佳苑思辨錄
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正文
對方舟子《批評中醫》之批評（十四）
“五行的相生相克最初來源於對木、火、土、金、水五者屬性的觀察，木生火┄┄火生土┄┄土生金┄┄金生水┄┄水生木┄┄木克土┄┄土克水┄┄水克火┄┄火克金┄┄金克木┄┄這種觀察當然是非常原始、粗陋的，根本經不起推敲（水銀金屬還是屬水？很多金屬和非金屬元素都能夠燃燒，豈非金生火、土生火？）把宇宙萬物的變化都歸為這五者的相生相克，就更為牽強附會了，例如，為了能與五行對應，硬是把四季改成了五季（加了一個長夏），而五色┄┄也與現代三原色的說法不符合。在人體中，與五行相對應的有五髒┄┄五腑┄┄五官┄┄五體┄┄五誌┄┄五液┄┄五聲。為了湊成五個，中醫本來說的六腑隻好舍去一個（三焦），七情也隻好舍去兩個（憂、驚）。即使湊成了五個，要與五行相配，也是隨意指定的。例如，為什麽肝屬木？說是肝之性喜舒展而主升，故歸於木。但是肝又何以有這樣的性情呢？又是因為它屬於木┄┄這不成了循環論證嗎？要在這些牽強附會的歸屬中說清楚其相生相克的關係，就更難辦了，於是必須做出變通，五行的相生相克關係不是固定的，任何一行都受到其他四行的不同影響，任何一行又可以不同的方式影響到其他四行，相克關係能夠發生轉變，相生相克變成相對的了，例如金能生水，水亦能助金，土生金，金亦能助土，除了相生相克，還有相乘相侮：一方強過一方或一方過虛，過度的克變成了乘，相反的克變成了侮。這樣一來，五髒、五腑┄┄的各種關係的可能組合都能在相生相克相乘相侮中找到對應關係，似乎什麽都能解釋了，然而實際上還是等於什麽也沒有解釋。” 我說方舟子不懂中國哲學，沒有冤枉他，這是例證之三。
中國古代哲學的五行學說既是關於世界萬事萬物如何存在的學說，又為人們提供一種推理的模型。世界上的萬事萬物之間和其內部存在著多種多樣的關係或聯係，這些關係有的是普遍存在的，有的隻是特別地存在於一些事物內部或其間。存在於萬事萬物內部或其間的那些普遍存在的關係如果相對穩定，則就成其為事物的存在模型或模式。首先這些普遍存在的關係是客觀存在的，對這些普遍存在的關係的研究和認識，一直是人類認識史的任務之一，所以無論中西，在其哲學的發展史上，都無一例外地要討論這樣的問題；其次，如果能認識到那些較為穩定的普遍關係，即客觀存在的模型，則這些模型對人們的認識和實踐都能提供很大的便利和幫助，所以在古代中國，模型的思維方式比較多見而普遍，像五行學說，周易哲學等都或多或少就是模型的思維方式的體現，而現代科學各學科也紛紛用建模來處理其所麵臨的具體問題，雖然這已經與古代的模型思維方式有了天壤之別，但追根溯源，在它們之間還是有內在一致性的。
五行學說就是中國古人依據感性世界中五種最常見的五種物質及其之間的常見關係而抽象出來的關於世界萬事萬物及其之間的存在關係和模型的哲學學說。這種學說，固然具有一般哲學教科書所說的有些牽強附會，但考慮到其產生於非理性盛行的社會曆史背景之下，它是人類最初用理性考察世界萬事萬物之客觀模型的思維形式，其成功和失誤都足為後來者鑒，其曆史的進步意義是不可否定的；而且，中醫學在運用這個模式時，雖然也不可避免的受到其牽強附會的影響，但中醫學在運用其於臨床實踐時，還是具體情況具體分析的。例如，《傷寒論》中見肝之病，當先實脾的論斷，並不純粹是五行推論的結果，而同時也是臨床中肝病大多同時見到脾受到影響而病的情況，因為與五行理論相符，才作為一個重大原則提出來。且這條原則，雖然在臨床中對其他髒腑的疾病關係有啟示作用，但並沒有因此而提出關於其他髒腑的成為臨床醫師必須遵循的相應的原則。再如，在針灸治療中，五輸穴與五行相匹配，其治療原則虛則補其母，實則瀉其子等，都可能因其是在較多臨床實踐經驗的基礎上總結而形成的，所以在臨床上其療效還是可靠的。方舟子把後世哲學教科書中對五行學說的批評性評價直接引申到對中醫學的批評，而完全不顧五行學說本有的積極因素，而對中醫學在這方麵說得一無是處，我由此得出他既不懂中國古代哲學，更加不懂中醫學在運用五行學說時所作的盡量使之與實際相適應的努力。
對方舟子《批評中醫》之批評（十五）
“所謂的氣、陰陽、五行都是非常模糊、抽象的概念，並非客觀具體的事物或現象，無法界定和證明。然而，它們又是無所不在，時刻發生變化，並囊括了各種可能的關係，它無所不能，無所不包，可以根據需要對一切事物和現象做出解釋，可以用於診斷、醫治任何已知和未知的疾病，因此在中醫中沒有未明之病，不治之症，如果醫生沒有把病治好，也隻是他的醫術不高明，或你命該如此（所謂治病不治命），而不是中醫理論本身的問題。” 這段話體現了方舟子的哲學思辨水平。
第一，方舟子說氣、陰陽、五行是模糊的概念，並且責怪它們不是客觀具體的事物或現象，還責怪它們無處不在，無所不包，無所不能。我的疑惑是，概念不會模糊，概念作為我們表達對事物的認識的形式，其情形是：要麽是我們對事物的認識還不足夠，沒有形成概念，要麽就是我們對事物的認識已經足夠，概念形成，表明我們對該事物的認識已經完成，告一段落。概念一旦形成，它就是清楚明白的，怎麽會是非常模糊的？我們可能有關於模糊的概念，我們可以有模糊的印象，但我們絕沒有模糊的概念；模糊的概念，就是沒有概念，表明階段性的認識尚未完成，階段性的認識還沒有完成，何來概念？
第二，既然氣、陰陽、五行是概念，方舟子怎麽會埋怨它們不是客觀的具體事物或現象？他不知道概念隻是我們認識的表達形式？這種形式隻能依附於特定的物質如紙墨才能客觀存在，成為客觀現象，否則它就隻能存在於我們的思維過程之中而不能為他人所覺察；奇怪的是，方舟子竟然還看到了這些概念的無處不在，無所不能，就算是這些概念依附了某些特定的物質存在了，這些特定的物質也不可能無處不在呀？概念除了表達人類認識的能力外，它們本身沒有任何能力，怎麽會無所不能呢？可見方舟子語無倫次！
第三，方舟子把中醫師們沒能治好某種具體的疾病的多種情況歸結為中醫理論本身有問題這一種情況，是他肆無忌憚到不講邏輯還是他本身就不會講邏輯？我不得而知。我知道，至少，中醫師沒能治好某種具體的疾病，可能是他本人沒有掌握好治療這種疾病的中醫理論，也可能是中醫理論本身有問題，這兩種情況都是有可能的。即便是運用現代醫學來治病，這兩種可能性也是存在的，要麽是醫師沒有掌握好已有的理論，要麽是已有的理論不適用於所診治的疾病，難道方舟子不知道？
對方舟子《批評中醫》之批評（十六）
“中醫作為一個辨證的玄學係統，表麵上盡善盡美，總體上無法加以否證（不排除對特例的否證），也就缺乏自我改善的能力。” 對方舟子而言，仿佛一個自稱從思想方法論高度懂中醫的人指出中醫是一個辨證玄學體係就足夠了。 所謂辯證，即辯證法，是指用普遍聯係、運動、變化和發展的觀點來看待世界是怎樣的哲學觀點；認為世界上的萬事萬物之間是普遍聯係的，聯係的實質就是事物之間的相互影響、相互作用和相互依存；認為事物之間的聯係構成事物的運動和變化（包括位置移動、量的增加和要素的改變），因而事物處於永恒的運動和變化之中，運動和變化導致事物的發展；認為發展是一事物向另一事物的轉化，不是量的持續增加，而是事物原有運動、變化的中斷，是質變，是新事物的產生；認為事物的普遍聯係、運動變化和發展的根本原有在與事物內部的和事物之間的對立統一。辯證法是自哲學以產生就被哲學家們普遍承認的哲學真理，縱使在那些反對辯證法的哲學家那裏，我們也不可避免的發他們使用辯證法方法論的痕跡；這不足為怪，因為辯證法與反辯證法同時存在，是辯證法本身的題中應有之義；如果隻有辯證法哲學家，而沒有反辯證法哲學家，則反而不符合辯證法了。
所謂玄學又是指什麽呢？“玄，幽遠也。黑而有赤色者為玄。像幽，而人覆之也。” 玄字的意思不過是在人看起來不甚清楚的黑赤之色而已。玄學，當發源於《老子》第一章：“無，名天地之始；有，名萬物之母。故常無，欲以觀其妙；常有，欲以觀其徼。此二者，同出而異名，同謂之玄。玄之又玄，眾妙之門。” 我解釋一下這段話：宇宙、萬事萬物都是從無到有的，因而用無來概括宇宙和萬事萬物的開始；宇宙、萬事萬物都是被產生出來的，因而用有來概括能產生宇宙和萬事萬物的生產者。所以，無的概念是用來考察宇宙與萬事萬物那不能被感知的無形的根本的，有的概念是用來考察宇宙和萬事萬物的能被感知的有形的狀像的。無形的根本和有形的狀像是同一宇宙和萬事萬物的不同的兩個方麵，把這兩個方麵統一起來考察，就叫做玄。能從無形的根本中看到其中還有無形的根本和有形的狀像，能從有形的狀像中還能看到其中還有有形的狀像和無形的根本，就把握了理解宇宙和萬事萬物的鑰匙或者說根本。在老子這裏，玄的實質就是以對立統一看待宇宙、萬事萬物的理論與方法。當然，在中國哲學史上有魏晉玄學，因其以所謂三玄之書《周易》、《老子》、《莊子》為其思想材料來源而形成了獨具風格風貌的適應其時代哲學而被名，這與中醫學關係不大，故不在這討論了。
綜上述，辯證法或玄學，不過是哲學的一種方法論。它本來是一個中性詞，甚至還有些褒義，但方舟子似乎把它當做了一個貶義詞來評價中醫學。如果說中醫學使用了辯證法和玄學方法是可以的，但方舟子說中醫是辯證玄學體係顯然是不對的。既然中醫學與辯證法和玄學方法的具體關係沒有被方舟子指出來，他說他從方法論的高度把握了中醫就還是一句空話。 中醫學從來就沒有說自己是盡善盡美的理論，雖然盡善盡美可能是它追求的終極目標。中醫界確實有“言不可治者，未得其術也”的話，但這是從哲學上可知論角度說的，而不是從自己的治病能力角度上說的。一個人除非有精神病，否則不會狂妄如此：我能治好天下所有的疾病！方舟子是不懂哲學上可知論這個角度呢？還是他本人本來就有這麽狂妄？他自己知道！
對方舟子《批評中醫》之批評（十七）
“兩千年前的中醫是這個水平，兩千年後的中醫還是這個水平。” 兩千年前的中醫水平與兩千年後的中醫水平等同？開什麽玩笑！我不知道方舟子是怎樣得出這個結論的，我隻知道，中醫學到今天，是一個不斷形成和發展的過程。僅其形成過程就經曆了從中華民族文明的起始之點到夏殷商三代到春秋戰國到秦到漢，其著作從《黃帝內經》到《神農本草經》到《傷寒雜病論》，其傑出代表人物經曆了從扁鵲到淳於意到涪翁到張仲景到華佗才得以形成其包括醫學基本理論原則、係統藥物學成就、辨證施治原則、針灸治療學和運動醫學在內的完整的醫學體係。其後的發展，更是根深葉茂、果實累累，難以盡道。
在晉隋唐五代時期，中醫學迅速成長。在病因學、診斷學方麵的進展取得了王叔和的《脈經》、巢元方的《諸病源候論》等成就；在藥物學方麵取得了陶弘景的《本草經集注》、唐朝政府頒布的《新修本草》、陳藏器的《本草拾遺》、孟詵的《食療本草》、李日旬的《海藥本草》、魏伯陽的《周易參同契》、陶弘景的《合丹法式》、雷敩的《雷公炮炙論》等成就；在臨證醫學方麵取得了葛洪《肘後方》、孫思邈的《千金方》和《千金翼方》、王濤的《外台秘要》、皇甫謐的《針灸甲乙經》、龔慶宣的《劉涓子鬼遺方》、藺道人的《仙受理傷續斷秘方》、昝殷的《經校產寶》、無名氏的《囟顱經》等成就。 對方舟子《批評中醫》之批評（十八） 到宋元時期，中醫學各科繼續進步並出現學說爭鳴。在古代醫籍的整理與研究方麵取得了王冰注《黃帝內經素問》、醫官禹錫、林億、高保衡、孫兆等收集整理考證校勘《素問》、《傷寒論》、《金匱要略》、《金匱玉函經》、《脈經》、《針灸甲乙經》、《諸病源候論》、《千金方》、《千金翼方》、《外台秘要》等，韓祇和的《傷寒微旨論》、龐安時的《傷寒總病論》、朱肱的《傷寒類證活人書》、成無己的《注解傷寒論》等成就；在方書的編著和發展方麵取得了具有官方性質的《太平聖惠方》、《聖濟總錄》、《太平惠民和劑局方》和許叔微的《本事方》、張銳的《雞峰普濟方》、嚴用和的《濟生方》、朱丹溪的《局方發揮》、危亦林的《世醫得效方》等成就；在藥物學方麵取得了劉翰等奉朝廷之命編著《開寶重定本草》、禹錫等奉朝廷之命編著《嘉佑補注神農本草經》、蘇頌編輯《本草圖經》、唐慎微編著《經史證類備急本草》、艾晟的《大觀經史證類備急本草》、宋朝政府的《政和經史證類備急本草》、《紹興校定經史證類備急本草》、寇宗奭的《本草衍義》、忽思慧的《飲膳正要》等成就；在醫學各科方麵取得了陳言的《三因極一病證方論》、崔嘉彥的《脈訣》、滑壽的《診家樞要》、施發的《察病指南》、杜本的《敖氏驗舌法》、《敖氏傷寒金鏡錄》、吳簡的《五髒圖》、楊介的《存真圖》、李杲的《脾胃論》、朱丹溪的《儒門事親》、葛可久的《十藥神書》、陳自明的《外科精要》、《婦人大全良方》、李迅的《集驗背疽方》、齊德之的《外科精義》、朱瑞章的《衛生家寶產科備要》、錢乙的《小兒藥證直訣》、董汲的《小兒斑疹備急方論》、陳文忠的《小兒痘疹方論》、劉昉的《幼幼新書》、無名氏的《小兒衛生總微論方》、王惟一的《銅人腧穴針灸圖經》、聞人年的《備急灸法》、王執中的《針灸資生經》、滑伯仁的《十四經發揮》、忽太必烈的《金蘭循經》、和凝父子的《疑獄集》、無名氏的《內恕錄》、鄭克的《折獄龜鑒》、桂萬榮的《棠陰比事》、無名氏之《檢驗格目》、《檢驗正背人形圖》、宋慈《洗冤錄》等成就；在學術爭鳴方麵取得了劉完素的寒涼派、張從正的攻下派、李杲的補土派和朱震亨的養陰派等成就。
對方舟子《批評中醫》之批評（十九）
到明清時期，中醫學的發展出現了新的趨勢。在藥物學方麵取得了李時珍的《本草綱目》、趙學敏的《本草綱目拾遺》、《患雅》、吳浚的《植物名實圖考》、汪昂的《本草備要》、吳儀洛的《本草從新》、盧複重新輯成《神農本草經》、繆希雍的《本草經疏》、《炮製大法》、張璐的《本經逢源》、張誌聰、高世栻的《本草崇原》、鄒樹的《本經疏證》、張文學的《炮製藥法》、朱棣《救荒本草》、鮑山的《野菜博錄》等成就；在學術進展方麵，取得了以吳有性的《瘟疫論》、葉天士的《溫熱論》、吳瑭的《溫病條辨》、王世雄的《溫熱經緯》等為標誌形成的成熟的溫病學說的成就；在醫學各科方麵取得了薛己的《內科摘要》、《外科樞要》、《癘瘍機要》、《正體類要》、《口齒類要》、虞傳的《醫學正傳》、王綸的《明醫雜著》、尤在涇的《金匱翼》、林佩琴的《類證治裁》、王清任的《醫林改錯》、陳實功的《外科正宗》、 王惟德的《外科全生集》、高秉鈞的《瘍科心得集》、沈之問的《解圍元藪》、陳司成的《黴瘡秘錄》、王肯堂的《瘍科準繩》、《女科證治準繩》、武之望的《濟陰綱目》、傅山的《傅青主女科》、萬全的《萬密齋醫書十種》、陳複正的《幼幼集成》、龔雲林的《小兒推拿秘旨》、熊運英的《推拿廣義》、倪維德的《原機啟微》、傅仁宇的《審視瑤函》、托名孫思邈的《銀海精微》、鄭梅澗的《重樓玉鑰》、楊繼淵的《針灸大成》、高武的《針灸聚英》、郭右陶的《痧脹玉衡》等成就；在醫藉整理和醫學著述方麵取得了馬蒔的《黃帝內經素問靈樞注證發微》、張隱庵的《黃帝內經素問靈樞集注》、張景嶽的《景嶽全書》、李中梓的《內經知要》、汪昂的《素問靈樞類纂約注》、張世賢的《圖注八十一難經》、徐靈胎的《難經經釋》、方有執的《傷寒論條辨》、喻嘉言的《尚論篇》、柯韻伯的《傷寒來蘇集》、尤在涇的《傷寒貫珠集》、《金匱心典》、吳謙等的《醫宗金鑒》、陳修園的《金匱要略箋注》、黃元禦的《金匱懸解》、徐春甫的《古今醫統大全》、清朝廷編著的《古今圖書集成醫部全錄》、王肯堂的《古今醫統正脈全書》、汪機的《汪石山醫書》、徐靈胎的《徐靈胎醫書八種》、沈金傲的《沈氏尊生書》、江瓖的《名醫類案》、魏之琇的《續名醫類案》、《柳州醫話》、尤在涇的《靜香樓醫案》、葉天士的《臨證指南醫案》、徐靈胎的《洄溪醫案》、黃承昊的《折肱醫案》、汪昂的《本草易讀》、《湯頭歌訣》、程鍾齡的《醫學心悟》、陳修園的《醫學三字經》、《醫學實在易》等成就。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十）
自1840年以後到1949年以前，中醫學的步入到了應對受到西方文化和現代科學醫學衝擊的發展時期。在醫學文獻的研究和整理方麵取得了呂震名的《傷寒尋源》、丁鬆生的《當歸草堂醫學叢書》、周學海的《周氏醫學叢書》、何廉臣的《全國名醫驗案類編》、柳寶治的《柳選四家醫案》、陸定圃的《冷廬醫話》等成就；在臨證醫學方麵取得了費柏雄的《醫醇賸義》、馬培之的《外科傳薪集》、王洪緒等的《外科全生集》、吳尚先的《理論文》、潘霨的《女科要略》、張振的《厘正按摩要術》、澹安的《中國針灸治療學》、夏春農的《疫喉淺論》、陳國篤的《眼科六要》、唐容川的《血證論》等成就；在中藥方劑方麵取得了顧觀光的《神農本草經》、曹炳章的《增訂偽藥條辨》、丁福保的《中藥淺說》、鮑相璈的《驗方新編》、費柏雄的《醫方論》等成就；在溝通中西醫學方麵取得了唐容川的《中西匯通醫經精義》、朱沛文的《華洋髒腑圖像合纂》、鄆鐵樵的《群經見智錄》、張錫純的《醫學衷中參西錄》、阮其的《本草經新注》、蔡陸仙的《中國醫藥匯海》等成就。 請寬恕我在此羅列了這麽多的作者和著作之名，並非是為了湊數，而是實在我們不能遺漏他們，不能忘記他們，無法忽略他們。他們一方麵是作者們本身辛勤勞作的智慧結晶，另一方麵則更重要的是他們在內容上：第一，為中醫學的發展添磚加瓦，或多或少有其曆史新貢獻；第二，是中醫學發展史上的路標、裏程碑和不可磨滅的曆史客觀足跡；第三，是前人留給我們的豐富而寶貴的曆史遺產，是中醫學的曆史價值、文化價值和科學價值的客觀載體。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十一）
綜上中醫學發展史可以看出：《黃帝內經》和《難經》的作者們尚在各自零散地為中國醫學應當在什麽理論原則，什麽方法基礎的框架下成立、存在和發展而苦苦尋覓，經過漫長的總結和積累，終於到漢代匯聚形成了一個潛在的具有內在一致性的整體理論基礎，而且這個基礎因為沒有被明確地總結為一個顯在自洽的在邏輯形式（盡管髒腑、經絡學說都在細節上都已經通過獨立的篇章基本形成了），因而在事實上它們必然成為後世中醫學的理論形成的資料來源，以曆代不斷注解《黃帝內經》的形式表現出來。 《神農本草經》標誌中醫學與《黃帝內經》所確立的醫學方法論精神一致的藥物學的形成，成為中醫藥物本草學長河的源頭，曆經曆代本草學的增補進益，到李時珍的《本草綱目》達到其高峰，其後仍然還在發展。漢代張仲景《傷寒雜病論》出，集診斷、辨證和方藥於一身，標誌與《黃帝內經》所確立的醫學方法論精神一致的中醫臨床學的出現；後來經唐、宋、金、元、明、清數代無數中醫臨床家和理論家們的卓越貢獻，在增補、思辨和爭鳴的過程中得以形成了現在我們見到的包括內、外、婦、兒、骨傷、針灸等臨床各科在內的醫學體係。其中，與《黃帝內經》所確立的醫學方法論精神一致的診斷學，以四診合參的形式表現出來，既有理論特色，又有全麵搜尋有利於診斷疾病的客觀信息的追求，其內容通過曆史的長河而越來越豐富、其知識越來越精準；中醫學典型的辨證方法的發展過程，從漢代的六經辨證到明代才明確總結出來的八綱辨證，再到清代的衛氣營血辨證和三焦辨證，再到中華人民共和國時期的髒腑辨證和氣血津液辨證被明確表述，向我們表明，中醫辨證學的發展，凝聚了曆代實的醫療實踐經驗和曆代中醫學理論研究的精華於其內，並非一蹴而就；其他如中藥方劑學的發展，中醫臨床各科的發展，都經曆了一個從萌芽到形成到成熟再不斷發展的過程，稍微讀點中醫學曆史的人，就能有目共睹之。 總之，中醫學的發展，在曆史上既有伴隨長年實踐經驗積累的漸進過程，也有新理論出現時的突飛猛進過程，二者交替出現，既有其自身發展的內在邏輯，又與曆史機遇之時俱進。更為甚者，是中醫學自身的相承，在經曆戰亂所致文獻遺失或傳承中斷的情況下，通過曆代文獻整理和考據，才得以一脈緒延，也說明中醫學是在經曆了艱難曲折的發展才得以有現代的成就和成績的。隻有對中醫學發展的曆史一無所知或是視而不見的人，才可能說出方舟子所說的兩千年前的水平如此，兩千年後的水平依然如此的話來。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十二）
“為了保證檢驗的客觀性，┄┄科學方法特別強調可重複性和可測量性。┄┄心法，頓悟，內視反觀等等就純粹是個人的主觀體驗，當然是不可獨立地重複和測量的。┄┄中醫強調因時、因地、因人製宜，又強調一切都處於恒動之中，實際上避免了可重複性的檢驗。” 完整地說，中醫的認識方法包括主觀的生命體驗、客觀的感性觀察、理性的直覺升華和實踐的經驗驗證諸多方麵，方舟子隻是單純地攻擊中醫的主觀體驗方麵而不是把它放在整體中醫認識方法中來評價它是不公正的。 不錯，為了保證檢驗的客觀性，固然需要強調可重複性和可測量性。但並非不可重複檢驗的知識和不可測量的知識就是非客觀性的知識。絕對的可重複性是不存在的，在實驗條件下的可重複性也隻是一種追求實現理想狀態的相對手段，換言之，實驗條件下的可重複檢驗仍然具有相對性。至於可測量性也一樣，我們的知識對象並非總是是可測量的，即便是可測量的，也可能因測量起來非常困難而放棄測量，也可能因我們永遠無法達到滿足測量的條件而放棄測量，還可能因為測量意義不大而不去測量。可重複性和可測量性並非是保證檢驗的客觀性的必要條件，隻是充分條件而已。中醫的經驗檢驗存在於臨床實踐之中，當它的那些成功的理論命題被臨床實踐反複證明了的時候，我們難道還不能認為這些命題具有客觀知識的內容嗎？ 心法，頓悟，內視反觀等等是我們在抽象思維過程中可能出現的主觀體驗，但並不就純粹是個人的主觀體驗，同時也是客觀地發生的過程。悟，也即心法、反觀，可以是非理性的，但也可以是理性的，而且是理性的抽象思維的一個必然環節。人們可以批判非理性的悟，但卻必須肯定理性的悟。科學史上的諸多發明創造，都與悟這一環節緊密聯係在一起，可以說，沒有悟，就沒有發明創造。悟或頓悟，在理性的抽象思維中實質上就是理性直觀，是理性思考經過大量的積累後而突然出現的質的飛躍，是在量的階段上所表現出來的連續推理的中斷，而在思維中直接把握思考對象的思維現象。所以中醫承認悟在學習中醫和臨床實踐中的重要性，並不能成為方舟子批評中醫的理由。因為悟或頓悟是理性思維的環節之一，而且往往是創造性理性思維的環節之一，如果這成為批評中醫學的理由，也就應當成為批評其他一切學科乃至現代科學的理由！
對方舟子《批評中醫》之批評（二十三）
“中醫┄┄使用模糊的描述和比喻。例如對脈相的描述，稱革脈如按鼓皮、澀脈如輕刀割竹、滑脈如盤走珠、弦脈如按琴弦、緊脈如牽繩轉索等等，隻是訴諸於醫生的主觀感受和想象，不同的醫生可以有不同的判斷，┄┄有利於隨意解釋，也為理論的失敗準備了退路。” 中醫的描述是否模糊，方舟子沒有提供具體例子，也就沒有具體所指，且不說它。使用比喻，就可以隨意解釋？就是為理論失敗準備退路？在我看來，中醫使用比喻，是訴諸於生活經驗，讓生活經驗來確定其描述所指，按鼓皮、輕刀割竹、盤中走珠、按琴弦、按牽繩轉索，這些都是具有可重複性的活動，雖然你對這些活動的感覺經驗在不同時候會有一定程度的不同，但大體上還是確定的和相對相同的，因而不可能能夠隨意解釋，更勿論能為理論的失敗提供退路了。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十四）
“《黃帝內經》、《傷寒論》、《金匱要略》等古代文獻是中醫學生必讀、必背、必信的至高無上的經典，是他們診斷、處方的依據，中醫的論文往往隻是對這些經典的闡明、驗證。” 由於中國自孔子以來，文化的教育形式主要采取了私塾的形式，沒有現代學校教育的方式，所以學習經典，注釋經典成了中國文化學習和傳承的特色方式。中國古代的一般文化的學習和傳承如此，中國古代科學的學習傳承也是如此，如儒學、農學和醫學的學習和傳承都是如此。但是經典可能是必讀物，但絕不是必背、必信之物，至少對中醫的學習是如此。 在教育不發達的過去，能較好地學到經典裏已有的中醫知識的中醫生本來就不多，所以經典在一般人們的眼裏自然是地位就很高，但這絕不意味著中醫學就用經典來固步自封；另一方麵因為《傷寒雜病論》的臨床價值很高，即便是數千年後的今天，隻要判斷正確，中醫師們仍然可以依樣畫葫蘆或稍加變通地使用它去治療許多的常見病和亞健康狀態，而且如鼓應桴，療效確定，所以經典高地位不僅不足為怪，而且也不值得任何人去指責。 況且，在現代的中醫教育中，早已經不是通過經典來學習中醫了，經過幾代人的努力，中醫教材已經改了又改到第七版或是更多（請原諒我沒去查準這個版次），現在的中醫學生，完全可以通過隻學習中醫教科書就可以走向臨床，上個世紀的部分工農兵學員就已經如此。隻不過，現在的具有較高文化水平的中醫師們，更願意去讀讀經典，以提高自己的醫療水平，以使自己在麵對千變萬化的疾病時更有原創力。這可能不是僅僅滿足於教科書學習的方舟子所能理解的，因為就我所知，即便是西方的自然科學博士們，為了使自己的研究更具創造性，他們也會到原著中而不是到教科書中去尋找啟迪的。 至於方舟子之必信之說，純屬無稽之談，經典是供我們理解的。理性與信仰是對立的，中醫是中國古代醫家們理性思考的結晶，怎麽會變成要求後世行醫者的信仰之物呢？《黃帝內經》中確是有“拘於鬼神者，不可與言至德。惡於針石者，不可與言至巧。病不許治者，病必不治，治之無功矣” 之類的說法，但這裏顯然的意思是在非理性盛行的時代，如果病人不相信理性的醫學思考，就不會接受中醫的治療，及結果是其病必然不會被巫術或迷信手段所治好。誰知方舟子卻斷章取義如此，嗚呼哀哉。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十五）
“科學研究的是普適的自然規律，┄┄不具有民族、文化屬性。” 方舟子說科學不具有民族和文化屬性，是沒有經過思考的。首先，科學研究作為一種行為，固然不同的民族都有人在進行，但這些進行科學研究的不同民族的人們，其行為都必然打上其所屬民族的文化、風俗、習慣的烙印，不能絕對地說科學沒有民族性；其次，科學就其內容而言，是沒有民族性的，但其隻能通過一定的民族的文字表現出來，因而其表現形式就有民族性；第三，科學本身就是人類文化之一種，怎麽會沒有文化性？看起來，方舟子對什麽是文化並不知道（再強調一下，文化有廣義和狹義之分，廣義文化是人類在文明過程中所獲得的一切積極有意義的精神成果和物質成果及其這個過程本身的總和，狹義的文化是指以語言文字形式存在或以某種特定物質形式存在的積極有意義的精神成果）。同樣，中醫學，是中華民族的原創醫學，其研究方式和表現形式都不可避免的打上了中華民族的烙印，體現了所謂的民族性和文化性；但就其內容而言，沒有民族性。中華民族的人得腎陽虛證，可用金匱腎氣丸治療，白種人也會得腎陽虛證，也可用金匱腎氣丸治療，阿拉伯人同樣可得腎陽虛證，同樣可用金匱腎氣丸治療。由於中醫是用漢語文字表達出來的醫學內容，因而漢語會成為其他民族的人們理解中醫的障礙，就像英語一旦被我們掌握，我們就可以掌握現代西方科學一樣，漢語一旦被非漢語民族的人掌握，中醫也可以為他們所理解和掌握。用不同民族語言表達出來的科學之間的交流障礙來自於語言的屬性，而不來自於其文化屬性。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十六）
“後世中醫家為了避免中醫對五髒六腑的功能描述與解剖生理學不符的尷尬，聲稱五髒六腑都隻是抽象符號” 後世醫家把中醫理論的五髒六腑理解為抽象符號，不是為了避免與現代解剖生理不符合的尷尬，而是通過與之對比，才真正理解到了中醫學關於五髒六腑的概念的實質。方舟子提出這種責難，說明他對中醫學的方法論甚至沒有基本的概念，對中國古代哲學的方法論特點也沒有基本的了解，然而，他卻說他從方法論的高度把握了中醫學。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十七）
下麵看看中國古代哲學的方法論特點。中國古代哲學的方法論的特點就是其自然哲學之陰陽哲學和五行哲學所表現出來的特點：
1.以象表意，即用感性事物之表象表達抽象概念。陰陽概念，首先就是感性概念。我們知道，陰陽最初是用來表達事物存在於陽光之中時所表現出來的光度差別的向陽麵與背陽麵這一現象的。但是由於這一現象有如下對立統一的特性：（1）向陽麵與背陽麵相互對立、界線分明，即陰陽相互對立；（2）向陽麵與背陽麵相互連結在一起，無法分離而獨立開來，即陰陽互根、相互依存、相互統一；（3）向陽麵與背陽麵在其自身不動的條件下，會隨著時間的推移而相互過渡轉化，即陰陽相互轉化。上述三個特性使得陰陽概念表達了哲學上的對立麵統一的經典內容，因而陰陽概念一轉而成為了抽象的哲學概念。五行概念也是如此。五行概念之木、火、土、金、水，本事日常生活中的事物，木即是草木之屬，火是草木燃燒時的現象，土是泥土，金是銅鐵之類，水為露水、河水、井水、海水等，但是五行概念之木、火、土、金、水則是指構成世界萬事萬物的五種元素的抽象概念，這五種元素分別是從木、火、土、金、水所具有的屬性中概括出來的。 可以看出，陰陽、五行（木火土金水）等概念一方麵是其所指示的感性事物的概念，另一方麵又是其所指示的感性事物所具有的屬性的概念。這種表達方法事實上是中國古代哲學和漢語語言中的一種普遍的方法，用具體事物表達抽象概念的具體方法具有方法論的意義。我們知道，中國古人很少給概念下精確定義，大部分都隻是解釋性的下定義，其原因大概正在於此。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十八）
2.象意歸類，即用象及其所表達意作為分類標準對認識對象進行歸類概括。在有了關於事事物物的概念之後，為了便於把握紛繁多樣的事事物物，中國古人習慣於將之劃分為不同的大類，以簡馭繁。歸類是形成概念的思維過程的自然延伸，因為任何一個簡單的有關事物的概念，都是該事物所屬之類的所有事物的概念，也就是說，簡單的概念即本身就是一類事物的歸屬。在此基礎上，再把具有某種共同屬性的不同事物的概念劃歸為更大的類別，這就是歸類概括。歸類概括所依據的共同屬性，首先當是客觀本有的，其次是為被歸類概括對象所共有，否則，歸類概括就會無效或犯錯。如果所依據歸類的共同屬性足夠大或是足夠普遍，那麽其歸類概括所得之抽象概念就具有範疇的意義，陰陽和五行都就是這樣的範疇。不管是概念，還是範疇，作為人類認識之網的網上扭結，在其所概括的範圍內，對思維而言，都具有方法論的意義，雖然其適用範圍不同。 凡是具有向陽麵屬性的事物便可歸類為陽，凡是具有向陰麵屬性的事物即可歸類為陰。例如，因向陽麵往往在向上或在上的，因而在上的或向上的事物就會被劃分到陽性事物的類別中去；相反，向陰麵往往是向下或在下的，因而在下的或向下的事物就會被劃分到陰性事物的類別中去；如果具體事物是多種屬性的複合體，那麽就要在思考中權衡其陰、陽屬性孰輕孰重來決定其歸類，如果很難衡量，就可能要在實踐中通過約定俗成來決定。
《尚書•洪範》“五行：一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土爰稼穡。潤下作鹹，炎上作苦，曲直作酸，從革作辛，稼穡作甘。” 五行之木、火、土、金、水諸概念在中國古代哲學思維中，從其最通常的使用角度看，最初就是歸類範疇。如，木性曲直，因樹、木、藤、草，有的長得通直，有的長得彎曲之故；木性通風，因林木應風而搖、風動而響之故；木性條達，因草木生長向陽伸展之故；等等，凡是具有上述木性的事物，就都可歸屬到木類，在實現思想交流方麵卻效率較低。在這種表達的交流中，隻有當表達者和接收者在信息上對稱時交流才會是充分的，否則，在表達者和接收者之間就會有或多或少的信息丟失和信息失真。這種表達方式給表達者提供了巨大方便，可以言簡而意賅；但對接收者而言，卻會困難重重，如果接收者的信息庫裏的信息少於理解表達者所需要的信息，那麽接收者將麵臨信息丟失或失真的結果。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十九）
3.有限建模，即在眾多的可能性範疇及範疇關係組成的模型中選擇一個或幾個典型作為模型思維。相同抽象水平的範疇與範疇之間可能的關係共同組成一個思維模型，範疇是這個模型的網上扭結，範疇之間的關係則是這個模型的連結網上扭結的網線。這個模型可以是二維的，也可以是三維的。這種模型可以成為人們認識和把握這個模型的範疇所標識的事物和現象的邏輯工具。經典的說，中國古代哲學有兩個這樣的模型，一個是陰陽模型，另一個是五行模型。陰陽作為範疇，具有最大的普遍性，陰陽為萬事萬物無所逃之對立統一的對立麵，而陰陽之間的對立統一辯證關係則是構築陰陽思維模型的基本關係；五行之木、火、土、金、水為構成萬事萬物的基本元素範疇，也是最普遍的事物與現象，五行之間的生（助益）、克（製約）、乘（製約太過）、侮（反製約）關係也是構築五行思維模型的基本關係。所以這兩個模型都具有普遍的方法論意義。
陰陽模型，從原理上說，可以有許多，但在中國哲學史上，具體實現了的卻隻有太極模型、八卦模型、六十四卦模型和太玄模型。太極模型是最簡單的一單元量的陰陽模型，八卦模型是三單元量的依特定的卦序而構建的陰陽模型，六十四卦模型是六單元量的依特定的卦序而構建的陰陽模型，太玄模型是漢代楊雄的九單元量的依特定卦序而構建的陰陽模型。八卦模型、六十四卦模型和太玄模型都過於複雜，本文不去具體分析，我在這裏詳細分析一下太極模型。
對太極模型的分析，可以通過結合陰陽魚圖和圍棋遊戲的分析來實現。陰陽魚所表達的思維邏輯如下：陰陽相互對立而統一；一單元的陰與一單元的陽共同組成一個整體，這個整體可以是個體事物也可以是個體事物內部的組成部分；陰、陽相互依存、相互過渡、相互轉化並且消長有序；陰中必有陽，陽中必有陰，孤立的陰或陽是不存在的。相似地，我覺得圍棋遊戲也表達了如下的思維邏輯：陰陽相互對立而統一；陰、陽對等呈現；對等呈現的陰陽運動在平麵上的表現必然為方形；陰陽自由呈現，沒有方向與距離的限製；陰或陽各自在運動中會形成有利於其自身的特定穩定結構，這些穩定結構形成模型內部的小模型；陰或陽獨立存在的依據是包含其對立麵於其自身之中，同樣，被包含於對立麵內部的對立麵也不能是孤立存在的陰或陽，而當是多陰或多陽。對應於上述思維邏輯，所以圍棋的棋盤為方形，布子時雙方機會對等，布子地方自由，依據定式布子有利，兩個氣眼成活等。一單元陰陽模型，實質上是定性模型，因而可以很方便的運用；八卦、六十四卦和八十一卦模型屬多單元陰陽模型，是定性且定量的模型，運用起來比較困難，或者說中國古代乃至至今，我們並沒有找到使用陰陽多量模型的有效方法，所以後者基本上是落於空泛。
五行模型是以木、火、土、金、水五個範疇為支點，以五行範疇之間在現實生活中可能出現的生、克、乘、侮關係為紐帶而構建起來的推理模型。五行模型也是一個定性模型，是一個比陰陽定性模型更為具體的模型，因為其範疇和範疇關係直接來源於日常生活中的五大要素，因而其運用比起陰陽模型更為方便、更為容易，所以中國古代對自然界的認識多以之為邏輯工具。 問題是，這種模型推理有沒有合理性和科學性？模型推理有兩個要素，一個是範疇，一個是範疇之間的關係。模型推理的合理性和可能性存在於範疇的真實性和範疇間關係的普遍性大小之中；範疇本身的抽象程度越高，其普遍性越大，其推理的可靠性和必然性就越大。利用範疇和其關係推理思維過程中是經常的，康德對十二範疇的邏輯分析，就包含了對這種推理的合理性的哲學論證。康德的十二範疇及其關係是範疇及其關係的最高理論形態，因而是模型推理的最高表現和最後依據。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十）
模型推理的全部合理性在與其範疇本身的正確性與否和其範疇關係的真實性和全麵性及其與實踐本身的一致性。這種推理圍繞實踐進行，在開始可為實踐提供指南，在實踐中既由實踐檢驗其正確性與否，又由實踐不斷修正其進程，到最後由不斷積累起來的實踐經驗來穩定和鞏固有效的模型。 雖然陰陽之間的辯證關係可以說是必然關係，而且是放之四海而皆準的普遍真理，但是，五行說所揭示的生、克、乘、侮關係是一種事實關係而非必然性關係。它在現實世界裏以偶然的現象表現出來，所以中醫在用生、克、乘、侮關係來解釋生理病理現象時，也具有偶然性或不確定性，這實際上正是解釋的條件性的反映。如，在一定條件下，木與土的關係是克；在另一條件下，則木與土的關係是乘；在特別的條件下，土也會反過來侮木。這種關係的變化，從邏輯上說，並沒有不合理性；在現實世界裏，這種關係的變化，也是實際存在的。而且，理論上的解釋的不確定性，並不妨礙實踐上的確定性。中醫在辨證施治過程中，證同則治相同，證異則治異；病異而證同則治同，病同而證異則治異。這表現出來的不是不確定性，而是恰恰相反，是一種可以把握的確定性，隻不過確定的標準是證而不是現代醫學的病罷了。與現代醫學以病為標準的做法相比，兩者不過是在不同的標準下各自追求確定性而已，不能說一個是確定的，而另一個是不確定的，是任意的。
作為符號係統，五行具有合理性，陰陽、八卦、六十四卦則具有必然性，但這種合理性和必然性還是抽象的合理性和必然性，如果不與具體事物現象相聯係，這種合理性和必然性沒有具體內容，是一種意義空泛的合理性和必然性，隻有當其與具體事物或現象的過程相關聯時，才獲得其實際內容，成為一種可理解的因而才具有現實意義的合理性和必然性。表麵上看，好像符號的抽象合理性和必然性是人們說明和解釋具體事物和現象進程的合理性或必然性的依據，但實際的認識過程恰恰相反，人們隻有通過具體事物和現象在進程中所表現出來的合理性和必然性來理解和解釋抽象符號的合理性與必然性，來理解和解釋這種合理性和必然性的意義，這應當是我們理解中國古代模型思維符號的基本立足點。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十一）
下麵在看看中醫學是怎樣運用中國古代哲學的方法論建構其自身的。在我看來，中醫學在兩個層麵上運用中國古代哲學方法論。 一方麵，中醫學像其他所有古代學科一樣，一般地運用中國古代哲學方法論。如：用事物自身的原因來解釋事物的理性方法，使中醫學從產生之日起就告別了迷信和巫術而與之有了清晰的界限；運用陰陽五行的一般原理，對醫學對象采取了樸素辨證唯物主義的研究立場，用對立麵統一的、整體論的和人與自然環境統一的觀點看待人的生理與病理、健康與疾病和治療，為中醫學成為醫學科學奠定正確的基礎；用臨床實踐來檢驗並不斷修正中醫學的理論結論和實踐方法，確定了中醫學為臨床實踐服務並隨臨床實踐的發展而發展的發展道路和方向。 另一方麵則直接運用和模擬運用中國古代哲學中的模型思維方法，具體構建中醫學理論。直接運用陰陽學說，使之貫穿於中醫學術理論體係的各個方麵，以之說明人體組織結構、生理功能、疾病發生發展規律並指導臨床診斷和治療；直接運用五行學說，用事物屬性的五行分類方法和其間的生、克、乘、侮關係具體解釋人體生理、病理現象以指導臨床診斷與治療；模擬運用中國古代哲學中的陰陽五行思維模型，創建了以髒腑經絡學說為核心，以病因病機學說和診斷學說為橋梁，以辨證施治為落腳點的獨具模型思維特色的宏觀醫學體係。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十二）
上麵說到，中醫學“直接運用和模擬運用中國古代哲學中的模型思維方法，具體構建中醫學理論”，展開說明如下：
1.中醫學對陰陽、五行模型的直接應用。
陰陽學說是對立統一學說，或辯證法學說的漢語原創性表述，其內容基本上是既全麵又正確的，且對立麵統一是具有必然性的，因而將其應用於醫學領域，並無不妥。陰陽概念，作為對立麵統一的代名詞，比對立麵統一多一點具體屬性。對立麵統一的對立麵，雖然兩者對立，但對立麵本身卻是一個中性概念；陰陽概念則非如此，陰、陽分別是對立的兩極，是極性概念。陰、陽分別固有所指：如天為陽，地為陰；火為陽，水為陰；動為陽，靜為陰；功能為陽，形體為陰等。雖然陰陽的具體所指千差萬別、各有特征，似乎沒有標準；但實則內有定數。事物和現象的陰陽屬性是客觀存在。當千差萬別的具體事物為陽時，則都有一種與陽性內在一致的某種屬性；當千差萬別的另些具體事物為陰時，則都有一種與陰性內在一致的某種屬性。“陰陽者，數之可十，推之可百；數之可千，推之可萬。萬之大不可勝數，然其要一也。” 中醫學把人體組織器官、係統結構、生理功能、病理變化和診斷治療的各種事物和現象都按照凡是活動的、外在的、上升的、溫熱的、明亮的、功能的或機能亢進的屬於陰和凡是沉靜的、內在的、下降的、寒冷的、晦暗、物質的或機能衰減的屬於陽的標準予以陰陽的劃分，以為直接運用陰陽學說奠定基礎。在此基礎上，中醫以陰之間陽的對立統一關係來說明人體生理、病理、藥物和診治等現象，如：用陰陽的鬥爭來說明生命的健康現象是“陰平陽秘”，生命的疾病現象是“陽盛則陰病，陰盛則陽病”；用陰陽的依存互根來說明機體的功能與組織結構之間的關係是“陰在內，陽之守；陽在外，陰之使”，說明死亡現象為“陰陽離決”之“孤陰”或“獨陽”；用陰陽的消長轉化來說明疾病的發展過程為“重陰必陽，重陽必陰”、“寒極生熱，熱極生寒”等。 從總體上看，中醫學對陰陽的直接運用具體如下：人體組織結構及其關係雖然複雜，但都可用陰陽來概括，曰“人生有形，不離陰陽” ；人體生理功能用陰陽加以概括，就是“陰平陽秘，精神乃治；陰陽離決，精氣乃絕” ；人體的病理變化用陰陽來說明，就是陰陽失去平衡、出現偏盛偏衰的結果，逃不出“陰陽失調”、“陰陽兩虛”、“陰盛則寒，陽盛則熱”、“陽虛則寒，陰虛則熱”之類；在診斷上，以陰症陽症統領所有症狀和體征、以陰證和陽證統領所有的證型，所謂“善診者，察色按脈，先別陰陽” ；在藥物學上用陰陽來概括其性味和功能，以寒涼、慈潤的藥物為陰，以溫熱、燥烈的藥物屬陽，以酸、苦、鹹為陰，以辛、甘、淡屬陽，以斂降作用為陰，以升散作用屬陽等；在治療上，“謹察陰陽所在而調之，以平為期” ，平衡陰陽為基本原則，即所謂“陽病治陰，陰病治陽”、“壯水之主，以製陽光；益火之源，以消陰翳”，根據病情之陰陽偏盛、偏衰，結合藥物的陰陽屬性和作用，選擇相應的藥物，從而達到治療目的。 在五行學說中，中國古人把相互資生、相互製約，同時處於不斷運動、變化的木火土金水五種物質的屬性加以抽象推演，以說明整個物質世界。既然五行學說被用來說明整個物質世界，也就必然會被用做醫學說明，所以中醫學是直接應用了五行學說的。
這種直接應用主要表現在：首先是對人體髒腑組織和外界環境的事事物物按五行的抽象特性進行劃分歸類，為之配匹五行屬性；其次是以五行之生克乘侮關係來說明人體髒腑組織及其與外界環境的事事物物之間的關係，以作醫學解釋之用。需要注意的是，五行概念本身就帶有太多的感性痕跡，抽象程度不足夠，五行之間的生克乘侮關係並非必然性關係，而且對事物的五行歸類也不是從邏輯上必然得出，所以，對五行學說的直接醫學運用會使中醫學經常麵臨尷尬。 但即便是這樣，中醫學對五行學說的直接運用還是有積極意義的。因為：第一，運用五行學說，是訴諸於理性（盡管五行學說因其自身的缺陷而也能被非理性的使用），這是中醫學與訴諸於非理性的迷信或巫術的差別之一。第二，五行的說明方式在其適當的適用範圍內使用，應當還是正確的，盡管我們對這個範圍的邊界還沒有可行的知識。第三，不斷的實踐檢驗修正會使對五行說明方式的使用回到其適當的範圍之內；應當說，這個範圍的邊界，從五行學說一被創立之時，就已經被跨越，且在理論上也未被說明，所以後世對之超邊界的使用，產生了許多穿鑿附會；這種穿鑿附會必然導致實踐上的失敗，然而當在其邊界之內適用時，又可導致實踐上的成功，因而，實踐檢驗修正成為適用五行說明方式的重要環節。第四，實踐環節的需要，使得中醫學對五行學說的直接運用以對之的模擬運用為基礎，為什麽？下麵先看看中醫學對陰陽五行理論的模擬運用再說。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十三）
2.中醫學對陰陽、五行模型的模擬應用
中醫學模擬運用陰陽、五行模型是指中醫學應用中國古代哲學中通過陰陽、五行學說而表現出來的以象達意、象意歸類和有限建模的方法來構建中醫學的理論體係，其結果是中醫學的理論體係表現為由一係列的相互關聯的理論模塊構成，每一個理論模塊都相當於一個理論模型。這些理論模型有髒腑學說、經絡學說、病因病機學說、診法理論、辨證理論、藥物的四氣五味說、方劑之八法理論和在此基礎上而形成的各科臨床理論等等。下麵以髒腑學說、經絡學說、四氣五味說和辨證說為例來展開說明。
（1）髒腑學說 首先，以象達意，象是人體組織器官，意是人體各種生理病理現象的依據和根源。髒腑學說的核心之象，是五髒、六腑和奇恒之腑，它們分別包括心、肝、脾、肺、腎，膽、胃、大腸、小腸、膀胱、三焦，腦、髓、骨、脈、膽、女子包；還包括一些輔助說明之象：精、氣、血、津、液、皮、肉、筋、鼻、口、舌、目、耳、前陰和後陰等。這些象，一方麵是我們可感知的象，即人體的組織和器官；另一方麵又是達意之像，即從其組織器官所具有的主要功能之中抽象概括出來的範疇。第二，這些範疇形成之後，轉而成為對人體全部生理和病理現象歸類劃分的標準，例如，把所有與血脈有關的生理病理現象都歸心所主（掌控），所有的精神活動都歸屬於心（所謂“心藏神”）。第三，這些範疇之間自一形成就存在相互關係，這些關係，有的明顯而易被認識（如肝藏血），有些則潛隱而難被認識（如心與小腸相表裏），但它們都是範疇之間可能的邏輯橋梁；利用這些關係，人們便可用這些範疇進行推理說明人體的生理病理機製，從而形成了一個可供具體說明生理病理現象的推理模型。中醫學的達意之象的形成，以中國古代粗糙的解剖觀察為基礎，象意歸類和範疇間的關係則從綜合解剖觀察、生命體驗、臨床觀察和治療經驗升華等而得到；當解剖觀察、生命體驗、臨床觀察和治療經驗在邏輯上內在一致時，相應的具體的中醫學理論原則或觀點就會出現。需要說明的是，中醫的髒腑學說古人稱之為藏象學說，藏者藏之於內，指內髒；象者象之於外，指症狀、體征等外在現象；外在的症狀與生命體征總會有其內在的髒腑依據，這是對藏象學說的診斷學解釋，與上文所說的以象達意也不矛盾。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十四）
（2）經絡學說 經絡學說的象是人體的聯絡組織，古代看到的估計是血管、筋等組織，包括現代所說神經、血管、淋巴等組織，其意則是運行全身氣血、聯絡髒腑肢節、溝通上下內外、調節體內各部分的通路。經絡在實質上是一個觀念的通路係統，是對人體整體有機統一的形象表達，是通過對整體有機統一人體深入考察的思想或理論結果。這個係統具有如下特性：第一，以神經、血管、淋巴網絡為基礎；第二，與髒腑學說相適應；第三，有其自身的規律；第四，這個規律應當在體表有反應，這些反應既是經絡自身的體現，又是相關生理、病理的反應點，因而也是診斷點和治療點；第五，臨床刺灸經驗與這個觀念係統統一。 經絡學說的範疇是十四經及其腧穴。這裏的範疇歸類縱橫交錯，有十二經歸類、奇經八脈歸類、十二經別歸類、十二經筋歸類、十二皮部歸類、五輸穴歸類、八會穴歸類、八脈交會穴歸類和俞募穴歸類等等。 以上範疇之間的關係及其與髒腑學說的範疇之間的關係，共同構成一張經絡學說的推理網絡。這些關係，有的已經被揭示出來，成為中醫臨床的依據，有的尚未揭示出來，有待與人們在臨床實踐的基礎上發現它們並驗證它們，以為經絡學說的發展添磚加瓦。
問題是這樣一張思維的網絡為什麽會有效？它與客觀事實本身相符合否？首先，經絡學說是在漫長的刺灸經驗基礎上形成的，實踐的成功和實踐經驗的反複驗證是這張思維網絡有效的可靠保證。這一點從經絡學說的先有腧穴後有經脈 的發展過程可略見一斑。其次，我在這提出一個經絡學說假設，供諸君理解經絡學說與客觀事實相符合的情況參考。人之所成為一個高級的有機整體，是因為大腦皮質將人體所有的信息整合並對人體所有的組織器官的功能進行調節控製。在我看來，如果假設大腦皮質係統有一個內在的與經絡係統相對應的網絡通路結構是合理的。一方麵，如果機體組織器官發生病理變化時，也能將其刺激傳入大腦皮質網絡通路結構上相關的點，而激發大腦皮質的相關功能而通過傳出係統使相應的體表經絡腧穴處於特定狀態而反映病理變化的存在。另一方麵，當與體表經穴相應的點下的組織被刺激時，刺激通過神經傳入係統而到達大腦皮質，激發網絡結構中的相應的點而激發網絡結構的相關功能，再通過傳出神經係統而實現神經、體液調節功能，或者改變病灶局部的內環境，或者調節局部組織、器官、係統乃至整個人體的功能狀態而實現治療和保健作用。由於大腦皮質本身對傳入的信息必然要進行整合，所以腧穴與疾病的關聯反映和刺激腧穴所引起的傳入-傳出不是一對一的簡單反應，而當是一對多的複雜反應，這是解釋疾病的多穴位反映和解釋穴位的多功能狀態的依據。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十五）
（3）四氣五味說 四氣之象，本是一年四季氣溫之象。一年之中，春溫、夏熱、秋涼、冬寒，地球上的所有事物，尤其是有生命之物，都受其陶冶，適應其節律，而使之成為自身之本性。中藥的取材範圍幾乎囊括所有的自然存在物，但其主要的還是植物動物等有生命之物。中醫學受中國古代哲學天人合一大思想的影響，潛在的認為天地是一大天地，人身則是一小天地，所有，自然界所有的存在物都對人體有某種藥物作用。當然，所有的自然存在物也會稟有四季之氣性，或偏溫、或偏熱、或偏涼、或偏寒。於是，溫熱寒涼就成為了標識事物氣性的範疇，其所概括的意義是事物各因其適應四季而形成之特殊的內在規定性。另一方麵，溫熱寒涼是陰陽最直接的表現：陽則溫熱，陰則寒涼；陽盛則熱，陰盛則寒；病熱可用陰寒去消解，病寒則可用陽熱對抗。故而，溫熱寒涼可用於對藥物功用之解釋和說明，成為概括存在於藥物內部的那種可以實現熱者清之、寒者和之的規定性的範疇。 五味是藥物的本有之象。任何藥物，入人之口，都不可避免地要刺激人的味覺器官而產生味覺。辛、甘、酸、苦、鹹是五種最常見的味覺，中國古人認為藥物的功效作用當與藥物的味有關，故此將辛、甘、酸、苦、鹹、升華為範疇，以達藥物何以能治病之意。
問題是，如何確定藥物之氣性？如何確定五味各自之藥理功效？中醫學是通過三個途徑來實現上述兩個確定的。第一，生命體驗。神農嚐百草的傳說說明在人體健康條件下試食某藥物，可使人體驗其寒、熱、溫、涼之氣性，可使人體驗到其或辛、或甘、或酸、或苦、或鹹之味的功用；在曆史的長河裏，我們的祖先，通過多人多次的反複體驗，終於將常用的藥物的氣性和常見藥味的功用確定了下來。第二，臨床實踐。通過在人體疾病條件下對藥物的使用，醫者客觀地具體考察驗證其所使用藥物的氣性和其所具有的味的功效。經過數千年的臨床經驗總結，中藥本草學的發展，標誌著中藥學對越來越多的具體藥物的氣性和味的藥用功效的確定，而且在味的藥用功效方麵給出了一些規律性的總結：辛能散能行；甘能補能緩能和；酸能收能澀；苦能泄能燥能堅；鹹能下能軟。第三，約定俗成。在四氣五味學說成為中醫學說明藥物的功用理論後，隨著臨床實踐的發展，後世醫家又往往依據具體藥物的功效和臨床應用來規定一些難以確定其氣性和實際味與功效不符的藥物的氣性和味。需要說明的是，這第三種情況，並非簡單的邏輯上的循環論證，而是一種使理論與實際統一的努力，因為這種途徑的使用應當條件限製嚴格。 下麵討論一下這種確定是否有效？從上述考察可以看出，中醫學關於四氣五味的藥物學理論，並不是從邏輯上推出來的必然的普遍性理論，而是從經驗中總結出來的可能性規範，因而應當在經驗的範圍內使用這種理論，而且要不斷地在實踐中依據具體情況具體分析的原則來豐富和修正這種理論。雖然如此，在臨床中現有的中藥學理論依然是最有效、最有啟迪性和最方便的使用中藥的工具，其所以如此，是因為中醫臨床實踐遠遠跑在了現代藥物學理論的前麵，在新的更有效更便捷的藥物學理論出現之前，我們還可權且依靠這種理論來使用中藥，並且沿著既有的方向和道路繼續向前，而不至於中斷了獨特的醫學實踐和獨特的原創醫學理論的延續。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十六）
（4）辨證學說 辨證學說亦可用以象達意、象意歸類和有限建模的思維過程對之做出具體分析。其它如病因病機學說、診斷學說和方劑理論等皆然，由於過程較為繁瑣，我在這裏就將之省略，隻將我關於辨證學說的最核心的觀點貢獻給讀者，以供參考：第一，證的本質是人體在疾病原因作用下可能出現的整體反應狀態；第二，整體反應狀態不與具體致病因素一一對應；第三致病因素在種類數量上遠遠大於反應狀態的種類數量；因而第三，每一種反應狀態都具有一定程度的普遍性；第四，證作為致病因素與人體反應共同作用下產生的人體特殊整體狀態，通過臨床症狀和體征表現出來，盡管症狀有主觀症狀和客觀症狀之分，應當肯定地說，即便是主觀症狀對醫者說來，仍然具有客觀意義，因而每一個特殊的整體狀態都是一個客觀的人體疾病的模型；第五，對疾病的完整的治療是既消除致病因素，又調整糾正致病因素引起的整體反應狀態；而且第六，有些疾病隻通過消除致病因素就可以臨床治愈，有些疾病則可隻通過糾正致病因素引起的整體反應狀態就被臨床治愈，還有些疾病則必須既消除致病因素，又調整糾正致病因素引起的整體反應狀態才能被臨床治愈；因而第七，中醫治療疾病的原則，有時是對因治療，有時是對證治療，有時是既對因又對證的治療，但中醫強調對證治療具有根本性；第八，中醫學在長期的臨床實踐中，已經對臨床中遇到的基本疾病模型的對應的診斷標準和治療手段（或中藥或針灸）給予了係統而有效的總結，因而形成了辨病與辯證相結合、落腳於辨證施治為特征的且適用於醫學各科的中醫臨床學。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十七）
“‘醫案’並不被現代醫學認為是療效的證據。許多疾病都能自愈，在受到心理暗示時更是如此，患者的痊愈不一定是所接受的治療導致的，因此某個患者被某個中醫用某種療法治好了病，並不能作為該┄┄療法確實有效的證明。一種療法、藥物是否有效，是必須經過嚴格設計的臨床實驗才能確定的。現代醫學是遲至上個世紀40年代才確立這個原則┄┄” 醫案作為一種臨床記錄，古代中醫多應用，現代中醫也喜用。它作為一種醫學文書，伴隨著中醫的存在和發展而存在和發展。醫案的作用，我想可能主要是醫療實踐的客觀記錄，以便總結經驗和教訓，提高醫療水平。但是這種文書，自然而然地就附帶上了其他價值，如證據價值，如曆史價值，等等。
客觀地說，一個醫案可能屬於下列三種之一：真實而客觀的臨床記錄；主觀編造的臨床記錄；或多或少地既有真實而客觀的成分又有主觀編造的成分。絕對的真實而客觀或絕對的主觀編造，都很難做到；現實的情況應當是或多或少地既有真實而客觀的成分又有主觀編造的成分。因此，在有條件有分析的情況下，醫案還是有證據價值的。現代醫學從嚴格的證據要求上不承認醫案的證據價值，並不必然否定醫案在任何條件下的證據價值。至少行醫者可以通過研究前人的醫案而學習前人的經驗，總結相關疾病的治療規律和得到有益的啟迪。關於中醫的療效，自不必說，其中可能有些是在可自愈範圍之內。但如果方舟子要把所有的療效都歸結到自愈範圍或在心裏暗示條件下的自愈，說中醫藥普遍無效，則是需要證明的，而不能僅僅作一個模糊結論就算了的。舉個簡單的例子說，感冒的自然病程一般情況下大概是5天，但用中藥治療，如果辨證準確，用藥得當，快則藥到病除，慢則兩到三天，在這種情況下，病程縮短，哪怕隻有一個案例，我想也是有療效的證據價值的，君不聞“麻雀雖小，五髒俱全”？汝不知道在哲學上“任何個別的都是一般的”、普遍性通過特殊性而存在的道理？而且，從邏輯上說，療效的證據不被現代醫學認可就等於沒有療效了？有沒有療效是一種客觀存在，認不認可是一種主觀狀態，主觀狀態在方舟子的證據學說上優先於客觀存在？何其荒謬！
對方舟子《批評中醫》之批評（三十八）
“中醫之所以相信虎骨、虎鞭、熊膽、犀角是良藥，是因為這些動物凶猛、強壯引起的聯想，所謂取類比象，類似感應巫術。水蛭會吸血，中醫就認為把它曬幹了入藥能夠活血化瘀，蚯蚓在土壤裏鑽來鑽去，中醫就認為它曬幹了入藥能夠通絡利尿，凡此種種，不勝枚舉，以生物的習性附會其死物的藥效，這顯然不是經驗的結晶，而是變相的感應巫術。” 雖然虎、熊、犀牛等是珍稀動物需要保護，但我們完全可用正確的理由來說明我們的保護行為，而無需用欺騙的手段來達到目的。虎骨、犀角的藥用作用是明顯的，由於資源的缺乏，臨床上用狗骨來代替虎骨，用水牛角來代替犀角，其作用就很有些減弱，而且用量需要加大，這是事實，何必以否認虎骨與犀角的藥用作用來達到保護虎、犀牛的目的！如果欺騙能達到目的，那就太把人們當小孩看了。熊膽的作用我沒研究，我在這不發表意見。蚯蚓和水蛭的作用與習性偶然巧合，是引起古人有相似的錯誤的藥物學理論的原因，但是，今天中醫界早就把這種似是而非理論放棄，普遍地以從臨床經驗中總結和驗證動植物的藥效作用作為為臨床實踐的依據。所以說中醫學“以生物的習性附會其死物的藥效，這顯然不是經驗的結晶，而是變相的感應巫術”是對現代中醫學的侮辱。但願方舟子是因為對現代中醫學的無知才說出了如此令人憤慨的話來。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十九）
“由於中國大陸大力提倡中西醫結合，許多臨床醫生在臨床用藥中普遍采用中西藥聯用治療疾病，據信這樣做可以提高療效，或減低西藥的毒副作用。但是目前還沒有足夠的臨床證據證明中西藥合用具有良性的藥理學作用。從理論上講，中西藥合用可產生協同作用，但是也可產生拮抗作用，不但使藥效降低，而且還可能出現不良反應，甚至誘發某些藥源性疾病。” 客觀地說，從理論上講，中西藥合用可產生協同作用，也可產生拮抗作用，還可能既不協同也不拮抗或部分協同部分拮抗。所謂協同作用，就是提高療效或減低毒副作用；所謂拮抗作用就是降低療效或增加毒副作用。1949年後中國大陸的普遍臨床實踐中的中西藥聯用實際證明，在大多數情況下，是協同作用，這僅僅從各種醫學雜誌所發表的相關論文就可以看出來，協同作用的報道遠遠多於拮抗作用的報道。雖然如此，對聯合用藥的拮抗作用的研究的意義卻大於協同作用，因為前者可以無功，而後者卻不可以無過。無功者可無罪，而有過者必有責，於醫道尤其如此。但方舟子的行文，其意在肆意貶低中西藥合用的協同作用，而特別醒目地誇大拮抗作用，一看便知，且對既不協同也不拮抗或部分協同部分拮抗的可能性隻字不提。無公正之心，何以為學？本來應當由大量科學實驗來逐一決定的事情，在方舟子這裏簡單地由他的偏頗的理論批評似乎就給裁定了，真是簡單得可愛，但是對科學精神而言卻不可思議！
“廣州中醫藥大學一附院收治36例薩斯患者無一例死亡，也不能證明中醫的作用。第一，他們並非完全采用中醫的方法，其實是以現代醫學技術為主，輔以中藥。第二，中藥輔助治療是否發揮了作用，是很值得懷疑的，因為他們治療的都是病情較輕的患者。據報道，廣州病重的薩斯患者都被集中送到終南山領導的廣州醫學院第一附院呼吸疾病研究所。” 公證地講，廣州中醫藥大學一附院收治36例薩斯患者無一例死亡能不能證明中醫的作用，在於對這些案例做出具體分析之後的結論如何，而不在於：第一，中藥是否在治療中的主要地位是輔助地位，因為即便是輔助地位，也是有作用的，有時候還特別重要，例如釀酒過程中的酒曲，其地位是輔助，但卻是必要條件；第二也不在於所治療之案例病情之輕重，因為輕者可向重者發展，且重者轉向輕者亦並非總是是治療的結果。所以此處方舟子不對廣州中醫藥大學一附院所收治36例薩斯患者做具體分析，而抽象地提些問題，並“據報道，廣州病重的薩斯患者都被集中送到終南山領導的廣州醫學院第一附院呼吸疾病研究所”，說明不了他所要說明的問題的。似是而非，故伎累演！
“為中醫辯護的人往往聲稱中醫是有幾千年的經驗總結。依靠長期的經驗摸索的確有可能發現某些疾病的某些治療方法，但是這不適合於像艾滋病、薩斯病這樣的新發傳染病。” 中醫學發展至清代成熟地孕育出了溫病學，其核心之衛氣營血辨證和三焦辨證理論，對一些新發的傳染病就是有效，好比說流行性感冒，每次引起疾病的病毒都有變異乃至新病毒出現，中醫依衛氣營血辨證便可有效治療之。由此看出，中醫學不僅僅是幾千年的經驗總結，而且有其科學理論性，至少把握了一些治病的科學規律。至於薩斯病，用中藥治療是否有效，完全可以具體分析當時的案例，並在現代實驗檢驗之後再來做出結論，何必急於在理論上急急忙忙地否定呢？
對方舟子《批評中醫》之批評（四十）
“其實經絡……原先不過是中醫對大小血管的統稱。……用現在的術語來說，就是把大血管（動脈、靜脈）叫經脈，皮下小靜脈網絡叫絡脈。因為古人的解剖觀察很粗糙，許多是出於想像（象，引者注），所以十二經脈的分布又與大血管的實際狀況不符。中醫之所以認為經脈走氣，把動脈當成了氣管，也是由於粗糙的觀察所導致的：在人死後，動脈中的血迅速排空，因此在解剖屍體時會發現動脈是空的，隻有靜脈中含有血，這讓研究者誤認為動脈不是運輸血而是運輸氣。……因此動脈的搏動，就被中醫當成是氣的搏動，直到清王清任《醫林改錯》還說：‘頭麵四肢按之跳動者，皆是氣管。’切脈也因此被認為能探測出人體氣血、髒腑的狀況，能夠借以診斷出種種疾病，無限地誇大了脈搏的重要性。……簡單的推理就可以否定經絡的存在。外科醫生在做手術時必須清楚地知道每一個局部、每一個層次的神經解剖和血管解剖，如果誤傷了神經、血管，後果不堪設想。但是卻沒有……需要了解經絡，不必擔心……割斷經絡、會刺傷穴位。經絡據稱對一根小小的毫針都會有反應，為何會對粗魯的手術刀倒無動於衷？為什麽不怕手術刀？合理的答案是經絡並不存在。根據經絡理論，人的下肢分布了六條最重要的經脈，……分別屬於脾、胃、腎、膀胱、肝、膽等最要害的髒腑。但是，雙下肢截肢的病例並不少見，病人除了不能行走外，其他生理功能與常人並無二致。這一簡單的事實也說明了經絡理論的荒謬。”
我的批評是：第一，方舟子所理解的經絡就是對大小血管的統稱，大血管（動脈、靜脈）叫經脈，皮下小靜脈網絡叫絡脈；對於十二經脈的分布與大血管的實際狀況不符原因他理解為古人很粗糙的解剖觀察使其想象出了經絡係統。既然經絡是對全身血管的觀察描述，那麽，想象起作用的地方應當是在觀察有困難的地方，而不會出現在對於沒有觀察困難的大血管的描述之中。所以方舟子關於經絡就是血管的統稱的說法不是中醫理論中的經絡，而僅僅是他自己所錯誤理解到的經絡。第二，方舟子依據《醫林改錯》所想象和理解的中醫關於經絡是氣的運行通道也是錯誤的；因為中醫界對《醫林改錯》的評價是“越改越錯”，《醫林改錯》不足為據，雖然它有曆史進步意義；且中醫從來就認為氣血是不可分割的統一體，氣為血之帥，血為氣之母，氣行則血行，血瘀則氣滯，斷沒有隻有行氣而不行血的經絡通道存在。第三，按照方舟子的邏輯，既然經絡就是血管，且“如果誤傷了神經、血管，後果不堪設想”，那麽，經絡就應當怕手術刀，因為傷了經絡就是傷了血管，為什麽他卻認為經絡不怕手術刀？既然 “如果誤傷了神經、血管，後果不堪設想”，且“雙下肢截肢的……病人除了不能行走外，其他生理功能與常人並無二致……這一簡單的事實也說明了”方舟子所說“如果誤傷了神經、血管，後果不堪設想”的結論與其所說“簡單的”醫療“事實”相互矛盾，說明其對現代醫學和中醫學的錯誤理解都是其“理論的荒謬”的結果。第四，經絡既然對毫針起反應，豈能不對手術刀起反應？隻不過在手術過程中因為麻醉藥物的使用阻斷了這種反應而已 ，方舟子邏輯混亂，對自己不了解的濫發議論、妄作結論已成習慣，令人無語。第五，切脈確實可為臨床診斷提供一定程度的幫助信息，這又豈是門外漢方舟子所能知道的事情？雖然實踐當中確實有些中醫醫師把切脈在診斷過程中的作用神迷化和虛幻化以求得其在病人當中的非理性化的權威的做法應當受到病詬和猛烈抨擊，但因此而否認切脈在診斷當中能夠提供一些合理的疾病和健康狀況的信息，就走到了認識的另一個極端，走向了謬誤！
對方舟子《批評中醫》之批評（四十一）
“美國國立衛生院和美國醫學會都把中醫和其他民間醫術一起歸為另類醫學（alternative medicine），常被譯做替代醫學，其實這裏alternative 是指存在於傳統或體製之外的意思，不屬於醫學科學。” 為了說明中醫學說不是醫學科學，方舟子可謂是費盡心機。在美國，中醫是被稱為alternative medicine。但是，alternative的中譯絕沒有另類的意思。眾所周知，另類，在漢語裏，在大多數情況下，是一個貶義詞，而alternative 在英語裏，是一個中性詞。好比說，如果問如何得到180度的角？那麽，一種可能的回答是，過點O作一直線AB， 則可以得到∠AOB為180度；另一種可能的回答是，作任意三角形ABC,將∠ABC與∠CAB和∠ACB加在一起，就可以得到180度的角；還有一種可能的答案是，將兩個直角加在一起，就可以得到一個180度的角。這三個答案（雖然還有很多其他可能的答案存在），任意兩個答案對第三個答案而言，都是alternative 的。事實上，對於重視原創性的西方文化而言，總是鼓勵人們去尋找更多的alternative答案，所以，alternative這個詞還含有一些褒義的成分。至於說alternative 有存在於傳統或體製之外的意思，這不過是帶有中國文化眼鏡的翻譯者們特指那些不是現代西方文化而存在於現代西方文化之中的事物，如中醫，如中餐，如印第安人的傳統等時的一種誤解。其實，在現代西方文化中，平等的概念是如此的深入人心，西方人正是為了避免使用帶歧視或偏見的詞匯才使用alternative這個詞來描述中醫或印第安人的傳統等，被翻譯成中文後，結果中文翻譯者們把中國文化中的那種歧視和便見的情感強加給了英文的alternative這個詞，這恰好違背了現代西方描述者的本意。既然將中醫稱之為醫學，那麽還有在現代西方文化條件下承認的醫學不具有科學性的嗎？從這裏，我們也可看出，說中醫是科學，並不是什麽荒誕不經的事情，而是相反，現代西方人是承認中醫具有科學性的。
對方舟子《批評中醫》之批評（結語）
方舟子說中醫學已經被現代醫學所否定。 方舟子所說的否定應當就是所謂的辯證否定，或者如庫恩所說的科學革命，新理論或新範式不僅能夠解釋新問題、預見新結果，而且要能將舊理論或範式的全部合理成分包納其中。現代醫學作為新理論或範式對中醫學顯然還沒有做到這一點。如果已經做到這一點，也就無需方舟子提倡什麽廢醫驗藥論了，在現實當中，中醫臨床也就不會再有任何存在的理由了，也就自然被消滅或被存放於曆史博物館了。然而現實並非如此，反而是中醫市場在經曆了西醫的摧毀性打擊之後劫後餘生，而且日益興隆，不僅在中國如此，而且在全世界皆然。所以方舟子在說這種話的時候並沒有嚴肅地思考過，而是僅僅想要自圓其說地羅列一些似是而非的他對中醫學膚淺表皮的批判來論證這個問題。 原本想對方舟子逐一批評，是因為善意地想他在論證過程中邏輯不嚴密，累出破綻，例如，方舟子說，“中醫所說完全沒有……解剖基礎” ； 方舟子又說，“實際上，《內經》已清清楚楚地指出髒腑是解剖而得的具體器官” （我把方舟子所說的用邏輯語言表述一下，則為：方舟子說，中醫是非A；方舟子又說，實際上，中醫是A。大家知道，這違背了形式邏輯上的同一律）。故欲借其批評之名以回敬其批評之文，以享於此有興趣之人，或可為樂，或可辨真假。但至此我已然沒了興趣，因為通過上述所有的批評和分析，可以看出，方舟子對中醫的核心理論的抨擊是站不住腳的，我已經從基礎的層麵上對中醫理論作出合理的維護性辯護；而且，我看出他對中醫的批評實質上並不是其深邃理性思考的結果，而是在其膚淺理論理解的基礎上的一種政治運動式或文革式的批判，不是理性思考決定批評目的，而是其事先設定的批判目的決定其在何種程度上運用理性思考。我的批評就此罷筆，告一段落再說。
“五行的相生相克最初來源於對木、火、土、金、水五者屬性的觀察，木生火┄┄火生土┄┄土生金┄┄金生水┄┄水生木┄┄木克土┄┄土克水┄┄水克火┄┄火克金┄┄金克木┄┄這種觀察當然是非常原始、粗陋的，根本經不起推敲（水銀金屬還是屬水？很多金屬和非金屬元素都能夠燃燒，豈非金生火、土生火？）把宇宙萬物的變化都歸為這五者的相生相克，就更為牽強附會了，例如，為了能與五行對應，硬是把四季改成了五季（加了一個長夏），而五色┄┄也與現代三原色的說法不符合。在人體中，與五行相對應的有五髒┄┄五腑┄┄五官┄┄五體┄┄五誌┄┄五液┄┄五聲。為了湊成五個，中醫本來說的六腑隻好舍去一個（三焦），七情也隻好舍去兩個（憂、驚）。即使湊成了五個，要與五行相配，也是隨意指定的。例如，為什麽肝屬木？說是肝之性喜舒展而主升，故歸於木。但是肝又何以有這樣的性情呢？又是因為它屬於木┄┄這不成了循環論證嗎？要在這些牽強附會的歸屬中說清楚其相生相克的關係，就更難辦了，於是必須做出變通，五行的相生相克關係不是固定的，任何一行都受到其他四行的不同影響，任何一行又可以不同的方式影響到其他四行，相克關係能夠發生轉變，相生相克變成相對的了，例如金能生水，水亦能助金，土生金，金亦能助土，除了相生相克，還有相乘相侮：一方強過一方或一方過虛，過度的克變成了乘，相反的克變成了侮。這樣一來，五髒、五腑┄┄的各種關係的可能組合都能在相生相克相乘相侮中找到對應關係，似乎什麽都能解釋了，然而實際上還是等於什麽也沒有解釋。” 我說方舟子不懂中國哲學，沒有冤枉他，這是例證之三。
中國古代哲學的五行學說既是關於世界萬事萬物如何存在的學說，又為人們提供一種推理的模型。世界上的萬事萬物之間和其內部存在著多種多樣的關係或聯係，這些關係有的是普遍存在的，有的隻是特別地存在於一些事物內部或其間。存在於萬事萬物內部或其間的那些普遍存在的關係如果相對穩定，則就成其為事物的存在模型或模式。首先這些普遍存在的關係是客觀存在的，對這些普遍存在的關係的研究和認識，一直是人類認識史的任務之一，所以無論中西，在其哲學的發展史上，都無一例外地要討論這樣的問題；其次，如果能認識到那些較為穩定的普遍關係，即客觀存在的模型，則這些模型對人們的認識和實踐都能提供很大的便利和幫助，所以在古代中國，模型的思維方式比較多見而普遍，像五行學說，周易哲學等都或多或少就是模型的思維方式的體現，而現代科學各學科也紛紛用建模來處理其所麵臨的具體問題，雖然這已經與古代的模型思維方式有了天壤之別，但追根溯源，在它們之間還是有內在一致性的。
五行學說就是中國古人依據感性世界中五種最常見的五種物質及其之間的常見關係而抽象出來的關於世界萬事萬物及其之間的存在關係和模型的哲學學說。這種學說，固然具有一般哲學教科書所說的有些牽強附會，但考慮到其產生於非理性盛行的社會曆史背景之下，它是人類最初用理性考察世界萬事萬物之客觀模型的思維形式，其成功和失誤都足為後來者鑒，其曆史的進步意義是不可否定的；而且，中醫學在運用這個模式時，雖然也不可避免的受到其牽強附會的影響，但中醫學在運用其於臨床實踐時，還是具體情況具體分析的。例如，《傷寒論》中見肝之病，當先實脾的論斷，並不純粹是五行推論的結果，而同時也是臨床中肝病大多同時見到脾受到影響而病的情況，因為與五行理論相符，才作為一個重大原則提出來。且這條原則，雖然在臨床中對其他髒腑的疾病關係有啟示作用，但並沒有因此而提出關於其他髒腑的成為臨床醫師必須遵循的相應的原則。再如，在針灸治療中，五輸穴與五行相匹配，其治療原則虛則補其母，實則瀉其子等，都可能因其是在較多臨床實踐經驗的基礎上總結而形成的，所以在臨床上其療效還是可靠的。方舟子把後世哲學教科書中對五行學說的批評性評價直接引申到對中醫學的批評，而完全不顧五行學說本有的積極因素，而對中醫學在這方麵說得一無是處，我由此得出他既不懂中國古代哲學，更加不懂中醫學在運用五行學說時所作的盡量使之與實際相適應的努力。
對方舟子《批評中醫》之批評（十五）
“所謂的氣、陰陽、五行都是非常模糊、抽象的概念，並非客觀具體的事物或現象，無法界定和證明。然而，它們又是無所不在，時刻發生變化，並囊括了各種可能的關係，它無所不能，無所不包，可以根據需要對一切事物和現象做出解釋，可以用於診斷、醫治任何已知和未知的疾病，因此在中醫中沒有未明之病，不治之症，如果醫生沒有把病治好，也隻是他的醫術不高明，或你命該如此（所謂治病不治命），而不是中醫理論本身的問題。” 這段話體現了方舟子的哲學思辨水平。
第一，方舟子說氣、陰陽、五行是模糊的概念，並且責怪它們不是客觀具體的事物或現象，還責怪它們無處不在，無所不包，無所不能。我的疑惑是，概念不會模糊，概念作為我們表達對事物的認識的形式，其情形是：要麽是我們對事物的認識還不足夠，沒有形成概念，要麽就是我們對事物的認識已經足夠，概念形成，表明我們對該事物的認識已經完成，告一段落。概念一旦形成，它就是清楚明白的，怎麽會是非常模糊的？我們可能有關於模糊的概念，我們可以有模糊的印象，但我們絕沒有模糊的概念；模糊的概念，就是沒有概念，表明階段性的認識尚未完成，階段性的認識還沒有完成，何來概念？
第二，既然氣、陰陽、五行是概念，方舟子怎麽會埋怨它們不是客觀的具體事物或現象？他不知道概念隻是我們認識的表達形式？這種形式隻能依附於特定的物質如紙墨才能客觀存在，成為客觀現象，否則它就隻能存在於我們的思維過程之中而不能為他人所覺察；奇怪的是，方舟子竟然還看到了這些概念的無處不在，無所不能，就算是這些概念依附了某些特定的物質存在了，這些特定的物質也不可能無處不在呀？概念除了表達人類認識的能力外，它們本身沒有任何能力，怎麽會無所不能呢？可見方舟子語無倫次！
第三，方舟子把中醫師們沒能治好某種具體的疾病的多種情況歸結為中醫理論本身有問題這一種情況，是他肆無忌憚到不講邏輯還是他本身就不會講邏輯？我不得而知。我知道，至少，中醫師沒能治好某種具體的疾病，可能是他本人沒有掌握好治療這種疾病的中醫理論，也可能是中醫理論本身有問題，這兩種情況都是有可能的。即便是運用現代醫學來治病，這兩種可能性也是存在的，要麽是醫師沒有掌握好已有的理論，要麽是已有的理論不適用於所診治的疾病，難道方舟子不知道？
對方舟子《批評中醫》之批評（十六）
“中醫作為一個辨證的玄學係統，表麵上盡善盡美，總體上無法加以否證（不排除對特例的否證），也就缺乏自我改善的能力。” 對方舟子而言，仿佛一個自稱從思想方法論高度懂中醫的人指出中醫是一個辨證玄學體係就足夠了。 所謂辯證，即辯證法，是指用普遍聯係、運動、變化和發展的觀點來看待世界是怎樣的哲學觀點；認為世界上的萬事萬物之間是普遍聯係的，聯係的實質就是事物之間的相互影響、相互作用和相互依存；認為事物之間的聯係構成事物的運動和變化（包括位置移動、量的增加和要素的改變），因而事物處於永恒的運動和變化之中，運動和變化導致事物的發展；認為發展是一事物向另一事物的轉化，不是量的持續增加，而是事物原有運動、變化的中斷，是質變，是新事物的產生；認為事物的普遍聯係、運動變化和發展的根本原有在與事物內部的和事物之間的對立統一。辯證法是自哲學以產生就被哲學家們普遍承認的哲學真理，縱使在那些反對辯證法的哲學家那裏，我們也不可避免的發他們使用辯證法方法論的痕跡；這不足為怪，因為辯證法與反辯證法同時存在，是辯證法本身的題中應有之義；如果隻有辯證法哲學家，而沒有反辯證法哲學家，則反而不符合辯證法了。
所謂玄學又是指什麽呢？“玄，幽遠也。黑而有赤色者為玄。像幽，而人覆之也。” 玄字的意思不過是在人看起來不甚清楚的黑赤之色而已。玄學，當發源於《老子》第一章：“無，名天地之始；有，名萬物之母。故常無，欲以觀其妙；常有，欲以觀其徼。此二者，同出而異名，同謂之玄。玄之又玄，眾妙之門。” 我解釋一下這段話：宇宙、萬事萬物都是從無到有的，因而用無來概括宇宙和萬事萬物的開始；宇宙、萬事萬物都是被產生出來的，因而用有來概括能產生宇宙和萬事萬物的生產者。所以，無的概念是用來考察宇宙與萬事萬物那不能被感知的無形的根本的，有的概念是用來考察宇宙和萬事萬物的能被感知的有形的狀像的。無形的根本和有形的狀像是同一宇宙和萬事萬物的不同的兩個方麵，把這兩個方麵統一起來考察，就叫做玄。能從無形的根本中看到其中還有無形的根本和有形的狀像，能從有形的狀像中還能看到其中還有有形的狀像和無形的根本，就把握了理解宇宙和萬事萬物的鑰匙或者說根本。在老子這裏，玄的實質就是以對立統一看待宇宙、萬事萬物的理論與方法。當然，在中國哲學史上有魏晉玄學，因其以所謂三玄之書《周易》、《老子》、《莊子》為其思想材料來源而形成了獨具風格風貌的適應其時代哲學而被名，這與中醫學關係不大，故不在這討論了。
綜上述，辯證法或玄學，不過是哲學的一種方法論。它本來是一個中性詞，甚至還有些褒義，但方舟子似乎把它當做了一個貶義詞來評價中醫學。如果說中醫學使用了辯證法和玄學方法是可以的，但方舟子說中醫是辯證玄學體係顯然是不對的。既然中醫學與辯證法和玄學方法的具體關係沒有被方舟子指出來，他說他從方法論的高度把握了中醫就還是一句空話。 中醫學從來就沒有說自己是盡善盡美的理論，雖然盡善盡美可能是它追求的終極目標。中醫界確實有“言不可治者，未得其術也”的話，但這是從哲學上可知論角度說的，而不是從自己的治病能力角度上說的。一個人除非有精神病，否則不會狂妄如此：我能治好天下所有的疾病！方舟子是不懂哲學上可知論這個角度呢？還是他本人本來就有這麽狂妄？他自己知道！
對方舟子《批評中醫》之批評（十七）
“兩千年前的中醫是這個水平，兩千年後的中醫還是這個水平。” 兩千年前的中醫水平與兩千年後的中醫水平等同？開什麽玩笑！我不知道方舟子是怎樣得出這個結論的，我隻知道，中醫學到今天，是一個不斷形成和發展的過程。僅其形成過程就經曆了從中華民族文明的起始之點到夏殷商三代到春秋戰國到秦到漢，其著作從《黃帝內經》到《神農本草經》到《傷寒雜病論》，其傑出代表人物經曆了從扁鵲到淳於意到涪翁到張仲景到華佗才得以形成其包括醫學基本理論原則、係統藥物學成就、辨證施治原則、針灸治療學和運動醫學在內的完整的醫學體係。其後的發展，更是根深葉茂、果實累累，難以盡道。
在晉隋唐五代時期，中醫學迅速成長。在病因學、診斷學方麵的進展取得了王叔和的《脈經》、巢元方的《諸病源候論》等成就；在藥物學方麵取得了陶弘景的《本草經集注》、唐朝政府頒布的《新修本草》、陳藏器的《本草拾遺》、孟詵的《食療本草》、李日旬的《海藥本草》、魏伯陽的《周易參同契》、陶弘景的《合丹法式》、雷敩的《雷公炮炙論》等成就；在臨證醫學方麵取得了葛洪《肘後方》、孫思邈的《千金方》和《千金翼方》、王濤的《外台秘要》、皇甫謐的《針灸甲乙經》、龔慶宣的《劉涓子鬼遺方》、藺道人的《仙受理傷續斷秘方》、昝殷的《經校產寶》、無名氏的《囟顱經》等成就。 對方舟子《批評中醫》之批評（十八） 到宋元時期，中醫學各科繼續進步並出現學說爭鳴。在古代醫籍的整理與研究方麵取得了王冰注《黃帝內經素問》、醫官禹錫、林億、高保衡、孫兆等收集整理考證校勘《素問》、《傷寒論》、《金匱要略》、《金匱玉函經》、《脈經》、《針灸甲乙經》、《諸病源候論》、《千金方》、《千金翼方》、《外台秘要》等，韓祇和的《傷寒微旨論》、龐安時的《傷寒總病論》、朱肱的《傷寒類證活人書》、成無己的《注解傷寒論》等成就；在方書的編著和發展方麵取得了具有官方性質的《太平聖惠方》、《聖濟總錄》、《太平惠民和劑局方》和許叔微的《本事方》、張銳的《雞峰普濟方》、嚴用和的《濟生方》、朱丹溪的《局方發揮》、危亦林的《世醫得效方》等成就；在藥物學方麵取得了劉翰等奉朝廷之命編著《開寶重定本草》、禹錫等奉朝廷之命編著《嘉佑補注神農本草經》、蘇頌編輯《本草圖經》、唐慎微編著《經史證類備急本草》、艾晟的《大觀經史證類備急本草》、宋朝政府的《政和經史證類備急本草》、《紹興校定經史證類備急本草》、寇宗奭的《本草衍義》、忽思慧的《飲膳正要》等成就；在醫學各科方麵取得了陳言的《三因極一病證方論》、崔嘉彥的《脈訣》、滑壽的《診家樞要》、施發的《察病指南》、杜本的《敖氏驗舌法》、《敖氏傷寒金鏡錄》、吳簡的《五髒圖》、楊介的《存真圖》、李杲的《脾胃論》、朱丹溪的《儒門事親》、葛可久的《十藥神書》、陳自明的《外科精要》、《婦人大全良方》、李迅的《集驗背疽方》、齊德之的《外科精義》、朱瑞章的《衛生家寶產科備要》、錢乙的《小兒藥證直訣》、董汲的《小兒斑疹備急方論》、陳文忠的《小兒痘疹方論》、劉昉的《幼幼新書》、無名氏的《小兒衛生總微論方》、王惟一的《銅人腧穴針灸圖經》、聞人年的《備急灸法》、王執中的《針灸資生經》、滑伯仁的《十四經發揮》、忽太必烈的《金蘭循經》、和凝父子的《疑獄集》、無名氏的《內恕錄》、鄭克的《折獄龜鑒》、桂萬榮的《棠陰比事》、無名氏之《檢驗格目》、《檢驗正背人形圖》、宋慈《洗冤錄》等成就；在學術爭鳴方麵取得了劉完素的寒涼派、張從正的攻下派、李杲的補土派和朱震亨的養陰派等成就。
對方舟子《批評中醫》之批評（十九）
到明清時期，中醫學的發展出現了新的趨勢。在藥物學方麵取得了李時珍的《本草綱目》、趙學敏的《本草綱目拾遺》、《患雅》、吳浚的《植物名實圖考》、汪昂的《本草備要》、吳儀洛的《本草從新》、盧複重新輯成《神農本草經》、繆希雍的《本草經疏》、《炮製大法》、張璐的《本經逢源》、張誌聰、高世栻的《本草崇原》、鄒樹的《本經疏證》、張文學的《炮製藥法》、朱棣《救荒本草》、鮑山的《野菜博錄》等成就；在學術進展方麵，取得了以吳有性的《瘟疫論》、葉天士的《溫熱論》、吳瑭的《溫病條辨》、王世雄的《溫熱經緯》等為標誌形成的成熟的溫病學說的成就；在醫學各科方麵取得了薛己的《內科摘要》、《外科樞要》、《癘瘍機要》、《正體類要》、《口齒類要》、虞傳的《醫學正傳》、王綸的《明醫雜著》、尤在涇的《金匱翼》、林佩琴的《類證治裁》、王清任的《醫林改錯》、陳實功的《外科正宗》、 王惟德的《外科全生集》、高秉鈞的《瘍科心得集》、沈之問的《解圍元藪》、陳司成的《黴瘡秘錄》、王肯堂的《瘍科準繩》、《女科證治準繩》、武之望的《濟陰綱目》、傅山的《傅青主女科》、萬全的《萬密齋醫書十種》、陳複正的《幼幼集成》、龔雲林的《小兒推拿秘旨》、熊運英的《推拿廣義》、倪維德的《原機啟微》、傅仁宇的《審視瑤函》、托名孫思邈的《銀海精微》、鄭梅澗的《重樓玉鑰》、楊繼淵的《針灸大成》、高武的《針灸聚英》、郭右陶的《痧脹玉衡》等成就；在醫藉整理和醫學著述方麵取得了馬蒔的《黃帝內經素問靈樞注證發微》、張隱庵的《黃帝內經素問靈樞集注》、張景嶽的《景嶽全書》、李中梓的《內經知要》、汪昂的《素問靈樞類纂約注》、張世賢的《圖注八十一難經》、徐靈胎的《難經經釋》、方有執的《傷寒論條辨》、喻嘉言的《尚論篇》、柯韻伯的《傷寒來蘇集》、尤在涇的《傷寒貫珠集》、《金匱心典》、吳謙等的《醫宗金鑒》、陳修園的《金匱要略箋注》、黃元禦的《金匱懸解》、徐春甫的《古今醫統大全》、清朝廷編著的《古今圖書集成醫部全錄》、王肯堂的《古今醫統正脈全書》、汪機的《汪石山醫書》、徐靈胎的《徐靈胎醫書八種》、沈金傲的《沈氏尊生書》、江瓖的《名醫類案》、魏之琇的《續名醫類案》、《柳州醫話》、尤在涇的《靜香樓醫案》、葉天士的《臨證指南醫案》、徐靈胎的《洄溪醫案》、黃承昊的《折肱醫案》、汪昂的《本草易讀》、《湯頭歌訣》、程鍾齡的《醫學心悟》、陳修園的《醫學三字經》、《醫學實在易》等成就。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十）
自1840年以後到1949年以前，中醫學的步入到了應對受到西方文化和現代科學醫學衝擊的發展時期。在醫學文獻的研究和整理方麵取得了呂震名的《傷寒尋源》、丁鬆生的《當歸草堂醫學叢書》、周學海的《周氏醫學叢書》、何廉臣的《全國名醫驗案類編》、柳寶治的《柳選四家醫案》、陸定圃的《冷廬醫話》等成就；在臨證醫學方麵取得了費柏雄的《醫醇賸義》、馬培之的《外科傳薪集》、王洪緒等的《外科全生集》、吳尚先的《理論文》、潘霨的《女科要略》、張振的《厘正按摩要術》、澹安的《中國針灸治療學》、夏春農的《疫喉淺論》、陳國篤的《眼科六要》、唐容川的《血證論》等成就；在中藥方劑方麵取得了顧觀光的《神農本草經》、曹炳章的《增訂偽藥條辨》、丁福保的《中藥淺說》、鮑相璈的《驗方新編》、費柏雄的《醫方論》等成就；在溝通中西醫學方麵取得了唐容川的《中西匯通醫經精義》、朱沛文的《華洋髒腑圖像合纂》、鄆鐵樵的《群經見智錄》、張錫純的《醫學衷中參西錄》、阮其的《本草經新注》、蔡陸仙的《中國醫藥匯海》等成就。 請寬恕我在此羅列了這麽多的作者和著作之名，並非是為了湊數，而是實在我們不能遺漏他們，不能忘記他們，無法忽略他們。他們一方麵是作者們本身辛勤勞作的智慧結晶，另一方麵則更重要的是他們在內容上：第一，為中醫學的發展添磚加瓦，或多或少有其曆史新貢獻；第二，是中醫學發展史上的路標、裏程碑和不可磨滅的曆史客觀足跡；第三，是前人留給我們的豐富而寶貴的曆史遺產，是中醫學的曆史價值、文化價值和科學價值的客觀載體。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十一）
綜上中醫學發展史可以看出：《黃帝內經》和《難經》的作者們尚在各自零散地為中國醫學應當在什麽理論原則，什麽方法基礎的框架下成立、存在和發展而苦苦尋覓，經過漫長的總結和積累，終於到漢代匯聚形成了一個潛在的具有內在一致性的整體理論基礎，而且這個基礎因為沒有被明確地總結為一個顯在自洽的在邏輯形式（盡管髒腑、經絡學說都在細節上都已經通過獨立的篇章基本形成了），因而在事實上它們必然成為後世中醫學的理論形成的資料來源，以曆代不斷注解《黃帝內經》的形式表現出來。 《神農本草經》標誌中醫學與《黃帝內經》所確立的醫學方法論精神一致的藥物學的形成，成為中醫藥物本草學長河的源頭，曆經曆代本草學的增補進益，到李時珍的《本草綱目》達到其高峰，其後仍然還在發展。漢代張仲景《傷寒雜病論》出，集診斷、辨證和方藥於一身，標誌與《黃帝內經》所確立的醫學方法論精神一致的中醫臨床學的出現；後來經唐、宋、金、元、明、清數代無數中醫臨床家和理論家們的卓越貢獻，在增補、思辨和爭鳴的過程中得以形成了現在我們見到的包括內、外、婦、兒、骨傷、針灸等臨床各科在內的醫學體係。其中，與《黃帝內經》所確立的醫學方法論精神一致的診斷學，以四診合參的形式表現出來，既有理論特色，又有全麵搜尋有利於診斷疾病的客觀信息的追求，其內容通過曆史的長河而越來越豐富、其知識越來越精準；中醫學典型的辨證方法的發展過程，從漢代的六經辨證到明代才明確總結出來的八綱辨證，再到清代的衛氣營血辨證和三焦辨證，再到中華人民共和國時期的髒腑辨證和氣血津液辨證被明確表述，向我們表明，中醫辨證學的發展，凝聚了曆代實的醫療實踐經驗和曆代中醫學理論研究的精華於其內，並非一蹴而就；其他如中藥方劑學的發展，中醫臨床各科的發展，都經曆了一個從萌芽到形成到成熟再不斷發展的過程，稍微讀點中醫學曆史的人，就能有目共睹之。 總之，中醫學的發展，在曆史上既有伴隨長年實踐經驗積累的漸進過程，也有新理論出現時的突飛猛進過程，二者交替出現，既有其自身發展的內在邏輯，又與曆史機遇之時俱進。更為甚者，是中醫學自身的相承，在經曆戰亂所致文獻遺失或傳承中斷的情況下，通過曆代文獻整理和考據，才得以一脈緒延，也說明中醫學是在經曆了艱難曲折的發展才得以有現代的成就和成績的。隻有對中醫學發展的曆史一無所知或是視而不見的人，才可能說出方舟子所說的兩千年前的水平如此，兩千年後的水平依然如此的話來。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十二）
“為了保證檢驗的客觀性，┄┄科學方法特別強調可重複性和可測量性。┄┄心法，頓悟，內視反觀等等就純粹是個人的主觀體驗，當然是不可獨立地重複和測量的。┄┄中醫強調因時、因地、因人製宜，又強調一切都處於恒動之中，實際上避免了可重複性的檢驗。” 完整地說，中醫的認識方法包括主觀的生命體驗、客觀的感性觀察、理性的直覺升華和實踐的經驗驗證諸多方麵，方舟子隻是單純地攻擊中醫的主觀體驗方麵而不是把它放在整體中醫認識方法中來評價它是不公正的。 不錯，為了保證檢驗的客觀性，固然需要強調可重複性和可測量性。但並非不可重複檢驗的知識和不可測量的知識就是非客觀性的知識。絕對的可重複性是不存在的，在實驗條件下的可重複性也隻是一種追求實現理想狀態的相對手段，換言之，實驗條件下的可重複檢驗仍然具有相對性。至於可測量性也一樣，我們的知識對象並非總是是可測量的，即便是可測量的，也可能因測量起來非常困難而放棄測量，也可能因我們永遠無法達到滿足測量的條件而放棄測量，還可能因為測量意義不大而不去測量。可重複性和可測量性並非是保證檢驗的客觀性的必要條件，隻是充分條件而已。中醫的經驗檢驗存在於臨床實踐之中，當它的那些成功的理論命題被臨床實踐反複證明了的時候，我們難道還不能認為這些命題具有客觀知識的內容嗎？ 心法，頓悟，內視反觀等等是我們在抽象思維過程中可能出現的主觀體驗，但並不就純粹是個人的主觀體驗，同時也是客觀地發生的過程。悟，也即心法、反觀，可以是非理性的，但也可以是理性的，而且是理性的抽象思維的一個必然環節。人們可以批判非理性的悟，但卻必須肯定理性的悟。科學史上的諸多發明創造，都與悟這一環節緊密聯係在一起，可以說，沒有悟，就沒有發明創造。悟或頓悟，在理性的抽象思維中實質上就是理性直觀，是理性思考經過大量的積累後而突然出現的質的飛躍，是在量的階段上所表現出來的連續推理的中斷，而在思維中直接把握思考對象的思維現象。所以中醫承認悟在學習中醫和臨床實踐中的重要性，並不能成為方舟子批評中醫的理由。因為悟或頓悟是理性思維的環節之一，而且往往是創造性理性思維的環節之一，如果這成為批評中醫學的理由，也就應當成為批評其他一切學科乃至現代科學的理由！
對方舟子《批評中醫》之批評（二十三）
“中醫┄┄使用模糊的描述和比喻。例如對脈相的描述，稱革脈如按鼓皮、澀脈如輕刀割竹、滑脈如盤走珠、弦脈如按琴弦、緊脈如牽繩轉索等等，隻是訴諸於醫生的主觀感受和想象，不同的醫生可以有不同的判斷，┄┄有利於隨意解釋，也為理論的失敗準備了退路。” 中醫的描述是否模糊，方舟子沒有提供具體例子，也就沒有具體所指，且不說它。使用比喻，就可以隨意解釋？就是為理論失敗準備退路？在我看來，中醫使用比喻，是訴諸於生活經驗，讓生活經驗來確定其描述所指，按鼓皮、輕刀割竹、盤中走珠、按琴弦、按牽繩轉索，這些都是具有可重複性的活動，雖然你對這些活動的感覺經驗在不同時候會有一定程度的不同，但大體上還是確定的和相對相同的，因而不可能能夠隨意解釋，更勿論能為理論的失敗提供退路了。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十四）
“《黃帝內經》、《傷寒論》、《金匱要略》等古代文獻是中醫學生必讀、必背、必信的至高無上的經典，是他們診斷、處方的依據，中醫的論文往往隻是對這些經典的闡明、驗證。” 由於中國自孔子以來，文化的教育形式主要采取了私塾的形式，沒有現代學校教育的方式，所以學習經典，注釋經典成了中國文化學習和傳承的特色方式。中國古代的一般文化的學習和傳承如此，中國古代科學的學習傳承也是如此，如儒學、農學和醫學的學習和傳承都是如此。但是經典可能是必讀物，但絕不是必背、必信之物，至少對中醫的學習是如此。 在教育不發達的過去，能較好地學到經典裏已有的中醫知識的中醫生本來就不多，所以經典在一般人們的眼裏自然是地位就很高，但這絕不意味著中醫學就用經典來固步自封；另一方麵因為《傷寒雜病論》的臨床價值很高，即便是數千年後的今天，隻要判斷正確，中醫師們仍然可以依樣畫葫蘆或稍加變通地使用它去治療許多的常見病和亞健康狀態，而且如鼓應桴，療效確定，所以經典高地位不僅不足為怪，而且也不值得任何人去指責。 況且，在現代的中醫教育中，早已經不是通過經典來學習中醫了，經過幾代人的努力，中醫教材已經改了又改到第七版或是更多（請原諒我沒去查準這個版次），現在的中醫學生，完全可以通過隻學習中醫教科書就可以走向臨床，上個世紀的部分工農兵學員就已經如此。隻不過，現在的具有較高文化水平的中醫師們，更願意去讀讀經典，以提高自己的醫療水平，以使自己在麵對千變萬化的疾病時更有原創力。這可能不是僅僅滿足於教科書學習的方舟子所能理解的，因為就我所知，即便是西方的自然科學博士們，為了使自己的研究更具創造性，他們也會到原著中而不是到教科書中去尋找啟迪的。 至於方舟子之必信之說，純屬無稽之談，經典是供我們理解的。理性與信仰是對立的，中醫是中國古代醫家們理性思考的結晶，怎麽會變成要求後世行醫者的信仰之物呢？《黃帝內經》中確是有“拘於鬼神者，不可與言至德。惡於針石者，不可與言至巧。病不許治者，病必不治，治之無功矣” 之類的說法，但這裏顯然的意思是在非理性盛行的時代，如果病人不相信理性的醫學思考，就不會接受中醫的治療，及結果是其病必然不會被巫術或迷信手段所治好。誰知方舟子卻斷章取義如此，嗚呼哀哉。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十五）
“科學研究的是普適的自然規律，┄┄不具有民族、文化屬性。” 方舟子說科學不具有民族和文化屬性，是沒有經過思考的。首先，科學研究作為一種行為，固然不同的民族都有人在進行，但這些進行科學研究的不同民族的人們，其行為都必然打上其所屬民族的文化、風俗、習慣的烙印，不能絕對地說科學沒有民族性；其次，科學就其內容而言，是沒有民族性的，但其隻能通過一定的民族的文字表現出來，因而其表現形式就有民族性；第三，科學本身就是人類文化之一種，怎麽會沒有文化性？看起來，方舟子對什麽是文化並不知道（再強調一下，文化有廣義和狹義之分，廣義文化是人類在文明過程中所獲得的一切積極有意義的精神成果和物質成果及其這個過程本身的總和，狹義的文化是指以語言文字形式存在或以某種特定物質形式存在的積極有意義的精神成果）。同樣，中醫學，是中華民族的原創醫學，其研究方式和表現形式都不可避免的打上了中華民族的烙印，體現了所謂的民族性和文化性；但就其內容而言，沒有民族性。中華民族的人得腎陽虛證，可用金匱腎氣丸治療，白種人也會得腎陽虛證，也可用金匱腎氣丸治療，阿拉伯人同樣可得腎陽虛證，同樣可用金匱腎氣丸治療。由於中醫是用漢語文字表達出來的醫學內容，因而漢語會成為其他民族的人們理解中醫的障礙，就像英語一旦被我們掌握，我們就可以掌握現代西方科學一樣，漢語一旦被非漢語民族的人掌握，中醫也可以為他們所理解和掌握。用不同民族語言表達出來的科學之間的交流障礙來自於語言的屬性，而不來自於其文化屬性。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十六）
“後世中醫家為了避免中醫對五髒六腑的功能描述與解剖生理學不符的尷尬，聲稱五髒六腑都隻是抽象符號” 後世醫家把中醫理論的五髒六腑理解為抽象符號，不是為了避免與現代解剖生理不符合的尷尬，而是通過與之對比，才真正理解到了中醫學關於五髒六腑的概念的實質。方舟子提出這種責難，說明他對中醫學的方法論甚至沒有基本的概念，對中國古代哲學的方法論特點也沒有基本的了解，然而，他卻說他從方法論的高度把握了中醫學。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十七）
下麵看看中國古代哲學的方法論特點。中國古代哲學的方法論的特點就是其自然哲學之陰陽哲學和五行哲學所表現出來的特點：
1.以象表意，即用感性事物之表象表達抽象概念。陰陽概念，首先就是感性概念。我們知道，陰陽最初是用來表達事物存在於陽光之中時所表現出來的光度差別的向陽麵與背陽麵這一現象的。但是由於這一現象有如下對立統一的特性：（1）向陽麵與背陽麵相互對立、界線分明，即陰陽相互對立；（2）向陽麵與背陽麵相互連結在一起，無法分離而獨立開來，即陰陽互根、相互依存、相互統一；（3）向陽麵與背陽麵在其自身不動的條件下，會隨著時間的推移而相互過渡轉化，即陰陽相互轉化。上述三個特性使得陰陽概念表達了哲學上的對立麵統一的經典內容，因而陰陽概念一轉而成為了抽象的哲學概念。五行概念也是如此。五行概念之木、火、土、金、水，本事日常生活中的事物，木即是草木之屬，火是草木燃燒時的現象，土是泥土，金是銅鐵之類，水為露水、河水、井水、海水等，但是五行概念之木、火、土、金、水則是指構成世界萬事萬物的五種元素的抽象概念，這五種元素分別是從木、火、土、金、水所具有的屬性中概括出來的。 可以看出，陰陽、五行（木火土金水）等概念一方麵是其所指示的感性事物的概念，另一方麵又是其所指示的感性事物所具有的屬性的概念。這種表達方法事實上是中國古代哲學和漢語語言中的一種普遍的方法，用具體事物表達抽象概念的具體方法具有方法論的意義。我們知道，中國古人很少給概念下精確定義，大部分都隻是解釋性的下定義，其原因大概正在於此。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十八）
2.象意歸類，即用象及其所表達意作為分類標準對認識對象進行歸類概括。在有了關於事事物物的概念之後，為了便於把握紛繁多樣的事事物物，中國古人習慣於將之劃分為不同的大類，以簡馭繁。歸類是形成概念的思維過程的自然延伸，因為任何一個簡單的有關事物的概念，都是該事物所屬之類的所有事物的概念，也就是說，簡單的概念即本身就是一類事物的歸屬。在此基礎上，再把具有某種共同屬性的不同事物的概念劃歸為更大的類別，這就是歸類概括。歸類概括所依據的共同屬性，首先當是客觀本有的，其次是為被歸類概括對象所共有，否則，歸類概括就會無效或犯錯。如果所依據歸類的共同屬性足夠大或是足夠普遍，那麽其歸類概括所得之抽象概念就具有範疇的意義，陰陽和五行都就是這樣的範疇。不管是概念，還是範疇，作為人類認識之網的網上扭結，在其所概括的範圍內，對思維而言，都具有方法論的意義，雖然其適用範圍不同。 凡是具有向陽麵屬性的事物便可歸類為陽，凡是具有向陰麵屬性的事物即可歸類為陰。例如，因向陽麵往往在向上或在上的，因而在上的或向上的事物就會被劃分到陽性事物的類別中去；相反，向陰麵往往是向下或在下的，因而在下的或向下的事物就會被劃分到陰性事物的類別中去；如果具體事物是多種屬性的複合體，那麽就要在思考中權衡其陰、陽屬性孰輕孰重來決定其歸類，如果很難衡量，就可能要在實踐中通過約定俗成來決定。
《尚書•洪範》“五行：一曰水，二曰火，三曰木，四曰金，五曰土。水曰潤下，火曰炎上，木曰曲直，金曰從革，土爰稼穡。潤下作鹹，炎上作苦，曲直作酸，從革作辛，稼穡作甘。” 五行之木、火、土、金、水諸概念在中國古代哲學思維中，從其最通常的使用角度看，最初就是歸類範疇。如，木性曲直，因樹、木、藤、草，有的長得通直，有的長得彎曲之故；木性通風，因林木應風而搖、風動而響之故；木性條達，因草木生長向陽伸展之故；等等，凡是具有上述木性的事物，就都可歸屬到木類，在實現思想交流方麵卻效率較低。在這種表達的交流中，隻有當表達者和接收者在信息上對稱時交流才會是充分的，否則，在表達者和接收者之間就會有或多或少的信息丟失和信息失真。這種表達方式給表達者提供了巨大方便，可以言簡而意賅；但對接收者而言，卻會困難重重，如果接收者的信息庫裏的信息少於理解表達者所需要的信息，那麽接收者將麵臨信息丟失或失真的結果。
對方舟子《批評中醫》之批評（二十九）
3.有限建模，即在眾多的可能性範疇及範疇關係組成的模型中選擇一個或幾個典型作為模型思維。相同抽象水平的範疇與範疇之間可能的關係共同組成一個思維模型，範疇是這個模型的網上扭結，範疇之間的關係則是這個模型的連結網上扭結的網線。這個模型可以是二維的，也可以是三維的。這種模型可以成為人們認識和把握這個模型的範疇所標識的事物和現象的邏輯工具。經典的說，中國古代哲學有兩個這樣的模型，一個是陰陽模型，另一個是五行模型。陰陽作為範疇，具有最大的普遍性，陰陽為萬事萬物無所逃之對立統一的對立麵，而陰陽之間的對立統一辯證關係則是構築陰陽思維模型的基本關係；五行之木、火、土、金、水為構成萬事萬物的基本元素範疇，也是最普遍的事物與現象，五行之間的生（助益）、克（製約）、乘（製約太過）、侮（反製約）關係也是構築五行思維模型的基本關係。所以這兩個模型都具有普遍的方法論意義。
陰陽模型，從原理上說，可以有許多，但在中國哲學史上，具體實現了的卻隻有太極模型、八卦模型、六十四卦模型和太玄模型。太極模型是最簡單的一單元量的陰陽模型，八卦模型是三單元量的依特定的卦序而構建的陰陽模型，六十四卦模型是六單元量的依特定的卦序而構建的陰陽模型，太玄模型是漢代楊雄的九單元量的依特定卦序而構建的陰陽模型。八卦模型、六十四卦模型和太玄模型都過於複雜，本文不去具體分析，我在這裏詳細分析一下太極模型。
對太極模型的分析，可以通過結合陰陽魚圖和圍棋遊戲的分析來實現。陰陽魚所表達的思維邏輯如下：陰陽相互對立而統一；一單元的陰與一單元的陽共同組成一個整體，這個整體可以是個體事物也可以是個體事物內部的組成部分；陰、陽相互依存、相互過渡、相互轉化並且消長有序；陰中必有陽，陽中必有陰，孤立的陰或陽是不存在的。相似地，我覺得圍棋遊戲也表達了如下的思維邏輯：陰陽相互對立而統一；陰、陽對等呈現；對等呈現的陰陽運動在平麵上的表現必然為方形；陰陽自由呈現，沒有方向與距離的限製；陰或陽各自在運動中會形成有利於其自身的特定穩定結構，這些穩定結構形成模型內部的小模型；陰或陽獨立存在的依據是包含其對立麵於其自身之中，同樣，被包含於對立麵內部的對立麵也不能是孤立存在的陰或陽，而當是多陰或多陽。對應於上述思維邏輯，所以圍棋的棋盤為方形，布子時雙方機會對等，布子地方自由，依據定式布子有利，兩個氣眼成活等。一單元陰陽模型，實質上是定性模型，因而可以很方便的運用；八卦、六十四卦和八十一卦模型屬多單元陰陽模型，是定性且定量的模型，運用起來比較困難，或者說中國古代乃至至今，我們並沒有找到使用陰陽多量模型的有效方法，所以後者基本上是落於空泛。
五行模型是以木、火、土、金、水五個範疇為支點，以五行範疇之間在現實生活中可能出現的生、克、乘、侮關係為紐帶而構建起來的推理模型。五行模型也是一個定性模型，是一個比陰陽定性模型更為具體的模型，因為其範疇和範疇關係直接來源於日常生活中的五大要素，因而其運用比起陰陽模型更為方便、更為容易，所以中國古代對自然界的認識多以之為邏輯工具。 問題是，這種模型推理有沒有合理性和科學性？模型推理有兩個要素，一個是範疇，一個是範疇之間的關係。模型推理的合理性和可能性存在於範疇的真實性和範疇間關係的普遍性大小之中；範疇本身的抽象程度越高，其普遍性越大，其推理的可靠性和必然性就越大。利用範疇和其關係推理思維過程中是經常的，康德對十二範疇的邏輯分析，就包含了對這種推理的合理性的哲學論證。康德的十二範疇及其關係是範疇及其關係的最高理論形態，因而是模型推理的最高表現和最後依據。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十）
模型推理的全部合理性在與其範疇本身的正確性與否和其範疇關係的真實性和全麵性及其與實踐本身的一致性。這種推理圍繞實踐進行，在開始可為實踐提供指南，在實踐中既由實踐檢驗其正確性與否，又由實踐不斷修正其進程，到最後由不斷積累起來的實踐經驗來穩定和鞏固有效的模型。 雖然陰陽之間的辯證關係可以說是必然關係，而且是放之四海而皆準的普遍真理，但是，五行說所揭示的生、克、乘、侮關係是一種事實關係而非必然性關係。它在現實世界裏以偶然的現象表現出來，所以中醫在用生、克、乘、侮關係來解釋生理病理現象時，也具有偶然性或不確定性，這實際上正是解釋的條件性的反映。如，在一定條件下，木與土的關係是克；在另一條件下，則木與土的關係是乘；在特別的條件下，土也會反過來侮木。這種關係的變化，從邏輯上說，並沒有不合理性；在現實世界裏，這種關係的變化，也是實際存在的。而且，理論上的解釋的不確定性，並不妨礙實踐上的確定性。中醫在辨證施治過程中，證同則治相同，證異則治異；病異而證同則治同，病同而證異則治異。這表現出來的不是不確定性，而是恰恰相反，是一種可以把握的確定性，隻不過確定的標準是證而不是現代醫學的病罷了。與現代醫學以病為標準的做法相比，兩者不過是在不同的標準下各自追求確定性而已，不能說一個是確定的，而另一個是不確定的，是任意的。
作為符號係統，五行具有合理性，陰陽、八卦、六十四卦則具有必然性，但這種合理性和必然性還是抽象的合理性和必然性，如果不與具體事物現象相聯係，這種合理性和必然性沒有具體內容，是一種意義空泛的合理性和必然性，隻有當其與具體事物或現象的過程相關聯時，才獲得其實際內容，成為一種可理解的因而才具有現實意義的合理性和必然性。表麵上看，好像符號的抽象合理性和必然性是人們說明和解釋具體事物和現象進程的合理性或必然性的依據，但實際的認識過程恰恰相反，人們隻有通過具體事物和現象在進程中所表現出來的合理性和必然性來理解和解釋抽象符號的合理性與必然性，來理解和解釋這種合理性和必然性的意義，這應當是我們理解中國古代模型思維符號的基本立足點。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十一）
下麵在看看中醫學是怎樣運用中國古代哲學的方法論建構其自身的。在我看來，中醫學在兩個層麵上運用中國古代哲學方法論。 一方麵，中醫學像其他所有古代學科一樣，一般地運用中國古代哲學方法論。如：用事物自身的原因來解釋事物的理性方法，使中醫學從產生之日起就告別了迷信和巫術而與之有了清晰的界限；運用陰陽五行的一般原理，對醫學對象采取了樸素辨證唯物主義的研究立場，用對立麵統一的、整體論的和人與自然環境統一的觀點看待人的生理與病理、健康與疾病和治療，為中醫學成為醫學科學奠定正確的基礎；用臨床實踐來檢驗並不斷修正中醫學的理論結論和實踐方法，確定了中醫學為臨床實踐服務並隨臨床實踐的發展而發展的發展道路和方向。 另一方麵則直接運用和模擬運用中國古代哲學中的模型思維方法，具體構建中醫學理論。直接運用陰陽學說，使之貫穿於中醫學術理論體係的各個方麵，以之說明人體組織結構、生理功能、疾病發生發展規律並指導臨床診斷和治療；直接運用五行學說，用事物屬性的五行分類方法和其間的生、克、乘、侮關係具體解釋人體生理、病理現象以指導臨床診斷與治療；模擬運用中國古代哲學中的陰陽五行思維模型，創建了以髒腑經絡學說為核心，以病因病機學說和診斷學說為橋梁，以辨證施治為落腳點的獨具模型思維特色的宏觀醫學體係。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十二）
上麵說到，中醫學“直接運用和模擬運用中國古代哲學中的模型思維方法，具體構建中醫學理論”，展開說明如下：
1.中醫學對陰陽、五行模型的直接應用。
陰陽學說是對立統一學說，或辯證法學說的漢語原創性表述，其內容基本上是既全麵又正確的，且對立麵統一是具有必然性的，因而將其應用於醫學領域，並無不妥。陰陽概念，作為對立麵統一的代名詞，比對立麵統一多一點具體屬性。對立麵統一的對立麵，雖然兩者對立，但對立麵本身卻是一個中性概念；陰陽概念則非如此，陰、陽分別是對立的兩極，是極性概念。陰、陽分別固有所指：如天為陽，地為陰；火為陽，水為陰；動為陽，靜為陰；功能為陽，形體為陰等。雖然陰陽的具體所指千差萬別、各有特征，似乎沒有標準；但實則內有定數。事物和現象的陰陽屬性是客觀存在。當千差萬別的具體事物為陽時，則都有一種與陽性內在一致的某種屬性；當千差萬別的另些具體事物為陰時，則都有一種與陰性內在一致的某種屬性。“陰陽者，數之可十，推之可百；數之可千，推之可萬。萬之大不可勝數，然其要一也。” 中醫學把人體組織器官、係統結構、生理功能、病理變化和診斷治療的各種事物和現象都按照凡是活動的、外在的、上升的、溫熱的、明亮的、功能的或機能亢進的屬於陰和凡是沉靜的、內在的、下降的、寒冷的、晦暗、物質的或機能衰減的屬於陽的標準予以陰陽的劃分，以為直接運用陰陽學說奠定基礎。在此基礎上，中醫以陰之間陽的對立統一關係來說明人體生理、病理、藥物和診治等現象，如：用陰陽的鬥爭來說明生命的健康現象是“陰平陽秘”，生命的疾病現象是“陽盛則陰病，陰盛則陽病”；用陰陽的依存互根來說明機體的功能與組織結構之間的關係是“陰在內，陽之守；陽在外，陰之使”，說明死亡現象為“陰陽離決”之“孤陰”或“獨陽”；用陰陽的消長轉化來說明疾病的發展過程為“重陰必陽，重陽必陰”、“寒極生熱，熱極生寒”等。 從總體上看，中醫學對陰陽的直接運用具體如下：人體組織結構及其關係雖然複雜，但都可用陰陽來概括，曰“人生有形，不離陰陽” ；人體生理功能用陰陽加以概括，就是“陰平陽秘，精神乃治；陰陽離決，精氣乃絕” ；人體的病理變化用陰陽來說明，就是陰陽失去平衡、出現偏盛偏衰的結果，逃不出“陰陽失調”、“陰陽兩虛”、“陰盛則寒，陽盛則熱”、“陽虛則寒，陰虛則熱”之類；在診斷上，以陰症陽症統領所有症狀和體征、以陰證和陽證統領所有的證型，所謂“善診者，察色按脈，先別陰陽” ；在藥物學上用陰陽來概括其性味和功能，以寒涼、慈潤的藥物為陰，以溫熱、燥烈的藥物屬陽，以酸、苦、鹹為陰，以辛、甘、淡屬陽，以斂降作用為陰，以升散作用屬陽等；在治療上，“謹察陰陽所在而調之，以平為期” ，平衡陰陽為基本原則，即所謂“陽病治陰，陰病治陽”、“壯水之主，以製陽光；益火之源，以消陰翳”，根據病情之陰陽偏盛、偏衰，結合藥物的陰陽屬性和作用，選擇相應的藥物，從而達到治療目的。 在五行學說中，中國古人把相互資生、相互製約，同時處於不斷運動、變化的木火土金水五種物質的屬性加以抽象推演，以說明整個物質世界。既然五行學說被用來說明整個物質世界，也就必然會被用做醫學說明，所以中醫學是直接應用了五行學說的。
這種直接應用主要表現在：首先是對人體髒腑組織和外界環境的事事物物按五行的抽象特性進行劃分歸類，為之配匹五行屬性；其次是以五行之生克乘侮關係來說明人體髒腑組織及其與外界環境的事事物物之間的關係，以作醫學解釋之用。需要注意的是，五行概念本身就帶有太多的感性痕跡，抽象程度不足夠，五行之間的生克乘侮關係並非必然性關係，而且對事物的五行歸類也不是從邏輯上必然得出，所以，對五行學說的直接醫學運用會使中醫學經常麵臨尷尬。 但即便是這樣，中醫學對五行學說的直接運用還是有積極意義的。因為：第一，運用五行學說，是訴諸於理性（盡管五行學說因其自身的缺陷而也能被非理性的使用），這是中醫學與訴諸於非理性的迷信或巫術的差別之一。第二，五行的說明方式在其適當的適用範圍內使用，應當還是正確的，盡管我們對這個範圍的邊界還沒有可行的知識。第三，不斷的實踐檢驗修正會使對五行說明方式的使用回到其適當的範圍之內；應當說，這個範圍的邊界，從五行學說一被創立之時，就已經被跨越，且在理論上也未被說明，所以後世對之超邊界的使用，產生了許多穿鑿附會；這種穿鑿附會必然導致實踐上的失敗，然而當在其邊界之內適用時，又可導致實踐上的成功，因而，實踐檢驗修正成為適用五行說明方式的重要環節。第四，實踐環節的需要，使得中醫學對五行學說的直接運用以對之的模擬運用為基礎，為什麽？下麵先看看中醫學對陰陽五行理論的模擬運用再說。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十三）
2.中醫學對陰陽、五行模型的模擬應用
中醫學模擬運用陰陽、五行模型是指中醫學應用中國古代哲學中通過陰陽、五行學說而表現出來的以象達意、象意歸類和有限建模的方法來構建中醫學的理論體係，其結果是中醫學的理論體係表現為由一係列的相互關聯的理論模塊構成，每一個理論模塊都相當於一個理論模型。這些理論模型有髒腑學說、經絡學說、病因病機學說、診法理論、辨證理論、藥物的四氣五味說、方劑之八法理論和在此基礎上而形成的各科臨床理論等等。下麵以髒腑學說、經絡學說、四氣五味說和辨證說為例來展開說明。
（1）髒腑學說 首先，以象達意，象是人體組織器官，意是人體各種生理病理現象的依據和根源。髒腑學說的核心之象，是五髒、六腑和奇恒之腑，它們分別包括心、肝、脾、肺、腎，膽、胃、大腸、小腸、膀胱、三焦，腦、髓、骨、脈、膽、女子包；還包括一些輔助說明之象：精、氣、血、津、液、皮、肉、筋、鼻、口、舌、目、耳、前陰和後陰等。這些象，一方麵是我們可感知的象，即人體的組織和器官；另一方麵又是達意之像，即從其組織器官所具有的主要功能之中抽象概括出來的範疇。第二，這些範疇形成之後，轉而成為對人體全部生理和病理現象歸類劃分的標準，例如，把所有與血脈有關的生理病理現象都歸心所主（掌控），所有的精神活動都歸屬於心（所謂“心藏神”）。第三，這些範疇之間自一形成就存在相互關係，這些關係，有的明顯而易被認識（如肝藏血），有些則潛隱而難被認識（如心與小腸相表裏），但它們都是範疇之間可能的邏輯橋梁；利用這些關係，人們便可用這些範疇進行推理說明人體的生理病理機製，從而形成了一個可供具體說明生理病理現象的推理模型。中醫學的達意之象的形成，以中國古代粗糙的解剖觀察為基礎，象意歸類和範疇間的關係則從綜合解剖觀察、生命體驗、臨床觀察和治療經驗升華等而得到；當解剖觀察、生命體驗、臨床觀察和治療經驗在邏輯上內在一致時，相應的具體的中醫學理論原則或觀點就會出現。需要說明的是，中醫的髒腑學說古人稱之為藏象學說，藏者藏之於內，指內髒；象者象之於外，指症狀、體征等外在現象；外在的症狀與生命體征總會有其內在的髒腑依據，這是對藏象學說的診斷學解釋，與上文所說的以象達意也不矛盾。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十四）
（2）經絡學說 經絡學說的象是人體的聯絡組織，古代看到的估計是血管、筋等組織，包括現代所說神經、血管、淋巴等組織，其意則是運行全身氣血、聯絡髒腑肢節、溝通上下內外、調節體內各部分的通路。經絡在實質上是一個觀念的通路係統，是對人體整體有機統一的形象表達，是通過對整體有機統一人體深入考察的思想或理論結果。這個係統具有如下特性：第一，以神經、血管、淋巴網絡為基礎；第二，與髒腑學說相適應；第三，有其自身的規律；第四，這個規律應當在體表有反應，這些反應既是經絡自身的體現，又是相關生理、病理的反應點，因而也是診斷點和治療點；第五，臨床刺灸經驗與這個觀念係統統一。 經絡學說的範疇是十四經及其腧穴。這裏的範疇歸類縱橫交錯，有十二經歸類、奇經八脈歸類、十二經別歸類、十二經筋歸類、十二皮部歸類、五輸穴歸類、八會穴歸類、八脈交會穴歸類和俞募穴歸類等等。 以上範疇之間的關係及其與髒腑學說的範疇之間的關係，共同構成一張經絡學說的推理網絡。這些關係，有的已經被揭示出來，成為中醫臨床的依據，有的尚未揭示出來，有待與人們在臨床實踐的基礎上發現它們並驗證它們，以為經絡學說的發展添磚加瓦。
問題是這樣一張思維的網絡為什麽會有效？它與客觀事實本身相符合否？首先，經絡學說是在漫長的刺灸經驗基礎上形成的，實踐的成功和實踐經驗的反複驗證是這張思維網絡有效的可靠保證。這一點從經絡學說的先有腧穴後有經脈 的發展過程可略見一斑。其次，我在這提出一個經絡學說假設，供諸君理解經絡學說與客觀事實相符合的情況參考。人之所成為一個高級的有機整體，是因為大腦皮質將人體所有的信息整合並對人體所有的組織器官的功能進行調節控製。在我看來，如果假設大腦皮質係統有一個內在的與經絡係統相對應的網絡通路結構是合理的。一方麵，如果機體組織器官發生病理變化時，也能將其刺激傳入大腦皮質網絡通路結構上相關的點，而激發大腦皮質的相關功能而通過傳出係統使相應的體表經絡腧穴處於特定狀態而反映病理變化的存在。另一方麵，當與體表經穴相應的點下的組織被刺激時，刺激通過神經傳入係統而到達大腦皮質，激發網絡結構中的相應的點而激發網絡結構的相關功能，再通過傳出神經係統而實現神經、體液調節功能，或者改變病灶局部的內環境，或者調節局部組織、器官、係統乃至整個人體的功能狀態而實現治療和保健作用。由於大腦皮質本身對傳入的信息必然要進行整合，所以腧穴與疾病的關聯反映和刺激腧穴所引起的傳入-傳出不是一對一的簡單反應，而當是一對多的複雜反應，這是解釋疾病的多穴位反映和解釋穴位的多功能狀態的依據。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十五）
（3）四氣五味說 四氣之象，本是一年四季氣溫之象。一年之中，春溫、夏熱、秋涼、冬寒，地球上的所有事物，尤其是有生命之物，都受其陶冶，適應其節律，而使之成為自身之本性。中藥的取材範圍幾乎囊括所有的自然存在物，但其主要的還是植物動物等有生命之物。中醫學受中國古代哲學天人合一大思想的影響，潛在的認為天地是一大天地，人身則是一小天地，所有，自然界所有的存在物都對人體有某種藥物作用。當然，所有的自然存在物也會稟有四季之氣性，或偏溫、或偏熱、或偏涼、或偏寒。於是，溫熱寒涼就成為了標識事物氣性的範疇，其所概括的意義是事物各因其適應四季而形成之特殊的內在規定性。另一方麵，溫熱寒涼是陰陽最直接的表現：陽則溫熱，陰則寒涼；陽盛則熱，陰盛則寒；病熱可用陰寒去消解，病寒則可用陽熱對抗。故而，溫熱寒涼可用於對藥物功用之解釋和說明，成為概括存在於藥物內部的那種可以實現熱者清之、寒者和之的規定性的範疇。 五味是藥物的本有之象。任何藥物，入人之口，都不可避免地要刺激人的味覺器官而產生味覺。辛、甘、酸、苦、鹹是五種最常見的味覺，中國古人認為藥物的功效作用當與藥物的味有關，故此將辛、甘、酸、苦、鹹、升華為範疇，以達藥物何以能治病之意。
問題是，如何確定藥物之氣性？如何確定五味各自之藥理功效？中醫學是通過三個途徑來實現上述兩個確定的。第一，生命體驗。神農嚐百草的傳說說明在人體健康條件下試食某藥物，可使人體驗其寒、熱、溫、涼之氣性，可使人體驗到其或辛、或甘、或酸、或苦、或鹹之味的功用；在曆史的長河裏，我們的祖先，通過多人多次的反複體驗，終於將常用的藥物的氣性和常見藥味的功用確定了下來。第二，臨床實踐。通過在人體疾病條件下對藥物的使用，醫者客觀地具體考察驗證其所使用藥物的氣性和其所具有的味的功效。經過數千年的臨床經驗總結，中藥本草學的發展，標誌著中藥學對越來越多的具體藥物的氣性和味的藥用功效的確定，而且在味的藥用功效方麵給出了一些規律性的總結：辛能散能行；甘能補能緩能和；酸能收能澀；苦能泄能燥能堅；鹹能下能軟。第三，約定俗成。在四氣五味學說成為中醫學說明藥物的功用理論後，隨著臨床實踐的發展，後世醫家又往往依據具體藥物的功效和臨床應用來規定一些難以確定其氣性和實際味與功效不符的藥物的氣性和味。需要說明的是，這第三種情況，並非簡單的邏輯上的循環論證，而是一種使理論與實際統一的努力，因為這種途徑的使用應當條件限製嚴格。 下麵討論一下這種確定是否有效？從上述考察可以看出，中醫學關於四氣五味的藥物學理論，並不是從邏輯上推出來的必然的普遍性理論，而是從經驗中總結出來的可能性規範，因而應當在經驗的範圍內使用這種理論，而且要不斷地在實踐中依據具體情況具體分析的原則來豐富和修正這種理論。雖然如此，在臨床中現有的中藥學理論依然是最有效、最有啟迪性和最方便的使用中藥的工具，其所以如此，是因為中醫臨床實踐遠遠跑在了現代藥物學理論的前麵，在新的更有效更便捷的藥物學理論出現之前，我們還可權且依靠這種理論來使用中藥，並且沿著既有的方向和道路繼續向前，而不至於中斷了獨特的醫學實踐和獨特的原創醫學理論的延續。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十六）
（4）辨證學說 辨證學說亦可用以象達意、象意歸類和有限建模的思維過程對之做出具體分析。其它如病因病機學說、診斷學說和方劑理論等皆然，由於過程較為繁瑣，我在這裏就將之省略，隻將我關於辨證學說的最核心的觀點貢獻給讀者，以供參考：第一，證的本質是人體在疾病原因作用下可能出現的整體反應狀態；第二，整體反應狀態不與具體致病因素一一對應；第三致病因素在種類數量上遠遠大於反應狀態的種類數量；因而第三，每一種反應狀態都具有一定程度的普遍性；第四，證作為致病因素與人體反應共同作用下產生的人體特殊整體狀態，通過臨床症狀和體征表現出來，盡管症狀有主觀症狀和客觀症狀之分，應當肯定地說，即便是主觀症狀對醫者說來，仍然具有客觀意義，因而每一個特殊的整體狀態都是一個客觀的人體疾病的模型；第五，對疾病的完整的治療是既消除致病因素，又調整糾正致病因素引起的整體反應狀態；而且第六，有些疾病隻通過消除致病因素就可以臨床治愈，有些疾病則可隻通過糾正致病因素引起的整體反應狀態就被臨床治愈，還有些疾病則必須既消除致病因素，又調整糾正致病因素引起的整體反應狀態才能被臨床治愈；因而第七，中醫治療疾病的原則，有時是對因治療，有時是對證治療，有時是既對因又對證的治療，但中醫強調對證治療具有根本性；第八，中醫學在長期的臨床實踐中，已經對臨床中遇到的基本疾病模型的對應的診斷標準和治療手段（或中藥或針灸）給予了係統而有效的總結，因而形成了辨病與辯證相結合、落腳於辨證施治為特征的且適用於醫學各科的中醫臨床學。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十七）
“‘醫案’並不被現代醫學認為是療效的證據。許多疾病都能自愈，在受到心理暗示時更是如此，患者的痊愈不一定是所接受的治療導致的，因此某個患者被某個中醫用某種療法治好了病，並不能作為該┄┄療法確實有效的證明。一種療法、藥物是否有效，是必須經過嚴格設計的臨床實驗才能確定的。現代醫學是遲至上個世紀40年代才確立這個原則┄┄” 醫案作為一種臨床記錄，古代中醫多應用，現代中醫也喜用。它作為一種醫學文書，伴隨著中醫的存在和發展而存在和發展。醫案的作用，我想可能主要是醫療實踐的客觀記錄，以便總結經驗和教訓，提高醫療水平。但是這種文書，自然而然地就附帶上了其他價值，如證據價值，如曆史價值，等等。
客觀地說，一個醫案可能屬於下列三種之一：真實而客觀的臨床記錄；主觀編造的臨床記錄；或多或少地既有真實而客觀的成分又有主觀編造的成分。絕對的真實而客觀或絕對的主觀編造，都很難做到；現實的情況應當是或多或少地既有真實而客觀的成分又有主觀編造的成分。因此，在有條件有分析的情況下，醫案還是有證據價值的。現代醫學從嚴格的證據要求上不承認醫案的證據價值，並不必然否定醫案在任何條件下的證據價值。至少行醫者可以通過研究前人的醫案而學習前人的經驗，總結相關疾病的治療規律和得到有益的啟迪。關於中醫的療效，自不必說，其中可能有些是在可自愈範圍之內。但如果方舟子要把所有的療效都歸結到自愈範圍或在心裏暗示條件下的自愈，說中醫藥普遍無效，則是需要證明的，而不能僅僅作一個模糊結論就算了的。舉個簡單的例子說，感冒的自然病程一般情況下大概是5天，但用中藥治療，如果辨證準確，用藥得當，快則藥到病除，慢則兩到三天，在這種情況下，病程縮短，哪怕隻有一個案例，我想也是有療效的證據價值的，君不聞“麻雀雖小，五髒俱全”？汝不知道在哲學上“任何個別的都是一般的”、普遍性通過特殊性而存在的道理？而且，從邏輯上說，療效的證據不被現代醫學認可就等於沒有療效了？有沒有療效是一種客觀存在，認不認可是一種主觀狀態，主觀狀態在方舟子的證據學說上優先於客觀存在？何其荒謬！
對方舟子《批評中醫》之批評（三十八）
“中醫之所以相信虎骨、虎鞭、熊膽、犀角是良藥，是因為這些動物凶猛、強壯引起的聯想，所謂取類比象，類似感應巫術。水蛭會吸血，中醫就認為把它曬幹了入藥能夠活血化瘀，蚯蚓在土壤裏鑽來鑽去，中醫就認為它曬幹了入藥能夠通絡利尿，凡此種種，不勝枚舉，以生物的習性附會其死物的藥效，這顯然不是經驗的結晶，而是變相的感應巫術。” 雖然虎、熊、犀牛等是珍稀動物需要保護，但我們完全可用正確的理由來說明我們的保護行為，而無需用欺騙的手段來達到目的。虎骨、犀角的藥用作用是明顯的，由於資源的缺乏，臨床上用狗骨來代替虎骨，用水牛角來代替犀角，其作用就很有些減弱，而且用量需要加大，這是事實，何必以否認虎骨與犀角的藥用作用來達到保護虎、犀牛的目的！如果欺騙能達到目的，那就太把人們當小孩看了。熊膽的作用我沒研究，我在這不發表意見。蚯蚓和水蛭的作用與習性偶然巧合，是引起古人有相似的錯誤的藥物學理論的原因，但是，今天中醫界早就把這種似是而非理論放棄，普遍地以從臨床經驗中總結和驗證動植物的藥效作用作為為臨床實踐的依據。所以說中醫學“以生物的習性附會其死物的藥效，這顯然不是經驗的結晶，而是變相的感應巫術”是對現代中醫學的侮辱。但願方舟子是因為對現代中醫學的無知才說出了如此令人憤慨的話來。
對方舟子《批評中醫》之批評（三十九）
“由於中國大陸大力提倡中西醫結合，許多臨床醫生在臨床用藥中普遍采用中西藥聯用治療疾病，據信這樣做可以提高療效，或減低西藥的毒副作用。但是目前還沒有足夠的臨床證據證明中西藥合用具有良性的藥理學作用。從理論上講，中西藥合用可產生協同作用，但是也可產生拮抗作用，不但使藥效降低，而且還可能出現不良反應，甚至誘發某些藥源性疾病。” 客觀地說，從理論上講，中西藥合用可產生協同作用，也可產生拮抗作用，還可能既不協同也不拮抗或部分協同部分拮抗。所謂協同作用，就是提高療效或減低毒副作用；所謂拮抗作用就是降低療效或增加毒副作用。1949年後中國大陸的普遍臨床實踐中的中西藥聯用實際證明，在大多數情況下，是協同作用，這僅僅從各種醫學雜誌所發表的相關論文就可以看出來，協同作用的報道遠遠多於拮抗作用的報道。雖然如此，對聯合用藥的拮抗作用的研究的意義卻大於協同作用，因為前者可以無功，而後者卻不可以無過。無功者可無罪，而有過者必有責，於醫道尤其如此。但方舟子的行文，其意在肆意貶低中西藥合用的協同作用，而特別醒目地誇大拮抗作用，一看便知，且對既不協同也不拮抗或部分協同部分拮抗的可能性隻字不提。無公正之心，何以為學？本來應當由大量科學實驗來逐一決定的事情，在方舟子這裏簡單地由他的偏頗的理論批評似乎就給裁定了，真是簡單得可愛，但是對科學精神而言卻不可思議！
“廣州中醫藥大學一附院收治36例薩斯患者無一例死亡，也不能證明中醫的作用。第一，他們並非完全采用中醫的方法，其實是以現代醫學技術為主，輔以中藥。第二，中藥輔助治療是否發揮了作用，是很值得懷疑的，因為他們治療的都是病情較輕的患者。據報道，廣州病重的薩斯患者都被集中送到終南山領導的廣州醫學院第一附院呼吸疾病研究所。” 公證地講，廣州中醫藥大學一附院收治36例薩斯患者無一例死亡能不能證明中醫的作用，在於對這些案例做出具體分析之後的結論如何，而不在於：第一，中藥是否在治療中的主要地位是輔助地位，因為即便是輔助地位，也是有作用的，有時候還特別重要，例如釀酒過程中的酒曲，其地位是輔助，但卻是必要條件；第二也不在於所治療之案例病情之輕重，因為輕者可向重者發展，且重者轉向輕者亦並非總是是治療的結果。所以此處方舟子不對廣州中醫藥大學一附院所收治36例薩斯患者做具體分析，而抽象地提些問題，並“據報道，廣州病重的薩斯患者都被集中送到終南山領導的廣州醫學院第一附院呼吸疾病研究所”，說明不了他所要說明的問題的。似是而非，故伎累演！
“為中醫辯護的人往往聲稱中醫是有幾千年的經驗總結。依靠長期的經驗摸索的確有可能發現某些疾病的某些治療方法，但是這不適合於像艾滋病、薩斯病這樣的新發傳染病。” 中醫學發展至清代成熟地孕育出了溫病學，其核心之衛氣營血辨證和三焦辨證理論，對一些新發的傳染病就是有效，好比說流行性感冒，每次引起疾病的病毒都有變異乃至新病毒出現，中醫依衛氣營血辨證便可有效治療之。由此看出，中醫學不僅僅是幾千年的經驗總結，而且有其科學理論性，至少把握了一些治病的科學規律。至於薩斯病，用中藥治療是否有效，完全可以具體分析當時的案例，並在現代實驗檢驗之後再來做出結論，何必急於在理論上急急忙忙地否定呢？
對方舟子《批評中醫》之批評（四十）
“其實經絡……原先不過是中醫對大小血管的統稱。……用現在的術語來說，就是把大血管（動脈、靜脈）叫經脈，皮下小靜脈網絡叫絡脈。因為古人的解剖觀察很粗糙，許多是出於想像（象，引者注），所以十二經脈的分布又與大血管的實際狀況不符。中醫之所以認為經脈走氣，把動脈當成了氣管，也是由於粗糙的觀察所導致的：在人死後，動脈中的血迅速排空，因此在解剖屍體時會發現動脈是空的，隻有靜脈中含有血，這讓研究者誤認為動脈不是運輸血而是運輸氣。……因此動脈的搏動，就被中醫當成是氣的搏動，直到清王清任《醫林改錯》還說：‘頭麵四肢按之跳動者，皆是氣管。’切脈也因此被認為能探測出人體氣血、髒腑的狀況，能夠借以診斷出種種疾病，無限地誇大了脈搏的重要性。……簡單的推理就可以否定經絡的存在。外科醫生在做手術時必須清楚地知道每一個局部、每一個層次的神經解剖和血管解剖，如果誤傷了神經、血管，後果不堪設想。但是卻沒有……需要了解經絡，不必擔心……割斷經絡、會刺傷穴位。經絡據稱對一根小小的毫針都會有反應，為何會對粗魯的手術刀倒無動於衷？為什麽不怕手術刀？合理的答案是經絡並不存在。根據經絡理論，人的下肢分布了六條最重要的經脈，……分別屬於脾、胃、腎、膀胱、肝、膽等最要害的髒腑。但是，雙下肢截肢的病例並不少見，病人除了不能行走外，其他生理功能與常人並無二致。這一簡單的事實也說明了經絡理論的荒謬。”
我的批評是：第一，方舟子所理解的經絡就是對大小血管的統稱，大血管（動脈、靜脈）叫經脈，皮下小靜脈網絡叫絡脈；對於十二經脈的分布與大血管的實際狀況不符原因他理解為古人很粗糙的解剖觀察使其想象出了經絡係統。既然經絡是對全身血管的觀察描述，那麽，想象起作用的地方應當是在觀察有困難的地方，而不會出現在對於沒有觀察困難的大血管的描述之中。所以方舟子關於經絡就是血管的統稱的說法不是中醫理論中的經絡，而僅僅是他自己所錯誤理解到的經絡。第二，方舟子依據《醫林改錯》所想象和理解的中醫關於經絡是氣的運行通道也是錯誤的；因為中醫界對《醫林改錯》的評價是“越改越錯”，《醫林改錯》不足為據，雖然它有曆史進步意義；且中醫從來就認為氣血是不可分割的統一體，氣為血之帥，血為氣之母，氣行則血行，血瘀則氣滯，斷沒有隻有行氣而不行血的經絡通道存在。第三，按照方舟子的邏輯，既然經絡就是血管，且“如果誤傷了神經、血管，後果不堪設想”，那麽，經絡就應當怕手術刀，因為傷了經絡就是傷了血管，為什麽他卻認為經絡不怕手術刀？既然 “如果誤傷了神經、血管，後果不堪設想”，且“雙下肢截肢的……病人除了不能行走外，其他生理功能與常人並無二致……這一簡單的事實也說明了”方舟子所說“如果誤傷了神經、血管，後果不堪設想”的結論與其所說“簡單的”醫療“事實”相互矛盾，說明其對現代醫學和中醫學的錯誤理解都是其“理論的荒謬”的結果。第四，經絡既然對毫針起反應，豈能不對手術刀起反應？隻不過在手術過程中因為麻醉藥物的使用阻斷了這種反應而已 ，方舟子邏輯混亂，對自己不了解的濫發議論、妄作結論已成習慣，令人無語。第五，切脈確實可為臨床診斷提供一定程度的幫助信息，這又豈是門外漢方舟子所能知道的事情？雖然實踐當中確實有些中醫醫師把切脈在診斷過程中的作用神迷化和虛幻化以求得其在病人當中的非理性化的權威的做法應當受到病詬和猛烈抨擊，但因此而否認切脈在診斷當中能夠提供一些合理的疾病和健康狀況的信息，就走到了認識的另一個極端，走向了謬誤！
對方舟子《批評中醫》之批評（四十一）
“美國國立衛生院和美國醫學會都把中醫和其他民間醫術一起歸為另類醫學（alternative medicine），常被譯做替代醫學，其實這裏alternative 是指存在於傳統或體製之外的意思，不屬於醫學科學。” 為了說明中醫學說不是醫學科學，方舟子可謂是費盡心機。在美國，中醫是被稱為alternative medicine。但是，alternative的中譯絕沒有另類的意思。眾所周知，另類，在漢語裏，在大多數情況下，是一個貶義詞，而alternative 在英語裏，是一個中性詞。好比說，如果問如何得到180度的角？那麽，一種可能的回答是，過點O作一直線AB， 則可以得到∠AOB為180度；另一種可能的回答是，作任意三角形ABC,將∠ABC與∠CAB和∠ACB加在一起，就可以得到180度的角；還有一種可能的答案是，將兩個直角加在一起，就可以得到一個180度的角。這三個答案（雖然還有很多其他可能的答案存在），任意兩個答案對第三個答案而言，都是alternative 的。事實上，對於重視原創性的西方文化而言，總是鼓勵人們去尋找更多的alternative答案，所以，alternative這個詞還含有一些褒義的成分。至於說alternative 有存在於傳統或體製之外的意思，這不過是帶有中國文化眼鏡的翻譯者們特指那些不是現代西方文化而存在於現代西方文化之中的事物，如中醫，如中餐，如印第安人的傳統等時的一種誤解。其實，在現代西方文化中，平等的概念是如此的深入人心，西方人正是為了避免使用帶歧視或偏見的詞匯才使用alternative這個詞來描述中醫或印第安人的傳統等，被翻譯成中文後，結果中文翻譯者們把中國文化中的那種歧視和便見的情感強加給了英文的alternative這個詞，這恰好違背了現代西方描述者的本意。既然將中醫稱之為醫學，那麽還有在現代西方文化條件下承認的醫學不具有科學性的嗎？從這裏，我們也可看出，說中醫是科學，並不是什麽荒誕不經的事情，而是相反，現代西方人是承認中醫具有科學性的。
對方舟子《批評中醫》之批評（結語）
方舟子說中醫學已經被現代醫學所否定。 方舟子所說的否定應當就是所謂的辯證否定，或者如庫恩所說的科學革命，新理論或新範式不僅能夠解釋新問題、預見新結果，而且要能將舊理論或範式的全部合理成分包納其中。現代醫學作為新理論或範式對中醫學顯然還沒有做到這一點。如果已經做到這一點，也就無需方舟子提倡什麽廢醫驗藥論了，在現實當中，中醫臨床也就不會再有任何存在的理由了，也就自然被消滅或被存放於曆史博物館了。然而現實並非如此，反而是中醫市場在經曆了西醫的摧毀性打擊之後劫後餘生，而且日益興隆，不僅在中國如此，而且在全世界皆然。所以方舟子在說這種話的時候並沒有嚴肅地思考過，而是僅僅想要自圓其說地羅列一些似是而非的他對中醫學膚淺表皮的批判來論證這個問題。 原本想對方舟子逐一批評，是因為善意地想他在論證過程中邏輯不嚴密，累出破綻，例如，方舟子說，“中醫所說完全沒有……解剖基礎” ； 方舟子又說，“實際上，《內經》已清清楚楚地指出髒腑是解剖而得的具體器官” （我把方舟子所說的用邏輯語言表述一下，則為：方舟子說，中醫是非A；方舟子又說，實際上，中醫是A。大家知道，這違背了形式邏輯上的同一律）。故欲借其批評之名以回敬其批評之文，以享於此有興趣之人，或可為樂，或可辨真假。但至此我已然沒了興趣，因為通過上述所有的批評和分析，可以看出，方舟子對中醫的核心理論的抨擊是站不住腳的，我已經從基礎的層麵上對中醫理論作出合理的維護性辯護；而且，我看出他對中醫的批評實質上並不是其深邃理性思考的結果，而是在其膚淺理論理解的基礎上的一種政治運動式或文革式的批判，不是理性思考決定批評目的，而是其事先設定的批判目的決定其在何種程度上運用理性思考。我的批評就此罷筆，告一段落再說。
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