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閻潤濤逝世2周年談閻顏之爭
三年前，閻潤濤就顏寧2014年在Nature發表的葡萄糖轉運蛋白機製質疑其首創性，我們稱其為閻顏之爭，最近因為顏要回國組建深圳醫科院，沒有閻參與的閻顏之爭又起，文學城最近有多篇有關博文。我本不想就這個主題再多言，但周末看了有關的幾篇博文，還是說明幾點:
1. 1966年Jardetzky的文章是以鈉泵為例，引申到膜上其它物質的轉運模型，並非專對葡萄糖轉運，葡萄糖轉運可能是一樣的機製也可能不一樣，後來事實證明，有的物質也不是一樣的轉運機製。
2. 一個不可否認的事實，閻是首位從物質(physical)上證實了葡萄糖在膜上轉運機製(喇叭口模型)的人，閻在1993年Cell上發表的論文中很好地展示了這一點。有人說閻不是用人體葡萄糖轉運蛋白(GLUT 1)做的實驗，閻顏結果沒有可比性。其實這是誤導，就像藥物實驗先從老鼠開始做起一樣，不一定一開始在人體實施。重要的是閻的結果後來被顏證實。
3. 科研人員論文發表後，釋疑是重要的一環。我以前做過醫學研究，並以第一作者發表過十篇英文論文，記得老板那時要求我們對論文讀者的來信，來電都要認真回複，任何疑問都要盡力解釋。其實交流的過程，也是思考學習的過程。而閻顏之爭，閻作為這個領域曾經的研究者，有權提出質疑。顏不麵對質疑，隻一句碰瓷說，可見其人品。
其實閻顏之爭，老閻爭的是是非，許多後來的參與者也是如此。但這種爭論可能不會有任何結果，有人說時間會證明一切，其實恰恰相反，尤其閻及導師均已過世。現實可能很殘酷，就象三絲網友評論的那樣，"學術界就是如同江湖，後浪推前浪，況且最近十年的進展遠遠超過之前十年的進展。老閻師門這一派斷了香火，所以之前的工作得不到後人的尊重，這種事經常有，並不少見。進一步說，小顏的工作，如同青春紅顏，再過十年，也許就是沙灘上的一個小泡泡了。又將會被新浪淹吞了"。
一晃之間，老閻己過世兩年了，兩年前我曾寫過一短文紀念他，發在朋友圈，讓我驚訝的是有那麽多人在留言中說看過老閻的文章，非常喜歡。還有這兩年來，我常看到網友在重大事情的討論時，會感慨說要是老閻還在就好了，可以聽聽他的見解。我想老閻在天堂一定高興，作品被無數華人閱讀及喜歡，過世後仍被人們惦記，不枉來過人世間。
顏(10.1038/nature13306)說: “Onthe basis of our structural analysis and published biochemical data, we propose a working model for GLUT1 (Fig. 5).”
“Figure 5 | A working model for GLUT1. Shown here are the predicted conformations—outward-open, ligand-bound and occluded, inward-open, and ligand-free and occluded—required for a complete transport cycle according to the alternating access model. The inward-open conformation of GLUT1 is reported in this study. The ligand-bound, occluded conformation and the ligand-free, occluded one are predicted fromtwo XylE structures in the outward-facing, partly occluded and ligand-bound state[28], and the inwardfacing, occluded state[29], ...”
對應的關係：
“our structural analysis ”對應“the outward-facing, partly occluded and ligand-bound state[28]”；
“published biochemical data”對應“the inwardfacing, occluded state[29]”。
其中：
[28] Sun, L. et al. Crystal structure of a bacterial homologue of glucose transporters GLUT1–4. Nature 490, 361–366 (2012). 通訊作者顏
[29] Quistgaard, E. M., Low, C., Moberg, P., Tresaugues, L. & Nordlund, P. Structural basis for substrate transport in the GLUT-homology family of monosaccharide transporters. Nature Struct. Mol. Biol. 20, 766–768 (2013).
Quistgaard, E. M等人的上述文中說：“This is, to our knowledge, the first MFS transporter structure determined in more than one conformational state, which may establish XylE as an important MFS model protein.”“because XylE now represents what is, to our knowledge, the first MFS transporter for which structures are known for more than one conformational state.”
Quistgaard, E. M等人的文中9次引用的文獻5：Sun, L. et al. Nature 490, 361–366 (2012)通訊作者是顏。
理解的對不對？節日愉快！
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75239/202211/21761.html
比如，有人說愛因斯坦的相對論是他第一個提出的，有人信嗎？估計有人信，但是極少極少。
但是，說過“碰瓷”之後，顏寧應當去看一看前輩的論文。或者，看了，故而後來不再吭聲。不過，若是這樣，並不對，應當公開表示一下，即使不曾受過前輩啟發，也應驚訝學者研究思路的“暗合”。
大概是說不清吧。所謂爭論，消除不掉者，多因說不清也。
說得好！顏寧根本不搭理這種碰瓷的網紅。
施一公連眼皮都不願意睜開看一下。
科學之爭不到科學界去評判，拿到社交媒體文學城幹什麽？
顏寧幹得就是好，世界科學界認可她，有人心裏酸去詆毀她。
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時不時來看看：顏寧文章中確定的TM7和TM1的貢獻比率是多少？
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回複 '梁慎勤' 的評論 :
不知你是否認識真正的內行？如果認識，或許可以谘詢一下，聽聽他們的看法。
Mueckler的A講的是拓撲結構（有12個TM)。從這裏老閻發現TM7上的一個位點在底物的轉運過程中既朝內也朝外，所以他推斷這個片段在底物的轉運過程中有作用，但什麽作用他不知道。他用的是基因突變的手段，這在90年代是不容易做的。顏寧通過三維結構的解析發現TM7和TM1的外端通過氫鍵結合，所以她的模型裏這兩個片段的結合穩定了朝內開口的構型。轉運蛋白是膜蛋白，晶體結構非常不容易做。請注意Mueckley在90年代用老閻的方法發現glut1的TM7突變的效應和老閻的不一樣。所以雖然都是TM7，但機製不同。
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回複 '梁慎勤' 的評論 :
“複雜模型的提出者當然也有其貢獻，但是我們認為其貢獻是不如發現者的。”
謝謝你的回複。看來你在一定程度上可以算是內行的，所以你的看法還是具有一定價值的，如果你和閻顏都沒有利害關係的話。不知你是否認識真正的內行？如果認識，或許可以谘詢一下，聽聽他們的看法。
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回複 '梁慎勤' 的評論 :
你好像是一位內行，不知能否說明一下你的相關的學術經曆？不知是否也能聲明一下你和閻顏都沒有厲害關係？
我首先聲明一下我和閻顏都沒有利害關係。我隻是有點好奇真正的內行會怎樣看待閻顏的模型的那些“關聯”。我是學理科的。在理科中有許多理論模型。有些形式上模型看起來比較複雜，和一個形式較為簡單的模型有巨大的區別，但是本質上卻是一樣的。在這種情況之下，我們認為形式簡單的模型是第一位的，而形式複雜的模型是第二位的。一般而言，形式簡單的模型是先提出的，我們也就承認形式簡單的模型的提出者為這一類模型的發現者或發行者。複雜模型的提出者當然也有其貢獻，但是我們認為其貢獻是不如發現者的。
你說：“老閻和顏寧的發現沒有直接聯係，隻是有一些關聯”。
我想閻顏之爭的關鍵就在於“一些關聯” 上。對於這個“一些關聯”，需要內行才能給出一個較為準確的判斷。
你好像是一位內行，不知能否說明一下你的相關的學術經曆？不知是否也能聲明一下你和閻顏都沒有厲害關係？
你說：“老閻和顏寧的發現沒有直接聯係，隻是有一些關聯”，“從A老閻發現了B。從A顏寧發現了C。A是Mueckler發現的。” 我想請教一下，知道A發現B難不難？知道A發現C難不難？知道A和B，發現C難不難？
回複時不時來看看：不是的。老閻和顏寧的發現沒有直接聯係，隻是有一些關聯，所以應該引用。但不是抄襲。從A老閻發現了B, 顏寧發現了C。A是Mueckler1985年的論文發現的。
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jty，請您確認一下：您是說顏寧文中使用了老閻的貢獻而沒有引用老閻的文章，對嗎？
曉楠22 發表評論於 2022-11-20 13:18:40
不fan任何人，也不懂行。對小顏隻有一個疑問：如果老閻講得不對不是很容易答複嗎？為何對別人的正式質疑不能正麵答複？用“碰瓷”這種字眼來對一個同行的書麵提問表示輕蔑，表明自己很厲害還是自毀名聲？
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>我一直都在說老閻的一個貢獻是發現了TM7在底物轉運過程中的作用。
用您的話請教您：顏寧的文中使用了老閻這個貢獻嗎？
用您的話請教您：顏寧的文中使用了老閻這個貢獻嗎？
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jty: 以為您刪完博客和評論去買豆腐打臉去了，沒想到這麽快就忘了了。您昨天的博客不是專門指出老閻沒提TM7嗎？
再過十年或二十年， 文學城網站關閉後， 無人再知道或談論閻潤濤是誰了。
再過300年， 牛頓，愛因斯坦，高斯，居裏夫人等等在人類科學史上必將依然光芒萬丈。 再過30年或五十年， 顏寧將依然是結構生物學發展史上一個重要的名字。
轉述老閻的話來回您，在“實錘”中：
顏寧博士無法反駁她自己的論文，幫她洗地的無外乎以下幾個說法。詳情如下：
1. Yan/Maloney 研究的葡萄糖載體與顏寧團隊研究的葡萄糖載體不是同一個蛋白。那麽，我們看看顏寧的論文裏是怎麽說的：
“Conclusions derived from such analysis may be generally applicable to other uniporters and proton-coupled symporters.”
Uhpt, Glut1 和 “other uniporters and symporters” 都是同一家族的載體（Microbiol Mol Bio Rev. 1998, 62:(1)1-34), 顏寧說她們的研究結論（注意是結論，不是假說）可以用於同一家族的其它載體，也就是說，Glut1 的結果可以用於同一家族的Uhpt，那同一家族Uhpt 的結果也同樣可以用於同一家族的Glut1. 除非顏寧發現在同一家族的載體裏，還有不同的工作機理與模型。地球人連這樣的預測都沒有，她也沒說過她是這樣預測的。
顏寧自己論文的內容，完全徹底堵死了任何反駁她剽竊了他人成果的路。
確實是這樣。老閻的貢獻被學術界遺忘了，因為晶體結構提供了更直接的證據, 被更廣泛地引用 （2003年和2007年lacY的結構）。 希望老閻生前已經釋懷。
再說一點，1966年Jardetzky的論文是喇叭口模型的首創是學術界公認的。老閻研究的antiport，顏寧研究的uniport，以及1966年論文裏的鈉鉀泵雖然都不一樣，但都用喇叭口機製轉運底物。還有一點，雖然老閻為喇叭口模型適用於antiport提供了physical evidence，可是後來Mueckler發表了兩篇文章，用老閻的方法測試了Glut1在TM7上的位點，發現突變的效應和老閻的不一樣，隻對細胞外的底物有反應，對細胞內的沒有。所以Glut1和老閻的蛋白雖然都涉及到TM7，可是機製並不相同。
Dear Nature,
Thousands of readers of Mr. Run-Tao Yan, a late blogger with more than 20 million clicks on wenxuecity.com, are eager to compare Figure 5 in this paper with those in the PNAS paper led by Mr. Yan himself (Yan and Maloney 1995; pp5973-5976). In 2019, Mr. Yan accused Dr. Nieng Yan, the corresponding author of this paper, of plagiarism. He posted his accusation comments at the end of this paper as well as on several blogs. He simplified this accusation as follows: The working model shown in Figure 5 has been completely discussed in his PNAS paper. During the past three years, many follow-up bloggers and Internet posts agreed or disagreed with Mr. Yan's accusation but only mentioned these figures at their discretion. Thousands of readers could not make their own judgement because they could not easily access these Figures. Hereby, I volunteer to obtain your permission to post Figures 5 and 1 (for additional information) in their original form with original and translated captions in Chinese on my own blog hosted by wenxuecity.com, the same web server hosting Mr. Yan's blogs, for wide recognition and public knowledge. It is completely non-profit and for the purpose of wide-interest information-sharing. If I could, I would request Nature to make this paper free to access, such that thousands of readers are able to read the full paper before making their own judgement. A poll of requests for open access to this paper can be carried out on my blog if it helps the decision. Thank you for your consideration of granting the permission.
Sincerely yours,
邏輯上，能翻轉這個指控的也是一句簡單的話：顏寧圖5的機理與老閻的機理不完全一樣或完全不一樣。如果隻是證明了不完全一樣，因為顏寧沒有引用老閻的文章，還是剽竊。所以顏寧或支持者隻能證明完全不一樣，這是個不可能完成的任務。
Mike Muecklerz教授做的葡萄糖載體的生化模型，用的就是老閻的“分子探針 + 半胱氨酸掃描 + 放射性底物的方法”。
老閻揭露顏寧的另一個目的是希望以此阻止顏寧參與國內的製藥行業，一個騙子如何能製藥呢？這個在他的博文或者評論中也能找到。
老閻在Nature下的指控，是得到Nature審查過的，不會輕易被刪。那些評論放在那裏一天，顏寧的中科院社科院院院士基本沒了希望，更別說諾貝爾獎。
結果，被駁之人深深的懷恨在心，老閻人已走，無法再答一字，於是便如瘋犬吠日般的對老閻進行人身攻擊。實在是令人不齒。已經不是什麽“對錯”的問題了，是“做人”的問題。
把應該在學術界討論的非常專業的爭議拿到社交媒體來，本身就是利用自己網紅的優勢讓一群門外漢粉絲來詆毀顏寧。
文學城是一個小社區，全球的科學界是一個大世界。沒見到科技界同行對顏寧的質疑，沒見到細胞雜誌把顏寧的論文撤銷，普林斯頓大學繼續聘用顏寧，這就說明了問題。難道文學城網友比科學界更有辨別力？
另外利用已經逝去的人來詆毀顏寧是徒勞的，顏寧選擇自己喜歡的生活方式，她獲得的成就閻隻能興歎。
世界科學同行認可顏寧，有幾個知道閻的？
深切祝福懷念潤濤。。。
他兒時險些被餓死
小小娃尋食分姐姐。。。
姐姐失學潤濤上學
銘記在心知恩圖報。。。
割草盟約女娃升學
僅此一舉功德無量。。。
地攤求生不染世俗
智慧全家和和美美。。。
我曾插隊山村八年
潤濤農家出類拔萃。。。
聰明娃實獨眼失聰
謝天謝地潤濤文集。。。
真誠敏銳獨眼觀世
天妒英才嗚呼哀哉。。。
閻潤濤背後有一隻無性的黑手遙控著，故意誤導華人在某些領域的認知。
閻潤濤碰瓷顏寧是企圖抬高自己身價的手段之一，還包括造假國內獲科技獎，及1994年獲得美國約翰霍普金斯醫學院青年科學家獎。
回複 '稻穗兒' 的評論 : 顏寧和老閆不出自同一師門。顏寧的老師施一公的導師是Jeremy Berg, 在生物物理係，而老閆是Peter Maloney的博士後，在生理係。雖然施和閆的實驗室在同一座樓裏很可能認識，但畢竟不在同一個學術領域。我查了一下施一公的簡曆，他在Jeremy Berg的實驗室作的課題是鋅離子對DNA轉錄的作用，和老閆的課題完全沒有關係。
雖然UhpT和Glut1同屬一種被稱為MFS的蛋白質大家族，但是這種大家族沒有什麽意義，它們可能有成千上萬種不同的蛋白質，而UhpT甚至連十幾種的Glut蛋白家族成員都不是，別人怎麽抄你潤濤閻啊？
UhpT運送帶負電荷的葡萄糖-6-磷酸，嚴格意義上是己糖-6-磷酸（hexose 6-phosphate), 因為還包括果糖-6-磷酸。顏寧做出結構的Glut1則負責轉運不帶電荷的原始葡萄糖，在跨膜結構域 (TM) 上Glut1與UhpT都不同，負責轉運貨物的TM也各異。模型固然會有相似的地方，但是我真不明白，為什麽潤濤閻硬說顏寧偷了他們的模型。
閆潤濤的導師Peter Maloney不是施一公的導師。施一公的導師是Jeremy Berg，和Maloney不在同一個係，所以閆和施談不上是師兄弟。讀了閆潤濤和顏寧的論文。閆的論文研究的是一種antiport，而顏寧研究的Glut1是uniport。這兩種蛋白和symport一起組成一個叫做MFS的膜蛋白家族。這三類MFS雖然都具有V形三維結構和類似的conformational change （喇叭口向上或者向下的轉換，為方便我就叫它喇叭口模型），但轉運機理是不同的。閆的論文首次提出antiport的轉運機理可以用喇叭口模型來解釋，照理應該受到學術界的重視。可是我查了web of science，閆的論文引用率並不高。不僅顏寧沒有引用，我查到了所有和MFS蛋白結構有關的論文都沒有引用。這或許並不能說明閆的工作不重要，但起碼在該領域裏沒有受到重視。還有一種可能是閆提出的模型借用了66年在科學雜誌上發表的鈉鉀泵機理，因此並非是原創的新理論。這隻是我讀了幾篇綜述文章之後的理解，不一定對。顏寧做出了Glut1的三維結構。這篇論文在喇叭口模型的基礎上進一步闡述了uniport獨特的轉運機理。說顏寧剽竊閆的成果有失公允。至於這篇論文的意義是否被誇大要聽業內人士怎麽說了。
查了一下Run-Tao Yan和Maloney的cell文章（1993年），scholar-google上的引用是93次，web of science上的引用是71次（截至到2022年11月6日）。在生物學界，這不是個大的引用數。（他其他的文章引用也不高，最多的一篇100多點。）
隻能說，按這個引用數，潤濤閆在學術上不如顏寧成功，差的很遠。原因可能就是下麵大家討論的吧。
對待顏寧，崇信“生命在於忽悠”的閻迷們經常會失去理智，甚至髒話連篇， 惡意攻擊。
無知且愚蠢的閻迷們， 真令人感受到人類愚蠢的力量， power of stupidity。 老閆毫無根據的胡說八道， 造謠誹謗的惡性碰瓷行為， 本來就令人震驚厭惡， 閻迷們至死不悟的勁頭真是令人驚歎！
這個誠信已經魔障了，進一步發展就是精神分裂了，他的家人朋友要看著這裏帶他就醫啊！
喪心病狂
我不是不講道理的人， 是你們，說起顏寧就完全不講道理。
為尊者諱！
你們喜歡閻潤濤， 沒關係。 寫文字紀念他， 很好。 但應該像正常的人一樣， 隻回顧和頌揚他生前所做過的對的事，好的事， 避諱談及他所作的錯事和壞事！
你們想想， 有誰寫紀念文章專門談論死者的錯事和有極大爭議的事？
再說一遍， 迷信使人失去思考能力， 迷信和崇拜產生的人間邪惡很大， 不僅傷他人， 也會害自己。
無知且愚蠢的閻迷們， 真令人感受到人類愚蠢的力量， power of stupidity。 老閆毫無根據的胡說八道， 造謠誹謗的惡性碰瓷行為， 本來就令人震驚厭惡， 閻迷們至死不悟的勁頭真是令人驚歎！
-純屬主觀臆測。
2. “以雜誌社和普林斯頓的不立案，應該說明問題也沒有嚴重到學術不端的地步。”
-客觀事實陳述。
"以雜誌社和普林斯頓的不立案"
"雜誌社和普林斯頓"處理投訴的人， 應該先比對兩篇文章， 當看到“顏寧圖5與老閻圖1”的巨大差異， 天壤之別， 一定罵一句 “Too insane!" 就完全 ignored, 連顏寧都沒有知會。
迷信和崇拜產生的人間邪惡很大， 不僅傷他人， 也會害自己。
看到了潤濤閻和他的粉絲重複千百遍的“喇叭口一樣”的巨大欺騙， 堪比 Elizabeth Holms 的世紀大謊。 想象中“鹿” 與 “馬”的相似， 現實卻是 “鹿” 與 “蛇”的天壤之別， 騙很大！
這麽天壤之別的東西， 竟被老閻妄稱“一模一樣”， 導致無知無畏的閻迷們深信不疑， 到處拿來刷屏。 老閻的大量謊言， 都是用來愚弄閻迷的， to fool the fools， 並非用來真的是與同行的生物專家辯論。
以雜誌社和普林斯頓的不立案，應該說明問題也沒有嚴重到學術不端的地步。
“生命在於忽悠” 這樣的信條很不好， 很危險。 一旦“忽悠”失敗， “生命”將無處安放， 隻能繼續新的“忽悠”， 死磕到底， 形成不斷的自我折磨，直到最後。
無知無畏， 勇於鬥爭， 還自認為善於鬥爭的閻迷們， 真令人可憐。
實際上， 閻潤濤和閻迷們窮其所能的長期鬥爭， 都從來沒有，也永遠不會, 對顏寧造成任何一絲一毫的傷害， totally harmless。 因為所有指控都是謊言， 而謊言是沒有力量的， powerless。 這就是為何隻能得到輕蔑的"碰瓷"兩字回應, 恰如其分且足夠。
在文學城炫耀自己的無知，愚蠢和粗魯都是很可笑的， 徒增笑料而已。
So stupid!
奇農家奇天才。。。
1， 就直接內容來講，公說公有理，婆說婆有理，隻能說閻、顏的論點都有瑕疵。
2， 堅決認為， 施是一個關鍵人物，他是閻的師弟，又是顏的導師，應該有些發言權，但其表現讓人不得不遐想他和師兄的個人關係或恩怨， 甚至閻離開此圈的一些緣由。
3， 閻的創造性發現對顏的“啟發”作用，應該不低於一些被顏引用的文作，但顏（與施）的表現，似乎在最開始就有意要避開閻，並有所準備。
4， 學術之爭，普遍存在，事情可大可小，但回應文字透露出的態度，必然反映該人的品行。