你們這個部門，看起來是傳統的職能部門結構，辦事直上直下。現在因為種種原因你的直接老板被繞過，你感覺對他不公，怕因此得罪小老板。
其實，你的小老板的命運，並不取決於你，而是取決於大老板。既然你們部門是爛攤子，那小老板也有不可推卸的責任。你所要做的，就是公事公辦，不要參雜感情因素。（學學溫家寶當趙紫陽中辦主任時怎麽做的）
在公司裏，如果要越過正常的工作匯報關係，最好的辦法就是把要做的麻煩事，單獨名正言順立項成為一個項目，拉一個項目小組，選定人員，劃定要做的事情，要達到的目的。項目小組人員在作項目的時候，各司其責，而且有不同於職能部門的匯報關係。把這一切正式化，由大老板發文宣布。這樣你做的一切繞過小老板就名正言順，他也能理解。職能方麵的事，小老板的指示，當然也要照辦。
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