隨著宋教仁遇刺案證據的公布，以及善後大借款違法簽字，袁世豈與國民黨之間已經勢同水火，武力對抗已經不可避免。袁世凱在當政之初即著手與革命派武力對決的軍事準備，此時更加快了備戰的步伐；而國民黨則內部意見分裂，一度舉棋不定，在鬥爭中陷入被動局麵。
袁世凱對革命派向來心存戒心，而且信奉實力政治，將軍隊視為安身立命之本。因此，他在民初當政後，就十分注意擴充軍事實力。
1912年8月，袁世凱為了整補北洋各軍，一方麵密令各軍統製，要“一律招足十成，不準缺少一名”；同時為加強對軍隊的控製，通過總統府軍事參議處，傳諭鎮以上軍官：“一、袁總統為北方各軍之父母，無論何人，有與袁總統反對者必出死力與之抵抗；二、大總統為統轄海陸軍全權，凡我軍人，隻知有總統，不知其他；三、凡我軍人當絕對的服從總統命令”。通過自上而下的控製與灌輸，袁世凱進一步樹立了在北洋軍中的絕對權威。
袁世凱還大量購置軍火，充實軍備。據海關統計，天津一口輸入的軍火，1912年為白銀272萬兩，1913年則增加80％，達到490萬兩。1913年的瑞記第3次借款30萬英鎊，以及陸軍部捷成借款28.8萬餘元，全部用於訂購軍火。
與此同時，袁世凱還作了具體戰爭部署。他將北洋軍第6師部署在河南信陽，以嫡係李純師長任豫南鎮守使。並不顧南方革命黨人的抗議，將潰退袞州的張勳所部江防軍擴編至1萬多人，改稱武衛前軍。又將辛亥時招募的武衛軍左翼倪嗣衝部擴充為10營，於1913年初改編為武衛右軍，屯兵穎州。精心布置的這3支部隊，成為袁世凱監視南方革命派的第一線部隊。
隨著南方革命黨人反袁情緒高漲，袁世凱更明目張膽地作用兵的準備。1913年4月30日，袁世凱在中南海海宴堂召集秘密軍事會議。
5月2日，袁世凱任命陸軍總長段祺瑞代理總理，內閣成為戰時內閣，更增添了戰爭氣氛。
5月3日，袁世凱借西方報紙報道革命黨人備戰消息為由，發布總統令，矛頭直指孫中山、黃興：“倘如西報所言，奸人乘此煽誘，釀成暴動，則是擾亂和平，破壞民國，甘冒天下之不韙。本大總統一日在任，即有捍衛疆土、保護人民之責，惟有除暴安良，執法不貸。”
5月6日，袁世凱又召開第二次秘密軍事會議，決定了作戰總方略，將重點首先放在江西、江蘇、安徽、湖南一帶。5月12日，李純奉密令開始行動，派遣其所部第6師全數開至湖北蘄春、武穴、田家鎮、興國一帶分段駐紮，以控製九江、安徽方麵。隨後，北洋第2師於5月底自保定南下，進駐湖北孝感，作為第6師的後援，並監控湖北形勢。同時命令段芝貴、馮國璋率部南攻。另外，駐上海一帶的海軍艦隊被北調煙台。至此，完成了作戰的兵力調配。
袁世凱還深諳合縱連橫之道，他通過各種手段，爭取到東北、西北、西南各省的支持；原先革命派占一定優勢的浙江與四川，在袁世凱的軟硬兼施之下，逐漸傾向於袁。
武漢作為戰略要地，鄂督黎元洪的態度至為關鍵。袁世凱於5月撥給湖北“軍餉”100萬元，進行拉攏收買。黎元洪一再表示“唯知服從中央”，向袁世發出效忠電。從而在對革命派動武的前沿地帶撬開了一個重要缺口。
在擺好陣勢後，袁世凱開始攤牌，5月21日，他讓梁士詒、段芝貴傳話，惡語指責孫中山、黃興：“現在看透孫、黃，除搗亂外無本領。左又是搗亂，右又是搗亂。”並威脅說：“彼等若敢另行組織政府，我即敢舉兵征伐之。”
麵對袁世凱的步步進逼，國民黨內部卻意見分歧，步調不一。
1913年3月25日，孫中山自日本返上海，連續召集國民黨領導人開會，討論形勢及應對之策。
孫中山堅決主張訴諸武力，認為“袁氏手握大權，發號施令，遣兵調將，極稱自由。在我惟有出其不意，攻其不備，迅雷不及掩耳，先發始足製人。且謂宋案證據既已確鑿，人心激昂，民氣憤張，正可及時利用”。
孫中山的武力討袁意見，雖然得到國民黨內如戴季陶等部分激進派的支持，但以黃興為代表的相當一部份人卻有所顧慮，認為“袁世凱帝製自為的逆跡尚未昭著，南方的革命軍又甫經裁汰，必須加以整備才能作戰”，因而“主張稍緩用兵，以觀其變”，認為“法律討袁”更切實際。
而在國民黨實際控製的南方各省中，江蘇都督程德全、福建都督孫道仁本係舊官僚，政治態度依違不定；廣東都督胡漢民、湖南都督譚延闓主張慎重行事。隻有江西都督李烈鈞、安徽都督柏文蔚主戰。
由於國民黨從中央到地方，意見分歧，因而無法做出武力討袁的決斷，難以形成整體力量。4月、5月，孫中山在上海先後召集兩次秘密軍事會議，雖然皖、贛兩省在軍事上有所布置，但畢竟力量有限。
而黃興等人主張的“法律討袁”，在袁世凱的強權之下，則根本不起任何作用。
袁世凱調兵布陣，老謀深算，因而有恃無恐；國民黨雖據道義的優勢，卻對袁世凱無可奈何。而且國民黨內部意見不一，麵對袁世凱咄咄逼人的進逼，完全處於被動地位。兩相對比，也就決定了“二次革命”的失敗命運。
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