在建校之初,周祖訓就特別看重大多數學生對讀書的迫切要求,因為辦學最主要的目的就是為使學生讀書學習,而且隻有滿足學生的學習要求,才不至於無事生非。所以在校舍固定以後,初中部9月初即正式上課。分校由主任李浴帶領師生勞動建校,慘淡經營,一切很快就緒,學生努力學習,思想比較安定。高中及師範部學生到羊樓洞後,因食宿一時未安排好,加之管理人員有時對學生態度粗暴,曾發生少數學生毆打管理人員事件,經過妥善處理,很快即告平息。10月初上課後,教師能堅持教學,學生能安心學習,這在當時很多臨時學校中是少見的。
倉促上課後,周祖訓即以驚人的魄力和在抗戰艱苦歲月中辦好信師的成熟經驗,決心把這個一盤散沙、混亂不堪的流亡學生團體改造成一個像樣的學校。為滿足上課需要,根據當地竹木豐富的優勢,不久即趕製出竹木課桌課凳,並購買了課本和少量儀器。接著訂立學習、生活製度,嚴格貫徹落實。早晨5時半起床、洗漱灑掃,整理內務;6時早操,在寬闊的運動場上,各部學生分別由教官帶隊跑步,教職員全部參加;6時半全體集合點名升旗,接著由周祖訓或導師訓話。功課抓得特別緊,國文、英文擇要熟讀背誦,並按時習作;物理、化學除講解外,還需有演示實驗;數學則需認真演算習題;其他各科亦各督令做筆記,隨時檢閱。除正課外,還有早自習一節,晚自習兩節。自習時有導師督堂,主任巡察並點名。學生因功課緊張,常感學習時間不足,人人傾心學習,秩序良好。
勞動生產是周祖訓曆來辦學的重要主張。當時學校經費奇缺,而各項起碼的教學設施又不容不辦,在周祖訓的倡導下,采取自力更生原則,凡能自己做的事,都由師生自己動手。師生經常參加的勞動有:集體打柴,開荒種菜,整修教室,平整操場,修築道路,擔運食米等。周祖訓項項勞動身先士卒,師生亦不甘落後。這樣既發揚了勞動精神,又稍補了實際困難。
周祖訓素來重視學生課外閱讀和寫作,在經費萬分困難的情況下,仍撙節一部分經費,購置圖書數千冊,成立校圖書室,供學生借閱。為提高學生寫作能力,周祖訓提倡各班除上好作文課外,還編寫牆報。如出版有《洪流》、《莽原》、《爝火》、《星光》、《茁壯》、《萌芽》等。
學生吃飯,每200~300人設一夥,每日兩餐,定時開飯,編組定位。周祖訓和教官、導師皆參加學生夥,隨時監察。在最困難時,每人每天不足9兩半米(每斤16兩),全體師生均陷入餓鄉。但由於周祖訓以身作則,毫不特殊,師生都能患難與共,同舟共濟。一次,周祖訓與師範部師生共同食用少量米煮的野菜湯時,全場200多人,隻聞一片喝湯聲,而無一人發怨言。周祖訓十分感動,不覺淚水流入稀湯碗裏和湯喝下肚。
當時教職員待遇微薄。每人每旬由學校借給米15斤,銀元一枚,暫免饑餓而已,其他一切費用無從談起。有眷屬的更是困難萬端,每日惟仰天興歎。但在周祖訓的帶領下,大多數教職員仍能誨人不倦,認真備課、講課和批改學生作業。經過五個多月的整頓教育,學生基本能遵守紀律,努力學習,師生團結,和地方群眾也能相安無事。
1949年2月,中原臨中第二期開學時,南京國民黨政府見大勢已去,急於逃跑,無心再管學校,所以學校困難日益加劇。周祖訓目睹國民黨政府的腐敗無能,已悄悄決定將學校留在原地迎接解放,參加革命,所以克服困難的勇氣倍增,他設法借債度日,千方百計使學校在萬難中安定下來。