經過三年殘酷的戰爭，Clone Wars己差不多接近尾聲，絕地議會派遣Obi-Wan Kenobi把致命的分離份子機械軍隊首令回來受審。同時，在Coruscant，Chancellor Palpatine的勢力日漸壯大，他已把飽受戰火洗禮的共和國轉形至帝國。他的密友天行者阿納金(Anakin Skywalker)已顯露了他的真正力量，他的秘密已誘惑他走到崇尚武力的黑暗麵……
克隆人戰爭已經進行了三年。貿易聯盟的旗艦上，格裏弗斯將軍、杜庫伯爵和他們的俘虜帕爾帕廷議長正準備離開。歐比旺和阿納金分別駕著共和國的戰機去營救議長,降落在貿易聯盟的飛船上，與杜庫一場大戰。阿納金麵對這個讓他三年前失去右手的西斯，心底燃燒起憤怒的火焰。在擊飛了杜庫的光劍後，他砍掉了杜庫的雙手。帕爾帕廷命令阿納金幹掉了杜庫。
在這次綁架事件後，帕爾帕廷要求議會給他更大的權力。他暗示，杜庫伯爵的行為說明傑迪武士對這場戰爭負有不可推卸的責任，並利用他的權威為阿納金爭取到了參與傑迪長老會的權力。在會議中，阿納金和帕德梅不時地眼光相交，已經成為傑迪大師的歐比旺注意到了，但什麽也沒說。
極力誘導阿納金的黑暗力量，而受到延續生命蠱惑的阿納金也開始了解到帕爾帕廷的專製主義。他對帕爾帕廷的忠誠導致與帕德梅之間關係陰影的產生。
歐比旺和克隆軍團司令官科迪一同率領部隊進攻格裏弗斯將軍。歐比旺在關鍵時刻用原力從有著四隻機械臂的格裏弗斯的槍套中奪取了激光槍，幹掉了將軍。由於格裏弗斯將軍是全銀河係分裂主義聯盟機器人軍隊的主腦，他一死，所有的機器軍團都癱瘓了。曆時三年的“克隆大戰”終於結束！ 阿納金成了帕爾帕廷的私人保鏢，帕爾帕廷向阿納金說出了自己是達斯·普拉奎斯的弟子。阿納金無法抉擇，於是趕往傑迪神殿將情況告訴了溫都大師。溫都率領著三名傑迪大師立即趕去帕爾帕廷的官邸。而議長把光劍悄悄藏在了袍子內，並開啟了錄像裝置，等著他們的到來。當四位傑迪大師拿著光劍麵對議長時，他裝作驚慌地叫著“謀殺！造反！”，然後忽然抽出光劍，毀掉了錄像裝置，並用前所未見的劍法殺死了除溫都外的其他傑迪大師。並在趕來的阿納金麵前施展出西斯的原力閃電，然而他依然不是溫都的對手，阿納金請求溫都放過帕爾帕廷，溫都沒有理會他，準備揮出最後一劍。阿納金憤怒地拔劍，砍斷了溫都拿劍的手。帕爾帕廷則西斯閃電把溫都扔出了窗外！
英勇的溫都大師犧牲了。這時應該叫西斯·西迪歐斯的帕爾帕廷向阿納金公開了他的真實身份。阿納金跪下，歸順了西斯武士，被西迪歐斯授予了“達斯·維德”這個西斯名字。
帕爾帕廷來到議會發表演說，聲稱溫都想刺殺他，傑迪武士已經完全背叛了共和國，宣稱將共和國改為帝製。黑暗皇帝現身了！他的第一個命令就是取締傑迪體製，消滅所有的傑迪武士！阿納金和暴風軍團闖進傑迪神殿，大開殺戒，將包括兒童在內的所有傑迪武士全部殺害。
在外麵的歐比旺、尤達大師等人率領喬巴卡的族人打敗了貿易聯盟的殘餘軍隊，卻沒想到克隆軍團忽然向他們發動了進攻。他們躲過了克隆軍團的襲擊，回到了傑迪神殿，麵前是傑迪們死傷殆盡的慘狀。通過監視錄像，他們發現了阿納金的所作所為。
這時，阿納金來找帕德梅，告訴她一些傑迪武士發動了叛亂，要她不要再對抗帕爾帕廷。他還說，他將去穆斯塔法星去結束戰爭，等他回來，兩個人就能永遠在一起了。帕德梅對阿納金的愛影響了她的判斷。
阿納金走後，歐比旺找到了帕德梅，告訴她阿納金已經倒向了黑暗。帕德梅不願意相信這一切。她告訴歐比旺，她同阿納金已經秘密結婚並有了身孕，並謊稱不知道阿納金去了哪裏。心情沉著的帕德梅準備去穆斯塔法星尋找阿納金，歐比旺悄悄跟到了船上。
尤達大師來到了帕爾帕廷的辦公室，光明與黑暗力量的兩位頂級大師展開了一場前所未有的巔峰對決！尤達被黑暗皇帝的西斯閃電擊中後被議員貝爾·奧加納救走。西迪歐斯召來了帝國軍隊追捕尤達。
帕德梅來到穆斯塔法星，這裏遍布著火山岩漿。她見到阿納金，質問他神殿大屠殺的事，同時卻又擔心歐比旺會找來殺死阿納金。阿納金問她告訴沒告訴歐比旺自己的行蹤，帕德梅回答說沒有。阿納金放心了，他向帕德梅透露了自己的野心：將來要消滅帕爾帕廷，統治銀河。
正在這時，歐比旺出現了，一場宿命之戰已經不可避免的展開。C-3PO和R2D2將帕德梅救回了飛船。阿納金憤怒的原力超過了歐比旺，但歐比旺利用有利的地形砍斷了阿納金一條腿。阿納金繼續頑抗，很快，他的一條胳膊也被砍斷了。
歐比旺最後一次懇求阿納金放棄原力的黑暗麵，重回光明。但阿納金已經無法回頭了。他抽出了另一把光劍--自製的紅色西斯光劍，使出最後的力量想殺死歐比旺。歐比旺及時躲過。阿納金的身體失去了平衡，跌入下麵的熔岩中。
歐比旺收起阿納金的那把藍色光劍，去同帕德梅會合。這時，帝國殲星艦著陸了，暴風軍團蜂擁而出。歐比旺等人駕機逃離了星球。肢體殘缺、奄奄一息的阿納金被帕爾帕廷的侍衛救回，送到帝國的醫療室，浸泡在治療液中。
帕德梅在早產生下女兒莉亞和兒子盧克後永遠的閉上了眼睛。歐比旺、尤達和貝爾·奧加納商量如何保護嬰兒，歐比旺建議把他們分開，躲避皇帝和阿納金。貝爾·奧加納將莉亞當作自己的女兒帶回奧德朗星球撫養……
星戰經典之人物篇
星球大戰之場景篇