必須指出，北伐勝利後，蔣介石領導的南京－重慶國民政府，在極為困難的處境下，對維護中國對西藏的主權作出了巨大的貢獻，包括在親英的第十三世達賴喇×逝世後派黃慕鬆入藏，後來又責成馬步芳護送年幼的青海靈童即第十四世達賴喇×及其父親等家屬到拉薩等等。吳忠信代表國民政府入藏，“主持”達賴喇×坐床大典，更是伸張中國主權的大事。此後親中央政府的熱振活佛出任年幼的達賴喇×的攝政，進一步限製了西藏親英勢力。同時國民政府在大量藏族人口聚居的地區設立青海和西康兩省，並在西藏地區發展中國國民黨地下黨，加強中央政府對藏區的影響。
國民政府另一項意義深遠的成功是其回族政策。無庸諱言，滿清對回族長期歧視，甚至到所謂“同（治）光（緒）中興”，仍出現許多迫害回族的“惡性事件”。而南京政府在相當短的時間內，就贏得絕大部分回族對中國的認同和忠誠。在回族名將白崇禧的細致工作下，甘肅青海一帶的回族馬氏勢力對中國始終忠誠不二，成為對英國策劃的藏獨運動的致命障礙。這從今天達賴喇×的著作裏還可以經常品味。就是在今天，回族仍然是藏獨運動的最大障礙之一。
抗戰初期，中國政府命令馬步芳在青海玉樹修建可供轟炸機起落的軍事機場，使得後來蔣介石可以公開宣布：如果拉薩噶廈政府某些成員繼續其離心動作，重慶政府將“進軍西藏”。同時中國國民黨大力支持印度國大黨的獨立運動，迫使英國在1943年正式警告拉薩，如果重慶中央政府進軍西藏，印英將愛莫能助。?
但是英國並沒有因此停止支持藏獨，同時印度國大黨不顧中國對其早先的支持，儼然以英帝國的當然繼承人自居。西藏親英勢力因此不僅將熱振活佛排擠出拉薩政權，在英國駐藏代表黎吉生（Hugh Richardson）的直接參預下，於1947年關押熱振活佛並將其秘密處死（有說法是在獄中“被捏碎睾丸致死”），同時支持熱振活佛的三大寺之一色拉寺的大批反英喇×被屠殺，而達賴喇×的父親也在此際不明不白地死亡。此事的巔峰，是在印度獨立後，馬上有人企圖在印度領土上宣布“西藏獨立”。
同時，隨著英帝國的衰亡、國共內戰中鍾共的勝利和冷戰的開始，美國政府一反多年來支持中國對西藏的主權，開始接收英帝國在中亞的衣缽。早在1948年，美國駐迪化（烏魯木齊）領事包懋勳（Paxton）和副領事馬可南（Mackernan）便幫助組織“保衛宗教反共反蘇委員會”。1949年4月，美國國務卿艾奇遜電告美駐印度大使：美國希望西藏的軍事抵抗能力暗中得到加強。1949年9月，在鍾共軍隊入疆前夕，馬可南倉惶經西藏逃亡，並對“反共”人士留下指示：“從西藏去巴基斯坦有個地方叫太吉努爾，…在那裏可以得到美國的幫助”。從此際起，在新的外國主顧下，藏獨運動逐漸進入“現代”階段。
由於國民黨政府采取了一係列積極維護中國對西藏主權的措施，加上英國從次大陸撤退，“中國軍隊”入藏成為一個遲早的曆史大勢。鍾共1950年10月越過金沙江和半年多後“十七條協議”的簽訂，無非是這一曆史大勢晚來的兌現而已。順便一提，鍾共軍隊進藏時，馬步芳當年在青海玉樹修建的軍事機場，起了不小的作用。
值得一提的曆史事實，是在二次大戰前後，美國政府一直相當堅決地支持中國在西藏的主權，這也是二戰時美英在亞洲的一個矛盾。但是由於國際政治的變遷，美國全麵接手第一次大博弈中英帝國爭奪亞洲腹地的傳統和“資產”，西藏不幸成為“冷戰”的戰場和犧牲品。這是西藏的悲哀，也是全中國的悲哀。
美國從1950年代就認識到中國邊疆地區的“民族矛盾”對美國亞洲戰略的利用價值。於是在北美，美國國務院等開始大力資助對中國邊疆地區的“學術研究”；在中國，美國則直接在軍事上卷入西藏和其他邊疆地區，“鼓勵”少數民族對鍾共的“反抗”。
