1948年12月，北平被圍。國民黨派飛機去北平接走專家學者。陳不上飛機，說不願坐國民黨官僚的飛機。直到教育部派飛機，他才和胡適一起離開北平。那麽陳為什麽就看不上國民黨呢？
1940年，任中央研究院院長的蔡元培在香港去世，國民政府決定投票選舉新的院長。陳聽說蔣委員長已內定人選，頗為不滿，於是陳特意從昆明趕到重慶去為胡適投票。陳寅恪放出話來:本人大老遠來重慶，隻為胡適投一票！
在即將進入正式選舉程序時，作為評議會秘書長的翁文灝接到蔣侍從室二處的條子“盼以顧孟餘為中研院院長”。此做法引起了評議員的激憤。因其不但違反了中研院的選舉條例，也是對學者們的自由思想和獨立精神的侮辱，陳寅恪當場明確表示，必須把胡適選出。
事後，蔣在宴會上講話。陳寅恪是第一次與蔣謀麵。由於陳布雷下條子的事，陳寅恪心存不滿，對蔣介石沒什麽好感，當晚寫下《重慶春暮夜宴歸有作》（附後）。
1947年的一天，北平國民黨的軍警憲特以防共為由，深夜挨家挨戶地搜查抓人。引起恐慌。第二天，北平十三位教授（包括陳）發表聲明，譴責這種行為。陳憤怒地說，夜入民宅，非奸即盜！
1948年北平物價飛漲，連像陳這樣的大教授都窮得吃不上飯。陳隻能半捐半賣地把自己收集的一些珍本給了北大圖書館。並由季羨林作價給了陳兩千美金。其實陳的這些書的價值遠高於此。
1948年的一天，陳發現班上的學生有些突然不見了。後來一打聽才知道是為了躲避國民黨的抓捕。陳後來和別人說，我班上的好學生都是共產黨。我感覺他們會成功，因為好學生都跑到他們那邊兒去了。
陳寅恪先生的事就先說到這裏吧。個中的原因可能就在他的這首詩中。
頗恨平生未蜀遊，無端乘興到渝州。
千年故壘英雄盡，萬裏長江日夜流。
食蛤那知天下事，看花愁近最高樓。
行都燈火春塞夕，一夢迷離更白頭。
