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前天終於把折騰了六個多月的一組實驗數據在組會上作了總結。這是和一個即將畢業的博士生合作的課題:用我兩年前通過CRISPR技術創建的突變癌細胞係,這個學生通過RNA-Seq手段和wild-type的癌細胞進行了基因表達的比較,發現了幾個可能與腫瘤轉移有關的基因的表達出現了異常。這種基因表達的變化,似乎印證了帶這些突變的病人腫瘤出現擴散的病症,但在體外是不是能通過實驗模型來驗證,成了我們實驗室的攻關項目。六個月前我完成了老鼠模型需要的stable cell line的構建。移交給別的學生去進行老鼠實驗,就接受這個新的挑戰。
翻閱了一些資料,發現invasion assay其實是一個相對成熟的實驗。但具體到我用的細胞係,就是不同的故事了:大約一半文章說做不出來,一半能做出來。不知道該相信誰,就找了一家歐洲實驗室,他們去年有文章聲稱作出來了。我老板比較相信歐洲的實驗室的數據,就去信問。對方倒是大方地說了:我們數據用的是倍數。基數是2-4個細胞,增加2-4倍就是8-10個細胞!老板這下也知道了任務艱難,對我說:你也沒作過這個類型的實驗,你就試試吧。
三次失敗的實驗就讓我找到了可能原因。我們的細胞係不能轉移,但對照的癌細胞係轉移得不錯,證明了我的實驗流程沒有問題。而無意中的一個觀察讓我聯想到我讀到的一篇Nature Method文章裏提到的可能原因,而我的觀察也被實驗室另一個同事在一個不相幹的project裏得到了證實。我的觀察,同事的實際數據,文獻的支持,讓我決定放棄現有聲稱做出來的文獻裏使用的材料。但當我開始order新材料的時候,才發現我要用的材料,那些文獻裏提到的公司兩年前就停止生產了。。。
換了材料就成功了。我觀察到了突變癌細胞和wild-type的巨大差別。可現有的定量方法我不滿意--數細胞的方式,人為操縱結果的可能性太大了。為了找一個合適的定量方法,我和老板討論了多次,也換了四五種不同的方式。一個月前終於找到我自己滿意,老板也認可的定量方式。。。
合作的學生要畢業,等不及我的結果,文章裏用了我不滿意的定量方法的結果,送到Nature的一家子雜誌,還在review中。但最新的實驗結果讓老板有信心,即使不接收,他也準備用新的數據,送同級雜誌。而我期望的不是一篇文章,而是一個新的proposal--再拿一個grant, 我就不必擔心為兒子的大學學費去Walmart打工了。
組會後把數據交給老板。他說:中間你想放棄的時候我沒同意,我想放棄的時候你沒同意。這六個月熬下來不容易。得把幾個相關的同事召集起來,商量怎麽寫proposal。。。上一輪沒有我的數據,申請沒有成功。有了新方法和數據,也就有了更多設想,給實驗室開拓了一個全新的方向,希望這次能成功。。。
(二0一八年三月九日)