上周我在文學城博客裏發了一篇文章《也來談談閻潤濤顏寧之爭》（https://www.wenxuecity.com/blog/202211/43982/8814.html）。文章發表之後感覺對顏寧是否剽竊的問題講得不夠透徹，所以在這篇文章裏作一些補充說明。
在前文裏我科普了轉運蛋白的喇叭口模型。在這裏再簡單描述一下：轉運蛋白呈V形，在朝內開口和朝外開口的兩個構型之間轉換。在轉換的過程中糖分子或其他底物從細胞膜的一側轉運到另一側。
喇叭口模型1966年由Jardetzky提出。早在七十年代，生化和動力學的研究就已經為喇叭口式的底物轉運過程模型提供了有力的證據。雖然如此，隨著分子生物學的發展，人們還是希望通過分子生物學的新技術來佐證這個模型的存在。老閻的研究就是圍繞這個課題展開的。他研究大腸杆菌的一個叫UphT的轉運蛋白，發現UphT上的一個氨基酸C265的突變不僅會影響這個蛋白和細胞內的底物結合，而且會影響蛋白和細胞外的底物結合。所以他的實驗結果為喇叭口模型提供了新的分子生物學證據。因為C265位於UphT上的TM7片段，老閻在他的論文裏進一步推斷TM7對轉運底物起關鍵作用。他提出了一個模型：TM7位於蛋白的中央,喇叭口朝細胞外的時候這個片段暴露在細胞的外側，使得底物進入喇叭口，當喇叭口轉變方向，TM7暴露在細胞的內側,將底物轉運到細胞裏。這個模型不僅為喇叭口模型提供了新的證據，而且為喇叭口模型的底物轉運過程增添了一些細節。遺憾的是，老閻的模型並沒有涉及到構型轉換是如何發生的（構型轉換機製）。從老閻論文的標題和abstract可以看出他和他的導師雖然證明了TM7在底物轉運過程（translocation pathway）中的作用，可是沒有看到這個片段對蛋白構型轉換（conformational change）的重要性。老閻的論文裏說得很清楚：“雖然我們有能力找到一個位點在UhpT的底物轉運過程中的作用，可是我們仍無法對底物轉運過程如何操作發表意見”（Although we can identify a residue within the translocation pathway of UhpT, we cannot yet comment on how this pathway might operate.）在這句話後麵老閻提出了兩個方案,可是都和顏寧的模型不同，而且C265這個位點在Glut1裏根本就不存在。Glut1和UhpT雖然有相同的拓撲結構，可是氨基酸序列卻非常不一樣。
現在我們比較一下老閻和顏寧的模型。打個比方，A某觀察到汽車行駛（底物的轉運）是因為車輪會旋轉（老閻的模型）。可是這個觀察並不能告訴大家車輪的旋轉是由什麽驅動的。要想知道車輪的旋轉原理，就必須把汽車的內部構造搞清楚。 於是B某從汽車的內部構造發現是發動機帶動了齒輪，使得車輪可以旋轉 （顏寧的模型）。即便B某在事先知道A某觀察到輪子會旋轉的情況下公布了旋轉原理，剽竊的罪名也不能成立，因為雖然都提到輪子是關鍵部位，A某和B某說的是兩碼事。同理，雖然兩篇論文的模型都指出TM7起關鍵作用，可是此關鍵非彼關鍵，兩者不在同一個層次。老閻的模型局限於對底物轉運過程的描述（汽車行駛是因為輪子會旋轉），而顏寧的三維結構解析的是喇叭口構型是如何從朝裏開口轉換成朝外開口的機理（旋轉是發動機驅動的）。顏寧的三維結構顯示TM7的某幾個氨基酸和旁邊的TM1上的氨基酸形成氫鍵，從而加強了朝裏開口的構型的穩定性。除了TM7和TM1，另外一個叫做ICH的片段對朝外開口的構型起關鍵作用。
請注意老閻的論文對TM7在構型轉換中的作用沒有任何討論。我在前文裏說“老閻發現TM7片段對喇叭口構型的轉換有關鍵作用”，其實並不準確，應該改為“老閻發現TM7對轉運底物的過程有關鍵作用”才更準確。總之，老閻的模型和顏寧的模型雖然都涉及TM7，可是有本質上的不同。所以顏寧剽竊的罪名不能成立。
以上是我讀了閻顏的兩篇論文以後的分析和結論。現在來說一說老閻在自然雜誌網站上的投訴信。投訴信沒有提到TM7，而是用了很大篇幅試圖說明顏寧論文中圖5的模型如果沒有他老閻的實驗是得不出來的。
讓我們看看如果顏寧沒有看到老閻的論文，她能否想出圖5的模型。顏寧提出她的模型基於兩點。（1）喇叭口模型，（2）對朝裏和朝外兩種構型的三維結構進行的比較。第一個基點是1966年的經典論文和70年代提供生化和動力學實證的論文，這篇論文顏寧引用了。顏寧還引用了一篇首次用晶體結構證明了喇叭口模型的論文，對顏的模型來說就足夠了。（請注意喇叭口理論不是老閻發明和證實的）。第二個基點是顏寧2012和2014年論文裏的數據。2012年的論文研究的是Glut1在大腸杆菌裏的近親（homologue）XyIE,其晶體結構的開口方向和Glut1的結晶體相反。顏寧通過對比這兩個近親蛋白的晶體結構，推斷出一個構型轉換的動態模型。這個方法被學術界肯定。顏寧論文的高引用率就是證明。
老閻沒有讀懂顏寧的論文。他認為顏寧剽竊是因為沒有認識到顏寧的模型和自己的模型的本質區別，再加上他認為喇叭口模型所描述的底物轉運過程是自己發現並證明的(幸虧隻是在投訴信裏而不是在論文裏這樣認為，否則有剽竊之嫌。我懷疑文章是他的導師寫的，把老閻論文的意義講得很清楚而且恰如其分，而老閻沒有正確領會，才會在投訴信裏那樣講)。
那麽顏寧究竟有沒有看到過老閻的論文？我一直傾向於顏寧沒有看過，一個理由是老閻論文的標題和Abstract裏沒有TM7以及其他相關的關鍵詞，所以很難在Pubmed上搜索到。可是我經過多次嚐試還是搜索到了。所以我現在不再反對顏寧看過老閻的文章的推測。但顏寧沒有看過的可能性也同樣存在。我發現這個的議題已經超出了學術的範疇，再追究下去沒有什麽意義。這個議題其實並不重要，因為即便顏寧看過老閻的文章，這也不能作為剽竊的實證。閻顏的兩個模型有本質的不同，這足以證明顏寧沒有剽竊。
顏寧有錯嗎？我認為顏寧確實有錯，但不是大錯。老閻的模型雖然沒有涉及到構型轉換的機理，可是他發現TM7的一個位點對底物的轉運起關鍵作用，還是挺重要的。所以不管怎樣，顏寧未能引用老閻的文章是一個失誤。有網友問我，既然老閻的文章引用率很低，為什麽你還會認為沒有引用老閻的文章是個失誤呢？我的回答是引用率低隻能說明文章沒有受到重視，不能說明文章沒有價值。不過引用文章上的失誤和剽竊這兩者不能混為一談。
歡迎網友們批評指正。
'離子通道就是細管，靠把門的控製開和關。葡萄糖載體沒這個機製，就是靠自己，實際上是消耗能量而變形的。其實喇叭口朝裏朝外的速度還是比汽車發動機的活塞上下轉換速度快得多得多。'
如果用發動機來比的話，農民工感覺老閻的工作研究了活塞，但發動機要工作好，還需要很多其它部件的協調，這就是小顏的整體結構。
老閻惡性碰瓷顏寧，真真確確地發生過，而且糾纏不休很久，卻從來不曾，也永遠不會對顏寧造成一絲一毫的傷害。 但有必要澄清的是， 老閻碰瓷行為發生在顏寧譏諷“碰瓷”之後， 而非之前。 老閻最初博文和討論對引用和剽竊均無聲稱和堅持，相反，對顏寧表露讚賞。發文目的僅為炫耀當年勇。一些閻迷堅持應該引用的言論，成為悲劇的真正導火索，引起“碰瓷”回應， 最終導致老閻失去冷靜和心胸，完全意氣用事。
細胞雜誌沒有撤銷顏寧的論文，普林斯頓大學繼續聘任她，科學界同行沒有展開對顏寧論文質疑的討論。
這一切說明閻在科學界同行得不到支持，對於可疑的碰瓷者施一公不必發聲，顏寧也不必純槍齒劍地一一反擊，說一句碰瓷就不理閻了。
閻把這等非常專業的爭論拿到社會媒體文學城來，就是想利用粉絲來詆毀顏寧的聲譽，達不到目的。文學城是一個小社區，而全世界的科學界是一個更廣闊的天地，顏寧絲毫沒受到損傷。閻自討沒趣很鬱悶。
閻聲稱活得1985年中國國家科技進步二等獎，是中國最年輕的獲獎者，被證實不實，很容易在中國農業科學院網站上查到。
閻的博客曲嘯在美國演講遭遇滑鐵盧也不實。閻1985年和夫人結婚來美國和早已在美國讀書的夫人團聚，而幾個當事人證實曲嘯是1984年來美國演講。1986年初曲嘯在國內給我們單位演講，一點也沒崩潰，照樣激情滿懷，他是以後到深圳大學演講時遇到大學生起哄的。
回複 'freemanli01' 的評論 : 是的，顏寧提到喇叭口模型時引用了1966年的論文，還引用了一篇提供直接證據的論文，講的是一個叫作lacY的轉運蛋白的晶體結構。我聽過老閻的導師Maloney的課，他講喇叭口的時候舉出的證據就是lacY的晶體結構。他沒有提老閻的工作，我想是因為老閻的不是直接證據。"
博主您是第一位有相當可信度的重要旁證提供者。
本庭不需要你這最後一句。你怎麽想不重要，你想什麽都可以。作為旁證證人重要的是如實講述親身經曆的事實。
______________________
葡萄糖分子以及其它糖分子如何進入細胞膜？喇叭口朝外-朝裏轉換模型是1966年從鈉離子泵的工作原理推理出來的（Jardetzk，1966 ，Nature 211, 969-970)。然而，葡萄糖載體的工作模型是否真的與鈉離子泵的工作模型一致，需要科學證明。請...科普一下
————————
印象中，潤濤閻似乎還有一個意思，就是顏寧的靜態照片，不足以支持她推出其結論，雖然那結論是對的。還需要別的資源來支持她的實驗結論
————————————
她是否直接指出了喇叭口模型是從某某鈉離子那裏繼承來的？不是自己發明的。
她是否跳過了從鈉離子到蛋白質的喇叭口大門的轉變，從而忽略了潤濤閻的貢獻。
我外行，記憶可能不準。嗬嗬
顏的論文是否在試圖解釋喇叭口大門的驅動力是什麽，而沒有提到怎麽想到這個大門是個喇叭口大門，而不是旋轉門，也不是扇葉門。
她是否直接指出了喇叭口模型是從某某鈉離子那裏繼承來的？不是自己發明的。
她是否跳過了從鈉離子到蛋白質的喇叭口大門的轉變，從而忽略了潤濤閻的貢獻。
僅從邏輯上看，感覺葉的問題很好（隻是邏輯上看，事實如何，我不懂），但是Jty的回答好像還是需要再補充一點。“她為什麽決定研究輪子的旋轉”，確實是個不小的問題。就像踩著巨人的肩膀，摘下桃子，當然她這次摘桃子是主要貢獻。但是，看見肩膀可踩，也不是小事。她就應該聲明，我踩了誰的肩膀。
=========
jty 發表評論於 2022-11-14 12:05:24
回複 '葉輕眉' 的評論 : 可是B某的發動機模型才是重點。他應該說明自己為什麽決定研究輪子的旋轉，可是他的發動機模型本身不能算剽竊。
葉輕眉 發表評論於 2022-11-14 11:33:34
怎麽你越說我越覺得閻顏二人的研究是同一回事兒呢？如果不是閻得出汽車行駛是因為車輪會旋轉，顏會不會忽視車輪而去研究方向盤？
比牛皮膏藥的粘性大多了。
閻迷們真是天下無敵， 胡攪蠻纏的功夫跟老閆很像， 且執著粘性很強， 笑死了。
施一公因為自己有才，所以識才，而且愛才。當今世界太需要施一公這樣的伯樂了。
——————————————
作者自己設靶自己打——老閆可從未說過她“剽竊”。
顏寧有時間在微博上直接回複碰瓷 說明閑得很。碰瓷還要回 自貶身價不是？
——————————
GB2312加了閆字。現已習慣用閆代替閻。
----------
我覺得顏寧、施一公保持沉默，是因為他們覺得此事太可笑、不值得浪費時間。
jty: 再給您一個字典的鏈接，您接著打假
https://biologydictionary.net/transport-protein/
以後的回複我就不再回複了。謝謝。
您首先應該對老閻道個歉，把他的姓寫錯了，也表明您真心"歡迎網友們批評指正"，不是在拉偏架。您打假中學教材是個灰常不明智的做法。
祝您博安。
原文 Glucose molecules are too big to diffuse through the plasma membrane easily, so they are moved across the membrane through gated channels. In this way glucose diffuses very quickly across a cell membrane, which is important because many cells depend on glucose for energy.
但為閻辯護眾多人士有個共同特征，無理攪三分，類似中共的抗日中流砥柱論。
結論，它們是大外宣！
老閻說：那個圖五及說明的強製夾帶機理在他1994年PNAS文章中，所以顏寧剽竊。
本文博主認為不是。
眾多讀者，一旦自己拿到這兩篇文章，比較閻顏兩個圖及說明的機理是不是一樣似乎沒有登泰山那麽難，大家都應該試一試，也可以鼓勵自己的高中娃試一試。
Stegy223：您也是專家，麻煩您也呼籲兩雜誌公開兩篇文章吧。”
您可千萬別把俺捧殺。wxc是免費投稿免費閱讀言論自由真理越辯越明的好地方。
連顏寧這樣手握真寶劍的都被弄的這麽被動，您把“專家”這大帽子給俺頭上一戴，改天就說不定被人罵成臭狗屎。
葡萄糖分子以及其它糖分子如何進入細胞膜？喇叭口朝外-朝裏轉換模型是1966年從鈉離子泵的工作原理推理出來的（Jardetzk，1966 ，Nature 211, 969-970)。然而，葡萄糖載體的工作模型是否真的與鈉離子泵的工作模型一致，需要科學證明。就好比CFTR根據蛋白質二級結構判斷不是離子通道，而是載體；而在1992年在《細胞》發表的論文用活體蛋白科學試驗證明它就是個氯離子通道。葡萄糖載體到底是怎樣把葡萄糖載入細胞，必須有試驗證據證明才能確定。
專家們是否可以再科普一下這個。
唉，顏閻之爭，一開始確實是專業之爭，後來就變成了意氣之爭。試問，把你自己放在老閻的位置上，一開始還是客氣的去信小顏，肯定小顏的成就，希望引用一下自己的文章。結果被斥之為碰瓷。如果是你，你會不憤怒嗎？現在還扯什麽專業，其實就是為小顏對前輩的無禮找理由吧了。人啊，還是要將心比心一下"
腦海裏總也沒法抹去的一個場景是小顏受邀隆重上台展示失傳了50年後被小顏發掘出來又發揚光大了的一套劍術。
此時這套劍術小顏己經舞的是出神入化，實為中華第一劍。要稱之為世界第一劍也不假。台下眾人陣陣喝彩。
冷不丁跳上來一位老漢，手握一彎彎棍，說道妹子你這套劍術使得實在好，隻是其中一著實源於我家這棍術。
沒有任何思想準備，小顏心中一驚，這不是說好了是表演賽嗎？ 來不及細想，脫口而出我老師父才過世三年就有人要來碰場子啊！
手中這寶劍自然不到萬不得以是不能用來真砍人的。這平日裏對付社會上數不清的各色人物最簡單順手的就是搖身一變，來一句網紅美女的要碰瓷啊！
老漢冷笑一聲，小妹子我可是按這道上規矩來的。即然你這麽說那就怪不得俺老漢了。
接招！
那些圖都是示意圖，估計小學生都能看懂。
1. “喇叭口模型所描述的底物轉運過程是閻潤濤發現並證明的”；
2. “同一師門，不可能不知道，方法一定是偷竊”。
謝謝你的正義感與耐心細致。 但是， 請你有心理準備， 你基本不會改變大多數閻迷們的執著。 他們並不從事科研工作， 所以對科學， 道理和事實都缺乏尊重。 他們更多在意維護自己的心理感受而已， 這是他們爭論的勇氣和意願來源。
順便一個評論：
顏寧2014文中圖1中有12個蛋白質段，用上下方向的曲線表示，左邊是C，右邊是N.老閻1994文中圖一也是12段，是直的，左邊是N，右邊是C.感覺兩圖隻是轉了180度，本質上一樣。
顏寧圖5隻給出10段，重點是TM7，由它抓葡萄糖，變形，釋放，抓放由門閂控製。老閻圖1也是葡萄糖在TM7被抓,圖4的轉盤示意圖描述的也是抓，變形，釋放。兩個示意圖TM7的作用最關鍵，沒有TM7，啥也不是，從這點上似乎兩圖也一樣。
說老閻沒讀懂顏寧文有點臆測，似乎不科學。既然博主願意做科學法官，公正與事實應該是第一位的。
至於作者說的對與不對，是由像作者這樣的專業人士來評判，作者的身份，大家認真讀博文的話，其實是透明的。我認為作者對雙方沒有傾向性。
但同一師門，說完全不知道，就太扯了。
“掩耳盜鈴”這個成語不就是這麽來的麽 ：）
這個沒完沒了的爭執，根本不會有啥結論， 兩邊都有一些無知無畏的鬥士們， 吵得熱鬧就好， 哈哈。
當年閻先生首先拉開戰局， 呼籲國內專家介入調查， 本人當時也鼓勵閻先生給普大寫信， 看普大能不能組織個專家組來評審這個學術爭執， 後來也是無聲無息。網上的口水戰， 大多都是民科人士各顯其能，分頭給自己的偶像搖旗呐喊而已，那兒能說出個是非來。
阿留教授曆來出言謹慎， 分辨力還是很強的。好長時間沒聊過了， 握手致意。
Hearsay. Strike out!
法官大人不由感歎了一句。看來你們中國人把我們美國言論自由的傳家寶山寨去了做得比我們好啊！
盡管如此， 仍有不少學者不畏語言暴力， 挺身而出， 寫出很多專業性很強的科普文章， 澄清事實， 以正視聽。 所顯現出來的正義感， 令人欣慰和讚賞。 說明我們這個族群也不缺乏正義感。
無知且愚蠢的閻迷們， 真令人感受到人類愚蠢的力量， power of stupidity。 老閆毫無根據的胡說八道， 造謠誹謗的惡性碰瓷行為， 本來就令人震驚厭惡， 閻迷們至死不悟的勁頭真是令人驚歎！
無知無畏， 勇於鬥爭， 還自認為善於鬥爭的閻迷們， 真令人可憐。
提醒一下， 老閆和閻迷們窮其所能的長期鬥爭， 都從來沒有，也永遠不會給顏寧造成任何一絲一毫的傷害， totally harmless。 因為所有指控都是謊言， 而謊言是沒有力量的， powerless。 這就是為何隻有輕蔑的"碰瓷"兩字回應。
在文學城炫耀自己的無知，愚蠢和粗魯都是很可笑的， 徒增笑料而已。
我對剽竊沒有做過深入的研究，但是我想剽竊可以有不同的層次。最低級的是全盤抄襲。最高級的是抄襲別人的基本思想。所以，判斷剽竊，一定要對相關領域有一個較為全麵和深入的理解猜想，普通人能看到的剽竊隻是低級的剽竊，高級的剽竊是發現不了的。當然，我不少說顏剽竊了閻的研究成果，我隻是想說，隻有真正的行家才能對閻顏之真做出一個較為客觀公正的判斷。外行讀幾篇文章，在沒有深入了解的情況下就做出判斷，基本上是沒有什麽價值的
—————————
和你是一樣的感覺。施一公做為小顏的導師，和老閻的師兄弟，他應該是絕對的內行人吧？可是他卻裝聾作啞，視而不見。是他不想說？不願說？還是沒臉說？還是難以啟齒？難道這不值得讓人懷疑嗎？
"至少十多位生物學者"到底是誰？他們當中有公開身份的嗎？其實潤濤閻在學界是一個弱勢的人，他們完全可以公開自己的學者身份，指出潤濤閻確實在碰瓷。我倒是非常希望能夠看到一個真正的內行能夠這樣做。雅美之途算是一位生物學者，可是他自己也說自己並不是內行。不知“誠信”是不是內行呢？你真的相信潤濤閻沒有讀懂自己的論文？
老閆碰瓷顏寧不成， 自己惱羞成怒，閻迷們更是對顏寧本人恨之入骨， 無疑顯示出迷信和崇拜產生的人間邪惡有多大。
直接抒發感情的， 隻為文章題目而來。
本文關鍵核心語句：
1. "老閆沒有讀懂顏寧的論文。"
2. 老閆沒有讀懂自己的論文，
“他認為喇叭口模型所描述的底物轉運過程是自己發現並證明的，我懷疑文章是他的導師寫的，把老閆論文的意義講得很清楚而且恰如其分，而老閆沒有正確領會。 ”
閻迷們都醒醒吧， 別再被忽悠了！
潤濤閻先生極為成功地實踐了他自己的終生信條：“生命在於忽悠。”
他的生命已經結束兩年了， 但忽悠卻遠未結束， 依然強勁且執著。
1. Nature2014討論部分沒有引用自己生化進展2013的綜述。關於她對Alternate Accessing構家轉換到底是什麽樣的認識，沒有比這篇綜述更合適的了。
2. Nature2014討論部分沒有點清四構象循環模型在先，人葡萄糖轉運機理細節在後。四構象循環模型是來源於，同時適用於人貓狗細菌MSF大家族。
3. 做了現炒熱賣的大眾科普後變成了公眾人物，沒有意識到別人有權來追星和碰瓷。
4. 當老顏來切嗟Alternate Accessing構家轉換時(似乎)沒有按常理送自己生化進展2013的綜述，卻說人家碰瓷。
陷入了羅生門的困境。
"解讀閻顏之爭這一半科學公案的一篇關鍵文獻"
https://blog.wenxuecity.com/myblog/75502/202211/9844.html
一個是鑒定細胞膜蛋白質通道殘基自身一個點位，用化學方法敲幾千次敲到一個關鍵點位。
另一個隻要寫進入細胞膜蛋白質體位變化，用衍射方法錄到。
實驗方法不同，實驗對象不同，實驗結果不同。小的完全敘述了糖運載蛋白體位變化，老的隻是說細菌蛋白質搬運中一個有一關鍵點位。至於這個點位功用，變化都沒有完全描述清楚。
為何非有必要要引用老的論文？
古話說，己所不欲，勿施於人。
老閆說別人漏掉他之前，應該先查查自己是否漏掉其他人。
當年發生這個紛爭時，有人就注意到了這個問題，認為老閆的遺漏導致老閆真誠地相信自己是原創，故而指責小顏。
人體細胞膜中的一種蛋白質，叫葡萄糖轉運蛋白（glucose transporters，簡稱GLUTs）,將葡萄糖送到人體細胞中。
大腸杆菌細胞壁主要成分是肽聚糖（peptidoglycan），人體細胞膜由脂質（磷脂為主）構成。
閆顏二人研究的蛋白質差別巨大，毫無相關性。