學人對宇宙器世間及六道眾生存在之種種現象、差別歎為觀止的同時，不禁會問：“三界眾生及器世間都是哪裏來的？”“難道真的有一個造物主？”依佛教的教理來說，三界裏的一切——器世間及眾生，都是由“心”——“識”變現出來的，乃至解脫成佛也是“心”、“識”的作用，這就是佛教最上也是最根本的教理——“三界唯心”、“萬法唯識”。如佛教根本經典《華嚴經》（八十卷本）卷十九載，覺林菩薩承佛威力，遍觀十方，而說頌言：
“心如工畫師，能畫諸世間；五蘊悉從生，無法而不造；如心佛亦爾，如佛眾生然。……若人欲了知，三世一切佛，應觀法界性，一切唯心造。”
佛教所說之能造三界的“心”、“識”不是一般人所感受到的那個有見聞覺知、能思考、能作主的心——意識、末那識，而是“本心”“根本識”——不生不滅、能生萬法之第八識阿賴耶識（異熟識）。
本心阿賴耶識能變現出四大極微，複能執持四大極微，使之積聚成宇宙器世間及有情的色身。有情有了色身，接觸外境，根塵相觸，阿賴耶識又能生出有情的見聞覺知心——識蘊的六識，來了知各種境界，故雲“三界唯心造”。
一、心
所謂的“心”，是指精神活動的主體。先哲孟子謂“耳目之官不思，而蔽於物。物交物，則引之而已矣。‘心’之官則思，思則得之，不思則不得也”（《孟子》之<告子上>）。孟子認為耳目是不會思考的，“心”才是思維活動的器官（古人所說的“心”，與今人所說的心髒是兩個概念）。現代醫學認為大腦是產生情感、思維、認知等等心理活動的主體，孟子和現代醫學都沒有揭示出心理活動的真相。
佛教所說的“心”，也稱之為“識”，是指“八識心王”。佛教將人的“一心”分為八個“識”：一者眼識，二者耳識，三者鼻識，四者舌識，五者身識（前麵這五個識簡稱前五識），六者意識（第六識），七者末那識（第七識），八者阿賴耶識（第八識），稱為“八識心王”。
八識心王的每一個識既有自己獨立的功用，又和合運作，是一個整體。譬如，眼識了別色彩，耳識了別音聲，鼻識了別氣味，舌識了別滋味，身識了別的是和身體接觸物的冷熱粗滑軟硬以及身體的狀態等，意識能結合前五識作更深入的了別，也能單獨了別法塵等，這六個識也稱為識蘊。識蘊的六識僅僅是了別各種境界而不作主，處處作主的是第七識末那識。識蘊的六識以及第七識末那識都是阿賴耶識所生，因此，也將六識及末那識合稱為七轉識，如《成唯識論》卷四引經典所雲：
“阿賴耶為依，故有末那（識）轉，依止心（第八識阿賴耶識）及意（第七識意根末那識），餘轉識（六識）得生。”
八識心王中，最重要的就是第八識阿賴耶識。梵語“阿賴耶”意譯為“藏”，阿賴耶識能集藏一切染淨諸法的種子，故亦稱“藏識”。依第八識不同的功用，還為第八識立了不同的名稱，譬如也稱“如來藏、異熟識、阿陀那識、心、所知依”等等。一切眾生都有第八識阿賴耶識，此識無形無色，本來而有，不生不滅，雖然能集藏一切法的種子，能生萬法，卻又自體清淨，離見聞覺知，不分別六塵卻又能了眾生心行，隨緣應物卻不作主。阿賴耶識又是無我性的，是出世間的法。故《大乘密嚴經》（地婆訶羅譯，下同）卷中，金剛藏菩薩摩訶薩複告大眾言：
“一切眾生（各自的）阿賴耶識，（都是）本來而有（的法），（此阿賴耶識）圓滿清淨，出過於世，同於涅槃。”
第八識阿賴耶識具有不生不滅能生萬法的體性與作用，是一切眾生的根本心。藏識並非是虛構出來的一個名詞概念，而是客觀存在的法，是真實可證的法，如《大乘密嚴經》卷下，金剛藏菩薩摩訶薩複告眾言：
“阿賴耶識亦複如是，是諸如來清淨種性，於凡夫位恒被雜染。菩薩證已，斷諸習氣，乃至成佛，常所寶持（阿賴耶識的心體）。”
然藏識的心行非常微細，極難體證，需要具備正知見，參禪破參的當下才能實證。實證根本心——第八識阿賴耶識（如來藏）就是禪宗的開悟明心。佛教以外的人都不曾聽說過阿賴耶識的名詞，更不要說去實證祂、去體驗祂的運作了。
通常人們感覺到的“心”隻有一個，也就是見聞覺知、能分析思考的心，稱為意識。意識具有一種功能——證自證分，能反觀自身的存在，狹義來說，第七識末那識與第八識阿賴耶識都沒有證自證分，故在人熟睡無夢的時候，末那識、阿賴耶識雖然仍在運作，卻感覺不到自我的存在。
心並非如人們通常所感覺到的隻有一個，西方的心理學家在對接受心理治療者催眠時發現，病人被催眠後，會產生與其清醒時完全不同的思維、情感、行為、記憶，而且當其清醒以後，會完全忘記被催眠時所發生的一切。譬如歇斯底裏症患者清醒時不願意說出心靈的創傷，當他被催眠後，就很容易說出自己的坎坷經曆，過後也記不得自己被催眠時所說的話。心理學家由此觀察到人的“心”除了自我能感覺到的意識之外，還隱藏著另外一個其本人也不曾覺察到的“心”在發揮著巨大作用，心理學家稱之為“潛意識”，並認為人“心”就像一座冰山，意識僅僅是浮在海麵上的一角，海麵下的那巨大的冰體就是潛意識，是潛意識決定了人們的思想、觀念、行為等等。因此，心理學就談到了兩個識——意識、潛意識（心理學所說意識的內涵有別於佛教）。佛教對“心”“識”的認知遠超過當代心理學，而揭示了“心”“識”的本質。
第八識阿賴耶識能生萬法，那麽藏識是心，心體無形無色，如何能變生出物質——眾生的色身與器世間的呢？
二、四大種與極微
物質屬於佛教所說的色法，是由四大種組成的。四大種是指組成物質的四種基本元素，即“地、火、水、風大種”，其中地大種是指物質中具有堅硬性質的元素，有保持作用；水大種是物質中的濕潤元素，有攝集作用；火大種是指物質中的溫熱元素，有成熟作用；風大種是指物質中的動態元素，有生長作用。譬如人體的毛發爪牙皮骨筋肉等是地大；唾涕膿血，痰淚便尿等是水大；體溫是火大；呼吸是風大。四大種並非獨立作用，而是相互含攝。譬如人體的血液雖以水大為主，但仍然有質感（地大）、溫度（火大）以及流動性（風大）。人類的飲食、消化等生理活動，其實就是吸取食物中的四大種，用以滿足自身所需的過程。人體的許多病變，也是由四大不調造成的，譬如火大偏盛，人體就會生病發熱。
四大種是藏識所藏四大種之種子所發之現行，非物質自身固有之性質與作用。四大種遍於一切所造色，又為一切所造色之所依，故佛教將宇宙器世間、有情的色身等也稱為四大所造色。
佛教發現構成物質的最小粒子為極微。極微舊譯鄰虛塵，物質的長短、方圓、大小等即是極微積聚所呈現的狀態。極微不可再分，若再分下去就是“無”，就是“虛空”了。極微的“大小”，如《俱舍論》卷十二載：
“謂七極微為一微量（微塵），積微至七為一金塵，積七金塵為水塵量，水塵積至七為一兔毛塵，積七兔毛塵為羊毛塵量，積羊毛塵七為一牛毛塵，積七牛毛塵為隙遊塵量，隙塵七為蟣，七蟣為一虱，七虱為穬麥，七麥為指節，三節為一指，世所極成。”
現代科學研究認為：物質是由分子（離子）構成的，分子是由原子構成的，原子是由原子核和電子構成的，原子核是由質子、中子構成的，質子和中子是由誇克構成的，等等。研究基本粒子的物理學者又進一步推論，物質世界的最小粒子是普子，普子小到無法通過物理手段檢測，是實際存在的“虛物”。目前科學研究、推論出的最小粒子——誇克、普子等，與佛教所說的極微並不等同，即使將來科學進一步發現更細小的粒子，也不是佛教所說的極微。極微涉及到虛空，涉及到“心”（第八識阿賴耶識）與物質的互相關係，並非僅僅是物質問題。微塵（七倍於極微）是天人天眼所見的最小微粒，也是未來科學研究最小粒子的終極目標，但是難以實現，因為欲界人類的科學認知無法達到天人的水平。
極微是依色的極量邊際所假立的名稱，色法並非由極微所聚合,而是由四大聚合所成的，四大是眾生的第八識共同變現出來的，並由第八識所執持，以形成色法——宇宙器世間、有情色身等。無形無色的第八識心能變生出物質，此理亦複難解，故需要舉例說明。譬如科學研究發現物質與能量之間可以相互轉換，原子彈爆炸就是物質轉化為能量的過程，無形無色的能量也能轉化為基本粒子，再組成有形的物質。四大的極微類似於這種能轉化為物質的“能量”，但是四大極微不是自然而有的，而是由本心第八識所變現的，是以四大極微不能外於自心藏識而存在，故《大智度論》卷三十六，龍樹菩薩言：
“是微塵有大有中有小，大者遊塵可見，中者（微塵）諸天所見，小者（極微）上聖人天眼所見，慧眼觀之則無所見，所以者何？性實無故。”
有人認為生命完全是依物質聚合而有，若物質分離，生命即壞，並無不滅的精神體往來三世，故物質就是生命之真相，這是古印度順世論外道的觀點，後來演化為唯物論。
三、三界唯心
本心第八識雖然無形無色，然能攝持物質，譬如磁鐵所生之引力，無形無色，卻能吸引鐵塊。阿賴耶識具有一種功能——大種性自性，法爾如是能“團聚”四大極微成器世間及眾生之色身。“心”能造物的原理，如《楞伽經》（四卷本）卷二，佛言：
“大慧！彼四大種、雲何生造色？謂津潤妄想大種，生內外水界；堪能炎盛妄想大種，生內外火界；飄動妄想大種，生內外風界；斷截色妄想大種，生內外地界；色及虛空俱，計著邪諦，五陰集聚四大造色生。”
所謂內界是指眾生的色身，外界是指供眾生所生活的器世間。
第八識阿賴耶識住於受精卵中，執持受精卵成長為胎兒。由藏識中含藏“斷截色妄想大種”，藏識能將母體血液中的營養物質（四大種）變生為胎兒自身的筋骨肉等內地界；由胎兒的藏識中含藏“津潤妄想大種”，藏識能藉母體所提供的營養，變生出胎兒的體液等內水界；由胎兒的藏識中含藏“堪能炎盛妄想大種”，藏識能變生出胎兒的內火界，以保持體溫；由藏識中含藏“飄動妄想大種”，藏識能變生出胎兒的內風界，令五髒六腑運行。等胎兒漸漸長大，眼、耳、鼻、舌成就，六根具足，根塵相觸，藏識就會生出六識的見聞覺知心，來了知外境（其原理詳見第二章第二節）。因此，有情的色身——不論天人之高大色身，還是病毒之微小色身，以及他們的見聞覺知心，都是有情的藏識藉緣所生。
內界（色身）如是由藏識所造，眾生所居之外界（器世間）亦複如是由藏識所造。以共業眾生之藏識中有“斷截色妄想大種”，故於虛空中團聚微塵以形成星球、大地、山石等；以共業眾生藏識中有“津潤妄想大種”，故山河大地有種種水生，滋潤草木；由共業眾生藏識中有“堪能炎盛妄想大種”，故有種種可燃物；由共業眾生藏識中有“飄動妄想大種”，故有氣流流動，器世間由此形成。當壞劫來臨，器世間碎如微塵，散於虛空。等到成劫之時，造有共業眾生之藏識又會將微塵再次團聚為新的器世間。如此世界成了又壞，壞了又成，周而複始，皆是藏識之作用。
藏識具有能造有情色身與器世間的功能， 故《成唯識論》卷二雲：
“阿賴耶識因緣力故，自體生時，內變為種及有根身，外變為器。即以所變為自所緣，行相仗之而得起故。”
無形物（藏識）能變造有形物（三界器世間及有情色身），譬如電腦的硬盤（藏識）能儲存無形無色的數據（萬法的種子），數據經過處理轉換，顯示器上就有山河大地、人畜草木等圖像（器世間及有情色身）。藏識造物的原理與此類似，然此理迥異於人們的認知習慣，極難理解與接受。
有人會問：地球是共業眾生的藏識所造，那麽地球的哪一部分才是自己的藏識所造？器世間的形成是由共業眾生之藏識共同作用的結果，很難確認哪一部分才是自己的藏識所造。對此《成唯識論》卷二有一個形象的比喻，譬如無數盞明燈同時照耀一個房間，很難說房間的某一處一定是由哪一盞燈照亮的。
又有人問：既然眾生和器世間都是藏識所造，為什麽藏識所造的色身以及器世間有優有劣？這是因為藏識在造眾生和器世間時，所依據的是藏識中所集藏的善惡業的業種。當藏識中所集藏的善業種子勢力大的時候，所造的色身和器世間就殊勝，反之則醜陋。是故共業眾生所造的善惡業，會影響器世間的現況。《佛說業報差別經》言：“若有眾生，於十不善業多修習故，感諸外物，悉不具足：一者，以殺業故，令諸外報，大地堿鹵，藥草無力；二者，以盜業故，感外霜、雹、螽、蝗蟲等，令世饑饉；三者，邪淫業故，感惡風雨，及諸塵埃；四者，妄語業故，感生外物，皆悉臭穢；五者，兩舌業故，感外大地，高下不平，峻崖險穀，株杌槎菜；六者，惡口業故，感生外報，瓦石沙礫，粗澀惡物，不可觸近；七者，綺語業故，感生外報，令草木稠林，枝條棘刺；八者，以貪業故，感生外報，令諸苗稼，子實微細；九者，以瞋業故，感生外報，令諸樹木，果實苦澀；十者，以邪見業故，感生外報，苗稼不實，收獲鮮少。以是十業，得外惡報。”反過來，如果大家都能去惡修善，那麽整個世界將會變得風調雨順，景色宜人，此即是“心淨則國土淨”的道理。我國古代陰陽家提出“天人合一”、“人天感應”的主張，有一定的道理，但是他們無法了知這些現象背後的原理。如果藏識可以脫離內部的“業種”而“隨心所欲”地造物，那麽所造之物要麽十全十美，要麽雜亂無章，毫無規律可言。
關於地球生命的起源（佛教並不認為生命是有起源的，詳見第一章第一節之“無始劫”部分），當今科學界占主導地位的是進化論的觀點。進化論認為：原始地球上的氫氣、氨氣、甲烷和水蒸氣等在閃電的作用下發生化學反應，產生氨基酸、核苷酸等有機小分子物質；有機小分子物質再經聚合形成蛋白質、核酸等大分子物質；大分子物質又組成多分子體係，逐漸演化為單細胞生物；單細胞生物進化為無脊椎動物，再進化到脊椎動物，經由魚類、兩棲類、爬行類、鳥類、哺乳類，直到由古猿進化到人類。其實“進化論”隻是一種假說，其理論與事實出入太大，論證模棱兩可，結論也無法重複，到二十世紀後半葉，隨著細胞研究成果的突飛猛進，進化論越來越受到科學界的質疑。
單細胞生物是人類所知的最簡單、最微小的生命形態，如細菌。一小滴培養液可以培養數億細菌。起初，人們以為細胞隻是一小團漿糊狀的物質，並不複雜。隨著科技的進步，科學家發現細胞的複雜程度是進化論的創始人——達爾文所無法想象的。譬如將細菌的鞭毛（細菌的運動器官）放大到５萬倍時，就看到細菌的鞭毛是由各種精密的部件——推進器、鉤狀區、傳動軸等組合而成的驅動係統。盡管鞭毛的分子驅動機以高速度旋轉，但是能立即製動並做反方向轉動。細菌的鞭毛是由40多種蛋白分子組成的精密“儀器”，去掉其中的任何一個部件，整個係統就會失去功能。如此複雜的係統隻能是被“設計”出來的，而非蛋白質自動聚合而成。
如果細菌的鞭毛是進化來的，那麽在進化出完整的鞭毛之前，半成品的鞭毛就是毫無用處的“累贅”。按進化論的觀點，物種在進化過程中，隨機的遺傳與變異，隻有在有利於有機體生存時，自然選擇才可以成功；因此，這個毫無用處的半成品鞭毛，在進化時就不會被自然選擇所保留並遺傳給下一代。是以達爾文本人亦發覺進化論的缺陷，
他說：“確有某種複雜的器官是不可能經由無數漸進且微小的變異而形成，那我的理論就會徹底崩潰。”
即使是最簡單的細胞也是由數千種不同類型的蛋白分子構成的，蛋白質分子不可能自行隨意拚裝成複雜的生命體。單細胞生物尚且如此，何況是複雜的人體。如果蛋白質可以自行組成如此複雜的人體係統，那麽將各種金屬混在一起，隻要時間足夠長，這些金屬就可以自動“進化”成為一台計算機了。
由於進化論解釋不了第一個細胞產生的原因，也解釋不了地球生物突然出現的多樣性與複雜性。故1993年加州大學柏克利分校的詹腓力教授邀請了一批科學家、哲學家共同探討生命起源的問題。他們認為，生命與非生命物質之間有不可逾越的鴻溝，生命並非起源於一次偶然的化學變化，生命是被某種有智慧的“東西”設計創造出來的，並因此提出了“智慧設計論”。這次聚會被做成視頻——《智慧設計論——揭開生命的奧秘》，內容很震撼人心。與會的生物學家尼爾遜說：“當我看到這些分子機器以及細胞分裂這個難以置信的複雜過程，我想問的是：‘在這些事物後麵是否有一種智慧？這些結構是否有計劃、有目的？’科學應當尋求世界的真相。我們不該有偏見，不能說因為我們不喜歡這種解釋（智慧設計論），就把它棄置一旁。”
佛教實證：每一個有靈性的生命，大到鯨魚，小到細菌，的確是被一個擁有智慧的“東西”嚴格地按照內在的邏輯製造出來的，這個“東西”就是它們各自的第八識阿賴耶識，而非其他。西方的生物學家經觀察推導出生命不可能是由化學變化合成的，而是由獨立於物質和能量的“第三種實體”——“信息體”以智慧設計出來的。譬如西方科學家斯蒂芬·梅爾說：
“在十九世紀，科學家相信隻有兩種實體——物質和能量，但是當我們進入21世紀的時候，科學界普遍認同還有第三種實體的存在，那就是信息。因此，當我們麵臨生物信息的時代，一種猜疑正在興起，也就是我們在DNA分子中所看到的，實際上它是一種思想意誌、一種智慧的產物，它也隻能用智慧設計論來作解釋。”
其實，斯蒂芬· 梅爾所謂的獨立於物質和能量的“第三種實體”——“信息體”，就是佛教所說的集藏一切信息的第八識阿賴耶識。由於科學家沒有關於第八識的知見，第八識也無法用科學儀器檢測到（隻能以悟的方式一念相應到），故斯蒂芬· 梅爾等科學家不知道，更無法找到第八識這個“信息體”。是以他們雖然放棄了進化論，難免會落入臆想，或者重新投入“上帝創造萬物”的神創論的懷抱中。
生命不可能是上帝創造出來的，若承認神創論，則會衍生出無量的過失。譬如：生命若是由上帝創造的，那麽上帝無慈無悲，讓所造的眾生受諸苦難；若上帝是純善無惡的，善隻能生善，又怎麽會造出邪惡；若眾生是上帝所造，則眾生都附屬於上帝所有，那麽眾生所造的惡業，也歸於上帝，應當由上帝受諸惡果……是以萬物決定不是上帝創造出來的。一神教的信眾因為不明“三界唯心造”的道理，無法參透生命的奧秘，故將自心藏識所具有的功能作用，推給了上帝。
或謂當今的克隆現象是以科學的手段創造生命，其實並非如此。克隆動物的生長仍然不能離開阿賴耶識的作用。當科學家以人工手段合成動物胚胎時，若合成的動物胚胎符合藏識入住的條件時，便會有有緣眾生的中陰身“帶著”它的第八識阿賴耶識入住其中（中陰身，詳見第二章、第五節之“輪回的過程及原理”部分），複於中陰身消失以後，由藏識執持此胚胎生長，否則胚胎即會壞死。人工授精，乃至蚯蚓斷為兩截，首尾皆能成活，原理與此相同。克隆過程不可離開藏識的作用，譬如克隆羊“多莉”誕生之過程，科學家先提取母羊的卵細胞，並除去卵細胞的細胞核，再提取另外一隻羊的體細胞的細胞核，移進已除去細胞核的卵細胞中，待這個“合成”的細胞在試管中發育成胚胎後，將其植入母羊的子宮，幾個月後，母羊分娩所產下的小羊，就是克隆羊“多莉”。在克隆羊的過程中，科學家所要做的隻是通過手術，合成一個“新細胞”，並提供新細胞生長所需要的環境，接下來細胞的生長，都由住入此“合成”細胞中的第八識來完成，科學家根本無能為力。科學家無法發現細胞生長背後有第八識阿賴耶識在起作用，還以為細胞能夠自行生長，自我複製，甚或以為生命是由他們製造出來的。
“三界唯心”、“萬法唯識”是佛教的根本理論，有人據此指責佛教是“唯心主義”，這裏先辨析作為哲學兩大陣營——唯物論與唯心論的偏頗之處，再來區別“三界唯心”與“唯心主義”之不同。
哲學有一個基本的問題，就是物質與意識（精神）誰是第一性的問題，也就是先有物質還是先有意識（精神）的問題，並據此劃分唯物主義、唯心主義。唯物論主張先有物質後有意識、意識是物質的產物。唯心論主張先有意識（精神）後有物質、物質是意識（精神）的產物。
唯物論者觀察到隻有人體保持正常的生理活動，才有意識現象的存在，若身體失常，譬如大腦被麻醉了，或者人死了，意識就不存在了，於是據此得出了物質決定意識的結論。譬如我國南北朝時期的範縝就認為，“精神”如同刀的“鋒利”，如果離開了刀（人體），就不會再有“鋒利”（精神）的存在。唯物論的觀點比較“實在”，很容易為人所理解、觀察、接受。
唯心論者觀察到物質是沒有靈性的，而人是有靈性的，故人並非純粹是物質的。譬如觀察到人身（包括大腦）不過是血肉之軀，單純的血與肉無論如何組織，都不可能產生“靈性”、“思想”。人體猶如電腦的硬件（肉體、大腦），離開了軟件（心），就是一堆無用的廢鐵。於是唯心論者就推斷：既然肉體（包括大腦）沒有靈性，就沒有精神與意誌，那麽精神（意識）必然是原本就存在的，物質隻能是精神（意識）的產物，故精神（意識）是世界的本原。譬如古希臘哲學家柏拉圖認為，世界是由“理念世界”與“現象（現實）世界”組成的，理念世界是真實的存在，現實世界隻是理念世界的影子。中世紀經院哲學認為“靈魂”是精神實體，可以脫離肉體而存在。被譽為“現代哲學之父”的法國哲學家笛卡爾提出了“意識”與“物質”相互獨立的二元論，英國經驗論的代表人物巴克萊主張意識是世界的本原。唯心論的觀點比較抽象，難以理解與觀察。
唯物論與唯心論所作的觀察與推論都有一定的道理，但也各有偏頗之處。
唯物論認為事物都是由各種因素在一定條件下組成的，都處於運動中，也都會壞滅，這類似佛教的緣起論。因為無明，唯物論者觀察不到不生滅的“心”（第八識）在作用，隻能觀察到有生滅的“心”（識蘊的六識）的存在。識蘊的六識心，須以六根、六塵相觸為緣，由藏識流注六識種子，六識心才能現起；若身體毀壞，無根、塵相觸，藏識便不流注六識種子，即無六識現象。由於唯物論者隻能觀察有生滅的“心”的一些生滅現象——如當人的大腦被麻醉後，就沒有意識的存在了，於是就得出了一切唯物的結論，這是相當片麵的。並且唯物論麵對一些先天因素——“秉性”、“天賦”的時候，也無法作出合理的解釋。譬如俗語說“龍生龍鳳生鳳，老鼠天生會打洞”，為什麽不用學習，老鼠天生就會挖洞？孩子生下來就會啼哭、吃奶？唯物論認為是基因攜帶了遺傳信息所致。然遺傳基因是由脫氧核糖核酸(DNA)在染色體上作特定的線狀排列所決定的，DNA僅僅是一種物質（大分子聚合物），如何會具有邏輯思維性，無需其他原因就能自行排列成攜帶遺傳信息的基因？DNA經過特定的排列組合，如何就會讓人（動物）具有靈性？若一切先天因素都是遺傳基因發生作用的結果，那麽一母所生的雙胞胎，基因大致相同，後天生活環境也相同，為何有的個性、智商會相差很大？可知，先天因素絕非是由物質（基因）決定的，先天因素，以及DNA的排列順序必然是由能儲存信息且能作用於物質的“心”（藏識）所決定的，唯有“心”才有智慧，才有“邏輯思維性”。此“心”（藏識）必然在胎兒階段就能作用於受精卵，使得受精卵能按照“心”的“意願”去生長，若離開“心”的作用，受精卵僅僅是一團肉（物質），沒有知覺，沒有靈性，絕無法自行長成人類的模樣。再者，若人身僅僅是物質的積聚，那麽隻要持續地增加營養，身體就應該能不停地長高長大，事實顯然不是這樣的。是以遺傳現象的背後，必然是具有靈性的“心”（藏識）在控製著這一切，唯物論無法發現此“心”（藏識）的存在，所看到隻是表麵現象而已。唯物論者認為“人死如燈滅”，不信輪回，不信因果報應，這種人生理念若不加以正確引導，有演化成極端利己主義的可能。今人大多信仰唯物論，過於迷信科學。科學乃三界有為法，隻能研究物質世界的一些現象，無法切入“心靈”層麵，是以許多科學家——如居裏夫人、愛迪生、牛頓等仍有宗教信仰，且不論他們所信仰的宗教正確與否。科學發展於造福人類的同時，應朝向揭示真理以提升人類道德品質方麵努力，依靠人類自身的善行所得的福報來改善現狀，若將科技用於競爭劫奪，必將導致人類的自我毀滅。
唯心論者觀察到物質（肉體）沒有靈性，沒有思想，認為“精神”（心）可以獨立存在，觀察的方向雖然正確，但是因為無明，他們和唯物論者一樣，也不知道自心藏識的存在，故其所認為的“精神”——“理念世界”、“靈魂”、“意識”等，有的是臆想，有的是因緣所生法，都不能獨自存在，更無法決定物質。
因此，無論唯心論，還是唯物論在解釋物質與精神的關係時，都落於偏頗，唯有佛教所說的“三界唯心”，才能正確全麵地揭示出物質與精神的本質。
雖然從哲學的角度來劃分，可以將佛教所說的“三界唯心”劃歸唯心一元論（一元論是指主張世界的本原隻有一個的哲學學說），但是佛教的“三界唯 心”所說的“心”，並非唯心主義所說的“理念世界”、“靈魂”、“意識”、“精神”等，而是唯心主義所不知的本心第八識阿賴耶識（異熟識）。此“心”若經參禪開悟即可實證、體驗，而非學術上的假想與推理。故佛法所說之“三界唯心”迥異於唯心主義的觀點。
還有學人不明白佛說之“心能造物”的原理，遂將佛說之能生萬法之藏識與一神教所說之第一因的造物主（上帝、梵）等同起來，其實二者的本質是完全不同的。譬如，佛教實證在無始劫以來，輪回之眾生以及其所生活的宇宙器世間就存在，並非先有藏識，之後藏識再造出有情及器世間；一神教則認為先有造物主，而後造物主創造了一切。藏識與所造之眾生非一非異，和合運作，藏識也能被其所造之眾生的身口意行所熏；而造物主則是完全淩駕於所造物之上的。器世間是共業有情各自的藏識共同造就的，一神教則認為器世間是造物主一人所造的。藏識是無我性的，沒有好惡，隨緣應物而不作主，藏識所造器世間及有情色身之優劣所依據的是藏識內業種的染淨程度；上帝是有我性的，上帝造物不是依據個人喜好，就是隨心所欲……故不能把三界唯心等同於外道的第一因論。
持寧 佛 法 概 論——菩提道真實次第
