就在人們開始歡呼Omicron將成為自然疫苗，並終結這次長達兩年多的大流行之際，一朵烏雲升起來了：在丹麥，一種很類似Omicron的病毒，正在快速蔓延，目前已經超過了感染數的一半。在英國這種病毒也在增長。人們把它稱為是Omicron的姐妹病毒株，標記為BA.2，以與原始的Omicron BA.1區分。
從目前的情況看，BA.2的傳播速度大約是BA.1的兩倍，很有可能代替BA.1，成為全球流行的主流病毒株。好消息是，從丹麥的數據看，BA.2並沒有導致更多的住院人數。目前還不清楚，BA.2的快速傳播是由於它本身就更容易傳染，還是因為比BA.1更好地避開了中和抗體。
人們自然會問，被BA.1感染過的人，是否具有對BA.2的免疫能力。目前這個問題還沒有答案。相比BA.1，BA.2有20來個新的變異點。因此，如果BA.2具有一定的避開BA.1抗體的能力，或者說，一部分感染過BA.1的人還會再感染BA.2，也不是意外的事。這也可能解釋BA.2相對較高的傳播能力。
我們知道，Omicron BA.1病毒株有一個顯著特點，就是所謂S缺失，即在做某些種類的PCR測試的時候，針對病毒尖突基因片段的探測不會呈現陽性。雖然Alpha變種也有這個特征，但由於Alpha已經基本消失了，目前流行的基本是Delta和Omicron，所以做PCR時如果出現S缺失，基本可以判斷是Omicron而不是Delta感染。這為前一段時間監測Omicron的蔓延提供了一個快速方便的方法。但是BA.2沒有這個現象，所以僅做PCR無法與Delta區分，必須依賴進一步的基因測序。所以去年12月初最早報道發現BA.2時，有些媒體用“隱形Omicron”來稱呼它。這可能造成對其在人群中感染數量的低估。
聽起來BA.2似乎也沒什麽了不起，雖然傳播快一些，但隻要不增加重症，反而可以更快達到群體免疫。但是它的出現，使得有些研究人員對Omicron的產生方式，和大流行的前景，有一些不好的預感。我們知道，相比最初的新冠病毒株，Omicron BA.1具有50多個變異，這使它看起來幾乎像是另外一個病毒。與其它變種不同，Omicron不大可能是在大規模傳播過程中逐漸形成的。對其產生方式，大致有兩種猜測，一是病毒在某些免疫機能低下的患者體內長期存在，在與其免疫係統的對抗中逐步變異最終具有了逃逸能力。另外一個，就是病毒先感染了某種動物，並在其體內與其它病毒發生重組，偶然具有了超強的感染人的能力，並重新溢出到人群。如果隻有BA.1，很難判斷是這兩種可能中的哪一個。但是在很短時間內又發現了BA.2，並且BA.2與BA.1又相差了大約20個位點，因此它們不大可能是在人群中傳播時出現的父代與子代，也不大可能是在同一個病人體內產生，而更像是從動物群體中兩次溢出到人類的產物。這不但表明了動物溢出是Omicron更可能的產生機製，還似乎預示著類似的溢出事件可能並不是小概率的。
