唐末戰亂中,玄奘靈塔遭到亡命暴徒盜掘。在這種混亂的局麵下,寺僧及信眾麵臨暴力威脅,而無法阻擋這種暴行的發生。隻能將狼藉暴露的遺骨中,最重要的頂骨(頭骨)倉忙收起,又輾轉送至幽靜安全的終南山紫閣寺內收藏。
北宋端拱元年(988年)南方的遊方和尚可政在終南山紫閣寺內見到了已在此藏存百年的玄奘頂骨。並將頂骨攜回南京。經過了四十年的歲月,於宋仁宗天聖五年(1027年)才得在金陵長幹寺建塔,將玄奘頂骨入葬。可見誠非易然耳。可政入葬玄奘頂骨的日子,也特意選擇在玄奘圓寂五百六十三周年的忌辰(陰曆二月五日)進行的。又過了約三百五十年,於明洪武十九年(1386年)將玄奘頂骨由寺之東崗,遷至寺之南崗。直至清鹹豐年間太平天國戰亂時寺焚塔毀,地麵無跡可尋。近百年後,遂無人知玄奘頂骨塔之所在了。
一九四二年末,南京淪陷期間,侵華日軍在南京中華門外,修築神社構築地基時,才發掘出了藏存玄奘頂骨的石函。石函上的銘文記述了可政和尚得之於長安終南山紫閣寺及建塔入葬的始末。另一段銘文則記述了洪武十九年再次遷葬的經過。一九四四年玄奘園寂一千二百八十一周年,在南京玄武山巔,仿長安興教寺玄奘靈塔而建成之頂骨紀念塔下,又將部分玄奘頂骨再次入葬。其餘頂骨又被分為六份,分藏於日本、廣州、北京之法源寺、南京之靈穀寺、成都之大慈寺等處。一九五七年初我國政府又將一份玄奘頂骨,贈送給印度政府,並在那爛陀寺遺址上舉行了隆重的交接儀式。