一個衣衫襤褸的植物學家
植物學家寫的科普、時評、遊記、散文
引言
這段時間，很多自媒體文章又開始聲討石正麗，懷疑石正麗團隊製造了新冠病毒。筆者有位大學同學在群裏分享一篇題為“有人質問石正麗：你八年前就研究冠狀病毒，目的是什麽？”並問筆者：“看到好多次這種文章了，能不能查證一下真偽？”前幾天，“聖村的故事”群裏有篇題為“石正麗是石頭也該開口了”的文章，也懷疑石正麗 是“元凶”。此文竟然有超過100K的閱讀和774人打賞。可見，石正麗可疑，已是很多人的“共識”。
其實，筆者早在2020年03月13日就發表了相關文章，那時筆者公眾號僅有不過500粉絲，此文推出5天後被刪時，已有12K的閱讀。有讀者留言：“這麽有意思的第一手研究結果，發在微博上可惜了！希望博主能正式發表成研究論文！” 哈哈，作為植物學家，筆者並不在乎是否多一篇關於病毒的論文。這裏，筆者重新整理原文，希望不會很快被刪。
為什麽石正麗可疑？
怎麽會有這麽多人相信，新冠病毒來自人工合成呢？甚至，筆者的在美國、中國當生物學教授的朋友，也在問筆者，會不會是石正麗他們實驗室製造。
這幾年，石正麗被推到風口浪尖。這裏，還有個重要的原因，是他們2015年發表的一篇論文被扒出，這篇論文題為“A SARS-like cluster of circulating bat coronaviruses shows potential for human emergence一個類似SARS的蝙蝠冠狀病毒群顯示了感染人類的可能性”。在該論文中，他們“製造了一中嵌合病毒（chimeric virus）”；他們的實驗表明，這種嵌合病毒能夠感染小白鼠的肺。
同為哺乳動物的小白鼠，在醫學研究中廣泛使用，因為在臨床實驗之前不能拿人來做實驗；一般認為，在小白鼠身上起作用的醫學機理，同樣適用於人類。
也就是說，他們在實驗室製造了一種病毒，而這種病毒很可能可以感染人類。隻使得 “新冠病毒是武漢病毒所實驗室泄漏”的傳聞隨之傳開。
誰能為石正麗洗冤？
麵對質疑，3年前，石正麗通過朋友圈聲明：“ 2019新型冠狀病毒是大自然給人類的不文明生活習慣的懲罰，我石xx用我的生命擔保，與實驗室沒有關係。”
石 “用生命擔保的聲明”，也平息不了質疑：“石正麗應該拿出科學證據，而不是賭命。”可憐的石教授可能覺得，自己比竇娥還冤，但她沒法為自己洗掉冤屈。
2020年2月29日，8國27名醫學家包括世界衛生組織於在醫學頂級刊物《柳葉刀 The Lancet》上呼籲，支持中國科學家在公共健康方麵的研究。但是，說實在，這個呼籲可能也起不了多大作用，因為這些科學家也拿不出證據，證明2015年實驗室製造的嵌合病毒跟新冠病毒是什麽關係。
這3年來，因為對冠狀病毒進化感興趣，筆者查看了幾乎所有重要的有關文獻。筆者發現，石教授的團隊近幾年來在冠狀病毒研究方麵，做出了非常重要的貢獻，發過不少高質量的科學論文，尤其是他們於2020年2月3日發在《自然（Nature）》上的那篇論文，首次揭示了中華菊頭蝠（Rhinolophus sinicus）身上的病毒（簡稱“菊頭蝠病毒”；RaTG13）是新冠病毒的姐妹群（sister to each other）。這篇論文的結果，迄今仍然是研究新冠病毒起源和進化方麵最重要的發現，因為還沒發現另一種病毒與新冠病毒的關係更近；雖然那篇論文的研究實際上並不複雜，想法也很簡樸。
生物親緣學幫忙
首先申明，我本人並不認識石教授：想想一個研究植物分類與進化的植物學家，跟一個研究病毒的微生物學家，有交集的機會幾乎是零；而且我們還生活、工作在不同的兩個國家。所以，筆者這篇推文的論斷，正如筆者其他所有推文的論斷，純粹是基於科學，不會有半點私心。
好友繆博士、曹博士我們一直在“聖村的故事”群裏一直討論“人工製造說”。他倆都是病毒學家。一直苦於沒有他們2015那個嵌合病毒的基因序列，在GenBank上查不到。在繆博士的鼓勵下，2020年2月14日，筆者便分別給那篇論文的第一作者，北卡大學（University of North Carolina at Chapel Hill）的Vineet D. Menachery和同校的通訊作者Ralph S. Baric寫信（石隻是14名作者中排名第13的非通訊作者）：
“Dear Prof. xxx,
My name is xxx and I am a curator at xxx. I am interested in a phylogeny of Coronaviruses and am wondering if you could share the DNA sequence of the chimeric virus you reported in your 2015 Nature Medicine paper.”
石沉大海，一直沒有回音！可以理解，估計這段時間以來，這兩位教授也受到不少的質疑，收到不少的騷擾。也許，人家還是瞧不上我這個植物學家。
就在2月14日，繆博士在穀歌裏找到了2015年他們申請的專利的全文，並在群裏分享！喔啊，我在專利文本的第30和33頁上找到了他們製造的兩個嵌合病毒的氨基酸序列。這下就好辦了。利用我們的生物分類學知識，建一顆進化樹，看嵌合病毒跟新冠病毒的親緣關係，不就解決問題了？！
建進化樹的任務，交給了愛徒，良，他已是親緣進化（phylogenetics）這方麵世界級的科學家。因為我們想看到嵌合病毒跟新冠病毒間的細微差異（有可能隻有細微差異），我們得用DNA序列而不是氨基酸序列。DNA序列的變異更快一些。但是，難題是，我們得把氨基酸序列反向翻譯成DNA序列。這不容易也有很大的不確定因素。一段DNA序列隻能翻譯成固定的一段氨基酸序列，但反過來，就有多重組合，因為同一個氨基酸可以由不同的三個DNA堿基編碼。那能否用簡並堿基，比如將C或者T標定為Y，將A或C標定成M，等等。良試了一下，行不通：太多的簡並堿基會使得有限的數據失去有用信息。
那怎麽辦呢？最後，我們決定，隻能用氨基酸序列建樹。先看結果再說。
謝天謝地！2月24日，良把他建的進化樹寄給我。一切都清楚了！
良取了66個樣的氨基酸序列，包括了新冠病毒、薩斯病毒、實驗室製造的嵌合病毒、菊頭蝠病毒，還有很多其他的冠狀病毒、非冠狀病毒。
實驗室製造的嵌合病毒，跟新冠關係不近
從這顆進化樹上看，實驗室製造的嵌合病毒並沒有跟新冠病毒聚在一起，更不用說它們是一樣的。我們的研究第一次證明，新冠病毒不是他們2015年製造的那兩個嵌合病毒。
那麽多國際上的醫學家們，包括世界衛生組織和石教授本人，這麽久了也沒拿出半點證據，證明我們植物學家在這裏證明的東西。主要原因，我估計懂生物親緣學（phylogenetics）的醫學家太少。我強烈呼籲，麵對這麽嚴重的流行病的威脅，醫學院應該開設生物親緣學的課程。跨學科合作，也應該大力提倡，以麵對一次又一次的世界危機。
終於為病毒學專家石教授正名！可能她做夢也沒想到，為她正名的居然是兩位植物學家！希望這篇推文能有幸傳到石教授的微信裏。說不定將來有機會可以向她討一杯茶喝？
致謝 良幫助重建了進化樹，繆博士提供專利信息。
作者簡介：植物學家、進化生物學家，業餘寫些遊記、散文、科普和時評。四川雅安市石棉縣人，蘭州大學學士，中科院成都生物所碩士，德國美因茨（Mainz）大學博士，密蘇裏植物園資深研究員。微信：gonggashan1. email: gonggashan@gmail.com
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樓煮整個一大外宣