擁有"滿蒙第一美女"之譽的大玉兒，與姑姑哲哲一樣出身自蒙古科爾沁旗，她的姑姑是太宗皇太極之正福晉。大玉兒與皇太極異母之弟多爾袞青梅竹馬，終身暗許，卻被皇太極納為側妃。多爾袞與皇太極結下"占位、逼母、奪愛"之仇。皇太極稱帝，國號大清。正福晉哲哲被立為清寧宮皇後，大玉兒被封為永福宮莊妃。皇太極很愛大玉兒，但當他得知大玉兒仍然心係多爾袞時，對她不禁愛恨交織。
大玉兒的親姊姊海蘭珠新寡，偶為皇太極看上，一見鍾情，封為關雎宮宸妃，寵擅專房。宸妃懷孕，生子夭折，兩天後大玉兒卻生下九阿哥福臨。宸妃恨妒，對親妹妹大玉兒極盡迫害，卻不料紅顏薄命，香消玉殞。皇太極心痛如搗，狂吐鮮血，失去理智，竟遷怒大玉兒，大玉兒含淚默默忍受。兩年後，皇太極暈昡中風，突然駕崩，未曾留下遺言，帝位爭奪戰勢不可免。睿親王多爾袞與皇太極長子肅親王豪格爭位不下，彼此陳兵示威，恐將造成八旗互相殘殺。崇政殿上，多爾袞卻突然獨排眾議，堅決擁立大玉兒（後稱孝莊）的七歲兒子福臨為帝！
李自成入京，崇禎已自縊煤山。吳三桂衝冠一怒為紅顏，引多爾袞率軍入關，在一片石大敗李自成，定鼎燕京。孝莊的忠心侍婢蘇茉爾，擔心多爾袞精銳兵力在手，恐將在京稱帝，孝莊卻相信多爾袞。多爾袞心中確有掙紮，但最後仍信守承諾，迎福臨入京即位。孝莊聞聽萬分欣慰，決心拚死保護自己的兒子、保護大清的前途。
多爾袞對孝莊情深依舊，孝莊卻為了大清基業與兒子的未來，對他若即若離，以柔情拴住他稱帝的野心。兩人彼此相愛渴望，卻又彼此暗鬥提防！而多爾袞與逐漸長大的順治也產生了政見上、情緒上的尖銳對立，孝莊夾在兩人之間，苦心設謀調停。權力與愛情的煎熬終使多爾袞英年早逝，孝莊雖鬆了口氣，卻也無比痛心難過。
順治感情豐富，天資聰穎，性格固執，具有高度的理想性，亟欲實現自己"滿漢一體，共享太平"的治國理念，但卻引來了滿州親貴們的激烈對抗，這讓孝莊傷透腦筋。而當年與順治爭帝失敗的博果爾之母貴太妃，暗中結合對於順治不滿的滿蒙親貴，跟順治作對甚至密謀廢立。順治與董鄂妃的百死無悔的愛情，造成滿蒙親貴的仇視、博果爾的死亡，也更激化了反派勢力的仇恨與行動，但都為孝莊一一化解，而無辜的董鄂妃及其幼子、好友，都成了犧牲品。
順治對董鄂妃情比金堅。子殤妃死之後，順治更鬱鬱終日，了無生趣，並萌生出家為僧的念頭，尚來不及實行，便在貴太妃"同歸於盡"的心態下，染天花病逝。
孝莊覺得這半生已經太倦了！她的丈夫、情人、愛子，都為情而狂、為情而死。她不懂，人說男子多薄幸，為什麽努爾哈赤這脈子孫，卻出了三個情癡，又與她關係如此密切。愛情、親情、權力…的重重糾葛，已經使她心力交瘁了！可是，回首這半生的委屈辛苦，無不是為了大清江山，她必須振作起來，不能萬念俱灰，不能功虧一匱！孝莊勉力振作，依湯若望之密議，立順治之子玄燁為帝，年號康熙。孝莊決心好好撫養這位少年天子成為明君，以彌補她對兒子的遺憾，為大清朝開創盛世！
