然而誰也沒想到的是，在蔣雲交出了“新共產黨”的章程、綱領及五年發展計劃不久，一天晚上在顧順章家裏吃飯時，蔣雲夫婦雙雙被毒死，屍體被顧連夜用麻袋弄走，埋在南京荒郊。這顯然是顧順章唯恐泄密的殺人滅口之舉，同時顧過河拆橋，背信棄義，凶殘歹毒，也令了解內情的林金生不免膽戰心驚。
事情還不止於此。1933年底的一天，顧順章突然把林金生召到密室，要他幹掉徐恩曾和陳立夫。
正在這時，又發生了一起意外，讓林金生痛下決心離開顧順章。這天，顧順章派林金生送一封信到××飯店××房間。那天天氣很冷，林金生身穿大衣外出，順手將信放進大衣口袋。沒料到了地方，摸遍全身，並不見密信蹤影，方知是不小心在半途丟失了。沒辦法，他隻好硬著頭皮回去向顧順章匯報。顧順章陰沉著臉，一雙滿帶狐疑的眼睛在林金生的臉上掃來掃去，卻沒有像平時那樣發火罵人。這是一個不祥之兆，林金生心裏寒氣頓生，知道顧已經對他起了疑心，恐怕遲早要對他下手。
退出來後，林金生左思右想，最後橫下心來：與其束手待斃，不如先行一步，死裏求生。他表麵上不動聲色，當天便找個借口離開了顧家，立即往特工總部麵見徐恩曾，告發顧順章。
徐恩曾靜靜聽完林金生的揭發，雖然沒有更多表示，心裏卻對顧背著自己組建“第三黨”，進而陰謀成立特務隊，想幹掉自己和陳立夫的種種行徑大為吃驚。徐恩曾叮囑林金生回去不要聲張，先穩住顧順章並監視其動向。而林金生此時哪敢再回顧家，急得連連擺手說：“徐先生，我是不能再回去了，即使待在南京也很危險。隻求徐先生給我找個遠離南京的去處，離南京越遠越好。”徐恩曾也不好勉強，思索片刻說：“最近陝西省黨部正好跟我要人，你就先去那裏吧。”說罷即做了安排。
這邊，徐恩曾表麵上一切如常，實際已暗中做著除去顧順章的準備。一方麵，徐恩曾要穩住顧順章，防止他狗急跳牆，搞極端之舉；另一方麵，清洗顧順章是件大事，自己不可以隨便做主，必須告知陳立夫同意，說不定還要報蔣介石本人親批。這些都要作相應安排，且需一定時間。因此，徐恩曾內緊外鬆，隻將顧的一舉一動秘密監視起來，其他似乎一切照舊。而顧順章自林金生出事後亦有警惕，行動有所收斂，未敢過分張揚，更不敢輕舉妄動。1934年5月，徐恩曾在特工總部召開中統高層會議，顧順章赴會。經徐恩曾暗中授意，有人突然對顧順章發難，嚴厲指責其違反中統紀律，“不服從命令，而且企圖另樹一幟”，應予嚴懲。顧順章對此毫無心理準備，自然不肯示弱，當場與之激烈爭吵起來。爭執中，該人突然掏出手槍，對準顧順章，顧順章亦欲拔槍示威。徐恩曾假意喝住，收繳雙方手槍。會後，以調查為名，顧順章即遭軟禁。
又過了幾個月，顧順章被正式拘押，囚於南京監獄，後轉押於中統控製的蘇州軍人反省院。在此期間，陳立夫、徐恩曾積極進行置顧順章於死地的活動，一麵搜集證據，一麵上報蔣介石批準。終於，蔣介石感到顧順章已失去了利用價值，又對其試圖組建“新共產黨”的政治野心深抱惡感，點頭同意對顧處以極刑。1935年6月，顧順章被秘密處死於蘇州監獄，死況甚慘，年約31歲。
