雅美之途
教育，人文，社會
ChatGPT為我這本書創作的封麵：《科學與謊言：免疫學家所經曆的新冠大流行》”。還在不斷的完善中, 書也是寫作進行時。
從2019年底至2020年初，我們在美國對武漢的新冠爆發相當關注，當時不斷搜索各方的信息，也保持著與國內的親朋好友的密切聯係。武漢的親人被關了76天，很多同學直接在抗疫的前線。
至於新冠是否會傳到美國，我覺得是遲早的事，但是對新冠所造成的世界範圍的大流行則完全出乎我的預料。我們古董社區當時的年會，正是在2020年的元月份舉行的。當時有位資深律師問我，新冠在美國大流行的可能性。我直接告訴他，他在我們人煙稀少的林蔭大道上感染病毒，比被雷擊的可能性還小，這個判斷被證明是完全錯誤的。
可惡的病毒浪費了我們幾年的寶貴時間，很多課題都停擺，但是我們有幸活了下來。遺憾的是全球幾百萬甚至上千萬的人沒有度過這個難關，包括被清零暴政和新冠海嘯奪去生命的數以百萬計的同胞。
我在文學城是持續關注疫情的博主，很少有人像我這樣努力過，係統和專業程度更是在海外的中文媒體中少見。我以後回憶往事時應該有些成集的東西，而不是零星的博文。
我還有一個夢想，那就是為未來學會中文的美國孫子輩們寫點東西。最好的方式是出版一本集子，雖然現在讀者已經不習慣讀大部頭的書了。我應該寫了幾百篇關於新冠大流行的博文，留點東西還是必須的。
我的文章從大流行的科學到人文都有廣泛的覆蓋，自己也感染過病毒。不僅向大眾普及疫苗及其免疫反應，我也打過六針mRNA疫苗。我深知政治與謊言對科學抗疫的作用有多大，以致於設立了我的第二大原則：“我盡可能避免與具有堅定信仰的人辯論社會議題，我所稱的“堅定信仰”泛指黨派的極端認同和對某種宗教的狂熱追求。原因很簡單，大腦被這些東西統治的人，很容易形成固定思維，基本上不容易應用人類和自然的公理與他們辯論。也就是說，他們不知道怎樣reasoning，與他們辯論完全是對牛彈琴，瞬間就進入循環辯論。所以長久受科學與人文熏陶的人，遇見什麽“以色列的土地是上帝賜予的”或者“兩個凡”，我們基本上知道已經碰到城牆了，趕快躲開，因為沒有任何思辨的基礎存在了”。
我設想以每篇博文為線索展開，加上現在的評論，對於博文我隻會改錯別字和調整句子，內容會保持原樣不變。為了控製書的長度，有時候也可能隻列出部分的文字。
這篇是我在文學城的首篇新冠博文，被封的公眾號可能還有更早的。當時的武漢還是春節團拜會和萬人宴，新聞的封鎖使國人都蒙在鼓裏。我當時是擁有公眾號的人，這篇被廣泛閱讀的文章讓人警惕，直接或間接地救了在信息繭房裏的武漢朋友的命。以後文章的格式是這樣的，並且將會以此循環：現在評論，以前博文題目，博文主題內容，博文寫作時間。
《武漢冠狀病毒感染病例可能高達1723人》。
我有位在聖路易斯華盛頓大學受過感染性疾病專科訓練的朋友，這位同時也是麻省理工博士的專家知道我來自武漢，所以自從武漢呼吸道感染性疾病爆發後，他總是給我電郵更新，我也相當感謝他。
他的最新電郵告訴我，美國疾病控製中心，已經派人前往美國的三大國際機場：洛杉磯、舊金山和紐約以監控來自武漢的航班，可見問題已經比較緊迫了。
昨天讀到這則英文信息：“The number of people already infected by the mystery virus emerging in China is far greater than official figures suggest, scientists have told the BBC.
There have been 45 laboratory-confirmed cases of the new virus, but UK experts estimate the figure is closer to 1,700.
Two people are known to have died from the virus, which appeared in Wuhan city in December.
"I am substantially more concerned than I was a week ago," disease outbreak scientist, Prof Neil Ferguson, said.”
中文大意是：“科學家告訴BBC, 被在中國開始流行的神秘病毒感染的人數，遠高於官方公布的數據。
現在有45例被實驗室證實的新病毒感染，但是英國專家估計感染人數可能高達1700。
武漢在去年12月已經有二例感染病人去世。
英國研究流行病爆發的專家Neil Ferguson教授說：“我現在比一周前更加擔憂了””
這項研究來自英國帝國理工，朋友傳我他們的關於1700病例結論的研究資料，為已經成文的正規論文，發表在他們學校自己的網站上。當然有待同行的評估，感興趣的可深究文後的論文截圖。
需要說明幾點：
首先，這1700例病例隻是根據他們定義的計算方法得出的，不是基因測序證實了的。我懷疑現在這麽早他們會有免疫測定法去檢測到病毒抗原，不知他們是否從病人血清中分離到抗體。看國內先進的程度了，美國應該很快就有。中國應該大力加強對病原微生物和免疫係統研究的投入，少把錢投在研究果蠅同性戀打架上。
其次，這是通過全球旅行以推測武漢的疫情。現在已經發現與武漢相關的國際病例，日本一例和泰國二例。我是實在不明白，海外病例不多，他們怎麽能通過百分比預測武漢的病例？需要流行病學家看看最後一頁的算法。
第三，他們的估算方法值得推敲。他們將從武漢離開的航班，人數和病毒感染潛伏期作為參數，以計算出可能的感染人數。很多因素會影響到計算的結果，諸如國際旅行的多是富人，以及他們是否接觸過海鮮市場等等。還有一個弊端是他們的評估沒有包括無症狀或僅有輕微症狀的人，如果包括人數會更高。我的直覺是人與人的傳播是不可避免的，因為大部分病人有到過武漢的旅行史，但是有些人沒有去過海鮮市場。
總之，該文至今還不是一篇經同行評審過的論文。但是他們的結論需要我們的警惕：他們估計截止2020年元月12日有1723人感染了武漢冠狀病毒，況且英國帝國理工是世界知名的學府。
冠狀病毒沒有特異治療，現在連武漢病毒的潛伏期有多長都不知道，永久宿主也待查，更沒有疫苗。隻有對症處理，最重要的，是靠我們機體內“上帝”為我們設計的免疫係統。中國擁有非典經驗，又有強有力的政府機製，希望這次能渡過難關。寫於2020年1月18日。
武漢在2020年1月23日封城，這篇文章寫於消息剛公布的1月22日。現在看武漢封城的作用，中國和世界各國的觀點可能有所不同。我還是維持自己當時的看法，對於那麽高傳播指數的病毒，封城是沒有必要的措施，這種不計血本的封控隻有中國能做得出來。我們隻有說，武漢人民受苦了，他們的這種苦是被動吃的。武漢在曆史上隻有三次封城的經曆：1852年的太平天國，1911年的辛亥革命和這次的新冠封城。
貓兒（書中會以實名）從武漢封城開始，到2023年的新冠突然放開導致新冠海嘯結束，呈現出他的冒然決策的特點。但是他在這兩個事件中間的三年是維持清零暴政的，我幾乎看到的是個非常stubborn（固執）的人。還是在波士頓研究中國政治的華裔教授的水平高，她在清零暴政時期在華大講座時稱貓兒是具有果斷決策力的人。
在一個荒唐的時刻，說出這點真相都需要勇氣，我還在文中這樣肯定他：“鍾南山重點強調武漢冠狀病毒可以人傳人，這是值得肯定的”。
這裏引出我的兩個概念，“清零暴政”指從武漢封城到突然放閘的三年，“新冠海嘯”指2023年初的突然放開。這兩個本世紀初的中國災難都導致了中國人民的大麵積死亡，以後我們會在文中涉及可能死亡人數的科學研究報告。
武漢封城擁有全國人民的支持，整個過程除了令人恐懼外，經曆還算順利。隨後在全國範圍的封城決策，那些可以想象的後勤保障就麵臨挑戰了，尤其以上海數月的封城導致食物短缺達到了登峰造極的程度，我們都會有隨後的書中詳細涉及。
《武漢的封城決定是否可取？》
武漢市政府出此通知，為了阻止武漢冠狀病毒的曼延，決定停止市內公共交通，也禁止武漢市民通過飛機和火車等交通工具離城。為了表達方便，我簡稱封城。據說這是鍾南山幾天前的建議，武漢當時沒采用。非典來自廣東，鍾南山自己是廣東人，他卻沒建議封廣東，為什麽他建議封武漢？
對我這問題的反駁是，當時非典己傳到全國，封廣東的意義已經不大，但是現在武漢的冠狀病毒不也己經相當程度地傳遍世界各地了？
鍾南山重點強調武漢冠狀病毒可以人傳人，這是值得肯定的。我一直認為，長期稱隻是動物傳染人，無人與人傳染，家人聚集性傳染都不報，這些行為難以原諒，鍾南方對此的澄清貢獻巨大。但是他反複強調武漢冠狀病毒沒非典的毒性那麽大，這話也不要說得太早。從傳播速度上講，武漢冠狀病毒己經很猛，可能超過了非典。
英國倫敦帝國理工已經更新了他們對武漢感染人群的預測，調升到4000人，95%可信區間從1700至10,000。他們以前預測的中間值為1723例（在當時報道隻有36例的情況下），可信區間從427例至4471例，所以增加了一倍還不止。再次強調帝國理工的數據出自著名流行病學家Neil Ferguson 教授，他為美國醫學科學院院士。
封城的決定確實會重創武漢經濟，可以辨稱這是不得己的決定。但是我們還是要聽些專家的意見，在美國CDC任職的華裔專家這樣留言：“重症發病者隻是感染者中極少的一部分，臨床病例容易發現和隔離，潛伏期、隱性感染和症狀輕微者是主要的不明原因的傳染源，認識不到位，才會出現隻有封城這樣代價特別大的局麵。”
“中國具有遠比美帝強大的政府執行力，針對大項目、需要封城或強行隔離這些行動，中國特別有效。早期忽視需要我們納喊，現在迎頭趕上還來得及”，這些話是我在封城決定之前說的。我也在前博文中說過：“中國擁有非典經驗，又有強有力的政府機製，希望這次能渡過難關”。
但是我現在仍然不認為如此強製性的封城措施可取，我不知道日本遭遇核彈攻擊時是否對廣島和長崎封過城，也不知道現代任何世界都市被封過城。希望對武漢隻是短期或有限度的措施，完全封城肯定不行。
我看了對那位武漢市長的采訪視頻，我現在要拿中國著名海歸學者Eric X. Li試問，因為他們一向標榜中國怎麽擁有機製選擇優秀的官員，而這顯然是個不稱職的市長。他自己決策失誤，讓人仍然吃萬人餐，而把疫情蔓延怪在武漢協和的醫生身上。他們長期隱瞞數據則是另一個失職，現在仍然說醫務人員隻有15人感染，而一個協和醫院都15人感染，我同學在協和之外也感染，那數字加上去了嗎？
以前為了武漢經濟拒絕說實話和隱瞞數字，現在180度轉彎，采取封城這種極端手段。遇到這種決策人，夠你喝一壺的。如果此冠狀病毒發生在皇城或上海，我覺得無人敢在此情況下做出封城的決定，武漢的鄉親們受苦了。
不僅僅是對外封城，對內是所有公共交通工具停頓，除了私交車，也就是幾乎全線封一個千萬人的城市，這是相當不現實的。短期可以，長期肯定不行。
武漢市政府應該舉行記者招待會，詳細解釋怎麽落實這些封城措施，並且回答諸如此類的問題：
日常通往武漢的航班、高鐵與汽車是否停止？
物資與運輸人員的交通怎麽限製？生活和日常用品怎麽維持？
隻是不允許武漢市民出，還是也不允許人進？進去後是否允許再出來？
武漢與外地的生意如何維持？
最長封城時間是多久？
醫療急救怎麽操作？
靠此一紙短信通知社會，讓人瞎猜，真不知道這幫政府部門怎麽進行公關的，弄得像以前皇上的指令似的。寫於2020年1月22日
下麵這篇博文寫於武漢封城的當天，在中國需要英雄的時候確實產生了英雄，石正麗的研究組當天貼出非常令人鼓舞的論文。
石正麗的這篇論文完成了三大裏程碑式的突破：首先，她的研究組鑒定出病毒的感染源是冠狀病毒，也測出了該病毒的全基因序列；其次，她們確定新冠病毒的受體與薩斯病毒相同，也是廣泛表達的ACE2; 最後，她們發現了病人是會對新冠病毒產生強有力的IgM和IgG免疫反應的。這些結果為後續的研究奠定了堅實的基礎，對疫苗的設計和研究免疫係統控製病毒的機理都有廣泛的意義。
中國科學家當時給我們的印象是眼前一亮，因為上海複旦的張永振教授前不久冒著巨大的風險，通過澳大利亞的病毒學同行向全世界首次公布了新冠病毒的全基因序列。當時他們直接貼在美國NIH的NCBI數據庫中，這是所有新冠mRNA疫苗的製備以及核酸診斷的科學基礎。全世界科學家都應該感謝張教授，雖然他的實驗室後來被查，但是他的勇氣是中國科學家的驕傲。
這次中國科學的進步是顯著的，在非典期間北京的洪濤院士還鬧出過非典病原是支原體的笑話。他不懂病毒感染可以併發支原體感染的道理，在電子顯微鏡下看到支原體就認為病原是支原體。非典的病原體SARS病毒（薩斯病毒）的全基因序列，還是現在華大的正教授當年在UCSF做博士後時測出的。
我們科學家在審稿時，首先相信做出論文的科學家是誠實的。如果出現重大矛盾的地方，我們也會讓作者們解釋，但是我們首先相信他們。如果從一開始就懷疑作者做假，那我們就無從說起了。這也是我對石正麗這篇後來發表在Nature上的文章的態度，他們確實做的非常紮實，為新冠領域的奠基性工作。
當政治介入和民眾質疑出現後，我總讓他們回歸科學本身，我也告訴他們武漢病毒所與漢口海鮮市場的距離是非常遠的，公汽交通當年恐怕需要一個小時。但是中國確實應該支持國際組織的溯源要求，需要公布實驗室的筆記本以及購買核酸引物的記錄，看他們是否有改造病毒的企圖。我對此論文的疑問是，他們怎麽能夠在如此短的時間內完成這麽全麵的論文？另外，新冠爆發後他們派將軍封存關鍵信息的目的是什麽？
現在的世界學術界的認知是，自然界存在的病毒從武漢病毒所泄露出來的可能性沒有被排除；其次，人們沒有看到新冠病毒的人工修飾或合成的痕跡。
這是我一向的觀點，在人類的生死關頭，抗疫或救命是首要的任務。當時關注新冠病毒溯源沒有意義，特別是在沒有疫苗和特效藥的時候。但是現在人類已經控製了新冠病毒，溯源可以有限地不帶偏見地進行。
我們最在意的是，造成大流行的爆發地點在哪裏？新冠病毒爆發在漢口那一帶，即海鮮市場和漢口周圍的地區，這是無可爭議的結論。至於你說最原始的源頭是哪裏，恐怕永遠找不到，也毫無意義。因為在檢測技術越來越發達的今天或未來，你都可能在千年前的南極樣品中找到流感病毒的核酸，你能怪那裏的企鵝導致了西班牙流感大流行嗎？有人說流感大流行源於堪薩斯的美軍。
中國領導層始終沒有認識這點，不僅不承認武漢是新冠的爆發源，反而倒打一耙說是美國人製造了病毒，然後將病毒帶到了武漢。中國如此這般邏輯讓自己越來越孤立，最後發展成為眾矢之的。我這樣告戒自己的學生，如果你們在課堂上說新冠來自美國，小心美國學生揍你，因為別人前不久才送別了感染新冠病毒去世的祖母。
《中國科學家讓我們對戰勝武漢冠狀病毒擁有信心》
這次中國科學界立了大功，他們在如此短的時間內確定了病原體和全基因序列，為在世界範圍內控製武漢冠狀病毒的疫情貢獻巨大。與非典時期的束手無策絕然不同，這些成就受到包括日本病毒學家在內的世界同行的尊重。
中國科學院武漢病毒所石正麗研究員發表最新論文，在一個公開的網站上。祝賀她的團隊，在非典病毒的傑出表現後又有重要貢獻。
讓我談點論文的要點：她們參與發現了武漢冠狀病毒，並做了深入的病毒學研究，為武漢扳回一城，雖然全序列在上海之後。武漢冠狀病毒與非典病毒的核酸同源性大約80%，武漢冠狀病毒與蝙蝠中的病毒具有高達96%的同源性，蝙蝠是非典病毒的宿主之一。另一個突破性的發現是, 武漢冠狀病毒利用ACE2膜受體進入培養的腫瘤細胞中，而非典病毒正是通過ACE2膜受體進入細胞的。原代細胞標本的感染實驗現在做起來太難，但是這些體外實驗可以讓我們思考病毒進入肺上皮細胞的情形，這會對藥物設計與治療產生深刻的影響。這裏要強調的是，沒有她實驗室以前的深厚積累，根本不可能在如此短時間內找到武漢病毒的受體。所以沒有必要為了爭時尚雜誌，天天想著搶別人的熱門課題。那是米蘭時裝設計師的目標，不是科學家的追求。
在美國行醫的同濟校友前段時間也想到了ACE2，並且給出治療建議：“我通過檢索以往SARS的研究成果，昨天就提出有可能的話要用ACE2 阻斷劑。另外，TGF-beta/Smad pathway 是SARS引起肺急性纖維化的重要通徑，所以，我認為對有些病人要上相應的抑製劑。當然，前提是如果有的話”。
石正麗團隊從病人的BAL（肺支氣管洗脫溶液）分離到病毒顆粒，這些武漢冠狀病毒可以被感染病人的血清抑製，說明機體的中和抗體被病毒有效地誘導了，病毒沒有產生抑製抗體產生的免疫逃避機製，可以用於抗體治療的設計。流感病毒可以直接感染B細胞以降低抗體的產生，病毒聰明吧。
進一步的好消息是，她們分析的五位病人的核酸順序幾乎相同，所以至少現在的資料表明，武漢冠狀病毒沒有發生明顯的突變。病毒為了自己的生存會突變以逃避免疫攻擊，突變病毒的毒性有時會增強，也有減弱的。現在初步判斷武漢冠狀病毒為非典病毒的家族成員，核酸序列和受體都同源，如果國內擁有更多像石教授這樣的實驗室，中國戰勝武漢冠狀病毒是肯定的。
以後國家對自然科學的投入必須強調對人民健康的影響，美國NIH標書要求申請人寫明對公眾健康的價值。作為對科學史感興趣的人，我再明白不過基礎發現的重要性，但是石正麗的研究就是探索的生命機理。中國應該少資助些研究果蠅同性戀打架的課題，因為國家遠沒有富有到玩科學的程度。
武漢的同學證實這次疫情會10倍於非典，現在的情況越來越嚴重，看來必須封城。我讀了香港專家逃離武漢的文章後，似乎覺得封城都晚了，武漢加油！
我引以為驕傲的是發現了調節補體homeostasis的膜機製，不算重大科學發現，但是足以讓我到回憶人生時自豪一番。讓我談談homeostasis的概念，指的是在慢長的進化過程中，機體內部或者機體與外界達到的一種平衡，一種共生狀態。比方說，我們腸道擁有的細菌數比我們人體的細胞數量還多，但是我們相安無事。皰疹病毒長期藏在我們的神經根部，隻有免疫力低下時才爆發。非典病毒和武漢冠狀病毒也是一樣的，它們在像蝙蝠或蛇等野生動物裏生活得好好的，我們人類隻應該去欣賞和敬畏生命。我們去殺生並吃它們，這就殘暴地打破了這種平衡，病毒就到我們身上了。我們必須要立法，並且強製執行，那就是嚴禁任何野生動物的交易。
先讀這段轉述：“剛聽完武漢市內防疫係統內部會議的錄音：已經定名為SARI了，確定是SARS的進化病毒，致病機理完全相同。病毒進入人體後幹擾免疫係統，讓免疫係統誤認為肺細胞是外來物從而發起進攻。病人是被自己的免疫係統殺死的，目前市麵上所有的藥物均無效，隻有采用與SARI相同的方法：用激素壓製免疫係統，但同時，人體會非常脆弱。同時，這個病毒比SARS更聰明：1.潛伏期更長；2.有患者從感染到發病，再到死亡，體溫始終是正常的，也就是說，發熱不是該病的特征症狀，通過體溫篩查不能確保完全篩查，這也是封城的原因。3.傳播速度更快，目前隻獲得空氣傳播的證據，但不能明確日否還有其它途徑。”
我讀完後這樣留言：“幾乎是急性爆發性免疫打擊，大量細胞因子風暴時，還封閉作為發燒介質IL-1的功能，病毒十分聰明讓人體不發燒，自己活得更好[疑問][疑問][疑問]”。免疫細胞因子會告訴下丘腦的熱敏神經元：“機體受打擊了，需要提高體溫以抵抗入侵的病菌”，大家知道上次非典病毒就是在4-5月份當溫度升高後自然消失的。IL-1, IL-6和TNF-alpha都具有通知機體升高體溫的功能，這些細胞因子更是抗病毒的重要成員。
借阿肯森的一個演講幻燈, 我們領域的知識，讓我談談達爾文進化理論的選擇壓力。眼底退化性疾病（AMD，Age-Related Macular Degeneration) 的部分原因，是因為調節補體活化的蛋白Factor H的基因突變造成的。如果機體不能抑製免疫係統的活性，代謝等生命過程產生的垃圾物就沉澱在眼底的Macular（黃斑), 而黃斑正是光線聚焦通過視神經傳遞信息的區域。原因查出是Factor H的402位置的氨基酸從Y（Tyrosine, 酪氨酸）變成了H（Histidine, 組氨酸），也就是Y402H。但是令人難以置信的是在人群中大概30%擁有Y402H突變，為什麽這麽普遍？
微生物實驗告訴大家，原來我們擁有此突變是因為進化壓力使我們保留下來的。細菌為了逃避免疫的攻擊，常常借用機體的成分來對抗免疫係統，因為細菌的基因組不夠用。細菌與人體的Factor H結合後就能抵抗人體免疫係統的攻擊，細菌變得為所欲為，人則麵臨死亡的命運。但是研究發現鏈球菌或鼠疫杆菌與擁有Y402H突變的Factor H的結合能力下降，這樣擁有Y402H的人們變成對抗細菌感染的保衛性突變，使自己的免疫係統不被細菌濫用而更容易清除細菌。這樣在瘟疫殺死大量人群時，擁有Y402H的人群就存活了下來。多少代後，那麽逃避了鼠疫的幸存者的後代，當他們活得足夠長時，眼睛卻看不清了，真是有得必有失。不知受過武漢冠狀病毒感染而存活的個體，機體是否存在抗病毒的突變或病毒透導了突變，如果突變涉及到生殖細胞，他們突變基因的長遠效應則會是又一個挑戰。寫於2020年1月23日。
