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人和黑猩猩真的共祖嗎？
有人說：DNA的研究更證明了進化論的正確，人和黑猩猩的基因有98.77%相同，證明了人和黑猩猩共祖。其實，這是一些十分錯誤的信息。人和黑猩猩的基因不是有98.77%相同，而是黑猩猩“有83% 的基因，與人的基因存在著差異”。
一．人和黑猩猩98.77%相似的結論是如何得來的？
1. 人類染色體中的基因和“垃圾DNA”
人類的基因組中，約有31億個DNA的“堿基對”，在這些“堿基對”中，目前已發現約有3%左右數量的DNA具有“轉錄和編碼生成蛋白質或酶”或“調節蛋白質合成”等功能。這樣的DNA片段大約有2萬多個，它們被稱為基因。基因通過指導蛋白質的合成來表達自己所攜帶的遺傳信息，從而控製著我們每個人生理以致外貌的發生，因此，它們具有生理遺傳效應。位於基因之外的、大約97%數量的DNA，由於人們還沒有認識它們的作用，“暫時”被稱為“垃圾DNA”。但是，它們並不是廢棄基因的墓場，而很可能是未被認識的寶藏。現在已經發現，許多分子人類學方麵的遺傳標記都是在這個區域，它們是人類血液中的曆史檔案。
2.人和黑猩猩相似度的片段比較方法
通過十幾年來的努力，終於將人類的基因組DNA序列解析了出來，並被送入了電腦的資料庫，免費供全世界人查閱。
但是，這個DNA序列實在是太大了。如果一個“堿基對”、例如“A-T”兩個字符用一厘米見方的“馬賽克”表達，31億個DNA的“堿基對馬賽克”總長度就有3萬1千公裏。如果將它們鋪放在中等大小的足球場上，可以鋪滿60個足球場。黑猩猩的基因組要大一些，差不多可以鋪滿63個足球場。如果要比較這兩組馬賽克圖的相似性，其困難程度可想而知了。
於是，人們設計了一個電腦程式來解決這個問題。最常用的軟件叫“基於局部比對算法的搜索工具”，英文是“Basic Local Alignment Search Tool”、簡稱BLAST。也就是由電腦在“黑猩猩的DNA馬賽克足球場”上，挑選一段長約300到500個DNA的字符串馬賽克片段，然後，由BLAST電腦程式在“人的DNA馬賽克足球場”上掃描匹配，按預定的誤差標準、例如百分之一之內，進行比對。當在人的DNA序列中，找到了和這個字串基本相符的片段，就認為此串符合了。如果比較一萬個字符串，符合的“堿基串”的字符總個數與全部一萬個字符串字符數總和之比，就是目前人們常說的“人和黑猩猩DNA相似率”。
請注意，這是針對人類基因組全部DNA字符串“盲目”搜尋的結果，不是僅僅針對“基因的DNA序列”比較結果。因此隻是“盲目”比較的“DNA小片段的相似率”，而不是基因的相似率。
3.人和黑猩猩DNA 98.77%相似的由來？
2002年1月，美國《科學》雜誌刊登了一篇論文“人類與黑猩猩DNA序列的比較與分析” [注釋1]。這是由中國大陸、台灣、美國、德國、韓國和日本等國科學家組成的國際研究小組，在比較人和黑猩猩的DNA序列後，發現二者在DNA序列上的差別隻占1.23%，即98.77%都是相同的。
這一結論在以後許多的研究中都加以引用，因此，我們必須看一下這個結果是怎樣得來的：
他們在黑猩猩基因庫中，取得了64,116個DNA的片段，每個片段約300個堿基，在出錯概率千分之一的質量控製的標準下，與人類的基因庫的DNA序列進行對比，結果有19,813,086個位點通過了比對，其中有19,568,394個位點（sites）是相同的。由此得到相似率：19568394/19813086=98.77%。
他們使用的比對方法簡稱是“NCBI-BLAST”。NCBI是National Center for Biotechnology Information，即“美國國家生物技術信息中心庫”，BLAST即前麵所說的“基於局部比對算法的搜索工具”。也就是用BLAST方法，將一些黑猩猩DNA片段，去到NCBI中搜索比對得出的結果。其它很多類似的研究報告，采用的都是同樣的研究方法，得出的數據也十分類似，大都在98.6%左右。
這個98.77%相似率，是DNA相似率，是以“每個片段約300個堿基”條件下的比較結果。由於比較的片段很短，其意義是有限定的。另外，由於DNA中，基因所占DNA總量的比例很小，這個比例並不能說成是：人類與黑猩猩基因有98.77%相似。隻能說是從基因組或DNA，用BLAST方法得出的相似度數據。
在這個報告摘要中，有一個內容沒有引起人們的注意，它說：
“We detected candidate positions, including two clusters on human chromosome 21 that suggest large, nonrandom regions of difference between the two genomes.”
“在我們檢測選定的位置裏，包含了在人類21號染色體上麵的兩個基因簇，表明在人類和黑猩猩兩個基因組之間，有著大差異的非隨機選擇區域。”
在以往大量引用“98.77%相似”的時候，卻幾乎沒有人提及這一部分的內容。
二．是誰證明了人和黑猩猩是共祖的？
1. 是誰用科學的方法，證明了人和黑猩猩是共祖的？
我們對這個問題進行了追尋，結論是誰也沒有從科學上拿出證據，證明了人和黑猩猩是共祖的。
讓我們來看一看“人和黑猩猩是共祖”結論產生的過程：
（1）非洲的大猿是古老世界的猴類進化來的，“人類與非洲的大猿是分享著‘最近的共同祖先’”（More than a century ago Darwin1 and Huxley posited that humans share recent common ancestors with the African great apes.[注釋 6]）。提出這個假設的，是一百多年前的老達爾文和赫胥黎，他當然沒有證明過。
（2）一百年後的1967年，加州大學伯克利分校的威爾遜教授（Allan Wilson）（那位線粒體夏娃發現者之一）和他的學生發
表了一篇論文，Immunological Time Scale for Hominid Evolution[注釋2]。
在論文中，介紹他們對動物蛋白質研究對比，發現“猿和人的血清白蛋白之間極為密切的免疫相似” （there is an extremely close immunological resemblance between the serum albumins of apes and man.）。
並認為“白蛋白分子以穩定的速度的演化”（indicates that the albumin molecule has evolved at a steady rate.）
他們的結論是“如果人和古老世界的猴類，過去3千萬年前擁有共同的祖先，那麽人和非洲猿類500萬年以前就擁有著共同的祖先”（if man and Old World monkeys last shared a common ancestor 30 million years ago, then man and African apes shared a common ancestor 5 million years ago,）
（3）1991年，美國鳥類學家查理斯和喬恩（Charles G. Sibley and Jon E. Ahlquist.）出版了一本書，提出“DNA分子鍾學說” （“DNA molecular clock"）。這個分子鍾學的速度是：DNA大約每450萬年變化1％。因為前麵說的那個報告(“人類與黑猩猩DNA序列的比較與分析” )提出BLAST的分析結果，是“人和黑猩猩的的DNA差異是1.23%”。450萬×1.23近似等於600萬，於是人和黑猩猩600萬年前共祖的說法，被肯定了下來。
通過上麵的1、2、3進行混合嫁接，隨後的新聞報道就變成：“到了1960年代，美國加州大學伯克利分校的生化學者，用分子生物學的方法證明：人與黑猩猩在600萬年前擁有共同的祖先。”
於是，全世界都在說“600萬年前，人與黑猩猩擁有共同的祖先。”
從前麵的全部過程中，我們看不出誰應該為“人和黑猩猩600萬年前共祖”的說法負責。達爾文不負有責任，因為他隻是一個設想。威爾遜和他的學生也不會負責，因為他們有一個前提：“如果人和古老世界的猴類，過去3千萬年前擁有共同的祖先”。關鍵在於這個“如果”，他們並不為這個“如果”負責。
更有意思的是德國人類進化研究所在報告中說：如果人類，黑猩猩的分離時間設置為650萬年，尼安德特人和現代人分離時間就大約是7.93% × 650萬年=51.6萬年。這裏又加了一個“如果”，他們的結論是建立在“如果”的“如果”之上。[注釋3]
絕大多數人，都不知道有這麽多的“如果”，他們所聽到的隻是“黑猩猩的分離時間為650萬年（或600萬年）”、“尼安德特人和現代人分離時間就大約是50多萬年”。
對於第一個“如果”―― “如果人和古老世界的猿猴，過去3千萬年前擁有共同的祖先”，有誰去追究這個前提呢？對於黑猩猩有24對染色體，人有23對染色體，這個鴻溝是如何被跨越的，進化論者就閉口不言了。驟變論者提出黑猩猩驟變成人，有多少人去追究有沒有這個可能性呢？
2. 建立在“人和黑猩猩共祖”上的“分子進化”研究
當前有一個相當新的理論：“分子進化”，它是進化論在分子生物學中的應用和發展。如果研究不同物種細胞內分子之間的差別，應該是很有意義的。但是，應用在人和黑猩猩之間的研究時，常常以“人和黑猩猩共祖”為前提。在這個前提下，所發現的人和黑猩猩細胞中DNA編碼的差異，全部被解釋為：原來是完全相同的，隻是人和黑猩猩分離之後，各自的進化，形成了差異。
這又是建立在“如果人和黑猩猩是共祖的”那個“如果”之下。誰來證實這個“如果”呢？這可不是老達爾文可以用他的那架老顯微鏡能夠證實的科學。如果不能證實人和黑猩猩共祖，卻在這個共祖前提下，建立了一個研究的學科，這個學科的基礎就如同建立在沙灘上了。
三．人與黑猩猩有83% 的基因存在著差異
1.黑猩猩的DNA並非那樣像人--“Not so human”
在上述“人類與黑猩猩基因有98.77%相似”報告發表兩年後，2004年5月，英國“自然”期刊上刊登了黑猩猩22號染色體測序與人類相應染色體DNA比較的新聞，該報道的副標題是“首個（黑猩猩）DNA序列與人的差別令人意外”（Chimp chromosome creates puzzles ，First sequence is unexpectedly different from human equivalent.）。從事這項研究的，基本是得出上述“98.77%相似”研究結果同一組團隊成員，他們這個新的研究報告的名稱是“黑猩猩第22號染色體DNA的測序和分析比較”（“DNA sequence and comparative analysis of chimpanzee chromosome 22 ”）[注釋4]。
根據人類2號染色體是黑猩猩12號、13號染色體融合而成的假定，推論出黑猩猩22號染色體對應的是人類21號染色體。他們依照前麵所說的“NCBI-BLAST”研究方法，采用BLAST方法去分析黑猩猩22號染色體與人類21號染色體序列的差別，其結果是兩個染色體的DNA片段比較有98.66%的相同，這個結果與98.77%結論十分相似。然而，當他們進一步作詳細的基因比較後，發現情況並不是如此相近。他們仔細分析了231個基因，其中包含了一些重要的功能基因（including functionally important genes）發現有83% 的基因，與人的基因存在差異，其中有20%（47個）的基因在結構上有顯著的差異（significant structural changes）。
黑猩猩的基因組總共約有33億個堿基，第22號染色體上約有5千萬個堿基（2009年數據），占總量的1.5%左右。由此看來，如果基因差異在各染色體上分布均勻，那麽人與黑猩猩就是“83%基因有差異”。因為“20%基因有顯著的差異”，存在顯著差異的基因總數就可能達3千多個。報道用了一句簡單的英文“Not so human”進行表述，說明黑猩猩的DNA並非那樣像人。
報告的這些內容，卻很少有人提及。
2. 黑猩猩和人的Y染色體DNA比較研究報告
2010年1月，以美國麻省理工學院教授大衛•佩奇（David C. Page）為首的團隊，在“自然”期刊上發表了他們的論文：“黑猩猩與人類Y染色體在結構和基因內容中的明顯分歧”( “Chimpanzee and human Y chromosomes are remarkably divergent in structure and gene content.”) [注釋5]。
人類Y染色體所含DNA約是全部染色體的六十分之一。比全體染色體DNA的數量小了很多，不再是60個足球場了，而僅僅是一個足球場。這樣，針對這一個染色體，進行人與黑猩猩DNA差異的精密比較，就有可能了。佩奇他們這次不再是隨機挑選一段對比，而是認真地將DNA序列逐段的進行對比，才得到如此細致的比較結果（見圖8-1）。事實上，序列的比較越是細致，發現人和黑猩猩的DNA差異就越大。對比我們在動物園中見到的黑猩猩，我們必然會想到，這樣的研究結果更接近真實。
他們的結論是：
“總的來說，由於基因缺失和增加的兩個因素，對黑猩猩和人類基因產生的後果是：黑猩猩的MSY區域內，隻包含了人類MSY區域中三分之二的的‘獨特的基因或基因簇’，以及一半的‘蛋白質??編碼轉錄單位’”（chimpanzee and human lineages is that the chimpanzee MSY contains only two thirds as many distinct genes or gene families as the human MSY, and only half as many protein-coding transcription units）[注釋5]。“蛋白質??編碼轉錄單位”就是一類基因。
該報告還列出一個表格（Table 1），說明在人類Y染色體上有78個基因；而黑猩猩的Y染色體上隻有37個基因。兩者的基因數目相差53%。
圖 14-1 人和黑猩猩的Y染色體比較圖
這是否是人的染色體在與黑猩猩分離後，發生了迅速的變化呢？事實上人類的23對（46條）染色體中，唯有Y染色體（特別是其中MSY區域）在生殖過程中，基本不發生來自父母染色體間的重組。正是在這個基礎上，才有了Y染色體亞當理論。Y染色體亞當理論的標誌ZFY基因的729個基因字符，十幾萬年來沒有發生改變（參看第二節）。歐、亞、美和澳洲人身上共同的M168標記，十萬年來，也沒有改變，這些是Y染色體沒有“發生了迅速的變化”的有力例證。有人出於這個“發生了迅速的變化”的假定，還推論出在“若幹萬年後Y染色體將要消亡”，就更是令人難以置信了。
3.在人和猩猩共祖的假定之下的報告
讓我們來看另一個報告，“黑猩猩的初始基因組序列與人類基因組的比較” [注釋6]。報告一開頭就說：
“一個多世紀前達爾文和赫胥黎已經假定，人類與非洲的大猿是分享著‘最近的共同祖先’。引人注目的現代分子生物學研究已經證實了這一預測，並發現有完善的關係，表達出黑猩猩們是我們最親密活著的進化親屬。”
如果一個科學報告是以一個結論為前提，這個結論就必須是經過嚴格認證的，否則，研究報告本身就值得質疑了。在一百多年前的技術條件下提出的“人和非洲大猿共祖”的假說，並沒有得到DNA分子研究的證實，怎麽能將這樣的一個結論下的推論：“人類與黑猩猩共祖”，作為DNA分析的“前提”呢？
研究報告中，發現人類和黑猩猩的DNA有著很大的差別。但是，因為有了“共祖”這個前提，對於差別的解釋，隻有是某一方退化了，或是另一方進化了。人類沒有的部分，被解釋為“被刪除了”；黑猩猩沒有而人有的部分，被解釋為人的是“有添加了”。但是，怎樣證明這個“人和黑猩猩共祖”的前提呢？沒有這個前提，怎樣證明是“被刪除”或“有添加”呢？如果沒有這個“人和黑猩猩共祖”的前提，就不是“被刪除”或“有添加”，而隻能是實實在在的差別，證明人和黑猩猩根本就不共祖。因為，即使有類似功能的基因，也不能證明有進化繼承的關係，隻能說人和黑猩猩由相近的生物材料構成。
可以說，所有建立在人和黑猩猩共祖這個前提下的研究報告，都好像建立在鬆軟沙質基礎上的樓房，完全沒有堅實的科學基礎。
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