上周我在文學城博客裏發了一篇文章《也來談談閻潤濤顏寧之爭》（https://www.wenxuecity.com/blog/202211/43982/8814.html）。文章發表之後感覺對顏寧是否剽竊的問題講得不夠透徹，所以在這篇文章裏作一些補充說明。

在前文裏我科普了轉運蛋白的喇叭口模型。在這裏再簡單描述一下：轉運蛋白呈V形，在朝內開口和朝外開口的兩個構型之間轉換。在轉換的過程中糖分子或其他底物從細胞膜的一側轉運到另一側。

喇叭口模型1966年由Jardetzky提出。早在七十年代，生化和動力學的研究就已經為喇叭口式的底物轉運過程模型提供了有力的證據。雖然如此，隨著分子生物學的發展，人們還是希望通過分子生物學的新技術來佐證這個模型的存在。老閻的研究就是圍繞這個課題展開的。他研究大腸杆菌的一個叫UphT的轉運蛋白，發現UphT上的一個氨基酸C265的突變不僅會影響這個蛋白和細胞內的底物結合，而且會影響蛋白和細胞外的底物結合。所以他的實驗結果為喇叭口模型提供了新的分子生物學證據。因為C265位於UphT上的TM7片段，老閻在他的論文裏進一步推斷TM7對轉運底物起關鍵作用。他提出了一個模型：TM7位於蛋白的中央,喇叭口朝細胞外的時候這個片段暴露在細胞的外側，使得底物進入喇叭口，當喇叭口轉變方向，TM7暴露在細胞的內側,將底物轉運到細胞裏。這個模型不僅為喇叭口模型提供了新的證據，而且為喇叭口模型的底物轉運過程增添了一些細節。遺憾的是，老閻的模型並沒有涉及到構型轉換是如何發生的（構型轉換機製）。從老閻論文的標題和abstract可以看出他和他的導師雖然證明了TM7在底物轉運過程（translocation pathway）中的作用，可是沒有看到這個片段對蛋白構型轉換（conformational change）的重要性。老閻的論文裏說得很清楚：“雖然我們有能力找到一個位點在UhpT的底物轉運過程中的作用，可是我們仍無法對底物轉運過程如何操作發表意見”（Although we can identify a residue within the translocation pathway of UhpT, we cannot yet comment on how this pathway might operate.）在這句話後麵老閻提出了兩個方案,可是都和顏寧的模型不同，而且C265這個位點在Glut1裏根本就不存在。Glut1和UhpT雖然有相同的拓撲結構，可是氨基酸序列卻非常不一樣。

現在我們比較一下老閻和顏寧的模型。打個比方，A某觀察到汽車行駛（底物的轉運）是因為車輪會旋轉（老閻的模型）。可是這個觀察並不能告訴大家車輪的旋轉是由什麽驅動的。要想知道車輪的旋轉原理，就必須把汽車的內部構造搞清楚。 於是B某從汽車的內部構造發現是發動機帶動了齒輪，使得車輪可以旋轉 （顏寧的模型）。即便B某在事先知道A某觀察到輪子會旋轉的情況下公布了旋轉原理，剽竊的罪名也不能成立，因為雖然都提到輪子是關鍵部位，A某和B某說的是兩碼事。同理，雖然兩篇論文的模型都指出TM7起關鍵作用，可是此關鍵非彼關鍵，兩者不在同一個層次。老閻的模型局限於對底物轉運過程的描述（汽車行駛是因為輪子會旋轉），而顏寧的三維結構解析的是喇叭口構型是如何從朝裏開口轉換成朝外開口的機理（旋轉是發動機驅動的）。顏寧的三維結構顯示TM7的某幾個氨基酸和旁邊的TM1上的氨基酸形成氫鍵，從而加強了朝裏開口的構型的穩定性。除了TM7和TM1，另外一個叫做ICH的片段對朝外開口的構型起關鍵作用。

請注意老閻的論文對TM7在構型轉換中的作用沒有任何討論。我在前文裏說“老閻發現TM7片段對喇叭口構型的轉換有關鍵作用”，其實並不準確，應該改為“老閻發現TM7對轉運底物的過程有關鍵作用”才更準確。總之，老閻的模型和顏寧的模型雖然都涉及TM7，可是有本質上的不同。所以顏寧剽竊的罪名不能成立。

以上是我讀了閻顏的兩篇論文以後的分析和結論。現在來說一說老閻在自然雜誌網站上的投訴信。投訴信沒有提到TM7，而是用了很大篇幅試圖說明顏寧論文中圖5的模型如果沒有他老閻的實驗是得不出來的。

讓我們看看如果顏寧沒有看到老閻的論文，她能否想出圖5的模型。顏寧提出她的模型基於兩點。（1）喇叭口模型，（2）對朝裏和朝外兩種構型的三維結構進行的比較。第一個基點是1966年的經典論文和70年代提供生化和動力學實證的論文，這篇論文顏寧引用了。顏寧還引用了一篇首次用晶體結構證明了喇叭口模型的論文，對顏的模型來說就足夠了。（請注意喇叭口理論不是老閻發明和證實的）。第二個基點是顏寧2012和2014年論文裏的數據。2012年的論文研究的是Glut1在大腸杆菌裏的近親（homologue）XyIE,其晶體結構的開口方向和Glut1的結晶體相反。顏寧通過對比這兩個近親蛋白的晶體結構，推斷出一個構型轉換的動態模型。這個方法被學術界肯定。顏寧論文的高引用率就是證明。

老閻沒有讀懂顏寧的論文。他認為顏寧剽竊是因為沒有認識到顏寧的模型和自己的模型的本質區別，再加上他認為喇叭口模型所描述的底物轉運過程是自己發現並證明的(幸虧隻是在投訴信裏而不是在論文裏這樣認為，否則有剽竊之嫌。我懷疑文章是他的導師寫的，把老閻論文的意義講得很清楚而且恰如其分，而老閻沒有正確領會，才會在投訴信裏那樣講)。

那麽顏寧究竟有沒有看到過老閻的論文？我一直傾向於顏寧沒有看過，一個理由是老閻論文的標題和Abstract裏沒有TM7以及其他相關的關鍵詞，所以很難在Pubmed上搜索到。可是我經過多次嚐試還是搜索到了。所以我現在不再反對顏寧看過老閻的文章的推測。但顏寧沒有看過的可能性也同樣存在。我發現這個的議題已經超出了學術的範疇，再追究下去沒有什麽意義。這個議題其實並不重要，因為即便顏寧看過老閻的文章，這也不能作為剽竊的實證。閻顏的兩個模型有本質的不同，這足以證明顏寧沒有剽竊。

顏寧有錯嗎？我認為顏寧確實有錯，但不是大錯。老閻的模型雖然沒有涉及到構型轉換的機理，可是他發現TM7的一個位點對底物的轉運起關鍵作用，還是挺重要的。所以不管怎樣，顏寧未能引用老閻的文章是一個失誤。有網友問我，既然老閻的文章引用率很低，為什麽你還會認為沒有引用老閻的文章是個失誤呢？我的回答是引用率低隻能說明文章沒有受到重視，不能說明文章沒有價值。不過引用文章上的失誤和剽竊這兩者不能混為一談。

歡迎網友們批評指正。