在一般佛弟子心中，普遍認為藏傳佛教是佛教的一支，但是它充滿了神秘感與爭議性。充滿神秘感的部分是它有非常繁複的儀軌，無法讓人一窺究竟；充滿爭議性的部分，它有男女雙運的法，像這樣的法在中國儒家社會裏是無法讓人接受。因為這樣的緣故，藉此機會來探討：藏傳佛教所說的法到底是不是釋迦世尊所說的法？到底是不是正統佛教的一支？在了解藏傳佛教真實內涵之前，應該先探討它們的起源及形成，可以了解它到底是不是傳承於佛教？於探討起源及形成之後，再針對他們所說的法來了解、來判斷，藏傳佛教到底是不是正統的佛教？然而藏傳佛教形成的原因很多，包括了不同發展階段過程所分化的各種派別，因此緣故，應該先給它一個總體的名稱，來區分不同時期所發生的情形，以免在解說時產生困擾，這個名稱叫作密教，也就是秘密的宗教；以其秘密儀軌、秘密說法等方式為之，有別於佛教所說、所作的種種內涵。有了密教這個總體名稱以後，就可以解說密教的起源及形成的過程。
密教的起源與形成可分為原始密教的陀羅尼密教、持明密教、真言密教、瑜伽密教、無上瑜伽密教。除了原始密教以外，持明密教、真言密教、瑜伽密教、無上瑜伽密教與目前密教所稱呼事部、行部、瑜伽部、無上瑜伽部之四部相當。這四部密教當中，持明密教則偏重於口誦陀羅尼之語密、手結契印之身密以及種種供養、祭祀的儀式、灌頂的事相儀軌上。真言密教除了上述所說外部的事相外，還加上許多觀想的意密，這不僅形成《大日經》所說的方便為究竟的三密，也就是身密、語密、意密的主要內涵，而且也是後來的瑜伽密教、無上瑜伽密教以此為基礎所衍生出來的密教法。瑜伽密教則偏重於觀想的意密。無上瑜伽密教對於手印的身密、口誦真言的語密不注重，完全偏重於觀想的意密上。
又學術界認為密教有早期、中期、晚期之分。早期的密教包括了最原始的陀羅尼密教以及早期的持明密教；中期的密教包括了晚期的持明密教所發展出來的真言密教及瑜伽密教；無上瑜伽密教則被認為是晚期的密教。由上麵簡單說明可知，密教在起源與形成過程中其所說的法，內容不斷地演變、不斷地增加，摻雜了許多不同宗教文化說法等因素在內，形成一個大雜燴的宗教；而且在同一個派別下，不同的上師之間各有不同的主張存在，故形成大大小小的派別。所以說密教是一個說法有演變的宗教，與佛教從釋迦世尊一脈相傳到現在，一直沒有演變大不相同。
又密教的起源與形成眾說紛紜，但是學者對於【密教的起源與形成，大致區分五種：吠陀說、土著說、道教說、混合說、大乘說。】所謂的吠陀說就是印度婆羅門教起源說，它直接源自於古雅利安人的吠陀教，或認為是婆羅門教的祭祀儀式及其內容改造而成，或認為是由印度教的神祇與性力崇拜演變而成。所謂的土著說認為印度土著民族——達羅毘荼人文化，是密教發生和形成的主要泉源；有的人還認為密教是由弗拉蒂亞人所建立的。所謂的道教說認為密教是中國道教移植印度而形成的，密教中帶有明顯的道教特征，其中更有來自中國的傳說和有關的內容。所謂的混合說認為密教是由原始土著信仰：祆教、摩尼教、薩滿教、中國道教混合而成。所謂的大乘說認為是龍樹菩薩或因陀羅菩提王所創立的密教；然而這樣的說法有多位學者考證，認為那是偽托的，根本不是龍樹菩薩所創，是密教行者偽稱是龍樹菩薩所創立。從上麵說明再一次證明：密教的起源是由不同宗教、文化、說法等因素所形成一個大雜燴的宗教，與佛教起源及主張明顯不同。
接下來探討是最原始的陀羅尼密教。陀羅尼又名總持，也就是記持不忘的意思，是與記憶有關的稱呼，所以陀羅尼密教就是與記憶有關的宗教；它影響當時的印度很大，也影響後來的佛教。由於陀羅尼與古印度教的明咒、民間的禁咒相似，而且這三種曾互相影響及融合過，所以陀羅尼密教有時又被人稱為咒教。由於陀羅尼被人混和了民間的禁咒和明咒，開始滲入佛教中，使得後來的大乘的陀羅尼與咒術相結合，陀羅尼被賦予神秘咒術的力量，而且最直接影響的，讓原始密教的陀羅尼密教形成一定形態，且具有教派體係的特征。又由於當時陀羅尼密教的法師，為了與來自各方強烈的反對，於是將法師的地位大大提高，將毀謗法師的言論視同毀謗如來，把尊崇法師與尊崇如來等量齊觀；這一點也被後來密教所繼承，使得佛教原有的三歸依變成密教的四歸依，而且上師還被置於三寶之前，上師的價值遠遠超過於佛教的佛法僧三寶。因此緣故，密教行者常常有匪夷所思的說法出現，譬如有人主張“不把上師看成普通人，而把他當作佛陀看待”，乃至有人主張“想想你的上師，他比過去現在及諸佛，還要更加慈悲”，諸如等等匪夷所思的說法，不僅讓人覺得很荒誕，而且也很離譜。
又大約公元三世紀初陀羅尼密教傳入中國，流行於魏晉南北朝時代，成為主流。在這一段時間融合西域一帶的咒術等等，陸續出現了準提咒等陀羅尼流行於社會，由此可知準提咒乃是陀羅尼密教所流傳的咒語，目前被佛教列入二時臨齋儀軌中；這分明告訴大眾，密教的咒語早已經滲透到佛教裏，隻是很多人不知道而已，認為那是釋迦世尊所說的咒語，所以被佛教徒沿用而流傳到現在，成為佛教二時臨齋儀軌的一部分。
接下來談持明密教。大約四世紀前後，陀羅尼密教更發展成為具有一定密法的體係，被稱為持明密教。持明密教在陀羅尼密教持咒為主的基礎下，增加了與陀羅尼相配合的手印及契印，也就是用手來結手印以及手執法器為契印。此外持明密教不僅在誦持陀羅尼本質發生了變化，與吠陀時期的咒語相融合；而且在公元五世紀時候，更進一步發展出像法、壇法、曼荼羅、供養法、護摩法、灌頂法等法；也就是說將佛像、神龕、壇位供養鮮花等搬入密續當中。譬如將佛像的修法納入後，逐漸地將佛像的修法加以曼荼羅化而形成為佛部、觀世音部、金剛部、天龍部等，並將佛像法、供養法、護摩法、灌頂等法與曼荼羅連係在一起，成為具有一套密法的體係。大約公元六世紀持明密教傳入中國，使得持明密教風行於一時，普及於社會，並且在洛陽、川北、敦煌等石窟造佛像。在公元六、七世紀，持明密教在中印度發展成真言密教，在南印度發展成瑜伽密教。
真言密教之行者為了想與傳統的密教加以區分，以晚期持明密教為基礎下，以真言來取代陀羅尼與明咒，故名真言密教。真言密教教典以《大日經》為代表經典，它結合了陀羅尼教的思想，建立密教一套具體的學說與體係，對後來密教產生了非常重大的影響，因此有一位學者認為：【《大日經》是密宗的代表經典，它總結了密宗自起源，經陀羅尼密宗，以至持名咒藏階段的教義精華，再有所增益，具體的完成了密宗本派學說與教義體係，並且使密宗中的佛教內涵，更加具體而且完備。】（《即身成佛的簡捷法門－密宗的形成與發展》淑馨出版社．頁30）真言密教也繼承了晚期持明密教《蘇悉地經》等密續的神祇係統，因而發展了五方佛的說法。真言密教及《大日經》於公元八世紀傳入中國，唐玄宗時由真言密教行者善無畏及其弟子一行共同翻譯《大日經》共有七卷，前六卷是本文所在，第七卷是善無畏所造的供養儀軌，並由一行批注《大日經》為《大日經疏》，後來成為學術界學者密教行者研究《大日經》最佳批注的參考書。然而有學者認為《大日經》是為後人集體創造的密續如下：【崔牧為初唐時．著名的真言宗大師－－善無畏的弟子，其經序中所雲《大日經》的出世傳奇，當為聽善無畏的口述，相對於印度神話中．“猿猴曬經”的傳說．所在多有，“故而樵夫得經、猿猴索經、國王繕抄……”等，顯係偽托，但從“與諸聖簡繁摘要，集為二千五百頌”之言的蛛絲馬跡來分析，《大日經》應該是當時密宗中的一些大智慧者，在博采諸經後，去蕪存菁的集體創作。】（《即身成佛的簡捷法門－密宗的形成與發展》淑馨出版社．頁29~30）由學者考證可知，《大日經》乃是後人密宗行者集體創作的密續無疑。
又持明密教在南印度發展的瑜伽密教是在真言密教的基礎之下而形成的，主要以崇拜金剛神、編輯《金剛頂經》而組成的金剛密法，所以瑜伽密教又稱為金剛乘。轉五佛為五智、觀五相成身而現證菩提、現證成佛，也就是密教行者認為不需要經過三大無量數劫，即以今世的色身而成就佛身，其修行方麵三密兼修，但偏重於瑜伽觀想之意密上，故稱為瑜伽密教。由於瑜伽密教強調金剛神的地位也就是諸佛菩薩的地位，凡是所有的名相均冠上“金剛”二字，稱密法為金剛界，稱阿闍梨為金剛阿闍梨，稱弟子為金剛弟子，稱本宗為金剛宗等等。
如前所說，真言密教繼承了晚期持明密教《蘇悉地經》。真言密教以《大日經》為主，而瑜伽密教《金剛頂經》又深受真言密教《大日經》的影響，所以《大日經》、《金剛頂經》以及《蘇悉地經》這三部密續，成為密教最基本、最重要的三部密續；也因為這樣的關係，使得密教的地位在曆史上得以正式確立。又真言密教、 瑜伽密教於公元八世紀初分別傳入中國，最著名的密教行者有三人，被稱為開元三大士，那就是善無畏、金剛智、不空。其中善無畏、金剛智與其弟子一行建立密宗完整的體係，中國密宗於是形成；日本密宗則是藉由空海創立真言宗，又以東寺為發源地故稱為東密；另有台密，為同期留學唐朝僧人最澄所創，亦稱為理秘密教，他結合了天台宗思想而創立的密教體係。這兩個瑜伽密教體係，後來盛行於日本一直到現在。金剛乘發展到公元九世紀成為最鼎盛的時期，這時已經摻雜了大樂思想，講貪瞋癡三平等，說五欲性解脫，並且吸收了更多的印度傳統瑜伽的理論，以觀想代替了實際的修行等等。到了十世紀以後，金剛乘有了很大的轉變，那就是受了印度教毗濕奴俱生派的影響，有了男女性力解脫的思想出現；這時的密教史稱為無上瑜伽密教，也就是金剛乘的大樂思想，與印度教毗濕奴派的性力思想相結合的密教。
有一位學者描述無上瑜伽密教、男女性力解脫的內涵如下：【認為兩極對立的統一結合是世界終極存在，一體平等無二即是真實理、菩提性、金剛體。……而實現對立的統一和一體的複歸，唯一的手段就是兩性的結合，以性力來達解脫的目的。所謂大秘密，就是兩性的結合，一切諸佛從是生，一切眾生從是生，佛與眾生的差別從此而來。眾生求得與佛的平等，也就是要回歸秘密中。所以在修行實踐中摒棄五部五相的金剛界修法，唯以觀想蓮花與金剛杵的相合，及金剛杵住在蓮花上以為無上瑜伽。】（《中國密教史（一）密教的源起與早期傳播》空庭書苑．頁78）由學者提供的數據說明可知：無上瑜伽密教將印度性力派之男女交媾的思想納入瑜伽密教裏，主張男性性器官的金剛杵與女性性器官的蓮花相結合，透過男女性結合可以到達佛地的境界。公元十世紀當瑜伽密教轉變以性力解脫的無上瑜伽密教時，剛好是唐朝滅了，因而進入五代十國。雖然唐朝密教曾一度沒落，但密教施食禮懺等思想，在民間仍然繼承下來而更加流行。此時傳入西藏的密教，主要是從印度的波羅王朝輸入，也就是從金剛乘的東印度及中印度一帶輸入，也因為這樣的關係，無上瑜伽密教不僅在西藏逐漸發展成政教合一的主導地位，而且一般眾生分不清楚密教的真實內涵，被錯誤認為是中國佛教的一支，因而從宋朝開始影響中國佛教甚巨，使得佛教與密教合流，成為主要趨勢。
無上瑜伽密教在印度流行了一個多世紀以後，正值伊斯蘭教入侵印度，因而促成印度教與無上瑜伽密教結合。無上瑜伽密教大量吸收印度教的內容，譬如將印度教有關大我小我的思想納入無上瑜伽密教體係等等。到了十二世紀末十三世紀初，伊斯蘭教繼續侵略印度、摧毀那爛陀寺等寺，因而造成印度無上瑜伽密教滅亡。然而無上瑜伽密教行者有一部分逃到尼泊爾、中國西藏等地區，尤其是西藏開展出另外一番局麵。
由上麵簡單說明可知：密教是由多種不同宗教文化、說法等因素所形成一個大雜燴的宗教。而且在同一個派別之下、不同的上師之間各有不同的主張存在，故形成大大小小的派別，本身與佛教由釋迦牟尼佛所創立的完全不同；也因為這樣的關係，使得密教充滿了神秘感與爭議性，常為後人所詬病。
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