我們知道，Omicron變體的特征是擁有大量的變異，特別是在spike基因S1區域。下麵這張截圖來自Nextstrain網站，縱坐標是S1變異的數量，可以看到Omicron（即21K，由紅色標記）遠高於其它變體：
這就產生了一個問題：如此大量的變異是如何產生的？分析表明，Omicron並不是由最近流行的其它變體演變而來，其祖先與其它新冠病毒分離的時間，遠在2020年4，5月間，如上圖中紅線所示。
目前WHO認定的第一個Omicron陽性樣品是今年11月9日，而據報道，南非最早發現PCR檢測出現S基因缺失（意味著S基因出現變異）是在11月4日。根據南非和博茨瓦納采集的77個基因序列反推，可以將Omicron最早出現的時間，大致確定在今年的9月下旬到10月。
因此，Omicron的祖先與其它新冠病毒分離之後，到Omicron出現，間隔了大約17個月，其間沒有檢測到任何的中間狀態的病毒。這段時間裏到底發生了什麽？有以下三個可能：
1. 實際上有中間狀態的病毒在人類中流傳，但沒有被檢測到。專家們認為這種可能性非常低。
2. 病毒一直潛伏在一個免疫力低下的人身體中，比如AIDS病人，不斷地演化與其免疫係統鬥爭，直到形成Omicron才傳染給其他人。這個理論在一開始占據主流，特別是因為南非本身是AIDS流行的地區。但也有專家認為病毒不大可能在人體內潛伏如此之長時間。
3. 某種動物在去年4，5月感染了新冠，其後病毒一直在該動物種群中流傳演變，直到形成Omicron後再次感染人。有一些理由支持這種解釋，首先是已知很多動物都可以感染新冠，如水貂，寵物狗，貓，動物園的貓科動物，齧齒類，以及最近大量報道的北美白尾鹿，當然還有蝙蝠。甚至據說有飼養員被動物反向感染的。有些動物感染後並不表現出症狀，如白尾鹿，導致病毒在種群中廣泛傳播並長期存在。
下麵這張圖總結了各種新冠變體中與人際傳播及人與動物之間傳播相關的一些變異，其中藍色即表示Omicron中的變異，可以看到，其中一些是人和齧齒類共有的，但也有人與貂，狗，貓等共有的：
與其它兩種可能性相比，這第三種更令人擔心，因為能夠感染的動物如此之普遍，幾乎不可能把它們與人類完全隔離，意味著新冠在今後可能反複被動物傳播回人類。
