前麵提到魏晉的時代，民間流行煉丹求仙的道家之術。也是正在這個時候，從西麵流傳來的佛教開始進入主流。這段時間，戰火連天，五胡亂華，135年間有十六個國家交替出現，幾國共存，中國處於分裂狀態。不過，這些胡人一旦坐了江山，也會拿來主義地借儒學來為自己張勢。這些國家有的也依樣畫葫蘆地開設了太學，也就是當時的中央黨校級別的高等學府。不過，開辦是一回事，辦得如何就是另一回事了。當時那些國家自己的江山不穩，所以學校也是時辦時停，生員則不是選拔人才，而是取公卿子弟。如此學校，即使辦得再轟轟烈烈也不過是繡花枕頭一隻。儒學在那段時期隻能是抱殘守缺，統治地位逐漸為道教，佛教取代。
佛教的興旺是南北朝開始的，最著名的是梁武帝蕭衍，此人自幼讀經史，學的是儒學，後轉信道教，最後成了虔誠的佛教徒，佛教戒酒斷殺生的戒律就是這位的規定。他對佛教傳播的最大貢獻在於把傳統的心性論，靈魂不滅的說法與佛教的涅磐結合起來，促進了佛學的中國化。雖然貴為天子，他吃齋戒酒，過佛教徒的生活。上有所好，下必甚焉；更何況還有政令推行，在中國大地上幾百年的儒學，道教，就這樣被放在了陪坐的位置。
到了隋朝，文帝一統天下，實行了一係列措施，其中對儒學複興最重要的是建立科舉製度和漢化。科舉製度的建立，給了讀書人“一人得道，雞犬升天”的機會，對於選拔人才無疑是好事，同時讓儒生們看到了希望。隋推行的漢化也在要求胡人們把舌頭捋直講漢語的同時推行傳統的道德觀念，也為儒學的複興埋下了伏筆。雖然儒學在三教之中叨陪末座，但是好日子已經在招手了。
唐高祖李淵重視儒學，立國子監，重用儒臣。此時的儒學開始擺脫隋末三教之末的地位。儒教地位好轉了，一些學者開始排擠道釋二教。然而，畢竟其他兩家也有眾 多的粉絲，不可能被徹底拋棄，高祖李淵在興學詔中申明：“三教雖並，善歸一掇。沙門事佛，靈宇相望。朝賢宗儒，辟雍頓廢。公正以下，寧得不慚。”
太宗繼位後，深知儒學的重要性，停止尊周公為先聖，開始在國學立孔子廟堂，尊孔子為先聖，顏子為先師，並在全國範圍內，廣征儒生為學官，凡能通一經的就有 個官做，儒家在三教當中占了中心地位。有意思的是唐朝自始至終，對三教的官方排序是道，儒，釋，這個順序是高祖李淵欽定的，原因是李淵認為道教的開山祖老子是他家祖先。所以，儒教勢力雖大，唐朝的國教一直是道教。
太宗對儒學的另一大貢獻是整頓，整理儒學經典，讓儒學在經義上達到統一， 使得整理後的儒學經典成為官方教材，為後世大規模普及儒學打下了基礎。
作為主流，儒教在唐的發展遠遜於佛，道。而安史之亂，也使儒學者承認以明經為本的經化儒學對純潔道德的無能為力，也難於解決社會問題。唐中有韓愈，柳宗元和韓的學生李翱，等也借鑒佛學觀念，以及晚唐時對《春秋》的研究對宋朝的儒學發展起了先導作用。
