在於其真實用意是否定青蒿素的發現受到中醫古方的啟發，否定中醫對發現青蒿素的原創性貢獻。
方是民言：『中醫所用的那種青蒿（又名香蒿）並不含青蒿素，已被證明對治療瘧疾無效。青蒿素是從與青蒿同屬的黃花蒿（又名臭蒿）提取的。中醫幾乎不用黃花蒿入藥，用的話也隻是用來“治小兒風寒驚熱”，從不用它治瘧疾。』
問題的關鍵是存在兩個命名係統中醫藥名與植物學分類名。此青蒿非彼青蒿。方舟子把中藥名與植物學名混為一談從而得出結論說中藥青蒿不是黃花蒿。事實上，中藥青蒿就是植物學上的黃花蒿（Artemisia annua L.），而不是植物學上的青蒿（Artemisia apiacea）。而植物學上的青蒿基本不被中醫使用。
我們從現代學術文獻開始追蹤中藥青蒿這個名字的脈絡。
中藥青蒿即黃花蒿（Artemisia annua L.），與分類學上的青蒿（Artemisia apiacea）同屬菊科（Asteraceae or Compositae）蒿屬（Artemisia），兩者均為一年生草本植物且形態上非常相似。
中藥青蒿的生理生化特征及其研究進展
http://d.wanfangdata.com.cn/periodical/yyyhjswxb200201019
藥用青蒿素是從中藥青蒿即菊科植物黃花 蒿的葉和花蕾(Artemisia annua L. ) 中分離獲得的。
青蒿入藥, 最早見之於馬王堆三號漢墓出土(公元前 168 年左右) 的帛書《五十二病方》, 其後在《神農本草經》,《大觀本草》及《本草綱目》等均有收錄。從曆代本草及方書醫籍的記載, 青蒿入藥治療瘧疾是經過長期的臨床實踐經驗所肯定的。1971 年以來, 中醫研究院青蒿素研究小組通過整理有關防治疾病的古代文獻和民間單驗方, 結合實踐經驗, 發現中藥青蒿乙醚提取的中性部分具有顯著的抗瘧作用。在此基礎上，於1972年從青蒿中分離出活性物質——青蒿素。
以上兩篇論文均為現代科學研究者手筆。關於中藥青蒿是不是黃花蒿的問題結論很清楚。從以下引用的文字也清楚表明，中醫界在青蒿的命名問題上也是把中藥青蒿等同於植物分類中的黃花蒿。
《中國藥典》:青蒿
【來源】 本品為菊科植物黃花蒿Artemisia annua L.的幹燥地上部分。
問題的核心在於，古代中藥典籍的“此青蒿”是“彼青蒿”還是黃花蒿？這裏我們遇到了一個頗有難度的挑戰，古代中醫藥物命名沒有現代植物學作為參照係。讓我們從最早的《神農本草》開始，查證作為中藥的青蒿在曆代藥典裏是一個什麽樣的概念。感謝互聯網技術，在一個“中醫世家”的網站上，可以很便捷地查到青蒿在曆代藥典中的記載。
http://www.zysj.com.cn/zhongyaocai/yaocai_q/qinghao.html
青蒿，《神農本草》稱草蒿。青蒿之名的來由在沈括的《夢溪筆談》（1086-1093）中有很合理的解釋：
青蒿一類，自有二種：一種黃色，一種青色。本草謂之青蒿，亦有所別也。陝西銀綏之間，蒿叢中時有一兩窠，迥然青色者，土人謂之青蒿。莖葉與常蒿一同，但常蒿色淡青，此蒿深青，如鬆檜之色。至深秋餘蒿並黃，此蒿猶青，其氣芬芳。恐古人所用，以深青者為勝。不然，諸蒿何嚐不青？
沈括的記載透露一個關鍵信息。古人認定的上品青蒿是色青且香的。青蒿之青是青得特別，深青如鬆檜而且至深秋依然青色不改。讀到這裏，就不難理解青蒿素的發現者為什麽明知青蒿素出自黃花蒿卻堅持用中藥青蒿的名字。這不僅僅是對曆史對文化的尊重，也是一種對大自然的敬意。
讀了從秦朝開始的《神農本草》直到清朝的《本草新編》中的青蒿條目，青蒿的形象就比較鮮明了。20多種古代中藥專著對青蒿的表述基本是一致的。青蒿通體青翠，形似茵陳而葉不泛白。至夏漸高五、六尺許，香氣可人。秋深開細淡黃花，花下結子如粟米。藥性苦寒，苦殺蟲而寒清熱也。為方便查閱，本文附錄匯集了九種中藥文獻對青蒿的記載。
問題是古籍中記載的中藥青蒿究竟是青蒿還是黃花蒿。從這些文獻記載中怎麽能得出線索呢？我們再來回顧一下方舟子的論點：
『青蒿素是從與青蒿同屬的黃花蒿（又名臭蒿）提取的。中醫幾乎不用黃花蒿入藥，用的話也隻是用來“治小兒風寒驚熱”，從不用它治瘧疾。』
方舟子斷定古代中醫幾乎不用黃花蒿入藥不是沒有根據的。查遍所有能找到的中藥古代文獻，入藥的幾乎都是“青蒿”，有青蒿出現的文獻中，根本就沒有黃花蒿的名字。唯一的例外的是《本草綱目》。李時珍對青蒿的描述與其他人是一樣的，不同的是他同時記載了“黃花蒿”。
黃花蒿
【釋名】臭蒿
時珍曰︰香蒿臭蒿通可名草蒿。此蒿與青蒿相似，但此蒿色綠帶淡黃，氣辛臭不可人家采以罨醬黃酒曲者是也。
【氣味】辛、苦，涼，無毒。
【主治】小兒風寒驚熱（時珍）。
《本草綱目》中記載的“黃花蒿”有點像青蒿，但是色澤黃綠氣味辛臭，是用來釀酒醃醬的。很明顯，方舟子的論點基本是照搬李時珍的。所謂黃花蒿是臭蒿，而青蒿是香蒿。古代中醫幾乎不用黃花蒿入藥，用的話也隻是用來“治小兒風寒驚熱”。正是李時珍這段話的拷貝。黃花蒿氣味辛臭，古代中醫用的青蒿都是香蒿，當然就不是黃花蒿。
但是方舟子錯了。黃花蒿的味道是香的，這也就是今天的中醫辨識上品青蒿藥物的重要標準。以《中華本草》記載為證。存疑者可以自行查證其他獨立來源的文獻資料。
青蒿
【來源】 藥材基源：為菊科植物黃花蒿的全草。
【性狀】莖圓柱形，上部多分枝，長30-80cm，直徑0.2-0.6cm，表麵黃綠色或棕黃色，具縱棱線；質略硬，易折斷，斷麵中部有髓。葉互生，暗綠色或棕綠色，卷縮，碎，完整者展平後為三回羽狀深裂，裂片及小裂片矩圓形或長橢圓形，兩麵被短毛。氣香特異，味微苦。以色綠、葉多、香氣濃者為佳。
不僅中國人知道青蒿是香的，西方的植物學家也知道中藥青蒿是香的。Artemisia annua ：A sweetly aromatic herb with small, yellow flower heads。西方人給他們的Artemisia annua 起了個nickname ——sweet wormwood，與中醫把青蒿稱為“香蒿”有異曲同工之妙。他們還知道中國人2000年前就用它治療發熱。並且從這種植物中提煉出了抗瘧藥青蒿素。香蒿中的香料甚至可以用來製作香水。
http://www.kew.org/science-conservation/plants-fungi/artemisia-annua-sweet-wormwood
黃花蒿是香的，而且可以治療瘧疾。李時珍為什麽搞顛倒了。其實李時珍並沒有錯。正如此青蒿非彼青蒿一樣，此黃花蒿非彼黃花蒿。問題還是出在兩個命名係統上。李時珍的黃花蒿非植物學命名的黃花蒿。植物學命名的黃花蒿也不可能是李時珍時代的自然延續。
生物學分類有7個等級，界門綱目科屬種。蒿是屬的名稱，而蒿的種以數百計。其中不乏介於不同種之間的亞種。尼羅河的後院就有不下三種蒿，有開白花的，也有開黃花的，味道有好聞的，也有刺鼻的。中醫入藥的青蒿根據記載都是開黃花的。但是開黃花的並不都是可以入藥的。入藥的青蒿在現代遺傳學的意義上肯定也不止一種。但是都有非常相似的外部特征，都開黃花，既青且香。
在中醫的傳承裏，書麵文獻是實踐活動的記錄也是行業標準。某種青蒿是否能夠入藥，最終決定取舍的是治療效果，有沒有具備經典要求的清熱殺蟲作用。而如何判斷真青蒿假青蒿，還是上品青蒿，在以經驗為主導的中醫實踐中都是如薪傳火心口相傳。所以沒有特定藥效的“青蒿”就被李時珍打入另冊，名之“黃花蒿”以示與正品青蒿的區別。
所以錯的是方舟子。一個失業十幾年的生物化學博士，沒有植物學或者中醫藥藥學的教育背景更不用說工作經曆，甚至正在逐漸喪失各學科通用的科學思辨力。錯不錯在他不懂，錯在既便是不懂也還要挖空心思抹黑中醫，更錯在既然下決心抹黑中醫又不肯下功夫查查黃花蒿到底是香的還是臭的。甚至不願動動他的大腦想想，既然中醫認為青蒿可以治療瘧疾，為什麽沒有人用李時珍說的“黃花蒿”去試試呢？如果此黃花蒿就是彼黃花蒿，豈不就可以把方舟子認為根本就不能治瘧疾的中藥青蒿廢棄而把李時珍的“黃花蒿”扶為正品嗎？
結論已經清楚地成形了。古代中藥文獻中隻有青蒿而沒有黃花蒿，正是因為黃花蒿本來就是中藥青蒿的主體成員，不排除在不同地區的中醫也使用與黃花蒿非常接近的其他蒿屬品種入藥。實際上，當青蒿素研究組開始從青蒿中尋找抗瘧藥物的時候，各地的中醫們用來治療瘧疾的青蒿有六個品種（附錄2）。這已經把目標鎖定在非常小的範圍，其中就有現代植物學命名的黃花蒿（Artemisia annua）。青蒿素來自黃花蒿，而黃花蒿是從中藥青蒿中確定的。中醫對發現青蒿素的原創性貢獻不可抹殺。這就是曆史的真相，也是曆史的公道。
附錄1：古代中藥文獻對青蒿的記載。
《神農本草》，我國現存最早之藥學著作。作者不詳，口傳至秦漢（200B.C.-200 A.D.）成書。
草蒿。味苦寒。主疥搔，痂癢，惡創，殺蟲，留熱在骨節間。明目。一名青蒿，一名方潰。生川澤。
《本草圖經》蘇頌 宋 公元960-1279年
草蒿，即青蒿也。生華陰川澤，今處處有之。春生苗，葉極細，嫩時人亦取雜諸香菜食之，至夏高三、五尺；秋後開細淡黃花，花下便結子，如粟米大，八、九月間采子，陰幹。根、莖、子、葉並入藥用，幹者炙作飲香，尤佳。青蒿亦名方潰。凡使子勿使葉，使根勿使莖，四者若同，反以成疾。得童子小便浸之良。治骨蒸熱勞為最，古方多單用者。葛氏治金刃初傷，取生青蒿，搗，傅上，以帛裹創，血止即愈。崔元亮《海上方》，療骨蒸鬼氣，取童子小便五大鬥，澄過，青蒿五鬥，八、九月采帶子者最好，細銼，二物相和，內好大釜中，以猛火煎取三大鬥，去滓，淨洗釜令幹，再瀉汁，安釜中，以微火煎可二大鬥，即取豬膽十枚相和，煎一大鬥半，除火，待冷，以新瓷器盛，每欲服時，取甘草二、三兩，熟炙，搗末，以煎和搗一千杵為丸。空腹，粥飲下二十丸，漸增至三十丸止。
《本草綱目》李時珍 明 公元 1578 年
青蒿「釋名」草高、方潰、牽、狽蒿、香蒿。「氣味」（吐、莖、根、子）苦、寒、無毒。「主治」1、癆病。2、虛勞盜汗，煩熱口幹。3、瘧疾寒熱。4、溫瘧（隻熱不冷，痰多）。5、赤白痢。6、酒痔便血。7、刀傷。8、牙齒腫痛。9、耳出膿汁。10、鼻中息肉。
黃花蒿
【釋名】臭蒿
【集解】大明曰︰臭蒿一名草蒿。
時珍曰︰香蒿臭蒿通可名草蒿。此蒿與青蒿相似，但此蒿色綠帶淡黃，氣辛臭不可人家采以罨醬黃酒曲者是也。
葉
【氣味】辛、苦，涼，無毒。
【主治】小兒風寒驚熱（時珍）。
子
【氣味】辛，涼，無毒。
【主治】治勞，下氣開胃，止盜汗及邪氣鬼毒（大明）。
《本草乘雅半偈》盧之頤 明 公元1368-1644年
青蒿【主治】主疥瘙痂癢惡瘡，殺虱，治留熱在骨節間，明目。【核】曰∶生華陰川澤，所在有之。得春最早，望春便發。莖如指肥，葉極纖細，色並青翠，似茵陳蒿而背不白。至夏漸高五、六尺許，秋深開細淡黃花，花下結子如粟米，莖柔韌，根白硬，苗葉花實，並芬芳特勝，功力亦相若也。筆談雲∶青蒿一類，自有二種∶一黃色，一青色。青者入藥，即本經所指青蒿，亦有所別。陝西銀綏間，見青蒿叢中，時有一兩窠，迥然特青如鬆檜，翠碧可觀。至秋餘蒿轉黃，此蒿翠碧更倍，古人取深青者為勝，恐即此蒿，獨得蒿力之專精者也。
《滇南本草》蘭茂 明 公元1396-1476年
青蒿，形似蒿。開黃花，生子如粟米大。氣味苦，性寒。無毒。主治疥癩痂癢惡瘡，殺虱，治留熱在骨節間，明目，婦人血腹內滿，及冷熱久痢。秋冬用子，春夏用苗。補中益氣，輕身補勞，駐顏色，毛發令黑不老。亦治瘧疾，止金瘡痛。
《馮氏錦囊秘錄》馮楚瞻 清 公元1644-1911年
青蒿，即草蒿，係神曲中所用者。入童便熬膏，退骨蒸勞熱，生搗爛絞汁，卻心痛熱黃息肉腫癰；燒灰淋濃湯，點泄痢鬼氣∶研末調米飲吞，愈風疹疥瘙。止虛煩盜汗，開胃明目，辟邪殺蟲，善理血虛有熱，專除鬼疰傳屍。
《本草崇原》張誌聰 高世栻 清 公元1674年
青蒿: 氣味苦寒，無毒。主治疥瘙痂癢惡瘡，殺虱，治留熱在骨節間，明目。（《綱目》誤注下品，今改正。）
（青蒿處處有之，春生苗葉極細可食。至夏高四五尺，秋後開細淡黃花頗香，結實如麻子．凡蒿葉皆淡青，此蒿獨深青，如鬆檜之色，深秋餘蒿並黃，此蒿猶青，其氣芬芳，其根白色，春夏用苗葉，秋冬用子根。寇氏曰∶青蒿得春最早。）
青蒿春生苗葉，色青根白，氣味苦寒，蓋受金水之精，而得春生之氣。主治疥瘙痂癢惡瘡者，氣味苦寒，苦殺蟲而寒清熱也。又曰∶殺虱者，言不但治疥瘙，而且殺虱也。又曰∶治留熱在骨節間者，主不但治痂癢惡瘡，且治留熱在骨節間也。稟金水之精，得春生之氣，故明目。
《本草新編》陳士鐸 清 公元1644-1911年
青蒿，味苦，氣寒，無毒。入胃、肝、心、腎四經。專解骨蒸勞熱，尤能瀉暑熱之火，愈風瘙癢，止虛煩盜汗，開胃，安心痛，明目辟邪，養脾氣，此藥最佳。
或疑青蒿至賤，而吾子譽之如神，真所謂臭腐而出神奇矣。顧青蒿何嚐臭腐哉。以青蒿為臭者，薄之辭也。餘嚐行田野間，往往有一種□氣親人，不見之，知氣從青蒿中出，是青蒿氣香，非臭也。且其氣能辟蠅虱，凡案間有青蒿，蠅不集也，夫蠅逐腐，畏青蒿而不集，其非腐可知。惜其叢生至多，人皆賤之，倘或為鮮產之物，吾不知若何珍之矣。青蒿實有至補之功，以臭腐輕之惜矣。
附錄2：[DOC] 青蒿素: 人類抗瘧之路的重要裏程碑
