抗日戰爭勝利後，對日本戰犯的審判成為最重要的事情之一，不過由於曆史原因，許多侵略中國的日本戰犯已經回到日本國內，而占領日本的又是美國軍隊，遠東國際軍事法庭其實也是由美國人在主導，因此，國民政府需要製裁的戰爭罪犯就有三個組成部分：第一是在中國境內投降被扣押的戰犯；第二是經過溝通從日本引渡回中國受審的戰犯；第三是由設在東京的遠東國際軍事法庭直接審判的戰犯。
日本戰犯按罪行的程度分為三級，在東京進行審判的為甲級戰犯（發動侵略戰爭的決策人物，日本帝國主義的上層），在國內審判的為乙級戰犯（有直接責任的戰爭罪行，多為高級軍官）和丙級戰犯（違反人道的罪行，多為具體執行者）。
1945年11月，國民政府成立了“戰爭罪犯處理委員會”，1946年2月15日，在南京成立了“戰犯軍事法庭”，日本戰犯根據投降和關押地點，分別在10個城市設立的軍事法庭進行審判：南京、上海、北平、漢口、廣州、沈陽、徐州、濟南、太原、台北。最終由國民政府審判和判決的日本戰犯有2435名，其中110名被判處死刑，包括將官6名、佐官4名、尉官21名，士兵44名，其他人員35名；208名被判處徒刑，其中無期徒刑41名。
被判處死刑的重要將領有：
穀壽夫：中將、第6師團長，南京大屠殺元凶，在南京執行槍決。
磯穀廉介：中將、第10師團長，關東軍參謀長，香港總督，在南京執行槍決。
酒井隆：中將、“中國駐屯軍”參謀長，第23軍司令，在南京執行槍決。
田中久一：中將、第23軍司令，香港總督，在廣州執行槍決。
安藤利吉：大將，第21軍司令，台灣總督，在上海監獄自殺。
近藤新八：中將，第130師團長，在廣州被執行槍決。
其他執行死刑的多為在南京大屠殺中的參與者和各地憲兵隊的罪犯。
在日本本土，盟軍先後逮捕了東條英機、梅津美治郎、小磯國昭等118名甲級戰犯嫌疑人，遠東軍事法庭開始審理前，各國檢察官分別持有本國列出的甲級戰犯名單，其中美國的名單上有30人，澳大利亞有100人，英國11人，而中國政府提交的名單是32人，最後其中的16人被起訴，被判處和執行絞刑的7人都與侵華有關：
東條英機（關東軍憲兵司令、參謀長、蒙疆兵團司令）、土肥原賢二（大特務，第14師團長）、鬆井石根（華中派遣軍司令，南京大屠殺元凶之一）、板垣征四郎（第5師團長）、武藤章（華中派遣軍參謀長，南京大屠殺元凶之一）、木村兵太郎（駐山東第32師團長）、廣田弘毅（1936年首相）。被判處無期徒刑的有：梅津美治郎（關東軍總司令）、畑俊六（派遣軍總司令）、南次郎（關東軍司令）等。
新中國成立後，又審理了由蘇聯移交和在山西抓獲的戰犯嫌疑人1000多名，其中的45人被判處8年到20年不等的有期徒刑，至此中國對日本戰犯的審理才宣告結束。
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