多項研究顯示，大多數感染人類的冠狀病毒來自動物，尤其是2002年引起非典流行的病毒。蝙蝠被認為是最有可能的 "罪魁禍首 "，因為他們身體攜帶一種基因與SARS-CoV-2相似的病毒。然而，蝙蝠冠狀病毒和人類冠狀病毒之間的遺傳距離表明，病毒是通過 "中間宿主 "-例如穿山甲、水貂或果子狸- 感染人類的。針對新冠病毒，由於科學調查屢屢受阻、衝突不斷，要了解21世紀最嚴重大流行病背後的病毒真相，可能會是一項幾乎不可能完成的任務。在瑞士工作的病毒學家的共識是，病毒是從動物傳播到人類的，但有些人說，應該更嚴肅地對待武漢實驗室泄漏的理論。
據瑞士資訊報道稱，我們有朝一日會知道新冠病毒起源真相嗎？在《自然》雜誌最近發表的社論中，受世界衛生組織(WHO)委托調查疫情暴發的科學家提出警告，稱調查此事的窗口正在關上。
任日內瓦大學醫院新興病毒性疾病研究中心(Centre for Emerging Viral Diseases)總監的病毒學家伊莎貝拉·埃凱爾勒(Isabella Eckerle)指出：“此刻來看，找到罪魁禍首似乎比查明真相更為重要。”
另一位知名瑞士病毒學家，洛桑聯邦理工學院(EPFL)的迪迪埃·特羅諾(Didier Trono)也認為，這個問題已經偏離科學，成為政治問題。盡管了解病毒起源真相對預防和管理未來的大流行病非常重要，但特羅諾對此感到悲觀。他表示：“由於科學困境和政治影響，我們必須做好準備，接受沒有最終答案的結果，不過在目前階段，從動物傳播到人類的可能性仍然很高。”
探查2019冠狀病毒病的起源一直充斥著複雜性和爭議性。正如世衛組織總幹事譚德塞(Tedros Adhanom Ghebreyesus)在罕見的一次針對中國的公開批評中所斷言的那樣，中國從未擺出完全合作和透明的姿態，迄今為止總是拒絕公開完整的數據和樣本。世衛組織曾在今年1、2月間派出由獨立研究人員組成的團隊到武漢做深入調查，但他說，缺乏透明度阻礙了世衛組織的工作。根據世衛組織對這次使命的描述，這個團隊先經過了14天的隔離期，期間隻能通過視頻聊天與中國專家討論。結果隻剩下兩周時間進行實地調查，且出於保持距離和健康監測的需要，這些調查都已是事先計劃好的。
盡管與中國政府進行的是艱難的合作，世衛組織在關於嚴重急性呼吸係統綜合征冠狀病毒2(SARS-CoV-2)起源的全球研究中，最終否定了實驗室事故的假設。這個全球衛生機構基於不完整數據，認為實驗室事故“極其不可能”。
譚德塞後來承認實驗室泄露假設被過早排除，而帶領世衛中國調查之行的丹麥科學家彼得·本·恩巴雷克(Peter Ben Embarek)最近也承認，中方官員曾對他的團隊施加壓力，要他們摒棄這一理論。
鑒於此類披露及該研究的不完整數據，包括美國、英國、加拿大和澳大利亞在內的一些世衛成員國強烈批評該組織的疏忽，以及中國缺乏合作和隱瞞數據的行徑。這一批評也得到科學界的響應：今年5月，巴塞爾大學教授與病毒進化專家理查·內爾(Richard Neher)等來自世界各地的17名研究人員在《科學》雜誌上發表了一封公開信，呼籲以更加客觀和透明的方式繼續展開調查。
據該報道稱，簽署這封信的科研人員認為，盡管這兩種理論[病原溢出和實驗室事故]都沒有明確結果的支持，但“兩種理論未能得到平衡的考量”。內爾告訴瑞士資訊：“我們在擁有足夠數據之前，必須認真對待這兩種假設”。
世衛組織的全球研究確定了該病毒從假定原本宿主(菊頭蝠)傳播到人類的四種可能途徑：直接的人畜共通傳播(從蝙蝠直接傳給人類，被認為有可能)；通過中間宿主傳入(從蝙蝠傳給另一種動物，再傳給人類，被認為非常可能)；冷食鏈(被認為有可能)；或實驗室事故(被認為極其不可能)。
中間宿主假說被認為非常可能，是因為盡管有一種已知蝙蝠的冠狀病毒在基因上與SARS-CoV-2接近，但這兩種病毒在時間上相隔了數十年。世衛組織報告表示，這暗示有一個“缺失的環節”，即屬於另一物種的動物充當了人類與蝙蝠之間的“橋梁”。穿山甲、水貂或果子狸等動物已被認定為可能的宿主，因為它們易感染冠狀病毒，但中間宿主究竟是什麽還未被明確確定。
據埃凱爾勒認為，“可能永遠都無法確定，”她補充說，病毒溯源不但挑戰重重，還花費時間。“研究可能要耗費多年，就像嚴重急性呼吸道綜合征冠狀病毒(SARS-CoV-1，即SARS冠狀病毒)的情況一樣，而宿主動物可能已經絕跡。”
該報道稱，在2002-2004年的非典暴發案例中，研究人員花了大約4個月時間才確定果子狸是中間宿主，但花了十年多時間才在一個偏遠的山洞裏，找到一群寄生有該病毒所有基因構成要素的菊頭蝠種群。鑒於調查的複雜性，世衛組織報告中沒有對SARS-CoV-2的來源提供更多結論性的發現結果，埃凱爾勒說對此並不感到驚訝。
