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最好的中秋節禮物

(2016-09-16 06:52:45) 下一個

嗬嗬,今天一大早收到通知,送Nature子刊的文章終於接受了。

這個project很不順。從試驗設計開始老板就認為CRISPR/HDR成功率太低,不讓作。等到我說服他,好
幾個月都過去了。設計時把我幾十年的分子生物學和tissue culture經驗,能想到的可能
改進成功率的方式都加進去了,才讓老板同意我放手一搏。幾個月後,終於作完了第一輪,還差點就沒拿到我要的
東西:那天在顯微鏡下找得頭昏眼花,沒有任何克隆,就垂頭喪氣地給老板打個招呼,準備放棄了。回到實驗室正想扔細胞培養皿的那一瞬間,突然想到舉起來對著日光燈肉眼看了一下,一個白色的克隆就在培養皿的最邊沿--最後證明這個克隆是一個基因的兩個copy都按我設計的突變了。。。。

這一年來,又是mycoplasma汙染(實驗室的host cell line本身就汙染了!),又是克隆不純,搞得很頭疼。最後稿子送出去了,作science這邊的reviewer對突變子有興趣,對方法沒興趣,意見一堆,要把method這一節砍掉;作方法的reviewer對突變子本身沒興趣,對方法上所有改進作用的思路都感興趣,也認為有道理。但對我們沒有和其它方法進行試驗對比很遺憾,覺得作為方法的文章發表有欠缺。。。

老板說:你也好多年沒發第一作者的文章了(上次發是2008年,JBC,還好被Faculty 1000選中了),今天回家開瓶酒喝吧。

不錯不錯,了結了這個,就可以全心全意接一個馬上要畢業學生的project了。學生這個project剛發了Nature子刊,看能不能搞個grant。近十年實驗室的所有grant都有我的影子。一個RO1的renewal全靠我篩出來的compound;一個R21在第一次申請失敗後我插進去補數據,第二輪成功;一個DOD的grant雖然是學生為主,但篩選的第二輪的方法就是
我花了幾個月來專為他develop的;最新的RO1 renewal也是把我上麵的mutant cell lines的數據加進去,並且根據我的方法再提出新的idea後,第三輪才拿下來的。學生的這個project去年寫了一個proposal,可惜沒拿到錢。希望我接手後,現在文章也發表了,能和過去十年一樣,有奇跡發生。我還需要5-6年的飯碗,把兒子的大學學費解決呢。

我的CRISPR/HDR方法可能對大多數人沒有幫助。我是利用mutant的一個特點來篩選的。我用兩個guide sequences把我的基因功能搞掉(我的細胞靠這個基因才能生長), 先篩transfected細胞,再用mutant的特性來篩選我要的克隆,成功率很高。挑選出來的克隆,70%是帶mutation的。大約1/4是兩個copy都按我設計的突變,1/2是有一個copy按我設計的突變,另外1/4原因不明。因NPG問我們有沒有興趣把方法發表在Scientific Data上,細節暫時不能說。

祝各位網友中秋快樂!

(二0一六年九月十五日)

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閱讀 ()評論 (4)
評論
A-mao 回複 悄悄話 回複 'Coke5379' 的評論 :
一樣不容易呢。我五六年才發一篇地一作者的文章。當然大老板手下容易得多。

A-mao 回複 悄悄話 回複 '亮亮媽媽' 的評論 :

亮媽,現在周末都在釣魚。菜種完了,就開始秋釣了。crappie不錯,數量和大小敢不上春天的,但每次都有20-30條,五到十斤的收獲。線輕鬆幾天,等下一個project開始,估計是冬天了,就天天在實驗室幹活。:)。
Coke5379 回複 悄悄話 搞生物的就是容易發文章。
亮亮媽媽 回複 悄悄話 祝賀阿貓。不容易,應該大大地慶祝一下。周末快樂。
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