東漢亡了，從三國到晉，接下來是五胡亂華，16國，最長的是前涼，49年，戰火不斷，神馬忠君，仁政全沒人理了，有人有槍就是硬道理。儒學作為主流文化的地位暫時為講究遁世的道學取代，人們的注意力轉向了獨尊儒術裏的那個“術”，就是黃老之術，道家的那一套。連年戰亂，人心思安，大家都想著能成仙，避世，忙著煉丹吃藥丸子。道學的日子也不太長。原因是道家講的是修道成仙，真的有人煉成丹藥吃了成仙也就罷了，可是淨是聽說“雞犬升天”的故事，卻沒見誰真的得了道，吃丹吃死的倒是不少。漸漸地，道家的吸引力也減弱了。
大凡主流文化，不論朝代，其最大作用是促進社會穩定，在強權橫行，禮崩樂壞，儒家式微，道家也漸漸失去吸引力的時候，佛教就成了新的寄托了。佛教與道教相似處在講遁世，可是佛教高明的地方是不修今生修來世，給你個無法證明。這在動亂年代，對百姓是安慰，對統治者來說則正中下懷了。所以，一直到唐末，宋初，佛學都占了主導地位。
隋文帝楊堅一統中原，結束了三百年分裂。隋朝立國之後，確立了三省六部製，這種政府設置一直延續至清朝；開創了科舉製度，為中國的官僚機製打下了基礎，也為後來儒學的發展埋下伏筆。隋文帝還積極推行漢化，一時間，隋帝國成了世界上最強大的國家，據史書記載，日本對華稱臣唯一的朝代就是隋。可惜隋朝命短，到荷爾蒙旺盛的唐，出了個上勤下達，伺候了好幾位皇帝，後來幹脆取而代之，公開在後宮養花樣美男的武則天，接著是那個六位帝皇丸，武則天的兒子中宗李顯；再到為了楊玉環翹課的玄宗，一直到最後治國無能，每日風花雪夜的後主李煜，沒有一個是能夠推崇儒學的主兒。
到了宋朝，那開國的趙匡胤自己就是黃袍加身，搶了把兄的皇位，自然不會對提倡忠君的儒學大加提倡。直到北宋中期，神宗之後，政治穩定，外戰減少，經濟也好起來，是該鞏固政權的時候了，出了程家哥倆，就是“程朱理學”裏的程顥，程頤兄弟。儒學才再次開始抬頭。
