深度思考
反者，動之道
昨天上文學城，發現城頭推薦的博文居然有三篇是討論新冠病毒起源的，都言之鑿鑿，說該死的新冠是實驗室泄露的。其中一個還是我常常看的學生物出身的知名博主。我覺得大家都過多的從政治出發，而不是科學。這裏寫一篇小文，給大家普及一點我知道的常識。
首先，聲明：我不知道病毒起源；雖然我希望不是人造的。本文隻是介紹一點專業知識，供各位懂政治的大牛做進一步分析。
自我介紹：我本來不是病毒學專家。我的專業是生物統計，主方向是大腦疾病（neurodegenerative and neurodevelopmental disorders）。不過我的研究方向大量使用基因的遺傳數據，算得上是半個基因組學專家吧。去年新冠疫情來了，大家的科研經費都吃緊；但是NIH搞了好多新冠相關的基金。於是一大票“外行”都去想辦法分一杯羹。我等小輩亦不能免俗，隻好硬著頭皮搞點病毒基因組分析，申請經費。這一申請，還真搞到了一點小錢。於是趕鴨子上架，正兒八經的跟我的團隊一起學習基礎知識，希望做點東西對得起納稅人的錢。我自己的研究這裏就不透露了，免得被同行人肉出來就麻煩了。
首先石正麗是何許人也？我負責的告訴大家，她不是什麽大科學家，跟本沒有能耐搞基因工程；她就是個找動物，然後做簡單的功能驗證和測序的。網上流傳的她的主要成果：（1）發現SARS是來自蝙蝠；（2）搞個什麽“嵌合”研究禍害人類。
SARS來源的第一篇文章是她跟澳大利亞的華人學者合作的一篇2005年的Science文章：https://science.sciencemag.org/content/310/5748/676，該文她既不是第一作者也不是最後一個作者（雖然是共通訊）。可能因此這篇文章在國內沒怎麽宣傳。後來她又對該病毒和ACE的結合做了功能性驗證（Nature 2013）：https://www.nature.com/articles/nature12711.pdf 最後2017年的一篇PLoS Pathogen據說算是對蝙蝠起源的蓋棺定論： https://journals.plos.org/plospathogens/article?id=10.1371/journal.ppat.1006698
後來SARS-CoV-2 出名了。石正麗覺得發文章的機會又來了，有搞出一篇應景文章：https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7 說蝙蝠也有SARS-CoV-2類似的病毒。不過大家仔細看看就知道，這篇文章沒有什麽實質性類容，就是找了個病毒，序列相似度有96%，功能跟原來的SARS有點像。沒有說人類感染的是不是蝙蝠來的。哎，這破文章也發了Nature，把版麵占了，我們的正兒八經的文章沒有地方出版啊。
看看上述幾篇文章，就知道石正麗的東西沒有什麽科技含量，主要的貢獻就是去山裏找動物，回來後做點測序和功能驗證。都是一般實驗室可以做的簡單操作。如果不是SARS，而是什麽別的病毒（如肝炎），這些文章也就J Virology 的水平。
“嵌合”研究是UNC的老外做的：https://www.nature.com/articles/nm.3985 該文15個作者，隻有兩個華人名字。石正麗幹了什麽呢？Author contribution裏麵一清二楚：“Z.-L. S. provided SHC014 spike sequences and plasmids.”（contribution的整個paragraph附後）。也就是說她除了把實驗室的材料送給老外就啥也沒幹。這個人我不認識，但是從她的文章看，就是把著資源（山裏找的蝙蝠病毒株）跟人搞合作，沒什麽實質性水平。如果所謂的“嵌合”病毒真的那麽厲害，也是在美國的實驗室；石正麗不一定有吧？
武漢病毒所其他的人有沒有能力做基因工程都是個問題。以前的老院士退了之後，病毒所高水平科研人員一直在凋零。那個造假一輩子的李紅良就是病毒所出來的。COVID-19流行之後，大家才發現病毒所所長是某大牛的80後美女老婆，出來搞什麽雙黃連。回到石正麗，作為沒有能力做基因工程的流行病專業人員，不應該高調搞出來麵對記者，還說什麽“我以生命擔保病毒不是實驗室造的”這種沒有科技含量的口號。人家喜歡出風頭，讓老美懷疑她做了人造病毒，我們海外華人也隻有幹瞪眼啊。
言歸正傳，病毒哪裏來的。首先是病毒學分析：病毒學幾個權威在2020年3月COVID-19剛剛流行的時候，就發了一篇Nature Med短文：https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9 這裏麵說的一清二楚：We offer a perspective on the notable features of the SARS-CoV-2 genome and discuss scenarios by which they could have arisen. Our analyses clearly show that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct or a purposefully manipulated virus 這篇文章，除了給出這些分析結果外，另外一個作用是表明病毒學權威對此事的態度。有了這篇文章，很長一段時間都沒有人說病毒人造的問題。
除了病毒學分析，遺傳演化分析也是常用技術。本來在遺傳學界，判斷起源的金標準是演化樹分析：把網上的各種基因序列拿來扔到群體遺傳的模型裏麵，建一棵演化樹，看看樹根在哪裏就可以了。問題是這年代，建樹的模型有幾十種，不同的模型建出來的樹會長得大不一樣。不同的地區采樣的密度也不一樣：英國的多，巴西的少；如果起源在巴西，那無論什麽建樹模型可能都看不出來。加上這個問題高度政治化，有名望的遺傳學家都躲起來了。我自己去年10月下載的所有的可以拿到的數據，做的樹是indicate東南亞起源的，但是我用的是最常用的模型，沒有對SARS-CoV-2的參數做adjustment，不是特別嚴謹；作為一個華人，這樣發表出去肯定找罵。這種文章其實對控製疾病沒有用處，拿不到基金，還找罵。所以想了想還是算了，後麵也不研究病毒進化樹了。我的朋友在一個美國頂級名校的，專門做了一個給SARS-CoV-2的模型，做的結果也是東南亞起源。他在一個國際會議上專門做過報告。（但是他的報告沒有強調東南亞起源，隻是突出他的數學模型有多好。那時候起源問題還不熱門。）我今天為了寫這博文，要引用一下他的文章，發現他後來發表的文章裏麵把這些結果都刪了。哎，人家不願意負責，我這裏就不細說了。另外這裏還有一篇文章，講東南亞的蝙蝠的病毒序列，但是沒有說傳給人的問題：https://www.nature.com/articles/s41467-021-21240-1 。總體上來說，我傾向於相信東南亞的蝙蝠傳給人，然後東南亞的人傳給中國人。
以上就是我的一點知識給大家匯報。最後我也不敢做很強的結論。隻是弱弱的提供一點專業知識給各位名博做進一步的分析。
附：所謂的“嵌合”文章的author contribution： SV.D.M. designed, coordinated and performed experiments, completed analysis and wrote the manuscript. B.L.Y. designed the infectious clone and recovered chimeric viruses; S.A. completed neutralization assays; L.E.G. helped perform mouse experiments; T.S. and J.A.P. completed mouse experiments and plaque assays; X.-Y.G. performed pseudotyping experiments; K.D. generated structural figures and predictions; E.F.D. generated phylogenetic analysis; R.L.G. completed RNA analysis; S.H.R. provided primary HAE cultures; A.L. and W.A.M. provided critical monoclonal antibody reagents; and Z.-L.S. provided SHC014 spike sequences and plasmids. R.S.B. designed experiments and wrote manuscript
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網上討論源頭的文章太多了。你的文章在我看來是最有說服力的。
除中國之外，其他國家保留的2019年或更早期血樣有過COVID-19抗體陽性。這其實是發掘新冠病毒曆史的可行辦法，如同考古研究某個技術或文化的傳播曆史。隻不過別人現在都樂看中國背鍋焦頭爛額，自個偷笑。世態炎涼，落井下石。
趙立堅說，罪魁禍首是德特裏克堡病毒所。可是美國死了那麽多人，怎麽不見有“解”藥呢。
頭痛！還是博主腦袋更好使
2020年1月2日，央視還在聯播節目批李文亮等八人散布疫情謠言，有權決定上聯播的決非一般領導吧，也即是說此時中央還沒撐握疫情。
到4月12日，“中國生物”老總公開聲稱，他們4月12日拿到疫苗臨床試驗批件之前，已經進行了98天的晝夜奮戰，那麽從4月12日往後推98天，不正是1月3日嗎。是什麽人1月3日給“中國生物”下達緊急任務呢？要研發疫苗必須先撐握病毒吧？
感覺自己腦子不靈了
蝙蝠病毒直接傳不了人,必須經過重組.要麽有中間宿主,要麽實驗室改造.
中國實驗室管理混亂是眾所周知的，連販賣實驗室動物這樣的高危險的非法行為都不時發生，至於不按照規章製度管理處理病毒的行為，幾乎就是家常便飯。就像整個社會不尊重法律一樣，中國實驗室的規章製度也基本上是紙麵文章。以實驗室規章製度齊全為證據，否定實驗室事故的可能性沒有任何說服力。
但是我真的沒聽說過中國人吃蝙蝠的；東南亞倒是不少。一半以上的感染者沒有症狀，所以”爆發“不一定會即使查到。另外病毒的R值也可能傳到中國後有突變？