在HPLC分析中，在色譜柱正常，樣品濃度適宜，分析方法合適，色譜峰在出峰時間較短的條件下，峰型應對稱而尖銳。但在實際操作中，如果對樣品不了解，前處理不恰當或者分析方法不合理等，會出現峰形不正常的情況，其中雙峰現象就是液相色譜中常見的問題之一。色譜雙峰指的是明明是同一種物質，但在色譜圖中卻呈現雙峰，讓實驗人員誤認為含有兩種物質。
出現色譜雙峰的原因一般有以下幾種：
色譜柱
如果在樣品分析時發現每個色譜峰都有雙峰出現，尤其在采用單一純物質時，則可以確定是色譜柱出現問題了，一般是柱頭受損或者柱頭固定相汙染引起的。
如果進樣量少，原來色譜柱正常，色譜峰的形狀多為一大峰帶一小峰，不一定拖尾，這一般應是柱頭受堵，將色譜柱反過來接，用流動相衝洗或酸洗或其它溶劑，將堵在柱頭的殘留物衝掉，再反過來，一般情況下就行了。當然不反衝，正衝有時也會正常的。
如果峰拖尾，雙峰強弱相差不大，柱頭固定相變髒或流失可能性更大，這時可以將進樣頭擰開，將微孔濾片超聲，柱頭刮去一部分填料，重新填上新填料擰緊，不過這個對技術要求較高且不能經常做，否則用不了幾次，色譜柱就會應柱效降低而報廢。
如果上述不能解決問題，可能是柱塌陷造成的，此時需要更換色譜柱。
溶劑問題
目前HPLC分析多為反相色譜，流動相多為甲醇、乙腈、水，加各種添加劑以改善分離性能。樣品一般用與流動相相溶的溶劑溶解，最佳的溶解方法是用流動相溶解。在實際分析中，有時候為了樣品的溶解性或穩定性加入了一點的緩衝液，緩衝液的酸堿性可能會導致樣品轉化，從而產生雙峰現象。此時需要更換緩衝液，調整溶劑pH值，或者用流動相配置樣品。
此外，樣品要現配現用，避免樣品溶解液的有機相比例、pH值發生變化而導致的溶劑效應。
進樣量
當用溶劑極性強度大的試劑，如純甲醇、純乙腈，純乙醇，而分析體係中以水為主時，如果樣品進樣量大，如定量管為20ul，此時單一的純物質會出現雙峰，第二峰比第一峰小(每次都不太一樣)，且拖尾，保留時間會提前(相對進樣量少而言)，將進樣量減少一半以上，峰型將變為正常。這是樣品的溶劑與流動相極性相差太大，而流動相來不及將其稀釋達到平衡造成的，此情況下需要減少進樣量。
另一個原因是，進樣量不一定大，但絕對量很大，色譜圖上的雙峰緊靠在一起，基本上齊高，不拖尾(如果出峰很快，也可能是色譜柱問題)。將樣品稀釋再進樣就可以了，這是由於進樣量過大，色譜柱過載造成的。
pH值
體係pH值對色譜雙峰的影響出現在各個環節上(前麵已經提到)，尤其在緩衝液流動相平衡過程中其影響更為明顯。當連續進樣時，受pH的連續變化影響會經常遇到這種雙峰的情況。另外，在樣品分析時，流動相的pH盡量遠離被分析物的等電點，否則也容易引起雙峰的產生。在用離子對試劑分析時，選擇不好條件也會容易引起雙峰的產生。
樣品特性
有些樣品由於其化學結構的特點，存在互變異構現象，而這種互變異構體無法分開，而是以一個動態平衡存在。在色譜分析時，在一個特定的條件下(如pH值、流動相極性、溫度等)，一種物質將出現雙峰，雙峰靠的很近，基本齊高，不拖尾，條件稍一變化，尤其pH，雙峰現象將消失，如紅黴素等。
有的樣品紫外的色譜圖上看不到雙峰，但在LC-MS下，用質譜檢測器，其質譜的總離子流圖上較明顯，如農藥啶蟲眯(吡蟲清)。
