毛澤東的秘書主要有：葉子龍、周小舟、陳伯達、李銳、胡喬木、田家英、江青以及張玉鳳等，葉子龍同時又是中央軍委機要室主任。
1、葉子龍——被監護審查了七年之久
葉子龍， 1930年8月參加中國工農紅軍，1932年加入中國共產黨。1935年19歲起一直到1962年，葉子龍一直在毛澤東身邊工作，時間長達27年。作為長期在毛澤東身邊工作的人，幾十年春風秋雨，葉子龍一直跟隨毛澤東南征北戰，包括跟隨毛轉戰陝北，陪同毛兩次訪問蘇聯，護送毛進京，從延安的棗園，河北的西柏坡，到北京的豐澤園，這期間凡是毛工作和生活過的地方也都留下了他的足跡和身影。
在毛澤東身邊工作也不是一件容易的事情，要冒著很多常人所無法想象的風險，這就是所謂的“竊聽器事件”。情況大致是這樣：
1961年春，毛澤東乘坐專列到廣東、山東一帶調查研究。某日，毛澤東和一位服務員在專列辦公室談話。完後，服務員步出，恰遇另一專列工作人員。這位工作人員得意地告訴服務員，他知道剛才毛澤東與服務員的談話內容。服務員問他為何知道，那位工作人員便展示了錄音裝置及設備。服務員轉身便向毛澤東作了匯報，毛澤東聞訊後，大發雷霆。“秘密錄音”的事情就這樣鬧大了。
對毛澤東的錄音始於1958年11月。其目的，是為了更準確、更完全地保存黨中央會議和中央領導同誌在會議上的講話的曆史文獻資料。錄音工作的建議是葉子龍首倡的。作為毛澤東的機要秘書和中辦機要室主任，葉子龍覺得有責任利用現代化的記錄手段，“盡量把毛澤東的話一字不漏地記下來”，他曾多次向上司楊尚昆和周恩來等中央領導同誌匯報過這個建議。從以後的結果看，最高權力層麵似乎是接受和執行了這個建議的，毛澤東本人也是認可了錄音的做法的。毛澤東曾對葉子龍說：“錄音要搞個規矩，沒有規矩不成方圓嘛。”根據毛澤東的指示，中辦機要室對錄音範圍和內容做出明文規定：中央政治局常委在中央召開的大、中型會議和其他重要會議上的報告、講話；毛澤東和其他中央領導同誌與地方領導同誌的重要講話；中央召開的電話會議；中央領導指定的需要錄音的內容。毛澤東看過這個規定，表示同意。
然而，問題又出在這個規定上。譬如，有些會議，恐怕中央領導同誌是不願意錄音的。這又該怎麽辦？1959年11月，中央在杭州召開會議，毛澤東在一次講話中講到中蘇關係時，關照大家不要做記錄。當時胡喬木插話，還有錄音呢。毛澤東批評說：是誰讓錄音的，搞這幹什麽？葉子龍立即讓錄音員停止了錄音。葉子龍在回憶錄中寫道：“從此，機要室就再沒有自行派錄音員跟隨毛主席外出錄過音。”
既然1959年11月杭州會議後葉子龍再也沒有派人跟隨毛澤東外出錄音，那麽1961年春季“錄音事件”的錄音者又是誰派的？ 5月2日下午，楊尚昆向剛剛返京的周恩來匯報了“錄音事件”。當晚，楊尚昆仍感“心情不安、坐臥不寧”。 5月8日晚，楊尚昆提筆給毛澤東寫了一封信，“對錄音事的疏於檢查作檢討並請處分”。 5月20日上午，中央書記處開會。會後，周恩來、鄧小平、彭真和楊尚昆又在一起商談了關於錄音問題的處理意見。6月24日下午3時半，楊尚昆召集有關人員，“交代洗掉過去的錄音帶問題，彭真參加”，後又“約汪東興談取消各首長處的日記問題，彭真參加”。同年4月，中央書記處根據毛澤東的指示，批評了中央辦公廳機要室，並決定給機要室主任葉子龍、副主任康一民以嚴重警告處分，給機要室副主任吳振英以警告處分。毛澤東、周恩來、劉少奇等人的秘書都牽連進去，都受到處分。二是同年5月17日，中央書記處批準了《關於錄音、記錄問題的決定》，作出了關於中央和地方黨政軍群一律不準搞錄音等五項規定。“秘密錄音事件”引發的政治風暴實際上遠不止處分了中共最高三位領導人的秘書和通過了中央書記處的一個決定，葉子龍曾經在回憶錄中寫道：“在所謂‘秘密錄音’一案中，不僅中央辦公廳的領導幹部和機要室的人被迫害，而且還株連了中央和地方的一些單位的負責人，如徐子英、王諍、林海雲、李伍、黃赤波、任兆祥、王芳、呂展、郭向民、謝滋群、朱漢雄、蘇漢華、狄飛、丁兆甲等許多同誌。”
本來，這一問題也就到此結束。不料在“文化大革命”中，所謂“秘密錄音事件”，竟然被作為專案進行追究。
“文化大革命”一開始，楊尚昆就因此事被打倒了。他成為文革中第一個被打倒的高級幹部。從1945年10月至1965年11月，楊尚昆在中央辦公廳主任的崗位上幹了20年。楊尚昆曾說：“中央辦公廳是中央的辦事機構，掌握黨的全部機密，把我放在這個位置上，體現了毛澤東對我的信任。”然而，1965年11 月10日，楊尚昆突然被免去中辦主任職務。1965年11月5日，彭真通知楊尚昆：中央決定調他去廣東工作，任廣東省委書記處書記；汪東興任中辦主任。楊尚昆雖然早有預感自己要被撤職，但來得這麽突然，確實感到茫茫然。11月9日，楊尚昆寫信給毛澤東，說自己在中辦工作了20年，沒有把工作做好，辜負了毛主席和中央同誌的期望，心情很沉重，也很慚愧。在去廣州之前，如果毛主席有空，很希望見見主席，得到主席的批評、指導。第二天，毛澤東接見了楊尚昆。毛澤東說：“你辦公廳的工作做得不錯嘛！你有什麽錯誤？沒有錯誤。你下去工作一個時期鍛煉鍛煉好嘛。”毛澤東還給楊尚昆布置了兩個調查研究的任務。
從毛澤東處回來，田家英問楊尚昆和主席談了些什麽，楊尚昆如實告之，田家英聽後，說糟糕。他對楊尚昆說，如果毛主席狠狠地罵你一頓就好了，就沒有問題了。毛主席這樣敷衍你，問題就大了。
果然，1966年5月24日,中央發出《關於陸定一同誌和楊尚昆同誌錯誤問題的說明》（中發[66]277號文件）。關於楊尚昆的問題，文件定性為： “（一）他不顧中央多次關於禁止安裝竊聽器的決定，背著中央，私設竊聽器，私錄毛主席和常委同誌的講話，盜竊黨的機密。（二）他把大量的機密文件和檔案擅自供給別人抄錄，嚴重地泄露黨的核心機密。（三）他同羅瑞卿等人的關係極不正常，積極參加了反黨活動。（四）他還有其他嚴重錯誤。”
當然，因“秘密錄音事件”被迫害絕不僅僅是一個楊尚昆，葉子龍也是跑不掉的，他因此案被監護審查了七年之久。直到80年代撥亂反正後，中央重新審查了此案，並為有關人員徹底平反。幸運的是楊尚昆、葉子龍都還活著。而有的人，已經因此被迫害到家破人亡。
2、胡喬木——“筆頭上行，政治上不行”
胡喬木，1912年出生於江蘇鹽城。胡喬木由於其深厚的理論功底和文字修養為毛澤東所重視，他以淵博的學識、深邃的思想和優美的文辭獲得了黨內外享有盛名的學者和章辭家的稱號。胡喬木於1941年擔任了毛澤東的政治秘書，並成為中央重要的筆杆子，時間長達二十餘年，其中一些著述如《六大以來》、《中國共產黨的三十年》等現在都被認為是黨史中的史記。但胡喬木的大作中最有名的還要數那篇揚揚灑灑為人傳唱數十年之久、以毛澤東名義發表的《別了，司徒雷登》。
胡喬木雖然是文采飛揚，可從毛澤東到鄧小平，都隻拿他當杆筆，並沒有重用他。有人說，這可能與胡喬木膽量不夠有關係。
為什麽說胡喬木的膽量不夠呢？在大躍進時陳雲說全國產糧七千億斤的指標不可行並托胡喬木告訴毛澤東，可胡就不敢報。幾個月後的廬山會議時，原本毛澤東手底下這幾個秘書大都是同情老彭的，可等毛澤東怪罪下來時，當時活躍的胡喬木卻從人間蒸發了，所有的罪過全讓田家英（毛澤東的秘書）一人給頂下來了，
另外，再看看胡喬木在上個世紀六十年代初因病休養時的情況，胡喬木這一因病休息就休到了1975年，雖然文革時也一度受到衝擊，可因為毛澤東曾有心血來潮登門去看他的壯舉，結果紅衛兵們隻好望而卻步，胡喬木從此平安無事。胡喬木雖然這小病大養一休十幾年可中間沒整人，人老筆沒禿，和毛澤東也是詩詞往來不絕，這就為胡喬木以後的東山再起埋下了伏筆。
到了1975年，鄧小平這位黨內的第二號走資派被毛澤東一句：“人才難得”放出來後，胡喬木也立刻獲得了新生，胡先是被授與了主持修訂毛選五卷的光榮使命，其後又被鄧小平看中網羅到了為對抗四人幫而特設的國務院政策研究室，其核心成員就是黨內的四大筆杆胡喬木，胡繩，鄧立群，於光遠。
等鄧小平被再度打倒後，胡喬木的老年間歇性軟骨病又犯了，被四人幫批的七葷八素的胡喬木曾經寫了個批鄧的十八條，以他的水平不說是神來之筆，也條條見血，字字穿心，結果不巧這信在四人幫倒台後就落到中央黨校的胡耀邦手上了，胡耀邦可是當年頭一個向葉劍英獻安國三策的，其中頭一條就是請鄧小平“出山”。看了胡喬木的這封揭發信，胡耀邦自然是對胡喬木氣不打一處來。
胡耀邦看不慣胡喬木，可胡喬木還有個老夥計鄧立群幫忙奔走，先是獲得了陳雲的支持，接著又卻說鄧小平：“你上台也要有兩個杆子啊，槍杆子，筆杆子一個都不能少。”鄧小平是點頭稱是，一揮手說以前的事就不要提了。再後來又軟磨硬泡讓胡耀邦點了頭。於是，70年代末，胡喬木重新出山，擔任了中央副秘書長一職。
現在有種說法說，本來胡喬木是被提名當中宣部長的，但讓胡耀邦給否決了，胡喬木因此對胡耀邦懷恨在心，但從胡耀邦去世前的談話來看這完全是子虛烏有，否定胡當部長的根本就是鄧小平本人，小平對胡喬木的評價就是“筆頭上行，政治上不行。”
3、田家英——被批“篡改毛澤東著作”，文革中自殺身亡
田家英是毛澤東的第二任秘書。1942年1月8日，田家英在《解放日報》發表的雜文《從侯方域說起》受到毛澤東的好評，毛澤東還專門找田家英談了話。 1948年，經過胡喬木的推薦，田家英到毛澤東身邊當秘書，直到他1966年死難為止，他在毛澤東身邊工作了18年。
從骨子裏說，田家英是一個書生氣很足的人。他給毛澤東當秘書多年，對於國家和黨內的核心機密，所知甚多，他卻沒有能夠從中悟出政壇上的進退榮辱之道，沒有在風雲起伏中變得應對自如，立足於不敗之地。相反，他的剛烈，他的鮮明愛憎，使他一再地受到指責，終於在“文化大革命”的第一次衝擊波中自殺。
田家英的工作，得到毛澤東的稱讚，是多方麵的。中共第八次全國代表大會召開，毛澤東要致開幕詞。陳伯達給毛澤東準備了一個講稿，毛澤東沒有采用，嫌其文字太長離題太遠。開會日期很近了，毛澤東要田家英起草一個講話稿，田家英用了一個通宵寫出來，毛澤東首肯以後，又經劉少奇、周恩來、朱德等人修改審定。毛澤東的開幕詞有一句話：“虛心使人進步，驕傲使人落後。”後來流傳很廣，就是出自田家英的手筆。會議休息的時候，一些代表走到毛澤東麵前，稱讚這個開幕詞簡短有力，鼓舞人心，寫得好。毛澤東也很讚賞地說：“這不是我寫的，是一個少壯派，此人叫田家英，是我的秘書。”這樣，幕後的英雄，被毛澤東推上了前台。
田家英崇敬毛澤東，但是，他的頭腦比較清醒，沒有陷入那種盲目崇拜和造神運動當中去。他在毛澤東身邊工作，比較深刻地了解毛澤東，對其長處和缺點都容易看得清。從上世紀50年代後期，他對毛澤東的方針有所懷疑，對毛澤東的為人也有所批評。在廬山會議前期，田家英和胡喬木、李銳等人一道，是支持會議的反“左 ”基調的，對彭德懷、張聞天、周小舟等人的言行，表示了明確的支持。在廬山田家英還說，他離開中南海的時候，準備向毛澤東提３條意見：一是能治天下，不能治左右；二是不要百年之後有人來議論；三是聽不得批評，別人很難進言。這些話，經過曆史的驗證，應該說是很有見地的。後來，廬山會議風向大轉，彭德懷受到不公正的批判，田家英也被揭發出有“右傾”傾向和一些言行，受到衝擊，毛澤東出麵保護了他，使他安全過關。但是，思想上的裂痕，卻從此產生了。直至失去信任。
當江青向毛澤東提出，吳晗的《海瑞罷官》有問題，要進行批判的時候，毛澤東要田家英讀一下《海瑞罷官》劇本，並且提出自己的意見。田家英看過劇本以後，他沒有附和江青的說法，而是向毛澤東報告說，看不出《海瑞罷官》有什麽陰謀。 1965年秋天，姚文元批判《海瑞罷官》的文章發表以後，12月21日，毛澤東在杭州與陳伯達、田家英、胡繩、關鋒等人談話。毛澤東說：“戚本禹的文章很好，我看了三遍，缺點是沒有點名。姚文元的文章也很好，對戲劇界、曆史界、哲學界震動很大，缺點是沒有打中要害。《海瑞罷官》的要害問題是‘罷官’。嘉靖皇帝罷了海瑞的官，1959年我們罷了彭德懷的官。彭德懷也是海瑞。”此語一出，四座皆驚。一向善於見風使舵的陳伯達，急忙討好江青，把毛澤東關於“要害 ”的論斷轉告江青。田家英在整理和訂正毛澤東杭州談話的時候，卻有意刪除了這一段論述，以保護吳晗和彭德懷。這件事被江青、陳伯達抓住不放，給田家英定了一條“篡改毛澤東著作”的罪名。田家英因為《海瑞罷官》的問題得罪了江青，不久之後，又因為對“頂峰”論、“最高最活”論的批駁而惹惱了林彪。認為最高最活的說法不確切，不好理解，也不好翻譯。最高，那麽今後再不能高了？既然有最高，是不是還有次高啊？最活，是不是還有次活？既然講活，就會有死，難道馬克思恩格斯的著作都是死的？說是頂峰，也不科學，到了頂峰，難道以後不能再發展了？田家英的這些話，在羅瑞卿被批判時又被揭露出來，田家英反對毛澤東的“罪行”，也增加了新的內容。
在1966年5月召開的中央政治局擴大會議上，在批判彭真、羅瑞卿、陸定一、楊尚昆的時候，田家英也被劃入批判對象，被停職反省。5月22日下午 3點，在中南海的住所，安子文對田家英宣布了中央決定：第一，中央認為你和楊尚昆的關係不正常，楊尚昆已經被認定是反黨反社會主義的，你要就此作檢查；第二，中央認為你一貫右傾，現在我代表中央宣布，你立即停職反省，交清你保管的全部文件，明天搬出中南海，秘書室工作交給戚本禹負責。當天晚上，在中央辦公廳的幹部會議上，批判田家英的時候，他又被加上一條“篡改毛主席著作”的罪名，這一關，無論如何是過不去了！
這一天晚上，開完會，已經很晚，田家英連夜清理文件。正在這時，戚本禹打來電話，傲慢地要他辦理工作移交手續。戚本禹本來在田家英的領導下，在中共中央辦公廳做過信訪工作，因為一篇調查報告受到毛澤東的注意。現在，趾高氣揚的戚本禹，要來接替田家英的工作，好不得意！田家英盛怒之下，沒有等他說完話，就把電話摔了。
５月23日上午，44歲的田家英在中南海內自殺身亡。
4、陳伯達——紅極一時的中共“第四號人物”
在毛澤東眾多秘書當中，陳伯達是擔任秘書時間最長的一個，前後共達31年。
陳伯達號稱“理論家”、“中共一支筆”，他手中的筆一直在寫文章：寫下了《人民公敵蔣介石》、《中國四大家族》、《評〈中國之命運〉》等，1949年後他又寫下了《論毛主席思想》、《斯大林和中國革命》，參與起草了“共同綱領”、“中華人民共和國憲法”、“關於農業合作化的決議”、關於社會主義教育運動的 “二十三條”、關於文化大革命的“十六條”等。
陳伯達善於見風使舵，察言觀色，在“文革”中紅極一時，成為中共“第四號人物”，是中共九屆政治局五位常委之一，同時又是臭名昭著的“中央文化革命小組” 的組長。1967年，在打倒王力、關鋒、戚本禹之後，中央文革小組隻剩下5個人。在這5個人之中，張春橋、姚文元是江青的“嫡係部隊”，康生是江青的“軍師”，陳伯達這個組長處於孤立地位，日子越來越不好過了。尤其他看到自己寫的“九大”政治報告被毛澤東原封不動地送回，不禁失聲痛哭，甚至有過輕生的念頭，遭到江青的挖苦諷刺；經過抉擇，他決定投靠黨內第二號人物林彪，成為林彪的“軍師”。1970年，毛澤東敲山震虎，痛批陳伯達，即所謂“批陳整風”。 1971年9月13日，林彪乘飛機外逃，摔死在蒙古人民共和國的溫都爾汗。此時因廬山會議正在被審查的陳伯達，立即成了被關注的對象。“四人幫”想趁機將陳伯達置於死地，將他關進了秦城監獄。
對於監獄中有所優待，陳伯達說，我自己以為優待我是因為我在阜平時救過毛主席。1948年春天國民黨飛機轟炸阜平，那天早上我聽到飛機響，趕緊跑到毛主席那裏，他正在猶豫，我說飛機就在頭頂上，要趕快走。他聽我一說，就走了。他繞過一道牆，聽警衛員說我還未走，回頭喊了我。我催他快走。看到他已走到安全地方，我趕快離開，剛跑到院子外，炸彈就已經投下來了，正好炸在院子當中，房子玻璃全被彈片打碎了。如果晚走一步是很危險的。這件事本來從沒有對別人說過。 1971年逮捕我，我在監獄門口不肯進去，大聲說過：“我救過毛主席！”開始關我的地方條件很差，大概我說的話傳上去了，幾天後把我轉到一個三層樓上，生活很優待……
陳伯達告訴曾周揚：“我垮台主要是因為和江青發生衝突，在廬山我還和周總理談到過：江青曾幾次想離開主席……”。
5、周小舟——用自殺為領袖“祝壽”
1912 年，周小舟出生在湖南省湘潭縣黃荊平鄉獅龍橋一個地主家庭。1931年8月，周小舟從湖南大學預科班畢業，進入北京師範大學文學院國文係就讀。 1935年，周小舟進入北方局聯絡部工作，奉命參加南京談判。這時，他正式開始使用周小舟這個名字。周小舟四上南京，唇槍舌劍，在談判桌上表現得英勇機智。談判結束後，他將談判的所有資料全部送交延安，受到黨中央和毛澤東的好評。聰穎伶俐的周小舟深得毛澤東喜愛，黨中央將周小舟調到中央軍委，成了毛澤東的秘書。
1953年，周小舟任湖南省委書記兼副省長、省政協主席、省軍區政委。1956年6月，毛澤東到湖南視察工作，十分滿意湖南的大好形勢。他對周小舟說：“蘇東坡講‘駕一葉之扁舟’，那說的是‘小舟’，你已經不是小舟了，你成了承載幾千萬人的大船了！
周小舟意氣風發地駕著湖南大船走進1957年。對於那場突如其來的反右鬥爭的暴風驟雨，周小舟是缺乏準備的。到了9月，省直機關千軍萬馬反擊右派，戰果十分“輝煌”，“查出的右派比7月底增加3倍多，黨內右派比7月底增加4倍多”。在他非常熟悉的《湖南日報》編輯部裏，竟揪出了一個在全國僅有的特大的 “反黨右派集團”。全部業務骨幹幾乎一網打盡，都成了右派。
1958年12月，彭德懷回湖南搞調查研究，周小舟陪同他視察湘潭。經過三天的接觸，周小舟發現他倆的許多觀點完全一致，談得十分融洽。彭德懷給當地的幹部規定了八不準：不準搞瞎指揮，不準浮誇，不準說假話，不準搞強迫命令，不準打人，不準罰口糧，不準拆社員房屋，不準毀風景林。
1959年7月，中共“廬山會議”，本來是進一步糾正“左”的錯誤，突擊“大躍進”，可是由於彭德懷的一封信，形勢突變，發動了錯誤地批判以“彭德懷”為首的右傾機會主義反黨集團的鬥爭，造成嚴重的後果，彭德懷被打成了“右傾機會主義分子”的頭子。而時任湖南省第一書記的周小舟，也因幾句“不合時宜”的發言，深陷政治鬥爭的漩渦，被打入反黨集團— —在一場聲勢浩大的“反右”鬥爭運動中，終結了自己的政治“生命”。
湖南的周小舟和周惠，原來都是支持彭德懷的，周惠因講了不少真話在會上受到批評。毛澤東對原來持彭德懷看法的人極力分化瓦解，爭取歸順。為了“挖彭德懷的牆腳”，找周惠到美廬（毛澤東的住處）單獨談話。周惠承認了錯誤，就沒有列入反黨集團。毛澤東也曾想把周小舟拉過來，8月1日，給周小舟寫信，信中說：“ 迷途知返，往哲是與，不遠而複，先典攸高”，並且和周小舟談了一個通宵，曉之以利害。毛告訴周，隻要他寫一個檢討，起來揭發彭德懷，仍然可以回湖南工作。周小舟流著眼淚對毛澤東說：“主席，我不能寫這樣的檢討，彭總的意見書中有很多材料是我告訴他的，是我們動員他找主席談的。我以為他的身份向主席談可以起作用，他才寫的，我麽能批彭總呢？”毛澤東揮手說：“你走吧！”
1962年4月28日，周小舟離開大瑤，調往廣州，任中國科學院廣州分院副院長，不參加黨組，排最後一名。
1966年，十年動亂開始了，周小舟首當其衝。廣州梅花村他家的門上，貼滿了大字報。接下來是夜以繼日的批鬥。
1966年12月25日，周小舟受完不堪淩辱的批鬥後，造反派又勒令他明天上午8時報到。這一天晚上，周小舟服用了大量安眠藥品。12月26日早上，當人們看到他的時候，周小舟已離開了人間。在毛澤東73歲生日的那一天，他曾經的秘書周小舟以死“祝壽”。此時周小舟隻有54歲。
6、李銳——福禍皆因諍言生
毛澤東比李銳大了整整兩輪。既是同一屬相，又都是湖南老鄉。五十年代，李銳在電力工業部主抓水力發電。第一個五年計劃順利完成後，1957年，毛澤東發動了“大躍進”，就在1958年南寧會議上，關於三峽工程的爭議，引起了毛澤東對李銳的關注。
毛澤東看中李銳這支筆，指著李銳說：“我們要有這樣的秀才。”南寧會議散會前，毛澤東要李銳當他的秘書。李銳忙說恐怕不成，水電業務忙得很。毛澤東說是兼職的嘛。事情就這樣定了。
1959 年7月2日至8月16日，廬山會議召開，李銳以毛秘書的身份參加。當時對 “大躍進”、“浮誇風”反對的人也不少，隻是不便直說。李銳卻不顧田家英跟他談到毛常“有出爾反爾之事，有時捉摸不定，莫測高深，令人無所措手足，真是很難伺候”的警告，以為毛真喜歡講真話的人，大膽直說，滔滔不絕，結果釀成大禍。尤其在對待彭德懷萬言書問題的表態上，胡喬木發言時沒有提及，田家英沒有發言，陳伯達狠批彭信，而隻有李銳表態：“彭總的信把一些意見提出來做對立麵，引起大家深入討論，這種精神是好的……”是導致他被列入“反黨集團”追隨者的一個重要原因。毛澤東是不讚成彭德懷的，而李銳是讚成的，那麽李銳就是不讚成毛澤東。這讓毛澤東感到自己的領導路線受到了挑戰。而況那時的政治氣候，有專斷的毛澤東，有抓人把柄的柯慶施、陳伯達、康生，更有眾多一邊倒，明哲保身的人，那些聲音正確與否並重要。於是毛不再看重李銳，不再信任李銳，任憑他怎麽檢討，都是無益的；於是李銳開始和彭、黃、張、周一起在小組會上受批判。接下去李銳就隻好檢討，因為“太不深刻”而沒有通過。後來彭德懷等四人被定為反黨集團，李銳被定為“彭德懷反黨集團的追隨者”，被開除黨籍，不斷批鬥，直到1967年8月被關入秦城監獄。
1975年是李銳在牢獄中的第八個年頭，他在牢房裏度過了58歲的生日。此前，大牆外麵發生了一係列政局變化，鄧小平被重新啟用，中央做出決定，除了與林彪集團有關的審查對象外，對秦城監獄長期關押的高級幹部300多人予以釋放，李銳終於走出監獄高牆，但又被安排重回安徽磨子潭水庫接受“改造”。直到四年後“兩個凡是”被推翻，李銳才被平反昭雪，不久就出任電力工業部副部長、國家能源委副主任。
李銳能夠活下來，而且至今建在，並以自己的經曆秉筆直書，寫過不少曆史著作。其中尤以他晚年寫的《廬山會議真麵目》、《毛澤東的晚年悲劇》、《大躍進親曆記》最具價值，三書的內容多是其擔任毛澤東兼職秘書一年多的親曆親聞，既可以稱為“毛澤東晚年研究”，也可說是從“從大躍進到文革”的中國史研究。李銳性格上書生氣很重，有點像田家英。他在給哈佛大學費正清東亞研究中心舉辦的毛澤東誕辰110周年學術討論會的發言稿中，對毛有過比較全麵的評價。摘要如下：
1.他覺得知識分子有點知識，有思考的習慣，難免遇事多嘴多舌，影響號令施行。於是延安整風運動得以發展，從批胡適，反胡風，反右派，反右傾，一直折騰到 “ 文化大革命”大革文化命，以至說道：“書讀得愈多愈蠢”，“知識越多越反動”。於是，青年學生統統趕下鄉，“接受貧下中農再教育”，愚民政策得以風行。終於使得人不成其為人，曆史倒退下去，經濟到達崩潰的邊緣。還記得毛當年說過，“大學還是要辦的”，卻明白宣稱僅僅限於理工大學。其意即在堅船利炮的器物層麵得抓緊，研究“兩彈一星”的技術人員還是需要的，而不再要培養人文知識的文科大學了。由此可見，不實行民主法治，權力不受製約，毛澤東一意孤行，可以荒唐到何種程度！所以我信服西方這相同意義的詞語：個人崇拜即邪教也。
2.在蘇共二十大揭露斯大林的問題之後，毛說過，如果在英美這樣的國家，就不會發生這樣的事情。英美民主法治的國家，任何人都不能違憲，政治家都必須遵從選民的意誌，也沒有不受製約的權力，當然不可能發生斯大林式的獨裁暴政。毛對此是有所認識的。可是他擺脫不了“馬克思加秦始皇”這雙重權威，尤認為 “列寧、斯大林兩把刀子不能丟”；也就是擺脫不了一生的自我成見。他最後做到了十年“文革”，想以此達到他的理想（實為幻想），這是中外古今任何一個專權執政者都做不到的，隻有自詡為“馬”加“秦”的，即接受並發展了馬克思階級鬥爭學說，且繼承了中國自古專製傳統的毛澤東才能做到。
3.曆史學家的責任就是要將曆史及其有關人物的事實，尤其是長期不為人知的事實，一一清理出來，公之於世。從而使後代人徹底清醒過來，接受教訓，以史為鑒，更理性地前進。我們要學習司馬遷的春秋史筆，決不要再遮遮掩掩過日子。
另外還有一段是李銳2003年03月01日接受《21世紀環球報道》記者采訪時說的：
在我們這個有幾千年封建專製傳統的國家，毛澤東晚年錯誤的做法，搞個人崇拜，專製獨裁，是不容易徹底清除的。在西方，"個人崇拜" (PERSONAL CULT)同"邪教"是一個同義詞。"文革"那一套，難道不就是邪教嗎？早請示晚匯報，跳忠字舞，搖小紅書，真是邪透了。……毛澤東的陰影現在仍然籠罩著我們。我們必須把毛澤東搞清楚。這樣才心中有數，以後就不會再重複錯誤。
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