正文
昨天晚上以前，我從來沒有想過，更不相信武漢新病毒是人為構建的。不過網上,群裏反駁“武漢病毒是人為構建”的著名專家，教授的文章鋪天蓋地，讓人不得不看。我昨天就看了兩篇，順便看了一篇推測認為“武漢病毒是人為構建”文章。看完之後，感覺那一篇認為的“武漢病毒是人為構建”文章是就事論事，有理有據，認為插入了一段pshuttle的人工構建的序列；而那些著名的專家教授的說法則是雲裏霧裏，滔滔不絕的說了半天，就是沒有絲毫實際有用的證據。於是，我在今天有空的時候就去查了一下武漢新病毒的核酸序列和氨基酸序列，然後和武漢病毒所最新發布的蝙蝠冠狀病毒的序列進行了對比。不比不知道，一比嚇一跳，武漢新病毒還真真正正的是人工構建的病毒。
通過武漢新病毒序列（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/LR757998.1）和蝙蝠冠狀病毒（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1802633852）的序列比較發現：
- 這兩個病毒序列都是武漢病毒所發布的。
- 兩個病毒整個的核酸序列相似性是96%。其實這個核酸序列是沒有太大意義的，核酸需要翻譯成蛋白質才能起作用。即使是兩個病毒的囊膜蛋白的核酸序列，也隻有96%的相似性。
- 通過兩個病毒的蛋白質的氨基酸序列比較，才真正發現了問題所在，兩個病毒除了囊膜蛋白，其它所有的蛋白的氨基酸序列都是99%以上的相似性，而囊膜蛋白氨基酸序列相似性還是隻有96%，但是，如果把紅框框裏和綠框框裏的差異序列去掉（query是武漢新病毒，sbjt是蝙蝠冠狀病毒），囊膜蛋白氨基酸序列相似性就是99%以上了。而紅框框裏和綠框框裏的序列的差異則是證據的關鍵所在。
- 大家先看紅框框裏，武漢新病毒囊膜蛋白比蝙蝠冠狀病毒多了PRRA四個氨基酸，做過囊膜病毒的都知道，很多病毒如艾滋病病毒，流感病毒，冠狀病毒的囊膜蛋白一般是先表達出前體，如冠狀病毒的是S蛋白，基本上沒有活性。需要靠宿主細胞的Furin蛋白裂解成S1和S2以後才有活性，S1和細胞表麵的受體結合，S2溶解細胞膜，從而使病毒進入細胞。裂解位點是由兩個連續堿性氨基酸加另外一個任意氨基酸，再加一個堿性氨基酸組成，就是這裏的PRRAR。千萬千萬不要小看這幾個氨基酸，病毒裂解位點的的活性決定了病毒的感染能力，S蛋白不裂解成S1和S2，病毒幾乎沒有感染能力，就像是一把劍一樣，雖然鋒利，是在劍鞘裏，不會傷人。正是PRRA的加入，使原來感染能力極其低下，和蝙蝠共生的蝙蝠冠狀病毒，變成了感染能力極強的冠狀病毒。
- 如果病毒隻是感染能力提高了，還沒有問題，最多會對蝙蝠有感染能力，造成蝙蝠發病。現在再看綠框框裏，這兩個位點是冠狀病毒的受體結合位點的關鍵位置，原來病毒隻能感染蝙蝠的細胞，現在把這兩個位點的氨基酸改變之後，就變成對人體的細胞結合力極強的病毒了。
這樣，通過這三個位置的幾個氨基酸的改變，徹徹底底把原來隻是在蝙蝠身上存在，和蝙蝠共生共存的冠狀病毒，就變成了對人類健康構成巨大威脅的武漢新冠狀病毒了。
至於合成全序列的病毒， 有石正麗名字的2015年的nature文章的摘要，已經說了，他們人工合成了全序列的病毒
看了你的鏈接的文章，原文還沒有看。
1,張的文章是針對所謂的hiv基因片段的插入，說的有道理。
2，文章中有句話說的好：而人類蓄意插入的片段在基因序列中也是非常顯眼的，很容易就能被挑出來。現在spike protein的三個位點的插入，這麽明顯，足夠說明問題了
的冠狀病毒？很想看到穿山甲的病毒序列。
合成整個病毒基因組，即沒必要，也合成不起。但是病毒的基因合成在這裏沒有人管。
不知道是這個改建病毒的人知識不夠，還是良心發現，隻是用了prrar這個比較弱的裂解位點，所以這個病的致死率並不高，隻是感染性比較強。我見到過最強的裂解位點是連續6個堿性氨基酸，很高的中和保護抗體都不能保護
that's also one of the arguments made by Gallaher:
"One has to consider that the PRRA is an unusual sequence to introduce to generate a furin site – others even among coronaviruses like MHV A59 are so much better. "
50年的話，年齡太大了吧，所以容易沒有根據就下結論。
他這話說的真像是中國官員的話。他從哪裏得出結論說這個序列已經存在很久了？多久？一年，十年，一萬年？
現在武漢新病毒的最近的祖先就是蝙蝠冠狀病毒，是父子關係，父親沒有的東西，祖先怎麽會有？除非是假父子
我不管怎麽看他的說法，他都沒有說這個prra到底從哪裏來的。其它位置的氨基酸幾乎完全一樣，隻有這幾個關鍵位點變異，這是有基本推理能力的人都能推理出這是人為插入的。
http://virological.org/uploads/short-url/z0cOhZzme3C6HtlcOcE61uMwJmU.pdf
http://virological.org/t/tackling-rumors-of-a-suspicious-origin-of-ncov2019/384
至於你說的1000多個堿基的變異，有可能是optimized原因，也有可能是感染細胞時，或者做動物感染時候的變異。但是因為氨基酸變化不大，我覺得是第一種原因的可能性最大。
不知道你做了多少年病毒研究了。現在很多熱點病毒的基因序列都是codon-optimized的，人工合成的，放在表達載體的cdna，目的是讓病毒的核酸在細胞內更穩定，表達更高。在表達載體的質粒裏，你可以用site—direct mutation kit任意修改核酸而不用留下任何痕跡。對於比較大的病毒，你可以把它的幾個蛋白克隆到不同的質粒裏，到時候需要病毒的時候共轉染就行了。
回複 '紅米2015' 的評論 :
一個人這樣說的
It seems unlikely that the receptor binding domain–and especially the receptor binding motif–would be nearly identical to one found in pangolin through random chance
I think he meant it must be a result of recombination.
我前麵已經說了，如果是自然變異，要變大家一起變。現在這三個位置氨基酸的變異如此之大，又如此特別，而其它氨基酸幾乎不變，自然變異的可能性應該幾乎為零。特別是那個裂解位點，除了人工插入，不會有任何別的解釋。
感謝帽子工廠工人給我發的帽子。不過你的帽子可能對你最合適
在法律和道德許可的情況下，重組病毒實驗值得做。但是國內對實驗廢物的處理遠不夠規範，很容易留下很多隱患
https://www.the-scientist.com/news-opinion/lab-made-coronavirus-triggers-debate-34502
實驗室製造的冠狀病毒引發辯論
嵌合型SARS類病毒的產生使科學家們討論獲得功能研究的風險。
2015年11月16日
傑夫·阿克斯特
北卡羅來納大學教堂山分校的傳染病研究人員拉爾夫·巴裏克（Ralph Baric）上周（11月9日）發表了一項研究，關於他的研究小組利用在中國的馬蹄蝙蝠中發現的具有SHC014冠狀病毒表麵蛋白的病毒製作病毒的努力。以及在小鼠引起類似人的嚴重急性呼吸係統綜合症（SARS）的骨架。研究小組的結果發表在《自然醫學》雜誌上。
結果表明，SHC014表麵蛋白具有結合和感染人類細胞的能力，這證實了人們對該病毒（或蝙蝠物種中發現的其他冠狀病毒）能否在不首先進化為中間宿主的情況下向人飛躍的擔憂。 。他們還引發了關於該信息是否可證明進行此類工作的風險的辯論，這被稱為功能獲得研究。巴黎巴斯德研究所病毒學家西蒙·韋恩·霍布森（Simon Wain-Hobson）告訴《自然》雜誌：“如果[新]病毒逃脫了，那麽誰也無法預測其發展軌跡。”
2013年10月，美國政府停止了所有用於功能獲得研究的聯邦資金，尤其是對流感，SARS和中東呼吸綜合征（MERS）的關注日益增加。美國國立衛生研究院主任弗朗西斯·柯林斯說：“美國國立衛生研究院（NIH）為此類研究提供了資助，因為它們有助於確定人與病原體相互作用的基本性質，能夠評估新興傳染病的大流行潛力，並為公共衛生和備災工作提供信息。”當時在一份聲明中說。 “但是，這些研究還涉及生物安全和生物安全風險，需要更好地理解。”
Baric告訴《自然》，Baric對SHC014嵌合冠狀病毒的研究在暫停宣布之前就開始了，NIH允許其在審查過程中進行，最終得出結論認為該工作不屬於新的限製。但是，一些研究人員，例如Wain-Hobson，不同意這一決定。
爭論歸結為結果如何豐富。羅格斯大學分子生物學家和生物防禦專家理查德·埃布賴特（Richard Ebright）對自然界說：“這項工作的唯一影響是在實驗室中創造了一種新的非自然風險。”
但巴裏奇（Baric）和其他人則認為這項研究很重要。 “（結果）將這種病毒從候選的新興病原體轉移到了明顯的當前危險中，” EcoHealth Alliance總裁彼得·達薩克（Peter Daszak）告訴《自然》雜誌。
我沒有把病毒的序列和pshuttle比較，不過我感覺他的論證嚴謹，就事論事，是比較科學的態度。有人說很多冠狀病毒都有這個序列，和pshuttle同源性不超過90%。
https://jameslyonsweiler.com/2020/02/02/moderately-strong-confirmation-of-a-laboratory-origin-of-2019-ncov/
https://jvi.asm.org/content/jvi/early/2020/01/23/JVI.00127-20.full.pdf
這種序列，自然重組的可能性幾乎為零。要是發生重組，很多蛋白都會有變異，不可能隻是關鍵位點全部變異而其它位點一點不變。如同一個人一樣，要衰老，是全身各個零件都衰老，到了70歲，不可能是20歲的心髒，70歲的肝髒
可能實驗正在進行，也可能隻是感染了實驗動物，對人的感染能力還不確定。但是如果查實驗記錄，就能查到
一個人這樣說的
It seems unlikely that the receptor binding domain–and especially the receptor binding motif–would be nearly identical to one found in pangolin through random chance
回複 '紅米2015' 的評論 :
謝謝你提供的連接。
另外文章有一句話也說了：受體結合位點的變化，自然隨機變異是不可能的
but is recombination a possible explanation, as he suggested?
謝謝你提供的連接。
另外文章有一句話也說了：受體結合位點的變化，自然隨機變異是不可能的
我昨天在另一個地方讀到，這種新發現的冠狀病毒，其S1受體結合部分與新冠狀病毒高度相似（97％），懷疑是穿山甲本身的冠狀病毒與蝙蝠冠狀病毒重組的結果。
Here:
http://virological.org/t/ncov-2019-spike-protein-receptor-binding-domain-shares-high-amino-acid-identity-with-a-coronavirus-recovered-from-a-pangolin-viral-metagenomic-dataset/362
我不是學生物的，隻提供一點信息。
等他們發了文章看看再說吧，這個新聞發布會說明不了太多問題
你自己blast一下就知道了
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045512
特別是那個裂解位點，99%可能性是人工插入的
應該有模型，我不熟悉。不過關鍵位點變異而其他位點幾乎不變，我覺得自然發生的可能性非常小
圖隻是兩個病毒的囊膜蛋白的氨基酸比較，紅框框以後，兩個序列100%一樣
任何行為 都會留下痕跡
行為的motive 需要用行為帶來的結果去推理
以這個係列，
獻給世界上所有的人，無論國籍，無論種族，無論貧富，無論信仰，無論職業，無論政治立場
祝福
- 全世界的老人們幸福安康
- 全世界的中年人健康無憂
- 全世界的年輕人心正體強
- 全世界的孩子們平安成長
目錄
1 發生了什麽？
https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202001/36295.html
2 滅霸的響指？
https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202001/37011.html
3 中國的切爾諾貝利？
https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202001/38503.html
4 財迷心竅 - 為GDP製造增長點？
https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202002/11.html
5 什麽是真相？
https://blog.wenxuecity.com/myblog/71649/202002/769.html
我們所有人，摸著我們的良心，放下我們的爭論，萬眾一心，在災難到來之時，保衛我們的父老鄉親