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如何長單晶

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Organic Route 有機合成路線 2023-03-15 09:51

所謂單晶(monocrystal, monocrystalline, single crystal),即結晶體內部的微粒在三維空間呈有規律地、周期性地排列,或者說晶體的整體在三維方向上由同一空間格子構成,整個晶體中質點在空間的排列為長程有序。單晶整個晶格是連續的,具有重要的工業應用。在有機合成中,培養單晶主要是為了通過X-RAY確認結構。

 

一、長單晶經驗簡單總結:

 

1、低溫緩慢揮發。一般保持在-20度,用微量真空緩慢抽去溶劑。通常24~48小時裏就可以見到結果,成不成。這個方法需要注意添加液氮和幹冰。此方法適於室溫和空氣中不太穩定的化合物。

 

2、高溫溶解緩慢降溫。通常采取高沸點的溶劑溶解樣品,然後用鋁薄膜包住整個油浴,停止加熱,令其溫度緩慢下降到室溫,再保持1到2天,讓過飽和的溶液盡量結晶出來。這個方法需要注意,降溫不能太快,還要注意溶液的濃度。此方法適合於化合物溶解度差異比較大,而且對無水無氧要求的化合物比較合適。

 

3、混和溶劑揮發。用易揮發良溶劑溶解樣品,然後小心加入不良溶劑,盡量保持分層狀態,令其自我緩慢擴散。這個方法需要注意溶劑搭配選擇。

 

4、簡單揮發。也就是用溶劑溶解之後,用septum封住,然後插根細針頭,令其緩慢揮發。

 

5、濃縮。樣品溶解於溶劑之後,加一個90度彎管和一個接受瓶。整個體係稍微抽一點點真空,接受瓶用幹冰冷卻,令溶劑蒸氣在接受瓶裏麵緩慢冷凝下來,直到有單晶形成。這個方法需要注意冷凝速度,太快不能得到單晶。

 

6、溶劑擴散。這是上麵(3)的變通。加工一底下細瓶頸的帶teflon stopper的長管。用良溶劑把少量樣品溶解,轉入長管,體積大概1~2 mL,加的量剛好在細瓶頸中間。然後直立長管,在上麵加入不良溶劑直到接近上麵的出口,堵死。之後,小心令長管直立綁在沒有振動的地方,讓溶劑緩慢相互擴散。此方法適合於少量樣品,無水無氧操作。

 

7、核磁管辦法。這個跟上麵的(4)差不多,量少而且需要耐心等待。

 

8、冰箱冷凍。通常比較難於結晶的樣品,室溫下配成接近飽和溶液之後,放入冰箱,令其緩慢結晶。

 

總之,長單晶需要耐心和不斷嚐試不同的辦法。同時,還得注意樣品的純度和穩定性來決定采取什麽方法。

 

二、前人經驗的匯總:

 

1、溶劑的選擇與加入方法

在單晶的培養過程中,我走了與正常結晶相反的路子。通常是用適量極性大的溶劑提取你的反應物質,然後再滴加少量的極性小的溶劑,放置結晶。這樣做的結果是結晶很慢,而且是結晶的收率不高。而我用的方法是背道而行。先用極性小的溶劑提取。根據你的反應物質量,加入適量的極性小的溶劑,不能全溶解,就加入適量的極性大的溶劑(注意:切不可多加),如果此時還有少量沒有溶解,A)你可以再加重複極性小的溶劑,再加極性大的溶劑。直到全溶解;B)也可以微熱溶解(如果你的樣品是熱穩定好的話)這樣的做法是非常好結晶的,不信你試試看,如果你晚上做的這樣的操作,第二天早上你會發現你的晶體已經長出來了。C)微熱還有些沒溶解,就直接過濾。這樣也可以很快結晶。但是會損失些產物。

 

2、溫度的選擇

上麵談了溶劑的選擇,和加入順序。現在我再來說說溫度的選擇。溶劑加入後就要選擇放那裏結晶了。你不能總認為溫度越低越好,要想得到好的晶體,溫度的選擇很重要的!!!首先放在室溫(必須無外界震動)一兩天看看,有無結晶,如有結晶說明室溫就能結出好晶體,無需放之低溫。如果室溫不結晶,再放如0度。過兩天看看,再不行,-5度,-10度,-15度,-20度,-30度,我想,這些條件大家實驗應該不難。如過你一開始放於低溫可能結晶很快但的不到好的晶體。可能是多晶,而不是單晶。長晶體過程千萬不能震動。有條件的單獨一間房間來結晶最好。

低溫結出的晶體再送測試前要處理,不能拿出來就去測。為什麽???大家想啊。。。

拿出來到室溫,不是溫度升高了嗎?那晶體就可能融化了(我作過這樣的蠢事),首先你的去掉部分溶劑才行。隻留少許即可。對水,氧氣敏感的用惰性氣體如N2,Ar氣保護起來再轉移溶劑。轉移完再衝N2下關閉你裝晶體的容器活塞。去測試,這樣就不會化了。

 

3、利用溶劑的揮發

無水無氧要求的金屬配合物這種情況的培養單晶要求有手套箱,在手套箱裏(有這樣的條件),你可以用schlenk 瓶、小燒杯、以及核磁管來用作結晶的工具。容器的口部用封模封好。然後上麵用細針紮幾個小眼用來揮發溶劑。不幾天你會發現你的容器內壁會生長出晶體來。容器的內表麵越光滑單晶性越好,否則晶體形狀不好缺陷多就會給後麵的收單晶衍射數據帶來麻煩,甚至會造成無法解晶體結構,那將是非常可惜的;要強調的是用Schlenk及核磁管這兩種容器用來結晶是最好的。為什麽呢??做無水無氧的人知道schlenk是無水無氧操作的專用瓶。它有側活塞用來開關瓶與外界的相通。所以操作方麵很好。在你獲得很好單晶後你要從手套箱裏拿出來啊,如果你用別的容器,可能那些對空氣特別敏感的物質就不能夠穩定到你測量完晶體結構。同樣很小的核磁管也很好封的。而且它要的量很少。不浪費樣品。如果沒有手套箱的話,可能這個方麵就不太適用(對於對水,氧敏感的物質)。

 

4、利用極性小(溶解度小)的溶劑

你的反應結束後,用極性大的溶劑提取後。再進行濃縮恰好到有溶質析出時為此(此時因減壓濃縮體係內的溫度應該低於外界)等到溫度升到室溫,拿到手套箱內,用針筒向上麵的溶液麵上輕輕的滴加幾滴極性小的(溶解度小的)溶劑。這樣處理完你會很易得到很好的晶體的。此時如果你細心的話你會發現,你的晶體結晶時是從液麵開始的。為什麽???仔細想。

以上是我在培養要求比較苛刻有機金屬配合物單晶常用的方法,一般是幾種方法同時做,不是每種方法都能或總能培養出單晶,更多的是取決於配合物的結晶性好壞。總之就是多試:不同的溫度、溶劑、混合溶劑的比例……

總之,單晶的培養溶劑的選擇很重要,有些時候你會發現你選擇的溶劑不同,即使你很溶劑得到晶體,但是晶體的形狀會各不相同的。甚至有些時候你得到的晶體不是規則的,或是細長的針狀的,所以溶劑的選擇很重要。我總結出來,一般我做反應時候用極性相對大些的甲苯、乙醚、THF等。再結晶時候用極性小些正己烷、以及正己烷與甲苯的混合溶劑,或其它的混合溶劑。

 

首先需要強調的是長單晶是一種藝術,而不完全歸結於科學,或者說它是一門介於科學和藝術之間的技術。對於水溶性好的分子,結晶是很困難,一般都是通過幹燥緩慢去除溶劑的辦法,也有的通過極緩慢的降溫來獲得單晶,或者在水上加入一層難溶性的有機溶劑。

 

對於在有機溶劑中溶解比較好的分子,他們的結晶一般都是通過擴散的辦法來實現,如將乙醚或是苯擴散進入乙腈中。

 

對於生物大分子單晶,一般都采用懸滴法,即在一個小而密閉的容器中,下邊放溶劑,上邊加一滴分子飽和的溶劑,然後封閉之。

 

要結晶的分子一般來講一定要純,達到95%以上的純度,當然也不絕對,也有的體係在較低純度就拿到了單晶,比如饒子和院士發在CELL上的蛋白晶體結構就是從一個混合體係中拿到的。

 

三、單晶培養技巧

1.單晶培養的方法多種多樣,我們沒必要把握那些難以操作的,如升華法、共結晶法等。最簡單的最實用。常用的有1.溶劑緩慢揮發法;2.液相擴散法;3.氣相擴散法。99%的單晶是用以上三種方法培養出來的。

2.單晶培養所需樣品用量
一般以10-25mg為佳,假如你隻有2mg左右樣品,也沒關係,但這時就要選擇液相擴散法和氣相擴散法,不能使用溶劑緩慢揮發法。

3.單晶培養的樣品的預處理
樣品溶解後一定要過濾,不能用濾紙,而是用一小團棉花輕輕的塞在滴管的中下部或下部,不要塞太緊,否則流的太慢。樣品當然是越純越好,不過假如實在沒辦法弄純也沒關係,培養一次就相當於提純了一次,我經常用一些TLC顯示有雜點的東西長單晶,但得多養幾次。

 

4.一定要做好記錄
一次就得到單晶的可能性比較小。因此最好的方法就是在第一次培養單晶的時候,采取少量多溶劑體係的辦法。假如你有50mg樣品,建議你以5mg為一單位,這樣你可以同時實驗10種溶劑體係,而不是選兩種溶劑體係,每個體係25mg。這是做好記錄就非凡重要,以免下次又采用已經失敗的溶劑體係,而且單晶解析時必須知道所用的溶劑。

 

5.培養單晶時,最好放到沒人碰的地方,這點大家都知道。我想說的是你不能一天去看幾次也不能放在那裏5,6天不管。也許有的溶劑體係一天就析出了晶體,結果5天後,溶劑全幹了。一般一天看一次合適,看的時候不要動它。明顯不行的體係
(如析出絮狀固體)就要重新用別的溶劑體係再重新培養。

 

6.液相擴散法中良溶劑與不良溶劑的比例最好為1:2-1:4。

 

7.烷基鏈超過4個碳的很難培養單晶。

 

8.分子中最好不要有叔丁基,因為輕易無序,影響單晶解析的質量。

 

9.含氯的取代基一般更易長單晶,如4-氯苯基取代化合物比苯基取代化合物更易長單晶。

 

10.單晶培養-無水無氧條件下的單晶培養,麻煩的方法我就不說了,最簡單的方法就是將你的固體樣品加入一帶橡皮塞的容器(最常用的就是核磁管,塞子不是我們常用的硬塞子,而是軟的橡皮塞(隨便什麽塞子都行,隻要能密封且能紮針頭),先抽真空,然後通氮氣,再用注射器加入良性溶劑,充分溶解(超聲),然後再用注射器沿器壁加入不良溶劑即可。

 

四、麻省理工學院化學係----培養單晶指南

你將會發現,培養單晶不僅需要耐心,而且還需要一雙靈巧的雙手。結晶過程對溫度和其它輕微的擾動都非常敏感。因此,你應該在相似的條件下多嚐試幾個不同的實驗溫度,並為單晶的生長尋找一個沒有幹擾的安靜環境。這裏有一些經驗性的貼士供你參考,以利於你的實驗開展。

 

方案#1

有時好的單晶僅需冷卻溶液即可生長。你也可以嚐試加熱溶液至所有物質完全溶解,達到過飽和,再慢慢地使其冷卻。

 

方案#2

1)選取一種可以溶解你的目標化合物的溶劑,製成飽和溶液。

2)如果有必要,可以通過過濾除去其中的不溶性雜質。對於少量溶液,可使用一種有效的過濾器,其製備方法是:將玻璃毛(甚至可以用麵巾紙)塞入一根一次性Pasture滴管中,然後填入一英寸左右助濾物(如矽藻土Celite)。用新鮮溶劑濕潤矽藻土,然後用球形壓力器將溶液壓過該管進行過濾。

3)尋找另一種溶劑,使目標化合物在其中不溶解(或僅微量溶解),而且這種溶劑能夠和前一種溶劑混溶,並具有較低的密度。

4)將第二種溶劑小心地鋪在小瓶中飽和溶液的上麵。在兩相界麵上可看到一些混濁物。單晶將會沿著這個界麵生長。

 

方案#3

將盛有飽和溶液的小瓶放置在另外一個較大的瓶中。在外麵的大瓶中加入第二種溶劑並且蓋緊蓋子。第二種溶劑將會慢慢地擴散到飽和溶液中,晶體就會出現了!為了進一步減慢這個過程,可將這個擴散裝置放在冰箱中。

 

常用的溶劑係統:

CH2Cl2/乙醚或戊烷 

THF/乙醚或戊烷

甲苯/乙醚或戊烷 

水/甲醇

CHCl3/正庚烷

《麻省理工學院化學係-實驗室手冊》(轉自有機合成公眾號)

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