1989年國務院發布的《特別重大事故調查程序暫行規定》第十九條規定“特大事故調查組成員應當符合下列條件，包括具有事故調查所需要的某一方麵的專長，以及與所發生事故沒有直接利害關係。”據此規定，7.23事故應由國務院組成調查組，成員中可有鐵道方麵專家，但不能由鐵道部主導調查。(目前，國務院已經成立獨立的調查組調查該事故）
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中國眾學者憤起 呼籲解散鐵道部
溫州動車追撞特大事故已引起大陸內地民意沸騰，雖然總理溫家寶27日要求當局給人民群眾一個真誠負責任的交代，但中國民間學者卻紛紛發言，不但要求啟動憲法第71條規定，即由全國人大常委會設立特別調查委員會，對事故進行調查聽證，甚至有聲音要求解散鐵道部。
公開提出這一建議的北京大學法學院教授賀衛方指出，現在每逢發生重大突發事故，就由與事故有聯係的部門或者其主管部門進行調查和發布結論，公眾包括媒體基本沒有辦法去一線了解真相，這種模式非常不科學。他說：“讓犯錯的人去調查自己在哪裏犯錯了、犯的錯有多大並承擔糾錯的責任，這是不符合人性的。”
1989年國務院發布的《特別重大事故調查程序暫行規定》第十九條規定“特大事故調查組成員應當符合下列條件，包括具有事故調查所需要的某一方麵的專長，以及與所發生事故沒有直接利害關係。”據此規定，7.23事故應由國務院組成調查組，成員中可有鐵道方麵專家，但不能由鐵道部主導調查。(目前，國務院已經成立獨立的調查組調查該事故）
賀衛方提出，可由鐵道部主動促請全國人大緊急設立特委會，負責事故調查，“這是一種對公眾負責任的做法”。
西北政法大學副教授諶洪果指出，此次事故發生後，除鐵道部自查外，公眾也借助網絡尤其是微博等公共平台展開民間調查，但由於調查力量的不平等和體製性阻礙，難以避免謠言和猜測，因此不具備權威性，國務院雖將成立調查組，但自上而下的傳統調查模式，無法從根本上解決製度問題，而司法部門的介入則局限於事件定性後的法律追究。
大陸另一著名政治學者、中國文化研究所研究員劉軍寧，27日更在微博上倡議撤銷鐵道部，並隨即獲得多名學者和網民支持。劉寧軍指出，鐵道部是個腐敗窩，隻為政績服務，不為民生服務。它是計劃經濟和全民軍事化的產物，早應被淘汰。劉寧軍以外國例子支持他的看法，他說，在國際上向中國提供先進鐵路技術的國家，沒一個設立鐵道部。
不少網民都支持他的看法，有帖子指出，鐵道部儼然是中國的國中之國，有自己的公安、檢察、法院係統、有自己企業，但卻無人監管；有網民說：“早在1998年實行大部製改革的時候，鐵道部本來就和當時被撤的電力工業部、煤炭部等部門一樣，在計劃撤銷之列，隻是後來由於種種原因沒撤成。隨後幾年，不斷有鐵道部可能被撤的消息傳來，但未見落實，現時該重新提上議程了。”
其中提出建議的學者之一賀衛方，是中國司法改革的標誌性人物，1995年起在北京大學執教。2009年3月賀衛方被北大派去新疆石河子大學“支教”，有評論指是因其敢言而被“流放”，賀衛方對此則表示，北大作出讓其支教的決定，是需要對某些機構“有交代”，但他卻將所謂的懲罰看做是“獎賞”。他還強調，並不擔心自己會像劉曉波一樣因言獲罪或是遭封殺，相信政府會珍惜我，千人之諾諾，不如一士之諤諤。賀衛方，在中國變成了一道符號。在學界，他被視為司法改革堅定的鼓吹者；在實務界和輿論界，他被看作憲政、民主、法治思想的布道者；當然在另一些人眼中，他是一個“有些異端色彩”的多事者。
