2015年12月，自然出版集團發布增刊《2015自然指數·中國》，報告顯示中國高質量的科研產出在2012年1月至2014年12月期間，增長了37%；相比下，美國同期下降4%。目前，中國對世界高質量科研的總體貢獻居全球第二位，僅次於美國。上海在國內科研產出城市排行榜上位列第二，僅次於北京。自然指數還按照中國各院校總科研產出，及化學、物理、生命科學、地球和環境科學幾大學科分類作出了綜合排名。
《自然指數》於2014年11月首次發布，由物理學和生命科學兩組科學家篩選出68份自然科學期刊，評選過程體現學者對期刊質量的認知，而非采用影響因子等量化方法。據施普林格·自然集團統計，這68種期刊雖然數量不到湯森路透Web of Science數據庫自然科學期刊的1%，但引用量達到了整體的30%。自然指數采用三種計量方法，分別是論文計數 (AC)、分數式計量 (FC) 和加權分數式計量 (WFC)，另外還就機構合作水平進行了打分。
對 於最新發布的自然指數，《自然》雜誌執行主編尼克·坎貝爾博士表示：“顯然，中國正在追趕美國，並已成為擁有高質量科研產出的強國。中國經濟的快速發展， 持續推動其研發投入增長。中國高等教育規模的擴大、科研人員數量增加和水平提升，也是關鍵要素，使中國科研投入帶來了驚人的回報。”
科研產出
2014年中國科研產出排名前十的城市依次是：北京、上海、南京、武漢、合肥、長春、香港、杭州、廣州和天津。這10個城市的總分值，占中國WFC分值的70.4%。《2015中國自然指數》顯示，北京、上海和南京是中國三大科研中心。北京納入自然指數的研究機構數量最多，化學和物理學的科研實力特別強。上海納入自然指數的研究機構數量不足北京的二分之一，但其前十大研究機構的貢獻，與北京前十大研究機構的貢獻不分伯仲。
在2012到2014這三年中，中國整體自然指數WFC增長為37%，而杭州、西安、成都三座城市的進步尤為突出。 杭州三年期間科研產出增長達55%，浙江大學作為杭州的主要代表院校，是2014年中國自然指數的第五大貢獻者；西安的科研增長迅猛如飛，三年達 142%。西安交通大學作為領銜者，其金屬材料強度國家重點實驗室表現尤為突出；成都已擁有10個國家重點實驗室和30個地方實驗室，三年中科研產出增長 近80%。
如上所述，中國在自然指數中的科研成果主要來自化學和物理學。2014年中國化學WFC達到3783，占到總分數的61%；物理學占到總分數的30%。
產業化能力
與很多國家一樣，中國也非常看重改革和創新所帶來的經濟效益。然而在這方麵，中國還是顯得動力不足。很多大型企業仍然為國有性質，這對於基金科研來說並不是有利的。盡管中國在過去二十年中對基礎研究進行了大量的投入，但實際的產業轉化率仍然較低。
不過，在政策支持下，深圳、北京、武漢等 城市仍具有較強的產業化能力，各地企業的科研產出也較為可觀。深圳作為中國的產業研發基地，目前擁有很多優秀公司，如華為、中興、華大基因、光啟、比亞迪 以及中科院深圳先進技術研究院等；北京則具有很多以清華、北大、中科院為背景的企業；在武漢，華中科技大學武漢光電國家實驗室非常搶眼，他們在太陽能電池 等領域的研究尤為突出。
國內外合作
在國際合作方麵，中國2012年到2014年的分數提高了31%。在2014年中，幾乎有一半分數來自同美國的合作。同時，中國也超過德國，成為美國的首要合作國。中國其他重要的合作方還包括英國、日本、澳大利亞、沙特阿拉伯等。
香港、合肥和天津的合作開展最為活躍。分別以香港大學、中國科學技術大學、天津大學和南開大學為代表。其中天津大學和南開大學兩所院校間的合作關係非常密切。
中國院校科研產出總排名
及學科分類排名
高質量科研產出前200機構
生命科學前50機構
化學前50機構
物理學前50機構
地球和環境科學前25機構
Nature和Science發文前25機構
以上排名所參考統計數據截至2015年9月14日。最新數據可能會有所變化，請查看Nature Index網站。
自然指數說明
1.論文計數 (article count/AC): 不論一篇文章有一個還是多個作者，每位作者所在的國家或機構都獲得1個AC分值。
2.文章分數 (fractional count/FC): 考慮的是每位論文作者的相對貢獻。一篇文章的FC總分值為1，在假定每人的貢獻是相同的情況下，該分值由所有作者平等共享。例如，一篇論文有十個作者，那每位作者的FC得分為0.1。如果作者有多個工作單位，那其個人FC分值將在這些工作單位中再進行平均分配。
3.加權文章分數 (weighted fractional count/WFC): 即為FC增加權重，以調整占比過多的天文學和天體物理學論文。這兩個學科有四種期刊入選自然指數，其發表的論文量約占該領域國際期刊論文發表量的50%， 大致相當於其它學科的五倍。因此，盡管其數據編製方法與其他學科相同，但這四種期刊上論文的權重為其他論文的1/5。
4.合作分數 (collaboration score): 根據FC來計算機構或國家的合作水平。如果機構A與另外兩家機構B和C都有合作關係，那麽機構A的合作分數為AB合作文章分數與AC合作文章分數的總和。
