嘉靖三十九年(1560)以後,倭寇由於在浙江受到沉重打擊,紛紛南下騷擾福建,北自福寧(今霞浦縣),南至漳、泉,沿海千裏,幾乎處處有倭,局勢非常緊張。而福建兵力空虛,無力抗倭,形勢十分危急。福建巡撫遊震得向京城告急,請求派在浙江抗倭中屢屢建功的戚繼光前來幫助抗倭。朝廷同意了,於嘉靖四十一年(1562)七月命戚繼光帶兵赴福建剿倭。
戚家軍在戚繼光的帶領下,向溫州進發,從溫州乘船到達平陽,然後從旱路到達福建,一路上紀律嚴明,秋毫無犯,給久受官兵騷擾的福建人民以良好的印象。當時戚家軍已有6000人,戰鬥力很強,戚繼光堅信,憑他的隊伍,可以打敗任何一支倭寇。他了解到,倭寇在福建有幾個大的巢穴,如橫嶼、牛田、林墩等,便決定主動出擊,拿下這些巢穴,以便切斷倭寇的後路,最終取得勝利。八月初,戚家軍開到寧德,駐紮在那裏,準備收複橫嶼。橫嶼在寧德縣城東北二十餘裏,是海中的一個小島,離岸約十裏,和大陸隔著一片淺灘。潮來時,一片汪洋;潮退後,都是爛泥。倭寇在島上安營紮寨,築起堅固的防禦工事,和寧德、福清各地的倭賊互為聲援,竄擾沿海州縣。由於地勢險要,陸軍、水師進攻都有困難,因此倭寇據島三年,明朝官兵無可奈何。這是戚繼光入閩碰到的第一個倭巢,他決心攻拔倭寇的這一據點。戚繼光拜會了福建巡撫遊震得,把自己的作戰計劃告訴了他。遊震得素聞戚繼光的大名,對他十分佩服,表示將全力支持戚繼光,讓他放開手腳抗倭。軍隊休整幾天後,戚繼光開始動員收複橫嶼。
經過一番戰前動員和部署,趁海潮退落之際,戚繼光命士兵每人背一捆幹草,把草鋪在爛泥上,擺成鴛鴦陣式,在戰鼓聲中踏草前進。上岸後,勇士們如猛虎下山,英勇撲向敵人,和倭寇展開了一場激烈的肉搏戰。硝煙和塵土彌漫了橫嶼上空,喊殺聲和戰鼓聲蓋過了大海的呼嘯。經過三個時辰的激戰,島上倭賊全部被消滅,戚家軍救出了被擄男女八百多人,打響了入閩抗倭的第一炮。
攻取橫嶼之後,戚家軍在寧德稍作休整,便向福清挺進。福清縣內有倭寇近萬人,盤踞在縣城以東的上薛、西林、木嶺、葛塘、新塘、聞讀、牛田等處,巢穴絡繹三十餘裏,附近的百姓惶惶不可終日。戚家軍到達福清,百姓奔走相告。戚家軍剛進福建,就在寧德打了個大勝仗,百姓們早有耳聞。現在戚家軍開了過來,老百姓覺得有盼頭了。
牛田是福清縣內最大的倭巢,離海很近。如果拿下牛田,可以切斷倭寇的入海口,形成關門打狗的局勢,也可以給別處的倭寇以威懾。考慮到這些,戚繼光決定首先攻打牛田。福清縣也有駐軍,戚繼光把當地駐軍的軍官和自己手下的將領都請來,一同商量對敵之策。最後,戚繼光與眾將歃血為盟,宣誓齊心協力攻下牛田。戚家軍承擔主攻牛田的任務,當地守軍承擔配合、牽製的任務。戚家軍兵分三路:一路由戴衝霄率領,從倉下進攻;一路由戚繼光帶領,由錦屏山進攻;另一路一部分埋伏在林木嶺,防止倭寇偷襲,一部分守住田原嶺、上逕等處,切斷倭寇歸路。九月二十八日,戚繼光指揮軍隊向牛田發起猛攻。牛田倭寇聞訊,列陣出營,戰鬥迅速展開,殺聲震天,倭寇紛紛敗退。這時,戴衝霄部隊從倉下趕來,堵住倭寇去路。倭寇孤注一擲,拚力殺向戴衝霄部隊,試圖殺出一條血路,逃入海中。戚家軍沒給敵人任何可乘之機,倭寇成了籠中困獸。
這一戰,戚家軍獲得了巨大的勝利,基本蕩平了福清的倭寇,福清境內安定下來。戚家軍舉行了盛大的凱旋儀式。他們高唱凱歌,敲著戰鼓,抬著戰利品,熱熱鬧鬧地向縣城進發。沿途百姓夾道歡迎,有的把平時家裏都很少吃的好東西塞給士兵,戚繼光廟士兵深受感動。離城還有幾裏,就見前方出城迎接的人群,他們以福建巡撫遊震得為首,敲鑼打鼓,把戚家軍迎入城中。這一天,成了福清人民的節日。福清人民十分感激戚家軍,他們紛紛寫文章,寫詩歌頌英勇的軍隊。戚繼光的美名也在福建傳揚出去,在福建倭寇中,得了“戚老虎”的稱號。
牛田戰役後,倭寇們逃到林墩,盤踞起來。戚家軍不給敵人以喘息之機,隨後追去。林墩在興化府(今莆田縣)城東二十裏,這裏本來就是倭寇的一大巢穴,大約有4000人在這裏盤踞。嘉靖四十一年十月九日,戚家軍從福清出發,翌日進入興化府。這天半夜,戚繼光率軍披星戴月向林墩進發,而倭寇一無所知。當時明月當空,戚繼光怕被敵人哨兵發現,計劃失敗,令士兵原地休息。月亮落下去,天黑了下來,部隊繼續行軍。林墩倭巢,四周水溝縱橫交錯,地形極為複雜,由於向導投敵,戚家軍被引入非常難走的狹窄小路,東方發白時,才逼近倭巢,而這時倭寇早已發覺,戰機早已錯過。戚繼光下令進攻,戰鬥開始,倭寇利用有利地形,打得十分頑強。戚家軍連夜行軍,體力消耗大,再加上地形不利,攻打好久也沒攻下。但在戚繼光的指揮下,士兵們振作精神,拚死反擊。雙方短兵相接,展開肉搏戰,倭寇有些招架不住,開始潰敗。戚家軍士氣更加高漲,奮力追殺。倭寇們四散而逃,落水淹死的不計其數。倭巢很快攻下,戚繼光指揮軍隊追殺,追到黃石一帶,收兵而回。這一仗取得很大的勝利,救出被掠百姓2100多人。戚家軍出城時,城裏居民沒有察覺,直到捷報傳來,大家才知道戚家軍已經出兵,並且打了勝仗。戚家軍凱旋歸來,老百姓扶老攜幼,出城十裏迎接。
牛田和林墩兩次勝仗,共殲敵3000名左右,救出百姓3000多人。同時,戚家軍傷亡也不少。凱旋進城時,百姓們出城遠迎,送上的彩旗和慰問品塞滿了街道。戚繼光拒絕對他個人的祝賀,說:“士兵們傷亡,我怎麽忍心接受慶賀!”他親自看望傷兵,安慰他們好好養傷,又安排專門人員,做好陣亡將士的撫恤工作。安葬士兵的大墓前,戚繼光身著素衣,神情莊重。他眼中含淚,聲音嗚咽地說:“眾位兄弟,你們遠來自浙江,為了抗倭大計,和我一起南征北戰。你們之中有多少英雄好漢,為殺倭寇耗盡了力,流盡了血。我們戚家軍為有你們這樣的漢子而驕傲,戚家軍的將士忘不了你們,這裏的百姓也忘不了你們。我以萬分崇敬的心情,以手中這杯薄酒,告慰弟兄們的亡靈。”
戚家軍到福建後,轉戰南北,蕩平橫嶼、牛田、林墩三大倭寇巢穴,圓滿完成了援閩任務後遂班師回浙江,進行休整並補充兵員。回浙江不久,因援閩有功,戚繼光被升任為分守台州、溫州、福州、興化和福寧中路等處副總兵官,兼管水寨,參將、遊擊以下的武官都歸他調遣。由一人擔任橫跨浙江、福建五府州的副總兵,曆史上也是不多見的。
戚繼光還浙後,倭寇高興地說:“戚老虎去,吾複何懼?”於是,又大肆劫掠福建沿海,於1562年冬攻陷興化府城,明人繪《倭寇圖卷》在城中燒殺奸淫掠奪,無惡不作,盤踞兩個多月後才棄城退出,攻陷平海衛(在莆田縣東九十裏),並以此為巢,四出騷擾。
嘉靖四十二年(1563)一月,戚繼光接到援閩詔書。四月,戚繼光奉命率領經過補充的戚家軍萬餘人再度入閩剿倭。在平海衛戰役中,戚家軍正麵進攻,另一位抗倭名將——福建總兵俞大猷和廣東總兵劉顯為兩翼,配合出擊。倭寇被殲2000多人,平海衛巢穴複亡,興化城被明軍收複,被擄百姓3000多人也得到解救,而戚家軍僅陣亡十六人。大捷報京,明世宗甚喜,親率文武百官至郊廟進行隆重的告謝典禮,以慶賀大捷。戚繼光因在這一戰役中立了首功,被晉升為總兵官,鎮守福建全省及浙江金華、溫州二府。
至嘉靖四十三年(1564)春,戚家軍全殲福建境內的倭寇。第二年,戚繼光揮師南下廣東,與俞大猷配合,肅清廣東境內的殘倭。至此,猖獗二十年的沿海倭寇,經過沿海軍民的浴血奮戰和戚繼光、俞大猷等抗倭將領的共同努力,基本上平定了。