今年（2016 年）過年期間去了日本，因為自己也算是一個車迷，所以在日本特意坐了一次新幹線，上越、東北新幹線，上野 - 東京，距離按說是最短的，但也算是體驗吧。
新幹線票價大概相當於國內 G 字頭車票價的 2-4 倍（看距離），我坐這一段票價是 1020 日元（自由席），相當於 60 塊錢人民幣，國內相同長度大概不超過 15 塊錢，如果是指定席，會更貴。東京到新大阪指定席票價大概 14000+ 日元，折合人民幣近千元，距離 500 公裏左右，這個距離類似鄭州到武漢，國內 G 字頭二等座票價 244 元，一等座 391 元。新幹線票價範圍變化很大（指 定席、自由席、不同速度的車價格也不同，有上下幾千日元的差別），國內票價距離相等的情況下都是一樣的，個人認為日本的這種計價方式更科學，但國內確實也 很難改變現在的這種計價模式（國內計價方式：高鐵的票價怎麽規定的？是按裏程還是地域還是別的？ - 中國鐵路高速（CRH））。
班次密度上跟國內基本相當。因為日本沒有跨線車（幾乎沒有），高峰時刻比國內要多一些（新 幹線高峰是 3 分鍾一班，國內高峰是 5 分鍾一班，京滬高鐵徐蚌段據說能達到 4 分鍾的行車間隔），有跨線車的好處就是你從哈爾濱坐到上海虹橋不需要換乘，而如果沒跨線車，就至少要在中間站（比如天津南）換一下。在日本如果跨線坐車， 則必須換乘（如從仙台到新大阪，需要在東京換乘），有沒有跨線需要考慮具體旅客的習慣以及國內線路的情況，至少現階段來說，國內高鐵跨線也是有合適的。國 內跨線車會破壞時刻表，導致線路通行能力下降。
車票分為指定席和自由席，自由席可以理解為無座票，但自由席比指定席要便宜（看距離），自由席就是自己找坐，但有可能在高峰期無座，國內高鐵大部分都是有座票，隻有少數線路（或者春運期間）會賣少量無座票，國內有座票和無座票價格相同（僅限二等座），新幹線高峰期站票人會很多。工作日非高峰期的上座率也很低，我坐的那趟是周一下午 4 點多，就沒幾個人。
速度並不快，不僅僅是我坐的這一段慢，實際運營速度最高大概是 275 左右，國內是 300，旅速看情況，跟感覺上跟國內差不多，隻是稍慢點（看具體車次了）。車開的不是特別穩，懷疑是彎道太多（新幹線曲線半徑比較小，國內高鐵曲線半徑 大，比較平穩）。東京 - 新大阪最快 2 個半小時，鄭州 - 武漢最快 2 小時。站站停的新幹線是 4 小時，國內 G 車最慢是 3 小時，D 車是 4 小時（但 D 車票價差不多是 G 車的 2/3）。
對比國內動車，隻能說新幹線比較幹淨，但絕對不是很新，至少我坐的那趟挺舊的，內飾（沒拍照）跟國內動車很像， 基本上跟 CRH2 係列差不多，不管是座椅、行李架、衛生間，能明顯看出使用過的痕跡（如掉漆、劃痕等），車窗玻璃、座椅倒是非常幹淨。看到別的回答裏拍的很好看的圖，我覺 得那些要麽是一等座，要麽是新車，實際新幹線上跑的車並不都是新車。
購票不需要證件，可以在機器上買，但機器感覺不如國內的自動售票機好用，至少英語界麵不好用（我研究了很久）， 機器上沒有圖（國內自動售票機都會有線路圖可以選擇）。自動售票機也能看出來用了很多次的那種（很多油漆都掉了），至少外觀上看不是很新的。英文界麵打出 的票是帶英文注釋的，日文界麵打出的票隻有日文，這一點比國內的友好（國內車票坐席號那都是中文）。自動售票機對於中國人來說很難用，因為日文地名漢字與 發音並不同，所以不管日文還是英文都很難拚出來。
車票改簽方便，沒試過一共能改簽幾次，但據說能改簽很多次（3 次？），國內鐵路隻能改簽一次，沒嚐試退票。可以在購票機上選座，比如選過道還是窗口之類的，這一點國內是不支持的。
進站無安檢，從 JR 站進去需要過兩道檢票口（機器檢票），站內結構很複雜，車站內沒有候車室的概念（沒有國內那種大量的候車廳座椅），有人提到站內換乘很方便，但前提是能看明白標識，我覺得新幹線和國內的站內換乘在設計上差別不太大（因為國內要查票，多一道手續），我第一次去坐也有點懵。因為沒安檢，所以高峰期的時候客流量極大（有大量的 JR 旅客）。
日本和國內大型火車站相似的問題是車站出口太多，頭一次去根本找不到出口在哪（最複雜的倒不是新幹線而是 JR，尤其是新宿站）。
車站內部有很多商業設施，比如商店之類的，位於檢票口裏麵，不像國內的商鋪都在檢票口外麵（國內：安檢口 -> 候車廳、商鋪 -> 檢票口 -> 站台，日本：檢票口 -> 商鋪 -> 站台），站內商鋪充當了類似候車廳的角色。
有人提到廁所、行李架的不同，我覺得這個要分車型，國內也有廁所很大的（殘疾人衛生間）和大型行李架（但國內沒有密碼鎖），以及各種電子門。因為國 內的動車組技術來源太複雜，所以不同車型區別也很大，CRH2 型車跟我坐的這個差別就不怎麽大。座席大小（E7 / 二等座）沒感覺有太明顯的差別。日係車的硬件的最大優點是每排座位都有自己的車窗（小窗）。
車內椅背後麵不提供垃圾袋。車站內幾乎沒有垃圾箱（很難找到），旅客要自己收拾垃圾並處理，這是日本人生活習慣的問題，日本公共場合的垃圾箱本來也不多，居民需要自己把垃圾分類。
車內比較安靜（我上車的時候人本身就比較少），但高峰期怎麽樣不清楚，都說日本人在火車上不打電話，但我就遇到過（JR 山手線上，說日語，日文手機界麵，要有人非說是留學生幹的我也沒辦法），所以隻能說相對而言更安靜。
部分車站是和老站在一起的，但也有新建的比較偏僻的車站，但由於新幹線曆史很長，當年相對偏僻的車站現在也都不偏僻了。其實也可以推測出，未來國內高鐵站附近也會發展出很多配套設施。
整體來看，硬件條件基本上差不多，國內服務和流程的某些方麵有待提高，國內性價比更高。如果不是頻繁的往來日本之間的幾個城市，不建議坐新幹線（太貴），買打折機票也是不錯的選擇。
當時的車票：
補充一下：其實國內鐵路有些服務也是很到位的，隻不過旅客不知道，比如：站內直接換乘，大部分樞紐站都有；坐錯了免費送回，找乘務員開個證明就可 以；免費改簽、沒趕上車改簽等等。車型方麵某些差距是存在的（車內設施），但考慮到國內鐵路長期運力不足，怎麽把人運過去隻最主要的任務，其餘的都不是重 點。如果比設施的話，國內普鐵也有一人軟包，足夠高端大氣上檔次。
國內外旅客素質差異確實很大，但如果去坐一等座（票價隻有新幹線的一半），熊孩子之類的會少很多。旅客的不文明行為也不是鐵路希望看到的。至少對於衛生間的衛生來說，國內鐵路打掃的也是很勤快的。
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再補充，不要把日本的JR、私鐵、新幹線、地鐵弄混了，這是完全不同的概念。
JR 類似於國內的普速車（K/T/Z），同時也承擔類似地鐵的通勤任務，所以客流量很大，外觀上看跟地鐵也差不多，價格也相對親民（起步價 120-140，單位日元，下同）；
私鐵性質上跟 JR 一樣，但 JR 算是國有的（政府控股 + 民營合資），私鐵是私有的，可以理解為民營企業運營，有些票價比 JR 貴；
新幹線類似於國內的高鐵，有專用的線路跑（JR 是跑在老線路上，窄軌），標準軌寬度，坐新幹線有時候要過兩個檢票口，一個是 JR 的，另一個才是新幹線的檢票口；
地鐵則是另外一套軌道交通係統，比如東京地鐵（Tokyo Metro），性質上屬於國有（東京都交通局、東京地下鐵公司），地鐵的價格相對較貴（起步價 170），旅客數量沒有 JR 的多。
同時，也有一部分快線車，比如去成田機場的 NEX，似乎是在既有線路上跑，但速度比其它的車要快。
地鐵一日券不能乘坐 JR，從 JR 換到地鐵或者從地鐵換到 JR 都要重新計費（私鐵沒嚐試），日本 JR 之間換乘很容易，地鐵之間換乘也很容易，但 JR 和地鐵之間換乘可能就要多走幾步了，隻不過因為沒有安檢，所以比國內的換乘速度快。JR 和地鐵之間換乘，一般要多過一次閘機，甚至有些地鐵線路之間換乘也要過閘機。
日本鐵路客流量大是因為市區內的 JR 承擔了地鐵的通勤任務，日本 JR 的客流量也比地鐵大，這是跟國內的情況不同的（我個人認為 JR 人多的另一個原因是便宜，同樣的距離上 JR 要便宜 50 以上）。
上下班通勤：JR、地鐵、私鐵
市區 - 市郊：JR、私鐵、部分快線車
城市間往返：新幹線
在網上會流傳一些東京軌道交通的圖，這個圖裏實際上是混合了 JR、私鐵、地鐵、新幹線的大圖，實際運營中，這些圖都是分開用的，JR 是 JR，地鐵是地鐵，新幹線是新幹線，單獨看某一張圖，並不複雜。
比如這是全圖（看上去超複雜）：
這是 JR 的線路圖（含周邊、新幹線等）：
這是地鐵（隻看粗線條部分）：
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