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12月27日，微遠基因實驗室組裝出了接近完整的病毒基因組序列，數據同時也共享給了中國醫學科學院病原所。“基本可以確認這個患者的樣本裏麵確實有一個跟Bat SARS like coronavirus類似的新型病毒。”12月27日、28日，該公司領導跟醫院、疾控（部門）電話溝通，29日、30日甚至親自去武漢跟醫院、疾控中心領導當麵匯報交流所有分析結果。
1月3日，上海公共衛生臨床中心張永振教授團隊收到來自武漢市中心醫院的樣本。1月5日淩晨，從樣本中檢測出一種新型SARS樣冠狀病毒，並通過高通量測序獲得了該病毒的全基因組序列，證實武漢新型冠狀病毒是曆史上從未有過的。上海公衛中心當日立即向上海市衛健委和國家衛健委等主管部門報告，提醒他們新病毒與SARS同源，應是經呼吸道傳播，建議在公共場合采取相應疾控防疫措施。
一位基因測序公司人士透露，2020年1月1日，他接到湖北省衛健委一位官員電話，通知他武漢如有新冠肺炎的病例樣本送檢，不能再檢；已有的病例樣本必須銷毀，不能對外透露樣本信息，不能對外發布相關論文和相關數據，“如果你們在日後檢測到了，一定要向我們報告”。
1月3日，國家衛健委辦公廳發布了一份名為《關於在重大突發傳染病防控工作中加強生物樣本資源及相關科研活動管理工作的通知》。這份國衛辦科教函（2020）3號文規定，針對近期武漢肺炎病例樣本，各相關機構應按省級以上衛生健康行政部門的要求，向指定病原檢測機構提供生物樣本開展病原學檢測並做好交接手續；未經批準，不得擅自向其他機構和個人提供生物樣本及其相關信息。至於哪些機構屬於“指定病原檢測機構”，文件並未提及。有病毒學家透露，甚至中科院武漢病毒所都一度被要求停止病原檢測，銷毀已有樣本。
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