新冠溯源依然火熱
昨天,美國科學院院士、中科院外籍院士、原密蘇裏植物園主任Peter Raven(彼得雷文)通過電郵分享了一篇《紐約時報》上麵的一篇題為“New Data Links Pandemic’s Origins to Raccoon Dogs at Wuhan Market(新數據將新冠的起源與武漢市場的浣熊聯係起來)”。他知道我對新冠的進化感興趣。我立即回複他的電郵:“Thanks, Peter. This is not possible. It can only come from bats.(謝謝彼得。這不可能。新冠隻可能來自蝙蝠)” 。
當日晚些時候,美國各大媒體,都紛紛報道、分析了新冠起源於浣熊狗的新證據。比如,CNN有篇報道題為“Scientists parse another clue to possible origins of Covid-19 as WHO says all possibilities ‘remain on the table’(科學家解析了關於 新冠起源的另一條線索,而世衛表示所有可能性都“擺在桌麵上”)”。其實,相關的文章最早見於《大西洋報》前天的題為“The Strongest Evidence Yet That an Animal Started the Pandemic(動物引發新冠的最有力證據)”的文章。
上個月下旬,美帝能源部聲稱,綜合證據顯示,新冠來自武漢實驗室泄露。
看來,盡管新冠疫情基本結束,大家對新冠溯源依然非常感興趣。這也難怪,世衛的數據顯示,新冠自2019年秋天爆發,全世界已有約700萬人死於新冠,這還不包括被某些國家大量隱瞞了的死亡人數。
為什麽扯上貉?
今年一月底,有國內的研究人員在GSAID網站上傳了新冠初期時在那個海鮮市場上收集的擦拭標本中提取的原始基因序列。研究人員采用宏基因組學(metagenomics)的手段,從那個海鮮市場上的擦拭標本中,測出了大量的貉的DNA序列,當然還有新冠病毒的序列。那就證明,貉肯定(經常)出現在那個海鮮市場。科學家一直就懷疑,貉可能是新冠病毒的攜帶者並可能是最初傳染新冠給人的動物(之一)。這些序列是最有力的證據,將新冠與貉聯係起來。
這些序列最近已被上傳者刪除(應該是政治原因),但一個國際研究小組注意到了這些序列並將它們下載並進行了研究。
該研究由來自美國和澳洲的3位科學家領導:美國加州的斯克裏普斯研究所(Scripps Research)的免疫學家和微生物學家Kristian Andersen,澳大利亞悉尼大學病毒學家 Edward Holmes和美國亞利桑那大學進化生物學家Michael Worobey。
這才有了美國《大西洋報》、《CNN》和《紐約時報》上的那三篇文章。
三位“專家”都不是專家
筆者曾在《生物親緣學和新冠溯源:為什麽世衛的“新冠溯源專家組”必辱使命?》一文中指出,“新冠溯源,也就是研究新冠這個物種的起源,需要基於DNA序列的現代分子親緣學的研究,需要用生物地理學的理論和方法,來揭示新冠起源的時間和地點。對生物親緣學家(phylogeneticist)來說,隻要有好的取樣及數據,這不是個複雜的問題”;“當今科學界最大的誤區就是,新冠溯源必需由醫學家、病毒學家和政治人物來完成”。
筆者查看了上麵那3位科學家的網頁,他們的興趣、研究經曆和論文。免疫學家和微生物學家Kristian Andersen,以及病毒學家Edward Holmes能精通生物親緣學並發表多篇生物親緣學論文的幾率不高。進化生物學家Michael Worobey的經曆有些關係,曾發表數篇關於新冠的論文。而最相關的論文題為“Timing the SARS-CoV-2 index case in Hubei province(湖北省新冠指示病例的時間測定)”,Worobey是第二作者和通訊作者之一。這篇論文發表在《Science科學:2021 Apr 23;372(6540):412-417》上。看了摘要,還以為他們真做了基於生物親緣學的分子鍾(molecular clock)測定,還以為遇到高手了。但看了論文內容,才知道,這教授是位不懂生物親緣學的進化生物學家,是流行病學方麵的專家。他們的那篇論文用計算機模擬的方法做的,而且推算出的新冠在武漢發生的最早時間(2019年10月中到11月中)也不對。真正的時間比這早(筆者將另文論證)。《Science科學》、《Nature自然》這樣的頂尖雜誌有時也會發表質量不高的論文。這是題外話。
看來,這麽重要的新冠病毒的基因序列在這3位教授的手上,隻能被浪費了。沒有別人的合作,他們不大可能能進行高質量的溯源研究。等他們的研究發表後(也許永遠也不會發表),筆者可以針對性地評論。
新冠不大可能來自貉
作為植物學家和進化生物學家,生物親緣學(phylogenetics)是筆者的強項,幾乎每天都跟生物親緣學打交道。筆者研究新冠已有四年,當然可以非常肯定地否認美國媒體關於新冠溯源的最新分析。新冠不大可能來自貉(浣熊犬racoon dog)!
在新冠病毒的進化樹(比如,上圖)上,所確認的Sarbecovirus 的42個進化單元(evolutionary unit;evolutionary clade)中,薩斯病毒(SARS-CoV1)是人和果子狸共有,一個是人特有(新冠;SARS-CoV2),兩個來自穿山甲,其餘38個全來自蝙蝠。除去薩斯和新冠(其來源不明;筆者將另文論述薩斯的起源),也就是說新冠來自蝙蝠的概率為38除以40 = 95%。當然,新冠來自貉的概率就微乎其微了。之所以那個海鮮市場的貉身上檢測出了新冠病毒,隻是貉被新冠感染而已;並不能說明,人類的新冠是由貉傳染。
Sarbecovirus(乙型冠狀病毒亞屬)是Betacoronavirus(乙型冠狀病毒屬)的四個亞屬之一,薩斯和新冠病毒都屬於Sarbecovirus亞屬。參看筆者兩年前的文章“地球上最致命的15種生物:新冠病毒算老幾?”
作者簡介:植物學家、進化生物學家,業餘寫些遊記、散文、科普和時評。四川雅安市石棉縣人,蘭州大學學士,中科院成都生物所碩士,德國美因茨(Mainz)大學博士,密蘇裏植物園資深研究員。微信:gonggashan1. email: gonggashan@gmail.com
回到新冠溯源:您去掉浣熊來源的依據是科學的嗎?當浣熊的基因和新冠基因同時出現在拭子上的時候?
當科學家采用政治家的視角的時候,科學和政治都不會變,唯獨變的是科學家自己。