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最近有篇風傳的影印本新冠論文手稿，出自MIT著名的實驗室，文章的第一作者為中國人。他們通過係列的實驗認為新冠病毒的RNA能夠逆轉錄成DNA, 然後借助機體的整合機製插入到人體的基因組中。他們不僅僅做了培養細胞，也測了病人的原始細胞，證明逆轉錄和整合確實都發生了。
文章橫跨MIT和哈佛，出自Rudolf Jaenisch和Richard Young的實驗室，為領域裏的household names。Jaenisch是在美國成就人生的德國裔教授，已經78歲，整個外源基因插入和改變動物基因組的領域都是他開創的，也就是說什麽轉基因老鼠都可追溯到他早年的工作。所以他們的結果應該可靠，他們說的話我們是會聽的，至於怎麽解讀他們的結果，則會有不同的觀點。
在我談他們的工作之前，可以先讀我以前博文中的這段以了解些背景：
“我們知道DNA整合過程涉及到一套精細的酶反應，這裏整合酶是整合所必須的，而整合酶來源於病毒而不是機體。整合不僅限於HIV等逆轉錄病毒，乙肝或HPV等DNA病毒，它們都有可能將自己的DNA整合到機體的基因組中，導致相應的癌症。輝瑞的疫苗僅是一段mRNA，沒有病毒，自然就沒有整合酶，所以不能整合到人體的基因組中，這個與逆轉錄病毒很不一樣。況且逆轉錄是通過RNA而不是mRNA, 所以這個整合就更無從說起了。這幾乎可以排除，即使感染了逆轉錄病毒的病人接種mRNA疫苗的整合可能。這些分析使我們看到，mRNA疫苗與使用病毒載體的疫苗很不一樣，雖然實驗證明腺病毒載體也不能整合到人體”
MIT的實驗是想回答這個困擾新冠領域的問題：為什麽有些從新冠感染恢複了的病人還可能是核酸陽性？他們認為是新冠病毒的核酸插入到了病人的基因組中。我們知道RNA是不能整合的，必須逆轉錄成DNA才能整入人體基因組。而幫助新冠RNA逆轉錄有兩個可能的途經：機體內在的逆轉座子Line-1所編碼的逆轉錄酶，Line-1就是一種跳躍基因，另一種可能就是病人如果合並了像HIV這樣的逆轉錄病毒感染。該文觀察到轉座子Line-1能夠在新冠病毒的刺激下增加3-4倍的活性，這個很可能是通過新冠所誘導的細胞因子的炎性風暴完成的。在密蘇裏大學工作過的諾貝爾獎得主Barbara McClintock，發現的跳躍基因就是這是這種Transposable genetical materials。
Line-1是內源性的擁有逆轉錄功能的轉座子（retro-transposon), 它就是相當於基因組裏的逆轉錄病毒片段，能夠產生逆轉錄酶或整合酶，幫助新冠RNA逆轉錄成DNA, 然後整合到人體的基因組裏。平常的情況下，Line-1的活性是很低的，但是在新冠感染所帶來的細胞因子風暴時，可以將Line-1活性增強幾倍。MIT文章可以解釋一個現象，那就是完全好了的病人，沒有病毒了，為什麽PCR仍然是陽性。整合後致癌的可能性是大家最為擔心的，也可怕，但是MIT文章通篇沒有談這點，他們也認為整合進去的隻有新冠病毒的N基因片段，雖然有持續刺激免疫係統的潛在益處或擔心，這些基因片段沒有產生活病毒的可能。N基因編碼核衣殼蛋白，我的分子遺傳學家朋友認為：N基因 “是核衣殼（nucleocapsid）蛋白基因，位於基因組的3‘端，RT-PCR通常運用來自N基因的引物和探針，其檢測的敏感性最高，因為其mRNA的豐度在感染的人細胞中最高”。
我仍然隻看到RNA而不是mRNA可以被Line-1或HIV逆轉錄酶合成DNA, 所以輝瑞mRNA疫苗應該還行。但是阿肯森強調沒有免費的午餐，這麽億萬人接種，肯定會有副作用的。
至於mRNA能否被逆轉錄成DNA, 我沒有看到文獻，我問在哈佛得分子生物學博士的華大教授，他也不知道。mRNA的5‘端有個帽子，後麵還有多聚的A尾巴，再加上用於疫苗的mRNA的核苷酸是被甲基化修佈過的，這些都會使逆轉錄酶或轉座子產生的酶在識別mRNA時產生困難。所以總體來說輝瑞和Moderna疫苗應該是安全的。我們在討論賓大兩教授聰明地改變mRNA的抗原性的實驗時，都認為他們倆應該獲得諾貝爾醫學獎，如果新冠被mRNA疫苗控製的話。
MIT文章也僅限於說這逆轉錄和整合的結果可能會讓PCR測試難以解釋，以及可能是病毒複製的一種方式。完全避免談致癌性，更是不敢涉及疫苗的安全性。Line-1也沒有什麽特異性，所以如果新冠病毒能致癌，那麽很多冠狀病毒也應該可以，現在包括流感病毒在內的冠狀RNA病毒都沒有看到明顯的致癌性。
這個文章很快就會在頂尖雜誌發表，會引起科學界和媒體關注。他們恐怕現在就會開始采集注射了mRNA疫苗人員的樣本，他們擁有成熟的技術，看那mRNA片段是否整合了，也有HIV陽性病人注射疫苗的，測他們更有意義。正常人注射mRNA疫苗後，Line-1的活性有限，我都不知道怎麽逆轉錄。
整合當然擁有危險，但是人體內很多病毒基因片段，人胎盤的滋養trophoblast的融合SCT就與逆轉錄病毒相關，可讀下麵。引自我舊博文：“我做過一篇Immunity共同一作的論文，就是關於生殖免疫的。我們將補體調節蛋白踢除後，免疫係統開始攻擊胎盤，血供斷，胚胎死。但願我還能說點胚胎發育，希望不出錯。受精卵分裂產生的trophoblast 形成胎盤的syncytiotrophoblast (SCT) ，能夠侵入子宮內膜形成胎兒血供，並且構建胚胎與母體血液循環的直接交流係統。有一個不可想像的發現，SCT為融合的巨大細胞，它們的產生還可能跟逆轉錄病毒的感染相關。SCT也表達syncytin-1和分泌激素，支持胚胎與母體的良性互動。這些激素特別是孕酮（Progesterone）能夠穩定子宮內膜，避免子宮內膜的同期性脫落，像女性月經那樣。這裏有個類比，新冠的S蛋白也涉及膜融合，那是通過細胞膜上的ACE2受體完成的。自身免疫性抗磷脂綜合症（antiphospholipid syndrome, aPS)和係統性紅斑狼瘡（systemic lupus erythematosus，SLE)，都是因為免疫係統攻擊了trophoblast細胞，從而導致的流產。”
十幾年前，有一陣，發現逆轉錄病毒 （murine leukemia virus-related virus）和 chronic fatigue syndrome 有關聯，結果就是個鬧劇。
如果新冠病毒RNA的整合進入人體細胞DNA。那麽有許多rRNA 病毒都可能同樣有部分RNA片段 經逆轉錄整合進入人體細胞DNA。人類在地球上以存在了上百萬年了。新冠病毒隻是一個 small challenge.
MIT文章怎麽確認好了的病人體內完全沒有病毒了？ 做了細致的腸道樣本檢測嗎？
mRNA方式已經研究很久了，但為什麽這次才是曆史上第一次使用？原因很簡單，研發成本的問題。
如果在有選擇的情況下，滅活疫苗或者mRNA，人們會首先選擇滅活疫苗，比如每年的流感疫苗，因為保險。
那麽就使得mRNA疫苗無法競爭。而如果靠藥廠做人體實驗來證明mRNA，這就需要很大一筆錢，而且並不能保證獲得批準後會被醫院和民眾接受，這是mRNA疫苗長期不能發展的原因。
而如今因為疫情，人們沒有選擇，就給了這種方式生產的疫苗一次千載難逢的機會，但客觀上還是沒有足夠的數據，和沒有足夠長時間的數據支持。
這才是可怕的。
不懷疑疫苗能產生抗體，但是否會同時產生其他問題，這是需要大量和長時間數據的。比如如今發現阿司匹林新的副作用，而這種藥已經用了不知道多少年了。
用基因介入的方式使得你自身的細胞變異具有新冠病毒特點，從而刺激抗體產生，而癌症的機理也是自身細胞變異。人人都有癌症細胞，但平時可以靠自身的T細胞或者其他機製控製住，不至於爆發。
如今人為讓細胞變異，並認為這些細胞不會存活，會被身體控製。據小家夥的解釋，理論上是這樣，但數據呢？尤其是長期的數據，比如一年以上的？
從哲學思維的角度講，對於人體，任何變異，不論自身的還是外部入侵的，都會產生某種抵抗效果，但是否僅僅是一種抵抗，那不是僅憑理論能確定的。
如果有選擇，我是寧可打滅活疫苗，最壞的情況是沒效用。而mRNA疫苗也不是100%有效，95%的有效率不過就是在一百多人的實驗中的數據，因此可以預期也會有一部分人打後沒效果，而且恐怕不僅僅是5%。